長期臨床實踐證明，膽總管囊腫引流術效果不佳。除有較高的逆行感染率和結石形成外，囊腫惡變率為2%，總病殘率高達60%，再手術率40%。因此，囊腫切除術日益受到重視。其優點有：①完全切除病灶，消除膽汁滯留、感染和結石形成的來源。②顯然可以防止病灶的惡性變。③明顯減低病殘率和再手術率。
顯露囊腫 首先將結腸肝曲分離，顯露十二指腸降部。切開降部外側后腹膜，顯露囊腫下端。在胰十二指腸上緣平行切開肝十二指腸韌帶的腹膜，顯露出囊腫下端漏斗部，分離與周圍的粘連，于漏斗部結扎后切斷膽總管下端。遠側殘端用1號絲線間斷或連續縫合關閉。牽引囊腫下端，仔細解剖分離與在其左側的肝動脈及門靜脈的粘連。繼續分離囊腫后壁達膽囊管水平，靠近膽囊頸部結扎并切斷膽囊動脈，從膽囊床上切下膽囊。繼續向肝門解剖，直達左、右肝管匯合部。
如果囊腫炎性粘連嚴重，左側壁和后壁與胰腺、門脈及肝動脈緊密粘連，可采用囊內切除法，保留囊腫后壁及左側壁的外層，以策安全。即先在囊腫前壁縫牽引線，在擬切線上注射含腎上腺素的生理鹽水達囊壁黏膜下，使之減少出血并易于分離。然后橫行切開囊壁前側部分，保留后壁及左側壁以避免損傷重要血管等結構。
Roux-Y空腸袢的制備 根據空腸系膜血管弓的分布，選擇距十二指腸懸韌帶10～15cm處切斷空腸及其系膜。用1-0號絲線連續縫合，關閉遠段空腸的近端。在橫結腸系膜的右側無血管區剪一孔，將遠段空腸通過該孔送入肝門處。在左、右肝管匯合部以下1～2cm處切斷肝總管。
膽管腸道吻合及腸道重建 Roux-Y式重建膽管與腸道的連續 首先行空腸肝總管吻合。在距縫閉端3～4cm的腸系膜對側緣切開空腸。切口較肝總管口徑略大些，以免吻合后狹窄。用1-0號絲線間斷縫合后壁全層后，再縫合前壁全層，完成空腸膽管吻合。最后在距空腸膽管吻合口以下約50cm處行近段空腸斷端與遠段空腸端側吻合，以完成Y式消化道重建。
間置空腸膽管十二指腸吻合。
顯露囊腫 首先將結腸肝曲分離，顯露十二指腸降部。切開降部外側后腹膜，顯露囊腫下端。在胰十二指腸上緣平行切開肝十二指腸韌帶的腹膜，顯露出囊腫下端漏斗部，分離與周圍的粘連，于漏斗部結扎后切斷膽總管下端。遠側殘端用1號絲線間斷或連續縫合關閉。牽引囊腫下端，仔細解剖分離與在其左側的肝動脈及門靜脈的粘連。繼續分離囊腫后壁達膽囊管水平，靠近膽囊頸部結扎并切斷膽囊動脈，從膽囊床上切下膽囊。繼續向肝門解剖，直達左、右肝管匯合部。
