本發明涉及甘薯育種，尤其涉及一種與甘薯塊根類胡蘿卜素含量相關的snp標記及檢測該標記的引物組和應用。
背景技術：
1、類胡蘿卜素廣泛存在于植物葉片、花和果實的有色體中，在葉綠體的光合作用、脂質過氧化反應中起著非常重要的作用。類胡蘿卜素是人類的重要營養物質，但是人類無法自身合成，只能通過食物攝取。類胡蘿卜素在植物和人類生長發育過程中均具有不可或缺的作用。
2、甘薯具有全面均衡的營養價值和顯著的保健功能，甘薯塊根富含淀粉、膳食纖維、多酚、類胡蘿卜素等物質，尤其是β-胡蘿卜素，100g鮮薯中含量可達20mg，是世界衛生組織推薦的最佳食物。維生素a缺乏在發展中國家是一個嚴重的健康問題，會導致夜盲癥和過早死亡，維生素a強化甘薯是國際生物強化項目的6大主要糧食作物之一。栽培甘薯是六倍體，遺傳背景高度雜合，存在廣泛的雜交和自交不親和現象。這些生理特性為甘薯遺傳群體的構建增加阻礙，所以通過構建遺傳群體連鎖分析得到的qtl還較少，且多數qtl的定位區間較大，難以克隆基因甚至無法精細定位，僅僅依靠連鎖分析挖掘qtl限制了其進一步研究和在育種中的應用。
3、全基因組關聯分析(gwas)是基于連鎖不平衡原理，用自然群體進行基因定位的方法，該方法不用構建遺傳群體，定位精度高，周期短，發掘變異種類廣，在動植物的基因定位當中已經被廣泛應用，且克隆到多個有重大應用價值的基因，是挖掘基因強有力的手段。
4、gwas解析精度高，能精確到單個snp位點，可直接找到致因突變。因此，gwas方法目前已廣泛應用于不同作物的重要農藝性狀的關鍵基因挖掘，可大大地縮短基因定位的時間，降低勞動強度，為甘薯重要農藝性狀的遺傳分子機制研究提供了新思路，推動甘薯傳統育種向高效、精準的分子育種轉變。
5、單核苷酸多態性(snps)，是繼限制性酶切片斷長度多態性、可變數量重復序列和微衛星多態性之后的新一代多態性遺傳標記，kasp技術(競爭性等位基因特異性pcr)是國際上snp分型的主流方法之一，可以對snps進行精準的雙等位基因判斷。這項技術是基于引物末端堿基的特異匹配來對snp分型。kasp技術用于大規模檢測snp標記基因分型，縮短標記驗證時間，減少標記檢測成本，是當前應用于植物分子標記定位和大群體掃描的重要方式。kasp分型技術基于自己獨特的pcr原理，可以讓所有的位點檢測最終都使用通用熒光引物擴增，這大大降低了kasp的試劑成本，既有金標準的準確，又降低了使用成本，所以在農業檢測方面kasp都具有非常好的應用前景。
技術實現思路
1、本發明的目的在于提供一種與甘薯塊根類胡蘿卜素含量相關的snp標記及檢測該標記的引物組和應用，利用kasp技術獲得snp分型，能夠準確高效地鑒定甘薯塊根類胡蘿卜素含量高低，可用于甘薯分子標記輔助選擇育種。
2、為了實現上述發明目的，本發明提供以下技術方案：
3、本發明提供了一種與甘薯塊根類胡蘿卜素含量相關的snp標記，所述snp標記的核苷酸序列如seq?id?no.1所示。
4、作為優選，所述snp標記位于甘薯第5號染色體的第21056206位堿基處，當待檢測樣本的snp基因型為c時，所述待測樣本為低類胡蘿卜素含量的概率顯著高于基因型為t；
5、所述snp基因型為純合cc時，類胡蘿卜素含量較低；
6、所述snp基因型為純合tt時，類胡蘿卜素含量較高；
7、所述snp基因型為雜合ct時，類胡蘿卜素含量居中。
8、本發明還提供了一種用于檢測所述snp標記的引物組，所述引物組包括正向引物f1、正向引物f2和反向引物r；
9、所述正向引物f1的核苷酸序列如seq?id?no.2所示；
10、所述正向引物f2的核苷酸序列如seq?id?no.3所示；
11、所述反向引物r的核苷酸序列如seq?id?no.4所示。
12、本發明還提供了所述的引物組在制備甘薯塊根類胡蘿卜素含量的產品中的應用，所述產品為試劑盒。
13、本發明還提供了一種含有所述引物組的鑒定甘薯塊根類胡蘿卜素含量的試劑盒，所述試劑盒包括引物組試劑和檢測試劑。
14、作為優選，所述引物組試劑的制備方法包括如下步驟：
15、(1)將正向引物f1、正向引物f2和反向引物r分別用水稀釋至80～120μm，得到正向引物f1溶液、正向引物f2溶液和反向引物r溶液；
16、(2)取正向引物f1溶液10～14μl、正向引物f2溶液10～14μl和反向引物r溶液，混合后補水至100μl，得到引物組試劑；
17、所述檢測試劑為higeno?2×probe?mixa。
18、本發明還提供了一種利用所述試劑盒檢測甘薯塊根類胡蘿卜素含量的方法，包括如下步驟：以待測甘薯的基因組dna為模板，利用所述試劑盒對模板進行kasp?pcr擴增，利用擴增結果進行基因分型。
19、作為優選，所述kasp?pcr擴增時所用的擴增體系為：模板20～50ng、檢測試劑4～6ul、引物組試劑0.12～0.16ul，無菌水補足至10ul；
20、所述kasp?pcr擴增的反應程序為：95℃預變性10min；95℃變性20s，55℃～61℃退火/延伸40s，10個循環；95℃變性20s，55℃退火/延伸40s，30～34個循環。
21、本發明還提供了所述的試劑盒或者所述的方法在甘薯育種中的應用。
22、本發明還提供了一種利用所述的試劑盒或者所述的方法提高甘薯類胡蘿卜素含量的方法，包括如下步驟：對甘薯樣品中位于5號染色體21056206bp位置的snp標記進行基因型檢測，選擇基因型為tt的甘薯樣品進行培育。
23、本發明提供了一種與甘薯塊根類胡蘿卜素含量相關的snp標記及檢測該標記的引物組和應用，所述snp標記的核苷酸序列如seq?id?no.1所示。本發明利用kasp技術獲得snp分型，能夠準確高效地鑒定甘薯塊根類胡蘿卜素含量高低，可用于甘薯分子標記輔助選擇育種。提供的檢測方法和試劑盒，通過甘薯自然群體表型鑒定，驗證開發的snp標記表型選擇效率達到97.56％，可以快速、精準檢測甘薯塊根類胡蘿卜素含量的高低，具有操作簡便、成本低廉等優勢，可滿足大規模分子標記輔助選擇的需求。
1.一種與甘薯塊根類胡蘿卜素含量相關的snp標記，其特征在于，所述snp標記的核苷酸序列如seq?id?no.1所示。
2.根據權利要求1所述的snp標記，其特征在于，所述snp標記位于甘薯第5號染色體的第21056206位堿基處，當待檢測樣本的snp基因型為c時，所述待測樣本為低類胡蘿卜素含量的概率顯著高于基因型為t；
3.一種用于檢測權利要求1所述snp標記的引物組，其特征在于，所述引物組包括正向引物f1、正向引物f2和反向引物r；
4.權利要求3所述的引物組在制備甘薯塊根類胡蘿卜素含量的產品中的應用，其特征在于，所述產品為試劑盒。
5.一種含有權利要求3所述引物組的鑒定甘薯塊根類胡蘿卜素含量的試劑盒，其特征在于，所述試劑盒包括引物組試劑和檢測試劑。
6.根據權利要求5所示的所述試劑盒，其特征在于，所述引物組試劑的制備方法包括如下步驟：
7.一種利用權利要求5或6所述試劑盒檢測甘薯塊根類胡蘿卜素含量的方法，其特征在于，包括如下步驟：以待測甘薯的基因組dna為模板，利用權利要求5或6所述試劑盒對模板進行kasp?pcr擴增，利用擴增結果進行基因分型。
8.根據權利要求7所述的方法，其特征在于，所述kasp?pcr擴增時所用的擴增體系為：模板20～50ng、檢測試劑4～6ul、引物組試劑0.12～0.16ul，無菌水補足至10ul；
9.權利要求5或6所述的試劑盒或者權利要求7或8所述的方法在甘薯育種中的應用。
10.一種利用權利要求5或6所述的試劑盒或者權利要求7或8所述的方法提高甘薯類胡蘿卜素含量的方法，其特征在于，包括如下步驟：對甘薯樣品中位于5號染色體21056206bp位置的snp標記進行基因型檢測，選擇基因型為tt的甘薯樣品進行培育。