專利名稱：基于合作的堿基序列數據的管理、顯示及更新方法
技術領域：
本發明涉及基于合作的堿基序列數據的管理、顯示及更新方法。尤其涉及通過對與包含在堿基序列數據的一個以上的堿基對應的錨點的注釋，實現研究者之間的合作的基于合作的堿基序列數據的管理、顯示及更新方法。
背景技術：
世界很多研究機構使用的遺傳信息瀏覽器有GBrowse。GBrowse基于mysql 數據庫顯示遺傳信息，并具有將Read保存為基于文件的數據的特點。與一般的遺傳信息不同， NGS數據因其容量過大，因此，無法直接使用現有方式。因此，2009年為顯示NGS數據而做出過努力，而且，作為其結果修改成當前可顯示讀取數據的形式。另外，為將遺傳信息顯示于本地計算機而開發出的瀏覽器有IGV。這不僅可顯示 NGS數據，而且，還可一同包括微陣列等實驗數據。在NGS數據的情況下，可將SAM或BAM文件形式數據作為輸入。用戶直接將此工具安裝于自己的計算機并獲取必要的文件之后，將上述文件利用工具導入(import)驅動的方式。但是，上述現有技術的基因瀏覽器只起到顯示堿基序列的作用，不具有將基于堿基序列的用戶注釋顯示于瀏覽器的功能。基因研究領域需要非常龐大的知識，尤其是通過全基因組測序(whole genome sequencing)分析基因時，很難通過一個人，一個研究所的研究人力來完成。實際上，從以前到現在所進行的大部分全基因組測序項目大部分采用多個國家/多個研究所一起參與的形式。這時需要學問/學術研究數據的順利的交流/交換，但到目前為止，只有獨立發表的涉及這個研究課題的論文。若參考所有發表的論文進行判斷，則需要很長的時間，而且，將耗費很高的費用。只有專業研究人員讀取/解釋論文，難以進行研究結果的共享。因當前的實驗室系統比較封閉，因此，需要一種容易整合這些內容的系統。
發明內容
本發明的目的在于克服現有技術之不足而提供一種可自由共享關于堿基序列的研究內容的堿基序列相關數據的管理、顯示及更新方法。本發明的另一目的在于，提供一種過濾所記錄的注釋信息并挑選用戶所需注釋顯示的堿基序列相關數據的管理、顯示及更新方法。本發明的又一目的在于，提供一種表示關于特定疾病、人種等的堿基序列地點之間的關系的堿基序列相關數據的管理、顯示及更新方法。本發明的技術問題不限于上述內容，而本領域技術人員可在下述記載中明白未提及的其他技術課題。為了達到上述目的，本發明一方面的基于合作的堿基序列數據的管理方法，包括如下步驟服務服務器接收對與堿基序列的至少一個堿基對應的錨點(anchor)輸入的注釋數據；及上述服務服務器在包括一個以上的注釋數據的列(column)的注釋數據表格中保存上述所接收的注釋數據。上述注釋數據包括對上述錨點所輸入的各注釋的數據，例如，包括注釋的擬定人、 擬定時間、注釋的類型、從其他用戶的評價計算出的對注釋的評價值及作為針對注釋的內容的數據的注釋內容等。因可對一個錨點創建兩個以上的注釋，因此，對于一個錨點可存在兩個以上的上述注釋數據。上述注釋數據中還包括從上述注釋內容提取或由用戶區別于上述注釋內容所輸入的關鍵字數據，以對上述注釋數據進行分組并顯示。為了達到上述目的，本發明另一方面的基于客戶端合作的堿基序列數據顯示方法，包括如下步驟接收與堿基序列的至少一個堿基對應的錨點(anchor)的上述堿基序列內的位置數據；及根據上述位置數據將錨點的位置顯示于堿基序列圖中。上述基于合作的堿基序列數據的顯示方法，還可包括如下步驟再接收對上述錨點的注釋數據；選擇至少一個錨點；及顯示包含于對上述所選擇的錨點的注釋數據的注釋內容。另外，上述基于合作的堿基序列數據的顯示方法，還可包括如下步驟再接收對上述錨點的注釋數據；及為了表示相同關鍵字的錨點之間的關系，以包含于上述注釋數據的注釋內容中的關鍵字為準對上述錨點進行分組并將上述分組信息顯示于上述堿基序列圖上。上述分組信息，例如，可通過將包含于一個群組的錨點用線、箭頭連接的方式顯示于上述堿基序列圖上。包含于相互不同群組的錨點可以相互不同顏色、形狀或大小表示。另外， 連接各群組內的錨點的上述線或箭頭在不同群組中可相互不同。上述關鍵字，例如，可為病名、人種等。如上所述,上述關鍵字可區別于上述注釋內容由用戶單獨輸入，但可在包含于上述注釋內容的單詞中比較預先保存的關鍵字詞典自動提取。另外，上述基于合作的堿基序列數據的顯示方法，還可包括如下步驟再接收對上述錨點的注釋數據，而上述注釋數據包括擬定人信息、注釋類型信息、評價值信息及注釋內容；及以從上述擬定人信息、注釋類型信息、評價值信息及注釋內容中提取的關鍵字中的至少一個為準過濾上述注釋數據并顯示。上述過濾上述注釋數據并顯示的步驟，可包括如下步驟以考慮當前用戶的職業和包含于上述注釋數據的擬定人的職業的相似度、當前用戶的關心領域和包含于上述注釋數據的擬定人的關心領域而計算出的數值為準過濾上述注釋數據并顯示。為了達到上述目的，本發明又一方面的基于客戶端合作的堿基序列數據的更新方法，包括如下步驟選擇堿基序列圖上的注釋輸入位置；顯示包括用于輸入注釋的編輯區域在內的注釋輸入界面；及將包括通過上述編輯區域輸入的注釋內容及上述注釋輸入位置在內的注釋數據發送至堿基序列數據保存裝置。上述顯示注釋輸入界面的步驟，還可包括如下步驟顯示包括注釋類型選擇區域， 及在所選擇的注釋類型為對現有注釋的回復時，還包括用以選擇上述現有注釋的評價的評價選擇區域的注釋輸入界面。為了達到上述目的，本發明還一方面的基于合作的堿基序列數據管理系統，包括 DB服務器，保存對與堿基序列的至少一個堿基對應的錨點(anchor)的注釋數據及堿基序列數據；及服務服務器，將與客戶端的邀請區域相對應的上述注釋數據及堿基序列數據發送至上述客戶端，而且，從上述客戶端接收包括上述錨點的位置信息的上述注釋數據并加工成符合保存于上述DB服務器的上述注釋數據的格式之后，保存于上述DB服務器。上述基于合作的堿基序列數據管理系統，還可包括上述客戶端，其從上述服務器接收上述注釋數據及上述堿基序列數據并顯示表示有包含于上述注釋數據的錨點位置的堿基序列圖，而且，從用戶接收錨點的位置信息及注釋數據的輸入并發送至上述服務服務器。此時，上述客戶端以包含于上述注釋數據的注釋內容的關鍵字為準對上述錨點進行分組并將上述分組信息顯示于上述堿基序列圖上。上述本發明提供可自由共享堿基序列相關研究內容的支持研究者之間合作的堿基序列顯不方法。另外，可過濾所記錄的注釋信息并選擇用戶所需注釋顯示。另外，可表不特定疾病、人種等相關喊基序列地點之間的關系。
圖I為本發明一實施例的基于合作的堿基序列顯示及更新系統結構圖；圖2為本發明一實施例的基于合作的堿基序列顯示及更新系統運行順序圖；圖3為本發明一實施例的堿基序列圖；圖4為根據本發明一實施例的，訪問者欲輸入新注釋時所顯示的注釋界面示意圖；圖5為本發明一實施例的保存注釋數據的表格的一示例圖；圖6為根據本發明的一實施例，對各錨點進行分組并顯示的示意圖。*附圖標記*602、604、606、608、610 錨點
具體實施例方式本發明的優點及特征和實現方法，將通過結合附圖詳細說明的實施例變得明了。 但本發明不受下述實施例的限制，而可通過各種不同的形式實現，本發明實施例的目的是更好的說明本發明并向本領域技術人員闡明本發明的范圍，本發明的范圍應以權利要求書為準。在整個說明書中，相同的附圖標記表示相同的結構。為了表述各種構件，利用第一、第二等，但這些構件不受上述術語的限制。這些術語的目的是將一個構件與另一個構件區別開來。因此，在下面的內容中，在本發明的技術思想內，第一構件也可能是第二構件。用于本說明書的術語的目的是對實施例進行說明而非限制本發明。在本說明書中，若沒有特殊的說明，單數型中也包括復數型。在說明書中，“包括(comprises)”及/或 “包括的(comprising) ”不排除在所提及的構建之外，還存在一個以上的其他構件。若沒有其他的定義，用于本說明書的所有術語(包括描述及科學術語)可解釋為本發明所屬技術領域的技術人員共同理解的意思。另外，一般所使用的定義在詞典中的術語，在沒有明確的特殊定義的前提下，不會被解釋為異常或過度的內容。首先，結合圖I對本發明一實施例的基于合作的堿基序列顯示及更新系統的結構及運行進行詳細說明。圖I為本實施例的基于合作的堿基序列顯示及更新系統結構圖。如圖I所示，本實施例的基于合作的堿基序列顯示及更新系統，包括服務服務器100、DB服務器102、固定終端108及網絡。另外，還可根據情況包括移動終端106。在本發明中，客戶端可以是固定終端108或移動終端106。網絡104用以連接服務服務器100、固定終端108及移動終端106，但不受通信方法的種類及連接技術的限制。雖然圖中DB服務器102直接連接于服務服務器100，但DB服務器102可以通過網絡104連接于服務服務器100。另外，雖然圖中DB服務器102和服務服務器100為獨立的裝置，但也可通過一個裝置實現。DB服務器102保存堿基序列數據及注釋數據表格。DB服務器102可由緩存 (Cache)、只讀存儲器(Read Only Memory, ROM)、可編程只讀存儲器(Programable ROM, PROM)、可擦除可編程只讀存儲器(Erasable Programmable ROM, EPROM)、電可擦除可編程只讀存儲器(Electrically Erasable Programmable ROM,EEPR0M)及閃存(Flash memory) 等揮發性內存元件、隨機存取存儲器(Random Access Memory,RAM)等揮發性內存元件及硬盤驅動器(Hard disk drive)等存儲介質中的至少一種構成,但不限于此。堿基序列數據包括構成堿基序列的各堿基(base)。上述堿基為本發明技術領域中眾所周知的構成堿基序列的各堿基(nucleobase),是腺嘌呤(Adenine)、鳥嘌呤 (Guanine)、胞卩密唳(Cytosine)及胸腺卩密唳(Thymine)中的一種。注釋數據是對與堿基序列的至少一個堿基對應的錨點(anchor)輸入的各注釋相關的數據。上述注釋數據，例如，包括注釋的擬定人、擬定時間、注釋的類型、從其他用戶的評價計算出的對注釋的評價值及作為針對注釋的內容的數據的注釋內容等。因可對一個錨點創建兩個以上的注釋，因此，對于一個錨點可存在兩個以上的上述注釋數據。注釋數據表格可理解為包括上述注釋數據的數據庫表格。圖5為本實施例的上述注釋數據表格的示例表格。如圖5所示，針對特性染色體的特定位置擬定的各注釋信息可保存于DB服務器102。下面，如在數據庫表格中所使用的一般的情況一樣，列(column)指表格的各列的名稱，而新輸入的各套數據成為行(row)數據。在圖5中，一行數據意味著一條注釋。注釋數據表格的各行數據分別表示一條注釋，而對各注釋的屬性值保存為列。DB服務器102保存注釋數據時構成的數據集合可通過各種方式構成，而不受利用如圖5所示的注釋數據表格保存的方式。服務服務器100可控制DB服務器102，以保存從移動終端106或固定終端108接收的上述注釋數據。例如，若移動終端106或固定終端108將所接收的注釋數據發送至服務服務器100，則服務服務器100生成將上述注釋數據保存于上述注釋數據表格的注釋行 (row)數據，并將上述注釋行數據提供至DB服務器，以插入至上述注釋數據表格中。在上述上述注釋數據的列中，可包括保存上述注釋的已指定的類型中的一種的注釋類型列。注釋類型，例如，為“實驗結果記錄”類型、對現有注釋的“回復”類型、對現有注釋的“更正/意見”類型。尤其是，在現有注釋中可存在根據注釋擬定人之外的評價計算出的評價值。在上述注釋數據的列中，還可包括保存上述評價值的注釋評價值列。另外，如上所述，為了管理注釋的關鍵字，在上述注釋數據的列中，包括用以保存作為注釋內容的字符串的內容列及用以保存關于將上述字符串與字符串詞典進行比較以從上述字符串提取的關鍵字的信息的關鍵字列。
下面，結合圖2對本實施例的基于合作的堿基序列顯示及更新系統的運行進行詳細說明。首先，移動終端106或固定終端108訪問堿基序列顯示及更新服務器站點(S200)。 上述服務站點可以是由服務服務器100提供的。S卩，服務服務器100可具備網絡服務器的功能。接著，完成訪問者的登錄。此時，訪問者為未注冊人員，則完成會員加入(S202)。 在加入會員時，可輸入姓名、職業及關于感興趣領域的信息。上述職業及感興趣領域可通過選擇已輸入的列表中的一個項目的方式輸入。加入會員時輸入的信息可保存于DB服務器 102。若完成訪問者的登錄,則將顯示表示由訪問者或他人指定的錨點位置的堿基序列圖(S204)。當然,若圖示的范圍內的堿基序列圖中不包括任何錨點,則只顯示堿基序列圖。 上述喊基序列圖可以是在現有基因瀏覽器中放大喊基序列的狀態下表不喊基序列的排列的圖案。在圖3中，示出堿基序列圖300及錨點302a、302b、302c的位置的圖301。根據不同的設置，在完成訪問者的登錄之后，只顯示訪問者自身或訪問者指定的人生成的錨點，而且，還可以只顯示對訪問者自身或訪問者指定的人擬定的注釋的錨點。另外，各錨點根據堿基序列圖上存在的屬性被分組。例如，關于疾病A的錨點顯示為一個形狀或表示各錨點之間的連接關系。圖6顯示對各錨點進行分組的示例。首先，在堿基序列圖600中，與白血病 (Leukemia)相關的錨點602、604、606被箭頭相互連接。另外，Jak2 Marker相關的錨點608、 610被箭頭相互連接。另外，與特定人種相關的錨點602、608、604被虛線箭頭相互連接。各錨點的分組可以記載于上述關鍵字列的值為準。即，保存有至少一個或預定數量以上的將白血病作為關鍵字的注釋的錨點，可分為與白血病相關的群組。另外，各錨點的分組也可以從保存于上述注釋內容的單詞中提取的關鍵字為準。若用戶要閱覽對特定錨點所記載的注釋，則可通過選擇相應錨點閱覽上述注釋。 閱覽注釋的狀態的界面顯示于圖6的堿基序列圖620中。在堿基序列圖620中只表示三個注釋，但若是研究較為活躍的錨點，則可能有多個注釋。在存在兩個以上對上述所選的錨點的注釋時，可以考慮當前用戶的職業和包含于上述注釋數據的擬定人的職業的相似度、當前用戶的關心領域和包含于上述注釋數據的擬定人的關心領域及上述注釋數據的評價值而計算出的數值為準排列注釋并顯示。此時，可將判定為最符合用戶傾向的注釋顯示在最上面。當然，可以首先顯示最近輸入的注釋，或考慮用戶檔案首先顯示具有相同關心對象或職業的注釋，或首先顯示特定注釋類型。下面，結合圖4說明訪問者要輸入新注釋時顯示的注釋輸入界面。若訪問者要輸入新注釋，則輸入預先指定的注釋輸入命令(S208)。上述注釋輸入命令，例如，可選擇點擊鼠標右鍵時生成的彈出菜單的一個項目。即，若對已生成的錨點輸入注釋，則將鼠標移動到已生成的錨點并輸入上述注釋輸入命令。另外，若生成新的錨點并添加注釋，則將鼠標移動到欲生成錨點的堿基序列位置401并輸入上述注釋輸入命令。若輸入上述注釋輸入命令，則將顯示如圖4所示的注釋輸入界面。上述注釋輸入界面，包括注釋類型輸入區域402、評價值輸入區域403及編輯區域404。注釋類型輸入區域402可由選擇預先設定的注釋類型中的一個的用戶界面構成。 另外，評價值輸入區域403在以對現有注釋的回復形式輸入注釋的情況下，用以輸入為上述現有注釋的評價的評價項目。編輯區域404可由可輸入字符串的編輯控制區域構成。另外，可在上述注釋輸入界面包括指定所輸入的注釋的公開與否的區域(未圖示)。上述注釋的公開與否可通過特定加入者的設置一并應用。另外，可對特定類型的注釋設置注釋的公開與否。另外，在服務訪問裝置為移動終端106時，統一將所輸入的注釋設置為不公開。設定為非公開的注釋只有擬定人本身才能閱覽。用戶通過上述注釋輸入界面輸入的數據將發送至服務服務器100。服務服務器 100接收上述數據并生成將保存于上述注釋數據表格的注釋行(row)數據，而且，將上述注釋行數據提供至DB服務器102并插入注釋數據表格中(S210)。服務服務器100將新輸入的注釋或錨點輸入結果發送至固定終端108或移動終端 106，以更新堿基序列圖。固定終端108或移動終端106接收上述數據并更新堿基序列圖進行顯示(S212)。用戶可輸入對于注釋的檢索條件以只顯示符合檢索條件的注釋及與其相關的錨點(S214)。此時，關鍵字、擬定人、注釋類型、評價值等可成為其標準。此時，顯示與過濾的注釋相關的錨點(S216)。上述實施例僅用以說明本發明而非限制，本領域的普通技術人員應當理解，可以對本發明進行修改、變形或者等同替換，而不脫離本發明的精神和范圍，其均應涵蓋在本發明的權利要求范圍當中。因此，以上記載的實施例在所有方面都是示例性的，而非限制性的。
權利要求
1.一種基于合作的堿基序列數據的管理方法，包括如下步驟服務服務器接收對與堿基序列的至少一個堿基對應的錨點(anchor)輸入的注釋數據；及上述服務服務器在包括一個以上的注釋數據的列(column)的注釋數據表格中保存上述所接收的注釋數據。
2.根據權利要求I所述的基于合作的堿基序列數據的管理方法，其特征在于在上述注釋數據的列中，包括保存注釋的已指定的類型中的一種的注釋類型列。
3.根據權利要求I所述的基于合作的堿基序列數據的管理方法，其特征在于在上述注釋數據的列中，包括保存根據注釋擬定人之外的評價計算出的評價值的注釋評價值列。
4.根據權利要求I所述的基于合作的堿基序列數據的管理方法，其特征在于在上述注釋數據的列中，包括用以保存作為注釋內容的字符串的內容列及用以保存關于將上述字符串與字符串詞典進行比較以從上述字符串提取的關鍵字的信息的關鍵字列。
5.一種基于合作的堿基序列數據的顯示方法，包括如下步驟客戶端從服務器接收與堿基序列的至少一個堿基對應的錨點(anchor)的上述堿基序列內的位置數據 '及上述客戶端根據上述位置數據將錨點的位置顯示于堿基序列圖中。
6.根據權利要求5所述的基于合作的堿基序列數據的顯示方法，其特征在于，還可包括如下步驟上述客戶端再接收對上述錨點的注釋數據；上述客戶端選擇至少一個錨點；及上述客戶端顯示包含于對上述所選擇的錨點的注釋數據的注釋內容。
7.根據權利要求6所述的基于合作的堿基序列數據的顯示方法，其特征在于上述顯示包含于對上述所選擇的錨點的注釋數據的注釋內容的步驟，包括如下步驟上述客戶端在存在兩個以上對上述所選擇的錨點的注釋數據的注釋內容時，以考慮當前用戶的職業和包含于上述對所選擇的錨點的注釋數據的擬定人的職業的相似度、當前用戶的關心領域和包含于上述對所選擇的錨點的注釋數據的擬定人的關心領域及上述對所選擇的錨點的注釋數據的評價值而計算出的數值為準排列注釋數據的注釋內容并顯示。
8.根據權利要求5所述的基于合作的堿基序列數據的顯示方法，其特征在于，還可包括如下步驟上述客戶端再接收對上述錨點的注釋數據；及上述客戶端以包含于上述注釋數據的注釋內容中的關鍵字為準對上述錨點進行分組并將分組信息顯示于上述堿基序列圖上。
9.根據權利要求5所述的基于合作的堿基序列數據的顯示方法，其特征在于，還可包括如下步驟上述客戶端再接收對上述錨點的注釋數據，而上述注釋數據包括擬定人信息、注釋類型信息、評價值信息及注釋內容 '及上述客戶端以從上述擬定人信息、注釋類型信息、評價值信息及注釋內容中提取的關鍵字中的至少一個為準過濾上述注釋數據并顯示。
10.根據權利要求9所述的基于合作的堿基序列數據的顯示方法，其特征在于上述過濾上述注釋數據并顯示的步驟，包括如下步驟上述客戶端以考慮當前用戶的職業和包含于上述注釋數據的擬定人的職業的相似度、 當前用戶的關心領域和包含于上述注釋數據的擬定人的關心領域而計算出的數值為準過濾上述注釋數據并顯示。
11.一種基于客戶端合作的堿基序列數據的更新方法，包括如下步驟客戶端選擇堿基序列圖上的注釋輸入位置；上述客戶端顯示包括用于輸入注釋的編輯區域在內的注釋輸入界面；及上述客戶端將包括通過上述編輯區域輸入的注釋內容及上述注釋輸入位置在內的注釋數據發送至堿基序列數據保存裝置。
12.根據權利要求11所述的基于合作的堿基序列數據的更新方法，其特征在于上述顯示注釋輸入界面的步驟，還包括上述客戶端顯示包括注釋類型選擇區域的注釋輸入界面的步驟；發送至上述堿基序列數據保存裝置的步驟，還包括上述客戶端將還包括通過上述注釋類型選擇區域選擇的注釋類型信息的注釋數據發送至上述堿基序列數據保存裝置的步驟。
13.根據權利要求12所述的基于合作的堿基序列數據的更新方法，其特征在于 選擇上述堿基序列圖上的注釋輸入位置的步驟是選擇堿基序列圖上的錨點中的一個的步驟；上述顯示注釋輸入界面的步驟，還包括在所選擇的注釋類型為對現有注釋的回復時， 上述客戶端顯示還包括用以選擇對上述現有注釋的評價的評價選擇區域的注釋輸入界面的步驟；上述發送至上述堿基序列數據保存裝置的步驟，還包括上述客戶端將通過上述評價選擇區域選擇的對上述現有注釋的評價信息發送至上述堿基序列數據保存裝置的步驟。
14.根據權利要求11所述的基于合作的堿基序列數據的更新方法，其特征在于，還包括如下步驟上述客戶端接收關于上述注釋數據的公開與否的輸入。
15.一種基于合作的堿基序列數據管理系統，包括DB服務器，保存對與堿基序列的至少一個堿基對應的錨點(anchor)的注釋數據及堿基序列數據；及服務服務器，將與客戶端的邀請區域相對應的上述注釋數據及堿基序列數據發送至上述客戶端，而且，從上述客戶端接收包括上述錨點的位置信息的上述注釋數據并加工成符合保存于上述DB服務器的上述注釋數據的格式之后，保存于上述DB服務器。
16.根據權利要求15所述的基于合作的堿基序列數據的管理系統，其特征在于 還包括客戶端，其從上述服務器接收上述注釋數據及上述堿基序列數據并顯示表示有包含于上述注釋數據的錨點位置的堿基序列圖，而且，從用戶接收錨點的位置信息及注釋數據的輸入并發送至上述服務服務器。
17.根據權利要求16所述的基于合作的堿基序列數據的管理系統，其特征在于 上述客戶端以包含于上述注釋數據的注釋內容的關鍵字為準對上述錨點進行分組并將分組信息顯示于上述堿基序列圖上。
全文摘要
本發明提供基于合作的堿基序列數據的管理、顯示及更新方法。本發明的基于合作的堿基序列數據的管理方法，包括如下步驟接收對與堿基序列的至少一個堿基對應的錨點(anchor)輸入的注釋數據；及上述服務服務器在包括一個以上的注釋數據的列(column)的注釋數據表格中，保存上述所接收的注釋數據。
文檔編號G06F19/18GK102609631SQ20111034277
公開日2012年7月25日 申請日期2011年10月27日 優先權日2010年10月28日
發明者樸旻胥, 李晶娫 申請人:三星Sds株式會社