專利名稱：：炎性腸病的外周血單核細胞的表達譜的制作方法炎性腸病的外周血單核細胞的表達譜本申請要求2005年6月6日申請的美國臨時專利申請第60/687,331號和2005年6月20日申請的美國臨時專利申請第60/692,295號的優先權利益；這兩份臨時申請的內容整體在此引入作為參考。發明背景發明領域本發明涉及從炎性腸病患者分離的外周血單核細胞(peripheralbloodmononuclearcell,PBMC)的表達鐠分析以及能夠區分罹患兩類炎性腸病(即克羅恩病和潰瘍性結腸炎)之一的患者的PBMC轉錄基因標簽的鑒別。相關背景4支術潰瘍性結腸炎(ulcerativecolitis,UC)和克羅恩病(Crohn，sdisease,CD)是兩種常見的慢性和復發性炎性腸病(inflammatoryboweldisease,IBD)，共有幾種種群統計和臨床特征。但是，UC和CD在組織損傷方面存在重要差異，提示這兩種疾病有著截然不同的發病過程。通常提出的一種IBD病因是粘膜免疫系統對正常腸內微生物區系的不適宜活化作用(Podolsky(2002)iV.5"g/.丄A/ec/.347:417-29)。與Thl-型應答相關的透壁性、肉芽腫性炎癥過程是CD的特征，而UC中的炎癥往往局限于粘膜，并含有大量看起來與Th2應答相關的分泌免疫球蛋白的漿細胞(Podolsky,出處同上)。這兩種疾病都是其中環境和遺傳因素的組合可決定個體7十疾病的易感性的復雜疾病(Bouma和Strober(2003)淑Aev./畫畫/.3:521-33》使用寡核苷酸微陣列在RNA水平定量整體表達譜的能力近來已應用于研究得自CD和UC患者的手術切除的胃腸組織中存在的轉錄標簽(Lawrance等，(2001)//ww.Mo/.IO:445-56;另參見Warner和Dieckgraefe(2002)/"ya附w.5cwe/.8:140-57)。這些研究鑒別出涉及一般在IBD中改變的炎癥反應的基因。另外，這些研究表明，由CD和UC患者獲得的胃腸組織轉錄組完全不同，鑒別出的基因組看起來可區分UC組織和CD組織。與手術切除或生物活檢的胃腸組織相反，外周血是非常容易得到的細胞組織源，可用于區分UC和CD。循環外周血單核細胞(PBMC)負責全面監視機體的感染和疾病征兆。因此，PBMC可用作評價作為病況或嚴重性標記的疾病誘導基因表達的替代組織(關于一般性綜述參見Rockett等，(2004)rox/co/.々p/.尸/w，aco/.194:189-99)。Maas和同事們鑒別出自身免疫病(如類風濕性關節炎、系統性紅斑狼瘡、I型糖尿病和多發性硬化)患者共同的PBMC譜(Maas等，(2002)/./mmw"o/.169:5-9)。Twine和同事們已表明，在非自身免疫病背景下，得自腎細胞癌(renalcellcarcinoma,RCC)患者的PBMC表現出與健康志愿者的轉錄組截然不同的疾病相關轉錄組(Twine等，(2003)Owcw/^y.63:6069-75)。Mannick和同事們最近用2400個基因cDNA微陣列研究了7名CD患者和5名UC患者的PBMC表達譜，描述了幾種在這些疾病之間呈現差異表達的基因(Mannick等，(2004)C//"./mmwm/.112:247-57);之前，已報道了其它基因在克羅恩病患者的外周血單核細胞中在mRNA水平上被調節(Gijsbers等，(2004)/mw#2o/.34:1992-2000;Hori等，(2002)</.G(2stroew&ro/.//e/ato/.17:1070-77;Gonsky等，(1998)丄/附wm"o/.160:4914-22)。盡管已提出外周炎性組分涉及這兩種形式的IBD，但至今還沒有將健康受試者和具有組織學已證實的IBD診斷結果(或者為CD形式，或者為UC形式)的患者的循環PBMC的轉錄基因譜成功地用于開發允許區分疾病的基因分類器(geneclassifier)。迄今為止，PBMC相關轉錄組診斷IBD和/或區分CD和UC的能力在本領域仍是未知的。通過確定CD和UC患者的PBMC中的基因表達譜是否不同得足以能夠基于單獨PBMC中的基因表達鐠區分它們，并通過提供可用于區分IBD患者和健康受試者以及任選用于區分CD患者和UC患者的PBMC-和IBD-相關轉錄基因表達譜，本發明解決了此問題。因此，本發明的涉及對患者的外周血單核細胞轉錄譜分析的相對非侵入性方法可能有助于炎性腸病和/或不同形式IBD(即CD和UC)的診斷、預后和/或監測。發明概述在一個方面，本發明基于眾多PBMC-和IBD-相關生物標記的鑒別和分類(例如表1-4所列的PBMC-和IBD-相關生物標記，它們分別在下列四種情況下存在差異表達l)與基本無IBD的受試者(例如健康受試者)的PBMC相比，在炎性腸病患者的PBMC中差異表達，2)與基本無IBD的受試者(例如健康受試者)的PBMC相比，在克羅恩病患者的PBMC中差異表達，3)與基本無IBD的受試者(例如健康受試者)的PBMC相比，在潰瘍性結腸炎患者的PBMC中差異表達，和4)與潰瘍性結腸炎患者相比，在克羅恩病患者的PBMC中差異表達)。本發明提供的并列于表1-4中的PBMC-和IBD-相關生物標記還被分類為I組、II組、III組和IV組，分類基礎分別為它們是否可最佳地用于診斷、預后或監測l)患有克羅恩病或潰瘍性結腸炎形式的IBD的患者的發展(I組生物標記，本文也稱為"共同生物標記(commonbiomarkers)"組)；2)患有克羅恩病的患者的發展(II組生物標記，本文也稱為"CD生物標記"組)；或3)患有潰瘍性結腸炎的患者的發展(m組生物標記；本文也稱為"UC生物標記"組)；和/或它們是否可最佳地用于區分IBD患者是患有克羅恩病還是潰疬性結腸炎(IV組；本文也稱為"CDvUC生物標記"組)。另外，列于表5并分類為V組生物標記的PBMC-和IBD-相關生物標記(本文也稱為"分類生物標記(classifyingbiomarkers)"組)也可用于區分克羅恩病患者和潰瘍性結腸炎患者。這些PBMC-和IBD-相關生物標記又可為IBD疾病途徑的組成部分，并因此可用作治療炎性腸病(即克羅恩病或潰瘍性結腸炎)的新治療標靶。因此，本發明涉及作為克羅恩病和/或潰瘍性結腸炎等炎性腸病的PBMC-和IBD-相關生物標記(其可被分類為I組、II組、III組、IV組和/或V組生物標記)的多核苷酸、由所述多核苷酸編碼的多肽及所述多核苷酸或多肽的片^:、同源物和同種型。本發明還涉及抗本發明的PBMC-和IBD生物^f示記的抗體、包含本發明生物標記的陣列和/或涉及本發明生物標記的測定(例如微陣列測定、Q-PCR測定、核酸報告分子測定等)的用途。另外，本發明涉及應用這些PBMC-和IBD-相關生物標記的表達譜來說明克羅恩病和/或潰瘍性結腸炎等炎性腸病的存在或風險。就克羅恩病和/或潰病性結腸炎等炎性腸病而言，這些PBMC-和IBD-相關生物標記還可用于將表達水平差異與不良或有利的預后相關聯。PBMC-和IBD-相關生物標記還可用于評價IBD治療或療法的功效。關于IBD(例如克羅恩病、潰瘍性結腸炎等)治療，本發明的PBMC-和IBD-相關生物標記還可用于篩選能夠改善IBD的試驗化合物，和/或本身可用作治療藥。在一個方面，本發明提供PBMC-和IBD-相關生物標記，它們的表達水平表示它們的量或活性，與炎性腸病(例如克羅恩病或潰癡性結腸炎)的存在相關。本發明的PBMC-和IBD-相關生物標記可以是多核苦酸(例如DNA、cDNA、mRNA)、由所述多核苷酸編碼的多肽及所述多核苷酸或多肽的片li、同源物和同種型。在某些實施方案中，本發明方法通過檢測已轉錄的多核苷酸或其部分的存在情況來實施，其中已轉錄的多核苷酸包才舌PBMC-和IBD-相關生物標記。或者，可通過檢測對應于PBMC-和IBD-相關生物標記基因或RNA物質(即由其編碼)的蛋白的存在情況進4亍檢測。這些方法還可在蛋白質水平上進行；也就是說，可以評價PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白的蛋白表達水平，用于診斷、預后和/或監測目的，或用于篩選試驗化合物，或作為治療藥。在某些實施方案中，本發明方法使用包含1種以上PBMC-和IBD-相關生物標記的多組生物標記。在一個實施方案中，本發明提供包含多種PBMC-和IBD-相關生物標記的一組生物標記。在一個實施方案中，本發明的一組生物標記包含至少2種PBMC-和IBD-相關生物標記。在一個實施方案中，本發明的一組生物標記包含至少3種PBMC-和IBD-相關生物標記。在一個實施方案中，本發明的一組生物標記包含至少4種PBMC-和舊D-相關生物標記。在一個實施方案中，本發明的一組生物標記包含至少5種PBMC-和IBD-相關生物標記。在一個實施方案中，本發明的一組生物標記包含至少6種PBMC-和IBD-相關生物標記。在一個實施方案中，本發明的一組生物標記包含至少7種PBMC-和IBD-相關生物標記。在一個實施方案中，本發明的一組生物標記包含至少8種PBMC-和IBD-相關生物標記。在一個實施方案中，本發明的一組生物標記包含至少9種PBMC-和IBD-相關生物標記。在一個實施方案中，本發明的一組生物標記包含至少10種PBMC-和IBD-相關生物標記。在一個實施方案中，本發明的一組生物標記包含至少11種PBMC-和IBD-相關生物標記。在一個實施方案中，本發明的一組生物標記包含至少12種PBMC-和IBD-相關生物標記。在其它實施方案中，生物標記組包含共同生物標記、CD生物標記、UC生物標記、CDvUC生物標記和/或分類生物標記。還提供生物標i己組，其包舍選自以下的生物標記I組生物標記、II組生物標記、III組生物標記、IV組生物標記和/或V組生物標記。技術人員將認識到，本發明的一組生物標記可包含任意數量和任意組合的本發明的PBMC-和IBD-相關生物標記，尤其是本發明的V組生物標記。因此，在本發明的其它非限制性實施方案中，本發明的一組生物標記包含至少2種、至少3種、至少4種、至少5種、至少6種、至少7種、至少8種、至少9種、至少10種、至少11種或至少12種分類生物標記，例如V組的分類生物標記。例如，本發明的一組非限制性生物標記可包含免疫球蛋白重鏈恒定區Yl和免疫球蛋白K恒定區生物標記。本發明的另一組非限制性生物標記可包含人28S核糖體RNA5'區、C型蛋白酪氨酸磷酸酶受體相關蛋白、H3組蛋白家族成員K、整聯蛋白P3(血小板糖蛋白IIIa,抗原CD61)和H2B組蛋白家族成員Q生物標記。本發明的另一組非限制性生物標記可包含免疫球蛋白重鏈恒定區Yl、顆粒酶K(granzymeK)、mutL同源物3、脂籠蛋白(lipocalin2)、CXCL5、血清剝奪應答磷脂酰絲氨酸結合蛋白(serumdeprivationresponsephosphatidylserinebindingprotein)和H3組蛋白家族成員K生物標記。在一個實施方案中，本發明的一組生物標記在以下方面提供至少70%的精確度(更優選至少80%的精確度，最優選至少90%的精確度)(a)在確定患者是否患有(l)克羅恩病或潰瘍'陣結腸炎形式的IBD，(2)克羅恩病，和/或(3)潰瘍性結腸炎方面，和/或(b)在區分IBD患者是患有克羅恩病還是患有潰瘍性結腸炎方面，。在本發明的另一方面，在期望得到有關信息(例如診斷、預后、監測治療和/或疾病的過程等)的具體受試者樣品中，測定1種以上的本發明PBMC-和IBD-相關生物標記的表達水平。〖0012]在某些實施方案中，至少一種PBMC-和IBD-相關生物標記的相對表達水平的比較說明了克羅恩病和/或潰瘍性結腸炎等炎性腸病的嚴重性，該比較允許進行診斷、預后和監測分析。例如，IBD(和/或UC或CD)的不同疾病進展狀態的PBMC-和IBD-相關生物標記表達譜的比較提供了一種長期預后的方法，包括這些疾病中的任一種暴發或發作的預計持續時間。在另一個實例中，可以評價具體治療方案，包括具體藥物是否起改善具體患者的長期預后的作用。PBMC-和IBD-相關生物標記還可用作治療標靶或治療藥。因此，非囿于機理，本發明的一些方法部分地基于以下原理當本發明的PBMC-和IBD-生物標記以類似于或基本類似于從基本無IBD的受試者(即健康受試者)分離的PBMC的水平表達時，它們的表達調節可改善炎性腸病。各種PBMC-和IBD-相關生物標記或這些生物標記的各組生物標記的這些差異表達模式的發現允許篩選目標在于調節具體表達模式的試驗化合物；例如可對將預后不良的表達譜轉變為較好或改善預后的表達譜的化合物進行篩選。4]關于這些實施方案，一些PBMC-和IBD-相關生物標記可包含經確定具有響應治療方案時調節活性或表達的生物標記。或者，PBMC-和IBD-相關生物標記的活性或表達的調節可與克羅恩病和/或潰瘍性結腸炎等炎性腸病的診斷或預后相關聯。另外，本發明的調節劑，例如至少一種PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑(例如PBMC-和IBD-相關多核苷酸和/或多肽，相關的PBMC-和IBD-相關多核苷酸和/或多肽(例如抑制性多核苦酸、抑制性多肽(例如抗生物標記抗體))、小分子等)可作為治療藥物施用。在本發明的另一個實施方案中，本發明的調節劑可與一種或多種本發明的其它治療性組合物聯用。如下所述將這些化合物配制為藥物組合物。施用此治療性調節劑可調節至少一種PBMC-和IBD-相關生物標記的異常表達，并因此可用于改善或抑制克羅恩病和/或潰瘍性結腸炎等炎性腸病。在本發明的另一個實施方案中，本發明的一種或多種調節劑或其它治療性組合物可與一種或多種其它已知的治療藥或組合物聯用。附圖簡述圖1:鑒別為CD相關的、UC相關的并在UC和CD之間有差異表達的轉錄物的功能注釋和類別。A)顯示了在CD對正常ANCOVA比較(灰色條帶)中、UC對正常ANCOVA比較(黑色條帶)中和UC對CDANCOVA比較(白色條帶)中過量表達的典型途徑(x軸)。在這些圖中，作圖p值的負對數(y軸)，以便突出顯示更顯著的相關性。查詢的途徑(x軸)如下(l)淀粉樣蛋白加工，(2)凋亡信號轉導，(3)精氨酸和脯氨酸代謝，(4)B細胞受體信號轉導(非免疫球蛋白)，(5)心臟(3-腎上腺素能信號轉導，(6)趨化因子信號轉導，(7)死亡受體信號轉導，(8)ERK/MAPK信號轉導，(9)脂肪酸代謝，(IO)細胞周期調節(G1/S),(11)細胞周期調節(G2/M),(12)G蛋白偶聯受體信號轉導，(13)谷氨酸代謝，(14)組氨酸代謝，(15)IGF-1信號轉導，(16)IL-2信號轉導，(17)IL-4信號轉導，(18)肌醇磷酸代謝，(19)胰島素受體信號轉導，(20)整聯蛋白信號轉導，(21)干擾素信號轉導，(22)JAK/STAT信號轉導，(23)NF-KB信號轉導，(24)氮代謝，(25)p38MAPK信號轉導，(26)PI3K/AKT信號轉導，(27)PPAR信號轉導，(28)前列腺素和白三烯代謝，(29)。票呤代謝，(30)嘧啶代謝，(31)淀粉和蔗糖代謝，(32)T細胞受體信號轉導，(33)色氨酸代謝，(34)酪氨酸代謝，和(35)VEGF信號轉導。B)4吏用Ingenuity途徑分牙斤系統(Ingenuity,MountainView,CA)功能注釋PBMC中的CD特異性轉錄物；轉錄物在針對CD相關基因的各個選定功能類別中的相對分布用餅分圖顯示。C)人工功能注釋PBMC中的UC特異性轉錄物，給出了免疫球蛋白對非免疫球蛋白類別中轉錄物的相對分布。圖2:使用PBMC譜進行CD和UC的監督類別預測。A)顯示了由2-20個基因分類器組成的多組生物標記(x軸)的相對整體精確度O;y軸)、CD分類的精確度(-'-;y軸)和UC分類精確度(A;y軸)。B)顯示了樣品測試集中加權表決類別分配的結果。支持CD的置信度以正值表示，支持UC的類別分配置信度以負值表示。類別分配的整體精確度在測試集中為100%,在僅基于經微陣列分析獲得的PBMC中的表達才莫式的情況下，14名克羅恩病患者中有14名被正確分類為克羅恩病，6名UC患者中有6名被正確分類為UC。注明了PBMC表達譜的實際出處(CD患者=前14個白色條帶；UC患者=后6個黑色條帶)。圖3:CD和UC^羊品組中分類器轉錄物水平的實時PCR檢驗。A)顯示了基因分類器轉錄物(x軸)的平均升高倍數(y軸)，以在CD中的上調來檢測，通過Affymetrix微陣列雜交(Affymetrix;白柱)或定量實時RT-PCR(TAQMAN;黑柱)檢測。B)顯示了基因分類器轉錄物(x軸)的平均升高倍數(y軸)，以在UC中的上調來檢測，通過Affymetrix微陣列雜交(Affymetnx;白柱)或定量實時RT-PCR(TAQMAN;黑拉)檢測。圖4:使用Q-PCR分析的轉錄譜對克羅恩病或潰瘍性結腸炎患者分類的鑒別和邏輯分析的比較。顯示了(A)20個訓練集(trainingset)或(B)20個相關測試集(testset)的邏輯分析或鑒別分析的精確度(y軸)。發明詳述盡管胃腸組織活檢樣品的表達語分析已鑒別出可用于區分這兩種炎性腸病即克羅恩病(CD)或潰瘍性結腸炎(UC)的胃腸相關轉錄組的存在，但所需要的胃腸組織活檢樣品使這些診斷方法變得無吸引力。外周血中的細胞，具體地說是循環外周血單核細胞(PBMC),遠比胃腸組織活檢樣品容易獲得。因為PBMC負責全面監視機體的感染和疾病征兆，以及IBD明顯涉及炎癥過程，所以PBMC可用作胃腸組織的替代品，用于評價可用于測定IBD的狀態或嚴重性的組織和疾病相關轉錄組。本發明涉及使用PBMC的至少一種"轉錄基因標簽(transcriptionalgenesignature)"(本文也稱為"基因標簽(genesignature)"、"表達才示簽(expressionsignature)"、"專爭錄纟且(transcriptome)"、"譜(profile)"或"基因譜(geneprofile)"),即PBMC相關的轉錄基因標簽，即PBMC表達鐠，來確定患者是否患有炎性腸病。本發明還涉及使用PBMC相關性轉錄組選擇性確定IBD患者是患克羅恩病還是患潰瘍性結腸炎。本發明基于PBMC相關的和IBD相關的(例如克羅恩病相關的和/或潰瘍性結腸炎相關的)轉錄組的發現。具體地說，本發明基于PBMC-和IBD-相關生物標記的鑒別，這些生物標記可基于其在IBD即克羅恩病和/或潰瘍性結腸炎的診斷、預后、監測和/或治療方面的用途而一皮分類為五組(I組、II組、III組、IV組和V組)。本文使用的術語"生物標記(biomarker)"、"基因分類器(geneclassifier)"或"PBMC-和IBD-相關生物標記(PBMC-和IBD-associatedbiomarker)"等包括與基本無IBD的受試者(例如健康受試者)相比在患有炎性腸病(即克羅恩病和/或潰瘍性結腸炎)的受試者的外周血單核細胞中的量被顯著調節(即上調或下調)的多核苷酸(即基因、轉錄物、EST等)或多肽分子。在某些實施方案中，本發明的PBMC-和IBD-相關生物標記包4舌I組生物標記(也稱為"共同生物標記")、II組生物標記(也稱為"克羅恩病相關生物標記"、"CD相關生物標記"、"CD特異性生物標記"或"CD生物標記")、III組生物標記(也稱為"潰瘍性結腸炎相關生物標記"、"UC相關生物標記"、"UC特異性生物標記"或"UC生物標記")、IV組生物標記(也稱為"CDvUC生物標記")和V組生物標記(也稱為"分類生物標記")的多核香酸、所述多核苷酸的對應基因產物及所述多核苷酸或基因產物的片段、同源物和同種型。本發明的PBMC-和IBD-相關生物標記可以是與基本無IBD的受試者的PBMC相比在CD患者的PBMC中和/或與基本無IBD的受試者的PBMC相比在UC患者的PBMC中一皮顯著調節(即上調或下調)的多核香酸、所述多核苷酸的對應基因產物及所述多核苦酸或基因產物的片段、同源物和同種型。在一個實施方案中，PBMC-和IBD-相關生物標記包含分類為I組共同生物標記的PBMC-和IBD-相關生物標記。本發明的PBMC-和IBD-相關生物標記還包括克羅恩病相關生物標記。本文使用的術語"克羅恩病相關生物標記"或"CD生物標記"包括與基本無IBD的受試者的PBMC中的情況相比在克羅恩病患者的外周血單核細胞中的量被顯著調節(即上調或下調)的多核苷酸、所述多核苷酸的對應基因產物及所述多核苦酸或基因產物的片段、同源物和同種型。另外，與基本無IBD的受試者的PBMC中的情況相比，CD生物標記在潰瘍性結腸炎患者的外周血單核細胞中未被顯著調節。在某些實施方案中，本發明的克羅恩病相關生物標記包括被分類為II組生物標記的PBMC-和IBD-相關生物標記，其中可發現某些亞組^皮分類在IV組和V組生物標記的列表中。本發明的PBMC-和IBD-相關生物標記還包括潰瘍性結腸炎相關生物標記。本文使用的術語"潰瘍性結腸炎相關生物標記"或"UC生物標記"包括與基本無IBD的受試者的PBMC相比在潰瘍性結腸炎病患者的外周血單核細胞中的量被顯著調節(即上調或下調)的多核苷酸、所述多核苷酸的對應基因產物及所述多核苷酸或基因產物的片段、同源物和同種型。另外，與基本無IBD的受試者的PBMC相比，UC生物標記在克羅恩病患者的外周血單核細胞中的量未被顯著調節。在某些實施方案中，本發明的潰瘍性結腸炎相關生物標記包括被分類為III組生物標記的PBMC-和IBD-相關生物標記，其中可發現某些亞組一皮分類在IV組和V組生物標記的列表中。本發明的PBMC-和IBD-相關生物標記包括CDvUC生物標記。本文使用的術語"CDvUC生物標記"包括與基本無IBD的受試者的PBMC相比在潰瘍性結腸炎或克羅恩病患者的外周血單核細胞中的量^f皮顯著調節(即上調或下調)的多核普酸、所述多核香酸的對應基因產物及所述多核苷酸或基因產物的片段、同源物和同種型，它們能區分從克羅恩病患者分離的外周血單核細胞和從潰瘍性結腸炎患者分離的外周血單核細胞。例如，與其在患有一種炎性腸病(例如克羅恩病)的受試者中的表達相比，CDvUC生物標記可在患有另一種炎性腸病(例如潰瘍性結腸炎)的受試者中纟皮顯著調節。或者，與患有一種炎性腸病(例如克羅恩病)的受試者相比，CDvUC生物標記可在患有另一種炎性腸病(例如潰瘍性結腸炎)的受試者中^f皮以相反方向調節。在某些實施方案中，區分性CDvUC生物標記包括IV組生物標記，其中可發現某些亞組:帔分類在V組生物標記的列表中。本發明的PBMC-和IBD-相關生物標記可分類為較小的CDvUC生物標記組，屬于分類生物標記組。本文使用的"分類生物標記組"包括一組可用于區分克羅恩病患者和潰瘍性結腸炎患者的多核苷酸、所述多核普酸的對應基因產物及所述多核普酸或基因產物的片段、同源物和同種型。在某些實施方案+,—組分類生物標記是一組分類為V組生物標記的生物標記。優選地，對于本發明的目的，被顯著調節(即上調或下調)的本發明PBMC-和IBD-相關生物標記的表達水平分別被增加或降低達異常程度，其中表達水平是異常的，例如超出健康受試者PBMC中的相同PBMC-和IBD-相關生物標記的標準偏差。更優選地，相對于健康受試者，顯著受調節的PBMC-和IBD-相關生物標記被上調或下調達至少異常的1.5、2、3或4倍改變或更高。作為I組、^組、m組、IV組和V組生物標記納入的PBMC-和IBD-相關生物標記的UniGene登錄號、名稱以及它們的調節方向(即上調或下調)分別列于下面的表1、表2、表3、表4和表5。表1.I組的PBMC-和IBD-相關生物標記；共同生物標記<table>tableseeoriginaldocumentpage18</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage19</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage20</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage21</column></row><table>這些PBMC-和IBD-生物標記的表達異常，例如與健康者相比在CD患者和UC患者的PBMC中均被顯著上調(T)或下調U)。表2:II組的PBMC-和IBD-相關生物標記；CD生物標記<table>tableseeoriginaldocumentpage21</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage22</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage23</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage24</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage25</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage26</column></row><table>s與健康者相t1在CD患者的二較，這些PBMC-和IBD-生物標記僅在UC患者的PBMC中(即不PBMC中)的表達異常，例如被顯著上調(T)或下調U)。表4.IV組的PBMC-和IBD-相關生物標記；CDvUC生物標記<table>tableseeoriginaldocumentpage26</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage27</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage28</column></row><table>表5:V組的PBMC-和IBD-相關生物標記；分類生物標記<table>tableseeoriginaldocumentpage28</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage29</column></row><table>本發明提供作為PBMC-和IBD-相關生物標記的分離的多核香酸和多肽。本發明的優選核普酸序列包括基因組、cDNA、mRNA、siRNA和化學合成的核苷酸序列。本發明的示例性PBMC-和IBD-相關生物標記列于表1-5。本發明包含列于表1-5的PBMC-和IBD-相關生物標記的多核苷酸序列。本發明的多核苷酸還包括在嚴格條件下與列于表1-5的PBMC-和IBD-相關生物標記的多核苦酸序列或其互補序列雜交和/或編碼保留列于表1-5的PBMC-和IBD-相關生物標記的基本生物活性(即活性片段)的多肽的多核苷酸。本發明的多核苷酸還包括列于表1-5的PBMC-和IBD-相關生物標記的多核苷酸序列的連續部分，這些連續部分包含至少21個連續核苷酸。本發明還包括列于表1-5的PBMC-和IBD-相關生物標記的多肽。本發明的多肽還包括列于表1-5的PBMC-和IBD-相關生物標記的多肽的連續部分，這些連續部分包含至少7個連續氨基酸。本發明的優選實施方案包含選自列于表1-5的那些生物標記的PBMC-和IBD-相關生物標記的任一種多肽的任意連續部分，此連續部分保留選定多肽的基本生物活性。本發明還包括僅由于眾所周知的遺傳密碼簡并性而與列于表1-5的PBMC-和IBD-相關生物標記的多核苷酸序列不同的多核苷酸分子，因此其編碼的蛋白與列于表1-5的PBMC-和IBD-相關生物標記編碼的蛋白相同。本發明包括的多核苷酸可用作雜交探針和引物，以鑒定和分離具有與公開的多核普酸的編碼序列相同或相似的序列的核酸。用于鑒定和分離核酸的雜交方法包括聚合酶鏈反應(PCR)、DNA雜交、原位雜交和RNA雜交，這些方法都是本領域技術人員眾所周知的。可在不同嚴格性的條件下進行雜交反應。雜交反應的嚴格性包括任意兩個核酸分子彼此雜交的難度。本發明還包括能夠在降低的嚴格性條件下、更優選在嚴格條件下以及最優選在高嚴格條件下與本文描述的多核苷酸雜交的多核苷酸。嚴格性條件的實例示于下表6:高嚴格條件是至少和例如條件A-F—樣嚴格的那些條件；嚴格條件是至少和例如條件G-L—樣嚴格的條件；降低的嚴格條件是至少和例如條件M-R—樣嚴格的條件。表6.嚴格條件<table>tableseeoriginaldocumentpage31</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage32</column></row><table>1:雜交長度是預期的雜交多核苷酸的雜交區的長度。當多核苷酸與未知序列的靶多核苷酸雜交時，雜交長度浮皮^假定為雜交多核苷酸的長度。當已知序列的多核苷酸雜交時，可通過比對多核苷酸序列并鑒定一個或多個最佳序列互補區而確定雜交長度。2:SSPE(lxSSPE是0.15MNaCl、10mMNaH2P04和1.25mMEDTA,pH7.4)在雜交和洗滌緩沖液中可替代SSC(lxSSC是0.15MNaCl和15mM檸檬酸鈉)，雜交完成后可進行15分鐘的漂洗。TB*-TR*:預計長度小于50個磁羞對的雜合體的雜交溫度應比雜合體的解鏈溫度(Tm)低5-10。C,其中Tm按照以下公式求出。對于長度小于18個堿基對的雜合體，Tm("C)-2(A+T堿基數)+4(G+C磁羞數)。對于長度介于18-49個4^對的雜合體，Tm(°C)=81.5+16.6(log10Na+)+0.41(%G+C)-(600/N),其中N是雜合體中的石絲數，Na+是雜交緩沖液中的鈉離子濃度(lxSSC中，Na+=0.165M)。多核苷酸雜交的嚴格條件的其它實例參見Sambrook,J.,E.F.Fritsch，和T.Maniatis,1989，MolecularCloning:ALaboratoryManual,ColdSpringHarborLaboratoryPress,ColdSpringHarbor,NY,第9和11章，以及CurrentProtocolsinMolecularBiology,1995,F.M.A誦bel等編輯，JohnWiley&Sons,Inc.,第2.10和6.3-6.4節，這些文獻在此引入作為參考。本發明的多核苷酸還可用作雜交探針和引物，以鑒定和分離同源多核苷酸，即具有的序列編碼本發明多肽和/或與所公開多肽同源的多肽的核酸。這些同源物是由與所^^開的多核苷酸和多肽的物種不同的物種分離的多核普酸和多肽，或者是在相同物種中的多核苷酸和多肽，但與所^Hf的多核苷酸和多肽具有顯著的序列相似性。優選地，多核苷酸同源物與所公開的多核普酸具有至少60%的序列同一性(更優選具有至少75%的同一性；最優選具有至少90%的同一性)，而多肽同源物與所公開的多肽具有至少30%的序列同一性(更優選具有至少45%的同一性；最優選具有至少60%的同一性)。優選地，所公開的多核香酸和多肽的同源物分離自哺乳動物物種，最優選分離自人。本發明的多核苷酸可用作雜交探針和引物，以鑒定和分離具有編碼列于表1_5的PBMC-和IBD-相關生物標記的多核普酸序列的等位基因變體的序列的DNA。等位基因變體是列于表1-5的PBMC-和IBD-相關生物標記的多核苷酸序列的天然可變形式，其編碼的多肽與列于表1-5的基因編碼的多肽相同或具有顯著相似性。優選地，等位基因變體與所公開的多核苷酸具有至少90%的序列同一性(更優選具有至少95%的同一性；最優選具有至少99%的同一性)。因此，除了列于表1-5的多核苷酸序列以外，本發明還包括列于表1-5的PBMC-和IBD-相關生物標記的同源物和等位基因變體。本發明的多核苷酸還可用作雜交探針和引物，以鑒定表達本發明的PBMC-和IBD-相關生物標記的多肽的細胞和組織以及它們表達的條件。另外，本發明的多核苷酸可用于改變(即調節(例如增強、減少或修飾))細胞或生物中對應于本發明的PBMC-和IBD-相關生物標記的基因的表達。這些對應基因是本發明的基因組DNA序列，它們經轉錄產生mRNA，由這些mRNA得到本發明的PBMC-和舊D-相關生物標記多肽。可通過使用各種抑制性多核苷酸，例如反義多核苦酸、結合和/或切割由本發明基因轉錄的mRNA的核酶、靶向基因調節區的形成三鏈體的寡核苷酸以及引起靶mRNA序列特異性降解的短干擾RNA，在細胞或生物中實現本發明包含的PBMC-和IBD-相關生物標記的改變的表達(例如Galderisi等，(1999)J.Ce〃.尸/z;wo/.181:251-57;Sioud(2001)C^r.A/o/.Me《1:575-88;Knauert和Glazer(2001)Mo/.10:2243-51;Bass(200)Atowre411:428-29)。本發明的抑制性反義多核苷酸或核酶多核苷酸可與本發明基因的完整編碼鏈互補，或僅與其一部分互補。或者，抑制性多核苦酸可與本發明基因編碼鏈的非編碼區互補。可使用本領域眾所周知的方法，使用化學合成和/或酶連接反應構建本發明的抑制性多核苷酸。可修飾化學合成的多核苷酸的核苷鍵，以增強其對抗核酸酶介導的降解的能力以及增加其序列特異性。這樣的鍵修飾包括但不限于硫代磷酸酯鍵、曱基膦酸酯鍵、氨基磷酸酯鍵、硼烷磷酸酯鍵、嗎啉代鍵和肽核酸(PNA)鍵(Galderisi等，出處同上；Heasman(2002)Dev.所o/.243:209-14;Mickelfield(2001)Cwr.C/2ew.8:1157-79)。或者，可使用本發明的多核苷酸已以反義(即反向)方向亞克隆入其中的表達載體用生物學方法生產反義分子。在又一個實施方案中，本發明的反義多核苷酸分子是ot-異頭多核苷酸分子。a-異頭多核苷酸分子與互補RNA形成特異性雙鏈雜合體，在所述互補RNA中，與通常的p單元相比，鏈彼此平行排列。根據本領域眾所周知的技術，反義多核苷酸分子還可以包含2'-0-甲基核糖核苷酸或嵌合RNA-DNA類似物。本發明包含的抑制性的形成三鏈體的寡核苷酸(TFO)以高特異性和親和性結合雙鏈DNA的大溝(Knauert和Glazer,出處同上)。可通過靶向與基因的調節區(即啟動子和/或增強子序列)互補的TFO，以形成防止基因轉錄的三螺旋結構，從而抑制本發明基因的表達。在本發明的一個實施方案中，本發明的抑制性多核苷酸是短的干擾RNA(siRNA)分子。這些siRNA分子是短的(優選19-25個核苷酸；更優選19或21個核苦酸)雙鏈RNA分子，引起耙mRNA的序列特異性降解。該降解^皮稱為RNA干擾(RNAi)(例如Bass(2001)Atowre411:428-29)。最初在低等生物中鑒別出的RNAi已成功地應用于哺乳動物細胞，最近還表明其在用把向FasmRNA的siRNA分子治療的小鼠中預防暴發性肝炎(Song等，(2003)Atowe9:347-51)。另外，最近已報道，鞘內傳遞的siRNA在兩個大鼠模型(激動劑誘導的疼痛^:莫型和神經病性疼痛片莫型)中阻斷疼痛反應(Dorn等，(2004)油c/e,H油/e5.32(5):e49)。可通過將兩個互補性單鏈RNA分子(其中一個匹配一部分靶mRNA)退火在一起(Fire等，美國專利第6,506,559號)，或通過使用在自身上折起來以產生需要的雙鏈部分的單發夾RNA分子(Yu等,(2002)尸roc.」cad5t/."&499:6047-52)，產生本發明的siRNA分子。siRNA分子可化學合成(Elbashir等，(2001)A^we411:494-98)，或使用單鏈DNA模板通過體外轉錄生產(Yu等，出處同上)。或者，可使用含有義和反義siRNA序列的表達載體，瞬時地(Yu等，出處同上；Sui等，(2002)Prac.Ato/.v4cad"&499:5515隱20)或穩定地(Paddison等，(2002)Prac.Ato/爿cat/.Sc/.WSL499:1443-48)用生物學方法生產siRNA分子。最近，使用表達被進一步加工成siRNA的發夾RNA的腺病毒載體證實了原代人體細胞中的靶mRNA水平以有效和序列特異性方式降低(Arts等，(2003)尺仏13:2325-32)。可基于本領域眾所周知的標準設計靶向本發明多核苷酸的siRNA分子(例如Elbashir等，(2001)五Affi(9丄20:6877-88)。例如，靶mRNA的目標節段應當以AA(優選的)、TA、GA或CA開始；siRNA分子的GC比率應為45-55%;siRNA分子應不包含成一排的3個相同核普酸；siRNA分子應不包含成一排的7個混雜的G/C;目標節段應不在靶mRNA的ORF區中，并應在起始ATG之后至少75bp和終止密碼子之前至少75bp。使用前述標準或其它已知標準(例如Reynolds等，(2004)M^.說Wec/朋/.22:326-30)，本領域普通技術人員可設計耙向本發明多核^酸的siRNA分子。還可通過創建本發明的多核苷酸已導入其基因組中的非人轉基因動物實現本發明的PBMC-和IBD-相關生物標記的基因在細胞或生物中的改變的表達。這樣的轉基因動物包括具有多個拷貝的本發明基因(即轉基因)的動物。組織特異性調節序列可有效連4妻至轉基因，以將本發明多肽的表達導向特定細胞或特定發育期。在另一個實施方案中，可生產轉基因非人動物，其包含允許轉基因表達受調節的選定系統。本領域已知的此系統的一個實例是噬菌體Pl的cm/Zo;c尸重組酶系統。經胚胎操作和微注射產生轉基因動物(尤其是小鼠之類的動物)的方法已變成常規的，在本領域眾所周知(例如Bockamp等,(2002)尸/2，,'o/.Ge"wmcs11:115-32)。在本發明的優選實施方案中，非人轉基因動物包含至少一種PBMC-和IBD-相關生物標記。還可通過創建其對應于本發明多核香酸的內源基因已通過插入外源多核苦酸序列而被破壞的動物(即敲除動物)，實現本發明的基因在細胞或生物中的改變的表達。內源基因的編碼區可被破壞，由此產生無功能蛋白。或者，內源基因的上游調節區可被破壞，或用不同調節元件替代，產生表達改變的仍有功能的蛋白。產生敲除動物的方法包括同源重組，在本領域眾所周知(例如Wolfer等，(2002)臉Mrayc/.25:336-40)。分離的PBMC-和IBD-相關生物標記多肽本發明的幾個方面涉及分離的PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白、其生物活性部分和多肽片段，它們適于用作產生抗PBMC-和IBD-相關生物標記抗體的免疫原。在一個實施方案中，可使用標準蛋白純化技術，通過適宜的純化流程由細胞或組織源分離出天然PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白。在另一個實施方案中，PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白通過重組DNA技術生產。作為對重組表達的替代，可使用標準肽合成技術化學合成PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白或多肽。可通過將列于表1-5的PBMC-和IBD-相關生物標記的多核苷酸序列有效連接至表達控制序列(例如pMT2和pED表達栽體)，重組生產列于表1-5中的PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白。重組蛋白的通用表達方法在本領域眾所周知。眾多細胞系可用作適于重組表達本發明的PBMC-和IBD-相關生物標記多肽的宿主細J包。哺乳動物宿主細^^包系包括例如COS細胞、CHO細胞、293T細胞、A431細胞、3T3細胞、CV-1細胞、HeLa細月包、L細胞、BHK21纟田胞、HL-60細胞、U937細胞、HaK細胞、Jurkat細胞、正常二倍體細胞以及來源于初生組織和原代組織塊的體外培養物的細胞抹。或者，有可能在諸如酵母的低等真核生物或原核生物中重組生產本發明的多肽。潛在適宜的酵母菌株包括釀酒酵母(Sacc/2an9mycescerev/w'ae)、粟酒裂歹直酵母(Sc/z/zc^occ/jarcwyces/70w6e)、克魯維酵母菌才朱(AT/w"era附少cesstrain)和假絲酵母菌抹(Ca"(&/astrain)。潛在適宜的纟田菌菌4朱包括大腸桿菌(i^c/^/7'c/2/0co//)、枯草芽孑包桿菌(^ac/〃ws仰/m7&)和鼠傷寒沙門氏菌(Sa/附cwe〃a(yp/j,7m^MW)。如果本發明的多肽用酵母或細菌來制備，則可能必須通過例如磷酸化或糖基化適宜的位點對其進行修飾，以便獲得功能性。這樣的共價連接可使用眾所周知的化學法或酶法來完成。在本發明的另一個實施方案中，還可通過將本發明的PBMC-和IBD-相關生物標記多核苷酸有效連4妻至在一個或多個昆蟲表達載體(例如桿狀病毒栽體)中的適宜控制序列，并使用昆蟲細胞表達系統，重組生產本發明的PBMC-和IBD-相關生物標記多肽。用于桿狀病毒/Sf9表達系統的材料與方法可以試劑盒形式購買(例如MAXBAC⑧試劑盒，Invitrogen,Carlsbad,CA)。在適宜的宿主細胞中重組表達后，接著可使用眾所周知的純化方法，例如凝膠過濾和離子交換層析，從培養基或細胞提取物純化出本發明多肽。純化還可包括采用已知結合本發明多肽的物質的親和層析。這些純化方法還可用于從天然來源純化本發明多肽。或者，本發明的PBMC，和IBD-相關生物標記多肽還可以有利于鑒定、純化和/或檢測的方式重組表達。例如，多肽可作為與麥芽糖結合蛋白(MBP)、谷胱甘肽-S-轉移酶(GST)或硫氧還蛋白(TRX)之類蛋白的融合體表達。用于表達和純化此融合蛋白的試劑盒可分別由NewEnglandBioLabs(Beverly,MA)、Pharmacia(Piscataway,NJ)和Invitrogen(Carlsbad,CA)商購。本發明多肽還可用小表位標記，隨后使用針對該表位的特異性抗體鑒定或純化。優選的表位是FLAG表位，可由EastmanKodak(NewHaven,CT)商購。信號序列可用于促進分泌性多肽或其它目標蛋白的分泌和分離。信號序列以疏水氨基酸核為典型特征，一般在分泌過程中以一個或多個切割事件由成熟蛋白上被切下來。此信號肽包含加工位點，這些加工位點允許在它們經過分泌途徑時將信號序列由成熟蛋白上切下來。因此，本發明涉及所述具有信號序列的多肽，以及信號序列已由其中被蛋白酶剪切的多肽(即切割產物)。在一個實施方案中，例如通常不是分泌型的蛋白或要不然難以分離的蛋白。信號序列引導蛋白分泌，例如由表達載體轉化入其中的真核宿主分泌，信號序列隨后或同時被切割。然后可容易地通過本領域公知的方法由胞外培養基純化蛋白。或者，可使用有利于純化的序列，例如具有GST結構域的序列，將信號序列連接至目標蛋白。本發明還包括本發明的PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白的變體，其起PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白的激動劑或拮抗劑的作用。在某些實施方案中，PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白的激動劑可保留天然形式的PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白的基本相同的生物活性，或其一部分生物活性，或者可增強PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白的活性。在某些實施方案中，PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白的拮抗劑可通過例如竟爭性調節PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白的活性抑制天然形式的PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白的一種或多種活性。因此，可通過用有限功能的變體處理激發特定生物學作用。在一個實施方案中，用具有天然形式蛋白的一部分生物活性的變體治療受試者相對于用天然形式的PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白治療對受試者的副作用較少。在另一個優選實施方案中，根據IBD治療需要特定目標PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白上調還是下調，某些調節劑可用作本發明的PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白的激動劑或拮抗劑。PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白的變體可通過誘變產生，例如PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白的不連續點突變或截短。或者，可通過篩選突變體組合文庫，例如篩選PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白的截短突變體的激動劑或拮抗劑活性，鑒定用作PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白激動劑或PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白拮抗劑的PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白變體。在一個實施方案中，PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白變體的多樣化文庫(variegatedlibrary)通過在多核苷酸水平組合誘變產生，并由多樣化的基因文庫編碼。在某些實施方案中，例如可使用這些蛋白作為本發明的治療性蛋白。可通過例如將合成寡核苷酸的混合物酶促連接入基因序列中，使得潛在PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白序列的簡并組可表達為單個多肽，或者表達為一組其中含PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白序列組的較大融合蛋白(例如用于噬菌體展示)，產生PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白變體的多樣性文庫。有多種方法可用于由簡并寡核苷酸序列產生潛在PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白變體的文庫。簡并基因序列的化學合成可在自動化DNA合成儀中進行，然后將合成基因連接入合適的表達載體中。簡并基因組的應用允許在一個混合物中提供編碼期望的潛在PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白序列組的所有序列。簡并寡核苷酸的合成方法是本領域已知的。，本發明的多肽還可通過已知的常規化學合成法生產。用于化學合成本發明多肽的方法是本領域技術人員眾所周知的。這樣的化學合成多肽可具有與天然的純化多肽相同的生物特性，因此可用作天然肽的生物活性替代物或免疫替代物。抗PBMC-和IBD-相關生物標記的抗體另一方面，本發明涉及對蛋白特異性的抗體，所述蛋白對應于本發明的PBMC-和IBD-相關生物標記，或由本發明的PBMC-和IBD-相關生物標記編碼。優選地，所述抗體是單克隆抗體，最優選地，所述抗體是人源化抗體，見下文。本發明的抗PBMC-和IBD-相關生物標記的抗體分子可(抗生物標記抗體)可通過本領i或:汰術人員眾所廚知的方法生產。例如，單克隆抗體可通過按照已知方法產生雜交瘤來生產。然后使用標準方法，例如酶聯免疫吸附測定(ELISA)，篩選以此方式形成的雜交瘤，以鑒定生產與本發明多肽特異性結合的抗體的一種或多種雜交瘤。本發明的全長多肽可用作免疫原，或者可使用多肽的抗原性肽片段。本發明多肽的抗原性肽包含至少7個連續氨基酸殘基，并包含表位，使得針對肽產生的抗體與多肽形成特異性免疫復合物。優選地，抗原性肽包含至少IO個氨基酸殘基，更優選包含至少15個氬基酸殘基，再更優選包含至少20個氨基酸殘基，最優選包含至少30個氨基酸殘基。作為制備分泌單克隆抗體的雜交瘤的替代，可通過用本發明的PBMC-和IBD-相關生物標記多肽篩選重組組合免疫球蛋白文庫(例如抗體噬菌體展示文庫)，鑒定和分離針對本發明的PBMC-和IBD-相關生物標記的單克隆抗體，由此分離出結合PBMC-和IBD-相關生物標記的免疫球蛋白文庫成員。用于產生和篩選噬菌體展示文庫的技術和商品化試劑盒是本領域技術人員眾所周知的，特別適用于產生和篩選抗體展示文庫的方法和試劑也是如此。可通過用本發明的多肽免疫適宜的受試者，生產多克隆血清和抗體。可利用標準技術，例如使用固定化生物標記蛋白的ELSIA，監測隨時間變化的已免疫受試者中的抗體效價。如果有需要，可由受試者或培養基分離出針對本發明多肽的抗體分子，并通過諸如A蛋白層析等眾所周知的技術進一步純化，以獲得IgG級分。另外，可使用標準重組DNA技術制備的重組抗生物標記抗體，例如含人和非人部分的嵌合人源化單鏈抗體，屬于本發明范圍。人源化抗體還可使用轉基因小鼠生產，所述轉基因小鼠無法表達內源免疫球蛋白重鏈和輕鏈基因，^f旦可表達人重鏈和輕鏈基因。或者，可使用稱為導向選擇的技術產生識別選定表位的人源化抗體。在該方法中，選定的非人單克隆抗體(例如鼠抗體)用于導向選擇識別同一表位的人源化抗體。'可通過本領域已知的重組DNA技術生產嵌合抗體，包括嵌合免疫球蛋白鏈。例如，用限制性酶消化編碼鼠(或其它物種)單克隆抗體分子的Fc恒定區的基因，以去除鼠Fc編碼區，并用編碼人Fc恒定區的基因的等同部分代替(參見PCT/US86/02269;EP184,187;EP171,496;EP173,494;WO86/01533;美國專利第4,816,567號；EP125,023;Better等，(1988)Sde"ce240:1041-43;Liu等，(1987)Ato/.84:3439-43;Liu等，(1987)丄/附ww加/.139:3521-26;Sun等，(1987)尸rac.Ato/.爿cad84:214-18;Nishimura等，(1987)O"c.ie義47:999-1005;Wood等，(1985)M似re314:446-49;和Shaw等，(1988)丄Ca"cw/"W.80:1553-59)。如果有需要，可通過本領域已知的方法對抗體或免疫球蛋白鏈進行人源化。可通過用人Fv可變區的等同序列代替不直接參與抗原結合的Fv可變區的序列，產生人源化抗體，包括人源化免疫球229:1202-07;Oi等，(1986)說。:Tec/im々w^4:214-21;和美國專利第5,585,089、5,693,761和5,693,762號，所有這些文獻均整體在此引入作為參考。這些方法包括從重鏈或輕鏈中的至少一種分離、操作和表達編碼全部或部分免疫;求蛋白Fv可變區的核酸序列。此核酸的來源是本領域技術人員眾所周知的，例如可由產生抗預定靶的抗體的雜交瘤獲得。然后可將編碼人源化抗體或其片段的重組DNA克隆入合適的表達載體中。人源化或CDR移植抗體分子或免疫球蛋白可通過CDR移植或CDR置換產生，其中免疫球蛋白鏈的l個、2個或全部CDR均可被替換。參見例如美國專利第5,225,539號；Jones等，(1986)A^w"321:522-25;Verhoeyan等，(1988)5We"ce239:1534-36;和Beidler等,(1988)/./wwwwo/.141:4053-60,所有這些文獻都整體在此引入作為參考。美國專利第5,225,539號描述了可用于制備本發明的人源化抗體的CDR移植方法(另參見GB2188638A)。特定人抗體的所有CDR都可用至少一部分非人CDR置換，或者僅一些CDR可用非人CDR置換。只有將人源化抗體與預定抗原結合所需數量的CDR置換才是必需的。已通過例如缺失、添加或置換抗體的其它部分如恒定區而修飾的單克隆抗體、嵌合抗體和人源化抗體，也屬于本發明的范圍。例如，抗體可如下修飾(i)缺失恒定區；(ii)恒定區被另一個恒定區置換，例如意欲增加抗體的半衰期、穩定性或親和性的恒定區，或來自另一物種或抗體類別的恒定區；和/或(iii)力務飾恒定區中的一個或多個氨基酸，以改變例如糖基化位點數、效應子細胞功能、Fc受體(FcR)結合、補體結合等。改變抗體恒定區的方法是本領域已知的。可通過用不同的殘基置換抗體恒定區部分中的至少一個氨基酸殘基，生產具有改變的功能的抗體(例如針對效應子配體(如細胞上的FcR)或補體的Cl組分的改變的親和性)(參見例如EP388,151Al、美國專利第5,624,821和5,648,260號，所有這些文獻都整體在此引入作為參考)。還可將相似類型的改變應用于鼠免疫球蛋白和其它物種的免疫球蛋白。例如，通過用在其側鏈上具有合適官能團的殘基置換特定殘基，或通過導入帶電官能團(例如谷氨酸或天冬氨酸)或芳香族非極性殘基(例如苯丙氨酸、酪氨酸、色氨酸或丙氨酸)，有可能改變抗體(例如IgG，例如人IgG)Fc區對FcR(例如FcyRl)或對Clq結合的親和性(參見例如美國專利第5,624,821號)。另外，可使用轉基因非人動物生產針對本發明的PBMC-和IBD-相關生物標記的人抗體，所述轉基因非人動物已被修飾，以便響應抗原攻擊產生全人抗體，而不是動物內源性抗體。參見例如PCT公布號WO94/02602。使編碼非人宿主中的重鏈和輕鏈免疫球蛋白鏈的內源基因失活，并將編碼人重鏈和輕鏈免疫球蛋白的活性基因座插入宿主基因組中。例如使用含必需的人DNA節段的酵母人工染色體摻入人基因。然后通過雜交育種含少于滿額修飾的中間轉基因動物獲得提供全部預期修飾的子代動物。此非人動物的一個實施方案是小鼠，稱為XENOMOUSE,其公開于PCT公布號WO96/33735和WO96/34096。該動物產生分泌全人免疫^求蛋白的B細胞。抗體可由用目標免疫原免疫后的動物直接獲得，作為例如多克隆抗體制備物，或者由來源于該動物的無限增殖化B細胞如產生單克隆抗體的雜交瘤獲得。另外，可回收并表達編碼具有人可變區的免疫球蛋白的基因，以直接獲得抗體，或者可進一步修飾，以獲得抗體類似物，例如單鏈Fv分子。本發明抗體的結合能力可通過以下方法檢測Biacore分析、酶聯免疫爽附測定(ELISA)、X射線晶體學、序列分析和掃描誘變以及本領域已知的其它方法。還可使用其它蛋白結合分子調節PBMC-和IBD-相關生物標記的活性。此蛋白結合分子包括小才莫塊化免疫藥物(SMIPTM)(TmbionPharmaceuticals,Seattle,WA)。SMIP是由關連結構(例如抗原、反受體等)的結合域、具有0-1個半胱氨酸殘基的鉸鏈區多肽和免疫球蛋白CH2和CH3結構域組成的單鏈多肽(另參見www.trubion.com)。SMIP及其使用和應用公開于例如美國已布專利申請號2003/0118592、2003/0133939、2004/0058445、2005/0136049、2005/0175614、2005/0180970、2005/0186216、2005/0202012、2005/0202023、2005/0202028、2005/0202534和2005/0238646及其相關同族專利成員，所有這些文獻都整體在此引入作為參考。可按照本領域眾所周知的方法，通過切割抗體產生抗生物標記抗體的片段。例如，可通過用諸如胃蛋白酶的酶處理抗體產生免疫活性的F(ab')和F(ab')2片段。本發明的抗生物才示記抗體還可用于分離、純化和/或檢測上清液、細胞裂解物中的或細胞表面上的PBMC-和IBD-相關生物標記多肽。在本發明中公開的抗體可診斷性地用于監測PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白的水平，作為臨床試驗程序的組成部分，或者用于本發明的治療藥，包括但不限于小分子，可與抗生物標記抗體連接，以便將治療藥靶向PBMC-和IBD-相關生物標記。PBMC-和IBD-相關生物標記的檢測本發明通過檢測受試者體內的PBMC-和IBD-相關生物標記的異常表達或活性水平，提供診斷、預后和監測由此PBMC-和舊D-羅恩病或潰瘍性結腸炎)進展的方法，包括但不限于將這些方法應用于人類受試者。例如，這些方法可通過使用預先包裝的診斷試劑盒來實施，所述診斷試劑盒包括至少一種以下成分PBMC-和IBD-相關生物標記多核苷酸及其片段、PBMC-和IBD-相關生物標記多肽及其衍生物、抗PBMC-和IBD-相關生物標記的抗體以及如本文所述的PBMC-和IBD-相關生物標記多核苷酸和/或多肽的調節劑，所述診斷試劑盒例如可在臨床環境中常規使用。另外，本領域技術人員應認識到，一種或多種PBMC-和IBD-相關生物標記的表達或活性水平的改變還可通過本文描述方法以外的眾所周知的方法進行檢測。本發明的診斷、預后和監測測定包括檢測和定量生物樣品中的PBMC-和IBD-相關生物標記基因產物。PBMC-和IBD-相關生物標記基因產物包括但不限于PBMC-和IBD-相關生物標記mRNA、cDNA和基因組DNA,以及PBMC-和IBD-相關生物標記多肽；這些基因產物可使用本領域技術人員眾所周知的方法進行檢測。例如，可使用基于雜交的測定，例如RNA雜交、原位雜交、斑點印跡和狹線印跡以及寡核苷酸陣列，直接檢測和定量PBMC-和IBD-相關生物標記的mRNA。基于雜交的測定是指其中探針核酸與靶核酸雜交的測定。在某些形式下，靶、探針或這二者是固定化的。固定化核酸可為DNA、RNA或其它寡核普酸或多核普酸，并可包含天然或非天然核苷酸、核苦酸類似物或主鏈。用于本發明的核酸探針序列的選擇方法基于PBMC-和IBD-相關生物標記的核酸序列，是本領域眾所周知的。或者，在檢測和定量前可擴增PBMC-和IBD-相關生物標記的mRNA。這類擴增型測定在本領域眾所周知，包括聚合酶鏈反應(PCR)、逆轉錄PCR(RT-PCR)、PCR-酶聯免疫吸附測定(PCR-ELISA)、連接酶鏈反應(LCR)、自動維持序列擴增、轉錄擴增系統、Q-(3復制酶或任意其它多核苷酸擴增方法。本領域技術人員可基于列于表1-5的PBMC-和IBD-相關生物標記的核酸序列，無需過多的實驗就可以容易地設計和生產用于生產和檢測擴增的PBMC-和IBD-相關生物標記基因產物的引物和探針。例如可通過凝膠電泳；通過與探針核酸雜交；通過測序；通過檢測熒光、磷光或放射性信號；或通過眾多眾所周知的方法中的任一種，直接分析擴增的PBMC-和IBD-相關基因產物。另外，本領域技術人員知曉用于增加通過靶核酸序列擴增產生的信號的方法。本領域技術人員會認識到，無論使用哪種擴增方法，如果期望定量PBMC-和IBD-相關基因產物，則都可使用本領域已知的眾多定量方法(例如定量PCR(Q-PCR);本文也稱為"實時PCR"、"定量實時PCR"、"定量實時逆轉錄酶聚合酶鏈反應"、"定量實時RT-PCR"等))。可使用眾多使用上述抗生物標記抗體的眾所周知的免疫學測定檢測本發明的PBMC-和IBD-相關生物標記多肽(或其片段)。免疫學測定是指利用特異性結合PBMC-和IBD-相關多肽(或其片段)的抗體(例如多克隆抗體、單克隆抗體、嵌合抗體、人源化抗體、scFv及其片段)的測定。適于本發明實施的這些眾所周知的免疫學測定包括ELISA、放免測定(RIA)、免疫沉淀、免疫熒光、熒光活化的細胞分選(FACS)和蛋白質印跡。另外，可用其在受試者體內的存在和定位可通過標準成像才支術一企測的》文射性生物標記來標記抗生物標記的抗體。每種PBMC-和IBD-相關生物標記均可獨立考察，但提供兩種或更多種PBMC-和IBD-相關生物標記的組合屬于本發明范圍，這些組合用于本發明方法和組合物，以增加分析的置信度。在一個實施方案中，本發明提供本發明的PBMC-和IBD-相關生物標記的多個組，例如模型。一組生物標記可包含2-5、5-15、15-35、35-50、50-100或100種以上的PBMC-和IBD-相關生物標記和/或基本上由其組成。在一個實施方案中，本發明的一組生物標記包含至少2種PBMC-和IBD-相關生物標記和/或基本上由其組成。在一個實施方案中，本發明的一組生物標記包含至少3種PBMC-和IBD-相關生物標記和/或基本上由其組成。在一個實施方案中，本發明的一組生物標記包含至少4種PBMC-和IBD-相關生物標i己和/或基本上由其組成。在一個實施方案中，本發明的一組生物標記包含至少5種PBMC-和IBD-相關生物標記和/或基本上由其組成。在一個實施方案中，本發明的一組生物標記包含至少6種PBMC-和IBD-相關生物標記和/或基本上由其組成。在一個實施方案中，本發明的一組生物標記包含至少7種PBMC-和IBD-相關生物標記和/或基本上由其組成。在一個實施方案中，本發明的一組生物標記包含至少8種PBMC-和IBD-相關生物標記和/或基本上由其組成。在一個實施方案中，本發明的一組生物標記包含至少9種PBMC-和IBD-相關生物標記和/或基本上由其組成。在一個實施方案中，本發明的一組生物標記包含至少10種PBMC-和IBD-相關生物標記和/或基本上由其組成。在一個實施方案中，本發明的一組生物標記包含至少11種PBMC-和IBD-相關生物標記和/或基本上由其組成。在一個實施方案中，本發明的一組生物標記包含至少12種PBMC-和IBD-相關生物標記和/或基本上由其組成。在另一個實施方案中，選擇多組PBMC-和IBD-相關生物標記，使得在任一組中的生物標記都有某些共同特征。例如，與基本無IBD的受試者的PBMC相比，第一組的生物標記在炎性腸病(即克羅恩病或潰瘍性結腸炎)患者的PBMC中的量或活性均可表現出至少1.5倍的增加。或者，與第一組相比，第二組的生物標記均可表現出差異調節。同樣，不同的生物標記組可由不同功能類別(即蛋白水解、信號轉導、轉錄等)或樣品(即血液、腎臟、脾臟、淋巴結、腦、腸、結腸、心臟、尿液等)的生物標記組成，或者可選擇不同的生物標記組，以代表炎性腸病(即克羅恩病或潰瘍性結腸炎)的不同階段。在一個優選實施方案中，本發明的各組生物標記包含血液(具體地說是PBMC)的生物標記。可通過選擇分類為I組生物標記的生物標記、分類為II組生物標記的生物標記、分類為III組生物標記的生物標記、分類為IV組生物標記的生物標記和/或分類為V組生物標記的生物標記作為一組生物標記，獲得本發明的PBMC-和IBD-相關生物標記組。還可通過由分類為I組、II組、IIIla、IV組和/或V組的生物標記獨立地選擇生物標記獲得各組生物標記。在一個優選實施方案中，一組生物標記包含分類為V組生物標"^己的PBMC-和IBD-相關生物標記組和/或基本上由其組成。技術人員還將認識到，本發明的一組生物標記可包含任意數量和任意組合的本發明PBMC-和IBD-相關生物標記、尤其是本發明的V組生物標記和/或基本上由其組成。例如，本發明的一組非限制性生物標記可包含免疫球蛋白重鏈恒定區yl和免疫球蛋白k恒定區PBMC-和IBD-相關生物標記和/或基本上由其組成。本發明的另一組非限制性生物標記可包含人28S核糖體RNA5'區、C型蛋白酪氨酸磷酸酶受體相關蛋白、H3組蛋白家族成員K、整聯蛋白(33(血小板糖蛋白IIIa,抗原CD61)和H2B組蛋白家族成員QPBMC-和IBD-相關生物標記和/或基本上由其組成。本發明的另一組非限制性生物標記可包含免疫球蛋白重鏈恒定區Yl、顆粒酶K、mutL同源物3、脂籠蛋白2、CXCL5、血清剝奪應答疇脂酰絲氨酸結合蛋白和H3組蛋白家力矣成員KPBMC-和IBD-相關生物標記和/或基本上由其組成。在一個實施方案中，在確定患者是否患有(l)克羅恩病或潰瘍性結腸炎形式的IBD，(2)克羅恩病，和/或(3)潰瘍性結腸炎方面，和/或在區分IBD患者是患有克羅恩病還是患有潰瘍性結腸炎方面，本發明的一組生物標記提供至少70%的精確度(更優選至少80%的精確度，最優選至少90%的精確度)。除了提供多組PBMC-和IBD-相關生物標記以外，還提供一組便利地偶聯到固體支持體的PBMC-和IBD-相關生物標記也屬于本發明范圍。例如，使用本領域眾所周知的方法，可將本發明的PBMC-和IBD-相關生物標記多核苷酸偶聯至陣列(例如用于雜交分析的生物芯片)、樹脂(例如可裝填入柱層析用柱子內的樹脂)或基質(例如用于RNA印跡分析的硝酸纖維素基質)。這些陣列的制備和使用方法，包括使用陣列和計算機可讀媒介(包含本發明的PBMC-和IBD-相關生物標記)和/或數據庫(例如關系數據庫)，在本領域眾所周知。通過提供此支持體，可^r測樣品中針對該組選定的各種PBMC-和IBD-相關生物標記的存在情況或活性的離散分析。例如，在陣列中，可使用本領域眾所周知的方法，將與一組PBMC-和IBD-相關生物標記的每個成員互補的多核苷酸獨立地連接至陣列上的不同已知位置上。該陣列例如可與由受試者血樣(優選PBMC樣品)提取的多核苷酸雜交。可檢測樣品的多核普酸與陣列在陣列上任意位置的雜交，因此可確定樣品中PBMC-和IBD-相關生物標記的存在情況或量。因此，不僅一組IBD生物標記的組織特異性可確定，而且其在組織中的表達水平也可確定。在一個優選實施方案中，使用基于生物芯片的陣列。同樣，可對與受試者的蛋白樣品雜交的不同多肽生物標記特異性的固定化抗體進行ELISA分析。在另一個實施方案中，使用報告核酸檢測本發明的一種或多種PBMC-和IBD-相關生物標記的表達。此^1告核酸可用于高通量篩選改變外周血單核細胞表達譜的物質。此才艮告分子測定的構建和使用是眾所周知的。例如，用于本發明的PBMC-和IBD-相關生物標記的轉錄調節的報告分子的構建一般需要PBMC-和IBD-相關生物標記的調節序列，典型地為啟動子。可通過眾多常規方法獲得啟動子。例如，基因組文庫可與由核酸編碼區組成的標記^1針雜交，以鑒定含啟動子序列的基因組文庫克隆。可以對分離的克隆進行測序，以鑒定編碼區上游的序列。另一種方法是使用退火至PBMC-和IBD-相關生物標記多核苷酸的編碼區5'端的引物的擴增反應。擴增模板例如可以是已與錨泡狀連接物(anchorbubbleadaptor)連接的限制性基因組核酸。為構建才艮告分子，可將選定的PBMC-和IBD-相關生物標記的啟動子與報告核酸有效連接，例如不使用選定的PBMC-和IBD-相關生物標記多核苷酸的可讀框。通過轉染方法將核酸構建物轉化入組織培養細胞如外周血單核細胞中，以產生4艮告細胞。可使用許多眾所周知的報告核酸。在一個實施方案中，才良告核酸是綠色熒光蛋白。在第二個實施方案中，報告分子是P-半乳糖苷酶。在其它實施方案中，報告核酸是堿性磷酸酶、(3-內酰胺酶、安光素酶、氯霉素乙酰轉移酶或本領域已知的其它^^告核酸。例如通過使用靶向同源重組可將報告核酸構建物保持在游離體上，或插入到染色體中。這些報告核酸的制備和使用方法眾所周知。采用I-V組生物標記的分析本領域技術人員會認識到，盡管本發明的PBMC-和IBD-相關生物標記可分類為5個不同組別，但每個單獨的生物標記均為本發明的PBMC-和IBD-相關生物標記。另外，技術人員會認識到，生物標記僅是為了表征目的而^f支分類為這些組別。例如，業已確定，I組的PBMC-和IBD-相關生物標記是在CD患者的PBMC中差異表達的生物標記，在UC患者的PBMC中也是如此。因此，這些共同生物標記被分類在一起，以通報它們可便利地一起用于篩選IBD治療用試驗化合物的測定，或者可一起用于診斷、預后和/或監測IBD，不管IBD是CD形式還是UC形式。技術人員還會認識到，分類為II組、III組、IV組和/或V組的PBMC-和IBD-相關生物標記也可用于篩選診斷、預后和/或監測IBD用的試驗化合物，不管IBD是CD形式還是UC形式。但是，要指出的是，II組生物標記，即包括在CD生物標記組中的生物標記，可能是在IBD為CD形式時用于篩選診斷、預后和/或監測IBD用的試^r化合物的方法的最佳組別。相比之下，III組生物標記，即包括在UC生物標記組中的生物標記，可能是在IBD為UC形式時用于篩選診斷、預后和/或監測IBD用的試驗化合物的方法的最佳組別。另外，IV組生物標記，即包括在CDvUC生物標記組中的生物標記，尤其是V組生物標記，即包括在分類生物標記組中的生物標記，可能是在區分CD患者和UC患者很重要時用于篩選診斷、預后和/或監測IBD用的試驗化合物的方法的最佳組別。篩選除了診斷、預后和監測IBD進展的方法以外，本發明的PBMC-和IBD-相關生物標記多核苦酸和多肽還可用于篩選測定，以鑒定能夠調節PBMC-和IBD-相關生物標記的活性并因此潛在地能夠抑制或緩解IBD(即克羅恩病或潰瘍性結腸炎)癥狀的藥物或藥物的先導化合物。這些篩選測定包括高通量篩選方法，在本領域眾所周知。例如，使診斷患有IBD或疑似患有IBD的受試者樣品或含PBMC-和IBD-相關生物標記(或天然的或重組的)的樣品可與多種試驗化合物(例如有機小分子、生物制劑)中的一種接觸，將各個處理樣品中的PBMC-和IBD-相關生物標記的表達或活性水平可與未處理樣品或"l妄觸不同試驗化合物的樣品中的PBMC-和IBD-相關生物標記的表達或活性水平相比較，以確定任一種試驗化合物是否提供l)至少一種PBMC-和IBD-相關生物標記的表達或活性水平顯著下降，由此指示至少一種PBMC-和IBD-相關生物標記的活性抑制劑，或2)至少一種PBMC-和IBD-相關生物標記的表達或活性水平顯著增加，由此指示增加至少一種PBMC-和IBD-相關生物標記活性的增強劑。在一個優選實施方案中，使用高通量篩選測定，例如由BIACORE(BiacoreInternationalAB,Uppsala,Sweden)提供的高通量篩選測定，或BRET(生物發光共振能量轉移)和FRET(熒光共振能量轉移)測定，以及ELISA和基于細胞的測定，對能夠調節至少一種PBMC-和IBD-相關生物標記活性的試-瞼化合物進行鑒定。另外，本發明還涉及一種篩選能夠調節PBMC-和舊D-相關生物標記與結合配偶體結合的試驗化合物的方法，該方法如下進行將試驗化合物、PBMC-和IBD-相關蛋白和結合配偶體相混合，并確定結合配偶體與PBMC-和IBD-相關蛋白是否發生結合，以及此結合如何受到試驗化合物的正調節或負調節。如上所述，能夠調節PBMC-和IBD-相關生物標記活性的調節劑可為眾多天然或合成化合物、生物分子、蛋白質、肽、寡肽、多糖、核苷酸或多核香酸中的任一種。試驗化合物可為例如小分子或生物制劑。如下所述，試驗化合物可由本領域眾所周知的眾多文庫來提供。本發明的試驗化合物可由任意可用來源獲得，包括天然和/或合成化合物的系統文庫。試驗化合物還可通過在本領域已知的組合文庫方法中的眾多方案中的任一種獲得，包括生物文庫、類肽文庫(具有肽的官能團但具有新的非肽主鏈的分子文庫，其抗酶降解，但仍保留生物活性；參見例如Zuckermann等，(1994)丄C/e附.37:2678-85);空間可尋址平行固相或液相文庫；需要重疊合法(deconvolution)的合成文庫法；"一珠一化合物"文庫法；以及4吏用親和層析選擇的合成文庫法。生物文庫和類肽文庫法限于肽文庫，而另外4種方法可應用于肽、非肽寡聚物或小分子化合物文庫(一般參見例如Lam(1997;M"tea"ce廠DrwgD仏12(外145-67)。診斷、預后和監測炎性腸病進展的方法"診斷的，，或"診斷，，指鑒別病理情況的存在或不存在。診斷方法包括如下檢測顯著受調節的(即異常的)PBMC-和IBD-相關生物標記的表達測定受試者(人或非人哺乳動物)生物樣品中的PBMC-和IBD-相關生物標記基因產物(例如mRNA、cDNA或多肽，包括其片段)的測試量，并比較測試量與PBMC-和IBD-相關生物標記基因產物的正常量或范圍(即已知未患IBD的個體的量或范圍)。在一個實施方案中，比較兩個樣品中的PBMC-和IBD-相關生物標記的水平，測試樣品中的一種或多種PBMC-和IBD-相關生物標記的異常表達說明患有IBD。在其它實施方案中，2、3、4或更多種生物標記的異常表達說明病例患有嚴重IBD。在另一個實施方案中，一種或多種生物標記的異常表達說明有患有IBD的可能性，2、3、4或更多種生物標記的異常表達指示患有IBD的可能性增加。另一方面，本發明提供其量或活性與IBD的不同表現或嚴重性或類型相關聯的生物標記。例如，如所示，表5中的PBMC-和IBD-相關生物標記的異常表達可能與克羅恩病或潰瘍性結腸炎的"^斷結果相關^:。還可者是否具有匹配的表達譜。盡管具體的診斷方法可能不提供明確的IBD診斷結果，但如果該方法提供有助于診斷的陽性指示就足夠了。本發明還提供通過4全測至少一種PBMC-和IBD-相關生物標記的異常表達或活性水平預后IBD的方法。"預后的"或"預后"指預測病理情況的可能發展和/或嚴重性。預后方法包括測定受試者生物樣品中至少一種PBMC-和IBD-相關生物標記基因產物的測試量，并比較測試量與PBMC-和IBD-相關生物標記基因產物的預后量或范圍(即IBD嚴重性改變的個體的量或范圍)。測試樣品中PBMC-和IBD-相關生物標記的各種量與IBD即克羅恩病和/或潰瘍性結腸炎的某些預后相一致。以特定預后水平檢測PBMC-和IBD-相關生物標記基因產物的量為受試者提供了預后。在本發明的一個涉及IBD(或特定形式的IBD)的實施方案中，一種或多種PBMC-和IBD-相關生物標記的表達或活性被顯著上調通常與異常增加相關聯。在另一個涉及IBD(或特定形式的IBD)的實施方案中，一種或多種PBMC-和IBD-相關生物標記的表達或活性被顯著下調通常與異常降低相關聯。另外，本文所述的預后測定可用于確定受試者是否可施用治療或預防與異常PBMC-和IBD-相關生物標記表達或活性相關的IBD的治療藥或預防藥(例如激動劑、拮抗劑、肽模擬物、蛋白質、肽、多核香酸、小分子或其它候選藥物)。因此，調節PBMC-和IBD-相關生物標記如PAI-2至正常水平(例如類似于或基本類似于基本無IBD的組織的水平)可使IBD得以改善。關于胃腸病學領域，可設計預后測定，以確定經歷此疾病治療的受試者是否對長期存活或疾病進展具有不良前景。在一個優選實施方案中，可在診斷后立即(即幾天內)確定預后。通過建立IBD或特定形式的IBD(例如克羅恩病或潰瘍性結腸炎)由發作至急性疾病的不同階段的表達譜，可呈現出一種將特定表達譜與預后不良增加的可能性相關聯的表達譜。然后預后可用于設計更加積極的治療程序，以避免慢性IBD以及提高長期存活和保持良好狀態的可能性。在本發明的一個優選實施方案中，對生物樣品使用公開的分子和方法，以檢測PBMC-和IBD-相關生物標記基因中一種或多種^^知將導致PBMC-和IBD-相關生物標記異常表達的遺傳改變的存在情況。此^r測可用于確定IBD的嚴重性，或預后歸因于PBMC-和IBD-相關生物標記的表達或活性受調節的IBD潛力。在又一個具體實施方案中，一個或多個遺傳改變與受試者對IBD的預后或易感性相關聯。可通過本領;或眾所周知的方法鑒別樣品中PBMC-和IBD-相關生物標記基因的遺傳改變，包括但不限于測序反應、電泳遷移率測定和寡核苷酸雜交。本發明還提供通過監測PBMC-和IBD-相關生物標記的表達或活性來監測IBD即克羅恩病和/或潰瘍性結腸炎的進展或病程的方法。監測方法包括測定笫一次和第二次從受試者取出的生物樣品中的PBMC-和IBD-相關生物標記基因產物的測試量，并比較這些量。第一次和第二次之間PBMC-和IBD-相關生物標記的量的一個或多個改變指示IBD病程的改變。這些監測實驗還可用于評價特定治療干預對患者的功效(例如在臨床實驗當中)，即評價響應本文提供的治療藥的PBMC-和IBD-相關生物標記的調節作用。要認識到的是，本發明的測定方法不一定需要檢測PBMC-和IBD-相關生物標記基因產物的絕對值，因為相對值對這些方法的許多應用來說足矣。還要認識到的是，除了PBMC-和IBD-相關生物標記基因產物的量或豐度以外，可通過與正常基因產物和表達譜比較鑒別改變的或異常的PBMC-和IBD-相關生物標記基因產物或其表ii^莫式(例如突變轉錄物、截短的多肽)。治療方法
技術領域：
：本發明提供治療受試者的預防和治療方法，所述受試者對IBD即克羅恩病和/或潰瘍性結腸炎有風險、易感或已確診。例如可通過本文描述的任一種診斷或預后測定或其組合鑒別對IBD有風險、易感或已確診的受試者，所述IBD由異常的PBMC-和IBD-相關生物標記表達或活性引起或誘發。在一個方面，通過給予受試者調節PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白表達或活性的PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白或調節劑，本發明提供預防受試者的與異常的PBMC-和IBD-相關生物標記表達或活性相關的IBD的預防方法。在表現出以差異化PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白表達為特征的癥狀之前，可給予預防藥，使得IBD被預防，或者任選延遲其發展。本發明的另一方面涉及為治療目的而調節PBMC-和IBD-相關生物標記的表達或活性水平的治療方法。因此，在示例性實施方案中，本發明的該調節方法包括使細胞(例如PBMC)與調節PBMC-和IBD-相關生物標記的表達水平或一種或多種活性的調節劑接觸。PBMC-和IBD-相關生物標記的表達或活性水平的調節劑，即至少一種PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑，可為本文所述的調節劑，例如PBMC-和IBD-相關生物標記多核苷酸(包括相關的PBMC-和IBD-相關性生物標記多核苦酸(例如抑制性多核苷酸))、PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白、'PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白的天然耙分子(例如PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白底物)、抗生物標記抗體、PBMC-和IBD-相關生物標記激動劑、PBMC-和IBD-相關生物標記拮抗劑或其它小分子。合適的調節劑可基于本文描述的篩選測定確定。這些調節方法可在體外進行(例如通過在調節劑存在下培養PBMC)，或者在體內進行(例如通過將調節劑給予受試者)。在一個實施方案中，所述方法包括給予作為治療藥的PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白或多核普酸分子或PBMC-和IBD-相關激動劑，以代償顯著減少或異常的PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白表達或活性。在其中PBMC-和IBD-相關生物標記蛋白沖皮顯著下調和/或其中增加的PBMC-和IBD-相關生物標記活性可能具有有益效果的情況下，刺激或上調PBMC-和IBD-相關生物標記活性合乎需要。在另一個實施方案中，所述方法包括給予作為治療藥的抑制性多核苷酸或多肽，以代償顯著增加或異常的PBMC-和IBD-相關生物標記表達或活性。在其中PBMC-和IBD-相關生物標記表達或活性被顯著上調和/或其中降低的PBMC-和IBD-相關生物標記活性可能具有有益效果的情況下，抑制或下調PBMC-和IBD-相關生物標記活性合乎需要。〖0107]設想過的幾種確定是否給予至少一種PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑的藥物基因組學方法是本領域技術人員眾所周知的，包括全基因組關聯、候選基因法和基因表達譜分析。本發明的藥物組合物配制得與其預期給藥途徑相適合(例如口服組合物一般包括惰性稀釋劑或可食用載體)。給藥途徑的其它非限制性實例包括胃腸外(例如靜脈內、皮下、肌內)、口服(例如吸入)、直腸、經皮(局部)和經粘膜給藥。與各個預期途徑相適合的藥物組合物是本領域周知的。至少一種PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑在與藥學上可接受的載體混合時可用作藥物組合物。除了至少一種PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑和載體以外，此組合物還可包含各種稀釋劑、填充劑、鹽、緩沖劑、穩定劑、增溶劑和本領域眾所周知的其它物質。術語"藥學上可接受的"是指不千擾活性成分的生物活性的有效性的無毒物質。載體的特征:取決于給藥途徑。本發明的藥物組合物還可包含細胞因子、淋巴因子或其它造血因子，例如M-CSF、GM-CSF、IL-1、IL-2、IL-3、IL畫4、IL-5、IL-6、IL國7、IL-8、IL-9、IL-IO、IL-ll、IL-12、IL-14、IL-15、G-CSF、干細胞因子和促紅細胞生成素。藥物組合物還可包括抗細胞因子抗體、溶血栓或抗血栓因子(例如纖溶酶原激活物和vm因子)和/或其它抗炎藥物。這些額外的因子和/或調節劑可包括在藥物組合物中，以與至少一種PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑產生協同作用，或者使調節劑的副作用最小化。另夕卜，本發明的組合物還可包括(除了本發明的至少一種PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑以外)用于治療IBD的已知藥物，例如柳氮磺吡啶、5-ASA、類固醇等。相比之下，至少一種PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑可包括在特定細胞因子、淋巴因子、其它造血因子、溶血栓或抗血栓因子或抗炎藥物的制劑中，致使細胞因子、淋巴因子、其它造血因子、溶血栓或抗血栓因子或抗炎藥物的副作用最小化。本發明的藥物組合物可為脂質體形式，其中除了其它藥學上可接受的載體以外，至少一種PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑還可與諸如脂質的兩親物質混合，這些兩親物質以在水性溶液中的膠束、不溶性單層、液晶或薄片層的聚集形式存在。適用于脂質體制劑的脂質包括但不限于甘油單酯、甘油二酯、硫腦苷脂、溶血印磷脂、磷脂、皂苦、膽汁酸等。這類脂質體制劑的制備是本領域技術人員眾所周知的。本文使用的術語"治療有效量，，是指藥物組合物或方法中足以顯示出有意義的患者利益(例如改善IBD相關疾病的癥狀、治愈IBD相關疾病或增加IBD相關疾病的治愈率等)的各活性成分的總量。當各活性成分單用時，該術語是指該單獨的成分。當各活性成分聯用時，該術語是指產生療效的活性成分的聯合用量，無論是聯合用藥、序貫用藥還是同時用藥。在實施本發明的治療或使用方法時，將治療有效量的至少一種PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑給予受試者，例如哺乳動物(例如人)。給予調節劑，可按照本發明方法單用或與其它療法聯用，所述其它療法例如為使用細胞因子、淋巴因子或其它造血因子或抗炎藥物的治療。當與一種或多種藥物共同給予時，至少一種PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑可與其它藥物同時或序貫地用藥。如果序貫用藥，則主治醫師將決定按適宜次序給予例如至少一種PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑以及至少一種PBMC-和IBD-相關生物標記的其它調節劑或其它調節劑。在一個實施方案中，本發明的至少一種PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑，例如其藥物組合物，以聯合療法施用，即與其它調節劑組合，例如可用于治療病理疾病或障礙(例如免疫和/或炎性疾病)的治療藥。本文中的術語"聯用"是指或同時或序貫地基本同時給予調節劑。如果序貫用藥，則在開始給予第二種化合物時，優選在治療部位或對受試者仍可檢測到有效濃度的兩種化合物中的第一種。聯合治療聯合治療可包括例如與至少一種額外治療藥共同配制和/或共同用藥的PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑。額外調節劑可包括如在下文中更詳細描述的至少一種細胞因子抑制劑、生長因子抑制劑、免疫抑制劑、抗炎劑、代謝抑制劑、酶抑制劑、細胞毒性劑或細胞抑制劑。這些聯合療法可有利地利用較低劑量的施用治療藥，由此避免了與各種單一療法相關的可能毒性或并發癥。而且，本文公開的治療藥作用于與IBD傷害途徑不同的途徑，因此預期其增強和/或增效至少一種PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑的作用。與PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑聯用的治療藥可為在不同階段干擾炎癥反應的那些藥物。在一個實施方案中，本文所述的至少一種PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑可與至少一種細胞因子和/或生長因子拮抗劑共同配制和/或共同用藥。細胞因子和/或生長因子拮抗劑可包括可溶性受體、肽抑制劑、小分子、配體融合物、抗體(其結合細胞因子或生長因子或其受體或其它細胞表面分子)和"抗炎細胞因子"及其激動劑。可與本文描述的PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑聯:用的藥物的非限制性實例包括但不限于至少一種白介素(例如IL-1、IL-2、IL-6、IL-7、IL畫8、IL-12、IL-13、IL-15、IL-16、IL畫17、IL-18、IL-21和IL-22)、細胞因子(例如TNFa、LT、EMAP-II和GM-CSF)或生長因子(例如FGF和PDGF)的拮抗劑。所述藥物還可包括^f旦不限于白介素、細胞因子和生長因子的至少一種受體的拮抗劑。PBMC-和聯用，所述細胞表面分子例如為CD2、CD3、CD4、CD8、CD20(例如CD20抑制劑利妥昔單抗(RITUXAN⑧)、CD25、CD28、CD30、CD40、CD45、CD69、CD80(B7.1)、CD86(B7.2)、CD90或其配體，包括CD154(即39或CD40L，或LFA-1/ICAM-1和VLA-4/VCAM-l(Yusuf-Makagiansar等，(2002)MedAev.22:146-67)。可與本文描述的PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑聯用的其它化合物可包括IL-1、IL-12、TNFoc、IL-15、IL國17、IL-18、IL-21和IL-22受體的拮杬劑。可與PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑一起用于聯合療法的藥物實例包括IL-12拮抗劑(例如結合IL-12的抗體(參見例如WO00/56772))、IL-12受體抑制劑(例如抗IL-12受體的抗體)和可溶性IL-12受體及其片段。IL-15拮抗劑的實例包括抗IL-15或其受體的抗體、IL-15受體的可溶性片段和IL-15結合蛋白。IL-18拮抗劑的實例包括抗IL-18的抗體、IL-18受體的可溶性片段和IL-18結合蛋白(IL畫18BP,Mallat等，(2001)CV>c.i仏89:E41-45)。IL-1拮抗劑的實例包括白介素-l-轉化酶(ICE)抑制劑(例如Vx740)、IL-1拮抗劑(例如IL-IRA(阿那白滯素(KINERETtm),Amgen))、sIL-lRII(Immimex)和抗IL-1受體抗體。TNF拮抗劑的實例包括抗TNF(例如人TNFa)的抗體，例如D2E7(人抗-TNFa抗體，美國專利第6,258,562號，HUMIRA,AbbottLabs)、CDP-571/CDP-870/BAY-10-3356(人源化抗TNFa抗體，Celltech/Pharaiacia)、cA2(嵌合抗TNFot抗體，REMICADE,Centocor)和抗TNF抗體片段(例如CPD870)。其它實例包括可溶性TNF受體(例如人p55或p75)片段和衍生物，例如p55kDTNFR-IgG(55kDTNF受體畫IgG融合蛋白，LENERCEPTtm)和75kdTNFR-IgG(75kDTNF受體-IgG融合蛋白，ENBREL(依那西普-Immunex))。參見例如vanderPoll等，(1997)89:3727-34;Mori等，(1996)/www"o/.157:3178-82。其它實例包括酶拮抗劑(例如TNFot轉化酶抑制劑(TACE)，例如a-石黃酰基異羥月虧酸衍生物(WO0V55112)或N-羥基曱酰胺抑制劑(GW3333,-005或-022,GlaxoSm他Kline)和TNF-bp/s-TNFR(可溶性TNF結合蛋白，參見例如Lantz等，(1991)J.C//"./"veW.88:2026-31;Kapadia等，(1995)爿mer./.尸/",W.T/eaWOc.尸/>^.268:H517-25)。TNF拮抗劑可以是可溶性TNF受體(例如人p55或p75)片段和衍生物，例如75kdTNFR-IgG和TNFoc轉化酶(TACE)抑制劑。在其它實施方案中，本文所述的PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑可與至少一種以下藥物聯合用藥IL-13拮抗劑，例如可溶性IL-13受體和/或抗IL-13抗體；和IL-2拮抗劑，例如IL-2融合蛋白(例如由Seragen制備的DAB486-IL-2和/或DAB389-IL-2，參見例如Sewell等，(1993)^W/^,toT^eww.36:1223-33)和抗IL-2R抗體(例如抗Tac-H人源化抗體，ProteinDesignLabs,參見Junghans等，(1990)07"cw尺仏50:1495-502)。另一種組合包括PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑與非清除性抗CD4抑制劑如IDEC-CE9.1/SB210396(抗CD4抗體，GlaxoSm池Kline)的組合。再其它組合包含PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑與CD80(B7.1)和CD86(B7.2)共刺激途徑拮抗劑(例如抗體、可溶性受體或拮抗性配體)、P-選擇素糖蛋白配體(PSGL)、PSGL-1抑制劑(例如抗PSGL和/或PSGL-1的抗體和小分子抑制劑)、T細胞和B細胞清除劑(例如抗CD4或抗CD22抗體)和抗炎細胞因子及其激動劑(例如抗體)。抗炎細胞因子可包括IL-4(例如Schering-PloughBiopharma)、IL-10(例如SCH52000,重組IL-10,Schering-PloughBiopharma)、IL-ll、IL-13和TGF(3或其激動劑(例如激動劑抗體)。在其它實施方案中，至少一種PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑可與至少一種抗炎藥、免疫抑制劑、代謝抑制劑和酶抑制劑共配制和/或共給予。可與本文所述的PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑聯合使用的藥物或抑制劑的非限制性實例包括但不限于至少一種以下藥物非甾體抗炎藥(NSA1D)(包括但不限于阿司匹林、雙水楊酯、雙氟尼柳、布洛芬、酮洛芬、萘丁美酮、吡羅昔康、萘普生、雙氯芬酸、吲哚美辛、舒林酸、托美丁、依托度酸、酮咯酸、奧沙普溱、替尼達普、美洛昔康、吡羅昔康、醋氯芬酸、托美丁、噻洛芬酸、尼美舒利等)、柳氮磺吡啶、皮質類固醇(例如潑尼松龍)、細胞因子抑制性抗炎藥(CSAID)、核苷酸生物合成抑制劑(例如噤呤生物合成抑制劑(例如葉酸拮抗劑，例如曱氨蝶呤))和嘧啶生物合成抑制劑，例如二氫乳清酸脫氫酶(DHODH)抑制劑，例如來氟米特(參見例如Kraan等,(2004)/4朋.W/2eww.63:1056-61)。用于與至少一種PBMC-和IBD畫相關生物標記的調節劑聯用的治療藥可包括一種或多種NSAID、CSAID、DHODH抑制劑(例如來氟米特)和葉酸拮抗劑(例如曱氨蝶呤)。可與PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑聯用的其它調節劑的實例包括至少一種以下藥物皮質類固醇(口服、吸入和局部注射)；免疫抑制藥(例如環孢菌素和他克莫司(FK-506));mTOR抑制劑(例如西羅莫司(雷帕霉素)或雷帕霉素類似物和/或衍生物，例如雷帕霉素酯衍生物，例如CCI-779(參見例如Elit(2002)0/〃.(9戸力./we幼g.1>喂3:1249-53;Huang等，(2002)C鮮.(9—./"v她'g./>卿3:295-304));干擾促炎細胞因子(例如TNFa和IL-l)信號轉導的藥物(例如IRAK、NIK、IKK、p38或MAP激酶抑制劑)；TPL-2、Mk-2和NFKb抑制劑；C0X-2抑制劑(例如塞來考昔、羅非考昔等及其變體)；磷酸二酯酶抑制劑(例如咯利普蘭)；磷脂酶抑制劑(例如胞質磷脂酶2(cPLA2)抑制劑，例如三氟曱酮類似物(美國專利第6,350,892號))；血管內皮細胞生長因子(VEGF)抑制劑；VEGF受體抑制劑；血管生成抑制劑；RAGE和可溶性RAGE;雌激素受體(3(ERB)激動劑、ERB-NFicb拮抗劑；干擾素-p(例如IFNp-la和IFNP-lb);克帕松(c叩axone);和皮質類固醇。可與一種或多種PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑聯用的其它有用治療藥包括布地奈德(budenoside);表皮生長因子；氨基水楊酸鹽；6-巰基噤呤；硫唑嘌呤；甲硝唑；脂氧合酶抑制劑；美沙拉秦；奧沙拉秦；巴柳氮；抗氧化劑；血栓烷抑制劑；生長因子；彈性蛋白酶抑制劑；吡啶-咪唑化合物；葡糖普酸或葡聚糖-綴合的潑尼松龍、地塞米松或布地奈德的前體藥物；ICAM-1反義硫代磷酸酯寡聚脫氧核苷酸(ISIS2302;IsisPharmaceuticals,Inc.);可溶性補體受體1(TP10;TCellSciences,Inc.);緩釋型美沙拉秦；血小板活化因子(PAF)拮抗劑；環丙沙星；利多卡因；環孢菌素A;羥氯奮(PLAQUENIL);米諾環素(MINOCINTM);和阿那白滯素(KINERETTM)。選擇用于與本發明的PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑聯用的具體治療藥將很大程度上取決于諸如具體受試者、所需靶標和所選治療時間等因素。這些決定完全屬于本領域技術人員的技術和知識范圍。可與PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑聯用的治療藥的其它實例包括一種或多種以下藥物6-琉基嘌呤(6-MP)、石危唑嘌呤、柳氮磺吡啶、美沙拉秦、奧沙拉秦、氯喹、羥氯喹(PLAQUENIL⑧)、青霉胺；金硫丁鹽(aurothioraalate)(肌內和口服)、硫唑。票呤、秋水仙堿(colchicine)、p_2腎上腺素受體激動劑(沙丁胺醇、特布他林、沙美特羅(salmeteral))、黃噪呤(茶堿、氨茶堿)、色甘酸鹽、奈多羅米、酮替芬、異丙阿托銨和氧托銨、麥考酚酸嗎乙酯、腺苷激動劑、抗血栓藥、補體抑制劑和腎上腺素能藥。在一個實施方案中，PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑可與一種或多種抗體聯用，所述抗體針對參與調節免疫應答的其它靶標。可與本發明的PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑聯合用于治療或預防免疫應答的藥物的非限制性實例包括以下藥物針對其它細胞表面分子的抗體，包括^旦不限于CD25(IL-2受體-a)、CDlla(LFA-1)、CD54(ICAM-1)、CD4、CD45、CD28、CTLA4、ICOSL、ICOS、CD80(B7.1)和/或CD86(B7.2)。在又一個實施方案中，PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑與一種或多種通用免疫抑制劑聯用，例如環孢菌素A或FK506。在另一個實施方案中，PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑與CTLA4激動劑聯用，例如CTLA4Ig-阿巴西普(abatacept,ORENCIA吸)。將本發明的藥物組合物配制成與其預定給藥途徑相適合。實現給藥的方法是本領域普通技術人員已知的。還有可能獲得可局部或口服給藥的組合物，或能夠透過粘膜遞送的組合物。在用于實施本發明方法的藥物組合物中使用的本發明調節劑的給藥可以多種常規方式進行，例如口服攝取法、吸入法、皮膚用藥法、皮下用藥法、靜脈內注射法、直腸灌腸法、栓劑插入法等等。用于皮內或皮下應用的溶液劑或混懸液通常包括一種或多種以下組分無菌稀釋劑，例如注射用水、鹽水溶液、不揮發性油、聚乙二醇、甘油、丙二醇或其它合成溶劑；抗細菌劑，例如苯甲醇或對羥苯甲酸甲酯；抗氧化劑，例如抗壞血酸或亞硫酸氫鈉；螯合劑，例如乙二胺四乙酸；緩沖劑，例如乙酸鹽、梓檬酸鹽或磷酸鹽；和張力調節劑，例如氯化鈉或葡萄糖。pH可用酸或堿調節，例如鹽酸或氫氧化鈉。這些制劑可封裝入由玻璃或塑料制成的安瓿、一次性注射器或多劑量小并瓦中。適于注射的藥物組合物包括無菌水性溶液劑或分散液和用于臨用時配制成無菌注射液或分散液的無菌粉針劑。對于靜脈內給藥，適宜的載體包括生理鹽水、抑菌水、CREMAPHOREEL(BASF,Parsippany,NJ)或磷酸緩沖鹽溶液(PBS)。在所有情況下，組合物必須無菌，并應流體化到具有易注射性的程度，在生產和儲藏條件下必須是穩定的，必須防腐，以對抗諸如細菌和真菌等微生物的污染作用。載體可為含例如水、乙醇、多元醇(例如甘油、丙二醇和液體聚乙二醇等)及其適宜的混合物的溶劑或分散介質。通過使用諸如卵磷脂的包衣材料、就分散液而言通過保持需要的粒度以及通過使用表面活性劑，可保持適當的流動性。可通過各種抗細菌劑和抗真菌劑，例如對羥基苯曱酸酯、三氯叔丁醇、苯酚、抗壞血酸、硫柳汞等，實現對微生物作用的預防。在許多情況下，優選在組合物中包含等滲劑，例如糖、多元醇(例如甘露醇、山梨醇)和氯化鈉。組合物中包括延遲吸收的試劑(例如一硬脂酸鋁和明膠)可得到延長注射用組合物的吸收。當口服^^予治療有效量的至少一種PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑時，粘合劑為片劑、膠嚢劑、粉劑、溶液劑或酏劑形式。當以片劑形式給藥時，本發明的藥物組合物另外還可包含固體載體，例如明膠或輔劑。片劑、膠嚢劑和粉劑包含約5-95%的粘合劑，優選包含約25-90%的粘合劑。當以液體形式給藥時，可加入液體載體，例如水、石油、動物或植物源的油(例如花生油(但要謹記群體中花生變態反應的頻率))、礦物油、大豆油或芝麻油或合成油。液體形式的藥物組合物還可包含生理鹽水溶液、葡萄糖或其它糖溶液，或二元醇，例如乙二醇、丙二醇或聚乙二醇。當以液體形式給藥時，藥物組合物包含約0.5-90%(重量)的粘合劑，優選包含約1-50%(重量)的粘合劑。當通過靜脈內、皮膚、皮下注射給予治療有效量的至少一種PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑時，調節劑為無熱源形式的胃腸外可接受水性溶液劑。此胃腸外可接受蛋白溶液的制劑對pH、等滲性、穩定性等有關要求，該制劑屬于本領域技術人員的知識范圍。除了至少一種PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑以外，用于靜脈內、皮膚或皮下注射的優選藥物組合物還應包含等滲溶i某，例如氯化鈉注射液、Ringer注射液、葡萄糖注射液、葡萄糖和氯化鈉注射液、乳酸鹽Ringer注射液或本領域已知的其它溶i某。本發明的藥物組合物還可包含穩定劑、防腐劑、緩沖劑、抗氧化劑或本領域技術人員已知的其它添加劑。本發明藥物組合物中至少一種PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑的量取決于待治療疾病的性質和嚴重性，以及患者已經受的先前治療的性質。最后，主治醫師將決定治療每個個體患者的至少一種PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑的量。首先，主治醫師給予低劑量的至少一種PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑，并觀察患者反應。可給予較大劑量的至少一種PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑，直至對患者獲得最佳療效，那時劑量一般不再增加。預期用于實施本發明方法的各種藥物組合物應包含約0.1嗎至約100mg/kg體重。使用本發明的藥物組合物進行靜脈內(i.v.)治療的時程可變，取決于待治療疾病的嚴重性以及每個個體患者的疾病和潛在特異反應。預期至少一種PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑每次給藥的時程可在12-24小時連續靜脈內給藥的范圍內，或者某些其它的適宜時間段。還設想了使用本發明的藥物組合物的皮下(s.c)、栓劑等治療藥。這些治療藥可每日用藥一次，每周用藥一次，或者更優選每兩周或每月用藥一次。還預期在至少一種PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑為小分子的情況下，治療藥可每日一次、一日兩次、一日三次......用藥。最后，在使用本發明藥物組合物時，主治醫師將決定適宜的療程或使用d、分子的適宜療程，以及施用治療藥的時間。藥盒本發明還提供用于確定炎性腸病患者長期存活或保持良好狀態的預后用藥盒，所述藥盒包括用于評價本發明生物標記的表達的試劑。還設想了用于診斷和監測的藥盒。優選地，所述試劑可包含一種或多種抗生物標記抗體或其片段，其中所述抗體或其片段特異性結合對應于PBMC-和IBD-相關生物標記的蛋白。任選所述藥盒可包含一種多核苷酸探針，其中所述探針特異性結合對應于列于表1-5的PBMC-和IBD-相關生物標記的轉錄多核普酸。所述藥盒還可包含一組PBMC-和IBD-相關生物標記，它們可作為陣列排列在生物芯片例如GENECHIP⑧上。本發明還提供用于評價多種化合物中的每一種抑制受試者的炎性腸病的適應性的藥盒。這些藥盒包括多種待測化合物，以及用于評價列于表1-5的PBMC-和IBD-相關生物標記的表達的試劑(即相應蛋白特異性抗體，或相應多核苦酸特異性探針或引物)。依據標準技術對上述本發明組合物和方法的修改對本領域技術人員是顯而易見的，也應當包括在本發明中。以下實施例進一步闡述了本發明，不應把這些實施例看成是限制性的。在整個本申請中提及的所有參考文獻、專利和專利申請的內容都在此引入作為參考。實施例以下陳述的實施例有助于理解本發明，但無意且不應被看作以任何方式限制本發明的范圍。實施例不包括常規方法的詳述，例如由健康志愿者和罹患炎性腸病的患者分離外周血單核細胞。這些方法是本領域普通技術人員眾所周知的。實施例1材料與方法實施例1.1:患者信息和臨床評價在北美和歐洲臨床場所由總共42名表觀健康個體、59名CD患者和26名UC患者收集用于藥物基因組學分析的血樣。各個臨床場所的機構倫理審查委員會或倫理學委員會都批準了此研究，在獲得每名患者的知情同意前未實施程序。本研究中個體的人口學特征的比較結果見表7。表7:正常無病個體(C)以及克羅恩病(CD)或潰瘍性結腸炎(UC)形式的IBD受試者的人口學特征<table>tableseeoriginaldocumentpage67</column></row><table>運用雙側t檢驗和基于ANOVA誤差估計的t統計計算的p值。運用比較組別中的男性對女性頻率的似然比卡方檢驗計算的p值。健康受試者(24名男性，18名女性)主要是白人，年齡在25-60歲的范圍內。CD患者(21名男性，38名女性)主要是白人，年齡在20-65歲的范圍內，克羅恩病活動指數評分(CDAI)在220-400之間，腹痛評級225和/或腹瀉評級225。通過放射性研究、內窺鏡檢查加上組織學檢查或外科病理學證實至少6個月的CD診斷結果；如果通過活檢證實診斷結果，則包括診斷為克羅恩病的患者。UC患者(8名男性，18名女性)主要是白人，年齡在25-73歲的范圍內，根據Mayo潰瘍性結腸炎評分系統(MayoUlcerativeColitisScoringSystem,固CSS)的醫師總體評價評分，在輕度至中度(評分為l或2)范圍內進行評分。除了標準臨床標準以外，還通過內窺鏡檢查加上活檢提供了左側UC的診斷結果。女性對男性的比例在健康群體和IBD群體之間顯著不同，但在兩個IBD群體之間沒有不同；在健康群體和IBD群體之間或兩個IBD群體之間種族(白人對非白人)和年齡均沒有顯著差異(均為p<0.05水平)。研究兩個IBD群體之間的伴隨藥物應用表明，5-ASA和報告為伴隨藥物的任一種其它不常使用的藥物均沒有混淆該研究中的比庫交。實施例1.2:采集血樣和處理在臨床場所，采集每個人的血液(8ml)，裝入Vacutainer細胞制備管(CPT;BectonDickinson,FranklinLakes,NJ)中，并按照生產商的建議連夜送到中心處理實驗室進行PBMC分離。在該研究中分析的所有PBMC都在取血后24小時內處理。在RNA純化前，使用ABXPentra60C+血細胞分析4義(Irvine,CA)對純化的PBMC進行全細胞計數，以記錄嗜中性粒細胞、淋巴細胞、單核細胞、嗜酸性粒細胞和嗜堿性粒細胞的絕對數和百分率。UC患者的1個PBMC樣品未進行細胞計數，因此該表達譜被排除在下述ANCOVA分析之外。當開發和檢驗預測;溪型時包括該患者的表達數據。使用RNeasy小型柱方案(Qiagen,Valencia,CA)由PBMC純化總RNA。實施例1.3:寡核苦酸陣列雜交和數據簡化按照Affymetrix方法(Affymetrix,SantaClara,CA)將總RNA(2iLig)轉變為生物素化cRNA。將標記cRNA(10jig)片段化，并為如前所述的雜交做準備(Twine等，出處同上)。如在Affymetrix技術手冊中的描述，使生物素化cRNA與AffymetrixHG-U133A人GENECHIP⑧陣列雜交。將豐度在1:300,000(3ppm)至1:1000(1000ppm)范圍內的11個生物素化對照轉錄物摻入各個樣品中，然后雜交，以用作標準曲線(Hill等，(2001)5,o/.2(12):research0055.1-0055.13)。用GENECHIPMAS5.0軟件來評價特異性雜交強度，計算各個探針組的信號值，并做出不存在/存在判斷。然后通過參比標準曲線，將各個探針組的信號值換算成代表106個轉錄物中存在的轉錄物數的頻率值(Hill等，出處同上)。評價每個轉錄物，如果其滿足以下的兩個非嚴格標準則納入研究判斷為'存在，以及在其中至少一個樣品(健康者、UC或CD)中處于或高于頻率值10(10ppm)。7,908個序列滿足這些過濾標準，用于分析。實施例1.4:方差分析(ANOVA)和協方差分析(ANCOVA)在檢驗疾病組別中的平均表達差異時，使用協方差分析(analysisofcovariance,ANCOVA)法調整PBMC細胞類型組成的差異。使用對數轉換的頻率作為反應測量結果，對每個轉錄物運行單獨的ANCOVA。ANCOVA沖莫型包括疾病組別、性別、嗜中性粒細胞百分率、單核細胞百分率和嗜酸性粒細胞百分率這些項目。在ANCOVA中，對于每個細胞類型，計算描述細胞類型百分率和特定基因表達水平之間的線性關系的斜率，進行t檢驗，以確定該斜率是否與0有明顯差異(其中，斜率0表示細胞類型百分率和表達水平之間沒有線性關系)。納入ANCOVA模型中的細胞類型的選擇受制于以下考慮因素l)細胞類型之間的關聯程度，2)疾病類型之間各個細胞類型分布的差異程度，和3)每種細胞類型的百分率大小。ANCOVA中的協方差應當彼此不高度相關。淋巴細胞百分率與單核細胞百分率和嗜中性粒細胞百分率呈強負相關，為此沒有納入ANCOVA。除了對治療組差異和細胞類型回歸效應的整體檢驗以外，還使用雙側t檢驗對已針對細胞類型百分率差異調整過的疾病組平均值進行成對比較，t-統計的分母由ANCOVA誤差項獲得。最后，因為女性和男性的相對分布在疾病組之間也明顯不同，所以將性別納入ANCOVA。由上述分析得出的原始p值未進行調整，以說明所進行的大量統計學檢驗。使用倍數變化過濾器(1.5倍)連同ot-O.OOOl的保守顯著性水平減少假陽性測定結果的發生率。實施例1.5:使用微陣列表達數據進行基因選擇和監督類別預測使用先前已描述(Golub等，(1999)Sc,e"ce286:531-37)并可2.0版進行基因選擇和監督類別預測。在這些分析中，僅使用4228個滿足嚴格數據簡化過濾器(在克羅恩病和UC樣品中有至少50%的存在呼叫，至少50%的克羅恩病或UC樣品具有大于10ppm的頻率)的轉錄物。隨機選擇各組中的樣品作為數據集(數據集MB)中的成員，該數據集由表達語的訓練集(75%)或測試集(25%)組成。使用樣品訓練集進行基因選擇，通過留一和4倍交叉驗證鑒別在訓練集中表現出最高類別分配總精度的、具有最少基因的分類器。然后對測試集中的樣品評價預測分類模型，報告測試集中樣品的類別分配總精度。對于基因選擇，訓練集和測試集中的所有表達數據都在分析前進行對數轉換。在，數據訓練集中，使用雙側法(各類別中的特征數相等)建立含增加數量的特征(轉錄物序列)的模型，所述雙側法采用使用平均值進行類別推測的S2N相似性度量。使用二元法比較CD患者和UC患者的PBMC表達譜。通過留一和4倍交叉驗證評價步驟2中含2-200個基因的預測基因分類器，以鑒定產生最精確的類別分配的最小預測;溪型。使用加權表決算法進行類別成員的預測。實施例1.6:Ingenuity途徑分析通過Q-PCR分析含來自59名克羅恩病(CD)患者和26名潰瘍性結腸炎(UC)患者的外周血單核細胞(PBMC)RNA樣品的兩個96孔板。將總共45ng各種PBMCRNA樣品以保持樣品原先順序的方式轉移至96孔板中。2名CD患者和1名UC患者的PBMCRNA樣品不含足量的RNA;其后，這些患者的樣品被排除在Q-PCR分析之外。使用大容量cDNA庫試劑盒(AppliedBiosystems,SanDiegoCA)將每種RNA樣品在100反應物中進行逆轉錄。反應物于25。C溫育IO分鐘，然后于37。C溫育2小時，并貯存于-8(TC，直至擴增。使用預先設計的基因特異性TAQMAN⑧探針和《1物組(TAQMAN⑧基因表達測定，AppliedBiosystems)(對應于12-基因分類器中的基因的GENBANK登錄號(即以上表5中可見的單基因標識號)來擴增和定量分類生物標記的相對表達水平。還擴增和定量每種RNA樣品的4種看家基因的表達水平(1)(32-微球蛋白(!32M),(2)(3-肌動蛋白，(3)18S核糖體RNA(18S)和(4)甘油醛-磷酸脫氫酶(GAPDH)。用于各個目標轉錄物的TAQMAN⑧探針和引物的AppliedBiosystems(ABI)ID見表8。表8:每個耙基因的TAQMAN探針和引物的ABIID<table>tableseeoriginaldocumentpage71</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage72</column></row><table>使用ABI7900HT序列檢測系統(AppliedBiosystems,SanFrancisco,CA),在96孔快速封閉的光學反應板中于25pl反應體積(含有IXTAQMANFastUniversalMasterMix,IXTAQMAN基因表達測定和2.25ngcDNA)中進行每種目標轉錄物的定量實時PCR。在每個96孔板上納入僅DEPC水的陰性對照樣品(無模板對照；NTC)和人leukopackRNA的陽性對照樣品，針對每個基因特異性TAQMAN⑧探針和《1物組。默認的ABI7900HT快速封閉循環條件如下95。C20秒；95°C1秒和60°C20秒共40個循環。按此方式測定的分類生物標記列于表9。表9.測定的耙基因<table>tableseeoriginaldocumentpage72</column></row><table>可接受的標準是(l)對于每個目標引物對不可檢測的NTC樣品擴增，和(2)對于每個目標引物對可檢測的leukopackRNA陽性對照樣品的基因特異性擴增。對于每個分類生物標記和4個看家基因中的每一個，記錄每個擴增反應的循環閾(Ct)值。為標準化，計算每個PBMC樣品中耙基因和4個看家基因中每一個的循環閾值之間的差(ACt)，并適宜地按下公式計算出UC和CD表達之間表達的平均倍數變化平均倍數差=2(ACtUC-腦CD)或2(ACtCD-ACtUC)。實施例1.8:使用Q-PCR表達值進行監督類別預測將判別分析的參數(線性)、非參數k=3最近鄰域和非參數k=10最近鄰域類別分配法應用于分類生物標記表達水平(即循環闊值)的3個數據集(數據集MB(在以上實施例1.5中描述)和與訓練子集和測試子集相同的數據的兩個替代隨機分酉己(數據集1和數據集2))中的每一個，每個數據集都被分成訓練子集和測試子集，所述分類生物標記表達水平用由Q-PCR(在以上實施例1.7中描述)獲得的4個看家基因中的每一個標準化。在全部3個數據集中，分析57名克羅恩病(CD)患者和25名潰瘍性結腸炎(UC)患者的PBMC樣品的RNA表達水平(43個CD加19個UC樣品用于訓練，14個CD加6個UC樣品用于測試)。同樣，對用看家基因18S標準化的分類生物標記表達水平的3個數據集進行全模型、向后、向前和逐步法邏輯分析，顯著性水平設為p=0.05或p=0.15J吏用SAS8.2(Gary,NC)和SPOTFIREDECISIONSITE8.0(Somerville,MA)軟件計算和比較分類的訓練集和測試集精確度、靈敏度、特異性、陽性預期值(PPV)和陰性預期值(NPV)。最后，比較使用ACt(針對12個分類生物標記，由看家基因18S的循環閾值標準化)的線性判別分析產生的分類器精確度和使用相同ACt(針對20個數據集(每個均包含用于訓練的43個CD加19個UC樣品，以及用于測試的14個CD加6個UC樣品)，這20個數據集被隨機分配為訓練子集和測試子集)的邏輯分析得出的分類器精確度。實施例2實施例2.1:健康受試者、克羅恩病患者和潰瘍性結腸炎患者的純化PBMC樣品的細胞組成在研究的表達譜分析部分之前，檢測全部3組(健康受試者、CD患者和UC患者)中受試者的純化PBMC沉淀的細胞組成，之后進行RNA分離。表10顯示了PBMC樣品中嗜堿性粒細胞、嗜酸性粒細胞、淋巴細胞、單核細胞和嗜中性粒細胞的百分率。表10:取自克羅恩病(CD)或潰瘍性結腸炎(UC)形式的IBD患者和正常無病個體(C)的樣品數以及樣品中細胞類型的平均百分率(。/。)<table>tableseeoriginaldocumentpage74</column></row><table>1:使用雙側t檢驗和基于ANOVA誤差估計的t統計計算的p值。在比較健康受試者的PBMC和IBD患者的PBMC時，PBMC樣品的細胞組成顯著不同(p<0.05)。嗜石成性粒細胞和淋巴細胞的總百分率在IBD患者的PBMC中顯著較低，而嗜酸性粒細胞、單核細胞和嗜中性粒細胞的百分率在IBD患者的PBMC中顯著提升。先前的研究已指出嗜中性粒細胞經相似的純化過程提升，這種提升歸因于沉降密度的改變，該改變似乎與嗜中性粒細胞在晚期癌癥患者外周血中活化狀態的改變相關(Schmielau和Finn(2001)Ca匿rto.61:4756-60)。嗜酸性粒細胞、單核細胞和嗜中性粒細胞的選擇性提升可能是由基于CPT的PBMC分離過程捕捉到的疾病相關活化事件，因為全血的細胞組成在各組之間沒有顯著差異(未出示數據)。相比之下，嗜堿性粒細胞、嗜酸性粒細胞和單核細胞比例在CD和UCPBMC樣品之間沒有顯著不同(p<0.05)。在比較兩個IBD組時，只有嗜中性粒細胞顯著不同(11%對15%，p=0.035)。實施例2.2:所有IBD患者相對于健康對照的PBMC表達水平差異為鑒別與細胞組成差異明顯不相關的疾病相關基因，使用協方差分析(ANCOVA)鑒別差異表達的轉錄物，同時考慮PBMC樣品之間細胞組成的差異。對7908個通過標準表達水平過濾器的轉錄物運行ANCOVA,納入嗜酸性粒細胞、單核細胞和嗜中性粒細胞的百分率作為共變量。選擇哪種細胞類型納入部分地由以下事實決定ANCOVA中的共變量彼此應不高度相關。淋巴細胞百分率與單核細胞百分率和嗜中性粒細胞百分率強負相關，為此沒有納入ANCOVA中。對每種細胞類型，計算描述細胞類型百分率和特定基因表達水平之間的線性關系的斜率，并進行t檢驗，以確定斜率是否與O有明顯差異(其中，斜率0表示細胞類型百分率和表達水平之間沒有線性關系)。最后，因為女性和男性的相對分布在疾病組之間也明顯不同，所以將性別納入ANCOVA，以鑒定看起來為性別特異性而不是與病況相關的轉錄物。通過ANCOVA分析，220個轉錄物的水平在克羅恩病和健康PBMC之間有超過1.5倍的差異，并在基于ANCOVA的成對比較中具有小于0.0001的未調整的p值，使用如上相同的標準，20個轉錄物的水平在UC和健康PBMC之間有顯著差異。這些序列有45個在UC和CDPBMC中均差異表達，與健康水平相比較，這些共同的PBMC-和IBD-相關轉錄物在這兩種疾病中以相同方向改變(上表1)。對余下的幾組基因應用一種另外的過濾器，以筌定僅在一種病癥中有差異表達的PBMC轉錄物。在CD相關的220個轉錄物中(21.5倍變化，p<0.0001)，總共有67個序列在UCPBMC對健康者的比較中未顯著改變(p〉0.05)，因此被看作是CD特異性的。67個CD特異性PBMC序列，即CD生物標記，列于以上表2。在120個UC相關的轉錄物中(21.5倍變化，p<0.0001),總共有22個序列在CDPBMC對健康者的比較中未顯著改變(p〉0.05)，因此被看作是UC特異性的。22個UC特異性PBMC序列，即UC生物標記，列于以上表3。在圖IA中針對每種對比總結了具有顯著過量表達的最大可能性的經典基因途徑。在該分析中，涉及前列腺素代謝的經典類別的轉錄物顯著過量表達CD基因標簽，而編碼涉及凋亡和B細胞信號轉導的經典類別的蛋白的轉錄物看起來過量表達UC基因標簽。圖IB總結了相對于健康對照在克羅恩病中差異表達的轉錄物包含的不同功能類別。在CDPBMC中被上調的主要功能類別包括參與前列腺素代謝的酶、轉錄調節物和跨膜受體，包括幾個整聯蛋白同種型。最后，圖1C總結了免疫球蛋白恒定區的豐富過量表達，這種過量表達是UCPBMC基因表達標簽特有的。實施例2.3:鑒別區分克羅恩病和潰瘍性結腸炎的基因標簽因為本研究的主要目標是確定CD和UC患者的PBMC中的基因表達模式是否不同得足以能夠基于單獨的PBMC中的基因表達譜分類，所以對這兩種疾病之間的基因表達標簽進行直接對比。CD對UCPBMC譜的ANCOVA比較鑒別出49個轉錄物在CD和UC患者的PBMC之間存在顯著差異水平&1.5倍差異，p〈0.0001)。這些CdvUC生物標記列于以上的表4。基于指示CD和UCPBMC基因標簽的直接對比的顯著差異的ANCOVA結果，使用監"^類別預測法鑒別能夠進行疾病特異性分類的最小信息序列組。將IBD患者的PBMC樣品隨機化為由44個CD和22個UC譜組成的訓練集以及由15個CD和6個UC譜組成的測試集。對一組增加了大小的基因分類器測定相對總精度、CD分類精度和UC分類精度(圖2A)。如在圖2A中所示，據4倍交叉驗證的評價，由兩個基因分類器(即脂籠蛋白2和IgHg3)組成的一組提供64。/。的精確度(圖2A)。據訓練集的4倍交叉驗證的評價(圖2A)，具有區分UC和CDPBMC譜的最高總體精確度(91%)的最小預測模型是14-序列(12-基因)分類器(上文表5)。據留一交叉驗證的評價，14-序列分類器具有94%的總體精確度(未出示數據)。表5中的基因分類器以信噪比的遞減次序排列；即在克羅恩病患者中被上調并列于表5的分類生物標記中，脂籠蛋白2(第1分類器基因)具有最高信噪比，整聯蛋白P-3(第7分類器基因)具有最低信噪比，在潰瘍性結腸炎患者中被上調并列于表5的分類生物標記中，IgHgl(第8分類器基因)具有最高信噪比，IgKc(第14分類器基因)具有最低信噪比。增加分類器組的大小沒有將精確度增加至該水平以上(圖2A)。該12-基因分類器用于將類別成員分配給保留給測試集的14個CD譜和6個UC譜(圖2B)。使用該預測模型，測試集中的所有樣品都如臨床診斷的情況一樣被正確分類。使用該分類器每組中只有1個個體的置信度低于0.2，表明以相對高的置信度通過加權表決算法做出這些判斷。這些結果表明，使用PBMC表達譜的潛在實用性有助于CD和UC的分子診斷。實施例2.4:定量實時逆轉錄酶聚合酶鏈反應(Q-PCR)證實微陣列觀測結果不管由微陣列分析中獲得的表達水平數據集中基于最近鄰域類別分配的分類器組精確度，CD/UC分類器中轉錄物的平均倍數變化相對4交低。因此，進行定量實時PCR(Q-PCR)，以證實在該研究中通過Affymetrix微陣列技術對CD和UC樣品觀測到的相對表達。使用4個用于標準化耙基因的獨立看家基因J32-微球蛋白(P2M)、p_肌動蛋白、GAPDH和1SS核糖體RNA(1SS)。研究中的所有CD和UCRNA樣品都使用相同的逆轉錄混合物和方法轉變為cDNA。使用(32-微球蛋白通過微陣列和實時PCR計算的平均倍數變化的比較示于圖3，在使用4個看家基因中的每一個作為標準化物的情況下，全部12個分類基因的相對倍數變化極為一致(表11)。<table>tableseeoriginaldocumentpage78</column></row><table>基于這些結果，在12個最初被鑒別為CD/UC辨別基因(即分類生物標記)的轉錄物中，只有28SrRNA片段看起來被微陣列雜交顯著高估。實施例2.5:使用通過Q-PCR獲得的表達值進行精確類別預測將用4個看家基因((32M、(3-肌動蛋白、GAPDH和18S)tb(^恭一/V;!^論^K^t17水乂^類4i^7;fe"i丫JP.身S《口夫8、MAf>M沐M鑒別分析(LDA)與3個數據集(數據集MB、數據集1、數據集2)的相同ACt的k-NN鑒別分析相比較，這3個數據集包括訓練集中從CD患者分離的43個PBMCRNA樣品和從UC患者分離的19個PBMCRNA樣品，以及測試集中從CD患者分離的14個PBMCRNA樣品和從UC患者分離的6個PBMCRNA樣品。表13顯示了對4個看家((32-微球蛋白((32M)、!3-肌動蛋白、GAPDH和18S核糖體RNA(18S))基因中的每一個標準化的分類生物標記的表達水平的3個數據集(數據集MB、數據集1和數據集2)的參數(線性)、非參數k-3最近鄰域或非參數k-10最近鄰域鑒別分析法的分類性能的精確度、靈敏度、特異性、PPV和NPV檢測結果。表13:<table>tableseeoriginaldocumentpage79</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage80</column></row><table>鑒別分類對數據集MB最成功，與使用的方法無關，提示每種方法的性能與分析的每個數據集相關(表13)。參數和非參數k-IO最近鄰域法效果相似，但平均起來這兩種比非參數k-3最近鄰域法更成功(表13)。用.18S標準化的分類生物標記在3個數據集中顯示出性能的系統差異。在某種程度上18S優于其它看家基因；用18S標準化的分類生物標記的分析在精確度、靈敏度和特異性方面始終具有較高的值和較小的可變性(表1"。因為18S看起來優于其它測試的看家基因，那么對僅用18S標準化的分類生物標記的表達水平進行邏輯分析。在邏輯分析的全模型、向后、向前或逐步選擇法中選擇對分類幾乎沒有影響(未出示數據)。對于數據集MB和數據集1，全模型法完成得等同于或優于其它簡化;f莫型(未出示數據)。就數據集2而言，通過向前或逐步法以設定為p*0.05的顯著性水平選^^的、釆用18S標準化的2或3種分類生物標記(包括MLH3和IgKC這二者)的模型具有較好的類別預測(未出示數據)。此結果可能歸因于以下事實具有非典型表達水平的大部分生物標記包括在數據集2的測試集中，而向前或逐步選擇的;f莫型不含那些異常表達的生物標記。包含在生物標記中的這種變異還可以解釋為什么全模型不是最好的執行邏輯方法，以及為什么用包括全部12個分類器的模型進行鑒別分析產生較差的分類。邏輯分析的不同選擇方法的精確度、靈敏度和特異性表明不同邏輯選擇方法相似地完成(未出示數據)。例如，如果一種方法對訓練集比對數據集中的測試集顯示出更好分類，反之亦然，則用全部3種其它方法的結果顯示出相同的特性。然后，將通過使用全模型的邏輯分析進行的分類與通過使用參數法的線性鑒別分析進行的分類相對比。盡管觀察到這兩種方法之間的數據集差異，但這兩種分析均精確地進行類別預測。使用數據集MB、數據集1和數據集2進行類別預測產生0.833-0.917的精確度，0.786-1.000的靈敏度以及0.667-1.000的特異性(表14)。但是，在比較20個數據集時這兩種方法之間似乎有差異(圖4)。用全模型的邏輯分析對交叉驗證完成得較好，而鑒別分析對測試集分類做得更好。表14<table>tableseeoriginaldocumentpage82</column></row><table>實施例3討論本研究的焦點是嘗試確定(l)與CD和UC相關的PBMC中的基因表達模式的通用性和特異性和(2)疾病特異性表達標簽是否能有助于疾病的分子診斷。與健康受試者的表達譜相比，CD和UC患者的表達譜中有數十個基因看起來差異表達。這些基因中有許多編碼核蛋白，例如轉錄調節物，并且大部分^^皮下調。實例包括NFKB2、RNA-結合因子CUGBPl和CUGBP2、COPEB和ELK3。UC和CD共同的失調炎癥過程可能是這些轉錄調節物活性調節的結果。通常在這兩種炎性腸病中被提升的最高表達的基因是蛋白酶抑制劑SERPINB2(也叫做PAI，纖溶酶原激活物抑制劑，II型)。已在IBD患者的粘膜病灶中報告了增加的纖溶酶原激活物水平(deBruin等，(1988)T7z謂6.F畫o沈60:262-66),增加的PAI-1可見于IBD患者血漿。盡管與PAI-1不同，但PAI-2與u-PA共有酶特異性，并與t-TA共有較低程度的酶特異性，在類風濕性關節炎滑液中報告了提升的PAI-2水平(Krmthof等，(1995)86:4007-24)。這些結果提示，溶血纖和凝結系統的組分的改變可能促使血栓栓塞并發癥風險增加，并可能促成在IBD患者中可見的結腸炎和出血(deJong等，(1989)Gwf30:188-94)。還沒有l艮告PAI-2在IBD中的作用，4旦本研究提示，PBMC中提升的PAI-2RNA水平與疾病相關。多種功能類別的轉錄物看起來在CD患者的PBMC中被特異性上調，包括前列腺素代謝酶、趨化因子和轉錄調節物。CD特異性PBMC基因譜表現出在UC特異性PBMC基因i普中不明顯的促炎基因表達譜。參與前列腺素和白三烯代謝的基因，例如花生四烯酸12-脂加氧酶(ALOX12)和前列腺素內過氧化物合酶1(PTGS1，環加氧酶1)，在CD患者的PBMC中顯著增加，而前列腺素D2合酶(PTGDS)下降。預期對前列腺素合成途徑的這些作用應導致花生四烯酸向選擇性前列腺素的轉變增加。盡管IBD患者病灶中的前列腺素含量提升(Schmidt等，(1996)//^atogaWrae^era/ogy43:1508-12)，但新近的證據提示，實際上至少一種前列腺素(PGE2)的水平在CD患者的單核細胞中下降(Trebble等，(2004)C/,".23:647-55)。還不清楚在CD患者的PBMC中編碼花生四烯酸代謝酶的轉錄物的相對提升是否在功能上與該觀察結果相關，但PGE2已被文件證實為是一種由來源于胃腸道的T淋巴細胞釋放的細胞因子重要調節物(Barrera等，(1996),/.Ce〃.尸/^wo/166:130-37)。在克羅恩病患者的循環PBMC中的PG代謝途徑的上調可能表示在該疾病中進/出腸固有層的細胞的改變。幾種趨化因子(C-X-C配體4和7,血小板因子4變體1)在CD中被上調。總的來說，在本文的CDPBMC組中被筌別為上調的轉錄物和在Mannick與同事(Mannick等，出處同上)分析的7名CD患者中報告為上調的那些轉錄物令人驚奇地幾乎沒有重疊。不知道這是否歸因于本文研究的患者數目更大、查詢的基因數目更大、基因命名差異或這些研究之間的某些其它混淆因素。但是，Mannick和同事報告的在CD中被最強上調的轉錄物編碼轉化生長因子(TGF)-p誘導型轉錄物(Mannick等，出處同上)。在此，一種不同的TGF-p誘導型轉錄物TSC-22也被鑒別為在CDPBMC中被上調。這些觀察結果表明，TGF-p信號轉導的上調似乎在CDPBMC中明顯。該途徑的組成型提升可導致Smad-依賴性途徑下調，這隨后可導致TGF-P的活性被抑制，以終止免疫應答，并又在CD發病中起病因作用(Mannick等，出處同上)。—部分克羅恩病相關疾病標簽基因譜有可能是血小板衍生的。最近的證據已表明，血小板可參與慢性腸炎(Danese等，(2004)爿w./.G"Wrae"fero/.99:938-45)，在該研究中血小板與從CD患者分離的PBMC^皮共純化至較高程度(未出示數據)。因此，在CD相關基因標簽中血小板因子4和血小板因子4變體1的檢測結果可能歸因于分離的PBMC中提升的共純化血小板水平。但是，在血小板中報告的前10個非線粒體轉錄物中的其它轉錄物(Gnatenko等，(2003)祝ood101:2285-93)沒有出現在本文的CD相關轉錄物列表中，提示這些無核細胞的水平不是這些轉錄物的唯一來源。先前已與血小板關聯的CD疾病標簽中的所有轉錄物還以顯著水平在純化的T細胞、B細胞和/或單核細胞中表達(未出示數據)，提示先前與血小板相關的轉錄物可源自在本研究中分離并進行表達譜分析的單核細胞。UC特異性基因組通過過量表達免疫球蛋白編碼序列而成為顯性的，使人聯想到在UC患者中觀察到的活性IgG漿細胞組分(Farrell等，(2002)丄朋c"359:331-40)。該結果與針對B細胞受體基因用途的研究相一致，該研究已表明UC粘膜中的浸潤淋巴細胞是外周來源的，而不是粘膜來源的(Dunn-Walters等，(1999)44:382-86;Thoree等，(2002)Gwf51:44-50)。IgGl和IgG4抗體在UC中有優勢，而IgG2抗體在CD中增加(Kett和Brandtzaeg(1987)Gwf28:1013-21)。最近已研究了IgGl型的流行，表明其是UC特異性的，在UC中產生更大的粘膜細菌調理作用和多形核白細胞呼吸爆發的前饋維持(Furrie等，(2004)GW53:91-98)。在本研究中于UCPBMC中被最顯著提升的其中一種轉錄物被論釋為免疫球蛋白恒定區y3(IgHG3)。在Affymetrix芯片上此IgHG3合格者包含的區域實際上作圖(即依據BLAST共享100%的核苦酸同一性)至屬于免疫球蛋白重鏈恒定區丫1的幾個序列(Glm標記)，并已一皮鑒別為發炎UC胃腸上皮的標記(Wamer和Dieckgraefe,出處同上；Lawrance等，出處同上)。在個體患者外周血譜中的IgHG3轉錄物表達水平的分析可用作UC和CD之間的區別性生物標記(未出示數據)。但是，這些結果還與UC患者中的血清IgGl水平相對于CD患者中的血清IgGl水平顯著增加的先前觀察結果一致(Gouni-Berthold等，(1999)他戸啡欲固詢/ogv46:1720-23)。相當一部分患有炎性腸病的患者不能根據現行方法分類，構成"未確定型IBD"病例(Winther等，(1998)Dn^y(Bare).34:935-42;Bentley等，(2002)C7/".尸aAo/55:955-60;Guindi和Riddell(2004)./.C/,"./^/k/.57:1233-44)。因此，本研究的一個主要目的是確定UC和CD患者中的PBMC譜是否不同得足以能夠將這些疾病分類。類別預測分析的結果表明，PBMC中的基因標簽可精確地辨別UC和CD樣品。轉錄差異不是緣于細胞組成，因為患者的PBMC的細胞組成看起來相當類似。盡管應有可能在4吏大群體中進行前驗證，但本發明鑒別的疾病特異性;漠式可提供UC和CD的分子診斷基礎，并可有助于分類為患未確定型IBD的患者的診斷。非常有可能的是，分別提出的CD和UC的TM和Th2性質是造成本研究中差異的主要原因，其它基于Thl和Th2的炎性疾病可能具有與對CD和UC鑒別的那些標簽相似的標簽。盡管如此，本文鑒別的PBMC譜似乎在IBD中仍具有臨床用途，因為所述基因分類器能夠辨別這些經常難以辨別且有時無法辨別的密切相關的疾病。本研究表明，就IBD而言，循環單核細胞、T細胞和B細胞中的轉錄譜可用作生物生理狀態的敏感監測物。因為這些細胞在各種組織中往返移動，所以一個針對微環境的細胞反應組成部分是轉錄反應；此反應可通過分析表達譜定量。表達才莫式可反映出針對疾病病理生理學的原發性或繼發性反應的疾病機制。由于PBMC貫穿機體運輸，所以其可用作不易測量的組織和系統(例如IBD累及的組織和系統)的易獲取的替代監測物。權利要求1.一種診斷患者的炎性腸病的方法，所述方法包括以下步驟a.從患者分離樣品；和b.檢測樣品中至少一種PBMC相關生物標記和IBD相關生物標記的正常或異常表達，其中至少一種PBMC相關生物標記和IBD相關生物標記的異常表達說明該患者有可能罹患炎性腸病。2.權利要求1的方法，其中所述樣品是外周血單核細胞的收集物。3.權利要求1的方法，其中所述檢測步驟用基于雜交的測定進行。4.權利要求1的方法，其中所述檢測步驟用免疫學測定進行。5.權利要求1的方法，其中所述檢測步驟用聚合酶鏈反應進行。6.權利要求5的方法，其中所述聚合酶鏈反應是定量聚合酶鏈反應。7.權利要求1的方法，其中所述檢測步驟檢測一組PBMC相關生物標記和IBD相關生物標記的表達。8.權利要求7的方法，其中所述一組PBMC相關生物標記和IBD相關生物標記包含至少一種共同生物標記。9.權利要求8的方法，其中所述一組PBMC相關生物標記和IBD相關生物標記包含至少一種Iia生物標記。10.權利要求9的方法，其中所述一組PBMC相關生物標記和IBD相關生物標記包括PAI-2。11.權利要求7的方法，其中所述一組PBMC相關生物標記和IBD相關生物標記包含至少一種CD生物標記。12.權利要求11的方法，其中所述一組PBMC相關生物標記和IBD相關生物標記包含至少一種II組生物標記。13.權利要求11的方法，其中所述一組PBMC相關生物標記和IBD相關生物標記包括ALOX12。14.權利要求11的方法，其中所述一組PBMC相關生物標記和IBD相關生物標記包括PTGDS。15.權利要求11的方法，其中所述一組PBMC相關生物標記和IBD相關生物標記包括脂籠蛋白2。16.權利要求7的方法，其中所述一組PBMC相關生物標記和IBD相關生物標記包含至少一種UC生物標記。17.權利要求16的方法，其中所述一組PBMC相關生物標記和IBD相關生物標記包含至少一種III組生物標記。18.權利要求17的方法，其中所述一組PBMC相關生物標記和IBD相關生物標記包括IgHG3。19.權利要求7的方法，其中所述一組PBMC相關生物標記和IBD相關生物標記包含至少一種CDvUC生物標記。20.權利要求19的方法，其中所述一組PBMC相關生物標記和IBD相關生物標記包含至少一種IV組生物標記。21.權利要求7的方法，其中所述一組PBMC相關生物標記和IBD相關生物標記包含至少一種分類生物標記。22.權利要求21的方法，其中所述一組PBMC相關生物標記和IBD相關生物標記包含至少一種V組生物標記。23.權利要求7的方法，其中所述一組PBMC相關生物標記和IBD相關生物標記包含選自以下的生物標記組I組生物標記組、II組生物標記纟且、III組生物標i己l且、IV組生物標記組和V組生物標記組。24.—種診斷患者的潰瘍性結腸炎的方法，所述方法包括以下步驟a.從患者分離樣品；和b.檢測樣品中至少一種潰瘍性結腸炎相關生物標記的正常或異常表達，其中至少一種潰瘍性結腸炎相關生物標記的異常表達說明該患者有可能罹患潰瘍性結腸炎。25.權利要求24的方法，其中所述樣品是外周血單核細胞的收集物。26.權利要求24的方法，其中至少一種潰瘍性結腸炎相關生物標標記。27.權利要求26的方法，其中至少一種潰瘍性結腸炎相關生物標記包括IgHG3。28.權利要求24的方法，其中所述檢測步驟用基于雜交的測定進行。29.權利要求24的方法，其中所述檢測步驟用免疫學測定進行。30.權利要求24的方法，其中所述檢測步驟用聚合酶鏈反應進行。31.權利要求30的方法，其中所述聚合酶鏈反應是定量聚合酶鏈反應。32.權利要求24的方法，其中所述檢測步驟檢測一組PBMC相關生物標記和IBD相關生物標記的表達。33.—種診斷患者的克羅恩病的方法，所述方法包括以下步驟a.從患者分離樣品；和b.4企測樣品中至少一種克羅恩病相關生物標記的正常或異常表達，其中至少一種克羅恩病相關生物標記的異常表達說明該患者有可能罹患克羅恩病。34.權利要求33的方法，其中所述樣品是外周血單核細胞的收集物。35.權利要求33的方法，其中至少一種克羅恩病相關生物標記選自分類為II組生物標記的PBMC相關生物標記和IBD相關生物標i己。36.權利要求33的方法，其中所述檢測步驟用基于雜交的測定進行。37.權利要求33的方法，其中所述檢測步驟用免疫學測定進行。38.權利要求33的方法，其中所述檢測步驟用聚合酶鏈反應進行。39.權利要求38的方法，其中所述聚合酶鏈反應是定量聚合酶鏈反應。40.權利要求33的方法，其中所述^r測步驟;險測一組PBMC相關生物標記和IBD相關生物標記的表達。41.一種區分患者的潰瘍性結腸炎診斷結果和克羅恩病診斷結果的方法，所述方法包括以下步驟a.從患者分離樣品；和b.檢測樣品中至少一種分類生物標記的正常或異常表達，其中至少一種與鑒別克羅恩病患者相關的分類生物標記的異常表達說明該患者有可能罹患克羅恩病，或者其中至少一種與鑒別潰瘍性結腸炎患者相關的分類生物標記的異常表達說明該患者有可能罹患潰瘍性結腸炎。42.權利要求41的方法，其中所述樣品是外周血單核細胞的收集物。43.權利要求41的方法，其中至少一種分類生物標記選自分類為V組生物標記的分類生物標記。44.權利要求41的方法，其中所述檢測步驟用基于雜交的測定進行。45.權利要求41的方法，其中所述檢測步驟用免疫學測定進行。46.權利要求41的方法，其中所述檢測步驟用聚合酶鏈反應進行。47.權利要求46的方法，其中所述聚合酶鏈反應是定量聚合酶鏈反應。48.權利要求41的方法，其中所述檢測步驟包括檢測樣品中一組分類生物標記的正常或異常表達，其中所述一組分類生物標記包含免疫球蛋白重鏈恒定區yl、免疫球蛋白k恒定區、人28S核糖體RNA5'區、C型蛋白酪氨酸磷酸酶受體相關蛋白、顆粒酶K、mutL同源物3、脂籠蛋白2、CXCL5、血清剝奪應^^壽脂酰絲氨酸結合蛋白、H3組蛋白家族成員K、整聯蛋白p3(血小板糖蛋白IIIa，抗原CD61)和H2B組蛋白家族成員Q生物標記。49.權利要求41的方法，其中所述檢測步驟包括檢測樣品中一組分類生物標記的正常或異常表達，其中所述一組分類生物標記包含至少2種選自以下的分類生物標記免疫球蛋白重鏈恒定區yl、免疫球蛋白k恒定區、人28S核糖體RNA5'區、C型蛋白酪氨酸磷酸酶受體相關蛋白、顆粒酶K、lmitL同源物3、脂籠蛋白2、CXCL5、血清剝奪應^^粦脂酰絲氨酸結合蛋白、H3組蛋白家族成員K、整聯蛋白P3(血小板糖蛋白IIIa，抗原CD61)和H2B組蛋白家族成員Q生物標記。50.權利要求41的方法，其中所述檢測步驟包括檢測樣品中一組分類生物標記的正常或異常表達，其中所述一組分類生物標記包含至少8種選自以下的分類生物標記免疫球蛋白重鏈恒定區yl、免疫球蛋白k恒定區、人28S核糖體RNA5'區、C型蛋白酪氨酸磷酸酶受體相關蛋白、顆粒酶K、mutL同源物3、脂籠蛋白2、CXCL5、血清剝奪應^4,脂酰絲氨酸結合蛋白、H3組蛋白家族成員K、整聯蛋白(33(血小板糖蛋白IIIa，抗原CD61)和H2B組蛋白家族成員Q生物標記。全文摘要本發明涉及PBMC-和IBD-相關生物標記的鑒定方法，這些生物標記可用于診斷炎性腸病，任選用于區分從克羅恩病(Crohn’sdisease)患者分離的PBMC和從潰瘍性結腸炎患者分離的PBMC。本發明還涉及能夠調節PBMC-和IBD-相關生物標記的活性的調節劑的篩選方法，包括高通量篩選方法。本發明提供PBMC-和IBD-相關生物標記的組合物，包括至少一種PBMC-和IBD-相關生物標記的調節劑，用于炎性腸病(例如克羅恩病和潰瘍性結腸炎)的診斷、預后、治療干預和預防方法。而且，本發明還涉及可用于評價試驗化合物和療法在治療炎性腸病(即克羅恩病或潰瘍性結腸炎)中的功效的方法。文檔編號C12Q1/68GK101238224SQ200680028447公開日2008年8月6日申請日期2006年6月6日優先權日2005年6月6日發明者A·J·多納,A·斯特拉斯,F·W·伊默曼,M·E·布爾琴斯基,M·M·科特羅,N·C·特溫,R·L·彼得森,U·施韋爾特施拉格申請人:惠氏公司