用于評估雜合性丟失的方法與材料的制作方法

用于評估雜合性丟失的方法與材料的制作方法
【專利摘要】本文件提供了用于評估樣品(如：癌細胞)中是否存在雜合性丟失(LOH)標記的方法和材料。例如，提供了測定一個細胞(如：癌細胞)中是否存在LOH標記的方法和材料。還提供了鑒定有同源重組修復(HRD)缺陷的細胞(如：癌細胞)的材料和方法以及鑒定可能響應特殊癌癥治療方案的癌癥患者的材料和方法。
【專利說明】用于評估雜合性丟失的方法與材料
[0001] 相關申請的交叉引用
[0002] 本申請請求在2011年12月21日提交的序列號為61/578, 713的美國臨時專利申 請和2012年6月1日提交的序列號為61/654,402的美國臨時申請之優先權，其內容在此 通過引用的方式全文并入本文。
[0003] 背景
[0004] 1.【技術領域】
[0005] 本文件相關于涉及評估樣品（如：癌細胞）中是否存在雜合性丟失（L0H)譜的方 法和材料。例如，本文件提供了測定一個細胞（如：癌細胞）中是否包含L0H譜的方法和材 料。本文件還提供了鑒別有同源重組修復（HDR)缺陷的細胞（如：癌細胞）的材料和方法 以及鑒別可能響應特定癌癥治療方案的癌癥患者的材料和方法。在本文中，除非明確指出， HDR缺陷和HRD (同源修復缺陷）當作同義詞使用。
[0006] 2.背景介紹
[0007] 癌癥是一個嚴重的公共衛生問題，僅在2009年就有562, 340的美國人口死于癌 癥。American Cancer Society, Cancer Facts&Figures 2009(在美國癌癥協會網站可得 到）。癌癥治療的主要挑戰之一就是發現與患者自身癌癥相關的臨床上有用的特征，并且基 于這些特征給出最適合患者癌癥的治療方案。盡管在個性化醫療這個領域已經有了很大的 進步，但是仍然非常需要更好的分子診斷工具來特征化患者的癌癥。
[0008] 概述
[0009] -般說來，本發明的一個方面突出了評估癌細胞或其基因組DNA中L0H的方法。在 一些實施例中，該方法包括，或大體由下列步驟組成，（a)在癌細胞或其來源的基因組DNA 中檢測癌細胞中至少一對人類染色體上的L0H區域（如：除了人類X/Y性染色體對的任何 一對人類染色體）；和（b)測定所述L0H區域的數目和大小（如：長度）。在一些實施例中， L0H區域在若干代表整個基因組的染色體對中被分析（如：足夠的染色體被分析，這樣L0H 區域的數目和大小有望可以代表整個基因組的L0H區域的數目和大小）。在一些實施例中， 該方法進一步包括測定長于約1. 5、5、12、13、14、15、16、17 (優選14、14、16或更多，更優選 15或者更多）百萬堿基但是短于L0H區域所在相應染色體整體長度的L0H區域（指示L0H 區域）的總數。二者擇一地或另外地，這些指示L0H區域的總的疊加長度被測定。在一些 具體的實施例中，如果指示L0H區域的總數或指示L0H區域的總的疊加長度等于或大于預 定的參考數值，那么所述癌細胞或其基因組DNA或具有所述癌細胞或基因組DNA的患者被 鑒定具有HDR缺陷型L0H譜。
[0010] 還提供了一種評估癌細胞或其基因組DNA中L0H的另一方法，其包括，或大體由下 列步驟組成，（a)在癌細胞或來源于其的基因組DNA中檢測癌細胞的至少一對人類染色體 上的L0H區域，其中所述"至少一對人類染色體"不是人類X/Y性染色體對；并且（b)在所述 人類染色體中測定長于第一長度的L0H區域的總數和/或總的疊加長度，其中第一長度為 約1.5或更多的（或5、10、13、14、15、16或更多，優選地15或更多）百萬堿基，而所述L0H 區域短于包含該L0H區域的相應的整條染色體長度。在一些實施例中，如果那個總數或疊 加長度等于或大于預設的參考數，那么所述癌細胞或基因組DNA或具有所述癌細胞或基因 組DNA的患者被鑒定具有HDR缺陷型LOH標記。
[0011] 另一方面，本發明提供了預測癌細胞中BRCA1和BRCA2基因狀態的方法。該方法包 括，或大體由下列步驟組成，在癌細胞中測定癌細胞的至少一對人類染色體上的L0H區域， 此L0H區域的長度長于第一長度的L0H區域的總數和/或總的疊加長度，所述L0H區域短 于包含該L0H區域的相應的整條染色體長度，其中所述"至少一對人類染色體"不是人類X/ Y性染色體對，其中所述第一長度為約1.5或更多的（或5、10或更多，優選約15或更多） 百萬堿基；并且大于參考數的總數或疊加長度與BRCA1或BRCA2基因缺陷的可能性的增加 相關聯。
[0012] 另一方面，本發明提供了預測癌細胞中HDR狀態的方法。該方法包括，或大體由下 列步驟組成，在癌細胞中測定癌細胞的至少一對人類染色體上長于第一長度的L0H區域的 總數和/或總的疊加長度，所述L0H區域短于包含該L0H區域的相應的整條染色體長度，其 中所述至少一對人類染色體不是人類X/Y性染色體對，其中所述第一長度約為1. 5或更多 的（或5、10或更多，優選約15或更多）百萬堿基；并且使大于參考數的總數或疊加長度與 HDR缺陷的增加的可能性相關聯。
[0013] 另一方面，本發明提供了預測癌癥患者響應包含DNA損傷劑、蒽環類、拓撲異構酶 I抑制劑、放射治療和/或PARP抑制劑的癌癥治療方案的方法。該方法包括，或大體由下 列步驟組成，在取自癌癥患者的癌細胞中測定癌癥患者的癌細胞中至少一對人類染色體上 的長于第一長度的L0H區域的總數和/或總的疊加長度，其中第一長度為約1. 5或更多的 (或5、10或更多，優選約15或更多）百萬堿基，而所述L0H區域短于包含該L0H區域的相 應的整條染色體長度，其中所述至少一對人類染色體不是人類X/Y性染色體對；并且將大 于參考數的總數或疊加長度與患者響應癌癥治療方案的的增加的可能性相關聯。在一些實 施例中，患者是未經治療的患者。
[0014] 另一方面，本發明涉及預測癌癥患者響應治療方案的方法。該方法包括，或大體由 下列步驟組成，在取自癌癥患者的癌細胞中測定癌癥患者的癌細胞中的至少一對人類染色 體上長于第一長度的L0H區域的總數和/或總的疊加長度，其中第一長度為約1. 5或更多 的（或5、10或更多，優選約15或更多）百萬堿基，而所述L0H區域短于包含該L0H區域的 相應的整條染色體長度，其中所述至少一對人類染色體不是人類X/Y性染色體對；并且將 大于參考數的總數或疊加長度與患者將不響應包括紫杉醇或多烯紫杉醇的癌癥治療方案 的升高的可能性相關聯。
[0015] 另一方面，本發明有關于治療癌癥的方法。該方法包括，或大體由下列步驟組成， (a)在源自癌癥患者的癌細胞或從其獲得的基因組DNA中測定癌細胞的至少一對人類染色 體上長于第一長度的L0H區域的總數和/或總的疊加長度，其中第一長度為約1. 5或更多 的（或5、10或更多，優選約15或更多）百萬堿基，而所述L0H區域短于包含該L0H區域的 相應的整條染色體長度，其中所述至少一對人類染色體不是人類X/Y性染色體對；并且（b) 如果該L0H區域的總數或疊加長度大于參考數，那么向癌癥患者提供包含DNA損傷劑、蒽環 類藥物、拓撲異構酶I抑制劑和PARP抑制劑的癌癥治療方案。在一些實施例中，該患者為 未經治療的患者。
[0016] 在前面六段所描述的任何一個或多個方法的一些實施例中，下列中的任何一個或 多個可以視情況而定被應用。LOH區域可在至少二、五、十、或十二對人類染色體中被測定。 癌細胞可以是卵巢、乳腺或食管癌細胞。第一長度可以是約6、12或約15或更多百萬堿基 (即600萬、1千2百萬、1千5百萬或更多堿基）。該參考數可以是6、7、8、9、10、11、12、13、 14、15、16、17、18或20或更大。所述至少一對人類染色體隊可以排除17號人類染色體。 該DNA損傷劑可以是順鉬、卡鉬、奧沙利鉬或吡鉬，該蒽環類藥物可以是表阿霉素或多柔比 星，該拓撲異構酶I抑制劑可以是喜樹堿、拓撲替康、或伊立替康，或該PARP抑制劑可以是 iniparib> olaparib,或 velapirib.
[0017] 另一方面，本發明突出了利用一種或多種選自DNA損傷劑、蒽環類、拓撲異構酶I 抑制劑和PARP抑制劑的化合物用于制備治療確定為帶有總數為5、8、9、10、12、15、17、20或 更多的指示L0H區域的癌細胞的患者的癌癥的藥物制劑。該指示L0H區域可以在至少2、5、 10或21對人類染色體中被測定。該癌細胞可以是卵巢癌、乳腺癌或食管癌細胞。該指示L0H 區域的長度為約6、12、或15或更多的百萬堿基（即600萬、1千2百萬、或1千5百萬或更 多堿基。該指示L0H區域可以存在于除17號人類染色體以外的染色體上。該DNA損傷劑 可以是鉬類化療藥物，該蒽醌類可以是表阿霉素或阿霉素，該拓撲異構酶I抑制劑可以是 喜樹堿、拓撲替康或伊立替康，或該PARP抑制劑可以是iniparib、olaparib或velapirib。 在一些實施例中，該患者是未經治療的患者。
[0018] 另一方面，本發明突出了利用能夠與人類基因組DNA的多個多態性區域雜交的多 個寡核苷酸來制備用于測定從癌癥患者那里得到的人類癌細胞的至少一對染色體上的指 示L0H區域的總數或疊加長度的診斷試劑盒，并且此診斷試劑盒還可以用于測定（a)癌細 胞中BRCA1或BRCA2基因缺陷的可能性的增加，（b)癌細胞中HDR缺陷的可能性的增加，或 (c)癌癥患者將會響應包含DNA損傷劑、蒽環類、拓撲異構酶I抑制劑、放射治療、或PARP抑 制劑的治療方案的可能性的增加。該指示L0H區域可以在至少2、5、10或21對人類染色體 中被測定。該癌細胞可以是卵巢癌、乳腺癌或食管癌細胞。該指示L0H區域可具有約6、12 或15或更多百萬堿基的長度。該指示L0H區域可以存在于除17號人類染色體以外的染色 體上。
[0019] 另一方面，本發明突出了一種測定癌癥患者癌細胞的L0H狀態的系統。該系統包 括，或大體由下列組成，（a)被配置成可以產生關于癌細胞至少一對人類染色體的基因組 DNA的多個信號的樣品分析儀，以及（b)已編程為根據所述多個信號可以計算所述至少一 對人類染色體上的指示L0H區域數目的計算機子系統。計算機子系統經程序控制可將指 示L0H區域的數目或疊加長度與參考值作比較來確定（a)癌細胞中BRCA1和/或BRCA2基 因缺陷的可能性，（b)癌細胞中HDR缺陷的可能性，或（c)癌癥患者將會響應包含DNA損傷 齊U、蒽環類、拓撲異構酶I抑制劑、放射治療、或PARP抑制劑的治療方案的可能性。該系統 可包括一個被配置用來顯示（a)、（b)、或（c)可能性的輸出模塊。該系統可包括一個被配 置用來顯示使用癌癥治療方案建議的輸出模塊。該指示L0H區域可以在至少2、5、10或21 對人類染色體中被測定。該癌細胞可以是卵巢癌、乳腺癌或食管癌細胞。該指示L0H區域 可具有約6、12、或15或更多百萬堿基的長度。該指示L0H區域可以存在于除17號人類染 色體以外的染色體上。該DNA損傷劑可以是鉬-基化療藥物，該蒽醌類可以是表阿霉素或 阿霉素，該拓撲異構酶I抑制劑可以是喜樹堿、拓撲替康或伊立替康，或該PARP抑制劑可以 是 iniparib> olaparib 或 velapirib。
[0020] 另一方面，本發明提供了一種體現在計算機可讀介質中的計算機程序產品，當在 計算機上執行時，提供了沿著除了人類X和Y性染色體的一條或多條染色體檢測任何L0H 區域的存在或缺乏的指令，并且該L0H區域具有約1. 5或更多（5、10或更多，優選15或更 多）百萬堿基但是短于包含該L0H區域的整條染色體長度的長度；并且測定在一對或多對 染色體中的符合上述條件的L0H區域總數或疊加長度。該電腦程序產品可以包括其它的指 令。該指示L0H區域可以在至少2、5、10或21對人類染色體上被測定。該癌細胞可以是卵 巢癌、乳腺癌或食管癌細胞。該指示L0H區域可具有約6、12、或15或更多的百萬堿基的長 度。該指示L0H區域可以存在于除17號人類染色體以外的染色體上。該DNA損傷劑可以 是基于鉬的化療藥物，該蒽醌類可以是表阿霉素或阿霉素，該拓撲異構酶I抑制劑可以是 喜樹堿、拓撲替康或伊立替康，或該PARP抑制劑可以是iniparib、olaparib或velapirib。
[0021] 另一方面，本發明提供了一種診斷試劑盒。該試劑盒包括，或大體由下列組成，能 夠與人類基因組DNA的多個多態性區域雜交的至少500個寡核苷酸；以及本文所提供的計 算機程序產品。該計算機程序產品可體現在計算機可讀介質中，當在計算機上執行時，提供 了在除人類X和Y性染色體以外的一條或多條人類染色體中檢測任何L0H區域的存在或缺 乏的指令，并且該L0H區域長度為約1. 5或更多（5、10或更多，優選地15或更多）百萬堿 基但是短于包含所述L0H區域的整條染色體長度；以及測定該L0H區域在一對或多對染色 體對中的總數或疊加長度的指令。
[0022] 另一方面，本文件突出了評估患者癌細胞中是否存在L0H譜的方法。該方法包括， 或大體由下列步驟組成，（a)在癌癥患者的癌細胞的至少一對人類染色體上檢測多于參考 數的L0H區域的存在，所述L0H區域長于第一長度并且短于包含所述相應L0H區域的整條 染色體長度，其中所述人類染色體不是人類X/Y性染色體對，其中該第一長度為約1. 5或更 多的百萬堿基，并且（b)鑒別患者的癌細胞是否具有所述L0H譜。
[0023] 另一方面，本文件突出了一種評估患者癌細胞是否存在HDR缺陷狀態的方法。該 方法包括，或大體由下列步驟組成，（a)在癌癥患者的癌細胞的至少一對人類染色體上檢測 多于參考數的下述L0H區域的存在，其中任一所述L0H區域長于第一長度并且短于包含所 述相應L0H區域的整條染色體長度的，其中所述至少一對人類染色體不是人類X/Y性染色 體對，其中該第一長度約為1.5或更多的百萬堿基，并且（b)鑒定患者為帶有HDR缺陷狀態 的癌細胞。
[0024] 另一方面，本文件突出了一種評估患者癌細胞中是否存在HDR路徑中基因突變的 方法。該方法包括，或大體由下列步驟組成，（a)在癌癥患者的癌細胞的至少一對人類染色 體上檢測出有多于參考數的L0H區域，任一所述L0H區域的長度應當大于第一長度并且短 于包含該L0H區域的整條染色體的長度，其中所述至少一對人類染色體不是人類X/Y性染 色體對，其中該第一長度為約1. 5或更多的百萬堿基，并且（b)鑒定患者為帶有HDR路徑中 基因突變的癌細胞。
[0025] 另一方面，本文件突出了測定是否患者有可能響應包括放射治療、DNA損傷劑、蒽 環類、拓撲異構酶I抑制劑或PARP抑制劑的癌癥治療方案的方法。該方法包括，或大體由 下列步驟組成，（a)在癌癥患者的癌細胞的至少一對人類染色體上檢測多于參考數的下述 L0H區域的存在，其中L0H區域應當長于第一長度并且短于包含相應L0H區域的整條染色體 長度，其中所述至少一對人類染色體不是人類X/Y性染色體對，其中該第一長度為約1. 5或 更多的百萬堿基，并且（b)鑒別可能響應癌癥治療方案的患者。
[0026] 另一方面，本文件突出了評估患者的方法。該方法包括，或大體由下列步驟組成， (a)測定包括具有L0H譜的癌細胞的患者，其中癌癥患者的癌細胞的至少一對人類染色體 上的有大于參考數的長于第一長度但是短于包含相應L0H區域的整條染色體長度的L0H區 域的存在表明癌細胞具有L0H譜，其中所述至少一對人類染色體不是人類X/Y性染色體對， 其中該第一長度約為1百5萬或更多的堿基，并且（b)診斷含有具有L0H譜的癌細胞的患 者。
[0027] 另一方面，本文件突出了評估患者的方法。該方法包括，或大體由下列步驟組成， (a)測定包括具有HDR缺陷狀態的癌細胞的患者，其中癌癥患者的癌細胞的至少一對人類 染色體上的有多于參考數的長于第一長度但是短于包含相應L0H區域的整條染色體長度 的L0H區域的存在表明癌細胞具有HDR缺陷狀態，其中所述的至少一對人類染色體不是人 類X/Y性染色體對，其中該第一長度約為1百50萬或更多的堿基，并且（b)診斷含有具有 HDR缺陷狀態的癌細胞的患者。
[0028] 另一方面，本文件突出了評估患者的方法。該方法包括，或大體由下列步驟組成， (a) 測定帶有HDR路徑基因的基因突變的癌細胞的患者，其中癌癥患者的癌細胞的至少一 對的人類染色體總起來有多于參考數的長于第一長度但是短于包含相應L0H區域的整條 染色體長度的L0H區域的存在表明癌細胞具有基因突變，其中所述的"至少一對人類染色 體"不是人類X/Y性染色體對，其中該第一長度約1.5或更多的百萬堿基，并且（b)診斷含 有具有基因突變的癌細胞的患者。
[0029] 另一方面，本文件突出了評估患者是否響應包含放射治療或選自包含DNA損傷 齊U、蒽環類、拓撲異構酶I抑制劑和PARP抑制劑藥物的癌癥治療方案的方法。該方法包括， 或大體由下列步驟組成，（a)測定包括具有L0H標記的癌細胞的至少一對人類染色體上的 多于參考數的長于第一長度的L0H區域，而所述L0H區域短于包含該L0H區域的相應的整 條染色體長度，其中第一長度約1.5或更多的百萬堿基，其中所述至少一對人類染色體不 是人類X/Y性染色體對，多于參考數的這種L0H區域的存在表明癌細胞具有L0H標記；并且 (b) 至少部分基于L0H標記的存在，診斷有可能響應癌癥治療方案的患者。
[0030] 另一方面，本文件突出了一種執行患者癌細胞診斷分析的方法。該方法包括，或大 體由下列步驟組成，（a)檢測癌細胞的至少一對人類染色體上的多于參考數的長于第一長 度但是短于包含L0H區域的整條染色體長度的L0H區域的存在，其中所述至少一對人類染 色體不是人類X/Y性染色體對，其中第一長度約1. 5或更多的百萬堿基，并且（b)鑒定包含 具有L0H標記的癌細胞的患者。
[0031] 另一方面，本文件突出了一種執行患者癌細胞診斷分析的方法。該方法包括，或大 體由下列步驟組成，（a)檢測癌細胞的至少一對人類染色體上的多于參考數的長于第一長 度但是短于包含L0H區域的整條染色體長度的L0H區域的存在，其中所述至少一對人類染 色體不是人類X/Y性染色體對，其中第一長度約1. 5或更多的百萬堿基，并且（b)鑒定包含 具有HDR缺陷狀態的癌細胞的患者。
[0032] 另一方面，本文件突出了一種執行患者癌細胞診斷分析的方法。該方法包括，或大 體由下列步驟組成，（a)檢測癌細胞的至少一對人類染色體上的多于參考數的長于第一長 度但是短于包含L0H區域的整條染色體長度的L0H區域的存在，其中所述至少一對人類染 色體不是人類X/Y性染色體對，其中第一長度約1. 5或更多的百萬堿基，并且（b)鑒定包含 具有來自HDR途徑基因的基因突變的的癌細胞的患者。
[0033] 另一方面，本文件突出了一種執行患者癌細胞診斷分析來確定是否該癌癥患者有 可能響應包含給予放射治療或選自包含DNA損傷劑、蒽環類、拓撲異構酶I抑制劑和PARP 抑制劑組合的藥物的癌癥治療方案的方法。該方法包括，或大體由下列步驟組成，（a)檢測 癌細胞的至少一對人類染色體上的多于參考數的長于第一長度但是短于包含L0H區域的 整條染色體長度的L0H區域的存在，其中所述至少一對人類染色體不是人類X/Y性染色體 對，其中第一長度約1.5或更多的百萬堿基，并且（b)鑒定有可能響應癌癥治療方案的患 者。
[0034] 另一方面，本文件突出了一種診斷包含具有L0H譜的癌細胞的患者的方法。該方 法包括，或大體由下列步驟組成，（a)測定包括具有L0H譜的癌細胞的患者，其中癌癥患者 的癌細胞的至少一對人類染色體上的多于參考數的長于第一長度但是短于包含L0H區域 的整條染色體長度的L0H區域的存在表明癌細胞具有L0H標記，其中所述至少一對人類染 色體不是人類X/Y性染色體對，其中第一長度約1.5或更多的百萬堿基，并且（b)診斷含有 具有L0H標記的癌細胞的患者。
[0035] 另一方面，本文件突出了一種診斷包含具有HDR缺陷狀態的癌細胞的患者的方 法。該方法包括，或大體由下列步驟組成，（a)測定包括具有HDR缺陷狀態的癌細胞的患 者，其中癌癥患者的癌細胞的至少一對人類染色體上的多于參考數的長于第一長度但是短 于包含L0H區域的整條染色體長度的L0H區域的存在表明癌細胞具有HDR缺陷狀態，其中 所述至少一對人類染色體不是人類X/Y性染色體對，其中第一長度約1. 5或更多的百萬堿 基，并且（b)診斷含有具有HDR缺陷狀態的癌細胞的患者。
[0036] 另一方面，本文件突出了一種診斷包含具有HDR途徑基因的基因突變的癌細胞的 患者的方法。該方法包括，或大體由下列步驟組成，（a)測定包括具有基因突變的癌細胞的 患者，其中癌癥患者的癌細胞的至少一對人類染色體上的多于參考數的長于第一長度但是 短于包含L0H區域的整條染色體長度的L0H區域的存在表明癌細胞具有基因突變，其中所 述至少一對人類染色體不是人類X/Y性染色體對，其中第一長度約1. 5或更多的百萬堿基， 并且（b)診斷含有具有基因突變的癌細胞的患者。
[0037] 另一方面，本文件突出了一種診斷患者是否作為包含放射治療或選自包含DNA損 傷劑、蒽環類、拓撲異構酶I抑制劑和PARP抑制劑藥物的癌癥治療方案的候選人的方法。 該方法包括，或大體由下列步驟組成，（a)測定包括具有L0H標記的癌細胞的患者,其中癌 癥患者的癌細胞的至少一對人類染色體上的多于參考數的長于第一長度但是短于包含L0H 區域的整條染色體長度的L0H區域的存在表明癌細胞具有L0H標記，其中所述至少一對人 類染色體不是人類X/Y性染色體對，其中第一長度約1. 5或更多的百萬堿基，并且（b)至少 部分基于L0H標記的存在，診斷有可能響應癌癥治療方案的患者。
[0038] 如果沒有另行規定，文中所用的所有的技術和科學術語與本專利相關領域的普通 技術人員的通常理解有著相同的含義。盡管與這里提到的那些類似或相同的方法或材料可 用于實踐本發明，合適的材料和方法如下所述。在這里提到的所有的出版物、專利申請、專 利、以及其他的參考文獻通過索引的方式全部并入。在沖突的情況下，以本說明書包括定義 為準。此外，這些材料、方法和實例只是說明性的，而不是意在限制本發明。
[0039] 本發明的一個或多個實施例的細節在說明書和以下的附圖中被陳述。這些材料、 方法和實例只是說明性的，而不是意在限制本發明。本發明的其它特征、目的以及優點在說 明書、附圖和權利要求書中是顯而易見的。

【專利附圖】

【附圖說明】
[0040] 圖1是利用SNP陣列測定的來自乳腺癌患者的乳腺癌細胞的沿著1號染色體上的 等位基因劑量的圖。箭頭表示雜合性區域和L0H區域之間的轉換。
[0041] 圖2是利用高通量測序法測定的來自如圖1所示的相同乳腺癌患者的乳腺癌細胞 的沿著1號染色體的等位基因的劑量圖。箭頭表示雜合性區域和L0H區域之間的轉換。
[0042] 圖3是評估細胞（如，癌細胞）基因組L0H譜的示例流程的流程圖。
[0043] 圖4是可被用于實施本文中所描述的技術的計算機設備以及移動計算機設備的 一個示例的圖解。
[0044] 圖5是在來自62例人類患者的卵巢癌細胞中檢測到的L0H區域的長度分布圖。調 整后的長度是指被L0H區域覆蓋了的染色體臂的比例。
[0045] 圖6是具有完整的或缺陷的BRCA1和BRCA2基因的卵巢癌細胞樣品的訓練集合中 長于15Mb但短于整條染色體的L0H區域的數量圖。圓圈的大小與具有這樣數目的L0H區 域的樣品數量成比例。
[0046] 圖7是圖6是具有完整的或缺陷的BRCA1和BRCA2基因的卵巢癌細胞樣品的訓練 集合和驗證集合中長于15Mb但短于整條染色體的L0H區域的數量圖。圓圈的大小與具有 這樣數目的L0H區域的樣品數量成比例。
[0047] 圖8是具有體細胞BRCA突變、生殖系BRCA突變、低BRCA1表達或完整BRCA(BRCA 正常）的卵巢癌細胞樣品中長于15Mb但短于整條染色體的L0H區域的數量圖。圓圈的大 小與具有這樣數量的L0H區域的樣品數量成比例。
[0048] 圖9是一張表格展示BRCA缺陷的、HDR缺陷的/BRCA完整的、以及HDR完整的卵 巢癌細胞樣品的百分比。
[0049] 圖10是所示癌癥的腫瘤細胞系中長于15Mb但短于整條染色體的L0H區域的數量 圖。圓圈的大小與具有這樣數量的L0H區域的樣品數量成比例。
[0050] 圖11是肺癌樣品中長于15Mb但短于整條染色體的L0H區域的數量圖。
[0051] 圖12是所示癌癥或癌細胞系具有HDR缺陷的百分比圖。
[0052] 圖13包括當暴露于具有所示數量的長于15Mb但短于整條染色體的L0H區域的29 例乳腺癌細胞系后喜樹堿（camptothecin)的IC50值（Logl0(IC50)圖以及鉬化合物（奧 沙利鉬、順鉬和卡鉬）、或蒽環類（阿霉素和表阿霉素）的平均Logl0(IC50)值圖，或者當 暴露于具有所示數量的長于15Mb短于整條染色體的L0H區域的卵巢癌細胞系后紫杉醇的 IC50值（Logl0(IC50))圖。虛線將域值數設置在9。
[0053] 圖14是圖13的標記版本，它將暴露于具有所示數量的長于15Mb短于整條染 色體的L0H區域的29例乳腺癌細胞系后的鉬化合物（奧沙利鉬、順鉬和卡鉬）的平均 Logl0(IC50)值列圖。
[0054] 圖15是鑒定L0H位點和區域的示例計算過程的流程圖。
[0055] 圖16展示了 L0H區域長度與以染色體臂長度校正的這些L0H區域的長度的比值。 在這個圖上的最大的校正值等于2,與LOH對整條染色體比值相對應。
[0056] 圖17展示了腫瘤樣品的HRD分值。藍圈：BRCA1或BRCA2缺陷樣品。紅圈：BRCA1 和BRCA2完整樣品。藍圈和紅圈的合并區域是相同的。每個單獨的圈的面積與具有相應數 目的L0H區域的樣品數呈比例。
[0057] 圖17a.第一組的HRD分值（152例樣品中的46例是BRCA1或BRCA2缺陷）。
[0058] 圖17b.第二組的HRD分值（53例樣品中的19例是BRCA1或BRCA2缺陷）。
[0059] 圖17c.第三組的HRD分值（435例樣品中的146例是BRCA1或BRCA2缺陷）。
[0060] 圖17d.來自所有三組的總合的數據的HRD分值。A行：224例樣品有BRCA1、或 BRCA2、或RAD51C基因缺陷；B :84例BRCA1突變體；C :43例BRCA2突變體；D :82例樣品有 BRCA1低表達或甲基化；E :13例樣品具有RAD51C甲基化。紅圈：416例樣品具有BRCA1、 BRCA2和RAD51C完整基因。
[0061] 圖18a.癌細胞系中HRD分值的比較。紅圈：具有完整BRCA1或BRCA2的細胞系。 A :30例完整的非卵巢細胞系；B :22例完整的卵巢細胞系。綠圈：6例具有BRCA1或BRCA2 雜合突變的攜帶者。紫圈：2例具有BRCA1或BRCA2隔代遺傳的雜合突變的攜帶者。藍圈 ： 7例具有BRCA1或BRCA2雜合突變或甲基化BRCA1的攜帶者。綠、紅、藍和紫圈的合并區域 是相同的。每個單獨的圈的面積與具有相應數目的L0H區域的樣品數呈比例。
[0062] 圖18b.手術后生存期的HRD值的Kaplan-Meier圖譜在中線處拆分。這些數據是 用具有拷貝數數據和生存資料的TGCA數據集的507例樣品生成的。具有高和低HRD分值的 樣品的中位生存期分別是 1499(95% CI = (1355-1769))和 1163(95% CI = (1081-1354)) 天。
[0063] 圖19顯示了第一研究組中L0H分值與用不同L0H區域長度的截止閾值計算的 HR缺陷之間的相關性。相應的logl0(p-值）如Y-軸所示。研究了 L0H區域長度的截止 閾值和HR缺陷與L0H分值相關的顯著性之間的關系。該圖顯示L0H長度截止閾值可以是 ll-21Mb。以15Mb作為截止閾值，約在間隔的中間，可以用在一些優選的實施例中，因為它 被認為對存在于該數據中的統計噪音更敏感。
[0064] 圖20顯示了三組BRCA1和BRCA2缺陷樣品中L0H分值的比較，來自所有三個研究 組群的疊加數據。A行：49例BRCA1生殖系突變攜帶者；A :25例BRCA1體細胞突變攜帶者； C :82例BRCA1甲基化或低表達攜帶者；D :27例BRCA1生殖系突變攜帶者；E :9例BRCA2體 細胞突變攜帶者。
[0065] 圖21顯示了 BRCAUBRCA2和RAD51C缺陷樣品的L0H分值的比較關系。藍圈對應 于BRCA1缺陷樣品，紅圈對應于BRCA2缺陷樣品，綠圈對應于RAD51C缺陷樣品。紅、藍和綠 圈下的合并區域是相同的。每個單獨的圈的面積與具有相應數目的L0H區域的樣品數量呈 比例。
[0066] 圖22顯示了響應和不響應包含鉬療法的治療方案的患者的L0H( "HRD"）分值的 比較關系。每個單獨的圈的面積與具有相應數目的L0H區域的樣品數量呈比例。
[0067] 圖23顯示了 BRCA1或BRCA2缺陷樣品的L0H( "HRD"）分值的比較關系。每個單 獨的圈的面積與具有相應數目的L0H區域的樣品數量呈比例。有顯著污染的一個離群值的 樣品被著重顯示。
[0068] 圖24顯示了每個給定L0H( "HRD"）分值的病人組中非響應者的比例。
[0069] 發明詳述
[0070] 本文件提供了用于評估樣品（如：癌細胞）中是否存在L0H譜的方法和材料。例 如，本文件提供了測定一個細胞（如：癌細胞）中是否包含L0H譜（如，HDR缺陷L0H譜） 的方法和材料。
[0071] -般說來，存在于每條染色體（男性的每條常染色體）相同位點的序列的比對關 系可揭露是否這個在細胞基因組中的特定的位點是純合的或雜合的。在人類基因組內的多 態性基因位點在一個個體內一般都是雜合的，因為個體通常接收來自生父的一份拷貝和來 自生母的一份拷貝。在某些情況下，在一個個體內的一個多態性基因位點或一連串多態性 基因位點是純合的是因為從親生父母繼承相同的拷貝。
[0072] 雜合性丟失（L0H)可能起因于很多機制。例如，在某些情況下，一條染色體的一個 區域可以在體細胞中缺失。仍然存在于另一條染色體（男性的其它非性染色體）上的該區 域是一個L0H區域，因為只有該區域的一個拷貝（而不是兩個）存在于受影響的細胞的基 因組內。這個L0H區域可是是任何長度（如，從少于約1.5Mb的長度到等于染色體整體長 度）。這種類型的L0H事件導致了拷貝數的減少。在其它情況下，一條染色體（男性的非性 染色體）上的一個區域在體細胞中被來自另一染色體的該區域的一個拷貝所替代，因此消 除了可能存在于被替代區域的任何的雜合性。在這種情況下，仍然存在于每條染色體上的 該區域是一個L0H區域并且可以簡稱為一個拷貝中性L0H區域。拷貝中性L0H區域可以是 任何長度（如，從少于約1. 5Mb的長度到等于染色體整體長度）。
[0073] 如本文中所述，一個細胞樣品（如，癌細胞樣品）可以被鑒定為含有"陽性L0H標 記狀態"（或者稱為"HDR缺陷型L0H標記"），如果該細胞的基因組被評估含有5個或更多 (如，6或更多、7或更多、8或更多、9或更多、10或更多、11或更多、12或更多、13或更多、 14或更多、15或更多、16或更多、17或更多、18或更多、19或更多、或20或更多）L0H區域， 該 L0H 區域（a)長于約 1 百 50 萬堿基（如，長于 2、2.5、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、 15、 16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、75 或 100 百萬堿基（Mb)，優選地長于 14 或 15 或 16, 更優選地長于約15百萬堿基），并且（b)少于包含該L0H區域的整條染色體的長度。在 某些情況下，一個癌細胞樣品可以被認為含有陽性L0H標記狀態，如果該細胞的基因組被 評估含有9個或更多L0H區域，該L0H區域（a)長于約15Mb并且（b)少于包含該L0H區域 的整條染色體的長度。除非另有說明，術語"指示L0H區域"指的是在除人類X/Y性染色體 對以外的一對染色體上的并且具有雜合性丟失特征的長度約1百50萬或更多堿基但是短 于含有該指示L0H區域的整條染色體的長度的L0H區域。包含L0H區域的整條染色體的長 度可以通過檢查生殖細胞或非腫瘤體細胞中對應的染色體對的較短的染色體長度測定的。 在一些實施例中，一個指示L0H區域是任何約2、2. 5、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、 16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、75或100個百萬堿基〇\&)或更多（優選長于14或 15百萬堿基，即大于1千4百萬或1千5百萬堿基）但小于包含該L0H區域的整條染色體 長度的L0H區域。
[0074] 被認定為具有陽性L0H標記（在這里也被稱為"HDR缺陷L0H標記"）的細胞（如， 癌細胞）可被歸類于具有HDR缺陷可能性的增加和/或具有HDR途徑一個或多個基因缺陷 狀態可能性的增加。例如，被認定為具有陽性L0H標記的癌細胞可被歸類于具有HDR缺陷 狀態可能性的增加。在某些情況下，被認定為具有陽性L0H標記的癌細胞可被歸類于具有 HDR途徑一個或多個基因缺陷狀態可能性的增加。在本文中用到的，基因的缺陷狀態意思是 基因的序列、結構、表達和/或活性或它的產物與正常相比是有缺陷的。例如其中包括但不 限于，低或無 mRNA或蛋白質表達、有害突變、超甲基化、弱活性（如，酶活性、結合其它生物 分子的活性）等。在本文中用到的，途徑（如，HDR途徑）的缺陷狀態意思是這個途徑中的 至少一個基因（如，BRCA1)是有缺陷的。特別有害的突變的例子包括移碼突變、終止子突 變、以及導致RNA剪接改變的突變。HDR途徑的基因的缺陷狀態可以導致癌細胞中同源定向 修復的缺陷或減活。HDR途徑基因的例子包括但不限于，表1所列基因。
[0075] 表1.部分HDR途徑基因
[0076]

【權利要求】
1. 一種評估癌細胞或其基因組DNA中LOH的方法，其中所述方法包括： (a) 在癌細胞或來源于其的基因組DNA中檢測所述癌細胞的至少一對人類染色體上的 L0H區域，其中所述至少一對人類染色體不是人類X/Y性染色體對；并且 (b) 檢測所述至少一對人類染色體上的長于第一長度但是短于包含所述L0H區域的整 條染色體長度的L0H區域的總數，其中所述第一長度約1. 5百萬或更多百萬堿基。
2. -種預測癌細胞中BRCA1和BRCA2基因狀態的方法，包括： 在癌細胞中檢測所述癌細胞的至少一對人類染色體上的長于第一長度但是短于包含 L0H區域的整條染色體長度的L0H區域的總數，其中所述至少一對人類染色體不是人類X/Y 性染色體對，其中所述第一長度約1百50萬或更多堿基；并且 將大于參考數的所述總數與BRCA1或BRCA2基因缺陷的可能性的增加相關聯。
3. -種預測癌細胞中HRD狀態的方法，包括： 在癌細胞中檢測所述癌細胞的至少一對人類染色體上的長于第一長度但是短于包含 L0H區域的整條染色體長度的L0H區域的總數，其中所述至少一對人類染色體不是人類X/Y 性染色體對，其中所述第一長度約1千5百萬或更多堿基；并且 將大于參考數的所述總數與HRD缺陷的可能性的增加相關聯。
4. 一種預測癌癥患者響應包含DNA損傷劑、蒽環類、拓撲異構酶I抑制劑、放射治療，和 /或PARP抑制劑的癌癥治療方案的方法，所述方法包括： 在來自所述癌癥患者的癌細胞中檢測所述癌癥患者的癌細胞中至少一對人類染色體 上的長于第一長度但是短于包含L0H區域的整條染色體長度的L0H區域的數目，其中所述 至少一對人類染色體不是人類X/Y性染色體對，其中所述第一長度約1. 5或更多百萬堿基； 并且 將大于參考數的所述總數與所述癌癥患者將會響應所述癌癥治療方案可能性的增加 相關聯。
5. -種預測癌癥患者響應治療方案的方法，包括： 在來自所述癌癥患者的癌細胞中檢測所述癌癥患者癌細胞的至少一對人類染色體上 的長于第一長度但是短于包含L0H區域的整條染色體長度的L0H區域的總數，其中所述至 少一對人類染色體不是人類X/Y性染色體對，其中所述第一長度約1. 5或更多百萬堿基；并 且 將大于參考數的所述總數與所述癌癥患者將不會響應包括紫杉醇或多烯紫杉醇的治 療方案可能性的增加相關聯。
6. -種治療癌癥的方法，包括： (a) 在來自癌癥患者的癌細胞或從其獲得的基因組DNA中檢測癌細胞中至少一對人 類染色體上的長于第一長度但是短于包含L0H區域的整條染色體長度的L0H區域的總數， 其中所述至少一對人類染色體不是人類X/Y性染色體對，其中所述第一長度約1. 5或更多 百萬堿基；并且 (b) 如果所述L0H區域的總數大于參考數，給予所述癌癥患者包含一種或多種選自由 DNA損傷劑、蒽環類、拓撲異構酶I抑制劑和PARP抑制劑組成的藥物的癌癥治療方案。
7. 用一種或多種選自包含DNA損傷劑、蒽環類、拓撲異構酶I抑制劑和PARP抑制劑的 組合的藥物制備對治療已被鑒定為確定具有總數為5或更多的指示L0H區域的癌細胞的患 者的癌癥有用的藥劑。
8. -種測定癌癥患者癌細胞的LOH狀態的系統，包括： (a) 配置用來產生多個關于所述癌細胞至少一對人類染色體的基因組DNA的信號的樣 品分析儀，以及 (b) 基于所述多個信號，用來計算所述至少一對人類染色體上的指示LOH區域數目的 程序化的計算機子系統。
9. 根據權利要求8的系統，其中所述計算機子系統被編程將所述指示LOH區域的數目 與參考值做比較來確定 (a) 所述癌細胞中BRCA1和/或BRCA2基因缺陷的可能性， (b) 所述癌細胞中HRD缺陷的可能性，或 (c) 所述癌癥患者將會響應包含DNA損傷劑、蒽環類、拓撲異構酶I抑制劑、放射治療、 或PARP抑制劑的治療方案的可能性。
10. -種體現在計算機可讀介質中的計算機程序產品，當在計算機上執行時，執行步驟 包括： 沿著除了人類X和Y性染色體的一條或多條染色體檢測任何LOH區域的存在或缺乏， 并且所述LOH區域具有約1. 5或更多百萬堿基但是短于包含LOH區域的整條染色體長度的 長度；并且 檢測所述一對或多對染色體對中所述LOH區域的總數。
11. 一種診斷試劑盒包括： 能夠與人類基因組DNA的多個多態性區域雜交的至少500個寡核苷酸；以及 權利要求10的計算機程序產品。
12. 利用能夠與人類基因組DNA的多個多態性區域雜交的多個寡核苷酸制備對檢測來 自癌癥患者的人類癌細胞的至少一對染色體中對指示LOH區域總數有用的診斷試劑盒，并 用于檢測： (a) 所述癌細胞中BRCA1或BRCA2基因缺陷可能性的增加， (b) 所述癌細胞中HRD缺陷可能性的增加，或 (c) 所述癌癥患者將會響應包含DNA損傷劑、蒽環類、拓撲異構酶I抑制劑、放射治療、 或PARP抑制劑的治療方案可能性的增加。
13. 權利要求1-6中任一項的方法，其中所述LOH區域在至少2、5、10或21對人類染色 體中被測定。
14. 權利要求1-6中任一項的方法，其中所述癌細胞是卵巢癌、乳腺癌或食管癌細胞。
15. 權利要求1-6中任一項的方法，其中所述LOH區域的總數是9、15、20或更多。
16. 權利要求1-6中任一項的方法，其中所述第一長度約6、12、或15或更多百萬堿基。
17. 權利要求1-6中任一項的方法，其中所述參考值是6、7、8、9、10、11、12、或13或更 大。
18. 權利要求7或12的應用，其中所述指示LOH區域在至少2、5、10或21對人類染色 體中被測定。
19. 權利要求7或12的應用，其中所述癌細胞是卵巢癌、乳腺癌或食管癌細胞。
20. 權利要求7或12的應用，其中所述指示LOH區域的總數是9、15、20或更多。
21. 權利要求7或12的應用，其中所述指示LOH區域具有約6、12、或15或更多百萬堿 基的長度。
22. 權利要求8或9的系統，其中所述指示L0H區域在至少2、5、10或21對人類染色體 中被測定。
23. 權利要求8或9的系統，其中所述癌細胞是卵巢癌、乳腺癌或食管癌細胞。
24. 權利要求8或9的系統，其中所述指示L0H區域的總數是9、15、20或更多。
25. 權利要求8或9的系統，其中所述指示L0H區域具有約6、12、或15或更多百萬堿 基的長度。
26. 權利要求10的計算機程序產品，其中所述指示L0H區域在至少2、5、10或21對人 類染色體中被測定。
27. 權利要求10的計算機程序產品，其中所述癌細胞是卵巢癌、乳腺癌或食管癌細胞。
28. 權利要求10的計算機程序產品，其中所述指示L0H區域的總數是9、15、20或更多。
29. 權利要求10的計算機程序產品，其中所述指示L0H區域具有約6、12、或15或更多 百萬堿基的長度。
30. 權利要求1-6中任一項的方法，其中所述至少一對人類染色體不是17號人類染色 體。
31. 權利要求7或12的應用，其中所述指示L0H區域不在17號人類染色體上。
32. 權利要求8或9的系統，其中所述指示L0H區域不在17號人類染色體上。
33. 權利要求10的計算機程序產品，其中所述指示L0H區域不在17號人類染色體上。
34. 權利要求4或6的方法，其中所述DNA損傷劑是順鉬、卡鉬、奧沙利鉬或吡鉬；所述 蒽環類是表阿霉素或阿霉素；所述拓撲異構酶I抑制劑是喜樹堿、托普替康或伊立替康；或 所述 PARP 抑制劑是 iniparib、olaparib 或 velapirib。
35. 權利要求12的應用，其中所述DNA損傷劑是鉬-基化療藥物，所述蒽環類是表阿霉 素或阿霉素，所述拓撲異構酶I抑制劑是iniparib、olaparib或velapirib。
36. 權利要求9的系統，其中所述DNA損傷劑是鉬-基化療藥物，所述蒽環類是表阿霉 素或阿霉素，所述拓撲異構酶I抑制劑是喜樹堿、托普替康或伊立替康，或所述PARP抑制劑 是 iniparib> olaparib 或 velapirib。
37. 權利要求10的計算機程序產品，其中所述DNA損傷劑是鉬-基化療藥物，所述蒽環 類是表阿霉素或阿霉素，所述拓撲異構酶I抑制劑是喜樹堿、托普替康或伊立替康，或所述 PARP 抑制劑是 iniparib、olaparib 或 velapirib。
38. -種方法包括： (a) 在癌細胞或來源于其的基因組DNA中檢測癌細胞的代表數量染色體對上的L0H區 域；并且 (b) 檢測所述L0H區域的數目和大小。
39. 權利要求38的方法，所述代表數量的人類染色體代表整個基因組。
40. 權利要求38的方法，進一步包含將特定大小的L0H區域的數量增加與HRD缺陷的 可能性的增加相關聯。
41. 權利要求40的方法，其中所述特定大小是長于約1. 5百萬、2百萬、2. 5百萬、3 百萬、4百萬、5百萬、6百萬、7百萬、8百萬、9百萬、10百萬、11百萬、12百萬、13百萬、14 百萬、15百萬、16百萬、17百萬、18百萬、19百萬、20百萬、25百萬、30百萬、35百萬、40 百萬、45百萬、50百萬、75百萬或100百萬堿基并且少于包含LOH區域的整條染色體的長 度。
42. 權利要求40或41的方法，其中所述特定大小的6、7、8、9、10、11、12或13或更多數 目的LOH區域與HRD缺陷可能性的增加相互關聯。
43. -種確定患者預后的方法包括： (a) 檢測患者是否包括具有LOH標記的癌細胞，其中癌癥患者的癌細胞的至少一對人 類染色體上的多于參考數的長于第一長度并且短于包含LOH區域的整條染色體長度的LOH 區域的存在表明癌細胞具有LOH標記，其中所述至少一對人類染色體不是人類X/Y性染色 體對，其中第一長度約1.5或更多的百萬堿基，并且 (b) (1)至少部分基于LOH標記的存在，鑒別具有相對好的預后的患者，或者 (b) (2)至少部分基于LOH標記的不存在，鑒別具有相對不良預后的患者。
44. 一種包含選自由DNA損傷劑、蒽環類、拓撲異構酶I抑制劑和PRAP抑制劑組成的組 合的藥物的組合物用于治療選自由乳腺癌、卵巢癌、肝癌、食管癌、肺癌、頭頸癌、前列腺癌、 結腸癌、直腸癌、結直腸癌和胰腺癌的組合的癌癥患者，所述患者的癌細胞具有多于參考數 的在至少一對人類染色體上的LOH區域，所述LOH區域長于第一長度但是短于包含所述LOH 區域的整體染色體長度，其中所述至少一對人類染色體不是人類X/Y性染色體對，其中所 述第一長度約1百50萬或更多百萬堿基。
45. 權利要求44的組合物，其中所述LOH區域在至少2、5、10或21對人類染色體中被 測定。
46. 權利要求44的組合物，其中所述LOH區域的總數是9、15、20或更多。
47. 權利要求44的組合物，其中所述第一長度約6、12或15或更多百萬堿基。
48. 權利要求44的組合物，其中所述參考值是6、7、8、9、10、11、12或13或更大。
49. 一種治療患者癌癥的方法，包括： 在來自所述患者的樣品中檢測癌癥患者的癌細胞的至少一對人類染色體上的長于第 一長度并且短于包含LOH區域的整條染色體長度的LOH區域的數量表明癌細胞具有LOH標 記，其中所述至少一對人類染色體不是人類X/Y性染色體對，其中所述第一長度約1. 5或更 多的百萬堿基； 提供來自所述LOH區域的數目的測試值； 將檢測值與來源于參考人群的所述LOH區域數量的一種或多種參考值（如，平均值、 中間值、百分位點、四分位數、五分位數、等）做比較；并且 給予所述患者一種抗癌藥物，或推薦或規定或啟動包含化療和/或合成致死劑的治療 方案，至少部分基于所述比較步驟，揭示了測試值是大于（如，至少2-、3-、4-、5-、6-、7_、 8-、9_或10-倍大于；至少1、2、3、4、5、6、7、8、9或10標準差大于）至少一個所述的參考值； 或 推薦或規定或啟動不包含化療和/或合成致死劑的治療方案，至少部分基于所述比較 步驟揭示了測試值不大于（如，不大于2-、3-、4-、5-、6-、7-、8-、9-或10-倍，不大于1、2、3、 4、5、6、7、8、9或10標準差）至少一個所述的參考值。
50. 權利要求49的方法，其中所述LOH區域在至少2、5、10或21對人類染色體中被測 定。
51. 權利要求49的方法，其中所述的LOH區域的總數是9、15、20或更多。
52. 權利要求49的方法，其中所述第一長度約6百萬、1千2百萬或1千5百萬或更多 喊基。
53. 權利要求49的方法，其中所述參考值是6、7、8、9、10、11、12或13或更大。
54. 權利要求49的方法，其中所述化療選自包含DNA損傷劑、蒽環類。拓撲異構酶I抑 制劑和/或所述綜合致死劑是PARP抑制劑藥物的組合。
55. 權利要求49的方法，其中所述DNA損傷劑是順鉬、卡鉬、奧沙利鉬或吡鉬；所述蒽 環類是表阿霉素或阿霉素；所述拓撲異構酶I抑制劑是喜樹堿、托普替康或伊立替康；或所 述 PARP 抑制劑是 iniparib、olaparib 或 velapirib。
【文檔編號】C12N15/11GK104160037SQ201280070358
【公開日】2014年11月19日 申請日期:2012年12月21日 優先權日:2011年12月21日
【發明者】V·阿布科維奇, A·古廷, K·蒂姆斯, J·蘭奇布瑞 申請人:美瑞德生物工程公司, V·阿布科維奇, A·古廷, K·蒂姆斯, J·蘭奇布瑞