專利名稱：一種空間屎腸球菌lct-ef258菌株的制作方法
技術領域：
本發明屬于生物技術領域；更具體地，本發明涉及屎腸球菌及其生物學特性、全基因組學測序、轉錄組測序和差異蛋白組學分析。
背景技術：
隨著人類航天活動日益增多和我國載人航天計劃逐漸實施，航天員的健康是航天醫學保障的一個關鍵問題，其中預防細菌感染是一個重要方面。有研究發現在模擬微重力條件下沙門氏菌對小鼠感染的毒力會增強，同時航天活動中機體的免疫力下降，從而導致更易感染。目前，在空間站中已檢出包括腸球菌在內的多種細菌，因此針對空間細菌變異的研究是太空微生物研究的一個重要課題。目前，有關空間誘變微生物的資源非常缺乏，嚴重阻礙了該領域的發展。屎腸球菌早期被認為屬于D群鏈球菌屬，隨著分子生物學各項技術的發展，通過基因DNA的同源性檢測，發現其屬于腸球菌屬。腸球菌是人體內的一種正常菌群，但在人體免疫力下降時同樣可以致病，因此是一種條件性致病菌，常可導致多個系統發生感染，例如人體生殖系統、泌尿系統、腹腔感染、傷口表明感染等，同時也是引起院內感染的常見菌群之一。近年來，隨著各種有創性檢查和治療手段的實施以及免疫抑制劑的和抗生素的大量使用，使腸球菌的感染越來越多。由于該種菌群常天然耐藥，對頭孢菌素、大環內酯類、磺胺類、氨基糖苷類均具有耐藥性，近年耐受萬古霉素類的腸球菌株增多，臨床上使得醫生常常無計可施。目前在難治性屎腸球菌感染方面的研究已經入瓶頸期，沒有很好的研究切入點。對空間條件下屎腸球菌相關生物學性狀(如毒力和耐藥等)改變的研究，分析其變化的分子機理是解決航天活動中細菌感染和臨床治療中耐藥問題的有效手段。近年來，基因組、轉錄組、蛋白組學和生物信息學等系統生物學研究手段不斷出現，使得開展空間環境下屎腸球菌突變的分子機理研究更易進行。一方面可為空間生物安全評估提供理論基礎，另一方面可為臨床難治性感染的研究提供思路。
發明內容
本發明的一個目的提供一株空間環境的屎腸球菌LCT-EF258菌株本發明提供的該菌株，其保藏號為CGMCC NO. 6525。—株屎腸球菌，革蘭氏染色陽性，呈單個、鏈狀、聚團排列；同地面對照株的抗生素耐受性相比，對抗生素丁胺卡那(阿米卡星)、環丙沙星更加耐受；無生長速度的差異；能利用Y-氨基丁酸和L-蘋果酸為碳源，而不能利用對羥基苯乙酸。所述的屎腸球菌LCT-EF258菌株，進行全基因組測序和比較基因組學分析得出突變基因，見表1，空間環境導致LCT-EF258菌株基因組上SNP的變化，包括SNP在基因組上的位置，突變位點及編碼蛋白以及注釋出的基因；表2為空間環境導致LCT-EF258菌株基因組上的插入和缺失，包括InDel位置和發 生的區域。表I空間環境導致LCT-EF258菌株基因組上純合SNP的變化
SNP位置突變堿基參考基因ID 注釋庫ID突變蛋白ScaffoId3_60853 C —A LCT-EF90GL001983 gi | 293570275S —I表2空間環境導致LCT-EF258菌株基因組上的插入和缺失
權利要求
1.一種空間屎腸球菌LCT-EF258，其保藏號為CGMCC NO. 6525。
2.根據權利要求1所述的一株屎腸球菌，其特征在于革蘭氏染色陽性，呈單個、鏈狀、聚團排列；同地面對照株的抗生素耐受性相比，對抗生素丁胺卡那(阿米卡星)、環丙沙星更加耐受；無生長速度的差異；能利用Y -氨基丁酸和L-蘋果酸為碳源，而不能利用對羥基苯乙酸。
3.根據權利要求1所述的屎腸球菌LCT-EF258菌株，進行全基因組測序和比較基因組學分析得出突變基因。
4.根據權利要求1所述的屎腸球菌LCT-EF258菌株，進行轉錄組測序得出差異表達基因。
5.根據權利要求1所述的屎腸球菌LCT-EF258菌株，進行差異蛋白組學分析得出差異表達蛋白分子。
6.根據權利要求1所述的屎腸球菌LCT-EF258菌株，可應用于篩選和鑒定臨床抗生素耐藥靶點。
全文摘要
本發明涉及一株太空環境下屎腸球菌LCT-EF258菌株的生物學特性、基因組DNA序列、轉錄組和差異蛋白組學，特別是同地面屎腸球菌比較分析鑒定出的功能序列和分子在闡明空間環境對微生物的作用及其用途，可獲得全面、準確的空間環境下屎腸球菌菌株突變的基因、差異表達基因和蛋白質。
文檔編號C12Q1/02GK103060224SQ20121037994
公開日2013年4月24日 申請日期2012年9月26日 優先權日2012年9月26日
發明者劉長庭, 常德, 方向群, 李天志, 王俊峰, 郭英華, 蘇龍翔, 王雅娟, 陳振鴻, 徐國綱 申請人:中國人民解放軍總醫院