用于評價化學放射線療法對鱗狀細胞癌的有效性的方法與流程

本發明涉及用于評價化學放射線療法(chemoradiotherapy)對鱗狀細胞癌的有效性的方法、或用于該方法的試劑。
背景技術：
：鱗狀細胞癌是扁平復層上皮等的基底細胞呈惡性化的，其主要可見于食道癌、頭頸部癌、子宮頸部癌、肺癌等中。關于此，就食道癌而言，在東亞的黃種人中，鱗狀細胞癌占90％以上，即使在歐美的白種人中，鱗狀細胞癌也比腺上皮癌(另一類型的食道癌)更多。這兩種癌癥、即鱗狀細胞癌和腺上皮癌從病理組織及發展系譜來看均是不同的癌癥。但是，這兩種食道癌目前卻被施以相同的治療，作為病期為II、III期局部進展癌的標準治療方法，在日本為術前輔助性化學療法(CT，chemotherapy)和根治性化學放射線療法(CRT，chemoradiotherapy)；在歐美為術前輔助性化學放射線療法。采用根治性CRT的五年生存率為50％左右，比術前CT的五年生存率(55％)稍低，但其能夠保留器官，對于高齡的患者和約占10％的并發胃癌或頭頸部癌的患者而言是非常有效的。因此，能在治療前預測并選擇出術前CRT有效的患者是非常令人期望的。作為對如上所述的治療方法的有效性進行評價的方法，在乳腺癌、大腸癌等中，有利用活檢的基因表達譜的方法，尤其是逐漸發現亞型(subtype)分類法是有效的。在食道癌中，雖然也正在嘗試鑒定在臨床上有用的亞型，但腺癌的樣本數多，要對鱗狀細胞癌的CRT敏感性亞型進行鑒定時，用于分析的樣本的數量少，而且樣本中的病期也不一致(非專利文獻1～6，需要說明的是，非專利文獻1～6中所分析的食道鱗狀細胞癌的樣本數分別為33、2、26、21、7及0)。因此，無法獲得能對局部進展期癌的預測醫療有所貢獻的確切可靠的結果，尚未開發出能對鱗狀細胞癌的化學放射線療法的敏感性、預后加以預測的方法。現有技術文獻非專利文獻非專利文獻1：AshidaA.等，國際腫瘤學雜志(IntJOncology)，2006年，第28卷，1345-1352頁非專利文獻2：LuthraR.等，臨床腫瘤學雜志(JournalofClinicalOncology)，2006年，第24卷，259-267頁非專利文獻3：Greenawalt.等，國際癌癥雜志(IntJCancer)，2007年，第120卷，1914-1921頁非專利文獻4：DuongC.等，腫瘤外科年鑒(AnnSurgOncol)，2007年，第14卷，3602-3609頁非專利文獻5：MaherSG.等，外科學年鑒(AnnSurg)，2009年，第250卷，729-737頁非專利文獻6：KimSM.等，Plosone，2010年，5：e15074技術實現要素：發明所要解決的課題本發明是鑒于上述現有技術中存在的課題而作出的，其目的在于提供能夠高精度地評價化學放射線療法對鱗狀細胞癌的有效性(對敏感性、預后加以預測)的方法及試劑。用于解決課題的手段為了達成上述目的，本申請的發明人利用基于全局基因表達譜的無監督聚類分析，進行了對鱗狀細胞癌的與進行化學放射線療法(CRT)治療的預后相關的亞型的鑒定。結果發現，可以將鱗狀細胞癌重現性良好地分類為高度表達特定的基因探針集(geneprobeset)的5種病例簇(cluster)(亞型)。并且，本申請的發明人發現，在這5種亞型中，屬于亞型-7的病例為預后良好組，而另一方面，屬于亞型-5的病例為預后不良組。進而，在亞型-7中，針對控制高度表達的基因群組表達的轉錄因子，通過對在每個病例中的表達量的相關性分析進行了探索，結果尋找到了SIM2基因。另外，在亞型-5中也進行了同樣的探索，結果發現，控制該亞型的基因群組表達的轉錄因子為FOXE1。而且，鑒定出了決定對CRT為敏感性的亞型-7的基因，即，SIM2基因及與該基因共表達的基因(191個基因)，還鑒定出了決定對CRT為非敏感性的亞型-5的基因，即FOXE1基因及與該基因共表達的基因(121個基因)。另外，在鱗狀細胞癌的病例中，將被分類為亞型-7、但未被分類為亞型-5的病例選作為純亞型-7，同樣地，將被分類為亞型-5、但未被分類為亞型-7的病例選作為純亞型-5，而后，針對這些經再次分類的屬于純亞型-7及純亞型-5的病例，對施行CRT后的完全緩解率、生存曲線及五年生存率進行了分析，結果確認到，能夠高精度地將屬于純亞型-7的病例分類為預后良好組，將屬于純亞型-5的病例分類為預后不良組。另一方面，出乎意料的是，針對未行CRT而是實施了外科切除治療的病例也進行了同樣的分析，但在屬于純亞型-7的病例與屬于純亞型-5的病例之間并未發現生存率方面的顯著性差異。由此確認，亞型-5和亞型-7、或該亞型分類法并不是對外科切除治療的預后的預測、預后因子，而是在對CRT的有效性的預測方面特異性地有效。另外，針對如前文所述地被鑒定為與鱗狀細胞癌的CRT敏感性有關的基因的SIM2基因，評價了其分化誘導活性，結果確認到SIM2基因能夠誘導未分化基底細胞的分化。進而，還發現通過向鱗狀細胞癌細胞中導入SIM2基因，該癌癥中的抗癌劑敏感性及γ射線敏感性將會表現亢進，從分子機理的觀點也確認了可以將亞型-7(SIM2基因及與該基因共表達的基因的表達)作為指標來評價CRT對鱗狀細胞癌的有效性。進而，利用與上述同樣的方法對中國的食道鱗狀細胞癌及法國的頭頸部鱗狀細胞癌的微陣列數據進行了分析，結果，在其他國家的食道鱗狀細胞癌中、以及在并非食道鱗狀細胞癌的鱗狀細胞癌(頭頸部鱗狀細胞癌)中，也均能夠確認亞型-5、亞型-7的存在，發現通過將SIM2基因及與該基因共表達的基因的表達、以及FOXE1基因及與該基因共表達的基因的表達作為指標，不僅是對食道鱗狀細胞癌，而且針對其他鱗狀細胞癌也能夠評價CRT的有效性。進而，為了將上述的基因的全局性表達分析結果應用于基因分析數量有限的基于PCR等的分析，本申請的發明人成功地鑒定出了在鱗狀細胞癌的樣本間的表達變動少的多種基因(參照基因)。另外，基于已被判斷為在這些參照基因中最有用的SRSF3基因的表達，在SIM2基因及與該基因共表達的基因(191個基因)、以及FOXE1基因及與該基因共表達的基因(121個基因)中，分別進行了對能夠用于評價化學放射線療法對鱗狀細胞癌的有效性的基因的篩選，結果確認：對于任一基因群組而言，均可實現即使僅檢測1種基因也能夠以高精度進行評價。進而，還確認了以下結果：通過對至少5種基因加以檢測，能夠以極高的精度進行評價，也即，對于SIM2基因等而言，通過對至少5種基因加以檢測，能夠以相當于對191個基因全部進行了檢測時的精度判定有效性，另外，對于FOXE1基因等而言，通過對至少5種基因加以檢測，能夠以相當于對121個基因全部進行了檢測時的精度判定有效性，從而完成了本發明。即，本發明涉及用于評價化學放射線療法對于鱗狀細胞癌的有效性的方法、或用于該方法的試劑，更詳細而言，涉及以下內容。(1)用于評價化學放射線療法對鱗狀細胞癌的有效性的方法，所述方法包括下述工序(a)～(c)：工序(a)，針對從受試體中分離出的鱗狀細胞癌試樣，對選自SIM2基因及與該基因共表達的基因中的至少1種基因的表達水平加以檢測；工序(b)，將通過工序(a)檢測出的表達水平與各基因的基準表達水平進行比較；工序(c)，工序(b)中的比較結果為上述受試體中的表達水平比各基準表達水平高的情況下，判定為化學放射線療法對上述受試體中的鱗狀細胞癌的有效性高。(2)用于評價化學放射線療法對于鱗狀細胞癌的有效性的方法，所述方法包括下述工序(a)～(c)：工序(a)，針對從受試體中分離出的鱗狀細胞癌試樣，對選自SIM2基因及與該基因共表達的基因中的至少1種基因的表達水平、以及、選自FOXE1基因及與該基因共表達的基因中的至少1種基因的表達水平加以檢測；工序(b)，將通過工序(a)檢測出的表達水平與各基因的基準表達水平進行比較；工序(c)，工序(b)中的比較結果為上述受試體中的選自SIM2基因及與該基因共表達的基因中的至少1種基因的表達水平比各基準表達水平高、并且上述受試體中的選自FOXE1基因及與該基因共表達的基因中的至少1種基因的表達水平比各基準表達水平低的情況下，判定為化學放射線療法對上述受試體中的鱗狀細胞癌的有效性高。(3)用于通過(1)或(2)所述的方法來評價化學放射線療法對鱗狀細胞癌的有效性的試劑，所述試劑包含選自下述(a)～(d)中的至少1種化合物，(a)能與下述基因的轉錄產物或其互補核酸雜交的、鏈長為至少15個核苷酸的寡核苷酸，所述基因為選自SIM2基因及與該基因共表達的基因中的至少1種基因；(b)能與下述基因的轉錄產物或其互補核酸雜交的、鏈長為至少15個核苷酸的寡核苷酸，所述基因為選自FOXE1基因及與該基因共表達的基因中的至少1種基因；(c)能與下述基因的翻譯產物結合的抗體，所述基因為選自SIM2基因及與該基因共表達的基因中的至少1種基因；(d)能與下述基因的翻譯產物結合的抗體，所述基因為選自FOXE1基因及與所述基因共表達的基因中的至少1種基因。發明的效果根據本發明，能夠高精度地對化學放射線療法在鱗狀細胞癌中的有效性加以評價。附圖說明[圖1]為示出利用基于全局基因表達譜的無監督聚類分析、進行對鱗狀細胞癌的與進行化學放射線療法(CRT)的生存率相關的亞型的鑒定的結果的圖。[圖2]為示出以SIM2基因及與該基因共表達的基因的高度表達為指標而被分類的鱗狀細胞癌患者組(圖中，亞型-7)、和以FOXE1基因及與該基因共表達的基因的高度表達為指標而被分類的鱗狀細胞癌患者組(圖中，亞型-5)的CRT后生存率的比較的圖。[圖3]為示出鱗狀細胞癌的患者組中的屬于亞型-7、亞型-5及這兩種亞型的患者數的文氏圖。[圖4]為示出被分類為純亞型-7(被分類為亞型-7、而未被分類為亞型-5)的鱗狀細胞癌患者組、與被分類為純亞型-5(被分類為亞型-5、而未被分類為亞型-7)的鱗狀細胞癌患者組的CRT或外科切除治療后的生存率的比較的圖。圖中，僅右下方的圖表示進行外科切除治療的情況下的治療后生存率。其他圖為示出CRT后的生存率的圖。[圖5]為示出針對SIM2基因的分化誘導活性進行分析的結果的圖。圖中，左側的兩幅圖為示出暫時性表達SIM2基因的食道鱗狀細胞癌細胞株(KYSE510及TE8)中PDPN(作為未分化基底細胞標志物)和SPRR1A(分化標志物)的mRNA表達量的圖。右側的照片為示出食道鱗狀細胞癌細胞株KYSE510、TE8、及T.Tn的SIM2穩定表達細胞株(KYSE510-SIM2-27、KYSE510-SIM2-37；TE8-SIM2-2、TE8-SIM2-3；T.Tn-SIM2-9、T.Tn-SIM2-23)中的SIM2、分化標志物(CEA、FLG、KRT1、SPRR1A、MUC4)、及未分化標志物(VIM、PDPN、NGFR)的表達量的凝膠電泳照片。[圖6]為示出利用二維培養法針對SIM2基因穩定表達株對抗癌劑(順鉑(CDDP)、5-氟尿嘧啶(5FU)、多西他賽(DTX))的敏感性進行分析的結果的圖。[圖7]為示出利用三維培養法針對SIM2基因穩定表達株對CDDP的長期施予的敏感性進行分析的結果的圖及顯微鏡照片。[圖8]為示出利用二維培養法針對SIM2基因穩定表達株對γ射線的敏感性進行分析的結果的圖。[圖9]針對亞型-5，在將分析基因數從1個增加至總計20個的情況下，利用加權多數投票(weightedmajorityvoting)確定法對用于亞型分型(subtyping)的107個病例的集合(set)(集合-1)及用于驗證(validation)的167個病例的集合(集合-2)中的各預測誤差進行分析，圖9為示出其結果的圖。[圖10]針對亞型-7，在將分析基因數從1個增加至總計20個的情況下，利用加權多數投票確定法對上述集合-1及上述集合-2中的各預測誤差進行分析，圖10為示出其結果的圖。[圖11]為示出將上述集合-1及上述集合-2作為對象、以從決定亞型-5的基因群組中選擇的5種基因(參見表33)的表達水平作為指標、對被分類為純亞型-5的鱗狀細胞癌患者組與其他鱗狀細胞癌患者組的CRT后生存率加以比較的圖。[圖12]為示出將上述集合-1及上述集合-2作為對象、以從決定亞型-7的基因群組中選擇的5種基因(參見表34)的表達水平作為指標，對被分類為純亞型-7的鱗狀細胞癌患者組與其他鱗狀細胞癌患者組的CRT后生存率加以比較的圖。[圖13]針對亞型-5，從上述集合-1的病例數據中進行1000次重采樣，進行模型構建。然后，使用這些模型(通過各重采樣而選擇的1～總計20個基因)，進行以上述集合-1及集合-2為對象的評價，算出平均預測誤差，圖13為示出其結果的圖。[圖14]針對亞型-7，從上述集合-1的病例數據中進行1000次重采樣，進行模型構建。然后，使用這些模型(通過各重采樣而選擇的1～總計20個基因)，進行以上述集合-1及集合-2為對象的評價，算出平均預測誤差，圖14為示出其結果的圖。具體實施方式<用于評價化學放射線療法對于鱗狀細胞癌的有效性的方法>如后述的實施例中所記載的那樣，利用基于全局基因表達譜的無監督聚類分析，進行了對鱗狀細胞癌的與進行化學放射線療法治療的預后(生存率)相關的亞型的鑒定。結果確認到，在得到的預后良好的亞型中，SIM2基因及與該基因共表達的基因高度表達。因此，本發明提供了用于評價化學放射線療法對鱗狀細胞癌的有效性的方法，所述方法包括下述工序(a)～(c)。工序(a)，針對從受試體中分離出的鱗狀細胞癌試樣，對選自SIM2基因及與該基因共表達的基因中的至少1種基因的表達水平加以檢測；工序(b)，將通過工序(a)檢測出的表達水平與各基因的基準表達水平進行比較；工序(c)，工序(b)中的比較結果為上述受試體中的表達水平比各基準表達水平高的情況下，判定為化學放射線療法對上述受試體中的鱗狀細胞癌的有效性高。另外，如后述的實施例中所記載的那樣，進行了對鱗狀細胞癌的與利用化學放射線療法進行的治療的預后相關的上述亞型的鑒定，結果也確認到，在得到的預后不良的亞型中，FOXE1基因及與該基因共表達的基因高度表達。進而發現，通過不僅將SIM2基因及與該基因共表達的基因的表達作為指標、而且還將FOXE1基因及與該基因共表達的基因的表達作為指標，能夠以更高的精度對化學放射線療法后的預后良好組和預后不良組加以辨別。因此，本發明中，作為其優選的方式，還提供了用于評價化學放射線療法對鱗狀細胞癌的有效性的方法，所述方法包括下述工序(a)～(c)。工序(a)，針對從受試體中分離出的鱗狀細胞癌試樣，對選自SIM2基因及與該基因共表達的基因中的至少1種基因的表達水平、以及、選自FOXE1基因及與該基因共表達的基因中的至少1種基因的表達水平加以檢測；工序(b)，將通過工序(a)檢測出的表達水平與各基因的基準表達水平進行比較；工序(c)，工序(b)中的比較結果為上述受試體中的選自SIM2基因及與該基因共表達的基因中的至少1種基因的表達水平比各基準表達水平高、并且上述受試體中的選自FOXE1基因及與該基因共表達的基因中的至少1種基因的表達水平比各基準表達水平低的情況下，判定為化學放射線療法對上述受試體中的鱗狀細胞癌的有效性高。本發明中，所謂“鱗狀細胞癌”，只要是扁平復層上皮等的基底細胞呈惡性化的癌癥即可，沒有特別限制，可舉出食道(上段食道、中段食道、下段食道)及直腸等消化器官、鼻腔、上顎、上頜竇、舌、口底、牙齦、頰粘膜、上咽、口咽、下咽及喉頭等頭頸部、肺、肛門、外陰部、陰道、以及子宮頸部中的鱗狀細胞癌。作為本發明中的評價化學放射線療法的有效性的對象，優選為食道鱗狀細胞癌及頭頸部鱗狀細胞癌，更優選為食道鱗狀細胞癌。所謂“化學放射線療法”，是將利用抗癌劑施予等的“化學療法”和利用放射線照射的“放射線療法”這兩者組合起來的治療方法，本發明中，“化學放射線療法”可以是僅單獨實施該治療方法的治療方法，也可以是在手術前實施的術前化學放射線療法，也可以是在手術后實施的術后化學放射線療法，還可以是與手術以外的其他治療方法組合而實施的化學放射線療法。化學療法中的抗癌劑的種類沒有特別限制，只要是本領域技術人員公知的抗癌劑即可，例如可舉出順鉑(CDDP)、卡鉑(carboplatin)、奧沙利鉑及奈達鉑等鉑制劑；5-氟尿嘧啶(5FU)、替加氟·尿嘧啶、TS-1(配合有替加氟、吉美嘧啶和氧嗪酸鉀)、甲氨蝶呤及鹽酸吉西他濱等代謝拮抗劑；多西他賽(DTX)及依立替康等植物生物堿；環磷酰胺、美法侖(melphalan)、雷莫司汀(ranimustine)、嘧啶亞硝脲(nimustine)及替莫唑胺等烷基化劑；阿霉素等抗癌性抗生素；以及干擾素α等生物應答調節劑。抗癌劑的施予量、施予方案(schedule)等可根據抗癌劑的種類、受試體的條件來選擇，也可以聯合施予多種抗癌劑。對于放射線療法中的放射線的種類(例如，γ射線、X射線、電子射線、質子射線、重粒子射線)、放射線強度、放射時間等而言，只要在通常被用于癌治療的范圍內即可，沒有特別限制。本發明中，所謂“化學放射線療法對鱗狀細胞癌的有效性”，例如，可舉出受試體在進行化學放射線療法治療后(預后)的生存率或完全緩解率。即，所謂上述有效性高，表示上述生存率高，更具體而言，表示進行化學放射線療法的治療后經5年(1800天)后的生存率為50％以上。另一方面，所謂上述有效性低，表示上述生存率低，更具體而言，表示進行化學放射線療法治療后經5年后的生存率低于50％(參見后述的圖1、2及4)。另外，所謂上述有效性高，表示上述完全緩解率高，更具體而言，表示進行化學放射線療法治療后2～3個月內的完全緩解率為50％以上。另一方面，所謂上述有效性低，表示上述完全緩解率低，更具體而言，表示進行化學放射線療法治療后2～3個月內的完全緩解率低于50％(參見后述的表15)。本發明中，所謂“受試體”，不僅可以是進行化學放射線療法治療前的鱗狀細胞癌患者，而且也可以是正在進行化學放射線療法治療的鱗狀細胞癌患者、進行化學放射線療法治療后的鱗狀細胞癌患者。另外，作為本發明涉及的“受試體”的例子，不僅可舉出患有鱗狀細胞癌的人，而且還可舉出雖然通過治療除去了鱗狀細胞癌但仍有復發可能的人。作為“從受試體中分離出的鱗狀細胞癌試樣”，只要是從受試體(人的活體)摘出、處于與其來源活體完全隔離的狀態的鱗狀細胞癌或包含鱗狀細胞癌的組織即可，例如，可舉出在開始治療前為進行檢查而從受試體采集的包含鱗狀細胞癌的組織(活檢樣品)、通過手術摘出的包含鱗狀細胞癌的組織，作為“從受試體中分離出的鱗狀細胞癌試樣”，較優選為活檢樣品。另外，作為從受試體中分離“鱗狀細胞癌試樣”的時期，沒有特別限制，優選為未發現該癌的遠隔轉移的時期(病期：II、III期)。本發明中，作為檢測表達水平的對象的“SIM2基因”是亦被稱為單意同源物2(single-mindedhomolog2)(果蠅)、單意家族(single-mindedfamily)bHLH轉錄因子2、SIM、bHLHe15、HMC13F06或HMC29C01的基因，若來源于人，則典型地為以EntrezGeneID：6493規定的基因(包含以RefSeqID：NM＿005069規定的DNA序列的基因、編碼包含以RefSeqID：NP＿005060規定的氨基酸序列的蛋白質的基因)。另外，本發明中，所謂作為檢測表達水平的對象的“與SIM2基因共表達的基因”，是指其表達與SIM2基因的表達相關地發生變動(顯示出與SIM2基因的表達模式同樣的表達模式)的基因。關于該基因和SIM2基因是否在基因表達方面高度地相關，本領域技術人員可以采用本
技術領域：
中的已知方法進行分析并加以辨別。例如，對于樣本(前述的鱗狀細胞癌試樣等)間的基因表達量，可以通過求算皮爾遜(Pearson)相關系數或斯皮爾曼(Spearman)相關系數、或者通過聚類法來進行計算。另外，對于共表達的分析，也可以使用經歸一化的表達數據或者經過標準化以及歸一化的表達數據來進行計算。本發明中，作為“與SIM2基因共表達的基因”，優選與SIM2基因表達的相關性以皮爾遜積矩相關系數計為0.4以上的基因。另外，作為更優選的“SIM2基因及與該基因共表達的基因”，可舉出下述表1～7中所示的191個基因，作為進一步優選的基因，可舉出后述的表36中所示的69個基因。[表1][表2][表3][表4]ID基因名基因符號22807IKAROS家族鋅指2(Helios)IKZF23557白介素1受體拮抗劑IL1RN90865白介素33IL3327179白介素36，alphaIL36A3695整合素，beta7ITGB78850K(賴氨酸)乙酰轉移酶2BKAT2B152831KlothobetaKLB11279Kruppel樣因子8KLF843849激肽釋放酶相關肽酶12KLK1226085激肽釋放酶相關肽酶13KLK133860角蛋白13KRT13192666角蛋白24KRT243851角蛋白4KRT4196374角蛋白78KRT784008LIM結構域7LMO784708Numb的蛋白X配體1，E3泛素蛋白連接酶LNX1283278未表征LOC283278LOC283278441178未表征LOC441178LOC44117810161溶血磷脂酸受體6LPAR64033淋巴限制膜蛋白LRMP120892富亮氨酸重復激酶2LRRK266004Ly6/神經毒素1LYNX1126868mab-21樣3(C.elegans)MAB21L3346389結腸癌轉移相關1MACC14118mal，T細胞分化蛋白MAL55534mastermind樣3(果蠅)MAML354682含MANSC結構域1MANSC111343甘油單酯脂肪酶MGLL143098膜蛋白，棕櫚酰化7(MAGUKp55亞族成員7)MPP710205髓鞘蛋白零樣2MPZL2143662粘蛋白15，細胞表面相關MUC1510529NebuletteNEBL[表5][表6][表7]ID基因名基因符號132724跨膜蛋白，絲氨酸11BTMPRSS11B9407跨膜蛋白，絲氨酸11DTMPRSS11D28983跨膜蛋白，絲氨酸11ETMPRSS11E7113跨膜蛋白，絲氨酸2TMPRSS29540腫瘤蛋白p53可誘導蛋白3TP53I3388610TMF-1調控核蛋白1TRNP122996tetratricopeptide重復結構域39ATTC39A23508tetratricopeptide重復結構域9TTC911045uroplakin1AUPK1A10451vav3鳥嘌呤核苷酸交換因子VAV3147645含V-組和免疫球蛋白結構域10樣VSIG10L7504X連接的Kx血型(McLeod綜合征)XK340481含鋅指，DHHC型21ZDHHC217739鋅指蛋白185(LIM結構域)ZNF185284391鋅指蛋白844ZNF844本發明中，作為檢測表達水平的對象的“FOXE1基因”是亦被稱為叉頭框E1(ForkheadboxE1)(甲狀腺轉錄因子2)、TTF2、FOXE2、HFKH4、HFKL5、TITF2、TTF-2或FKHL15的基因，若來源于人，則典型地為以EntrezGeneID：2304規定的基因(包含以RefSeqID：NM＿004473規定的DNA序列的基因、編碼包含以RefSeqID：NP＿004464規定的氨基酸序列的蛋白質的基因)。另外，本發明中，所謂作為檢測表達水平的對象的“與FOXE1基因共表達的基因”，與前述的SIM2基因的情況同樣地，是指其表達與FOXE1基因的表達相關地發生變動(顯示出與FOXE1基因的表達模式同樣的表達模式)的基因，關于該基因和FOXE1基因是否在基因表達方面高度地相關，也可以利用與前述的SIM2基因的情況相同的分析方法進行辨別。本發明中，作為“與FOXE1基因共表達的基因”，優選與FOXE1基因表達的相關性以皮爾遜積矩相關系數計為0.4以上的基因。另外，作為更優選的“FOXE1基因及與該基因共表達的基因”，可舉出下述表8～12中所示的121個基因，作為進一步優選的基因，可舉出后述的表35中所示的56個基因。[表8][表9]ID基因名基因符號10344趨化因子(C-C基元)配體26CCL2660437鈣粘蛋白CDH2655755CDK5調控亞基相關蛋白2CDK5RAP2140578軟骨素CHODL56548碳水化合物(N-乙酰基葡糖胺6-O)磺基轉移酶7CHST749861claudin20CLDN2026047Contactin相關蛋白樣2CNTNAP21400Collapsing反應調節蛋白1CRMP157007趨化因子(C-X-C基元)受體7CXCR71592細胞色素P450，家族26，A亞族，多肽1CYP26A129785細胞色素P450，家族2，S亞族，多肽1CYP2S157834細胞色素P450，家族4，F亞族，多肽11CYP4F114051細胞色素P450，家族4，F亞族，多肽3CYP4F31749同源盒轉錄因子5DLX510655doublesex和mab-c相關轉錄因子2DMRT2956外核苷三磷酸二磷酸水解酶3ENTRPD384553failedaxonconnections同源物(果蠅)FAXC2263成纖維細胞生長因子受體2FGFR280078未表征FLJ13744FLJ137442304叉頭框E1(甲狀腺轉錄因子2)FOXE111211frizzled家族受體10FZD108324frizzled家族受體7FZD72539葡糖-6-磷酸脫氫酶G6PD2729谷氨酸-半胱氨酸連接酶，催化亞基GCLC2730谷氨酸-半胱氨酸連接酶，調節亞基GCLM9615鳥嘌呤脫氨酶GDA2736GLI家族鋅指2GLI223127含糖基轉移酶25結構域2GLT25D22719磷脂酰肌醇蛋白聚糖3GPC32877谷胱甘肽過氧化物酶(胃腸道)GPX22936谷胱甘肽還原酶GSR2938谷胱甘肽S轉移酶alpha1GSTA12944谷胱甘肽S轉移酶mu1GSTM1[表10][表11][表12]ID基因名基因符號89894跨膜蛋白116TMEM11656649跨膜蛋白酶，絲氨酸4TMPRSS483857含跨膜和tetratricopeptide重復1TMTC17102tetraspanin7TSPAN77296硫氧還蛋白還原酶1TXNRD17348uroplakin1BUPK1B144406WD重復結構域66WDR667482無翅膀型MMTV集合位點家族，成員2BWNT2B201501含鋅指和BTB結構域7CZBTB7C需要說明的是，表1～12中的“ID”，是指“EntrezGeneID”，“SIM2基因及與該基因共表達的基因(下文中亦稱為“SIM2共表達基因群組”)”以及“FOXE1基因及與該基因共表達的基因(下文中亦稱為“FOXE1共表達基因群組”)”中的各基因在來源于人的情況下，典型地為以各EntrezGeneID規定的基因。但基因的DNA序列有可能由于其變異等而在自然界中(即，非人工性地)即發生變異。因此，本發明中，這樣的天然的變異體也可成為檢測對象。本發明的評價方法是對選自“SIM2共表達基因群組”中的至少1種基因的表達加以檢測的方法，可以對1種基因的表達加以檢測(例如，可以僅對SPRR3的基因表達加以檢測)，也可以對2種基因的表達加以檢測，還可以對3種基因的表達加以檢測(例如，可以對SPRR3、CEACAM1及PPL的基因表達加以檢測)，從以極高的精度評價化學放射線療法對于鱗狀細胞癌的有效性這樣的觀點考慮，對至少5種基因的表達(例如，表34所示的全部基因的表達)加以檢測時是充分的，但優選對至少10種基因的表達加以檢測，更優選對至少20種基因的表達加以檢測，進一步優選對至少30種基因的表達加以檢測，更優選對至少50種基因的表達加以檢測，進一步優選對至少100種基因的表達加以檢測，特別優選對SIM2共表達基因群組中的全部基因的表達加以檢測。另外，如后述的實施例所示，表36中所示的SIM2共表達基因的次序為有助于提高針對化學放射線療法對鱗狀細胞癌的有效性的評價的精度的次序。因此，本發明的評價方法中，優選地，選擇以該次序為基準的基因，并對其表達加以檢測。另外，本發明的評價方法中，從以更高的精度評價化學放射線療法對于鱗狀細胞癌的有效性這樣的觀點考慮，可以不僅對選自SIM2共表達基因群組中的至少1種基因的表達進行檢測，而且還對選自“FOXE1共表達基因群組”中的至少1種基因的表達進行檢測。對于選自FOXE1共表達基因群組中的基因而言，可以對1種基因的表達加以檢測(例如，可以對LOC344887的基因表達加以檢測)，也可以對2種基因的表達加以檢測，還可以對3種基因的表達加以檢測(例如，可以對LOC344887、NTRK2及TMEM116的基因表達加以檢測)，從以極高的精度進行評價這樣的觀點考慮，可以對至少5種基因的表達(例如，表33中所示的全部基因的表達)加以檢測，優選對至少10種基因的表達加以檢測，更優選對至少20種基因的表達加以檢測，進一步優選對至少30種基因的表達加以檢測，更優選對至少50種基因的表達加以檢測，進一步優選對至少100種基因的表達加以檢測，特別優選對FOXE1共表達基因群組中的全部基因的表達加以檢測。另外，如后述的實施例所示，表35中所示的FOXE1共表達基因的次序為有助于提高針對化學放射線療法對鱗狀細胞癌的有效性的評價的精度的次序。因此，本發明的評價方法中，優選地，選擇以該次序為基準的基因，并對其表達加以檢測。需要說明的是，如后述的實施例中所記載的那樣，根據后述的表達檢測方法及統計學分析方法，有對1個基因中設置多個探針的情況、對1個基因設定不同的信號比閾值或模型權重的情況等情況。在所述情況下，上述的本發明的方法中檢測的基因的數量也可能是總數(日文：延べ數)。本發明中，所謂“對基因的表達水平加以檢測”，是指對基因的表達程度進行檢測。另外，基因的表達水平可以以絕對量的形式或以相對量的形式來把握。另外，對于本發明中的相對量，可以如后述的實施例所示的那樣，基于參照基因的表達量而算出。對于本發明中所述的“參照基因”而言，只要是在樣本(前述的鱗狀細胞癌試樣等)中穩定表達、并且在不同的樣本之間其表達量的差異小的基因即可，優選為后述的表16～32中記載的基因，更優選為SRSF3、TPM3、ZNF207、ZNF143、PUM1、RAB1A及LOC101059961，特別優選為SRSF3。此外，本發明中，所謂“基因的表達水平”，其含義包括基因的轉錄水平及翻譯水平這兩者。因此，在本發明中的“基因的表達水平的檢測”中，包括mRNA水平上的檢測及蛋白質水平上的檢測這兩者。本發明中的基因的表達的檢測可使用已知的方法。作為定量性地檢測mRNA水平的方法，例如，可舉出PCR(RT-PCR、實時PCR、定量PCR)、DNA微陣列分析法。另外，在所謂的下一代測序法中，通過對讀段(read)數進行計數，能夠定量性地檢測mRNA水平。作為下一代測序法，沒有特別限制，可舉出合成測序法(sequencing-by-synthesis，例如，利用ILLUMINA公司制Solexa基因組分析儀或Hiseq(注冊商標)2000進行的測序)、焦磷酸測序法(pyrosequencing)(例如，利用RocheDiagnostics(454)公司制的GSLX或FLX測序儀進行的測序(所謂454測序))、連接酶反應測序法(例如，利用LifeTechnologies公司制的SoliD(注冊商標)或5500xl進行的測序)等。此外，作為定量性地檢測mRNA水平的方法，還可舉出Northern印跡法、原位雜交法、斑點印跡法(dotblot)、RNA酶保護分析法、質譜分析法。另外，作為在蛋白質水平上進行定量性檢測的方法，例如，可舉出ELISA法、抗體芯片(antibodyarray)、免疫印跡法、成像細胞術(imagingcytometry)、流式細胞術、放射免疫分析法、免疫沉降法、免疫組織化學染色法等使用抗體進行檢測的方法(免疫學方法)、質譜分析法。需要說明的是，對于成為上述檢測方法的檢測對象的、mRNA、作為其互補核酸的cDNA或cRNA、或者蛋白質，本領域技術人員可以基于對上述試樣的種類及狀態等的考慮，選擇適于其的已知方法來進行制備。在本發明的評價方法中，對以上述方式檢測出的基因的表達、與該基因的基準表達水平進行比較。本領域技術人員可以適宜地選擇適于上述表達檢測方法的統計學分析方法來進行所述的比較。作為統計學分析方法，例如，可舉出t檢驗、方差分析(ANOVA)、Kruskal-Wallis檢驗、Wilcoxon檢驗、Mann-Whitney檢驗、及比值比。另外，在進行比較時，也可以使用經歸一化的表達數據或者經過標準化以及歸一化的表達數據。另外，對于作為比較對象的“各基因的基準表達水平”，沒有特別限制，本領域技術人員可以根據上述表達檢測方法及統計學分析方法，以所謂的截止(cutoff)值的形式進行設定，所述截止值為能夠通過將其作為基準而作出化學放射線療法對鱗狀細胞癌的有效性高或低的判斷的值。所述的基準表達水平也可以是后述的實施例中所示那樣的、在多個鱗狀細胞癌中檢測出的基因表達水平的按各基因算出的平均值。另外，也可以是通過在化學放射線療法對于鱗狀細胞癌的有效性高的患者的集群、和該有效性低的患者的集群中對所檢測出的各基因的表達水平進行比較而確定的值。另外，也可以是以非癌部、細胞株等的基因表達量為基準而在CRT的有效性高的患者和該有效性低的患者的集群中設定的常數值。另外，作為選自SIM2共表達基因群組中的至少1種基因的基準表達水平，也可以采用從事先已判明為化學放射線療法對鱗狀細胞癌的有效性低的患者中分離出的鱗狀細胞癌試樣中的各基因的表達水平。另一方面，作為選自FOXE1共表達基因群組中的至少1種基因的基準表達水平，也可以采用從事先已判明為化學放射線療法對鱗狀細胞癌的有效性高的患者中分離出的鱗狀細胞癌試樣中的各基因的表達水平。并且，如上所述的比較的結果為上述受試體中的選自SIM2共表達基因群組中的至少1種基因的表達水平比各基準表達水平高的情況下，可以判定為化學放射線療法對上述受試體中的鱗狀細胞癌的有效性高。此處，所謂“比各基準表達水平高”，本領域技術人員可以基于上述統計學分析方法而適宜判斷。例如，可舉出如后述的實施例中所示的那樣，比與檢測出的基因的表達水平對應的基準表達水平高、在t檢驗中確認到其差異顯著的情況(P<0.05)。另外，還可舉出檢測出的基因的表達水平為對應的基準表達水平的2倍以上的情況。另外，對于本發明的評價方法而言，從以更高的精度評價化學放射線療法對于鱗狀細胞癌的有效性這樣的觀點考慮，優選不僅基于上述SIM2共表達基因群組的表達水平進行判斷，而且還基于FOXE1共表達基因群組的表達水平進行判斷。即，優選地，在選自SIM2共表達基因群組中的至少1種基因的表達水平比各基準表達水平高、并且上述受試體中的選自FOXE1共表達基因群組中的至少1種基因的表達水平比各基準表達水平低的情況下，判定為化學放射線療法對上述受試體中的鱗狀細胞癌的有效性高。此處，所謂“比各基準表達水平低”，本領域技術人員可以基于上述統計學分析方法而適宜判斷。例如，可舉出如后述的實施例中所示的那樣，比與檢測出的基因的表達水平對應的基準表達水平低、在t檢驗中確認到其差異顯著的情況(P<0.05)。另外，還可舉出檢測出的基因的表達水平為對應的基準表達水平的二分之一以下的情況。如上文所述，針對本發明的用于評價化學放射線療法對于鱗狀細胞癌的有效性的方法的優選實施方式進行了說明，但本發明的評價方法并不限定于上述實施方式。例如，如前文所述，利用基于全局基因表達譜的無監督聚類分析，確認到在得到的預后不良的亞型中，FOXE1基因及與該基因共表達的基因高度表達，基于該發現，本發明還可提供下述用于評價化學放射線療法對于鱗狀細胞癌的有效性的方法，所述方法包括下述工序(a)～(c)。工序(a)，針對從受試體中分離出的鱗狀細胞癌試樣，對選自FOXE1基因及與該基因共表達的基因中的至少1種基因的表達水平加以檢測；工序(b)，將通過工序(a)檢測出的表達水平與各基因的基準表達水平進行比較；工序(c)，工序(b)中的比較結果為上述受試體中的表達水平比各基準表達水平低的情況下，判定為化學放射線療法對上述受試體中的鱗狀細胞癌的有效性高。另外，如上文所述，根據本發明，能夠以良好的精度評價化學放射線療法對鱗狀細胞癌的有效性。而且，根據所述的評價的結果，也可以判斷是選擇化學放射線療法作為鱗狀細胞癌的治療方法，還是選擇其他的治療方法(通過外科手術或內窺鏡手術而除去鱗狀細胞癌的治療方法、通過照射激光而除去鱗狀細胞癌的治療方法等)作為鱗狀細胞癌的治療方法。因此，本發明還可提供下述鱗狀細胞癌的治療方法，所述治療方法包括下述工序：針對通過本發明的評價方法判定為化學放射線療法對鱗狀細胞癌的有效性高的受試者，實施化學放射線療法。另外，本發明還可提供下述鱗狀細胞癌的治療方法，所述治療方法包括下述工序：針對通過本發明的評價方法未判定為化學放射線療法對鱗狀細胞癌的有效性高的受試者，實施通過外科手術或內窺鏡手術而除去鱗狀細胞癌的治療方法、或者通過照射激光而除去鱗狀細胞癌的治療方法。另外，化學放射線療法對受試體中的鱗狀細胞癌的有效性的評價通常由醫生(也包括受到醫生指示的人員，下同)進行，利用本發明的方法得到的與上述的基因表達水平等有關的數據對于由醫生作出的診斷(也包括對治療方法的選擇)是有用的。因此，本發明的方法也可以表述為：收集、提供對醫生的診斷有用的數據的方法。<用于評價化學放射線療法對鱗狀細胞癌的有效性的試劑>如前文所述，本發明的評價方法中，通過在mRNA(轉錄產物)水平或蛋白質(翻譯產物)水平上對SIM2共表達基因群組等的表達水平加以檢測，能夠評價化學放射線療法對鱗狀細胞癌的有效性。由此，本發明提供了一種試劑，其為用于通過上述的評價方法來評價化學放射線療法對鱗狀細胞癌的有效性的試劑，其包含選自下述(a)～(d)中的至少1種化合物。(a)能與下述基因的轉錄產物或其互補核酸雜交的、鏈長為至少15個核苷酸的寡核苷酸，所述基因為選自SIM2基因及與該基因共表達的基因中的至少1種基因；(b)能與下述基因的轉錄產物或其互補核酸雜交的、鏈長為至少15個核苷酸的寡核苷酸，所述基因為選自FOXE1基因及與該基因共表達的基因中的至少1種基因；(c)能與下述基因的翻譯產物結合的抗體，所述基因為選自SIM2基因及與該基因共表達的基因中的至少1種基因；(d)能與下述基因的翻譯產物結合的抗體，所述基因為選自FOXE1基因及與所述基因共表達的基因中的至少1種基因。對于本發明的試劑中包含的寡核苷酸而言，與上述mRNA(轉錄產物)水平的檢測方法相適應地，可以為引物的形態，也可以為探針的形態。對于本發明的試劑中包含的引物而言，只要能與選自SIM2共表達基因群組及FOXE1共表達基因群組中的至少1種基因(下文中亦稱為“預后相關基因”)的轉錄產物(mRNA)或其互補核酸(cDNA、cRNA)雜交、使得能夠實現該轉錄產物等的擴增及檢測即可，沒有特別限定。引物可以僅為DNA，另外也可以為DNA中的一部分或全部被橋聯化核酸等人工核酸(修飾核酸)置換而得的產物。另外，引物的尺寸可以為至少約15個核苷酸的長度以上，優選為15～100個核苷酸的長度，更優選為18～50個核苷酸的長度，進一步優選為20～40個核苷酸的長度。另外，根據上述檢測方法的種類的不同，所需要的引物數不同，因此，本發明的試劑中包含的引物數沒有特別限定，本發明的試劑可以包含相對于1個預后相關基因為2條以上的引物。另外，對于如上所述的引物，根據上述檢測方法，本領域技術人員可以利用已知的方法進行設計并制作。對于本發明的試劑中包含的探針而言，只要能與預后相關基因的轉錄產物或其互補核酸雜交而使得能夠實現對該轉錄產物等的檢測即可，沒有特別限定。探針可以為DNA、RNA、人工核酸或它們的嵌合分子等。探針為單鏈或雙鏈均可。探針的尺寸可以為至少約15個核苷酸的長度以上，優選為15～1000個核苷酸的長度，更優選為20～500個核苷酸的長度，進一步優選為30～300個核苷酸的長度。對于如上所述的探針，本領域技術人員可利用已知的方法來制作。另外，探針也可以是如微陣列那樣、以被固定于基板上的形態而提供的。對于本發明的試劑中包含的抗體而言，只要能夠與預后相關基因的翻譯產物特異性地結合即可，沒有特別限定。例如，針對該翻譯產物的抗體可以是多克隆抗體、單克隆抗體中的任何，另外也可以是抗體的功能性片斷(Fab、Fab’、scFv等)。對于如上所述的抗體，本領域技術人員可利用已知的方法來制作。另外，對于抗體而言，為了用于ELISA法、抗體芯片等中，可以以被固定于平板(plate)等基板上的形態而提供。另外，對于本發明的試劑中包含的寡核苷酸或抗體而言，根據上述檢測方法，可以利用標記用物質進行標記。作為標記用物質，例如，可舉出FITC、FAM、DEAC、R6G、TexRed、Cy5等熒光物質；β-D-葡萄糖苷酶、熒光素酶、HRP等酶；3H、14C、32P、35S、123I等放射性同位素；生物素、鏈親和素等親和性物質；氨基苯二酰肼(luminol)、熒光素(luciferin)、光澤精(lucigenin)等發光物質。另外，本發明的試劑除了包含上述寡核苷酸或抗體之外，還可包含被允許用于組合物中的其他成分。作為這樣的其他成分，例如，可舉出載體、賦形劑、崩解劑、緩沖劑、乳化劑、懸浮劑、穩定劑、保存劑、防腐劑、生理鹽、二抗等。另外，可以將上述本發明的試劑、與為檢測標記而所需的基質、陽性對照、陰性對照、或者用于對試樣進行稀釋或清洗的緩沖液等組合起來，也可以制成用于評價化學放射線療法對于鱗狀細胞癌的有效性的試劑盒。此外，在所述的試劑盒中，可以包含該試劑盒的使用說明書。實施例以下，基于實施例來更具體地說明本發明，但本發明并不限定于以下的實施例。〔1〕利用基于全局基因表達譜的無監督聚類分析進行的亞型的鑒定為了開發出用于評價化學放射線療法對鱗狀細胞癌的有效性的方法，利用基于全局基因表達譜的無監督聚類分析，進行了對與進行化學放射線療法治療的預后相關的鱗狀細胞癌亞型的鑒定。即，首先，從病期為II-III期的局部進行食道鱗狀細胞癌的患者274例的治療前的活檢組織中提取總RNA，按照Affymetrix公司推薦的方法，利用GeneChip(注冊商標)人類基因組U133+2.0芯片(HumanGenomeU133Plus2.0Array)得到全局基因表達譜。將基因表達譜分為用于亞型分型的107個病例的集合(集合-1)、和用于驗證的167個病例的集合(集合-2)，使用由斯坦福大學提供的免費軟件Cluster3.0及JavaTreeView進行二維聚類分析(制作基因探針簇和病例簇的二維系統樹的方法)。在集合-1中，將在全部病例中均為檢測限以下的基因探針(有時在1個基因中合成、搭載有多個探針)、及在病例之間不存在信號變動的基因探針排除，由此選出2054個基因探針，進行不輸入臨床病理信息的無監督聚類分析。接下來，將得到的基因探針簇和病例簇的二維系統樹中的基因探針簇從上級開始分為7種集合。針對7種基因探針集，利用病例集合-1、集合-2的基因表達數據分別單獨進行聚類分析，鑒定出了基因探針集整體的信號值在兩個集合中重現性良好地顯示為高度表達的5種病例簇、即亞型-1a、亞型-2b、亞型-3b、亞型-5、亞型-7。在各亞型中，使用全部274例中的化學放射線療法(chemoradiotherapy，CRT)121例(集合-1＝34例，集合-2＝87例)，對亞型和其他樣本的生存曲線和五年生存率進行比較，重現性良好地鑒定出了預后良好的亞型-7和預后不良的亞型-5(參見圖1)。〔2〕對化學放射線療法的敏感性亞型、和非敏感性亞型的再分類使用AgilentTechnologies公司的基因表達分析芯片的數據挖掘軟件GeneSpring，通過以下的A)～C)的步驟，進行對具有生物學意義、能夠將CRT敏感性亞型-7和CRT非敏感性亞型-5進行分類的基因集(geneset)的選取、和使用這些基因的再分類。A)針對〔1〕中鑒定出的亞型-7和亞型-5，分別利用集合-1在亞型和其他樣本之間進行基因表達信號值的t檢驗(P<0.05)和對平均值的比較(2倍以上)，選取在亞型中顯著地高度表達的基因。B)根據A)中選取的基因的組成，分別地，在亞型-7中對由轉錄因子SIM2導致的分化誘導途徑的激活進行預測，在亞型-5中對由FOXE1導致的耐放射線性、耐試劑性途徑的激活進行預測。接下來，通過利用皮爾遜積矩相關系數對集合-1中的樣本間的表達模式的相關性進行評價(0.4以上)，從而選取與SIM2、FOXE1共表達的基因。對根據選取的基因集的組成而預測的在2種亞型中被激活的分子途徑的恰當性進行了確認。C)在各亞型中，選取同時滿足A)和B)的基因，確定了用于對亞型-7進行分類的191個基因的集合(表1～7)和用于對亞型-5進行分類的121個基因的集合(表8～12)。通過使用這些基因集的聚類分析，在集合-1和集合-2中，通過對各亞型的再分類、和對被分類為亞型的樣本組與其他的樣本組的生存曲線的比較，確認到重現性良好地分出了CRT敏感性亞型-7和CRT非敏感性亞型-5(參見圖2)。〔3〕純亞型-7和純亞型-5的鑒定方法分類為亞型-7和亞型-5后，將屬于兩種亞型的一部分樣本視為不屬于任一種亞型，從而分類為純亞型-7、純亞型-5、及其他亞型(參見圖3)。〔4〕針對純亞型-7和純亞型-5的CRT和外科切除治療的成效比較針對在〔3〕中分類出的純亞型-7、純亞型-5、及其他亞型，對CRT治療2個月后的完全緩解率、生存曲線、及五年生存率進行比較(參見表15、圖4)。此外，針對施行了外科切除(手術)的65例，也同樣地進行亞型分類，并對生存曲線和五年生存率進行比較(參見圖4)。〔5〕決定CRT敏感性亞型-7的SIM2基因的分化誘導活性的評價為了對SIM2基因的分化誘導活性進行評價，使用Lipofectamin(注冊商標)2000(Invitrogen公司)，向從理化學研究所BRC或JCRB獲得的來源于食道鱗狀細胞癌的細胞株KYSE510、TE8中，暫時性地導入連結在pCMV-AC-GFP質粒載體中的SIM2基因cDNA。作為對照組，暫時性地導入pCMV-neo質粒載體。在常用培養基(RPMI1640或DMEM、10％FBS)中培養1天后，接種至NanoCulture(注冊商標)培養板(SCIVAX公司)中，在常用培養基中培養3天。提取總RNA，利用定量性RT-PCR法測定基因的表達量。cDNA是按照用于RT-PCR的SuperScript(注冊商標)III第一鏈合成系統(IIIFirst-StrandSynthesisSystem)(Invitrogen公司)制作的。將經稀釋的cDNA與iQTMSYBER(注冊商標)GreenSupermix(BIO-RAD公司)、引物及無核酸酶的水進行混合，利用MyiQ(注冊商標)(BIO-RAD公司)進行定量。表13中示出了引物的堿基序列。將其結果示于圖5。[表13]向從理化學研究所BRC獲得的TE8、從JCRB細胞庫獲得的KYSE510、及T.Tn中導入SIM2基因，在包含400μg/ml的G-418的培養基中培養約2周。分離G418耐性的菌落并進行培養，利用RT-PCR法確認SIM2基因的表達，建立了SIM2基因穩定表達株。將僅導入有表達GFP的質粒載體的細胞株作為對照細胞株。提取總RNA，為了對SIM2基因穩定表達株中的分化誘導活性進行評價，在NanoCulture(注冊商標)培養板中接種SIM2基因穩定表達株，然后，在常用培養基中培養3天。提取總RNA，實施RT-PCR法。利用用于RT-PCR的SuperScript(注冊商標)III第一鏈合成系統合成cDNA，將經稀釋的cDNA與AccuPrime(注冊商標)TaqDNA聚合酶體系(Invitrogen)、引物及無核酸酶的水進行混合，利用GeneAmp(注冊商標)PCR系統9700(AppliedBiosystem公司)進行擴增，利用瓊脂糖凝膠電泳進行比較定量。表14中示出了引物的堿基序列。將其結果示于圖5。[表14]〔6〕利用二維培養進行的對SIM2基因穩定表達株的抗癌劑敏感性的評價為了評價SIM2基因穩定表達株對順鉑(CDDP)、5-氟尿嘧啶(5FU)、多西他賽(DTX)的敏感性，進行了抗癌劑敏感性試驗。在6孔板中接種SIM2基因穩定表達株，利用常用培養基培養1天后，利用添加有CDDP(2μM、5μM、10μM)、5FU(10μM)、DTX(1nM)的培養基或常用培養基培養3天。藥物處置結束后，使用0.25％胰蛋白酶/EDTA回收細胞，進行錐蟲藍染色后，計測活細胞數。將其結果示于圖6。〔7〕利用三維培養進行的對SIM2基因穩定表達株的順鉑敏感性的評價為了評價SIM2基因穩定表達株對CDDP的長期施予的敏感性，使用三維培養進行了抗癌劑敏感性試驗。在3.5cmNanoCulture(注冊商標)培養板中接種SIM2基因穩定表達株，利用常用培養基培養1天后，更換成包含CDDP(5×10-6M)的培養基。每隔2天對包含CDDP(5×10-6M)的培養基進行更換，培養14天。藥物處置結束后，使用球狀體分散液(SpheroidDispersionSolution)(SCIVAX公司)回收細胞，進行錐蟲藍染色后，計測活細胞數。將其結果示于圖7。〔8〕利用二維培養進行的對SIM2基因穩定表達株的γ射線敏感性的評價為了評價SIM2基因穩定表達株對放射線的敏感性，進行了γ射線敏感性試驗。在6孔板中接種SIM2基因穩定表達株，利用常用培養基培養1天后，進行γ射線照射(0Gy、1Gy、5Gy、10Gy)。然后培養7天，使用0.25％胰蛋白酶/EDTA回收細胞，進行錐蟲藍染色后，計測活細胞數，計算IC50。將其結果示于圖8。將基于以上的方法得到的結果記載如下。〔1〕利用基于全局基因表達譜的無監督聚類分析進行的亞型的鑒定利用病例集合-1中選取的2054基因探針集進行無監督聚類分析，將基因系統樹分為7種，并對病例集合-2中的重現性進行確認，結果，7種基因探針簇中，在集合-2中也重現的有5種基因探針簇。如圖1所示，這5種高度表達基因探針集的病例簇(亞型)中，就亞型-7而言，利用CRT時的五年生存率在集合-1中為64％，在集合-2中為75％，顯示出敏感性。另一方面，就亞型-5而言，利用CRT時的五年生存率在集合-1中為11％，在集合-2中為28％，為非敏感性。〔2〕對化學放射線療法的敏感性亞型和非敏感性亞型的再分類在集合-1中，對CRT敏感性亞型-7和其他亞型進行比較，選取滿足t-檢驗中p<0.05的條件和平均表達強度為2倍以上的條件的基因探針，結果為599種。針對其中包含的關鍵的轉錄因子、即控制著這些基因的表達的轉錄因子，通過每個病例中的表達量的相關性分析而進行了探索，結果尋找到了SIM2。作為與SIM2的表達相關地進行表達的基因，為上述以統計學方式選取的599種基因探針中的256種基因探針。同樣地，鑒定出了與在非敏感性亞型-5中特異性表達的525種基因探針中的163種基因探針相關的轉錄因子FOXE1。接下來，使用各256種基因探針和163種基因探針的數值數據，在集合-1和集合-2中進行聚類分析，從而再分類為CRT敏感性亞型-7和CRT非敏感性亞型-5，畫出生存曲線，并調查五年生存率，將其結果示于圖2。如圖2所示，就亞型-7而言，五年生存率在集合-1中為67％，在集合-2中為70％，效果良好。另一方面，就亞型-5而言，利用CRT時的五年生存率在集合-1中為11％，在集合-2中為32％，效果不良。將決定CRT敏感性亞型-7的256種基因探針以不重復的191種基因名稱進行整理，示于上述的表1～7中。在決定該CRT敏感性亞型-7的191個基因中，包含許多在食道鱗狀上皮的分化層中表達的基因(分化標志物)。另一方面，將決定非敏感性亞型-5的163種基因探針在上述的表8～12中作為121個基因而示出。在這些基因中包含許多未分化的基底細胞標志物等。因此，表明了SIM2通過誘導食道癌的分化、FOXE1通過抑制分化，而有助于獲得耐化學放射線性。〔3〕純亞型-7和純亞型-5的鑒定如圖3所示，集合-1的107個病例中，30例被分類為亞型-7，29例被分類為亞型-5。有6例是重復的，因此，純亞型-7有24例，被分類為純亞型-5的有23例。這2種亞型以外的病例有60例。同樣地，集合-2的167個病例中，純亞型-7有34例，被分類為純亞型-5的有48例。其他的病例有85例。〔4〕純亞型-7和純亞型-5中的CRT與外科切除治療的成效比較針對在〔3〕中分類出的純亞型-7、純亞型-5、及其他的病例，將CRT治療2個月后的完全緩解(CR，completeresponse)率示于表15。需要說明的是，表15中，“ST”表示“亞型”，“CR”表示“完全緩解”，“nonCR”表示“非緩解”。如表15所示，施行CRT的121例的完全緩解率為47％，與之相對，就純亞型-7而言，在集合-1中為100％，在集合-2中為59％，重現性良好地為良好的結果，在整體中為71％。另一方面，就純亞型-5而言，在集合-1中為18％，在集合-2中為24％，重現性良好地為不良的結果，在整體中為23％。[表15]圖4中示出了對施行CRT的121例中的純亞型-7、純亞型-5、及其他病例的生存曲線、五年生存率進行比較的數據(左上：集合-1，右上：集合-2，左下：集合-1&集合-2)。另外，針對全部274例中的65個手術例也同樣地進行亞型分類，并對生存曲線和五年生存率進行了比較(右下：手術例)。相對于施行CRT的121例中的五年生存率44％，就純亞型-7而言，在集合-1中為86％，在集合-2中為70％，五年生存率重現性良好地高，在整體(集合-1&集合-2)中為74％。另一方面，亞型-5的五年生存率在集合-1中為15％，在集合-2中為27％，五年生存率重現性良好地低，在整體(集合-1&集合-2)中為24％。手術例中，相對于全部65例中的五年生存率59％，純亞型-7、純亞型-5、及其他病例的五年生存率分別為62％、61％、57％，未發現顯著性差異。由此，確認亞型-5和亞型-7、或該亞型分類法并不是對外科切除治療的預后的預測、預后因子，而是在對CRT的治療成效的預測方面特異性地有效。〔5〕決定CRT敏感性亞型-7的SIM2基因的分化誘導活性的評價圖5左側示出了定量性RT-PCR的數據，其為在向食道鱗狀細胞癌細胞株KYSE510和TE8中導入SIM2基因cDNA后第3天、第5天對作為未分化基底細胞標志物的PDPN和分化標志物SPRR1A的表達進行調查而得的數據。在導入SIM2基因后第3天，分化標志物SPRR1A上升，未分化基底細胞標志物PDPN的表達下降。根據該結果，確認到SIM2能夠誘導未分化基底細胞的分化。圖5右側示出了利用RT-PCR進行調查的數據，其為對食道鱗狀細胞癌細胞株KYSE510、TE8、及T.Tn的SIM2穩定表達細胞株(KYSE510-SIM2-27、KYSE510-SIM2-37；TE8-SIM2-2、TE8-SIM2-3；T.Tn-SIM2-9、T.Tn-SIM2-23)和對照載體導入株(KYSE510-Mock、TE8-Mock、T.Tn-Mock)進行三維培養后、對SIM2、分化標志物(CEA、FLG、KRT1、SPRR1A、MUC4)、及未分化標志物(VIM、PDPN、NGFR)的表達進行調查而得的數據。與對照細胞相比，在穩定表達SIM2的細胞中，分化標志物的表達變高，未分化標志物的表達變低。根據該數據，與前述(圖5左側)的暫時性SIM2基因表達誘導的數據同樣地，確認到SIM2能夠誘導未分化基底細胞的分化。〔6〕利用二維培養進行的對SIM2基因穩定表達株的抗癌劑敏感性的評價如圖6所示，確認到與對照載體導入株(KYSE510-Mock、TE8-Mock、T.Tn-Mock)相比，在SIM2穩定表達株(KYSE510-SIM2-27、KYSE510-SIM2-37；TE8-SIM2-2、TE8-SIM2-3；T.Tn-SIM2-9、T.Tn-SIM2-23)中，對順鉑(CDDP)、5-氟尿嘧啶(5FU)、多西他賽(DTX)的敏感性上升。即，在任意的SIM2穩定表達株中，在通常的平板二維培養中以IC50附近的濃度添加了3種抗癌劑時，結果3天后的活細胞數均顯著(＊：p<0.05)地減少。〔7〕利用三維培養進行的對SIM2基因穩定表達株的順鉑敏感性的評價在通常的二維培養中，在IC50附近的濃度的情況下，5天以上的長期觀察中細胞將會飽和，因此調查了3天內的效果。因此，圖6中顯示的CDDP的效果盡管是顯著性的，但較小。因此，關于CDDP，利用三維培養進行了14天的長期觀察。如圖7(左側為活細胞數；右側為細胞團塊)所示，與對照載體導入株(T.Tn-Mock)相比，在SIM2穩定表達株(T.Tn-SIM2-9、T.Tn-SIM2-23)中，對CDDP的敏感性顯著上升。〔8〕利用二維培養進行的對SIM2基因穩定表達株的γ射線敏感性的評價如圖8所示，確認到與對照載體導入株(TE8-Mock、T.Tn-Mock)相比，在SIM2穩定表達株(TE8-SIM2-2、TE8-SIM2-3；T.Tn-SIM2-9、T.Tn-SIM2-23)中，對γ射線的敏感性上升。需要說明的是，KYSE510在親代株、對照載體導入株(KYSE510-Mock)中均對γ射線具有高敏感性，因此將其從評價中排除。〔9〕對其他國家的食道鱗狀細胞癌、頭頸部鱗狀細胞癌中的亞型-5、亞型-7的存在的確認對于從EMBL-EBI的ArrayExpress數據庫獲得的登記號為E-GEDO-23400的中國的食道鱗狀細胞癌53例和登記號為E-MTAB-1328的法國的頭頸部鱗狀細胞癌89例的微陣列數據，利用與上述〔1〕-〔2〕同樣的方法進行聚類分析。結果，雖未作圖示，但在其他國家的食道鱗狀細胞癌中、以及在并非食道鱗狀細胞癌的鱗狀細胞癌(頭頸部鱗狀細胞癌)中，也均能夠確認亞型-5、亞型-7的存在。〔10〕基于全局基因表達譜的表達變動少的參照基因的鑒定如前文所述，通過將SIM2共表達基因群組的基因的表達水平作為指標，能夠評價化學放射線療法對于鱗狀細胞癌的有效性。進而，通過將FOXE1共表達基因群組的基因的表達水平也作為指標，能夠以更高的精度評價上述有效性。另外，在對這樣的基因群組的表達水平進行全局性分析的情況下，在本實施例中也被使用的基于DNA微陣列的分析是有用的。在DNA微陣列分析法等全局性的分析中，基于樣本間的基因的總表達量大致相同這樣的前提，可對該樣本間的基因表達水平進行比較(整體歸一化(globalnormalization))。然而，在基因分析數量有限的基于PCR等的分析中，無法采用如上所述的整體歸一化。因此，以在樣本間的表達變動少的基因(參照基因)的表達量作為基準，將作為分析對象的基因的表達量換算為其相對量(表達水平)，在此基礎上進行對該樣本間的基因表達水平的比較。另外，在基于PCR等的分析中，通常使用恒定地表達、且被認為一般表達變動少的β-肌動蛋白、GAPDH等作為參照基因，但在以鱗狀細胞癌作為對象的情況下，它們作為參照基因未必適當。因此，為了鑒定比β-肌動蛋白等更有效的鱗狀細胞癌中的參照基因，進行了以下的分析。基于上述的〔1〕中得到的、利用GeneChip(注冊商標)人類基因組U133+2.0芯片由274例食道鱗狀細胞癌患者的治療前的活檢組織獲得的全局基因表達譜，對在病例之間的表達變動少的標準基因進行排序。作為表達變動少的標準基因的排序方法，使用如下所述的3種方法進行研究。方法1：針對每個基因探針算出信號值的95％百分位數(percentile)和5％百分位數，將其差值除以各基因探針的信號值的中位數(50％百分位數)。方法2：針對每個基因探針算出信號值的中位數絕對偏差，將其差值除以各基因探針的信號值的中位數。方法3：針對每個基因探針算出信號值的標準偏差，將其差值除以各基因探針的信號值的平均值。利用以上3種方法對基因表達變動的大小進行評價。即，在任一方法中，均是若基因表達變動小則算出的數值也小，因此，按照其數值從小到大的順序對基因探針進行排列而進行評價。需要說明的是，對于1個基因，有在上述陣列中合成、搭載有多個探針的情況，因此，對于同一基因，選擇由各方法算出的最小數值，其余被排除。將在以上述方式進行分析的結果中被評價為表達變動與β-肌動蛋白同等程度地少或比其更少的基因的基因示于表16～32。表16～19中示出利用上述方法1鑒定出的共計243個基因，表20～26中示出利用上述方法2鑒定出的共計377個基因，表27～32中示出利用方法3鑒定出的共計330個基因。[表16][表17][表18][表19][表20][表21][表22][表23][表24][表25][表26]次序ID基因符號361285521COX1836210944C11orf5836364427TTC313649960USP336555920RCC23661108CHD436755681SCYL23684594MUT3699183ZW1037010513APPBP237123429RYBP37254433GAR1373132949AASDH37451808PHAX37556623INPP5E37655527FEM1A37754499TMCO1[表27][表28][表29][表30][表31][表32]次序ID基因符號30192335STRADA30226056RAB11FIP53037514XPO13049797TATDN230584261FBXW93069202ZMYM43073735KARS3084659PPP1R12A3098678BECN13107528YY13119255AIMP131223219FBXO2831323759PPIL231454455FBXO423157248TSC131611176BAZ2A31727102EIF2AK1318400ARL1319728558ENTPD1-AS132057448B1RC632127072VPS4132256886UGGT13237375USP432451322WAC3252597GAPDH3264691LOC1009962533275976UPF132810857PGRMC132954918CMTM63306155RPL27在以上述方式得到的、與β-肌動蛋白同等有用或比其更有用的參照基因(對照基因)中，在任一方法中均被包含在前10位基因中的SRSF3、TPM3、ZNF207、ZNF143、PUM1、RAB1A及LOC101059961是在對鱗狀細胞癌的基因表達水平進行分析的方面更有用的參照基因。特別地，SRSF3基因在方法1～3中的任一方法中均為第一位，是最有用的參照基因。〔11〕使用小數目基因集的亞型分類如前文所述，在基于PCR等的分析中，希望將用于分析的基因的數量限定為少數。因此，為了確認即使以較少的基因群組作為分析對象、也能夠評價化學放射線療法對于鱗狀細胞癌的有效性，從對亞型-5的分類有用的163種基因探針(參見表8～12)、以及對亞型-7的分類有用的256種基因探針(參見表1～7)，對基因探針的進一步縮減進行了研究。具體而言，采用作為高效的基于基因組合的模型構建方法之一的提升方法(boosting)(加權多數投票確定法)，利用用于亞型分型的107個病例的集合(上述的集合-1)選取基因，使用用于驗證的167個病例的集合(上述的集合-2)進行評價。另外，在該情況下，在[10]中，使用在方法1～3中均為第1位的SRSF3基因作為參照基因，使用將各基因探針的信號值除以SRSF3基因的信號值而得的信號比進行研究。需要說明的是，提升方法為下述方法：高效地選擇單純的預測模型，定義適宜的權重，通過加權多數投票確定來進行組合判定，由此獲得高精度的預測結果的方法。本實施例中，作為單純的預測模型，構建基于各基因的深度為1的決策樹，針對每種亞型算出使模型數從1個增加至20個時的集合-1、集合-2各自的預測誤差。該情況下的基于各基因的深度為1的決策樹是指：以各基因的信號比的某一閾值為基準進行二值化而得的決策樹。將以上述方式針對各亞型(-5、-7)示出使模型數從1個增加至總計20個時的集合-1、集合-2的預測誤差的結果示于圖9中。如圖9所示，即使用作分析對象的基因數為1，其預測誤差也被抑制在0.1左右，確認了本發明涉及的基因的有用性。另外，對于作為學習數據的集合-1而言，隨著模型數的增加，預測誤差降低，而對于作為評價數據的集合-2而言，模型數為5時顯示出最小誤差。另外，在任意亞型預測中均獲得了同樣的傾向，模型數為5時，亞型-5中準確率達到95.8％，亞型-7中準確率達到98.2％。由此可以確認：在集合-1和集合-2中可使用共同的閾值；SRSF3基因作為參照基因是極其有用的；以及，即使是僅包含5個模型的基因集也能夠以極高的精度針對各亞型進行預測。需要說明的是，針對各亞型的5個模型的基因集、其信號比的閾值、模型的權重如表33及34所示。另外，表33中，LOC344887共被選擇了2次，這是因為，由于信號比的閾值、模型的權重的不同，所以同一基因被重復選擇。此外，此時的與純亞型-5、純亞型-7相關的生存分析如圖11及12所示，也能夠確認其相當于使用了對亞型-5的分類有用的163種基因探針、以及對亞型-7的分類有用的256種基因探針中的全部基因探針的分析。[表33]選擇次序ID基因符號信號比的閾值模型的權重1344887LOC3448870.1311.25824915NTRK20.1521.503389894TMEM1160.1251.286428232SLCO3A10.1350.9825344887LOC3448870.0890.908[表34]選擇次序ID基因符號信號比的閾值模型的權重16707SPRR32.1111.2582634CEACAM10.0130.79535493PPL0.6561.19242327FMO20.1051.321526780SNORA680.0500.945〔12〕利用重采樣進行的對基因集的評價、及排序根據上述[11]等中的預備性研究表明，存在許多有用的小數目基因集。因此，從集合-1的107個病例的數據，進行1000次重采樣，所述重采樣中，以允許重復的方式選擇200個病例。進行用作各重采樣中得到的學習用數據的模型構建，使用集合-1和集合-2進行評價。基于該1000次的重采樣而算出平均預測誤差，另外，針對利用由各重采樣選擇的5個模型的基因集而選擇的基因，按照選擇次數進行基因的排序。對于基因集，從對亞型-5的分類有用的163種基因探針中、以及對亞型-7的分類有用的256種基因探針中選擇，即使選擇了不同的基因探針，但若為同一基因，則算出合算的選擇次數。而后，由此，在1000次的重采樣中，算出模型數1～總計20的集合-1、集合-2中的預測誤差的平均值。將得到的結果示于圖13及14。由圖13及14所示的結果可知，在5個模型的基因集中，集合-2的預測的準確率最大，更具體而言，確認了在亞型-5中準確率平均為94.4％，在亞型-7中準確率達到97.6％。另外，算出1000次重采樣的5個模型中包含的基因的總數時，在被選擇為靠前次序的基因方面存在偏差，在亞型-5中選取了56個基因(參見表35)，另外，在亞型-7中選取了69個基因(參見表36)。因此，確認到：在對亞型-5的分類有用的163種基因(參見表8～12)及對亞型-7的分類有用的256種基因(參見表1～7)中，表35及36的基因是在評價化學放射線療法對于鱗狀細胞癌的有效性方面特別有用的基因。[表35][表36]產業上的可利用性如前文所述，根據本發明，通過將選自SIM2共表達基因群組中的至少1種基因的表達水平作為指標，能夠評價化學放射線療法對鱗狀細胞癌的有效性。進而，通過將選自FOXE1共表達基因群組中的至少1種基因的表達水平也作為指標，能夠以更高的精度評價上述有效性。因此，本發明的評價方法及用于該方法的試劑在確定鱗狀細胞癌的治療方針方面是極其有效的。序列表自由文本序列號：1～20<223>人工合成的引物序列當前第1頁1 2 3