,引物各20pmol,模板DNA ΙμL,TaqTM (TaKaRa公司)0.5U,dNTP SyLPCR擴增條件:95°C預變性5min,94°C45sec,55°Clmin,72°C lmin循環30次,72°C10min修復延伸,4°C終止反應。PCR產物的純化:PCR產物進行1%瓊脂糖 凝膠中電泳,用TaKaRa PCR FragmentRecoveryKit從膠中回收目的片段,溶于30μ1的高純 水中。送至測序公司進行16S r DNA區段序列的測定,菌種寡營養細菌D0B150的基因序列參 見附后的基因序列表。
[0040] AGAGTTTGATCCTGGTTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGAATGGATTAAGAGCTT GTTCTTATGAAGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGTCCATAAGACTGGGATAACTCCGGGAAG CCGGGGCTAGTACCGGATAACATTTTGAACCGCATGGTTCGAAATTGAAAGGCGGCTTCGGCTGTCACTTATGGATG GACCCGCGTCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGTTTGAT CGGCCACACTGGGACTGAGCCACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCACCAGTAGCCAATCTTCCGCAATGGACGAAAG TCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGCTTTCGGGTCGTAAAACTCTGTTGTTAGCCAAGAACAAGTGCTA GTTGAATAAGCTGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACG TAGTTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGTGCGCAGGTGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCA CGGCTCAACCGTGCAGGGTCATTGGAAACTGGGAGACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCCG TGAAATGCGTAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACACTGAGGCGCGAAA GGGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTTGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGAGGGTTTCC GCCCTTTAGTGCTGAAGTTAACGCATTAAGCACTCCGTCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAAGGAATT GACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTATAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATC CTCTGAAAACCCTAGAGATAGGGCTTCTCCTTCGGGAGCAGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCACCTCGTGT CGTGAGATGGTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATCTTAGTTGCCACTATTAAGTTGGGCACTCTAAG GTGATTGACGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGAACTGGGCTACACAC GTGCTACAATGAACGGTACAAAGAGCTGTAAGACCGCGAGGTGGAGCTAATCTCATAAAACCGTTCTCAGTTCGGAT TGTACGCTGCAACTCGCCTACATGAAGCTGCAATCGCTAGTGATCGCGGATCAGCTTGCCGCGGTGAATACGTTCCC GGGCCTTGTACACACCGCCCCTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGTCGGTGGGGTAACCTTTTTGGAGCCA GCCGCCTAAGGTGGGACAGATGATTGGCGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGAATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCT CCTT
[0041 ] 2、16S r DNA基因序列比對及系統發育分析
[0042] 將測序得到的16S r DNA序列與GenBank數據庫中的核苷酸序列進行BLAST分析, 從中獲取相近的16S r DNA序列,將寡營養細菌D0B150的16S r DNA序列在NCBI數據庫中進 行BLAST分析后,構建系統進化樹,參見附圖1所示。
[0043] 通過16S rRNA基因序列測定及比對,并建立系統發育樹分析,結果表明菌株屬于 芽抱桿菌屬(Bacillus · sp),其與NCBI報道菌株Bacillus cereus WJL_063(FJ527559)同源 性最高,最高相似性為97.6%,與該屬模式菌株序列比對最高同源性分別為97.5% (Bacillus cereusATCC 14579T) ^97.4% (Bacillus anthracisATCC 14578T) ^97.4% (Bacillus thuringiensisATCC 10792T)、97.4%(Bacillus toyonensis BCT_7112T)及 97.1%(Bacillus pseudomycoides DSM 12442T),初步斷定為該屬潛在新種。以 BiologMicrostation系統的GEN III測定卡進行測試,其D-麥芽糖,D-海藻糖,D-松二糖,水 蘇糖,a_D_乳糖,蜜二糖,N-乙酰-D-匍糖胺N-乙酰-β-D-甘露糖胺,α-D-匍糖,D-甘露糖,D-果糖,D-半乳糖3-甲酰葡糖,D-果糖,D-甘露醇,D-阿拉伯醇,肌醇,甘油,D-葡糖-6-磷酸,D-果糖-6-磷酸,D-絲氨酸,氨基乙酰-L-脯氨酸,L-絲氨酸,果膠,L-半乳糖醛酸內酯,D-葡糖 酸,D-葡糖醛酸,葡糖醛酰胺,粘酸,粘液酸,奎寧酸,糖質酸,L-蘋果酸,γ -氨基-丁酸,a-羥 基-丁酸,羥基_D,L 丁酸乙酰乙酸,甲酸等利用均為陽性結果,判定為芽孢桿菌屬一潛在 新種,該菌建議的生物學命名為Bacillus sp.D0B150。
[0044] 結合寡營養細菌D0B150的形態結構特征及生理生化特性,從其歸屬,屬于芽孢桿 菌屬類群。將所測得的16S r DNA序列輸入Genbank,以Blast程序進行同源性比較,發現它 與Bacillus sp HN002的16S r DNA序列的相似性最大,是一種典型的新的芽孢桿菌菌種。 結合寡營養細菌D0B150的形態結構特征及生理生化特性,確定其為菌種編號為D0B150綜合 命名為芽孢桿菌(Bacillus sp.)。
[0045] 實施例三:寡營養細菌Bacillus sp.D0B150CGMCC NO. 11925的特性研究及應用 [0046] 1、實驗過程
[0047]將寡營養細菌D0B150在LB培養基上反復劃線活化后,用于液體菌劑的制備,接種 后置37°C搖瓶培養60h。
[0048] (1)固沙試驗
[0049]用流沙裝長30cm X寬20cm X高5cm的磁盤2個,將流沙裝入盤中,把經過搖床震蕩 培,養后的寡營養細菌D0B150噴灑在其中一個沙盤的流沙表面,另一個沙盤噴灑等量的自 來水作為對照。
[0050] (2)保水試驗
[00511取己知烘干恒重的坩堝20個(其中10個噴水作對照,10個噴寡營養細菌D0B150的 菌液)稱重,記為Wi,分別稱30g沙子裝入這20個坩堝中,向其中10個裝沙的坩堝各噴6g寡營 養細菌DOB 150的菌液作為試驗組,向另外10個裝沙的坩堝各噴水6g作為對照組,記為W2。將 這20