專利名稱::Dna病毒微小rna及其抑制方法DNA病毒孩支小RNA及其4卬制方、法本申請中描述的發明是在來自國立衛生研究院的資助下(資助號R01-GM068476-01)完成的。美國政府對本發明擁有一定^又利。本申請是2004年10月19日提交的序列號10/968,821的美國專利申請的部分延續,其是2004年8月24日3是交的序列號10/925,363美國專利申請的部分延續,后者又是2004年4月5日提交的序列號10/819,098的美國專利申請的部分延續。因此,序列號10/925,363、10/819,098和10/968,821的美國專利申"i青的i兌明書的全部內容合并于此供參考。
背景技術:
:孩吏小RNA(microRNA)是約22個核普酸的小RNA分子。這些孩£小RNA分子可以在多種生物體中以序列特異性方式控制基因表達。在i午多生物體中,由雙纟連RNA(dsRNA)(例如siRNA和孩i小RNA)介導的RNA沉默,是抗RNA病毒和轉座因子的先天免疫反應的一部分。在i者如才直物病毒和昆蟲獸棚病毒(insectFlockHousevirus)中存在阻礙宿主反應的反防舉^晉施。這些病毒表達抑制劑如dsRNA結合蛋白,可以干4無宿主細胞RNA沉默系統。例如,有報道稱微小RNA部分與靶基因的mRNA的非編碼3,區雜交后,能夠阻斷翻譯。微小RNA靶向的基因大部分尚待表征化。然而,越來越多的^正據表明多種疾患和病痛中涉及樣吏小RNA。ii例如,已表明果蠅微小RNA把向涉及凋亡的基因,而B細胞慢性-淋巴細月包'l"生白血病與兩種孩t小RNA的擊夾失有關。然而迄今為止,尚未才艮道存在由哺乳動物病毒編碼的孩支小RNA。鑒定哺乳動物病毒微小RNA以及(如果存在)了解它們的生物學功能將會促進新型抗病毒藥物的開發。因此,有必要鑒定病毒孩i小RNA,并需要開發有助于"i兌明已知的和未來的病毒樣i小RNA的功能的新材并+和方法。由于孩i小RNA能夠-秀導RNA降解或者阻遏編碼重要蛋白的mRNA翻譯,因此也有必要開發新型分子,其抑制DNA病毒微小RNAi秀導的l巴mRNA的斷裂或者翻i奪阻遏。
發明內容在一種實施方式中,本發明涉及包含DNA病毒樣i小RNA序列的獨立的(isolated)一亥酸分子。在另一種實施方式中,本發明涉及獨立的單《連DNA病毒樣t小RNA分子。該分子含有最少10個、最多50個在分子主《連上的部分,該分子主鏈含有主鏈單位。每個部分包括鍵合到主鏈單位的堿基,其中至少10個相鄰石咸基具有與DNA病毒樣i小RNA分子內石咸基序列相同的序列,只是達到30%的堿基對可能是擺動堿基對,并且達到10%的相鄰石咸基是添力口、缺失、4晉配或其組合;并且不多于50%的相鄰部分含有脫氧核糖核苷酸主鏈單^(立。在又一實施方式中,本發明涉及獨立的單4連抗DNA病毒孩£小RNA分子。該抗DNA病毒孩i小RNA分子含有最少10個、最多50個在分子主鏈上的部分,該分子主鏈包括骨架單位。每個部分包括《建合到主《連單位的石咸基,每個石咸基與互補石成基形成Watson-Crick磁<基對,其中至少10個相鄰石威基具有與DNA病毒《斂小RNA分子內相鄰堿基序列互補的序列,只是達到30%的堿基對可能是擺動堿基對,并且達到10%的相鄰》咸基是添加成、缺失、4晉配或其組合;不多于50%的相鄰部分含有脫氧核壽唐核苷酸主《連單4立;并且該分子能夠抑制微小RNP(microRNP)活性。在又一實施方式中,本發明涉及用于抑制細胞中微小RNP活性的方法。該孩£小RNP包4舌DNA病毒孩i小RNA分子,該DNA病毒孩吏小RNA分子包含與單《連抗DNA病毒孩£小RNA分子內石咸基序列互補的^咸基序列。該方法包括將單4連抗DNA病毒孩i小RNA分子導入細胞,該分子含有在分子主《連上的最少IO個部分、最多50個部分的序列,該分子主鏈含有主《連單位,每個部分含有4建合到主鏈單位的石威基,每個石威基與互補石威基形成Watson-Crick石咸基對,其中抗DNA病毒纟敬小RNA分子的至少10個相鄰石咸基與DNA病毒孩吏小RNA分子互補,只是達到30%的堿基可能被擺動石咸基對取代,并且至少IO部分中達到10%是添加、缺失、錯配或其組合;不多于50%的相鄰部分含有脫氧核糖核苷酸主鏈單位。在又一實施方式中,本發明涉及用于治療在其需要的哺乳動物中DNA病毒感染的方法。該方法包4舌將抗DNA病毒樣丈'J、RNA分子導入哺乳動物。在又一實施方式中,本發明涉及含有獨立的核酸分子的獨立的孩l小RNP,該獨立的一亥g交分子含有DNA病毒樣i小RNA分子的序列。在又一實施方式中,本發明涉及含有獨立的單《連DNA病毒孩£小RNA分子的3蟲立的卩鼓小RNP。圖1示出了本發明書中論述的修飾的核苷酸單位。B表示任一下列核酸堿基腺苷、胞苷、鳥苷、胸腺嘧啶或尿苷。圖2.EBV表達微小脂A。(A)為含有EBV基因組片段的微小RNA圖。潛伏基因用白色方框表示,裂解基因用黑色方框表示,之前已知的非編碼RNA用藍色方框表示,而新識別的樣i小RNA用紅色方框表示;在潛伏期(1、II或III)起作用的啟動子用白色三角說明,在裂解期起作用的啟動子用黑色三角說明,在所有階段均起作用的啟動子則用灰色三角說明。在BART區內的內含子片革殳用短劃線表示,外顯子片段用粗線條表示。(B)為預測的EBV微小RNA的回4斤型前體,成熟的樣i小RNA用紅色突出顯示。星號用來表示4氐豐度小RNA,該小RNA,人與孩史小RNA-BHFR1-24連相只寸的《連克隆而來。(C)為利用,人未感染的BL-41(-)和感染EBV的BL41/95(+)細月包中獨立的總RNA的EBV樣1小RNA的RNA印跡。人類miR-16(表Sl)的表達也加以檢測作為參考。成熟微小RNA(miR)及其回折型前體(miR-L)的遷移位置被指出。轉膜前,通過將tRNA條帶經過溴化乙錠(EB)染色測試出凝膠加樣量相同。(D)為利用乂人多種Hodgkin和Burkitt淋巴瘤細胞系中獨立的總RNA的EBV樣爻小RNA的RNA印跡。EBV卩曰寸生系(positiveline)的潛伏期在圓括號內表示。MiR信號下面的數字表示在利用U6snRNA信號對凝"交加樣量標準化后,關于BL41/95信號的相對信號強度。圖3.miR-BART2引導的BALF5mRNA斷裂示意圖。裂解基因用黑色方框示出,表達尚未表征化的基因用灰色表示(GenBank登陸號V01555)。miR-BART2序列相對于BALF5mRNA的核苷酸序列和加工位點加以4交準(aligned)。BALF5mRNA斷裂的預測位置與3.7kb力口工形式的比3于的(mapped)末端一至丈。圖4.KSHVmiRNA的基因組位置以及回折結構。(A)為KSHV微小RNA的基因組位置。實心箭頭表示HerpesSaimiri病毒中保守的開放讀碼框架(ORF),空心箭頭表示獨特的KSHVORF。重復區域以ORF上面小的填充矩形表示,克隆的miRNA用點線表示。K12轉錄本的兩個可能的啟動子以黑色箭頭表示,K12轉錄本以黑線表示,較大轉錄本上的內含子區以線上的斷開表示。粗的灰箭頭表示Kaposin蛋白A、B和C的ORF。(B)為KSHV樣£小脂A的回4斤前體。克隆的成熟孩i小RNA用紅色突出顯示。圖5.KSHVmiRNA依才居裂解周期-漆導^皮差異調節。由KSHV陰性(BJAB)細月包系以及經TAB處理24h、48h、72h后的BCBL1細月包中獨立的總RNA形成的miR-Kla,miR-K6和miR-K7的RNA印跡。圖6.HCMVmiRNA的基因組位置以及二級結構。(A)為HCMV基因組含miRNA的片段的示意圖。末端重復用灰色方框和三角形示出。克隆的miRNA以紅色點線示出。基因組正義(+)《連編碼的miRNA在基因組上方示出,基因組反義(-)嗜連書t生的miRNA在基因組下方示出。箭頭表示病毒ORF的方向。(B)為預測的HCMV孩i小RNA的回前體。克隆的成熟〗設小RNA用紅色突出顯示。星號用來顯示低豐度小RNA,該小RNA從與miR-ULl鏈相對的鏈克隆而來。具體實施例方式本申請的發明者發現了DNA病毒編碼的微小RNA。因此,在一個實施例中,本發明涉及獨立的單嗜連DNA病毒孩走小RNA分子。微小RNA分子在本領域中是已知的(參見,如,Bartel,Ce〃,2004,116,281-297關于微小RNA分子的綜述)。因此,Bartel這篇文章合并于此供參考。這些分子起源于染色體組基因座,并從特異性微小RNA基因產生。成熟的孩t小RNA分子/人形成局部發夾結構的前體轉錄本加工而來。該發夾結構通常用已知的酶如Dicer進行切割,從而產生樣l小RNA雙《連體。見上述Bartel的參考文獻。通常,微小RNA雙鏈體的兩條鏈的其中一條包裝于微小RNA核糖核蛋白復合體(微小RNP)中。如人類的微小RNP還包含蛋白elF2C2、解螺S走酶如Gemin3和Gemin4。未4務飾的DNA病泰微小RNA分子在一個實施例中,本發明涉及獨立的核酸分子,該核酸分子含有DNA病毒孩支小RNA序列或者DNA病毒發夾前體序列。除了DNA病毒孩i小RNA或者發夾前體的序列,該核酸分子也可以含有一個或多個其他核普酸。任何核苷酸均可—皮附加。核苦酸的附加數量沒有上限。典型的,不多于約500個核苦酸,優選不多于約300個核苷酸可以加入DNA病毒孩t小RNA序列或者發夾前體序列。在一個實施例中,該DNA病毒《鼓小RNA是其片段的發夾前體序列的一部分。DNA病毒孩i小RNA可以纟皮插入載體,例如重組載體。典型的,為了構建這種含有DNA病毒微小RNA的重組載體,含有DNA病毒孩吏小RNA序列的發夾前體序列洋皮整合入該載體內。參見例如Chenetal.Sc,ewce2004,303:83-86。該重纟且載體可以是4壬4可重纟且載體,例如質并立、粘4立或p筮菌體。重組載體通常具有復制起始點。該載體可以是例如病毒載體,如腺病毒載體或者腺病毒相關(AVV)載體。參見例如Ledley1996,尸/zarmaceM"cor/ieseorrc/z13:1595-1614^乂及^VermaetalJV"fwre1997,387:239-242。該載體可以進一步包括可選擇性標記物,例如像抗藥性標記物或者可4全測基因標記物如P-半乳糖苦酶。該DNA病毒可以是本領域^支術人員已知的任^TDNA病毒。優選的,該DNA病毒感染哺乳動物細i包。哺乳動物的實例包括實—瞼用動物(如狗和貓)、農場動物(如牛、馬和羊)、實-驗用動物(如大鼠、小鼠和兔)以及靈長類(如猴子和人)。該DNA病毒可以為單嗜連或雙鏈DNA病毒。單鏈和雙《連DNA病毒的實例列于表B中。在一個實施例中,該DNA病毒是EB病毒(EBV)。EBV孩丈小RNA以及相應發夾前體的序列的實例在表A中示出。在另一個實施例中,該DNA病毒是Kaposi's肉瘤相關皰滲病毒,也一皮稱為皰滲病毒8(KSHV)。KSHV孩i小RNA以及相應發夾前體的序列的實例在表Al中示出。在另一個實施例中,該DNA病毒是巨細胞病毒(HCMV)。HCMV微小RNA及相應發夾前體的序列的實例在表A2中示出。在一個優選的實施例中,該核酸分子包括DNA病毒樣么小RNA序列或者發夾前體序列。在另一個伊C選實施例中,該核酸分子包4舌表A示出的任何一個DNA病毒孩i小RNA序列或者發夾前體序列。在另外一個實施例中,該核S臾分子包括表A1示出的任何一個DNA病毒微小RNA序列或者發夾前體序列。在另外一個實施例中,該核酸分子包括表A2示出的任何一個DNA病毒微小RNA序列或者發夾前體序列。該獨立的DNA病毒孩i小RNA分子的序列可以是DNA或者RNA分子。已表明表A、Al和A2中示出的核酸分子序列含有尿嘧咬堿基。尿嘧啶堿基存在于未修飾的RNA分子中。本發明還包括未修飾的DNA分子。未修飾DNA分子的堿基序列與未修飾RNA分子相同,只是在未修飾DNA分子中,尿嘧咬石咸基被胸腺嘧啶堿基取代。表AEBV微小RNA序列及發夾前體序列<table>tableseeoriginaldocumentpage19</column></row><table>表AlKSHV存i小RNA序列及發夾tf體序列<table>tableseeoriginaldocumentpage20</column></row><table>K<table>tableseeoriginaldocumentpage21</column></row><table>表A2HCMV微小RNA序列及發夾前體序列<table>tableseeoriginaldocumentpage22</column></row><table>表B單鏈以及雙鏈DNA病毒<table>tableseeoriginaldocumentpage23</column></row><table>選最多23個部分。部分的最小和最大數量的適當范圍可以通過結合任何一個上述最小值和任何一個上述最大值而獲得。每個部分包含4建合到主鏈單位的石成基。在本說明書中,石咸基指的是在DNA或RNA中存在的任何一種核酸石成基。該石咸基可以為嘌呤或嘧咬。噤呤堿基的實例包括腺。票呤(A)和鳥嘌呤(G)。嘧啶堿基的實例包括胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)和尿嘧啶(U)。該部分的每個石威基與互補石威基形成Watson-Crick;咸基對。在本文中所^吏用的Watson-Crick石成基對指的是例如下列石咸基之間的氫鍵結合相互作用腺嘌呤和胸腺嘧啶(A-T);腺噪呤和尿嗜啶(A-U);以及胞嘧口定和鳥嘌呤(C-G);腺嘌呤可以被2,6-二氨基。票p令耳又〗戈,而不影響-咸基配只寸。主鏈單位可以是能夠穩定結合到堿基上并能形成低聚鏈的任何分子單位。適當的主鏈單位為本領域的技術人員所熟知。例如,適當的主《連單4立包4舌存在于4亥4唐沖亥苷酸、脫氧核斗唐核香酸中的糖-磷酸酯基團、硫代磷酸酯脫氧核糖基團、N,3-N,5氨基磷酸酯脫氧核糖基團、2'0-烷基-核糖磷酸酯基團、2,0-烷基-烷氧基核糖磷酸酯基團、含有亞曱橋核糖磷酸酯基團、2,-氟代核糖磷酸酯基團、嗎啉代氨基磷酸酯基團、環己烯基團、三環磷酸酯基團以及氨基酸分子。優選的,所述DNA病毒微小RNA分子含有至少一個增強核酸酶抗性的部分。這種分子包含至少一個核酸酶不能識別的部分。因此,與4義含有未{奮飾的核4唐核苷酸、未》務飾的脫氧核沖唐核苷酸或者兩者均含有的序列相比,該分子的核酸酶抗性有所增強。這樣+務飾的部分在本4貞i或中為人熟殺口,并由例》口Kmreck,Eur.J.Biochem.270:1628-1644(2003)論述。被抵抗的核酸酶可以是外切核酸酶、內切核酸酶或者二者。外切核酸酶可以是3'—5,外切核酸酶或者5,—3'外切核酸酶。人類3,—5'夕卜+刀沖亥酉交酶的實<列包4舌PNPT1、Wernersyndromehelicase、RRP40、RRP41、RRP42、RRP45,口RRP46。5,—3,夕卜士刀沖亥酉臾酵的實例包括XRN2和FEN1。內切核酸酶的實例包4舌Dicer、Drosha、RNase4、核糖核酸酶P、核糖核酸酶H1、DHP1、ERCC-1和OGGl。既可做為外切核酸酶又能做為內切核S臾酶發揮作用的核酸酶的實例包括APE1和EXOl。^修飾的部分可存在于DNA病毒孩吏小RNA分子的任何位置。例如,為了保護DNA病毒孩i小RNA分子免受3,—5,外切核酸酶的作用,該分子可在該分子的3'末端含有至少一個^f多飾部分,優選3,末端含有至少兩個修飾的部分。如果希望保護DNA病毒樣吏小RNA分子免受5,—3'外切核酸酶的作用,該DNA病毒樣吏小RNA分子可在該分子的5'末端含有至少一個》務飾部分,優選至少兩個j務飾部分。DNA病毒孩i小RNA分子也可以在該分子的5'末端和3,末端之間含有至少一個優選至少兩個》多飾部分以增強該分子對內切核酸酶的抗性。優選的,這些部分的至少約10%、4交優選至少約25%、更優選至少約50%、進一步更優選至少約75%、最優選95%被修飾。在一個實施例中,所有的這些部分均為核酸酶4元性的。在另一個實施例中,DNA病毒孩吏小RNA分子包含至少一個》務飾的脫氧核糖核苷酸部分。適當的^f奮飾的脫氧核4唐核苦酸部分在本修飾的脫氧核糖核普酸部分的一個恰當實例是硫代磷酸酯(phosphorothioate)脫氧核壽唐核香酸部分。參見圖1中的結構1。含有-克代磷酸酯脫氧核糖核普酸部分的DNA病毒樣i小RNA分子通常稱為石克代石粦酸酉旨(PS)DNA。參見,例如Eckstein,AntisenseNucleicAcidsDrugDev./0,117-121(2000)。修飾的脫氧核糖核苷酸部分的另一個恰當實例是N,3-N'5氨基磷酸酯(phosphoroamidate)脫氧核糖核香酸部分。參見圖1中的結構2。含有氨基;粦酸酯脫氧核糖核苷酸部分的寡核苷酸分子通常稱為氨基石粦酸酯(NP)DNA。參見,例i口Gryaznov""/.,J.Am.Chem.Soc.風3143-3144(1994)。在另一個實施例中,該分子包含至少一個》務飾的核糖核苦酸部分。合適的修飾核糖核苷酸部分在本領域中已知。修飾的核糖核香酸部分的一個恰當示例是2'位被取代的核糖核苷酸部分。該2'位的取代基可以為例如C廣C4烷基。d-d烷基可以是々包和或非々包和的、非支纟連或支4連的。CrC4纟克基的一些實例包括乙基、異丙基和烯丙基。優選的d-C4烷基是曱基。見圖1中的結構3。含有在2'位被d-C4烷基取代的核糖核苷酸部分的寡核苷酸分子通常稱為2'-0-(C廣C4烷基)RNA,例如2,-0-曱基RNA(OMe脂A)。修飾的核糖核苷酸部分2'位取代基的另一個恰當實例是C廣C4烷氧基-C廣C4烷基。該C廣C(烷氧基以及C!-C4烷基可以包括上述烷基中的任何一個。優選的d-C4烷氧基-C廣C4烷基是曱氧基乙基。參見圖1中的結構4。含有一個以上2,位被d-C4烷氧基-d-C4烷基取代的核糖核苷酸部分的寡核苷酸分子稱為2'-0-(d-C4烷氧基-C廣C4烷基)脂A,例如2,-0-曱氧基乙基脂A(MOE脂A)。修飾的核糖核香酸部分的另一個恰當實例是具有在2,-氧原子和4,-碳原子之間的亞甲基橋的核糖核普酸。參見圖1中的結構5。含有在2,-氧原子和4,-碳原子之間的亞曱基橋的核糖核苦酸部分的寡核糖核苷酸分子通常稱為封閉核酸(LNA)。參見,例如Kurrecketal.,NucleicAcidsRes.30,1911-1918(2002);Elayadietal"Curr.OpinionInvest.Drugs2,558-561(2001》①rumetal.,Curr.OpinionMol.Ther.3,239-243(2001沐oshkinetal.,Tetrahedron54,3607-3630(1998);Obikaetal"TetrahedronLett.39,5401-5404(1998)。去于閉沖亥酉交玉見在可以乂人Proligo(Paris,FranceandBoulder,Colorado,USA)購得。Y奮飾的核4唐核苷酸部分的另一個恰當實例是一種2'位用氟基取代的核糖核苷酸。這種2,-氟代核糖核苷酸部分在本領域中已知。本文中,含有2'-氟代核糖核苷酸部分的分子通常稱為2,-氟代核糖核酸(FANA)。參見圖1中的結構7。Damhae/a/"J.Am.Chem.Soc曙"0,12976-12977(1998)。在另一個實施例中,該DNA病毒孩i小RNA分子包含至少一個結合到氨基酸殘基上的堿基。本文中,包含至少一個結合到氨基酸殘基上的堿基的部分稱為肽核酸(PNA)部分。這種部分是核酸酶抗性的,這一點在本領域中已知。包含PNA部分的分子通常稱為月太才亥酉菱。見圖1中的纟吉才勾6。Nielson,MethodsEnzymol.313,156-164(1999》Elayadi,etal,id.,Braaschetal"Biochemistry41,4503-4509(2002),Nielsenetal.,Science254,1497-1500(1991)。所述氨基酸可以為任何氨基酸,包括天然或非天然氨基酸。天然存在的氨基酸包括,例如,通常存在于蛋白質中的20中最常見的氨基酸,即丙氨酸(Ala)、精氨酸(Arg)、天冬酰胺(Asn)、天冬氨酸(Asp)、半胱氨酸(Cys)、谷氨酰胺(Glu)、谷氨酸(Glu)、甘氨酸(Gly)、組氨酸(His)、異亮氨酸(Ileu)、亮氨酸(Leu)、賴氨酸(Lys)、蛋氨酸(Met)、苯丙氨酸(Phe)、脯氨酸(Pro)、絲氨酸(Ser)、蘇氨酸(Thr)、色氨酸(Trp)、酪氨酸(Tyr)以及纈氨酸(Val)。非天然氨基酸可以包括例如烷基、芳基或者烷芳基。烷基氨基酸的一些實例包括oc-氨基丁酸、(3-氨基丁酸、Y-氨基丁酸、5-氨基戊酸以及S-氨基己酸。芳基氨基酸的一些實例包括鄰氨基笨甲酸、間氨基苯曱酸以及對氨基苯曱酸。烷芳基氨基酸的一些實例包括鄰氨基苯乙酸、間氨基苯乙酸以及對氨基苯乙酸和Y-苯基-13-氨基丁酸。非天然存在的氨基酸還包括天然存在的氨基酸的衍生物。天然存在的氨基酸的衍生物可以包括例如將一個或多個化學基團加成到所述天然存在的氨基酸上。例如,一個或多個化學基團可以加成到苯丙氨酸或酪氨S臾殘基的芳香環的2,、3,、4,、5,或6,位,或者色氨酸殘基的笨環的4,、5,,6,或7M立中的一個或多個。該基團可以為可以加成到芳香環上的4壬何化學基團。這種基團的一些實例包括羥基、d-Q烷氧基、氨基、曱氨基、二曱氨基、硝基、鹵素(即氟、氯、溴或硪)、或者支鏈或非支鏈d-C4烷基如甲基、乙基、正丙基、異丙基、丁基、異丁基或^又丁基。作為天然存在的氨基酸的衍生物的非天然存在的氨基酸的其他實例包括正纈氨酸(Nva)、正亮氨酸(Me)以及羥脯氨酸(Hyp)。該氨基酸與其他氨基酸相同或不同。石咸基通過分子4建附加到氨基酸單元上。鍵的實例為亞曱基羰基、亞乙基羰基以及乙基鍵(Nielsenetal.,PeptideNucleicAcids-ProtocolsandApplications,HorizonScientificPress,pagesl國19;Nielsenetal.,Science254:1497-1500。)。PNA部分的氨基酸殘基的一個實例為N-(2-氨基乙基)-甘氨酸。PNA部分的其4也實例包4舌環己基PNA、反向(retro-inverso)PNA、phosphonePNA、丙酰PNA以及氨基月甫氨酸PNA。這些PNA吾卩分的4苗述見Nielsenetal.,PeptideNucleicAcids-ProtocolsandApplications,HorizonScientificPress,pagesl-19d的圖5。本文中,Nielsenetal.第7頁上的圖5合并于此供參考。PNA可以通過本領域中已知的方法化學合成,例如通過改良的Fmoc或tBoc肽合成方案。該PNA具有多個理想特性,包4舌高角年鏈溫度(Tm)、與核酸的高堿基配對特異性以及不帶電荷的分子主嗜連。另外,所述PNA不賦予把RNA以RNaseH每文感性,且通常具有優良的代謝穩定性。肽核酸還可以從AppliedBiosystems(FosterCity,California,USA)購得。其他的抗核酸酶部分在本領域中已知。例如,DNA病毒樣史小RNA分子包括至少一個嗎啉代氨基磷酸酯核苷酸基團。含有嗎啉代氨基;粦酸酯核芬酸部分的分子通常稱為嗎p林代(MF)核酸。參見圖1的結構8。Heasman,Dev.Bio1.243,209-214(2002)。嗎。林代寡核苦酸可以,人GeneToolsLLC(Corvallis,Oregon,USA)購得。抗核酸酶部分的另一個實例中,DNA病毒孩i小RNA分子包括至少一個環己烯核苦酸部分。包括環己烯核苦酸部分的分子通常稱為環己歸核酸(CeNA)。參見圖1的結構10。Wangetal.,J.Am.Chem.Soc.l22,8595-8602(2000),Verbe腦etal"NucleicAcidsRes.29,4941-4947(2001)。抗核酸酶部分的最后一個實例中,DNA病毒孩么小RNA分子包括至少一個三環核苷酸部分。包括三環核苷酸部分的分子通常稱為三環核酸(tcDNA)。參見圖1的結構9。Steffensetal.,J.Am.Chem.Soc.119,11548-11549(1997),Rennebergetal.,J.Am.Chem.Soc.124,5993-6002(2002)。29在另一個實施例中,為了提高對于上述根據本發明的DNA病毒微小RNA類似物或未修飾的分離核酸微小RNA分子的核酸酶的抗性,可以將帽狀結構附加到一個末端、兩個末端和/或該分子的末端之間。希望可以提高對例如外切核酸酶和(或)內切核S臾酶的抗性。任何為本領域中技術人員已知的用于提高核酸酶抗性的帽狀結構均可以采用。這種帽狀結構的實例包括反向核苷酸帽以及化學帽。反向核苷酸帽可以附加到5,和(或)3,端。4b學帽可以附加到一個末端、兩個末端和/或該分子的末端之間。反向核苷酸帽指的是將核酸3,—5'序列附加到在附加DNA病毒樣i小RNA分子或獨立的核酸孩吏小RNA分子的5'和/或3'末端。只要不干擾分子與其靶mRNA的鍵合,該反向帽狀結構中核苷酸的最大數量并沒有限制。任何核苷酸均可應用于該反向核苷酸帽中。通常,該核苷酸帽狀結構長度小于約40個核苷酸,優選長度小于約30個核苷酸,更優選長度小于約20個核苷酸,最優選長度小于約10個核苷酸。典型的,該反向核苦酸帽狀結構長度為一個核苦酸。用于反向帽狀結構的核普酸通常為胸腺嘧啶,但也可以為任意核苷酸例如腺噤呤、鳥。票呤、尿嘧啶或胞嘧啶。化學帽狀結構指的是本領域中技術人員已知的任意用于提高核酸的核酸酶抗性的化學基團。這種化學帽狀結構的示例包括羥烷基(烷基羥化物)或氨基烷基(烷基氨基)。羥烷基有時稱為烷基二醇基團(例如,乙二醇)。氨烷基有時稱為氨基連接子。該羥烷基或胺烷基中的烷基鏈可以為直鏈或支鏈。該烷基鏈中存在的-友原子的最小凄t量為一個、優選至少兩個、更優選為至少約三個碳原子。該烷基鏈中存在的碳原子的最大數量為約18個、優選約16個、更優選約12個。典型的烷基包括曱基、乙基和丙基。該烷基還可以由一個或多個羥基和/或氨基耳又代。表C示出了氨基連接子的一些示例。表C中列出的氨基連接子可以/人TriLinkBiotechnologies,SanDiego,CA購4尋。表C來自TriLinkBiotechnologies的氨基連接子2,-脫氧胞苷-5-C6氨基連接子(3,末端)2,-脫氧胞苷-5-C6氨基連接子(5,或內部)3'C3氨基連接子_3,C6城連接子_3'C7氨基連接子5'C12氨基連接子_5'C3氨基連接子_5'C6氨基連接子_C7內部氨基連接子_胸腺嘧啶核苷-5'^2~|1^連接子(5,或內部)胸腺嘧啶核苷-5'-C6氨基連接子(3'末端)胸腺嘧啶核苷-5'-C6M連接子(內部)該分子還可以為嵌合DNA病毒纟鼓小RNA分子。含有上述^是及的任意部分的混合物的嵌合分子在本領域中已知,且可以用本領域中已知的方法制得。見,例如上面引用的參考文獻以及Wangetal,Proc.Natl.Acad.Sci.USA96,13989-13994(1999),Liangetal.,Eur.J.Biochem.269,5753-5758(2002),Loketal.,Biochemistry41,3457-3467(2002),andDamhaetal.,J.Am.Chem.Soc.120,12976-12977(2002)。本發明中的DNA病毒樣i小RNA分子包括至少10個、優選至少13個、更4尤選至少15個、還更4尤選至少20個聯系石咸基,該石咸基含有天然存在的DNA病毒纟效小RNA分子序列。在一個優選的實施例中,DNA病毒孩i小RNA分子包括一個DNA病毒《鼓小RNA分子的全序列,例如表A中示出的DNA病毒孩i小RNA分子序列中的任何一個。在另一個優選實施例中,DNA病毒孩i小RNA分子包括一個DNA病毒樣i小RNA分子的全序列,例力口表Al中示出的DNA病毒孩i小RNA分子序列中的任何一個。在另外一個優選實施例中,DNA病毒孩t小RNA分子包括一個DNA病毒樣i小RNA分子的全序列,例3口表A2中示出的DNA病毒孩i小RNA分子序列中的任何一個。該分子中的剩余石咸基,如果存在,可以為任4可上述{奮飾的或未》務飾的部分。在一個實施例中,DNA病毒孩i小RNA分子包纟舌至少—個核4唐核苷酸部分或脫氧核糖核苷酸部分。達到最多40個部分的任意數量、并具有任意堿基序列的附力口,,可以加成到含有連續堿基序列的部分上,只要分子中的部分總數不超過50。附加部分可以加成到該連續序列的5,末端、3'末端或5'、3'兩個末端。附加石威基可以包括存在于發夾前體5'末端的石咸基序列和/或3'末端的石咸基序列,該前體乂人DNA病毒樣£小RNA4汙生而來。在一個實施例中,發夾前體序列是表A中示出的發夾前體序列中的任何一個或它們的任意片段。在另一個實施例中,發夾前體序列是表A1中示出的發夾前體序列中的任何一個或它們的片段。在另外一個實施例中,發夾前體序列是表A2中示出的發夾前體序列中的任何一個或它們的片段。該片段可以為在5,末端和/或3,末端含有至少約10個、4尤選至少約15個、更〗尤選至少約20個核香酸的發夾前體序列的任意片段。優選的核苷酸序列存在于DNA病毒微小RNA中的發夾前體中。對于上述提及的連續石咸基,達到30%的石咸基對可以通過擺動堿基對所取代。如在本文中使用的,擺動堿基對指的是以下兩者之一在DNA病毒微小RNA分子的序列中1)用尿嘧啶取代胞嘧啶,或者2)用鳥。票呤取代腺嘌呤。這些擺動石咸基對通常稱為UG擺動或GU擺動。表D示出了在DNA病毒微小RNA分子中連續堿基的數量以及擺動堿基對的最大數量。表D相鄰堿基的數量以及擺動減羞的最大數量<table>tableseeoriginaldocumentpage33</column></row><table>另外,除了擺動堿基對,達到10%、優選達到5%的連續堿基可以為加成、缺失、錯配或者它們的組合。加成指的是在連續序列中插入含有上述4是及的任意-咸基的任意上述部分。缺失指的是去除存在于連續序列中的任意基團。錯配指的是用上述含有不同堿基的部分中的任何一個取代連續序列中含有石咸基的基團。該加成、擊夾失或4晉配可以發生于連續序列的4壬^H立置,例如,可以發生在DNA病毒^f敬小RNA分子中連續序列的末端或者相鄰序列的內部。典型的,如果連續序列相乂十l交^豆,例如長度在約10個至約15個部分,該加成、缺失或錯配發生于連續序列的末端。如果連續序列相-t摔交長,例如至少16個相鄰序列,該加成、擊夾失或錯配可以發生于連續序列的任何位置。例如,當相鄰石咸基的婆t量在10到19個時,沒有或只有一個連續石成基可能加成、缺失或4昔配;當相鄰石咸基的^:量為20到23個時,可允i午最多一個或兩個力口成、在夾失或4晉配。而且,不多于50%、優選不多于30%的連續部分包含脫氧核糖核香酸主4連單元。表E和表F示出了連續石威基的l史量以及脫氧核沖唐核苷酸主鏈單元的最大數量。表E50%的含有脫氧核糖核苷酸主鏈單元的相鄰部分<table>tableseeoriginaldocumentpage34</column></row><table>表F30%的含有脫氣核糖核苷酸主鏈單元的相鄰部分<table>tableseeoriginaldocumentpage34</column></row><table>在另一個實施例中,除了上述擺動石咸基對以及進一步的加成、缺失以及4昔配,在天然存在的DNA病毒孩i小RNA分子序列中對應位置11的基團可以加成、缺失以及4晉配。獨立的孩i小RNP在另一方面,本發明提供了包含上述任意獨立的核酸序列或上述DNA病毒孩史小RNA的類似物的獨立的孩么小RNP。抗DNA病毒微小RNA分子在另外一個方面,本發明I是供了抗DNA病毒孩i小RNA分子。除了抗DNA病毒微小RNA分子的堿基序列與獨立的核酸DNAmicrRNA序列或DNA病毒樣吏小RNA分子的類似物的石咸基序列互補,該抗DNA病毒孩i小RNA分子可以是上述任意獨立的核酸序列或上述DNA病毒樣i小RNA的類似物。表G、Gl和G2中示出了抗DNA病毒孩爻小脂A分子的序列示例。表GEBV抗微小RNA序列病毒抗微小RNA序列543'AACUCCGGGGCUGAUCAGGUUAUUCAAUUUCUGCCGCAAAAGAUAGUGUGCUUACACACUUCCCGUUAAGCACGUCACUUCCACUAAGAGCAAGGGCGAAUGCAGAAAAUA35表G1KSHV8抗微'J、RNA序列病毒抗微小RNA序列<table>tableseeoriginaldocumentpage36</column></row><table>表G2HCMV抗微、RNA序列病毒抗微小RNA序列nCMVACUCUCACGGGAAGGCUACJUUACUACAAACUAGCAUUCUGGUGAUCUUUCCAGGUGUCUUCAACGAAGCCUGGAUCUCACCGUCACUUGCGGUGAAGAAGGGGAGGACGAAACGCUCUCGUCAGGCUUGUCAGACAUCGUCACACCUAUCAUAACGGUCCGAGCCACUGAGCGGUUUCAUCCACCUGAACAGACCGCUCGCGGGAGCUCUCCAAGUGGAUCGCCCACGGUCCGGGCACAAUC該抗DNA病毒樣t小RNA分子可以如上述進^^奮飾用于DNA病毒孩t小RNA分子。在一個實施例中,抗DNA病毒纟鼓小RNA分子中的連續部分與相應的DNA病毒孩丈小RNA分子互補。該抗DNA病毒樣i小RNA分子的互補程度受到上述DNA病毒樣t小RNA分子類似物的限制,包括與擺動堿基對相關的限制以及與加成、缺失以及4晉配相關的限制。在一個優選實施例中,如果抗DNA病毒樣£小RNA分子僅包4舌未4奮飾的部分,那么抗DNA病毒樣吏小RNA分子在至少10個連續石咸基中包4舌至少一個石咸基,該石威基與DNA病毒孩l小RNA不互#卜,并且(或者)包括一個化學帽。在另一個優選實施例中,如果抗DNA病毒孩t小RNA分子中至少10個連續堿基與DNA病毒微小RNA分子完全互補(即100%),那么抗DNA病毒孩i小RNA分子在至少10個連續石威基中包括至少一個修飾的堿基,并且/或者包括一個化學帽狀結構。在另一個優選實施例中,對應天然存在的DNA病毒樣i小RNA位置11的抗DNA病毒樣i小RNA分子中的部分是非互補的。對應天然存在的DNA病毒孩i小RNA位置11的抗DNA病毒樣i小RNA分子中的部分可以通過上述任何途經,包括通過上述加成、缺失或錯配的引進實現非互補。獨立的(isolated)核酸分子、DNA病毒樣i小RNA分子或抗DNA病毒樣i小RNA分子優選為獨立的,意指基本上不含有其他核酸。基本上不含有其他核酸意指上述的那些核酸分子、DNA病毒孩吏小RNA分子、抗DNA病毒樣吏小RNA分子或孩i小RNP分子至少約90%、優選至少約95%、更優選98%不含有其他核酸。優選的,該分子基本上是純化的,意指該分子不〗又不含有其他核酸而且不含有該分子合成及分離中的其4也物質。用于合成的物質包括例如酶類。用于獨立的物質包括例如凝力交如SDS-PAGE。該分子至少約90%、優選至少約95%、更優選至少約98%不含有其他核酸以及這些其j也物質。用途本發明中的DNA病毒樣£小RNA分子和抗DNA病毒樣i小RNA分子具有多種體外和體內應用。例如,本發明中的樣吏小RNA分子和(或)抗樣t小RNA分子可以導入細胞內以研究該微小RNA的功能。上述提及的任何DNA病毒樣i小RNA分子和/或抗DNA病毒樣i小RNA分子可以導入細月包內用于研究其功能。在一個實施例中,細月包內的孩吏小RNA用合適的抗樣t小RNA分子來抑制。可替換的,可以通過將一種或多種附加微小RNA分子導入細胞內而提高細胞內的微小RNA分子的活性。通過觀察細胞內該微小RNA的抑制和/或提高的活性可以推斷該微小RNA的功幺匕在本發明的一個方面,本發明涉及到一種用于抑制細胞內^t小RNP活性的方法。用于抑制細胞內孩i小RNP活性的方法包4舌將單鏈抗DNA病毒孩i小RNA分子導入細月包內。該樣i小RNP包括DNA病毒微小RNA分子。該樣£小RNA分子包括與單鏈抗DNA病毒微d、RNA分子中的堿基序列互補的堿基序列。任意抗DNA病毒孩td、RNA分子可以用在抑制細月包內樣£小RNP活性的方法中,只要該抗DNA病毒微小RNA分子受上述限制而互補于該樣i小RNP中存在的DNA病毒孩吏小RNA分子。本發明中的抗DNA病毒孩i小RNA分子能夠通過結合宿主細胞中的孩t小RNP內的DNA病毒孩i小RNA而抑制孩i小RNP的活性。微小RNP的活性指的是靶序列的斷裂或翻譯阻遏。該耙序列可以是與DNA病毒孩史小RNA堿基序列部分或完全互補的任意序列。例如,該耙序列可以為病毒的或宿主的信使RNA。例力p,DNA病毒可以產生孩t小RNA,該孩t小RNA與起源于宿主并有益于宿主細胞防御病毒感染的靶序列互補。包裝于樣i小RNP之內的該DNA病毒孩id、RNA,^)夸承「制該革巴序列的有益效應。因此,導入抗DNA病毒樣i小RNA分子抑制了RNP活性,并因此降低來自該病毒的損害。可替換的,宿主細胞可以通過轉錄對病毒有害的基因而防御病毒感染。例如,該基因可以誘導細胞進行細胞凋亡,因此該基因對病毒有害。與通過宿主細胞轉錄的靶序列互補的DNA病毒孩吏小RNA則對病毒有益,因為DNA病毒樣i小RNA(在孩i小RNP之內)將抑制該宿主細胞進行細胞凋亡的能力。因此,導入DNA病毒孩吏小RNA分子將促進細胞存活,因此促進感染。該細力包可以為4壬意能夠一皮特定DNA病毒感染的細胞。通過特本領域中的一支術人員熟知的EBV優先感染B淋巴細月包。微d、RNA分子或抗孩吏d、RNA分子可以通過本領域中技術人員已知的任意方法導入細胞內。例如,該分子可以通過例如孩吏注射直接注射入細胞內。可替換的,該分子可以優選通過傳送系統的輔助與細月包耳關系。有用的傳送系統包括例如脂質體以及帶電脂質。典型的,月旨質體將寡核苦酸分子包裹入其水性中心。由于帶相反電荷的效果,帶電脂質通常形成脂質-寡核苷酸分子復合體。這些脂質體-寡核苷酸分子復合體或脂質-寡核苷酸分子復合體通常通過內吞作用而內化入細胞內。該脂質體以及帶電脂質包括輔助脂質,該輔助脂質可以石皮壞內涵體I莫并且釋力文寡核苷S吏分子。其他用于將微小RNA分子或抗微小RNA分子導入細胞的方法包括使用傳送載體例如樹形聚合物、可生物降解性聚合物、氨基酸聚合物、糖類聚合物以及結合寡核苷酸的納米顆粒。另外,Pluronic凝月交作為貯存載體可以用來長時間傳送抗孩i小RNA寡核苷酸分子。上述方;去在<列^口Hughesetal.,DrugDiscoveryToday6,303-315(2001);Liangetal.Eur丄Biochem.2695753-5758(2002);andBeckeretal.,InAntisenseTechnologyintheCentralNervousSystem(Leslie,R.A.,Hunter,A.J.&Robertson,H.A.,eds),pp.147-157,OxfordUniversityPress中進4亍4苗述。微小RNA分子或抗微小RNA分子靶向定位于特定細胞可以通過本領域中技術人員已知的任意方法來實施。例如,#N、RNA分子或抗微小RNA分子可以共軛到通過細胞上的受體特異識別的抗體或配體上。例如,如果細胞是B淋巴細胞,抗體可以抗細胞受體CD19、CD20、CD21、CD23或者是這些受體的配體。在另一個實施例中,本發明提供了用于治療DNA病毒在它們所需要的哺乳動物內的感染的方法。該方法包括將抗DNA病毒樣t小RNA分子導入哺乳動物內。該抗DNA病毒孩l小RNA分子可以通過本領域中技術人員已知的任意方法而導入哺乳動物。例如,上述用來將抗DNA分子導入細J包內的方法也可以用于將分子導入哺吝'L動4勿內。-實施例實施例1:材料和方法細乂趁系和病毒.EBV陰性的BL-41細月包以及EBV卩日性的BL41/95纟田月包之前已有4翁述(Torsteinsdottiretal.,Int丄Cancer1989,43:273),并且在補充了10%FBS的RPMI1640(Gibco)中培養。BL41/95而非BL-41含有EBV,這一點可利用抗EBNA-1的抗體通過Western印跡分析來確i正。為了分才斤EBVmiRNA的表達,我們還培養了Hodgkin,s'淋巴瘤(HD)細月包L540和HD-MY-Z(EBV陰性)和RPMI6666(EBV陽性)以及Burkitt,s淋巴瘤(BL)細胞Ramos(EBV陰性)、Ous和Mutu(EBV卩日性)以及產生感染性B95-841病毒顆粒的EBV陽性MarmosetB95-8纟田月包。這些細月包系也在補充了10%FBS的RPMI1640(Gibco)中培養。KSHV陽性的BCBL1細月包系之前已有描述(Renneetal.Nat.Med.1996,2:342-346),并且在補充了10%FBS的RPMI1640(Gibco)中培養。對于KSHV研究,為了誘導病毒的復制,用20ng/ml佛波醇-12-四癸酯-13-乙酸酉旨(TPA)i秀導共5x106個BCBL1纟田月包,并于TPA處理后24、48以及72小時后分離RNA。原發性的人類包皮成纖維細力包在補充了10%FCS、10U/ml制霉素以及10jug/ml石克酸新霉素的MEM(GIBCO)中培養。90%融合的細月包用HCMV菌才木VR1814以5PFU/纟田月包感染,并且當見到強烈的細胞病變效應時,通常為感染后4到5天進行收集。斜務、^發,4紫以及AA^伊遊為V《總RNA提取按照之前描述過的進行(Lagos-Quintanaetal"CuiT.Biol.2002,12:735)RNA分級分離以及克隆程序也已經描述過。RNA印跡分4斤如之前描述(Lagos-Quintanaetal"Curr.Biol.2002,12:735),通過每個泳道總RNA的30lug或15的力口才羊,并利用與miRNA序列互補的5,32P方文射性標記的寡聚脫氧核糖核苷酸而實施。對于EBV研究,相同的凝月交加沖羊通過tRNA染色體帶的溴4匕乙。定染色來確定或者通過利用32P標記的5'GCAGGGGCCATGCTAATCTTCTCTGTATCG寡聚脫氧核;f唐核苷酸重新:探測U6snRNA印跡來確定。將印跡洗脫并重新神笨測幾次。重新才笨測前,通過月莫的phosphorimaging來確定印跡的完全洗脫。V、WiVv4cDA^4岸的D7VJ承;/^.將細菌菌落才兆入每孔盛有20m1無菌水的96孔板中,然后1:1稀釋入另一個含有10]ulPCR混合物(2n110xSigmaJumpStartPCR緩沖液、2ju12mM三石壽酸脫氧核苷混合物、各0.4jul的10mMM13通用引物以及反向引物、0.35jliI1U/jul的JumpstartREDAccuTaqDNA聚合酶(Sigma)以及4.85ju1水)的96孔一反中。PCR循環程序為在94°C1分鐘30秒;隨后為30個;f盾環94°C、30秒、;57°C、30秒;72°C、3分30秒、;最大禾呈度的消耗引物以及脫氧核苷酸的條件,而避免測序前樣本純化的要求。將PCR產物用30jul水牙希釋后,其中3jul力口入到含有17]ul測序混合物(由1jul2.5xBigDye終止子v3.1循環測序試劑盒混合物、1.75ju15xH沖液以及14.25ju1水組成)的96孔才反中,測序反應進4亍25個4盾環(96°C、10";50°C、5";60。C、4,)。反應產物用50y1100%乙醇/2ju13MNaOAc(pH4.8)進4亍沉淀、并用70%乙酉孚洗滌,在加入10julHi-Di曱酰胺(應用生物系統)并于94。C變性10分鐘后,將樣品加樣于ABI3730xl測序4義上。w/WK"#力銜承!/.我們首先利用Ensmart(Kasprzyketal.,GenomeRes.2004,14:160)獲得用于人類基因組中20153個轉錄本的3'UTR序列并乂人RFAMmiRNA登記處獲得175個成熟的人類miRNA序列(Griffiths-Jones,NucleicAcidsRes.,2004k,32:D109)。miRanda(Enrightetal.,G,置飾/"2003,5:RJ,1)用來鑒定3'UTR序列中的miRNA結合序列。用于掃描的閾值是S:90以及G:-17kcal/mo1。在原始校準分數中的第90位百分位數的目標選作候選miRNA目標。實施例2:鑒定EBV編碼的孩史小RNA我們沖全測了皰滲病毒家族中的大DNA病毒Epsteinbarr病毒(EBV),該病毒優先感染人類B細胞。我們從潛伏感染EBV的Burkitt,s淋巴瘤細胞系克隆了的小RNA。令人吃驚的是,我們發現克隆的小RNA的4%起源于EBV(表1和2)。表1.根據序列注釋,從未感染(-)以及DNA病毒感染的人類細胞系制備的小RNAcDNA文庫的組成。該注釋基于來自GenBank(http:〃www.ncbi.nih.gov/Genbank/index.html)、人類tRNA序列凝:據集(http:〃rna.wustl.edu/GtRDB/Hs/Hs-seqs.html)、人類凄t據集和老鼠sn/snoRNA序列(http:〃mbcr.bcm.tmc.edu/smallRNA/Database)、樣i小RNA凄t才居庫(http:〃www.sanger.ac.uk/Software/Rfam/microRNA)、微小RNA予貞測(35)、以及來自UCSC(http:〃genome.cse.ucsc.edu)的HG16人類基因組裝配的復制元件的注釋。克隆序列的總數在表格底線的圓括號內顯示。與允許達到兩個錯配但不能分配種型的人類基因組比對的序列被歸類于"未注釋(Notannotated)";由于3個以上錯配而與基因組不相匹配的序列被歸類為"不匹配(Notmatched)"。BL-4I人類纟田萬包系類型-EBVrRNA37.0041.92tRNA5.324.72微小RNA44.3633.94重復1.620.98其他ncRNA34.335.80mRNA4.115.39病毒的b04.15未注釋2.262.23不匹配0.990.88(序列數)(2216)(1930)這包括snRNA和snoRNA以及其他已知的小的細胞質非編碼RNA。病毒序列的注釋基于EBVB95-8(GenBankV01555)。表2起源于病毒序列的小RNA序列。所述小RNA序列的位置相對于上述表l中指定的病毒基因組序列而給出。病毒小RNA序列克隆大小范圍位置,方向5'+3'(nt)EBVUAACCUGAUCAGCCCCGGAGUU21-2253762-53783,+AAAUUCUGUUGCAGCAGAUAGC32255141-55162,+UAUC.UUUUGCGGCAGAAAUUGAA5020-2355176-55198,+UAACGGGAAGUGUGUAAGCACAC2319-2355256-55278,+UCUUAGUGGAAGUGACGUGCU12115I640-I51660,+UAUUUUCUGCAUUCGCCCUUGC222153205-153226,+大多凄tEBV序列克隆一次以上,位于克隆的RNA側面的基因組序列的分析間4妻表明了農£小RNA基因特4i性的4斤回結構。該EBV孩i小RNA起源于5種不同的dsRNA前體,該前體聚集在EBV基因組中的兩個區i或(圖2A和B)。EBV孩i小RNA通過RNA印跡均4艮容易才僉測到,包4舌5種凝:小RNA中3種的約60nt折回前體(圖2C)。第一個微小RNA簇位于編碼了遠纟彖Bcl-2同系物的BHFR1基因的mRNA內。我們稱這3種樣i小RNA為miR-BHRF1-1至miR-BHRFl-3。miRBHFR1-1位于BHFRlmRNA的5'UTR內,而miR-BHFR1-2和miRBHFRl-3則位于BHFRlmRNA的3,UTR內。,t于某些4立于表達的序列標簽內開放閱讀碼框的側面的哺乳動物微小RNA,已經觀察到結構類似的微小RNA基因組織。其他EBV微小RNA聚集在BART基因的內含子區,我們將其稱為miR-BARTl和miR-BART2。由于樣t小RNA要么通過用于降解的把向定位mRNA要么通過阻遏翻譯而在RNA沉默途徑中起作用,我們鑒定新的宿主病毒調節劑和/或病毒基因表達。實施例3:Epsteinbarr病毒編石馬的孩i小RNA的預測目才示潛伏感染EBV的細胞可以在三個不同的潛伏期內發現(I到III,圖2A),該潛伏期特;f正在于表達多種亞類潛伏基因6種核抗原(EBNA1、2、3A、B、C和EBNA國LP)、三種潛伏膜蛋白(LMPl、2A和2B)、兩種非編碼RNA(EBER1和2)以及來自于BamHIA區(BARTs/CSTs)的轉錄本,該壽爭錄本的編石馬能力仍存在爭i義。我們/人一個表達所有潛伏基因的潛伏期III的EBV細月包系中分離小RNA。為了探索EBV微小RNA的表達是否與特定潛伏期偶聯,我們沖企測了在不同潛伏期的永生化細胞系中EBV孩t小RNA的表達,包括Hodgkin,s淋巴瘤(HD,潛伏期II)、Burkitt,s淋巴瘤(BL)潛伏期I細胞以及產生病毒的狨猴淋巴細胞B95-8(潛伏期III,具有3%-10%的細胞表達裂解期抗原)(圖2D)。BART微小RNA在所有潛伏期均檢測到,并與所才艮道的BART在EBV感染的各個時期的表達一致。然而,BART;微小RNA的表達在產生病毒的狨猴細胞系中提高了約10倍(圖2D,泳道9的第5和6行)。盡管已有幾個研究試圖鑒定從BART的不同剪切轉錄本編碼的蛋白,這個區域的功能至今未知。我們的發現將有助于賦予BART區一個功能。BHRF1微小RNA的表達模式依賴于EBV潛伏期。當在潛伏期II和III內的細月包系表達BHRF1樣t小RNA時(圖2D,泳道5-6),兩種潛伏期I細胞系中^又一種表達BHRF1孩l小RNA(圖2D,泳道7、8)。潛伏的I細胞系一皮認為僅表達EBNA1、EBERs和BARTs。起源于一種i昝伏期I細月包系中BHRF1區的壽爭錄本的表達及其在潛伏期II細胞系中的表達,提示了已知的潛伏期I/IIQp啟動子(圖2A)的上游存在新型潛伏期MI啟動子。必須導入潛伏期I的新型再分后部分,以區分潛伏期I中的BHRF1樣i小RNA細胞系之間的表達。盡管BHRF1蛋白僅在裂解期才企測到,包括BHRF1區的潛伏期EBV轉錄本在之前已經^見察到。有可能孩i小RNABHRF1-1至BHRF1-3也在裂解期與BHRF1蛋白一起表達。裂解周期中BHRF1的高水平轉錄超過了細胞微小rna的處理能力,于是未處理的轉錄本被轉譯。為了鑒定EBV微小RNA的目標,我們使用了最近開發的用于預測果蠅樣吏小RNA的目標的計算方法(Enrightetal.,Genome46Biol.2003,5:RI,l)。4叟索一組約20,000個非冗余人類3,UTR以及EBV基因組序列,用于可能的微小RNA結合位點。基因功能注釋可用的TOPSCORINGHITS列于表3中。大多數預測的宿主細胞目標具有一個以上的病毒^f效小RNA結合位點,且這些目標中約50%通過一種或多種宿主細胞微小RNA而靶向。可以相信,多個微小RNA結合位點協同發揮作用并以非線性合作方式提高靶向效率。表3.預測的EBV微小RNA的宿主細胞目標mRNA。基因名稱按照HOGO推薦的表示,基因功能注釋從系綜中提取。顯示出了預測的結合位點在3,UTR的靶基因微小RNA的數量(NS)以及將靶位點預測(%-ile)進行分類的百分位數評分。如果人類^f敬小RNA也被預測為結合假定的EBV微小RNA調節的目標,則將其表示在最后一列中。預測的人類微小RNA結合位點保存在小鼠的直向同源mRNA中。<table>tableseeoriginaldocumentpage48</column></row><table><formula>formulaseeoriginaldocumentpage49</formula><table>tableseeoriginaldocumentpage50</column></row><table>多數預測的病毒樣史小RNA目標是細胞增殖和凋亡的顯著的調節劑,推測該調節劑對受感染細胞的生長控制非常重要。細胞增殖的樣i小RNA調節還為研究EBV與幾種癌性惡變之間的相關性纟是供了新的線索。EBV4數小RNA的另外一組重要的目標是對于白細胞的激活和/或趨化非常重要的B-細胞特異性趨化因子和細胞因子。這些基因的下調可能促成感染EBV的B細胞從激活的細胞毒性T細胞逃逸。其他目標包括轉錄調節劑以及對于EBV裂解和潛伏期之間的維持或轉化非常關鍵的信號轉導途徑的組分。實施例4:EBV編石馬的孩i小RNAmiR-BART2把向于病毒編》馬的DNA聚合酶BALF5EBV編碼的孩i小RNA之一miR-BART2能夠草巴向于用于降解的病毒編碼的DNA聚合酶BALF5(圖3)。miR-BART2反義的轉錄于BALF5轉錄本,并且因此與BALF5的3'UTR完全互補而4吏該mRNA一皮降解。類似、的,聚簇的miRBHRF-2和miRBHRF-3與編碼裂解基因BFLF2的轉錄本互補(圖2A),該BFLF2的功能3見在還未知。由病毒孩i小RNA導致的裂解基因下調可能促成建立并維持潛伏感染。實施例5:鑒定KSHV編碼的孩£小RNAKaposi's肉瘤沖目關的皰滲病毒(KSHV)在多種'淋巴瘤中的^f乍用已經非常確定。為了鑒定KSHV微小RNA,我們從基于淋巴瘤的體腔(BCBL)細胞系克隆了小RNA,該細月包系受KSHV潛伏感染。我們發現達到被克隆的小RNA總量的21%(被克隆的細胞miRNA的34%)起源于KSHV(表4,口5)。表4.根據序列注釋,從感染KSHV的人類細胞系制備的小RNAcDNA文庫的纟且成百分比.。i亥注釋基于來自于GenBank(http:〃www.ncbi.nih.gov/Genbank/index/.html)、人類tRNA序歹'J凄t才居集(http:〃ma.wustl.edu/GtRDB/Hs/Hs-seqs.html)、人類和小鼠sn/snoRNA序歹'J的數據集(http:〃mbcr.bcm.tmc.edu/smallRNA/Database)、miRNA凄丈才居庫(http:〃www.sanger.ac.uk/Software/Rfam/mirna/)、孩i'J、RNA予貞觀'J以及來自UCSC(http:〃genome.cse.ucsc.edu)的HG16人類基因組裝配復制元件注釋的信息。克隆序列的總數在表格底線的圓括號內顯示。與允許達到兩個錯配但不能分配種型的人類基因組比對的序列歸類于"未注釋(Notannotated)"。病毒序列的注釋基于已發表的KSHVBC-1(GenBankU75698)的基因纟且序列。、RNAcDNA文庫的組成BCBU~~類型_(%)rRNA^""t脂A4.78sn/sno-RNA0.29miscRNA2.14重復2.24mRNA1.75miRNA61.60病毒的20.96未注釋3.02(序列數)_(腦)表5起源于KSHV的小RNA序列。給出了該小RNA序列相對于表4中指出的病毒基因組序列的位置。<table>tableseeoriginaldocumentpage53</column></row><table>大多凄tKSHV序列克隆一次以上,位于克隆的RNA側面的基因組序列的分析間接表明了微小RNA基因特征性的折回結構。該KSHV微小RNA起源于10種不同的dsRNA前體,該前體全部聚在KSHV基因組的同一個區域內(圖4A和4B)。這些KSHV4皮孩吏小RNA命名為miR-Kl至miR-K10。該l美〗立于命名為Kaposin的編碼蛋白質的K12基因的mRNA之內,該蛋白具有某些致癌性質。有趣的是,miR-Kl位于K12的編碼序列之內。之前的才艮告表明該Kl2編碼序列區很復雜,并且編碼了命名為KaposinA、B和C幾種蛋白(見圖4A)。我們還鑒定了miR-Kl的兩種同種型,即miR-Kla和miR-Klb,二者通過在位置2的核苷酸區別(見表6)。MiR-Kla對應于存在于BCBL1纟田胞中的已測序基因組。MiR-Klb似乎起源于從原發滲出性淋巴(PEL)瘤獨立的序列。因此,可能在BCBL1細胞系中存在兩種不同的病毒基因組或準種。MiR-K2至miR-K10位于編碼K12的壽交長轉錄本的內含子區,而K12的啟動子位于ORF72的上游(見圖4A)。接下來我們研究了在誘導裂解周期時,KSHVmiRNA是否差異性調節。BCBL1細胞為有能力復制KSHV提供場所。在用TPA處理時,這些細胞經歷KSHV基因表達的完整程序,最終結果是病毒復制并釋》文出成熟病毒顆粒。我們在TPA多次處理后分離總RNA,并通過RNA印跡纟笨測用于KSHV樣i小RNA的表達。4又miR-Kla的表達在處理時,皮誘導,而miRNA例如miR-K6和miR-K7在內含子區內不受影響(圖5)。這表明miR-K1a和miR-K2至miR-K10可能起源于不同的初始轉錄本(圖4A)。鑒定KSHV基因組中的孩i小RNA將為理解該病毒的致癌性質才是供新的i人識。表6.KSHV孩id、RNA的成熟序列以及前體序列。成熟序列以4且體表示,為miR-K2和miR-K6克隆的非功能性星序列則以下劃線表示。<table>tableseeoriginaldocumentpage55</column></row><table>實施例6:鑒定HCMV編石馬的微小RNAHCMV是一個普遍存在的P-皰滲病毒家族成員,盡管健康兒童,口成人感染HCMV通常無癥4犬,它仍然是出生擊A陷的主要原因以及免疫在夬陷個體死亡的重要原因。小RNA從感染了裂解期HCMV臨床菌林VR1814的原代人類包皮成纖維細^JL隆,。我們克隆了424個起源于受HCMV感染的細胞中的病毒基因組的小RNA。其中,171個序列克隆了一次,分散于整個基因組;剩余的253個序列克隆了多次,分析這些序列側面的基因組序列表明miRNA的特征性結構(表7和8以及圖6)。4種孩i小RNAmiRNA4立于基因組的UL區內,5種起源于US區。有趣的是,5種miRNA:miR-UL3、miR-UL4、miR-US3、miR-US4以及miR-US5在與已知開》文閱讀才匡(ORFs)的互補《連上轉錄,這5種miRNA可能涉及互補轉錄本的斷裂,如之前描述的EBVmiR-BART2與DNA聚合酶BALF5。UL114是哺乳動物尿嘧。定DNA糖基酶的同系物,且已經表明為有效病毒復制所必需的。UL150是存在于HCMV臨床菌4朱的ORF,但不存在于實-瞼室才朱。其他4種miRNA或者位于基因間區(miR-ULl、miR-USl和miR-US2)或者位于內含子區(miR-UL2)。有趣的是,我們注意到miR-UL2位于UL36的內含子內,而UL36曾^C描述為抑制半胱天冬酶-8活化的細胞調亡的抑制劑。表7.根據序列注釋(見表4)從感染HCMV的人類細胞系制備的小RNAcDNA文庫的組成百分比。病毒序列的注釋基于已發表的HCMVFIX陽BAC分離抹VR1814(GnebankAC146907)的基因組序列。<table>tableseeoriginaldocumentpage57</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage58</column></row><table>權利要求1.一種包含DNA病毒微小RNA序列的獨立的核酸分子。2.根據權利要求1所述的獨立的核酸分子,其中所述微小RNA整合入載體內。3.才艮據4又利要求1所述的獨立的核酸分子,其中所述DNA病毒孩i小RNA是發夾前體序列或其片段的一部分。4.才艮據權利要求3所述的獨立的核酸分子,其中所述發夾前體序列整合入載體內。5.根據權利要求1所述的獨立的核酸分子,其中所述核酸分子是DNA分子。6.根據權利要求1所述的獨立的核酸分子,其中所述核酸分子是RNA分子。7.才艮據4又利要求1所述的獨立的核酸分子,其中所述核酸分子包4舌所述DNA病毒樣i小RNA。8.根據權利要求3所述的獨立的核酸分子,其中所述核酸分子基本上由DNA病毒發夾前體序列組成。9.根據權利要求1所述的獨立的核酸分子,其中所述DNA病毒微小RNA是表A中示出的序列中的任何一個。10.才艮據4又利要求1所述的獨立的核酸分子,其中所述DNA病毒樣1小RNA是表A1中示出的序列中的4壬<可一個。11.根據權利要求1所述的獨立的核酸分子,其中所述DNA病毒微小RNA是表A2中示出的序列中的任何一個。12.根據權利要求3所述的獨立的核酸分子,其中所述DNA病毒發夾前體序列是表A中示出的序列中的任何一個。13.才艮據權利要求3所述的獨立的核酸分子,其中所述DNA病毒發夾前體序列是表A1中示出的序列中的任何一個。14.根據權利要求3所述的獨立的核酸分子,其中所述DNA病毒發夾前體序列是表A2中示出的序列中的任<可一個。15.—種獨立的單《連DNA病毒樣i小RNA分子,其分子主4連上包4舌最少IO個部分、最多50個部分,所述分子主《連含有主《連單位,每個部分包括結合到主鏈單位的堿基,其中至少10個相鄰,咸基具有與DNA病毒孩炎小RNA分子內》威基序列相同的序列,除了達到30%的堿基對可以是擺動堿基對,并且達到10%的所述相鄰》咸基是添加、缺失、4昔配或其組合;而且所述相鄰部分中不多于50%含有脫氧核糖核苷酸主鏈單位。16.根據權利要求15所述的分子,含有表A示出的DNA病毒微小RNA序列中的4壬4可一個。17.根據權利要求15所述的分子,含有表Al示出的DNA病毒微小RNA序列中的4壬4可一個。18.根據權利要求15所述的分子,含有表A2示出的DNA病毒樣吏小RNA序列中的任4可一個。19.根據權利要求15所述的分子,還包含存在于發夾前體5'末端的堿基序列和/或3,末端的堿基序列,所述發夾前體從所述DNA樣吏小RNA書于生而來。20.根據權利要求19所述的分子,其中所述發夾前體是在表A中示出的任意一個發夾前體序列或其片段。21.根據權利要求19所述的分子,其中所述發夾前體是在表Al中示出的任意一個發夾前體序列或其片,殳。22.根據權利要求19所述的分子,其中所述發夾前體是在表A2中示出的任意一個發夾前體序列或其片孚殳。23.根據權利要求15所述的分子,其中所述DNA病毒是哺乳動物DNA病毒。24.才艮才居—又利要求23所述的分子,其中所述哺乳動物DNA病毒是人類DNA病毒。25.根據權利要求24所述的分子,其中所述人類DNA病毒是EB病毒。26.根據權利要求24所述的分子,其中所述人類DNA病毒是Kaposi's肉瘤沖目關皰滲病毒(herpesvirus8)。27.根據權利要求24所述的分子,其中所述人類DNA病毒是巨細月包病毒。28.根據權利要求15所述的分子,其中所述分子被修飾以增強核酸酶抗性。29.—種獨立的單鏈抗DNA病毒孩t小RNA分子,分子主鏈上包-括最少IO個部分、最多50個部分,所述分子主《連含有主《連單位,每個部分含有結合到主鏈單位的;威基,每個;威基與互補石成基形成Watson-Crick石咸基對,其中至少10個相4[U咸基含有與DNA病毒孩支小RNA分子內石成基的相鄰序列互補的序列,除了達到30%的石成基對可以是擺動石威基對,并且達到10%的相鄰石威基是添加、缺失、錯配或其組合;所述相鄰基團中不多于50%含有脫氧核沖唐核苷酸主《連單位;并且所述分子能夠抑制孩i小RNP的活性。30.根據權利要求29所述的分子,其中所述DNA病毒樣i小RNA分子是表A示出序列中的任何一個。31.根據權利要求29所述的分子,其中所述DNA病毒孩l小RNA分子是表A1示出序列中的任何一個。32.根據權利要求29所述的分子,其中所述DNA病毒微小RNA分子是表A2示出序列中的任何一個。33.根據權利要求29所述的分子,其中所述分子內在與所述微小RNA位置11相應的位置上的部分是非互補的。34.根據權利要求29所述的分子,其中所述相鄰部分中達到5%與所述DNA病毒樣吏小RNA中的;成基的相鄰序列是非互補的。35.根據權利要求34所述的分子,其中非互補部分是添加、缺失、錯配或其組合。36.根據權利要求29所述的分子,含有表G示出的抗DNA病毒;微小RNA序列中的4壬何一個。37.根據權利要求29所述的分子,含有表Gl示出的抗DNA病毒樣£小RNA序列中的4壬4可一個。38.根據權利要求29所述的分子,含有表G2示出的抗DNA病毒-微小RNA序列中的任何一個。39.根據—又利要求29所述的分子,其中所述部分的至少一個是脫氧核糖核苷酸。40.根據權利要求39所述的分子,其中所述脫氧核糖核苷酸是修飾的脫氧核糖核普酸部分。41.根據權利要求40所述的分子,其中所述修飾的脫氧核糖核苦酸是辟"^/壽酸酯"兌氧核#唐核苷酸部分。42.根據權利要求40所述的分子,其中所述修飾的脫氧核糖核苷酸是N,3-N,5氨基磷酸酯脫氧核糖核普酸部分。43.4艮據權利要求29所述的分子,其中所述部分的至少一個是核灃唐核苷酸部分。44.4艮據一又利要求43所述的分子,其中所述部分中至少一個是》務飾的核糖核普酸部分。45.根據權利要求44所述的分子,其中所述修飾的核糖核苷酸在2'位置被取代。46.根據權利要求45所述的分子,其中所述2,位置的取代基是C,到C4烷基。47.根據權利要求46所述的分子,其中所述烷基是曱基。48.才艮據權利要求46所述的分子,其中所述烷基是烯丙基。49.才艮據權利要求45所述的分子,其中所述2,位置的耳又代基是C,到Ct烷氧基-d到Q烷基。50.根據權利要求49所述的分子,其中所述d到Q烷氧基-d到C4烷基是甲氧乙基。51.才艮據4又利要求44所述的分子,其中所述修飾的核糖核普酸在2,氧原子和4,碳原子之間存在亞曱基橋。52.才艮據4又利要求29所述的分子,其中所述部分中至少一個是肽核酸部分。53.根據權利要求29所述的分子,其中所述部分中至少一個是2,氟代核糖核香酸部分。54.才艮據^又利要求29所述的分子,其中所述部分中至少一個是嗎啉代氨基磷酸酯核苷酸部分。55.根據權利要求29所述的分子,其中所述部分中至少一個是三環一亥普酸部分。56.根據權利要求29所述的分子,其中所述部分中至少一個是環己烯核苦酸部分。57.跟據權利要求29所述的分子,其中所述分子包含至少一個修飾的部分以增強核酸酶抗性。58.根據權利要求57所述的分子,其中所述核酸酶是外切核酸酶。59.根據權利要求58所述的分子,其中所述分子在5'末端包含至少一個》務飾的部分。60.根據權利要求58所述的分子,其中所述分子在5'末端包含至少兩個f務飾部分。61.根據權利要求58所述的分子,其中所述分子在3'末端包含至少一個》l^,吾卩分。62.根據權利要求58所述的分子,其中所述分子在3'末端包含至少兩個》務々牟吾卩分。63.才艮據權利要求58所述的分子,其中所述分子在5'末端包含至少一個^f奮飾部分,并在3'末端包含至少一個》爹飾部分。64.才艮據^^利要求58所述的分子,其中所述分子在5'末端包含至少兩個^f務飾部分,并在3,末端包含至少兩個〗務飾部分。65.才艮據權利要求58所述的分子,其中所述分子在5,末端、3,末端或者兩端均含有核苷酸帽。66.才艮據權利要求58所述的分子,其中所述分子在5,末端、3,末端或者兩端均含有化學帽。67.根據權利要求29所述的分子,其中所述核酸酶是內切核酸酶。68.根據權利要求67所述的分子,其中所述分子在5'末端和3,末端之間包含至少一個》多飾的部分。69.根據權利要求67所述的分子,其中所述分子在5'末端和3,末端之間包含化學帽。70.根據權利要求29所述的分子,其中所述部分全部是抗核酸酶的。71.—種用于抑制細胞中微小RNP活性的方法,所述孩史小RNP含有DNA病毒孩i小RNA分子,所述DNA病毒孩i小RNA分子包含與單鏈抗DNA病毒^鼓小RNA分子內堿基序列互補的堿基序列,所述方法包括將單《連抗DNA病毒孩i小RNA分子導入細月包,所述單《連抗DNA病毒孩i小RNA分子的分子主鏈上含有最少IO個部分、最多50個部分,所述分子主《連含有主4連單位,每個部分含有結合到主鏈單位的;咸基,每個堿基與互補石威基形成Watson-Crick石成基只于,其中所述抗DNA病毒微小RNA分子中的至少IO個相鄰石咸基與所述DNA病毒孩i小RNA分子互補,除了達到30%的所述堿基可以被擺動堿基對取代,并且所述至少IO個部分中達到10%是添加、缺失、4晉配或其組合;并且所述相鄰部分中不多于50%含有脫氧核沖唐核苦酸主《連單位。72.根據權利要求71所述的方法,其中所述DNA病毒微小RNA分子包含表A中示出序列中的任何一個。73.根據權利要求71所述的方法,其中所述DNA病毒樣l小RNA分子包含表A1中示出序列中的任何一個。74.根據權利要求71所述的方法,其中所述DNA病毒《鼓小RNA分子包含表A2中示出序列中的任何一個。75.根據權利要求71所述的方法,其中所述抗DNA病毒孩i小RNA分子包含表G中示出序列中的任何一個。76.根據權利要求71所述的方法,其中所述抗DNA病毒樣丈小RNA分子包含表G1中示出序列中的^H可一個。77.根據權利要求71所述的方法,其中所述抗DNA病毒孩i小RNA分子包含表G2中示出序列中的任何一個。78.才艮據4又利要求71所述的方法,所述抗DNA病毒樣i小RNA分子中與所述孩i小RNA位置11相對應的位置上的部分是非互^卜的。79.根據權利要求71所述的方法,其中所述DNA病毒是哺乳動物DNA病毒。80.根據權利要求79所述的方法,其中所述哺乳動物是人類。81.才艮據—又利要求71所述的方法,其中所述人類DNA病毒是EB病毒。82.根據權利要求71所述的方法,其中所述人類DNA病毒是Kaposi's肉瘤坤目關皰滲病毒(herpsevims8)。83.根據權利要求71所述的方法,其中所述人類DNA病毒是巨細月包病毒。84.—種用于治療需要的哺乳動物中DNA病毒感染的方法,所述方法包括將根據權利要求29的抗DNA病毒孩吏小RNA分子導入哺乳動物。85.—種包含根據權利要求1的分離核酸分子的獨立的微小RNP。86.—種含有根據權利要求15的獨立的單鏈DNA病毒微小RNA分子的獨立的微小RNP。全文摘要本發明涉及含有DNA病毒微小RNA序列的獨立的核酸分子。在另一個實施例中,本發明涉及獨立的單鏈DNA病毒微小RNA分子以及抗DNA病毒微小RNA分子。在另外的實施例中,本發明涉及獨立的微小RNP。本發明還提供了用于抑制細胞中微小RNA活性的方法。文檔編號C12Q1/70GK101426535SQ200580018253公開日2009年5月6日申請日期2005年4月4日優先權日2004年4月5日發明者塞巴斯蒂安·普費弗,托馬斯·H·圖斯赫爾申請人:洛克菲勒大學