專利名稱：用于鑒定能改變細胞蛋白表達的試劑的高通量分析系統及方法
技術領域：
本發明涉及用于鑒定能改變細胞蛋白、尤其是哺乳動物細胞中的內在膜蛋白(或整合膜蛋白)表達水平的試劑的高通量分析系統及方法。
背景技術：
對周圍環境產生反應的能力以及控制分子進出細胞膜是任何哺乳動物細胞基本的重要功能。這些功能在相當程度上歸因于全部或部分駐留于細胞膜內的多種蛋白。
哺乳動物細胞的細胞膜對水溶性物質如離子、小無機分子、肽以及蛋白是相對不可滲透的。為了進入和/或影響細胞，這樣的親水性物質必須與至少一種蛋白(例如，受體、離子通道或者轉運蛋白)相互作用，該蛋白駐留在細胞膜內并且在細胞表面上至少部分暴露于胞外環境(extracellular milieu)中。相反，親脂性物質如類固醇能夠直接通過細胞膜擴散到細胞質中，然后在胞質中親脂性物質與一種或多種目的蛋白相互作用。
當外部刺激分子(例如，肽或者有機或無機分子)與細胞表面蛋白相互作用時，存在兩種來自細胞的基本反應(i)通過穿過脂質雙層的傳輸，將離子或分子(或大分子)物質借助載體從細胞膜的外部傳送到細胞內的胞質，反之亦然；和/或(ii)通過膜蛋白的變化(例如，膜蛋白的構造變化和/或/)膜蛋白聚集狀態的變化)將信號傳送至胞質或其中的蛋白。
穿過細胞的信號傳輸(信號轉導)起始于胞外物質(離子、小分子、蛋白)結合至駐留在細胞膜中的蛋白的胞外區(或胞外結構域)。該物質結合到跨膜蛋白的胞外區使得該蛋白從非活性形式變為活性形式。然后，這種活性形式激發催化活性，或者某種類似反應，從而產生胞質信號(有時該信號為細胞質中的一種或多種第二信使物質的形式)。
在哺乳動物細胞中存在兩種主要類型的這種信號轉導(i)跨膜蛋白的胞質區可以具有蛋白激酶活性，當胞外物質結合到跨膜蛋白上時，跨膜蛋白的活性被激活(然后激酶將其自身的胞質區磷酸化，這使跨膜蛋白能夠結合并激活另一蛋白，而后者又依次作用于細胞質中的其它蛋白和物質)；以及(ii)跨膜蛋白可以和與細胞膜相連的G蛋白相互作用，使得結合到G蛋白上的GDP(二磷酸鳥嘌呤)被GTP取代，從而造成G蛋白解離成單體和二聚物片段，接著，單體和二聚物片段中兩者之一或兩者又作用于目的蛋白(該蛋白也常與細胞膜相連，同樣地，要求它隨后作用于細胞質中其它目的蛋白)。
物質穿過細胞膜的物理傳送允許寬范圍的物質進入和/或離開細胞，包括離子、小分子(如糖和激素)以及大分子(如蛋白和酶)。這種物質傳送存在三種主要途徑(i)駐留在細胞膜中的蛋白可以形成通道，使離子(如鈉、鉀和氯離子)從胞外環境穿過細胞膜進入細胞質中，反之亦然；(ii)駐留在細胞膜中的蛋白能在細胞膜的一側結合小分子如糖，然后在細胞膜的相對側釋放該分子，從而起到運載體的作用；以及(iii)駐留在細胞膜中的蛋白可以結合小分子并因此觸發內化(internalization)過程，其中通過內吞作用將已結合的蛋白分子對帶入細胞內(在某些位點，蛋白分子對解離；然后蛋白返回到細胞表面與另一小分子相互作用或者被降解)。
所有這些蛋白的一般特性包括相對較大的大小、跨越細胞膜的多疏水區以及親水性的胞外區和/或胞內區。
至于大分子物質的通過或運輸，蛋白啟動了一個通路，通過共翻譯轉移使蛋白直接從核糖體分泌至內質網(ER)膜。然后，這些蛋白轉移至高爾基體(Golgi apparatus)中，根據最終目的進行分選，并朝細胞膜移動。
更具體地，在合成過程中蛋白進入ER，并至少部分折疊及糖基化。然后，該蛋白轉移到高爾基體的順式(cis)表面(此時，將要駐留在內質網中的蛋白返回到ER)。當蛋白從順式(cis)到反式(trans)穿過高爾基堆疊體(stack)時，發生進一步糖基化。特異信號使一些蛋白返回ER、一些蛋白保留在高爾基體中、一些蛋白傳送到核內體和溶酶體、一些蛋白(細胞表面蛋白)運輸到細胞膜并駐留其中。
那些運輸到細胞膜并駐留其中的蛋白經歷最長且最廣泛的運輸路徑(trafficking pathway)，進入內質網的膜隨后穿過轉運小泡(transition vesicle)、高爾基復合物和分泌小泡(secretory vesicle)的膜，然后才到達其最終目的地。這些蛋白包括主動和被動轉運蛋白以及細胞表面受體。
為了說明運輸路徑的復雜性，內襯于體腔的上皮細胞中，ER的分選和分布機理將不同的蛋白置于細胞膜的不同亞部(subpart)。例如，腸上皮細胞中運輸糖和氨基酸的蛋白分布在細胞膜面向腸腔的區域。MHC分子和結合抗體的poly-Ig受體在面向體內一側的相對側的上皮細胞的細胞膜片段中卷攏(wind up)。
下表是一些已知的細胞表面分子、受體以及膜相關蛋白。
因此，對多種不同前景以及多個預定目標來說，鑒定能改變一種或多種這些蛋白的表達水平的化合物是非常重要的。例如，鑒定能改變特定蛋白表達水平的化合物可能導致發現新的治療藥劑。可選地，這樣的鑒定可能導致發現缺陷或失調的原因或途徑。以這種方式，開辟了全新的研究領域以及大量以前未知的可能用于治療干預的靶點。
另外，鑒定能改變一種或多種這些蛋白表達水平的化合物應該包括直接或者間接影響蛋白表達水平的化合物。改變內在膜蛋白(integral membrane protein)表達水平的化合物可以直接影響蛋白表達，例如，通過直接結合到蛋白上并抑制其運輸(trafficking)。可選地，化合物可以間接改變蛋白表達水平，例如通過作用于一種有助于細胞膜中膜蛋白運輸和整合的伴侶蛋白，或者通過作用于降解目標膜蛋白的蛋白。
因此，在本領域存在對鑒定能改變蛋白、尤其內在膜蛋白表達水平的化合物的分析方法的需要，以及對改變蛋白水平的機理的需要。
發明內容
因此，本發明的一個目的是提供分析(法)和方法，用于鑒定能改變蛋白、尤其內在膜蛋白如心臟離子通道的表達水平的試劑。這樣的試劑可以是來自化合物文庫的化合物或者來自DNA文庫的肽。
根據這些目的和其它目的，本發明的第一實施例針對用于鑒定(能)改變哺乳動物細胞表面上蛋白表達水平的試劑的方法，包括a)制備培養基，其含有表達興趣蛋白(protein of interest)的哺乳動物細胞；b)加入有效量的候選試劑；c)在候選試劑存在時，將細胞培養足夠的時間；d)用固定劑(fixtive)處理細胞；e)加入至少一種有效量的能結合到蛋白上的抗體；以及f)測定結合水平，其中，結合水平的變化表明候選試劑能改變蛋白表達水平。
本發明的第二實施例針對用于鑒定能改變哺乳動物細胞中蛋白總體表達水平的試劑的方法，包括a)制備培養基，其含有表達興趣蛋白的哺乳動物細胞；b)加入有效量的候選試劑；c)在候選試劑存在時，將細胞培養足夠的時間；d)先用固定劑隨后用透化劑(permeabilizing agent)處理細胞；e)加入有效量的至少一種結合到蛋白上的抗體；以及f)測定結合水平，其中，結合水平的變化表明候選試劑改變了蛋白表達水平。
本發明的第三實施例針對用于鑒定封閉哺乳動物細胞中離子通道的試劑的方法，包括(i)實施上述本發明的第一實施例的方法，以便確定該試劑是否改變離子通道的表達水平；(ii)采用蛋白印跡法(Western blot assay)以確定該試劑是否改變離子通道的成熟；以及(iii)采用尾電流分析法以便確定該試劑是否改變離子通道的功效(functional effect)。
本發明的其它優點、目的和特征，部分將在下面的說明中闡述，部分在查看下述內容后對于本領域的普通技術人員來說變得顯而易見，或者通過本發明的實施而被掌握。本發明的目的和優點可以實現并獲得，如所附權利要求所特別指出的。
具體實施例方式
本發明優選的實施例包括用于鑒定試劑的分析系統和方法，該試劑結合蛋白(如膜離子通道)，從而增加或減少其在哺乳動物細胞中的表達。在某些特別優選的實施例中，該分析法和系統測定試劑結合到蛋白上從而改變其表面表達的能力。表面表達的這種改變可以由結合蛋白特定位點的試劑產生，和/或由減少或者促進蛋白的胞內運輸和/或加工的試劑產生。另外，這樣的改變還可以由結合到興趣蛋白以外的蛋白上從而間接改變蛋白表達水平的試劑產生。
現存在多種本領域技術人員熟知且可獲得的形式(format)用于恰當的結合分析。根據本發明的一些實施例，將一種或多種表達興趣蛋白的細胞在合適的液體培養基中培養，并使其暴露于一種或多種候選化合物，而在其它實施例中細胞則可以固定在表面上。類似地，根據本發明的其它一些實施例，可以將一種或多種候選化合物固定在表面上，并暴露于含有一種或多種表達興趣蛋白的細胞的液體培養基，或者將候選化合物包含在合適的液體培養基中，將一種或多種表達興趣蛋白的細胞加入到該培養基中。
在其中至少一種候選化合物和興趣蛋白被標記(例如，用熒光、放射性、酶、抗體等，包括其組合，如本領域技術人員所熟知的)的系統中通常更容易檢測結合。在將候選化合物暴露于表達蛋白的細胞并洗掉或者用別的方式除掉未結合的試劑之后，測定標記部分的存在(即，結合到該測定系統的未標記成分上)。
用于進行多種結合分析的方法在本領域是為人熟知的，包括但不限于如在PCT申請US98/18368中所述的那些分析系統。多個參考文獻提供了對用于蛋白結合分析法的多種形式的一般性描述，包括競爭結合分析法和直接結合分析法(見例如，Stites and Terr，Basicand Clinical Immunology，7th ed.(1991)；Maggio，EnzymeImmunoassay，CRC Press，Boca Raton，FL(1980)；and Tijssen，Practice and TheoLy of Enzyme Immunoassays，in LaboratoryTeelmiques in Biochemistry and Molecular Biology，Elsevier SciencePublishers，B.V.Amsterdam，(1985))。
本發明特別優選的實施例涉及鑒定化合物的分析系統和方法，該化合物通過改變蛋白的活性和/或通過改變(封閉或促進)蛋白的胞內運輸和/或加工來增加或減少興趣蛋白的表達。
因此，根據某些特別優選的實施例，提供了免疫測定法，其中，表達興趣蛋白的一種或多種細胞通常結合到合適的固相載體上(如微孔板的孔、微縮卡或者任何為本領域技術人員熟知的類似形式)，并與候選試劑結合，觀察興趣蛋白表達水平的變化。因此，在這些優選的實施例中，一種或多種分析成分附著到固體表面上。
根據某些實施例，例如當興趣蛋白不在細胞表面表達時，可以使用透化劑。這樣的透化劑有助于抗體、尤其是標記的抗體穿透進入細胞中。
透化劑優選包含洗滌劑(detergent)，更優選陰離子洗滌劑。合適的洗滌劑對本領域技術人員來說是已知且可得到的。合適的陰離子洗滌劑的示例性實例包括例如二氧膽酸鈉、N-十二烷基肌氨酸鹽以及十二烷基硫酸鈉。
洗滌劑的濃度取決于例如所采用的具體洗滌劑，并且可由本領域技術人員根據經驗確定。合適的濃度可以在0.001％至10％之間，例如在0.01％至5％之間。
透化劑還優選包含寡糖，如海藻糖。透化劑中的寡糖濃度將取決于例如所采用的具體洗滌劑和寡糖，并且可由本領域技術人員根據經驗確定。合適濃度的示例性實例在0.001M至1.0M的范圍，優選在0.01M至0.1M的范圍。
透化劑的pH可以是適合于被研究的特定蛋白和所采用的細胞系(cell line)的任何水平，優選通常在3至8之間。合適的pH(或pH范圍)可以通過加入本領域技術人員熟知且可獲得的一種或合適的緩沖劑來實現。
透化緩沖液(permeabilizing buffer)優選大致等滲壓的，可以包含一種或多種用于調節其等滲壓性的合適試劑，如氯化鈉。
在一些實施例中，分析系統可以用于(如在本領域已知的)檢測由于候選試劑的結合而引起的興趣蛋白表面表達的變化。例如，如果興趣蛋白是膜離子通道，可以使用膜片鉗分析法(patch clampassay)檢測離子穿過膜的通量變化，其可指示離子通道的表面表達水平的提高。
在可選實施例中，使用了間接免疫分析系統，其中，通過加入一種或多種針對蛋白抗原決定簇的抗體對蛋白進行檢測，正如本領域中所知的。如果該蛋白不在細胞表面表達，可能需要加入透化劑以促進抗體穿透進入細胞內。
當本發明的方法中使用固相載體時，幾乎任何固體表面均合適，只要表面材料與分析試劑相容并且可能將成分粘附到表面而不過度改變分析成分的反應性。本領域技術人員認識到在固相分析中一些成分表現出活性降低，但是只要活性足以被檢測和/或定量，通常是可以接受的。
合適的固相載體包括但不限于材料或細胞可以粘附的任何固相表面，如玻璃珠、平面玻璃、可控孔徑玻璃、塑性多孔塑性金屬、或樹脂等。本領域技術人員認識到在一些實施例中，在本發明方法中的固相載體可以通過官能團(例如，羥基、胺、羧基、酯、以及硫氫基)衍生以便為連接子(1inker)的粘附提供反應位點，或者通過候選試劑或其它分析成分的直接粘附。
分析成分粘附到固相載體上可以是直接的(即，成分直接接觸固相表面)或者間接的(即，試劑和/或成分(例如抗體)結合到載體上，其它分析成分結合到該試劑或成分上而不是結合到固相載體上)。在一些實施例中，試劑或成分為共價固定的(例如，使用半胱氨酸的單反應硫醇基團用于錨定蛋白成分(見例如，Bioconjug.Chem.，4528-536(1993))、或者非共價但特定的(例如通過所固定的抗體或者其它特異結合蛋白(見例如，Adv.Mater.，3388-391(1991)；Anal.Chem.，6783-87(1995)))、生物素/抗生蛋白鏈菌素系統(見例如，Biophys.Biochem.Res.Commun.，23076-80(1997))、或者金屬螯合的Langmuir-Blodgett膜(見例如，Langmuir114048-4055(1995)；Angew.Chem.Int.Ed.Engl.，35317-320(1996)；Proc.Natl.Acad Sci.USA934937-4941(1996)；and J.Struct.Biol.，113117-123(1994))、以及金屬螯合的自我組裝單層(見例如，Anal.Chem.，68490-497(1996))，用于聚組氨酸融合蛋白的結合。
在一些特別優選的實施例中，本領域中通常為人熟知的標準的直接或間接ELISA、IFA、或RIA方法用來檢測候選試劑與興趣蛋白的結合。在一些實施例中，在樣品中檢測到蛋白的表面表達水平的提高，而在其它實施例中，檢測到表面表達水平的降低。因此，顯然，本發明的方法適于多種成分(multiple element)的檢測、鑒定和表征。
因此，本發明方法特別優選的一些實施例中，可以使用夾心ELISA(酶聯免疫吸附測試法)，其采用用于捕獲的單克隆或多克隆抗體(Aa捕獲抗體@)以及用于檢測已結合的抗體-抗原復合物的第二抗體(Aa報告抗體(reporter anibody)@)。
在一些優選的ELISA實施例中，使用堿性磷酸酶軛合物，而在其它優選實施例中，使用辣根過氧物酶軛合物。另外，也可以使用抗生物素蛋白/生物素系統，尤其對于需要增強信號的分析系統。用于優選實施例的合適的酶包括但不限于過氧化物酶、螢光素酶、堿性磷酸酶、葡糖氧化酶、β-半乳糖苷酶及兩種或多種上述酶的混合物。
根據本發明的某些實施例，可以在加入抗體前用固定劑處理細胞。為本領域技術人員所熟知并可獲得的這樣的合適的固定劑包括但不限于低聚甲醛、甲醛溶液(福爾馬林)、戊二醛、丙酮、乙醇以及丙烯醛。參見，例如，美國專利No.4,857,300；美國專利No.5,104,640；美國專利No.5,422,277；美國專利No.5,597,688；美國專利No.5,824,495；以及美國專利No.6,194,165。
固定劑的濃度取決于例如所采用的具體試劑而變化，并且可由本領域技術人員根據經驗確定。低聚甲醛的合適濃度的示例性實例是在合適緩沖液如磷酸緩沖鹽(PBS)中為4％。
固定劑的pH可以是適合被研究的具體蛋白和所采用的細胞系(cell line)的任何水平，優選通常在6至8之間，例如在7左右，如約7.2。合適的pH(或pH范圍)可以通過加入為本領域技術人員熟知并可獲得的一種或多種合適的緩沖劑來實現。
因此，在本發明的一個示例性方法中，將在胞外抗原決定簇過表達具有HA標簽的鉀通道hERG的細胞系接種(plate)到96孔微板中(～40000細胞/孔)。96孔微板(具有透明底部的黑色板)用聚-D-賴氨酸預涂，以促進細胞粘附到孔的底部。將細胞接種到由含10％胎牛血清(FBS)的DMEM/F12加抗生素組成的完全培養基中，接種約6小時后將培養基移出，用不含血清或抗生素的DMEM/F12漂洗孔，加入試驗物(test article)(在不含血清和抗生素的DMEM/F12中稀釋)。試驗物最常溶于DMSO中，在分析中DMSO終濃度為0.1％。載體對照也含有0.1％DMSO。在表面表達分析開始之前，將板在37℃/5％CO2中孵育過夜(大約16小時)。
表面表達分析優選于室溫下在臺式操作臺(bench top)進行。用PBS(磷酸緩沖鹽)將細胞漂洗三次，接著用新制冰冷4％低聚甲醛/PBS固定(pH7.2，20分鐘)。為了測定hERG表面表達，沒有透化細胞。將固定劑去除后，用PBS洗滌細胞。通過用1％羊血清/PBS(封閉緩沖液)孵育30分鐘而封閉非特異結合位點。將封閉緩沖液去除，用在封閉緩沖液中稀釋的大鼠抗HA抗體(第一抗體)將細胞孵育2小時。將第一抗體移除后，用1％羊血清/PBS洗滌細胞3次(10min/洗滌)。將HRP軛合的羊抗大鼠抗體(第二抗體)在封閉緩沖液中稀釋，并孵育細胞1小時。第二抗體混合物也包含熒光DNA結合染料(SYBR Green)，以便實驗流程結束時測定細胞數量。孵育后，用PBS洗滌細胞3次(10min/洗滌)。用微板熒光檢測儀(microplate fluorescence reader)測定熒光，信號比較于熒光與細胞數量的標準曲線，以便確定試驗物是否有毒(toxic)并校正試驗流程過程中的細胞損失。用SuperSignal ELISA FemtoMaximum Sensitivity Substrate(Pierce Chemical Co.)產生化學發光信號。將PBS從孔中移除，加入檢測試劑，立即用GloRunner光度計捕獲信號。
也可加入其它步驟以檢測內在膜蛋白或任何胞內蛋白的總體細胞表達。固定后，可以采用透化劑(例如，洗滌劑)促進抗體到達胞內蛋白。
根據本發明的第一特別優選實施例，提供用于鑒定試劑(諸如肽、蛋白、抗體或者化學試劑)的方法，該試劑改變哺乳動物細胞中的蛋白優選內在膜蛋白(如hERG)的表面表達水平。該方法包括a)制備第一培養基，其含有表達興趣蛋白的哺乳動物細胞；b)加入有效量的候選試劑；c)在候選試劑存在時將細胞培養足夠時間；d)加入有效量的至少一種抗體，其結合到蛋白的至少一種胞外抗原決定簇；以及e)將細胞與候選試劑一起孵育后，測定抗體結合到蛋白的胞外抗原決定簇的水平。
在候選試劑的存在時，結合水平相對于對照的任何變化(如升高或降低)表明候選試劑改變蛋白的表面表達水平。
根據本發明的優選實施例，上文的步驟(d)包括加入有效量的至少一種第一抗體和有效量的至少一種第二抗體。根據該實施例，第一抗體優選結合到興趣蛋白的至少一種胞外抗原決定簇上。根據該實施例，更優選地，第二抗體結合到第一抗體上。
優選地，將第一抗體和/或第二抗體偶聯到酶上，以便促進結合水平的檢測和測定。對于本領域技術人員來說，用于本發明方法的合適的酶是已知且可獲得的。合適酶的示例性實例包括但不限于過氧化物酶、螢光素酶、堿性磷酸酶、葡糖氧化酶、β-半乳糖苷酶及兩種或多種上述酶的混合物。
可以使用對于本領域技術人員來說已知并且可以獲得的任何方法和技術，進行興趣蛋白表面表達水平的測定。優選地，通過熒光、發光(luminescence)、放射性、吸光度或者這些方法中兩種或多種的組合，測定結合水平。
根據本發明的優選實施例，抗體結合的膜蛋白上的胞外抗原決定簇優選是野生型抗原決定簇，即，胞外抗原決定簇通常存在于自然產生形式的興趣蛋白。
根據本發明的特別優選的實施例，膜蛋白上的胞外抗原決定簇具有標簽(tag)。合適的標簽對于本領域技術人員來說是已知并且可以獲得的。用于本發明方法中特別優選的標簽為血凝素(HA)標簽。標簽可以插入到蛋白的胞外區(胞外結構域)中，或者取代其胞外區的一部分。
為了說明目的而不是為了限制，在本發明優選的實施例中，將離子通道(如hERG)改造成可表達胞外標簽(如HA標簽)，該標簽位于跨膜區S1與S2之間的連接子(linker)內(這樣的標簽優選不應改變通道的功能特性)。將穩定表達該標簽蛋白的細胞(如HEK 293細胞)接種(plate)到合適的容器(如96孔微板)中，并用一種或多種候選試劑培養足夠時間，如過夜。然后，優選將細胞固定，如用甲醛，但是優選不透化，并加入識別HA標簽的抗體。第二抗體，優選為軛合到酶(如辣根過氧物酶)上的抗體，用于結合已結合到所固定細胞表面上的抗HA抗體。然后，用合適的方法(如化學發光反應混合法)使細胞表面信號顯示出來(develop)，并在例如微盤冷光儀(microtiter plate luminometer)中測定其水平。對照細胞通常用水和/或任何液相載體結合候選試劑(如DMSO)來培養。
根據上述方法的更加特別優選的實施例，從培養箱中取出微孔板并去除浸泡細胞的培養介質，分析蛋白表面表達。用PBS(100μl)漂洗孔3次，然后用低聚甲醛(例如在PBS中濃度為4％，pH7.2，100μl)固定，然后用PBS漂洗。優選將在細胞表面上的非特異性結合部位封閉，例如通過用1％羊血清/PBS(封閉緩沖液)孵育細胞。將封閉緩沖液去除之后，用第一抗體如在封閉緩沖液中的大鼠抗HA抗體孵育細胞。然后，將第一抗體移出，洗滌細胞(例如用封閉緩沖液洗滌3次)。加入第二抗體，如在封閉緩沖液中的辣根過氧物酶軛合的抗大鼠羊抗體。然后去除第二抗體，并優選洗滌細胞。
根據該實施例，使用合適技術，如SuperSignal ELISA FemtoMaximum Sensitivity Substrate(Pierce Chemical Co.)可以將化學發光信號顯示出來。加入合適量的試劑(例如微孔板中的每孔50μl)，并用GloRunner光度計(luminometer)(Turner Designs)獲得數據。
可選地，加入熒光反應以便監控每孔中的細胞數量。
采用本發明的某些實施例，可以鑒定影響內在膜蛋白表達的肽。例如，在MOI(感染復數)約為1的條件下，由人心臟產生的逆轉錄病毒表達文庫(retroviral epression library)可以用于將基因穩定遞送至變異的hERG親代細胞系。在感染之后兩天，將活細胞用HA特異性第一抗體標記，接著用FITC軛合的第二抗體標記。用熒光激活細胞分選儀(FACS)對熒光細胞進行分選，從而選出與親代細胞相比hERG蛋白的細胞表面表達增加的細胞。將分選出的細胞群擴增(expand)幾天，然后應用上述選擇標準進行再次分選。表面染色持久改變的細胞克隆用于捕獲轉化基因。使用克隆位點側面的載體特異性引物(vector specific primer)在基因組DNA上進行PCR反應。
為了尋找差異，從FACS分選出的表面表達增加的細胞及親代克隆(在PCR反應中用作對照模板)中，將基因組DNA分離。將PCR產物亞克隆至PCR-II-TOPO載體并測序。使用瞬時轉染中的哺乳動物表達載體，在電生理學和免疫印跡(Western blot)實驗中對該篩選分離的克隆調節hERG蛋白的細胞表面表達能力進行測試。因此，可以鑒定對有運輸能力的hERG蛋白的生物發生及翻譯后加工過程很關鍵的基因。
使用FACS對活細胞進行免疫染色的基本步驟描述于Ficker et.al.，Am J Physiol.2000；279H1748-H1756以及Ficker et.al.J MolCell Cardial.2000；322327-2337。為了生產病毒，將AmphoPack-293細胞(Clonetech)以5×106細胞的密度接種于100mm培養皿。48h后，如制造商(Roche Biochemicals)所推薦的，將10μg質粒文庫DNA(Viraport人心臟逆轉錄病毒表達文庫(Viraport Human HeartRetroviral Expression Library)，Stratagene)與Fugene混合，在血清存在時加入培養皿中。由于逆轉錄病毒載體DNA中無選擇標記，通過監控對照板上用表達增強綠色熒光蛋白EGFP(Clontech)的病毒轉導的熒光細胞，確定轉導效率和病毒效價(viral titer)。將表達中等水平帶HA標簽的hERG WT S1HAS2通道蛋白的COS-7細胞(106)懸浮在5～10ml DMEM中，在MOI(感染復數)約為1時用病毒上清液進行感染，并接種到100mm培養皿中。幾小時后，用完全DMEM取代培養基。兩天后，將細胞用抗HA抗體標記，接著用FITC軛合的第二抗體(見上文)標記，并用熒光激活細胞分選儀進行分選。當與親代細胞系比較時，表面熒光顯示出明顯改變的細胞首先擴增(expand)10天，然后進行再次分選。從兩次分選出的細胞群中分離基因組DNA，使用載體特異性引物進行PCR反應以捕獲文庫插入物(insert)。
現在，對本發明進行了全面描述，對于本領域普通技術人員來說，應當理解，在不背離本發明或者其任何實施例的保護范圍的條件下，在廣泛而等價范圍的條件、配方、以及其它參數下能夠實施本發明。
將本文引用的所有專利和出版物以引用方式全文結合于此。任何出版物的引用是為了在提交目之前披露，而不應解釋為承認這些出版物是現有技術或者承認本發明就先發明而言不早于這些出版物。
權利要求
1.一種鑒定改變哺乳動物細胞中蛋白表面表達水平的試劑的方法，所述方法包括a)制備第一培養基，其含有表達所述蛋白的哺乳動物細胞；b)向含有哺乳動物細胞的所述第一培養基中加入有效量的候選試劑；c)在所述候選試劑存在的情況下將所述細胞培養足夠的時間；d)用有效量的固定劑處理所述細胞；e)向含有哺乳動物細胞的所述第一培養基中加入有效量的至少一種結合到所述蛋白上的抗體；以及f)測定所述抗體與和所述候選試劑一起的所述蛋白的結合水平，其中，所述結合水平相對于對照的變化表明所述候選試劑改變所述蛋白的表面表達水平。
2.根據權利要求1所述的方法，其中，步驟(e)包括加入有效量的至少一種第一抗體，接著加入有效量的至少一種第二抗體，其中所述第一抗體結合到所述蛋白的至少一種胞外抗原決定簇上，所述第二抗體結合到所述第一抗體上。
3.根據權利要求1所述的方法，其中，通過熒光、發光、放射性、吸光度或者其兩種或多種的組合，測定所述結合水平。
4.根據權利要求1所述的方法，其中，所述蛋白為內在膜蛋白。
5.根據權利要求2所述的方法，其中，所述至少一種胞外抗原決定簇包括野生型抗原決定簇。
6.根據權利要求2所述的方法，其中，所述至少一種胞外抗原決定簇包含標簽。
7.根據權利要求6所述的方法，其中，所述胞外標簽取代所述蛋白的胞外區的至少一部分。
8.根據權利要求7所述的方法，其中，所述胞外標簽插入到所述蛋白的胞外區中。
9.根據權利要求6所述的方法，其中，所述胞外標簽包括血凝素(HA)標簽。
10.一種鑒定改變哺乳動物細胞中蛋白表達水平的試劑的方法，所述方法包括a)制備第一培養基，其含有表達所述蛋白的哺乳動物細胞；b)向含有哺乳動物細胞的所述第一培養基中加入有效量的候選試劑；c)在所述候選試劑存在下，將所述細胞培養足夠的時間；d)先用固定劑、隨后用透化劑處理所述細胞；e)向含有哺乳動物細胞的所述第一培養基中加入有效量的至少一種結合到所述蛋白上的抗體；以及f)測定所述抗體與和所述候選試劑一起的所述蛋白的結合水平，其中，相對于對照所述結合水平的變化表明所述候選試劑改變所述蛋白的表達水平。
11.根據權利要求10所述的方法，其中，步驟(e)包括加入有效量的至少一種第一抗體，接著加入有效量的至少一種第二抗體，其中，所述第一抗體結合到所述蛋白的至少一種抗原決定簇上，所述第二抗體結合到所述第一抗體上。
12.根據權利要求10所述的方法，其中，通過熒光、發光、放射性、吸光度或者其兩種或多種的組合，測定所述結合水平。
13.根據權利要求10所述的方法，其中，所述蛋白為內在膜蛋白。
14.根據權利要求11所述的方法，其中，所述至少一種抗原決定簇包括野生型抗原決定簇。
15.根據權利要求11所述的方法，其中，所述至少一種抗原決定簇包括標簽。
16.根據權利要求15所述的方法，其中，所述標簽取代所述蛋白的結構域的至少一部分。
17.根據權利要求15所述的方法，其中，所述標簽插入到所述蛋白的結構域中。
18.根據權利要求15所述的方法，其中，所述標簽包括血凝素(HA)標簽。
19.根據權利要求1或10所述的方法，其中，所述第一抗體和/或所述第二抗體偶聯到酶上。
20.根據權利要求1或10所述的方法，其中，所述酶選自由過氧化物酶、螢光素酶、堿性磷酸酶、葡糖氧化酶、β-半乳糖苷酶及兩種或多種上述酶的混合物組成的組。
21.一種鑒定改變哺乳動物細胞中內在膜蛋白表達水平的肽的方法，所述方法包括a)制備第一培養基，其含有表達所述蛋白的哺乳動物細胞；b)向含有哺乳動物細胞的所述第一培養基中加入逆轉錄病毒表達文庫；c)向含有哺乳動物細胞的所述第一培養基中加入有效量的至少一種抗體，該抗體結合到所述蛋白的至少一種胞外抗原決定簇上；d)向所述培養基中加入熒光標記的第二抗體；以及e)根據熒光將所述哺乳動物細胞進行分選。
22.根據權利要求21所述的方法，其中，所述蛋白為離子通道。
23.根據權利要求21所述的方法，其中，所述至少一種抗原決定簇包括野生型抗原決定簇。
24.根據權利要求21所述的方法，其中，所述至少一種抗原決定簇包含標簽。
25.根據權利要求24所述的方法，其中，所述標簽取代所述蛋白的結構域的至少一部分。
26.根據權利要求24所述的方法，其中，所述標簽插入到所述蛋白的結構域中。
27.根據權利要求24所述的方法，其中，所述標簽包括血凝素(HA)標簽。
28.根據權利要求21所述的方法，其中，將所述第一抗體和/或所述第二抗體偶聯到酶上。
29.根據權利要求21所述的方法，其中，所述酶選自由過氧化物酶、熒光素酶、堿性磷酸酶、葡糖氧化酶、β-半乳糖苷酶及兩種或多種上述酶的混合物組成的組。
30.根據權利要求6，15或24所述的方法，其中，在所述胞外抗原決定簇上的所述標簽是所述蛋白上存在的唯一標簽。
31.根據權利要求1或10所述的方法，其中，所述蛋白包含熒光標簽。
32.根據權利要求31所述的方法，其中，所述標簽選自由綠色熒光蛋白、紅色熒光蛋白、藍色熒光蛋白以及選擇性結合具有可檢測特性分子的氨基酸序列組成的組。
33.根據權利要求32所述的方法，其中，所述標簽取代所述蛋白胞內區的至少一部分。
34.根據權利要求32所述的方法，其中，所述標簽插入到所述蛋白的胞內區中。
35.根據權利要求33或34所述的方法，其中，在所述胞內區中的所述標簽是所述蛋白上存在的唯一標簽。
全文摘要
本發明披露了用于鑒定能改變哺乳動物細胞的蛋白、尤其是內在膜蛋白(整合膜蛋白)表達水平的試劑的高通量分析系統及方法。
文檔編號G01N33/569GK1973203SQ200580014279
公開日2007年5月30日 申請日期2005年3月17日 優先權日2004年3月19日
發明者阿瑟·M·布朗, 埃克哈德·菲克爾, 芭芭拉·A·威布爾 申請人:成泰斯特公司