試劑盒及其在檢測矮小相關基因中的用圖
【技術領域】
[0001] 本發明涉及基因檢測領域，特別地，涉及試劑盒及其在檢測矮小相關基因中的用 途，更特別地，本發明涉及一種試劑盒，試劑盒在檢測矮小相關基因中的用途，檢測矮小相 關基因的方法以及一種檢測矮小相關基因的裝置。
【背景技術】
[0002] 身材矮小（矮小）是指在相似生活環境下，身高較同種族、同性別、同年齡健康兒 童身高均值低2個標準差（-2SD)以上或處于第3百分位數以下。矮小是兒科常見的臨床 主訴表征之一，人群中總體發生率為3%左右，其導致因素包括生理性原因和病理性原因。 其中,病理性矮小癥（矮小癥）約占矮小總體的30% -40%，其病因包括慢性疾病、染色體 異常、綜合征、骨骼發育不良、生長激素缺乏和受體不敏感等等[Kant SG，Wit JM，Breuning ΜΗ. Genetic analysis of short stature. Horm Res. 2003 ;60(4) :157-65]。遺傳缺陷 (包括單基因突變）是引起矮小癥的一個重要的因素。傳統的矮小癥基因檢測方法依靠 精確的臨床診斷以及Sanger驗證的方法[Seaver LH1, Irons M ;American College of Medical Genetics(ACMG)Professional Practice and Guidelines Committee. Genet Med. 2009Jun ; 11 (6) :465-70]，由于矮小癥具有高度的臨床和遺傳異質性，多種綜合征的臨 床表征重疊，傳統的矮小癥基因檢測方法需要消耗大量的時間與成本。因此，開發高效、快 捷、經濟、可同時對多個已知矮小致病基因進行突變檢測的方法對矮小癥的研究發展和臨 床診斷非常重要。
【發明內容】
[0003] 依據本發明的一方面，提供一種試劑盒，其包括芯片，所述芯片由探針固定在固相 基質上構成，所述探針能夠特異性識別以下25個基因的外顯子區域：FMR1，BRCC3, WDR81，S ATB2, VRK2, LSM14A, H0XD3, LHX1, RIMS1, MBP, HMX2, GJA8, MBD5, ELN, CHRM3, RPS7P5, FMN2, US P9Y, SRY, UTY, CHL1, LBR, RAI1, FGFR3和RUNX2。這25個基因可作為染色體微缺失微重復的 標識來標記17種由染色體的微缺失微重復導致的矮小癥。
[0004] 任選地，試劑盒包含的芯片或者芯片上的探針還能夠特異性識別以下53個基因 的外顯子區域：PHEX, ENPP1, FGF23, CLCN5, SLC34A3, VDR, CYP2R1, CYP27B1, SLC37A4, AGL, PF KM, PHKA1, PHKB, PHKA2, ALD0A, PGAM2, G6PC, GALNS, IDUA, IDS, ARSB, HYAL1,⑶SB, GLB1, GNPT G, GNPTAB, MAN2B1, MGAT2, SLC35C1, TMEM165, GPD1，GBA，SMPD1，MLYCD, CTSA, UR0C1, FUCA1, PIG0, AGA, GK, CTNS, PHGDH, HGD, ATP7A, SLC17A5, ΜΡ0, MVK, ADA, PCCB, PL0D3, SLC6A19, ACADS 和SUMF1。這53個基因的單核苷酸變異可導致53種與矮小癥相關的代謝系統疾病。
[0005] 任選地，試劑盒包含的芯片或者芯片上的探針還能夠特異性識別以下44個基因 的外顯子區域：S0X3, GHSR, GHRHR, GHR, BTK, GH1 ;SHH, SLC29A3, NDN, CEP57, ALMS 1，SNRPN, N KX2-5, TSHB, THRA, PAX8, TSHR, IYD, ΤΡ0, TG, DU0XA2, DU0X2, SLC26A4, SLC5A5, GCM2, SECISBP 2, THRB, TRHR, TRH, PR0P1, 0TX2, P0U1F1, HESX1, LHX4, LHX3, PCNT, RNU4ATAC, IGF1R, GNAS, HS D11B2, B3GALTL，INSR，CYP11B1和CASR。這44個基因變異可導致47種與矮小癥相關的內 分泌系統疾病。
[0006] 任選地，試劑盒包含的芯片或者芯片上的探針還能夠特異性識別以下113個基因 的外顯子區域：TRIP11, C0L2A1, ARSE, PTH1R,頂PAD1, EBP，GNPAT, PEX7, AGPS，BMPR1B, RMRP ，EXT1, PDE4D, PRKAR1A,⑶F5, NPR2, R0R2, NOG, PTHLH, H0XD13, IHH, BMPR1B，HDAC4, S0X9, NE Kl, WDR35, DYNC2H1, PIK3R2, AKT3, C0L9A3, C0L9A2, C0L9A1, COMP, MATN3, SLC26A2, MMP13, CO L10A1, MMP9, SERPINH1, CRTAP, BMP1, FKBP10, LEPRE1, IFITM5, SERPINF1, PPIB, C0L1A1, SP7, MMP13, PAPSS2, MATN3, TRAPPC2, KIF22, ACP5, DDR2, ACAN, C0L2A1, CHST3, HES7, DLL3, MCPH1 ,ASPM, MYH3, TPM2, TNNT3, IFT43, SOST, C0L11A1, SEC23A, MMP2, ESC02, RIN2, LMX1B, GHR, SLC 35D1, EFNB1, DYM, LIFR, GORAB, SH3BP2, FGFR1, TBX15, CANT1, TFAP2A, TMC01, CHRNA1, CTSK, FLNB, EVC, FBN1, B3GAT3, EFTUD2, EIF2AK3, EVC2, CHRNG, CHRND, SMAD4, P0C1A, TBX3, WNT7A, ERCC6, ERCC2, FBN1, ADAMTSL2, EXT2, TRPV4, SF3B4, CA2, WDR19,⑶F6, FAM123B, TNFRSF11B 和TNNI2。這113個基因變異以及前述的微缺失微重復會致矮小癥的FGFR3和RUNX2基因， 可導致124種與矮小癥相關的骨骼系統疾病。
[0007] 任選地，試劑盒包含的芯片或者芯片上的探針還能夠特異性識別以下5個基因的 外顯子區域：ATP8B1，ABCB11，BUB1B，CASP8和CCBE1。這5個基因可導致5種與矮小癥相關 的消化系統疾病。
[0008] 任選地，試劑盒包含的芯片或者芯片上的探針還能夠特異性識別以下17個基因 的外顯子區域：ATP6V0A2, LTBP4, PYCR1, ALDH18A1, DKC1, TERT, TINF2, ERCC3, GTF2H5, EXT1, TRPS1, PLEC1, P0RCN, SLC39A4, C16orf57, IKBKG 和 ZMPSTE24。這 17 個基因任一單核苷酸變 異可導致與矮小癥相關的皮膚疾病。
[0009] 任選地，試劑盒包含的芯片或者芯片上的探針還能夠特異性識別以下36個基因 的外顯子區域：SLC9A6, SMS, HCFC1, NSUN2, RAB40AL, CASK, KDM5C, RPS6KA3, CUL4B, CHMP1A, E X0SC3, AP4S1, AP4E1, AP4B1, GRM1, ZNF592, SEPN1, LARGE, SEPT9, RAPSN, C0L6A2, RTTN, S0X3, NAA10, NF1, LRP5, ATM, SHR00M4, SIL1, SLC6A8, IGBP1, SHH, NDE1, IKBKAP, KIF1A 和 VLDLR。這 36個基因可導致36種與矮小癥相關的神經肌肉系統疾病。
[0010] 任選地，試劑盒包含的芯片或者芯片上的探針還能夠特異性識別以下11個基 因的外顯子區域：BC0R，STRA6, 0TX2, SM0C1, HCCS, S0X2, F0XI1, KCNJ10, SLC26A4, LTBP3 和 CLCN5。這11個基因可導致11種與矮小癥相關的耳、鼻、喉五官系統疾病。
[0011] 任選地，試劑盒包含的芯片或者芯片上的探針還能夠特異性識別以下18個基因 的外顯子區域：FANCE, FANCC, FANCA, FANCG, FANCF, RAD51C, FANCD2, SLX4, HBB, HBA1, SLC19A 2, RPS19，KLF1, GATA1, RARA, ATRX, RBM8A和UR0S。這18個基因加上前述的發生微缺失微重 復會導致矮小癥的LBR基因的變異可導致19種與矮小癥相關的血液系統疾病。
[0012] 任選地，試劑盒包含的芯片或者芯片上的探針還能夠特異性識別以下6個基因的 外顯子區域：LAMT0R2, LRBA, BTK, WISP3, ITCH和SMARCAL1。這6個基因的異常可導致6種 與矮小癥相關的免疫系統疾病。
[0013] 任選地，試劑盒包含的芯片或者芯片上的探針還能夠特異性識別以下145個基因 的外顯子區域：CUL7, CCDC8, KCNJ1, SLC12A2, ERCC8, ERCC6, SMC1A, NIPBL, SMC3, HDAC8, RAD2 1, ADAMTS2, SLC39A13, C0L1A2, B4GALT7, C0L3A1, C0L1A1, C0L5A2, C0L5A1, MYCN, MIR17HG, OR C6, 0RC1, CDT1, CDC6, 0RC4, KRAS, RAF1, BRAF, SOS1, PTPN11, OFD1, TCTN3, WNT5A, ROR3, CREBB P, EP300, LIFR, HSPG2, ATR, RBBP8, CEP152, NIN, CEP63, CENPJ, ADAMTS17, FBN1, LTBP2, ADAMT S10, RAB3GAP1, RAB3GAP2, RAB18, FOXG1, MECP2, LRP2, NKX2-1, FGD1, KCNJ2, SBDS, L1CAM, AAA S, TWIST1, NBAS, SEMA3E, PQBP1, SPG20, G6PC3, HYLS1, NBN, IGF2, UBR1, OCRL, CHD7, GLA, CD96 ,LMNA, PHF6, HRAS, IFT140, SRCAP, CTC1, OTX2, ASXL1, FTO, ANKRD11, HSD17B4, MED12, KIF7, D HCR7, CTDP1, MYH8, DDX11, POR, KAT6B, ALDH3A2, TP63, SDHA, A