基于GATK重比對模型，進行重比對。即，在上一比對結果的基礎 上，對INDEL附近的所有reads進行局部重新比對，以消除比對的錯誤，提高變異檢測的準 確率。
[0069] 4. 6 檢測 SNV INDEL :使用在 GATK UnifiedGenotyper 基礎上開發的基于 Hadoop 平臺的并行化變異檢測模塊，同時進行SNP和Indel的檢測。比對完成后利用更完備的錯 誤模型計算基因型似然值，考慮了 PCR、堿基質量（Base Quality)和比對質量（Mapping Quality)等多種因素。UnifiedGenotyper是集合多種變異檢測方法而成的一種變異識別軟 件（Variants Caller), UnifiedGenotyper使用貝葉斯最大似然模型，同時估計基因型和基 因頻率，最后對每一個樣本的每一個變異位點和基因型都會給出一個精確的后驗概率。該 軟件能將輸入bam文件中的樣本進行變異檢測，最后生成一個vcf文件，vcf文件中會包含 所有樣本的變異位點和基因型信息。從 vcf文件得到的結果是最原始的、沒有經過任何過 濾和校正的Variants集合。這一步產生的變異位點會有很高的假陽性,尤其是indel,因 此，我們在前面進行重比對以盡量減少該突變檢測中的假陽性結果。
[0070] 4. 7注釋：使用人類基因組數據庫NCBI 104,頻率數據庫dbSNP135、1000human、 ESP6500,以及BGI內部頻率數據庫進行注釋；使用HGVS對變異進行標準命名，同時使用 0M頂、HGMD疾病數據庫，C⑶臨床基因組數據庫進行突變及疾病注釋，確定突變位點發生的 基因、坐標、氨基酸改變等。生成與矮小癥基因相關的突變數據列表。
[0071] 5.結果分析
[0072] 表3是測序數據統計結果，表4顯示目標區域覆蓋度統計信息，表5顯示檢測結 果。
[0073] 表 3
[0074]
[0076] 表 4
[0077]
[0080] 如表5所示，本次基因檢測在與軟骨發育不良（Achondroplasia，ACH;(mM: 100800)相關的FGFR3基因編碼區檢測到一個雜合已知致病突變c. 1138G>A (p. Gly380Arg)。FGFR3基因編碼區的雜合錯義突變c. 1138G>A(p. Gly380Arg)為最常見的軟骨 發育不良的致病突變，99%的軟骨發育不良患者都是由FGFR3基因的突變所導致。Bellus 等1995年對193例軟骨發育不良患者的研究中發現187例患者是由突變c. 1138G>A導 致，占患者的96.9%，5例患者是由該位置的另一突變(：.11386>(：導致，占患者的2.6% [Bellus, G. A.,Hefferon,et al. Achondroplasia is defined by recurrent G380R mutations of FGFR3. Am. J. Hum. Genet. 1995 (56): p.368-373]。軟骨發育不良為常染色體 顯性遺傳病，雜合突變即可致病。因此，c. 1138G>A(p.Gly380Arg)應是受檢者骨骼異常相 關病癥的原因。
[0081 ] 另外，限于篇幅，列出本次檢測出的部分其它變異的信息，如表6所示，表6中的變 異都是數據庫中頻率< 5%，且可能影響蛋白功能和mRNA剪接的變異類型（包括非同義突 變、蛋白編碼區的插入、缺失突變及剪接±l〇bp以內的變異）。
[0082] 表 6
[0083]
[0084]
[0085] *hom/het:hom表示此突變位點為純合突變，het表示此突變位點為雜合突變。
[0086] *Fr. 1 :dbSNP數據庫中收錄的關于此SNP的頻率信息。
[0087] *Fr. 2 :千人計劃中全部測序樣本中關于此SNP在亞裔人種中的頻率信息。
[0088] *Fr. 3 :ESP6500數據庫中收錄的關于此SNP的頻率信息。
[0089] *Fr. 4 :本地數據庫中關于此SNP的頻率信息。
[0090] *Condel :Condel數據庫預測結果。
【主權項】
1. 一種試劑盒，其包括芯片，所述芯片由探針固定在固相基質上構成，所述探針能夠特 異性識別以下 25 個基因的外顯子區域：FMR1, BRCC3, WDR81, SATB2, VRK2, LSM14A, H0XD3, LH XI, RIMS1, MBP, HMX2, GJA8, MBD5, ELN, CHRM3, RPS7P5, FMN2, USP9Y, SRY, UTY, CHL1, LBR, RAI1 ,FGFR3 和 RUNX2 ; 任選地，所述探針能夠特異性識別以下53個基因的外顯子區域：PHEX，ENPP1，FGF23, C LCN5, SLC34A3, VDR, CYP2R1, CYP27B1, SLC37A4, AGL, PFKM, PHKA1, PHKB, PHKA2, ALDOA, PGAM2 ，G6PC, GALNS, IDUA, IDS, ARSB, HYAL1,⑶SB, GLB1, GNPTG, GNPTAB, MAN2B1, MGAT2, SLC35C1, T MEM165, GPD1，GBA，SMPD1，MLYCD，CTSA，UR0C1，FUCA1，PIGO, AGA，GK，CTNS，PHGDH，HGD，ATP7A ，SLC17A5, MPO, MVK，ADA, PCCB，PL0D3, SLC6A19, ACADS 和 SUMF1 ; 任選地，所述探針能夠特異性識別以下44個基因的外顯子區域： S0X3, GHSR, GHRHR, GHR, BTK, GH1 ；SHH, SLC29A3, NDN, CEP57, ALMS1, SNRPN, NKX2-5, TSHB, THR A, PAX8, TSHR, I YD, TPO, TG, DU0XA2, DU0X2, SLC26A4, SLC5A5, GCM2, SECISBP2, THRB, TRHR, TR H, PR0P1, 0TX2, P0U1F1, HESX1, LHX4, LHX3, PCNT, RNU4ATAC, IGF1R, GNAS, HSD11B2, B3GALTL, INSR, CYP11B1和 CASR ; 任選地，所述探針能夠特異性識別以下113個基因的外顯子區域：TRIP11, C0L2A1, AR SE, PTH1R,頂PAD1, EBP，GNPAT, PEX7, AGPS，BMPR1B, RMRP, EXT1, PDE4D, PRKAR1A,⑶F5, NPR2 ,R0R2, NOG, PTHLH, H0XD13, IHH, BMPR1B, HDAC4, S0X9, NEK1, WDR35, DYNC2H1, PIK3R2, AKT3, C0L9A3, C0L9A2, C0L9A1, COMP, MATN3, SLC26A2, MMP13, C0L10A1, MMP9, SERPINH1, CRTAP, BMP I, FKBP10, LEPRE1, IFITM5, SERPINF1, PPIB, C0L1A1, SP7, MMP13, PAPSS2, MATN3, TRAPPC2, KI F22, ACP5, DDR2, ACAN, C0L2A1, CHST3, HES7, DLL3, MCPH1, ASPM, MYH3, TPM2, TNNT3, IFT43, SO ST, C0L11A1, SEC23A, MMP2, ESC02, RIN2, LMX1B, GHR, SLC35D1, EFNB1, DYM, LIFR, GORAB, SH3B P2, FGFR1, TBX15, CANT1, TFAP2A, TMC01, CHRNA1, CTSK, FLNB, EVC, FBN1, B3GAT3, EFTUD2, EIF 2AK3, EVC2, CHRNG, CHRND, SMAD4, P0C1A, TBX3, WNT7A, ERCC6, ERCC2, FBN1, ADAMTSL2, EXT2, TRPV4, SF3B4, CA2, WDR19,⑶F6, FAM123B，TNFRSF11B 和 TNNI2 ; 任選地，所述探針能夠特異性識別以下5個基因的外顯子區域： ATP8B1, ABCB11, BUB1B, CASP8 和 CCBE1 ; 任選地，所述探針能夠特異性識別以下17個基因的外顯子區域：ATP6V0A2, LTBP4, PYC Rl, ALDH18A1, DKC1, TERT, TINF2, ERCC3, GTF2H5, EXT1, TRPS1, PLEC1, PORCN, SLC39A4, C16or f57,IKBKG 和 ZMPSTE24 ; 任選地，所述探針能夠特異性識別以下36個基因的外顯子區域：SLC9A6, SMS, HCFC1, N SUN2, RAB40AL, CASK, KDM5C, RPS6KA3, CUL4B, CHMP1A, EX0SC3, AP4S1, AP4E1, AP4B1, GRM1, ZN F592, SEPN1, LARGE, SEPT9, RAPSN, C0L6A2, RTTN, S0X3, NAA10, NF1, LRP5, ATM, SHR00M4, SIL1 ,SLC6A8, IGBP1, SHH, NDE1, IKBKAP, KIF1A 和 VLDLR ; 任選地，所述探針能夠特異性識別以下11個基因的外顯子區域：BC0R, STRA6, 0TX2, SM 0C1, HCCS, S0X2, F0XI1, KCNJ10, SLC26A4, LTBP3 和 CLCN5 ; 任選地，所述探針能夠特異性識別以下18個基因的外顯子區域：FANCE， FANCC,FANCA, FANCG,FANCF,RAD51C,FANCD2,SLX4,HBB,HBA1,SLC19A2,RPS19, KLF1, GATA1, RARA, ATRX, RBM8A 和 UR0S ; 任選地，所述探針能夠特異性識別以下6個基因的外顯子區域： LAMT0R2, LRBA, BTK, WISP3, ITCH 和 SMARCAL1 ; 任選地，所述探針能夠特異性識別以下145個基因的外顯子區域：⑶L7, (XDC8, KCNJ1， SLC12A2, ERCC8, ERCC6, SMC1A, NIPBL, SMC3, HDAC8, RAD21, ADAMTS2, SLC39A13, C0L1A2, B4GA LT7, C0L3A1, C0L1A1, C0L5A2, C0L5A1, MYCN, MIR17HG, 0RC6, 0RC1, CDT1, CDC6, 0RC4, KRAS, RA FI, BRAF, S0S1, PTPN11, 0FD1, TCTN3, WNT