特異性針對人CD38的完全人HuCAL GOLD-衍生治療抗體的生成和鑒定的制作方法
【專利摘要】本發明提供了使用特異性針對CD38的重組抗原結合區和含有所述抗原結合區的抗體和功能性片段的新型抗體以及方法，CD38在各種病癥或疾患中具有重要作用。這些方法利用了新發現的抗體和所述抗體驚人的性質，例如結合迷你豬來源CD38的能力和通過交聯誘導特異性殺傷表達CD38的細胞的能力。這些抗體以及使用這些抗體的新方法可用以治療例如血液惡性腫瘤，例如多發性骨髓瘤。
【專利說明】特異性針對人CD38的完全人HuCAL GOLD-衍生治療抗體的生成和鑒定[0001]本申請是申請日為2006年10月12日，申請號為200680037924.2，發明名稱為“特異性針對人⑶38的完全人HuCAL GOLD-衍生治療抗體的生成和鑒定”的申請的分案申請。【技術領域】[0002]本發明涉及新抗體和使用抗體的方法。【背景技術】[0003]本領域中仍存在對新的抗體及其在治療中應用的需求。[0004]發明概述[0005]本發明涉及特異性針對⑶38的分離的抗原結合區，所述抗原結合區包含:(i) SEQ ID NO: 16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，92，93，94，95，96，97，98，99，10 O, 101，102，103，104，105 或 106 中描述的 H-CDR3 區，或者(ii)與 SEQ ID NO: 16，17，18，19 ，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，92，93，94，95，96，97，98，99，100，101，102，103，104 ，105或106中描述的H-⑶R3區具有至少60%同一性的H-⑶R3區。在一些實施方案中，所述特異性針對CD38的分離的抗原結合區還可包含:(i) SEQ ID NO: 16, 17，18，19，20，21，22， 23，24，25，26，27，28，29，30，92，93，94，95，96，97，98，99，100，101，102，103，104，105 或 106 中描述的 H-CDR2 區，或者(ii)與 SEQ ID NO: 16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28 ，29，30，92，93，94，95，96，97，98，99，100，101，102，103，104，105 或 106 中描述的 H-CDR2 區具有至少60%同一性的H-⑶R2區。[0006]在一些實施方案中，所述特異性針對⑶38的分離的抗原結合區還可包含:(i)SEQ ID NO: 16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，92，93，94，95，96，97，98，99，10 O, 101，102，103，104，105 或 106 中描述的 H-CDRl 區，或者(ii)與 SEQ ID NO: 16，17，18，19 ，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，92，93，94，95，96，97，98，99，100，101，102，103，104 ，105或106中描述的H-⑶Rl區具有至少60%同一性的H-⑶Rl區。[0007]本發明還涉及特異性針對CD38的分離的抗體或其功能性片段，其包含:(i) SEQ ID NO: 16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，2 7，28，29，30，92，93，94，95，96，97，98，99，100，I 01，102，103，104，105 或 106 中描述的可變重鏈，或者(ii)與 SEQ ID NO: 16，17，18，19，20， 21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，92，93，94，95，96，97，98，99，100，101，102，103，104，105 或106中描述的可變重鏈具有至少60%同一性的可變重鏈。[0008]另外，本發明涉及特異性針對CD38的分離的抗原結合區，所述抗原結合區包含:(i)SEQ ID NO:46, 47, 48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，109 或 110 中描述的 L-CDR3 區，或(ii)與 SEQ ID NO:46，47, 48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，109 或110中描述的L-⑶R3區具有至少60%同一性的L-⑶R3區。[0009]在一些實施方案中，所述分離的抗原結合區還可包含:(i)SEQ ID N0:46,47,48,4 9，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，109 或 110 中描述的 L-CDR2 區，或(ii)與 SEQ IDNO: 46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，109 或 110 中描述的 L-CDR2 區具有至少60%同一性的L-⑶R2區。[0010]在一些實施方案中，所述分離的抗原結合區還可包含:(i)SEQ ID N0:46,47,48,4 9，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，109 或 110 中描述的 L-CDRl 區，或(ii)與 SEQ ID NO:46, 47, 48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，109 或 110 中描述的 L-CDR1 區具有至少60%同一性的L-⑶Rl區。[0011]在一些實施方案中，所述分離的抗原結合區可包含(i)SEQ ID N0:51或52中描述的L-⑶R3區或(ii)與所述L-⑶R3區具有至少60%同一性的L-⑶R3區；并且其特異性針對人⑶38和狨猴⑶38。[0012]在一些實施方案中，在所述分離的抗原結合區中，所述序列同一性可為至少80%。[0013]而且，本發明涉及分離的抗體或其功能性片段，其包含(i)SEQ ID N0:46,47,48,4 9，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59,60，109 或 110 中描述的可變輕鏈，或(ii)與 SEQ ID NO:46, 47, 48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，109 或 110 中描述的可變輕鏈具有至少60%同一性的可變輕鏈。[0014]在一些實施方案中，所述分離的抗體或其功能性片段可以是IgG。[0015]在一些實施方案中，所述分離的抗體或其功能性片段可以是IgGl。[0016]本發明還涉及一種診斷組合物，其包含上述抗體或其功能性片段；和可接受的載體或賦形劑。[0017]本發明又涉及一種分離的抗原結合區的可變重鏈，其由如下序列編碼:(i)包含 SEQ ID NO:1, 2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86，8 7，88，89，90 或 91 的核酸序列，或(ii)與 SEQ ID NO:1, 2, 3,4, 5,6, 7,8,9, 10，11，12，13，I 4，15，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86，87，88，89，90 或 91 的互補鏈在高嚴緊條件下雜交的核酸序列，其中所述抗原結合區特異性針對CD38。[0018]在一些實施方案中，所述可變重鏈可由(i)包含SEQ ID N0:6或7的核酸序列或(ii)在高嚴緊性條件下與其互補鏈雜交的核酸序列所編碼，其抗原結合區特異性針對人 CD38和狨猴CD38。[0019]本發明又涉及 分離的抗原結合區的可變輕鏈，其由下述序列編碼:⑴包含SEQ ID NO:31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，107 或 108 的核酸序列，或者(ii) 與 SEQ ID NO:31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，107 或 108 的互補鏈在高嚴緊條件下雜交的核酸序列，其中所述抗體或其功能性片段特異性針對CD38。[0020]在一些實施方案中，所述可變輕鏈可由由(i)包含SEQ ID N0:36或37的核酸序列或(ii)在高嚴緊性條件下與其互補鏈雜交的核酸序列所編碼，其抗原結合區特異性針對人⑶38和狨猴⑶38。[0021]本發明又涉及編碼特異性針對CD38的人抗體或其功能性片段的抗原結合區的分離的核酸序列。[0022]本發明又涉及編碼分離的抗原結合區的可變重鏈的核酸序列，所述核酸序列包含:Q)選自 SEQ ID NO:1, 2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，77，78，79，80，81，82，83 ，84，85，86，87，88，89，90 和 91 的序列，或(ii)與 SEQ ID NO:1, 2, 3,4, 5,6, 7,8,9, 10，11，I 2，13，14，15，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86，87，88，89，90 或 91 的互補鏈在高嚴緊條件下雜交的核酸序列，其中所述抗原結合區特異性針對CD38。[0023]本發明又涉及編碼分離的抗原結合區的可變輕鏈的核酸序列，所述核酸序列包含:Q)選自 SEQ ID NO: 31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，107 和 108 的序列，或(?)與 SEQ ID NO: 31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，107 或 108 的互補鏈在高嚴緊條件下雜交的核酸序列，其中所述抗原結合區特異性針對CD38。[0024]本發明還涉及包含上述核酸序列的載體。[0025]本發明還涉及包含上述載體的分離的細胞。[0026]在一些實施方案中，所述細胞可以是細菌細胞。[0027]在一些實施方案中，所述細胞可以是哺乳動物細胞。[0028]本發明還涉及一種藥物組合物，其包含上述抗體或其功能性片段以及為此使用的藥學可接受的載體或賦形劑。[0029]本發明還涉及一種用于治療與不希望的⑶38+細胞存在相關聯的病癥或疾患的方法，該方法包括為需要其的患者施用有效量的上述藥物組合物。[0030]在一些實施方案中，所述病癥或疾患可以是血液疾病。[0031 ] 在一些實施方案中，所述血液疾病可選自多發性骨髓瘤、慢性淋巴細胞性白血病、 慢性骨髓性白血病、急性骨髓性白血病和急性淋巴細胞性白血病。[0032]在一些實施方案中，所述病癥或疾患可以是炎性疾病。[0033]在一些實施方案中，所述炎性疾病可選自類風濕性關節炎和系統性紅斑狼瘡。[0034]本發明進一步涉及誘導特異性殺傷表達CD38的腫瘤細胞的方法，其中所述特異性殺傷通過CD38交聯而發生，所述方法包括在足量分離的人或人源化抗CD38抗體或其功能性片段存在下培養所述細胞的步驟，其中所述人或人源化抗CD38抗體包含:(i)編碼SEQ ID NO:1, 2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86，87，88 ，89，90 或 91 中描述的重鏈的核酸序列，或(ii)與 SEQ ID NO:1, 2, 3,4, 5,6, 7,8,9, 10，11 ，12，13，14，15，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86，87，88，89，90 或 91 的互補鏈在高嚴緊條件下雜交的核酸序列，其中所述抗體或其功能性片段特異性針對CD38。[0035]本發明又涉及誘導特異性殺傷表達CD38的腫瘤細胞的方法，其中所述特異性殺傷通過CD38交聯而發生，所述方法包括在足量分離的人或人源化抗CD38抗體或其功能性片段存在下培養所述細胞的步驟，其中所述人或人源化抗CD38抗體包含:(i)編碼SEQ ID NO:31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，107 或 108 中描述的輕鏈的核酸序列，或(ii)與 SEQ ID N0:31, 32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，107 或 108 的互補鏈在高嚴緊條件下雜交的核酸序列，其中所述抗體或其功能性片段特異性針對CD38。[0036]本發明又涉及誘導特異性殺傷表達CD38的腫瘤細胞的方法，其中所述特異性殺傷通過CD38交聯而發生，所述方法包括在足量分離的人或人源化抗CD38抗體或其功能性片段存在下培養所述細胞的步驟，其中所述人或人源化抗CD38抗體或其功能性片段包含: (i) SEQ ID NO: 16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，92，93，94，95，96，97，9 8，99，100，101，102，103，104，105 或 106 中描述的重鏈氨基酸序列，或(ii)與 SEQ ID NO:1 6，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，92，93，94，95，96，97，98，99，100，101，I 02，103, 104, 105或106中描述的可變重鏈具有至少60%同一性的可變重鏈。[0037]本發明又涉及誘導特異性殺傷表達CD38的腫瘤細胞的方法，其中所述特異性殺傷通過CD38交聯而發生，所述方法包括在足量分離的人或人源化抗CD38抗體或其功能性片段存在下培養所述細胞的步驟，其中所述人或人源化抗CD38抗體包含:(i)和/或SEQ ID NO:46, 47, 48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，109 或 110 中描述的輕鏈氨基酸序列，或(?)與 SEQ ID NO:46, 47, 48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，109 或 110中描述的可變輕鏈具有至少60%同一性的可變輕鏈。[0038]進一步地，本發明涉及檢測通過⑶38交聯特異性殺傷表達⑶38的腫瘤細胞的方法，所述方法包括如下步驟:[0039](i)為需要其的患者施用有效量的人或人源化抗CD38抗體或其功能性片段，和[0040](ii)檢測所述人或人源化抗CD38抗體或其功能性片段的特異性殺傷活性。[0041 ] 在一些實施方案中，所述腫瘤細胞可以是人、迷你豬或兔來源的。[0042]本發明又涉及檢測迷你豬來源的組織或細胞中CD38存在的方法，所述方法包括如下步驟:[0043](i)使人或人源化抗CD38抗體或其功能性片段與所述CD38形成接觸，和[0044](ii)檢測所述人或人源化抗CD38抗體或其功能性片段與所述CD38迷你豬細胞的特異性結合，其中所述抗體或其功能性片段還能特異性結合人來源的CD38。[0045]在一些實施方案中，所述迷你豬來源的CD38可包括在選自下述組的分離的細胞類型中:外周血液單核細胞、紅細胞、淋巴細胞、胸腺細胞、肌肉細胞、小腦細胞、胰腺細胞、 淋巴結細胞、扁桃體細胞、脾細胞、前列腺細胞、皮膚細胞和視網膜細胞。[0046]在一些實施方案中，所述人或人源化抗⑶38抗體或其功能性片段可包含:(i)編碼 SEQ ID NO:1, 2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86 ，87，88，89，90或91中描述的重鏈的核酸序列和/或編碼SEQ ID NO: 31，32，33，34，35，36， 37，38，39，40，41，42，43，44，45，107或108中描述的輕鏈的核酸序列，或者(ii)與SEQ ID NO:1, 2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86，87，88，89 ，90或91中描述的重鏈區具有至少60%同一性的序列和/或與SEQ ID NO: 31, 32, 33, 34, 35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，107或108中描述的輕鏈區具有至少60%同一性的序列。進一步地，本發明涉及檢測表達CD38的紅細胞中CD38的方法,所述方法包括如下步驟:[0047](i)使人或人源化抗⑶38抗體或其功能性片段與所述表達⑶38的紅細胞相接觸， 和[0048](ii)檢測所述人或人源化抗⑶38抗體或其功能性片段與所述表達⑶38的紅細胞的特異性結合，其中所述抗體或其功能性片段還能特異性結合來自不同于人紅細胞的細胞或組織的人⑶38。[0049]在一些實施方案中，所述抗體或其功能性片段還能特異性結合來自人類淋巴細胞的人⑶38。[0050]在一些實施方案中，所述人或人源化抗⑶38抗體或其功能性片段可包含:(i)編碼 SEQ ID NO:1, 2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86 ，87，88，89，90或91中描述的重鏈的核酸序列和/或編碼SEQ ID NO: 31，32，33，34，35，36， 37，38，39，40，41，42，43，44，45，107或108中描述的輕鏈的核酸序列`，或者(ii)與SEQ ID NO:1, 2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86，87，88，89，90或91中描述的重鏈區具有至少60%同一性的序列和與SEQ ID NO: 31，32，33，34，35，3 6，37，38，39，40，41，42，43，44，45，107或108中描述的輕鏈區具有至少60%同一性的序列。[0051]在一些實施方案中，所述人或人源化抗⑶38抗體或其功能性片段可包含:(i)SEQ ID NO: 16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，92，93，94，95，96，97，98，99，10 O, 101，102，103，104，105 或 106 中描述的重鏈氨基酸序列，和/或SEQ ID NO:46, 47, 48, 49, 50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，109 或 110 中描述的輕鏈氨基酸序列；或(ii)與 SEQ ID NO: 16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，92，93，94，95，96，97，98，99，10 O, 101，102，103，104，105或106中描述的重鏈區具有至少60%同一性的序列，和與SEQ ID NO:46, 47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，109 或 110 中描述的輕鏈區具有至少60%同一性的序列。[0052]本發明又涉及根據本發明的分離的抗體或其功能性片段，其包含:(i)SEQ ID NO: 21或22中描述的H-CDR3區，或(ii)與所述H-CDR3區具有至少60%同一性的H-CDR3 區；并且其特異性針對人⑶38和狨猴⑶38。附圖簡述[0053]圖1a提供了用于本發明的各種抗體重鏈可變區的核酸序列。[0054]圖1b提供了用于本發明的各種抗體重鏈可變區的氨基酸序列。⑶RgHCDRl、 HCDR2和HCDR3從N端至C端加粗顯示。[0055]圖2a提供了用于本發明的各種抗體輕鏈可變區的核酸序列。[0056]圖2b提供了用于本發明的各種抗體輕鏈可變區的氨基酸序列。⑶RglXDRl、 IXDR2和IXDR3從N端至C端加粗顯示。[0057]圖3提供了各種基于共有的HuCAL抗體主基因序列的重鏈可變區的氨基酸序列。 CDR區HCDRl、HCDR2和HCDR3從N端至C端加粗顯示。[0058]圖4提供了各種基于共有的HuCAL抗體主基因序列的輕鏈可變區的氨基酸序列。 ⑶R區IXDRl、IXDR2和IXDR3從N端至C端加粗顯示。[0059]圖5提供了 CD38 (SffISS-PROT原始登錄號P28907)的氨基酸序列。[0060]圖6提供了嵌合0KT10的重鏈和輕鏈的核苷酸序列。[0061]圖7 提供了 pMORPH:K—hJg Gl_ I (bp601-2100) (SEQ ID NO:74)的 DNA 序列:該載體是基于pcDNA3.1+載體(Invitrogen)。VH-填充序列的氨基酸序列加粗顯示，而 VH-前導序列和恒定區基因的最終閱讀框非加粗打印。在所述序列上方指出限制位點。測序引物的引發位點加下劃線。[0062]圖8 提供了 IgK 輕鏈表達載體pMORPH?_h_IgK—I (bp601-1400) (SEQ IDNO:75)的DNA序列:該載體基于pcDNA3.1+載體(Invitrogen)。Vk -填充序列的氨基酸序列加粗顯示，而Vk -前導序列和恒定區基因的最終閱讀框非加粗打印。在所述序列上方指出限制位點。測序引物的引發位點加下劃線。[0063]圖9 提供了 HuCAL IgA 輕鏈載體 pMORPH?_h_Igl _1 (bp601_1400) (SEQ IDNO:76)的DNA序列:νλ-填充序列的氨基酸序列加粗顯示，而νλ-前導序列和恒定區基因的最終閱讀框非加粗打印。在所述序列上方指出限制位點。測序引物的引發位點加下劃線。[0064]圖10提供了用于本發明的Fab/IgG樣式(format)中重鏈和輕鏈的不同組合。[0065]圖11提供了通過FACS獲得的淋巴細胞和紅細胞的⑶38表達分析。PBMC和紅細胞通過密度梯度離心從短尾猴、獼猴和狨猴的全血分離，隨后使用抗CD38Fab抗體 M0R03087 (A,直方圖右側，淡色箭頭)和M0R03088 (B，直方圖右側；淡色箭頭)進行FACS 分析。使用不相關的Fab-抗體(A&B，直方圖左側；黑色箭頭)作為陰性對照。[0066]圖12提供了通過FACS獲得的淋巴細胞和紅細胞的⑶38表達分析。PBMC和紅細胞通過密度梯度離心從人、短尾猴和狨猴的全血分離，隨后使用抗⑶38IgGlM0R03087(直方圖右側；白色箭頭)進行FACS分析。使用不相關的IgGl對照抗體(A&B，直方圖左側； 黑色箭頭)作為陰性對照。[0067]圖13提供了不同抗⑶38抗體的交叉反應性對比概況。[0068]圖14(a)和14(b)描繪了用于本發明的某些抗體的⑶R區和FR區，并比較了彼此和相應共有序列的給定位置的氨基酸。[0069]發明詳述[0070]本發明基于發現了新抗體和使用抗體的方法，所述抗體對CD38具有特異性或高親和力，并能夠為患者帶來治療益處。可以是人的或人源化的所述抗體可用于本文更全面描述的許多情況中。用于本發明的適當抗體公開于US60/614，471，其通過引用結合入本文。[0071]“人”抗體或功能性人抗體片段在這里定義為不是嵌合的(例如，非“人源化的”)且不是全部或部分來自非人類物種。人抗體或功能性抗體片段可源自人，或者可以是合成的人抗體。“合成的人抗體”在本文定義為序列全部或部分電子(in silico)衍生自合成序列的抗體，所述合成序列基于已知的人抗體序列分析。可以實現人抗體序列或其片段的電子設計，例如，通過分析人抗體或抗體片段序列的數據庫并利用從中獲得的數據來設計多肽序列。人抗體或功能性抗體片段的另一實例是從人源抗體序列庫(即，基于取自人固有來源的抗體的文庫)分離的核酸所編碼的人抗體或功能性抗體片段。[0072]“人源化抗體”或功能性人源化抗體片段在本文定義為:(i)衍生自非人類來源 (例如，具有異源免疫系統的轉基因小鼠)的，其抗體基于人種系序列；或者(ii)嵌合的， 其中可變區衍生自非人類來源，而恒定區衍生自人類來源；或者(iii) CDR移植的，其中可變區的CDR來自非人類來源，而可變區的一個或多個構架是人類來源的，并且恒定區(如果有)是人類來源的。[0073]如本文所使用的，抗體“特異性結合”是“特異性針對”或“特異性識另U”抗原(這里指CD38)，假設這種抗體能夠區別所述抗原和一種或多種參考抗原，因為結合特異性不是絕對而是相對的性質。最普遍形式(當沒有提及確定的參考時)的“特異性結合”是指抗體區別目標抗原和無關抗原的能力，例如根據下述方法之一所測定的。所述方法包括但不限于 Western印跡、ELISA檢測、RIA檢測、ECL檢測、IRMA檢測、FACS、IHC和肽掃描。例如，可以進行標準的ELISA測定。可以通過標準顯色(例如，帶有辣根過氧化物的第二抗體和帶有過氧化氫的四甲基聯苯胺)進行評分。某些孔中的反應 通過例如在450nm的光密度評分。 典型背景(=陰性反應)可以是0.1OD ;典型的陽性反應可以是10D。這表示陽性/陰性差異可以大于10倍。通常，結合特異性的測定使用的不是單個參考抗原，而是約3至5個無關的一組抗原，例如奶粉、BSA、轉鐵蛋白等。抗體有可能“特異性針對”2種或更多種細胞/組織和/或2個或更多物種的抗原，條件是例如所述抗體滿足所述細胞/組織和物種中每一種的結合標準。因此，抗體可以特異性結合各種細胞類型和/或組織(例如，紅細胞、從外周血液分離的淋巴細胞、脾或淋巴結)上的靶抗原CD38。另外，抗體還可以特異性針對一個物種的⑶38和另一物種的⑶38。[0074]“特異性結合”還可以指抗體區別靶抗原和作為參考點的一種或多種密切相關抗原的能力，例如區別CD38和CD157的能力。另外，“特異性結合”可以涉及抗體區別其靶抗原不同部分(例如CD38的不同結構域或區域，例如CD38的N端或C端區域中的表位)的能力， 或者區別CD38的氨基酸殘基的一個或多個關鍵氨基酸殘基或氨基酸殘基序列(stretch)。[0075]而且，如本文所使用的“免疫球蛋白”(Ig)在本文定義為屬于IgG、IgM、IgE、IgA 或IgD類(或其任何亞類)的蛋白質，并且包括所有常規已知的抗體和其功能性片段。抗體/免疫球蛋白的“功能性片段”在本文定義為保留了抗原結合區的抗體/免疫球蛋白的片段(例如，IgG的可變區)。抗體的“抗原結合區”通常位于抗體的一個或多個超變區，即 ⑶R-1、-2和/或-3區；但是，可變的“框架”區也能在抗原結合中起重要作用，例如為⑶R 提供支架。優選地，“抗原結合區”至少包含可變輕(VL)鏈的氨基酸殘基4至103以及可變重(VH)鏈的5至109，更優選VL的氨基酸殘基3至107以及VH的4至111，特別優選的是完整的VL和VH鏈(VL的氨基酸位置I至109和VH的I至113 ;根據W097/08320編號)。 用于本發明的優選的免疫球蛋白類別是IgG。本發明的“功能性片段”包括F(ab’)2片段、 Fab片段和scFv的結構域。F (ab' )2或Fab可以設計為最小化或完全除去發生在C01和Clj 結構域之間的分子間二硫化物相互作用。[0076]本發明使用的術語“親本結合劑”指未經歷優化過程的任何結合劑。優化過程在本說明書其他地方描述。[0077]本發明使用的術語“結合劑”可以與術語“免疫球蛋白”或“抗體”同義的方式使用。[0078]用于本發明的抗體可以衍生自基于氨基酸序列的重組抗體庫，所述氨基酸序列經電子設計并由合成產生的核酸編碼。例如，通過分析人類序列數據庫并使用從中獲得的數據設計多肽序列來實現抗體序列的電子設計。用于設計和獲得電子生成序列的方法描述于例如 Knappik 等,J.Mol.Biol.(2000) 296:57 ；Krebs 等,J.1mmunol.Methods.(2001)254:67 ;和授予Knappik等的美國專利6，300, 064號，其通過引用整體結合入本文。[0079]用于本發明的抗體[0080]整個該文件中，提到了下述用于本發明的代表性抗體:"抗體號〃或"LACS"或 〃M0R〃3076 或 03076，3078 或 03078, 3081 或 03081, 3085 或 03085, 3086 或 03086, 3087 或 03087，3088 或 03088, 3089 或 03089, 3101 或 03101，3102 或 03102，3127 或 03127，3128 或 03128，3129 或 03129，3130 或 03130，3131 或 03131，6183 或 06183，6184 或 06184，6185 或 06185，6186 或 06186，6187 或 06187，6188 或 06188，6189 或 06189，6190 或 06190，6192 或 06192，6195 或 06195，6197 或 06197，6200 或 06200，6201 或 06201, 6204 或 06204, 6`214 或 06214，6278 或 06278，6279 或 06279。LAC3076 表示具有對應于 SEQ ID NO:1 (DNA)/ SEQIDN0:16(蛋白質)的重鏈可變區和對應于SEQ ID NO:31 (DNA)/SEQ ID N0:46(蛋白質) 的輕鏈可變區的抗體。LAC3078代表具有對應于SEQ ID NO: 2 (DNA)/SEQ ID N0:17(蛋白質)的重鏈可變區和對應于SEQ ID NO: 32 (DNA)/SEQ ID N0:47(蛋白質)的輕鏈可變區的抗體。 LAC3081代表具有對應于SEQ ID NO: 3 (DNA)/SEQ ID N0:18(蛋白質)的重鏈可變區和對應于SEQ ID NO: 33 (DNA)/SEQ ID N0:48(蛋白質)的輕鏈可變區的抗體。LAC3085代表具有對應于SEQ ID NO: 4 (DNA)/SEQ ID NO: 19 (蛋白質)的重鏈可變區和對應于SEQ ID NO:34(DNA)/SEQ ID N0:49(蛋白質)的輕鏈可變區的抗體。LAC3086代表具有對應于SEQ ID NO: 5 (DNA)/SEQ ID N0:20(蛋白質)的重鏈可變區和對應于 SEQ ID NO: 35 (DNA)/SEQ ID N0:50(蛋白質)的輕鏈可變區的抗體。LAC3087代表具有對應于SEQ ID NO: 6 (DNA)/ SEQ ID N0:21(蛋白質)的重鏈可變區和對應于SEQ ID NO: 36 (DNA)/SEQ ID NO: 51 (蛋白質)的輕鏈可變區的抗體。LAC3088代表具有對應于SEQ ID NO: 7 (DNA)/SEQ ID NO: 22 (蛋白質)的重鏈可變區和對應于SEQ ID NO: 37 (DNA)/SEQ ID NO: 52 (蛋白質)的輕鏈可變區的抗體。LAC3089代表具有對應于SEQ ID NO:8 (DNA)/SEQ ID NO: 23 (蛋白質)的重鏈可變區和對應于SEQ ID NO: 38 (DNA)/SEQ ID NO: 53 (蛋白質)的輕鏈可變區的抗體。 LAC3101代表具有對應于SEQ ID NO:9 (DNA)/SEQ ID NO:24(蛋白質)的重鏈可變區和對應于SEQ ID NO: 39 (DNA)/SEQ ID NO: 54 (蛋白質)的輕鏈可變區的抗體。LAC3102代表具有對應于SEQ ID NO: 10 (DNA)/SEQ ID NO:25(蛋白質)的重鏈可變區和對應于SEQ ID NO: 40 (DNA)/SEQ ID NO:55(蛋白質)的輕鏈可變區的抗體。LAC3127代表具有對應于SEQ ID NO: 11 (DNA)/SEQ ID NO:26(蛋白質)的重鏈可變區和對應于 SEQ ID NO:41 (DNA)/SEQ ID NO:56(蛋白質)的輕鏈可變區的抗體。LAC3128代表具有對應于SEQ ID NO: 12 (DNA)/ SEQ ID NO:27(蛋白質)的重鏈可變區和對應于SEQ ID NO:42 (DNA)/SEQ ID NO: 57 (蛋白質)的輕鏈可變區的抗體。LAC3129代表具有對應于SEQ ID NO: 13 (DNA)/SEQ ID NO:28(蛋白質)的重鏈可變區和對應于SEQ ID NO: 43 (DNA)/SEQ ID NO:58(蛋白質)的輕鏈可變區的抗體。LAC3130代表具有對應于SEQ ID NO: 14 (DNA)/SEQ ID NO: 29 (蛋白質)的重鏈可變區和對應于SEQ ID NO:44(DNA)/SEQ ID NO:59(蛋白質)的輕鏈可變區的抗體。 LAC3131代表具有對應于SEQ ID NO: 15 (DNA)/SEQ ID N0:30(蛋白質)的重鏈可變區和對應于SEQ ID NO: 45 (DNA)/SEQ ID N0:60(蛋白質)的輕鏈可變區的抗體。進一步地，衍生自親本結合劑M0R03087和M0R03088的優化克隆包括:M0R06183代表具有對應于SEQ ID NO: 77 (DNA)/SEQ ID NO:92(蛋白質)的重鏈可變區的抗體。M0R06184代表具有對應于SEQ ID NO: 78 (DNA)/SEQ ID NO:93(蛋白質)的重鏈可變區的抗體。M0R06185代表具有對應于 SEQ ID NO:79 (DNA)/SEQ ID N0:94(蛋白質)的重鏈可變區的抗體。M0R06186代表具有對應于SEQ ID NO:80(DNA)/SEQ ID NO:95(蛋白質)的重鏈可變區的抗體。M0R06187代表具有對應于SEQ ID NO:81 (DNA)/SEQ ID NO:96(蛋白質)的重鏈可變區的抗體。M0R06188代表具有對應于SEQ ID NO: 82 (DNA)/SEQ ID NO:97 (蛋白質)的重鏈可變區的抗體。M0R06189代表具有對應于SEQ ID NO: 83 (DNA)/SEQ ID NO:98(蛋白質)的重鏈可變區的抗體。M0R06190代表具有對應于SEQ ID NO:84 (DNA) /SEQ ID NO:99 (蛋白質)的重鏈可變區的抗體。M0R06192 代表具有對應于SEQ ID NO: 85 (DNA)/SEQ ID N0:100(蛋白質)的重鏈可變區的抗體。 M0R06195代表具有對應于SEQ ID NO:86 (DNA)/SEQ ID NO: 101 (蛋白質)的重鏈可變區的抗體。M0R06197代表具有對應于SEQ ID NO: 87 (DNA)/SEQ ID NO: 102 (蛋白質)的重鏈可變區的抗體。M0R06200代表具有對應于SEQ ID NO: 88 (DNA)/SEQ ID NO: 103 (蛋白質)的重鏈可變區的抗體。M0R06201代表具有對應于SEQ ID NO:89 (DNA)/SEQ ID NO: 104 (蛋白質)的重鏈可變區的抗體。M0R06204代表具有對應于SEQ ID NO: 90 (DNA)/SEQ ID NO: 105 (蛋白質)的重鏈可變區的抗體。M0R06214代表具有對應于SEQ ID NO:91 (DNA)/SEQ ID N0:106(蛋白質)的重鏈可變區的抗體。M0R06278代表具有對應于SEQ ID NO: 107 (DNA)/SEQ ID NO: 109 (蛋白質)的輕鏈可變區的抗體。M0R06279代表具有對應于SEQ ID NO: 108 (DNA)/ SEQ ID NO: 110 (蛋白質)的輕鏈可變區的抗體。[0081]本發明的抗體特征在于Fab和/或IgG樣式，并包括優化結合劑和親本結合劑的輕鏈和重鏈的各種組合。圖10顯示了可用于本發明的幾種非限制性組合。[0082]一方面，本發明提供了使用具有抗原結合區的抗體的方法，所述抗原結合區能夠特異性結合CD38的一個或多個區域，或者對CD38的一個或多個區域具有高親和力，所述 CD38的氨基酸序列描述為SEQ ID NO: 71。據說，如果抗體的親和力測量值為至少IOOnM(Fab 片段的單價親和力)，則該抗體具有對抗原的“高親和力”。用于本發明的抗體或抗原結合區優選能以約小于600nM的親和力與CD38結合。優選地，用于本發明的抗體或抗原結合區能以約小于IOOnM的親和力與⑶38結合，更優選小于約60nM，更優選小于約30nM。更優選的是使用以小于約ΙΟηΜ、更優選小于約3nM的親和力與CD38結合的抗體。例如，用于本發明的抗體對⑶38的親和力可以是約10.0nM或2.4nM(Fab片段的單價親和力)。[0083]表1總結了代表性抗體的親和力，通過表面等離子體共振(Biacore)和 FACSScatchard 分析測定:[0084]表1:抗體親和力
【權利要求】
1.一種分離的抗體或其功能性片段，其包含:(i)SEQ ID NO:46, 47，48，49，50，51，52，5 3，54，55，56，57，58，59，60，109 或 110 中描述的可變輕鏈，或(ii)與 SEQ ID N0:46, 47, 48, 49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，109 或 110 中描述的可變輕鏈具有至少 60% 同一性的可變輕鏈。
2.一種誘導特異性殺傷表達CD38的腫瘤細胞的方法，其中所述特異性殺傷通過CD38 交聯而發生，所述方法包括在足量分離的人或人源化抗CD38抗體或其功能性片段存在下培養所述細胞的步驟，其中所述人或人源化抗⑶38抗體包含:(i)編碼SEQ ID NO:1, 2，3，4 ，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86，87，88，89，90 或 91 中描述的重鏈的核酸序列，或(?)與 SEQ ID NO:1, 2, 3,4, 5,6, 7,8,9, 10，11，12，13，14，15，7 7，78，79，80，81，82，83，84，85，86，87，88，89，90或91的互補鏈在高嚴緊條件下雜交的核酸序列，其中所述抗體或其功能性片段特異性針對CD38。
3.一種誘導特異性殺傷表達CD38的腫瘤細胞的方法，其中所述特異性殺傷通過CD38 交聯而發生，所述方法包括在足量分離的人或人源化抗CD38抗體或其功能性片段存在下培養所述細胞的步驟，其中所述人或人源化抗⑶38抗體包含:(i)編碼SEQ ID NO:31,32, 33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，107 或 108 中描述的輕鏈的核酸序列，或(ii) 與 SEQ ID NO:31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，107 或 108 的互補鏈在高嚴緊條件下雜交的核酸序列，其中所述抗體或其功能性片段特異性針對CD38。
4.一種誘導特異性殺傷表達CD38的腫瘤細胞的方法，其中所述特異性殺傷通過CD38 交聯而發生，所述方法包括在足量分離的人或人源化抗CD38抗體或其功能性片段存在下培養所述細胞的步驟，其中所述人或人源化抗CD38抗體或其功能性片段包含:(i) SEQ ID N 0:16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，92，93，94，95，96，97，98，99，100，10 I, 102，103，104，105 或 106 中描述的重鏈氨基酸序列，或(ii)與 SEQ ID NO: 16, 17，18，19， 20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，92，93，94，95，96，97，98，99，100，101，102，103，104， 105或106中描述的可變重鏈具有至少60%同一性的可變重鏈。
5.一種誘導特異性殺傷表達CD38的腫瘤細胞的方法，其中所述特異性殺傷通過CD38 交聯而發生，所述方法包括在足量分離的人或人源化抗CD38抗體或其功能性片段存在下培養所述細胞的步驟，其中所述人或人源化抗CD38抗體包含:(i)和/或SEQ ID NO:46, 47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，109 或 110 中描述的輕鏈氨基酸序列，或 (ii)與 SEQ ID NO:46, 47, 48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，109 或 110 中描述的可變輕鏈具有至少60%同一性的可變輕鏈。
6.一種通過CD38交聯檢測特異性殺傷表達CD38的腫瘤細胞的方法，所述方法包括如下步驟:(i)為需要其的患者施用有效量的人或人源化抗CD38抗體或其功能性片段，和(ii)檢測所述人或人源化抗CD38抗體或其功能性片段的特異性殺傷活性。
7.根據權利要求6所述的方法，其中所述腫瘤細胞是人、迷你豬或兔來源的。
8.—種檢測迷你豬來源的組織或細胞中CD38存在的方法，所述方法包括如下步驟:(i)使人或人源化抗CD38抗體或其功能性片段與所述CD38形成接觸，和(ii)檢測所述人或人源化抗CD38抗體或其功能性片段與所述CD38迷你豬細胞的特異性結合，其中所述抗體或其功能性片段還能特異性結合人來源的CD38。
9.一種檢測表達⑶38的紅細胞中⑶38的方法，該方法包括如下步驟:(i)使人或人源化抗CD38抗體或其功能性片段與所述表達CD38的紅細胞相接觸，和(ii)檢測所述人或人源化抗CD38抗體或其功能性片段與所述表達CD38的紅細胞的特異性結合，其中所述抗體或其功能性片段還能特異性結合來自除人類紅細胞以外的細胞或組織的人⑶38。
10.根據權利要求9所述的方法，其中所述抗體或其功能性片段還能特異性結合來自人類淋巴細胞的人CD38。
【文檔編號】C12N5/09GK103554259SQ201310494874
【公開日】2014年2月5日 申請日期:2006年10月12日 優先權日:2005年10月12日
【發明者】邁克爾·特薩, 尤特·加格爾 申請人:莫佛塞斯公司