用于治療、診斷和監控類風濕性關節炎的方法

專利名稱：用于治療、診斷和監控類風濕性關節炎的方法
技術領域：
本發明提供鑒定、診斷和預后類風濕性關節炎的方法，以及治療類風濕性關節炎的方法。還提供了用于鑒定有效類風濕性關節炎治療劑和預測對類風濕性關節炎治療劑的應答性的方法。
背景技術：
類風濕性關節炎(RA)是影響美國1. 3-2. 1百萬人的臨床上重要的慢性全身性自身免疫性炎性疾病(參見例如，Alamanosa禾ロ Drosos，Autoimmun. Rev.，4 130—136 Q005))。 RA是病因未知的自身免疫病癥。大多數RA患者遭受疾病的慢性過程，即使用目前可用的療法，所述疾病也可能導致進行性關節破壞、畸形、殘疾和甚至早期死亡。超過9百萬次醫生就診和超過250，000次住院治療/年起因于RA。RA的診斷一般依賴于患者的體征和癥狀的臨床和實驗室評估。一般地，RA疑似患者的實驗室評估可以包括測定在血清中稱為類風濕因子(RF)的特定抗體和針對環胍氨酸肽的抗體(抗CCP)的水平。(參見例如，Schellekens等人，Arthritis Rheum.， 43 :155-163(2000) ；DiFranco 等人，Rev. Rheum. Engl. Ed.，66 (5) :25 ト 255 (1999)； Rantapaa-Dahlqvist φ A, Arthritis Rheum. , 48 :2741-2749 (2003) ；Li φ 人， Bioinformatics22 (12) :1503-1507 (2006) ；Russell 等人，J. Rheumatol. ,33(7) 1240-1242(2006) ；Ota,Rinsho byori. Jap. J. Clin. Pathol. ,54(8)861-868(2006) ；Avouac 等人，Ann. Rheum. Dis. ,65(7) :845-851 (2006))。雖然這些抗體常在RA患者的血清中出現， 但并非所有RA患者具有它們。還可以使用稱為紅細胞沉降率(ESR)的一個另外血液檢驗。 升高的ESR指示炎癥過程的一般存在，盡管不一定是RA。進ー步的血液檢驗可以用于評估已與RA相關的其他因子例如C反應蛋白(CRP)的水平。此外，可以執行受累關節的射線影像學分析。總之，用于診斷RA的目前可用實驗室檢驗是不精確和不完善的。在某些情況下，如果患者滿足某些美國風濕病學會(American College of Rheumatology) (ACR)標準，那么做出RA的診斷。某些此類標準包括在最大限度改善前持續至少1小時的在關節中和周圍的晨僵；3個或更多個關節區域的關節炎至少3個關節區域已同時由醫生觀察到的具有軟組織腫脹或液體(并非単獨的骨生長過度)；該14個可能的關節區域(右和左)是近端指間(PIP)、掌指(MCP)、腕、肘、膝、踝和跖趾(MTP)關節；手關節的關節炎如上腫脹的至少ー個關節區域在腕、MCP或PIP關節中；對稱性關節炎在身體兩側上(PIP、MCP或MTP關節的雙側牽涉是可接受的，無需絕對對稱)的相同關節區域 (如在上文3個或更多個關節區域的關節炎中)的同時累及；類風濕結節由醫生觀察到的在骨隆起部或伸側面上方或在近關節區中的皮下結節；血清類風濕因子通過任何方法證實的異常量的血清類風濕因子，少于正常對照患者的5%的量是陽性的；射線影像學變化在后前位手和腕X射線上的類風濕性關節炎典型的射線影像學變化，這必須包括定位于累及關節或鄰近累及關節最顯著的侵蝕或明確的骨質脫鈣(單獨的骨關節炎變化不合格)。如果患者滿足至少4個上述標準，那么一般做出RA的診斷。許多公開的研究報道用于診斷和預后目的的可靠生物標記的嘗試鑒定。(參見例如，Rioja 等人，Arthritis and Rheum. 58 (8) :2257-2267(2008) ；Pyrpasopoulou等 A, Mol. Diagn. Ther. 14(1) :43-48(2010) ；W02004/0009479 ；W02007/0105133 ；W02007/038501 ；W02007/135568 ；W02008/104608 ；W02008/056198 ；W02008/132176 ；和W02008/1M423)。然而，未鑒定出臨床上驗證的診斷標記，例如生物學標記，使得臨床醫生或其他人能夠精確地定義類風濕性關節炎的病理生理學方面、臨床活性、對治療的應答、預后、或發展該疾病的危險。相應地，當RA患者尋求治療時，在尋找對于特定患者有效的一種或多種治療劑中會涉及相當多的試錯。為了找到最有效治療，這些試錯常常涉及相當大的危險且使患者不適。因此，需要更有效的方法用于確定哪些患者響應何種治療和用于將此確定結果并入RA患者的更有效治療方案內。因此，高度有利的是，存在另外的診斷方法，包括基于分子的診斷方法，可以用于客觀地鑒定患者中該疾病的存在和/或分類該疾病，定義類風濕性關節炎的病理生理學方面、臨床活性、對治療的應答(包括對各種RA治療劑治療的應答)、預后、和/或發展類風濕性關節炎的危險。此外，具有與疾病的各種臨床的和/或病理生理學的和/或其他的生物學指示物相關的基于分子的診斷標記，將是有利的。因此，存在鑒定與類風濕性關節炎以及其他自身免疫病癥相關的新分子生物標記的持續需要。此類相關性將極大地有利于鑒定患者中類風濕性關節炎的存在或確定發展該疾病的易感性。此類相關性還將有利于鑒定RA的病理生理學方面、臨床活性、對治療的應答或預后。此外，與此類相關性有關的統計學上和生物學上的顯著和可重現的信息可以在鑒定特定的患者亞集的努力中用作一個組成組分，所述亞集的患者預期將顯著獲益于特定治療劑的治療，例如其中治療劑是或已在臨床研究中被證實在此類特定RA患者亞群中具有治療益處。本文描述的本發明滿足上述需要且提供其他益處。本文引用的所有參考文獻，包括專利申請和出版物，為了任何目的整體引入作為參考。發明概述本發明的組合物和方法至少部分基于類風濕性關節炎(RA)的4個新型獨特分子表型(本文也稱為分子亞型)的定義。本文描述的這4個RA分子亞型的定義基于在這些亞型之間的差異性基因表達、和每個分子亞型與關節病理學的某些組織學指標以及某些生物學途徑的顯著相關性。術語“分子表型”和“分子亞型”在本文中可互換使用。相應地，在一個方面，提供了用于治療RA的特定分子亞型，本文描述為富淋巴樣(L)亞型，的治療靶。在特定實施方案中，L亞型治療靶選自表5中列出的基因之一或其組合。在特定實施方案中，L亞型治療靶選自表1中列出的基因之一或其組合。在特定實施方案中，L亞型治療靶選自表10中列出的基因之一或其組合。在特定實施方案中，L亞型治療靶選自由表5中列出的基因之一或其組合編碼的一個蛋白質或蛋白質組合。在特定實施方案中，L亞型治療靶選自由表1中列出的基因之一或其組合編碼的一個蛋白質之或蛋白質組合。在特定實施方案中，L亞型治療靶選自由表10中列出的基因之一或組合編碼的一個蛋白質或蛋白質組合。在特定實施方案中，RA的L亞型治療靶選自⑶20(與MS4A1同義)、CTLA4、CD3、CRTAM、IL2R3、IL2R γ、CD19、HLAII, CD79a、CD79b、FcRH5 (與 IRTA2 同義)、CD38、IL21R、IL12R0 1 和 IL12R0 2 中的一種或多種。在另一個方面，診斷RA的特定亞型，本文描述為L亞型，的方法包括測量表5中列出的基因之一或其組合的基因表達，或測量由表5中列出的基因之一或其組合表達的蛋白質的量。在特定實施方案中，表5中鑒定的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質是L亞型的生物標記。在特定實施方案中，診斷L亞型RA的方法包括測量表1中列出的基因之一或其組合的基因表達，或測量由表1中列出的基因之一或其組合表達的蛋白質的量。在特定實施方案中，表1中鑒定的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質是L亞型的生物標記。在特定實施方案中，診斷L亞型RA的方法包括測量表10中列出的基因之一或其組合的基因表達，或測量由表10中列出的基因之一或其組合表達的蛋白質的量。在特定實施方案中，表10中鑒定的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質是L亞型的生物標記。在特定實施方案中，診斷RA的L亞型的方法包括測量CXCL13、FcRH5 (與IRTA2 同義)、sFcRH5(與 sIRTA2 同義),LT β、ICAM3、IL18、PACAP、TNFRSF7、IgJ、IGM, IgG和XBPl中的一種或多種的基因表達或蛋白質表達。在特定實施方案中，診斷RA的L亞型的方法包括測量血清中CXCL13和/或sFcRH5和/或RF的蛋白質表達。在特定實施方案中，當CXCL13的血清水平大于116. 6pg/ml、或大于150pg/ml、或大于200pg/ml、或大于250pg/ml、或大于300pg/ml時，患者診斷患有L亞型RA。在特定實施方案中，當sFcRH5的血清水平大于126. 7ng/ml、或大于150ng/ml、或大于200ng/ml、或大于250ng/ml、或大于300ng/ml時，患者診斷患有L亞型RA。在特定實施方案中，當血清為RF陽性、且當與對照樣品比較sFcRH5的血清水平升高時，患者診斷患有L亞型RA。在特定此類實施方案中，sFcRH5的血清水平大于126. 7ng/ml、或大于150ng/ml、或大于200ng/ml、或大于250ng/ml、或大于300ng/ml。在特定實施方案中，當血清為RF陽性、且當與對照樣品比較sFcRH5和CXCL13的血清水平都升高時，患者診斷患有L亞型RA。在特定此類實施方案中，sFcRH5的血清水平大于126. 7ng/ml、或大于150ng/ml、或大于200ng/ml、或大于250ng/ml、或大于300ng/ml，并且CXCL13的血清水平大于116. 6pg/ml、或大于150pg/ml、或大于200pg/ml、或大于250pg/ml、或大于 300pg/ml。在另一個方面，提供了用于治療RA的特定分子亞型，本文描述為富髓樣(M)亞型，的治療靶。在特定實施方案中，M亞型治療靶選自表6中列出的基因之一或其組合。在特定實施方案中，M亞型治療靶選自表2中列出的基因之一或其組合。在特定實施方案中，M亞型治療靶選自表11中列出的基因之一或其組合。在特定實施方案中，M亞型治療靶選自由表6中列出的基因之一或其組合編碼的蛋白質之一或組合。在特定實施方案中，M亞型治療靶選自由表2中列出的基因之一或其組合編碼的蛋白質之一或組合。在特定實施方案中，M亞型治療靶選自由表11中列出的基因之一或其組合編碼的蛋白質之一或組合。在特定實施方案中，RA 的 M 亞型治療靶選自 CLEC5A、CLEC7A、ALCAM、IL1RAP、IRAK1、NRP2、TREMl和VEGF中的一種或多種。在另一個方面，診斷RA的特定亞型，本文描述為M亞型，的方法包括測量表6中列出的基因之一或其組合的基因表達，或測量由表6中列出的基因之一或其組合表達的蛋白質的量。在特定實施方案中，表6中鑒定的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質是M亞型的生物標記。在特定實施方案中，診斷M亞型RA的方法包括測量表2中列出的基因之一或其組合的基因表達，或測量由表2中列出的基因之一或其組合表達的蛋白質。在特定實施方案中，表2中鑒定的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質是M亞型的生物標記。在特定實施方案中，診斷M亞型RA的方法包括測量表11中列出的基因之一或其組合的基因表達，或測量由表11中列出的基因之一或其組合表達的蛋白質。在特定實施方案中，表11中鑒定的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質是M亞型的生物標記。在特定實施方案中，診斷RA的M亞型的方法包括測量ADAM8、CTSB, CXCL3、ICAMl、IL18BP、IL1B、IL8、MMP12、CCL2、VEGFA和S100A11中的一種或多種的基因表達或蛋白質表達。在另一個方面，提供了用于治療RA的特定分子亞型，本文描述為富成纖維細胞2型(F》亞型，的治療靶。在特定實施方案中，F2亞型治療靶選自表7中列出的基因之一或其組合。在特定實施方案中，F2亞型治療靶選自表3中列出的基因之一或其組合。在特定實施方案中，F2亞型治療靶選自表12中列出的基因之一或其組合。在特定實施方案中，F2亞型治療靶選自由表7中列出的基因之一或其組合編碼的蛋白質之一或組合。在特定實施方案中，F2亞型治療靶選自由表3中列出的基因之一或其組合編碼的蛋白質之一或組合。在特定實施方案中，F2亞型治療靶選自由表12中列出的基因之一或其組合編碼的蛋白質之一或組合。在特定實施方案中，RA的F2亞型治療靶選自IL17D、IL17RC、TIMP3和TNFRSF11B中的一種或多種。在另一個方面，診斷RA的特定亞型，本文描述為F2亞型，的方法包括測量表7中列出的基因之一或其組合的基因表達，或測量由表7中列出的基因之一或其組合表達的蛋白質。在特定實施方案中，表7中鑒定的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質是F2亞型的生物標記。在特定實施方案中，診斷F2亞型RA的方法包括測量表3中列出的基因之一或其組合的基因表達，或測量由表3中列出的基因之一或其組合表達的蛋白質。在特定實施方案中，表3中鑒定的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質是F2亞型的生物標記。在特定實施方案中，診斷F2亞型RA的方法包括測量表12中列出的基因之一或其組合的基因表達，或測量由表12中列出的基因之一或其組合表達的蛋白質。在特定實施方案中，表12中鑒定的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質是F2亞型的生物標記。在特定實施方案中，診斷RA的F2亞型的方法包括測量FGF10、FGF18、FGF2、LRP6、TGF3 2、WNTl 1、BMP6、BTC、CLU、CRLFl、TIMP3、FZDlO、FZD7、FZD8 和 IL17D 中的一種或多種的基因表達或蛋白質表達。在另一個方面，提供了用于治療RA的特定分子亞型，本文描述為富成纖維細胞1型(Fl)亞型，的治療靶。在特定實施方案中，Fl亞型治療靶選自表8中列出的基因之一或其組合。在特定實施方案中，Fl亞型治療靶選自表4中列出的基因之一或其組合。在特定實施方案中，Fl亞型治療靶選自表13中列出的基因之一或其組合。在特定實施方案中，Fl亞型治療靶選自由表8中列出的基因之一或其組合編碼的蛋白質之一或組合。在特定實施方案中，Fl亞型治療靶選自由表4中列出的基因之一或其組合編碼的蛋白質之一或組合。在特定實施方案中，Fl亞型治療靶選自由表13中列出的基因之一或其組合編碼的蛋白質之一或組合。在特定實施方案中，RA的Fl亞型治療靶選自⑶Hll、ITGAll和CLECl IA中的一種或多種。
在另一個方面，診斷RA的特定亞型，本文描述為Fl亞型，的方法包括測量表8中列出的基因之一或其組合的基因表達，或測量由表8中列出的基因之一或其組合表達的蛋白質。在特定實施方案中，表8中鑒定的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質是Fl亞型的生物標記。在特定實施方案中，診斷Fl亞型RA的方法包括測量表4中列出的基因之一或其組合的基因表達，或測量由表4中列出的基因之一或其組合表達的蛋白質。在特定實施方案中，表4中鑒定的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質是Fl亞型的生物標記。在特定實施方案中，診斷Fl亞型RA的方法包括測量表13中列出的基因之一或其組合的基因表達，或測量由表13中列出的基因之一或其組合表達的蛋白質。在特定實施方案中，表13中鑒定的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質是Fl亞型的生物標記。在特定實施方案中，診斷RA的Fl亞型的方法包括測量ITGAl 1、MMPll、MMP13、MMP16、MMP28、ADAM12、ADAM22、CTSK、CTHRC1、ENPEP、P0STN、ANGPT2、SFRP2、TIE1 和 VWF 中的一種或多種的基因表達或蛋白質表達。在一個方面，基因表達通過微陣列進行測量。在另一個方面，基因表達通過實時定量聚合酶鏈反應(qPCR)進行測量。在另一個方面，基因表達通過多重PCROmiltiplex-PCR)進行測量。根據另一個實施方案，基因表達通過觀察上述基因的蛋白質表達水平進行測量。根據另一個實施方案，當與健康對照比較時，如果目的基因的相對mRNA水平大于對照基因mRNA水平的2倍，那么目的基因的表達視為升高的。根據另一個實施方案，與健康對照基因表達水平比較，目的基因的相對mRNA水平為大于3倍、10倍、15倍、20倍、25倍或30倍。在一個方面，基因表達水平通過選自PCR法、微陣列法或免疫測定法的方法進行測量。在一個實施方案中，微陣列法包括使用具有一種或多種核酸分子或具有一種或多種多肽(例如肽或抗體)的微陣列芯片，其中所述核酸分子可以在嚴格條件下與編碼上述基因的核酸分子雜交，所述多肽可以與由上述基因編碼的一種或多種蛋白質結合。在一個實施方案中，PCR法是qPCR。在一個實施方案中，PCR法是多重PCR。根據一個實施方案，免疫測定法包括使抗體與患者樣品中由上述基因表達的蛋白質結合，并且測定來自患者樣品的蛋白質水平是否升高。在特定實施方案中，免疫測定法是酶聯免疫吸附測定(ELISA)。在特定實施方案中，通過ELISA測量CXCLl3、sFcRH5和/或RF的蛋白質表達。在一個方面，提供了鑒定受試者中的類風濕性關節炎亞型的方法，該方法包括測量得自受試者的生物樣品中與特定亞型相關的一種或多種基因的表達、或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質的表達。在一個方面，RA的亞型選自如本文描述的L亞型、M亞型、F2亞型和Fl亞型。在特定實施方案中，RA的亞型是L亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質選自表1或表5或表10中列出的基因之一或其組合。在特定實施方案中，RA的亞型是L亞型，并且該一種或多種基因選自表1或表5或表10中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達分別使用表1或表5或表10中列出的相應探針進行測量。在特定實施方案中，RA的亞型是L亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質選自CXCL13、FcRH5(與IRTA2同義)、sFcRH5 (與sIRTA2同義)、LT3、ICAM3、IL18、PACAP、TNFRSF7、IgJ、IGM、IgG 禾口 XBPl。在特定實施方案中，生物樣品是血清樣品，并且測量的蛋白質表達選自CXCL13和sFcRH5。在特定實施方案中，生物樣品是血清樣品，血清樣品為RF陽性，并且測量的蛋白質表達選自CXCL13和sFcRH5。在特定實施方案中，生物樣品是血清樣品，血清樣品為RF陽性，并且測量的蛋白質表達是CXCL13和sFcRH5。在特定實施方案中，當CXCL13的血清水平大于116. 6pg/ml、或大于150pg/ml、或大于200pg/ml、或大于250pg/ml、或大于300pg/ml時，RA的亞型鑒定為L亞型。在特定實施方案中，當FcRH5的血清水平大于126. 7ng/ml、或大于150ng/ml、或大于200ng/ml、或大于250ng/ml、或大于300ng/ml時，RA的亞型鑒定為L亞型。在特定實施方案中，RA的亞型是M亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質選自表2或表6或表11中列出的基因之一或其組合。在特定實施方案中，RA的亞型是M亞型，并且該一種或多種基因選自表2或表6或表11中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達分別使用表2或表6或表11中列出的相應探針進行測量。在特定實施方案中，RA的亞型是M亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質選自ADAM8、CTSB、CXCL3、ICAMl、IL18BP、IL1B、IL8、MMP12、CCL2、VEGFA 和 S100A11。在特定實施方案中，RA的亞型是F2亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質選自表3或表7或表12中列出的基因之一或其組合。在特定實施方案中，RA的亞型是F2亞型，并且該一種或多種基因選自表3或表7或表12中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達分別使用表3或表7或表12中列出的相應探針進行測量。在特定實施方案中，RA的亞型是F2亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質選自 FGF10、FGF18、FGF2、LRP6、TGF β 2、WNTll、ΒΜΡ6、BTC、CLU、CRLFl、ΤΙΜΡ3、FZD10、FZD7、FZD8和IL17D。在特定實施方案中，RA的亞型是Fl亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質選自表4或表8或表13中列出的基因之一或其組合。在特定實施方案中，RA的亞型是Fl亞型，并且該一種或多種基因選自表4或表8或表13中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達分別使用表4或表8或表13中列出的相應探針進行測量。在特定實施方案中，RA的亞型是Fl亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質選自ITGAl 1、MMPl 1、MMP13、MMP16、MMI^8、ADAM12、ADAM22、CTSK、CTHRCUENPEP,POSTN、ANGPT2、SFRP2、TIEl和 VWF。
在另一個方面，提供了用于預測RA受試者是否響應RA治療劑的方法，該方法包括測量得自受試者的生物樣品中與RA的分子亞型相關的基因標簽(signature)中的一種或多種基因的表達、或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質(蛋白質標簽)的表達。在一個方面，基因標簽或蛋白質標簽與選自如本文描述的L亞型、M亞型、F2亞型和Fl亞型的RA分子亞型相關。在特定實施方案中，基因標簽或蛋白質標簽與L亞型相關，并且一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質選自表1或表5或表10中列出的基因之一或其組合。在特定實施方案中，基因標簽與L亞型相關，并且該一種或多種基因選自表1或表5或表10中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達分別使用表1或表5或表10中列出的相應探針進行測量。在特定實施方案中，基因標簽或蛋白質標簽與L亞型相關，并且一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質選自CXCL13、FcRH5(與IRTA2 同義)、sFcRH5(與 sIRTA2 同義),LT β、ICAM3、IL18、PACAP、TNFRSF7、IgJ、IGM、IgG和XBP1。在特定實施方案中，蛋白質標簽與L亞型相關，并且由所述基因編碼的一種或多種蛋白質選自CXCL13、sFcRH5和RF。在特定實施方案中，生物樣品是血清樣品。在特定實施方案中，RA治療劑是B細胞拮抗劑。在特定實施方案中，B細胞拮抗劑選自CD22抗體、CD20抗體、BR3抗體和BR3-Fc免疫粘附素。在特定實施方案中，CD20抗體選自利妥昔單抗(rituximab)、替伊莫單抗(ibritumomab tiuxetan)、托西莫單抗(tositumomab)、1F5、2H7和A20。在某些實施方案中，提供了用于預測RA受試者是否響應利妥昔單抗的方法，其包括測量CXCL13、sFcRH5和/或RF的血清水平。在一個實施方案中，當CXCL13的血清水平大于116. 6pg/ml時，預測RA受試者響應利妥昔單抗。在一個實施方案中，當sFcRH5的血清水平大于126. 7ng/ml時，預測RA受試者響應利妥昔單抗。在一個實施方案中，當CXCL13的血清水平大于116. 6pg/ml且sFcRH5的血清水平大于126. 7ng/ml時，預測RA受試者響應利妥昔單抗。在一個實施方案中，當血清為RF陽性、并且CXCL13的血清水平大于116. 6pg/ml且sFcRH5的血清水平大于126. 7ng/ml時，預測RA受試者響應利妥昔單抗。在另一個方面，上述基因標簽或蛋白質標簽與M亞型相關，并且一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質選自表2或表6或表11中列出的基因之一或其組合。在特定實施方案中，基因標簽與M亞型相關，并且該一種或多種基因選自表2或表6或表11中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達分別使用表2或表6或表11中列出的相應探針進行測量。在特定實施方案中，基因標簽或蛋白質標簽與M亞型相關，并且一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質選自ADAM8、CTSB、CXCL3、ICAMl、IL18BP、IL1B、IL8、MMP12、CCL2、VEGFA 禾口 S100A11。在另外一個方面，上述基因標簽或蛋白質標簽與F2亞型相關，并且一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質選自表3或表7或表12中列出的基因之一或其組合。在特定實施方案中，基因標簽與F2亞型相關，并且該一種或多種基因選自表3或表7或表12中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達分別使用表3或表7或表12中列出的相應探針進行測量。在特定實施方案中，基因標簽或蛋白質標簽與F2亞型相關，并且一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質選自FGF10、FGF18、FGF2、LRP6、TGF β 2、WNT11、ΒΜΡ6、BTC、CLU、CRLFl、ΤΙΜΡ3、FZD10、FZD7、FZD8 和 IL17D。在另外一個方面，上述基因標簽或蛋白質標簽與Fl亞型相關，并且一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質選自表4或表8或表13中列出的基因之一或其組合。在特定實施方案中，基因標簽與Fl亞型相關，并且該一種或多種基因選自表4或表8或表13中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達分別使用表4或表8或表13中列出的相應探針進行測量。在特定實施方案中，基因標簽或蛋白質標簽與Fl亞型相關，并且一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質選自ITGA11、MMP11、MMP13、MMP16、MMP28、ADAMl2、ADAM22、CTSK、CTHRCl、ENPEP、POSTN、ANGPT2、SFRP2、！ Ε1和VffF0在特定實施方案中，RA治療劑靶向選自細胞因子/趨化因子、淋巴細胞、樹突細胞、巨噬細胞、成纖維細胞、成骨細胞和破骨細胞的生物學途徑。在特定實施方案中，RA治療劑選自TNF α抑制劑、B細胞拮抗劑、IL-17A/F結合劑、IL-6結合劑、共刺激抑制劑例如
途徑抑制劑、⑶4結合劑。在特定實施方案中，途徑抑制劑是CTLA4-Ig。在另外一個方面，提供了診斷或預后受試者中的RA的方法，該方法包括測量得自受試者的生物樣品中與特定亞型相關的一種或多種基因、或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質的表達。在一個方面，RA的亞型選自如本文描述的L亞型、M亞型、F2亞型和Fl亞型。在特定實施方案中，RA的亞型是L亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質選自表1或表5或表10中列出的基因之一或其組合。在特定實施方案中，RA的亞型是L亞型，并且該一種或多種基因選自表1或表5或表10中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達分別使用表1或表5或表10中列出的相應探針進行測量。在特定實施方案中，RA的亞型是L亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質選自CXCLl3, FcRH5(與IRTA2同義)、sFcRH5 (與sIRTA2同義)、LT β、ICAM3、IL18、PACAP, TNFRSF7、IgJ、IGM、IgG 和 XBPl。在特定實施方案中，該方法包括測量得自受試者的血清樣品中CXCL13、sFcRH5和/或RF的蛋白質表達。在特定實施方案中，當CXCL13的血清水平大于116. 6pg/ml、或大于150pg/ml、或大于200pg/ml、或大于250pg/ml、或大于300pg/ml時，患者診斷或預后為L亞型RA。在特定實施方案中，當FcRH5的血清水平大于126. 7ng/ml、或大于150ng/ml、或大于200ng/ml、或大于250ng/ml、或大于300ng/ml時，患者診斷或預后為L亞型RA。在特定實施方案中，生物樣品是血清樣品，血清樣品為RF陽性，并且測量的蛋白質表達選自CXCL13和sFcRH5之一。在特定實施方案中，生物樣品是血清樣品，血清樣品是RF陽性，并且測量的蛋白質表達是CXCL13和sFcRH5兩者。在特定實施方案中，RA的亞型是M亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質選自表2或表6或表11中列出的基因之一或其組合。在特定實施方案中，RA的亞型是M亞型，并且該一種或多種基因選自表2或表6或表11中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達分別使用表2或表6或表11中列出的相應探針進行測量。在特定實施方案中，RA的亞型是M亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質選自 ADAM8、CTSB、CXCL3、ICAMl、IL18BP、IL1B、IL8、MMP12、CCL2、VEGFA和S100A11。在特定實施方案中，RA的亞型是F2亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質選自表3或表7或表12中列出的基因之一或其組合。在特定實施方案中，RA的亞型是F2亞型，并且該一種或多種基因選自表3或表7或表12中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達分別使用表3或表7或表12中列出的相應探針進行測量。在特定實施方案中，RA的亞型是F2亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質選自reF10、FGF18、FGF2、LRP6、TGF@ 2、WNT11、BMP6、BTC、CLU、CRLF1、TIMP3、FZD10、FS)7、FZD8和IL17D。在特定實施方案中，RA的亞型是Fl亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質選自表4或表8或表13中列出的基因之一或其組合。在特定實施方案中，RA的亞型是Fl亞型，并且該一種或多種基因選自表4或表8或表13中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達分別使用表4或表8或表13中列出的相應探針進行測量。在特定實施方案中，RA的亞型是Fl亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質選自ITGA11、MMP11、MMP13、MMP16、MMP28、ADAMl2、ADAM22、CTSK、CTHRC1、ENPEP、POSTN、ANGPT2、SFRP2、！1IE1和VffF0 在再進一步的方面，提供了幫助診斷或預后受試者中的RA的方法，該方法包括測量得自受試者的生物樣品中與給定亞型相關的一種或多種基因、或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質的表達。在一個方面，RA的亞型選自如本文描述的L亞型、M亞型、F2亞型和Fl亞型。在特定實施方案中，RA的亞型是L亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質選自表1或表5或表10中列出的基因之一或其組合。在特定實施方案中，RA的亞型是L亞型，并且該一種或多種基因選自表1或表5或表10中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達分別使用表1或表5或表10中列出的相應探針進行測量。在特定實施方案中，基因標簽或蛋白質標簽與L亞型相關，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質選自CXCL13、FcRH5(與IRTA2同義)、sFcRH5 (與 sIRTA2 同義)、LT β、ICAM3、IL18、PACAP, TNFRSF7、IgJ、IGM、IgG 禾口 XBPl。在特定實施方案中，該方法包括測量得自受試者的血清樣品中CXCL13、sFcRH5和/或RF的蛋白質表達。在特定實施方案中，當CXCL13的血清水平大于116. 6pg/ml、或大于150pg/ml、或大于200pg/ml、或大于250pg/ml、或大于300pg/ml時，幫助L亞型RA的診斷或預后。在特定實施方案中，當FcRH5的血清水平大于126. 7ng/ml、或大于150ng/ml、或大于200ng/ml、或大于250ng/ml、或大于300ng/ml時，幫助L亞型RA的診斷或預后。在特定實施方案中，生物樣品是血清樣品，血清樣品是RF陽性，并且測量的蛋白質表達選自CXCL13和sFcRH5之一。在特定實施方案中，生物樣品是血清樣品，血清樣品是RF陽性，并且測量的蛋白質表達是CXCL13和sFcRH5兩者。在特定實施方案中，RA的亞型是M亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質選自表2或表6或表11中列出的基因之一或其組合。在特定實施方案中，RA的亞型是M亞型，并且該一種或多種基因選自表2或表6或表11中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達分別使用表2或表6或表11中列出的相應探針進行測量。在特定實施方案中，RA的亞型是M亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質選自ADAM8、CTSB、CXCL3、ICAMU IL18BP、IL1B、IL8、MMP12、CCL2、VEGFA和S100A11。在特定實施方案中，RA的亞型是F2亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質選自表3或表7或表12中列出的基因之一或其組合。在特定實施方案中，RA的亞型是F2亞型，并且該一種或多種基因選自表3或表7或表12中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達分別使用表3或表7或表12中列出的相應探針進行測量。在特定實施方案中，RA的亞型是F2亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質選自FGF10、FGF18、FGF2、LRP6、TGF3 2、WNT11、BMP6、BTC、CLU、CRLF1、TIMP3、FZD10、FZD7、FZD8 和 IL17D。在特定實施方案中，RA的亞型是Fl亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質選自表4或表8或表13中列出的基因之一或其組合。在特定實施方案中，RA的亞型是Fl亞型，并且該一種或多種基因選自表4或表8或表13中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達分別使用表4或表8或表13中列出的相應探針進行測量。在特定實施方案中，RA的亞型是Fl亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質選自 ITGA11、MMP11、MMP13、MMP16、MMI^8、ADAMl2、ADAM22、CTSK、CTHRC1、ENPEP、POSTN、ANGPT2、SFRP2、TIEl和 VWF。 在一個方面，治療受試者中的RA的方法，在所述受試者中已檢測到與RA的分子亞型相關的基因標簽或蛋白質標簽。在一個方面，基因標簽或蛋白質標簽與選自如本文描述的L亞型、M亞型、F2亞型和Fl亞型的RA分子亞型相關。在特定實施方案中，基因標簽與L亞型相關，并且基因標簽包含表1或表5或表10中列出的基因之一或其組合。在特定實施方案中，基因標簽與L亞型相關，并且該一種或多種基因選自表1或表5或表10中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達分別使用表1或表5或表10中列出的相應探針進行測量。在特定實施方案中，基因標簽與L亞型相關，并且基因標簽包括選自 CXCL13、FcRH5 (與 IRTA2 同義)、sFcRH5 (與 sIRTA2 同義)、LT β、ICAM3、IL18、PACAP,TNFRSF7、IgJ、IGM、IgG和XBPl的基因之一或其組合。在特定實施方案中，蛋白質標簽與L亞型相關，并且蛋白質標簽包括選自CXCL13、sFcRH5(與SIRTA2同義)、LT β、ICAM3、IL18、PACAP, TNFRSF7、IgJ、IGM、IgG和XBPl的蛋白質之一或組合。在特定實施方案中，蛋白質標簽包含CXCL13、sFcRH5和/或RF。在特定實施方案中，基因標簽與M亞型相關，并且基因標簽或蛋白質標簽包含表2或表6或表11中列出的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質。在特定實施方案中，基因標簽與M亞型相關，并且該一種或多種基因選自表2或表6或表11中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達分別使用表2或表6或表11中列出的相應探針進行測量。在特定實施方案中，基因標簽或蛋白質標簽與M亞型相關，并且基因標簽或蛋白質標簽包含選自ADAM8、CTSB、CXCL3、ICAMl、IL18BP、IL1B、IL8、MMP12、CCL2、VEGFA和S100A11的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質。在特定實施方案中，基因標簽或蛋白質標簽與F2亞型相關，并且基因標簽或蛋白質標簽包含表3或表7或表12中列出的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質。在特定實施方案中，基因標簽與F2亞型相關，并且該一種或多種基因選自表3或表7或表12中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達分別使用表3或表7或表12中列出的相應探針進行測量。在特定實施方案中，基因標簽或蛋白質標簽與F2亞型相關，并且基因標簽或蛋白質標簽包含選自 reF10、FGF18、FGF2、LRP6、TGF@ 2、WNT11、BMP6、BTC、CLU、CRLF1、TIMP3、FZD10、FZD7、FZD8和IL17D的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質。在特定實施方案中，基因標簽或蛋白質標簽與Fl亞型相關，并且基因標簽或蛋白質標簽包含表4或表8或表13中列出的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質。在特定實施方案中，基因標簽與Fl亞型相關，并且該一種或多種基因選自表4或表8或表13中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達分別使用表4或表8或表13中列出的相應探針進行測量。在特定實施方案中，基因標簽或蛋白質標簽與Fl亞型相關，并且基因標簽或蛋白質標簽包含選自 ITGAl 1、MMPl 1、MMP13、MMP16、MMI^8、ADAM12、ADAM22、CTSK、CTHRCl、ENPEP, POSTN、ANGPT2、SFRP2、TIEl和VWF的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質。 在另一個方面，提供了治療具有RA的分子亞型的受試者的方法，該方法包括給受試者施用有效治療受試者中的亞型的治療劑，在所述受試者中已檢測到與RA的該分子亞型相關的基因標簽或蛋白質標簽。在一個方面，基因標簽或蛋白質標簽與選自如本文描述的L亞型、M亞型、F2亞型和Fl亞型的RA分子亞型相關。在特定實施方案中，基因標簽與L亞型相關，并且基因標簽包含表1或表5或表10中列出的基因之一或其組合。在特定實施方案中，基因標簽與L亞型相關，并且該一種或多種基因選自表1或表5或表10中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達分別使用表1或表5或表10中列出的相應探針進行測量。在特定實施方案中，基因標簽與L亞型相關，并且基因標簽包含選自 CXCLl3, FcRH5 (與 IRTA2 同義)、sFcRH5 (與 sIRTA2 同義)、LT β、ICAM3、IL18、PACAP,TNFRSF7、IgJ、IGM、IgG和XBPl的基因之一或其組合。在特定實施方案中，蛋白質標簽與L亞型相關，并且蛋白質標簽包含選自CXCL13、sFcRH5(與SIRTA2同義)、LT β、ICAM3、IL18、PACAP, TNFRSF7、IgJ、IGM、IgG和XBPl的蛋白質之一或組合。在特定實施方案中，蛋白質標簽包含CXCL13、sFcRH5和/或RF。在特定實施方案中，基因標簽或蛋白質標簽與M亞型相關，并且基因標簽或蛋白質標簽包含表2或表6或表11中列出的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質。在特定實施方案中，基因標簽與M亞型相關，并且該一種或多種基因選自表2或表6或表11中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達分別使用表2或表6或表11中列出的相應探針進行測量。在特定實施方案中，基因標簽或蛋白質標簽與M亞型相關，并且基因標簽或蛋白質標簽包含選自ADAM8、CTSB, CXCL3、ICAMl、IL18BP、IL1B、IL8、MMP12、CCL2、VEGFA和S100A11的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質。在特定實施方案中，基因標簽或蛋白質標簽與F2亞型相關，并且基因標簽或蛋白質標簽包含表3或表7或表12中列出的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質。在特定實施方案中，基因標簽與F2亞型相關，并且該一種或多種基因選自表3或表7或表12中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達分別使用表3或表7或表12中列出的相應探針進行測量。在特定實施方案中，基因標簽或蛋白質標簽與F2亞型相關，并且基因標簽或蛋白質標簽包含選自FGF10、FGF18、FGF2、LRP6、TGF β 2、WNT11、BMP6、BTC、CLU、CRLFU ΤΙΜΡ3、FZD10、FZD7、FZD8和IL17D的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質。在特定實施方案中，基因標簽與Fl亞型相關，并且基因標簽或蛋白質標簽包含表4或表8或表13中列出的基因之一或其組合。在特定實施方案中，基因標簽與Fl亞型相關，并且該一種或多種基因選自表4或表8或表13中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達分別使用表4或表8或表13中列出的相應探針進行測量。在特定實施方案中，基因標簽或蛋白質標簽與Fl亞型相關，并且基因標簽或蛋白質標簽包含選自ITGA11、MMP11、MMP13、MMP16、ΜΜΡ28、ADAMl2、ADAM22、CTSK、CTHRC1、ENPEP、POSTN、ANGPT2、SFRP2、TIEl和VWF的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質。 在另一個方面，提供了包括制造RA治療劑的方法，其包括將治療劑連同給受試者施用治療劑的說明書包裝在一起，所述受試者患有或被認為患有RA，并且在所述受試者中已檢測到與RA的分子亞型相關的基因標簽或蛋白質標簽。在一個方面，基因標簽或蛋白質標簽與選自如本文描述的L亞型、M亞型、F2亞型和Fl亞型的RA分子亞型相關。在特定實施方案中，基因標簽與L亞型相關，并且基因標簽包含表1或表5或表10中列出的基因之一或其組合。在特定實施方案中，基因標簽與L亞型相關，并且該一種或多種基因選自表1或表5或表10中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達分別使用表1或表5或表10中列出的相應探針進行測量。在特定實施方案中，基因標簽與L亞型相關，并且基因標簽包含選自CXCL13、FcRH5 (與IRTA2同義)、sFcRH5 (與sIRTA2同義)、LT β、ICAM3、IL18、PACAP、TNFRSF7、IgJ、IGM、IgG和XBPl的基因之一或其組合。在特定實施方案中，蛋白質標簽與L亞型相關，并且蛋白質標簽包含選自CXCL13、sFcRH5 (與sIRTA2同義)、LT3、ICAM3、IL18、PACAP、TNFRSF7、IgJ、IGM、IgG*XBPl 的蛋白質之一或組合。在特定實施方案中，蛋白質標簽包含CXCL13、sFcRH5和/或RF。在特定實施方案中，基因標簽或蛋白質標簽與M亞型相關，并且基因標簽或蛋白質標簽包含表2或表6或表11中列出的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質。在特定實施方案中，基因標簽與M亞型相關，并且該一種或多種基因選自表2或表6或表11中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達分別使用表2或表6或表11中列出的相應探針進行測量。在特定實施方案中，基因標簽或蛋白質標簽與M亞型相關，并且基因標簽或蛋白質標簽包含選自ADAM8、CTSB、CXCL3、ICAM1、IL18BP、IL1B、IL8、MMP12、CCL2、VEGFA 和 S100A11 的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質。在特定實施方案中，基因標簽或蛋白質標簽與F2亞型相關，并且基因標簽或蛋白質標簽包含表3或表7或表12中列出的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質。在特定實施方案中，基因標簽與F2亞型相關，并且該一種或多種基因選自表3或表7或表12中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達分別使用表3或表7或表12中列出的相應探針進行測量。在特定實施方案中，基因標簽或蛋白質標簽與F2亞型相關，并且基因標簽或蛋白質標簽包含選自FGF10、FGF18、FGF2、LRP6、TGFβ 2、WNTl 1、BMP6、BTC、CLU、CRLFl、TIMP3、FZDlO、FZD7、FZD8 禾Π IL17D 的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質。在特定實施方案中，基因標簽或蛋白質標簽與Fl亞型相關，并且基因標簽或蛋白質標簽包含表4或表8或表13中列出的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質。在特定實施方案中，基因標簽與Fl亞型相關，并且該一種或多種基因選自表4或表8或表13中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達分別使用表4或表8或表13中列出的相應探針進行測量。在特定實施方案中，基因標簽或蛋白質標簽與Fl亞型相關，并且基因標簽或蛋白質標簽包含選自ITGAl 1、ΜΜΡ11、ΜΜΡ13、ΜΜΡ16、ΜΜΡ28、ADAM12、ADAM22、CTSK、CTHRCU ENPEP, POSTN、ANGPT2、SFRP2、TIEl 和 VWF 的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質。 在另一個方面，提供了用于選擇進行RA治療劑治療的RA患者的方法，該方法包括檢測與RA的分子亞型相關的基因標簽或蛋白質標簽的存在。在特定實施方案中，基因標簽與L亞型相關，并且基因標簽包含表1或表5或表10中列出的基因之一或其組合。在特定實施方案中，基因標簽與L亞型相關，并且該一種或多種基因選自表1或表5或表10中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達分別使用表1或表5或表10中列出的相應探針進行測量。在特定實施方案中，基因標簽與L亞型相關，并且基因標簽包含選自 CXCLl3, FcRH5 (與 IRTA2 同義)、sFcRH5 (與 sIRTA2 同義)、LT β、ICAM3、IL18、PACAP,TNFRSF7、IgJ、IGM、IgG和XBPl的基因之一或其組合。在特定實施方案中，蛋白質標簽與L亞型相關，并且蛋白質標簽包含選自CXCL13、sFcRH5(與SIRTA2同義)、LT β、ICAM3、IL18、PACAP, TNFRSF7、IgJ、IGM、IgG和XBPl的蛋白質之一或組合。在特定實施方案中，蛋白質標簽包含CXCL13、sFcRH5和/或RF。在特定實施方案中，基因標簽或蛋白質標簽與M亞型相關，并且基因標簽或蛋白質標簽包含表2或表6或表11中列出的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質。在特定實施方案中，基因標簽與M亞型相關，并且該一種或多種基因選自表2或表6或表11中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達分別使用表2或表6或表11中列出的相應探針進行測量。在特定實施方案中，基因標簽或蛋白質標簽與M亞型相關，并且基因標簽或蛋白質標簽包含選自ADAM8、CTSB、CXCL3、ICAMl、IL18BP、IL1B、IL8、MMP12、CCL2、VEGFA和S100A11的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質。在特定實施方案中，基因標簽或蛋白質標簽與F2亞型相關，并且基因標簽或蛋白質標簽包含表3或表7或表12中列出的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質。在特定實施方案中，基因標簽與F2亞型相關，并且該一種或多種基因選自表3或表7或表12中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達分別使用表3或表7或表12中列出的相應探針進行測量。在特定實施方案中，基因標簽或蛋白質標簽與F2亞型相關，并且基因標簽或蛋白質標簽包含選自FGF10、FGF18、FGF2、LRP6、TGF3 2、WNT11、BMP6、BTC、CLU、CRLFl、TIMP3、FZD10、FZD7、FZD8和IL17D的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質。在特定實施方案中，基因標簽或蛋白質標簽與Fl亞型相關，并且基因標簽或蛋白質標簽包含表4或表8或表13中列出的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質。在特定實施方案中，基因標簽與Fl亞型相關，并且該一種或多種基因選自表4或表8或表13中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達分別使用表4或表8或表13中列出的相應探針進行測量。在特定實施方案中，基因標簽或蛋白質標簽與Fl亞型相關，并且基因標簽或蛋白質標簽包含選自ITGA11、MMP11、MMP13、MMP16、MMI^8、ADAMl2、ADAM22、CTSK、CTHRCU ENPEP, POSTN、ANGPT2、SFRP2、TIEl 和 VWF 的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質。在另一個方面，提供了評估受試者中或得自受試者的樣品中的RA階段的方法，該方法包括檢測得自受試者的生物樣品中與RA的分子亞型相關的基因標簽或蛋白質標簽的存在。在特定實施方案中，基因標簽或蛋白質標簽與L亞型相關，并且基因標簽包含表1或表5中列出的基因之一或其組合。在特定實施方案中，基因標簽與L亞型相關，并且該一種或多種基因選自表1或表5或表10中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達分別使用表1或表5或表10中列出的相應探針進行測量。在特定實施方案中，基因標簽與L亞型相關，并且基因標簽包含選自CXCL13、FcRH5 (與IRTA2同義)、sFcRH5 (與sIRTA2同義)丄1^、扣六10、11^18、卩六0六卩、了咿1 卩7、18了、1611、186和父8卩1的基因之一或其組合。在特定實施方案中，蛋白質標簽與L亞型相關，并且蛋白質標簽包含選自CXCL13、sFcRH5(與sIRTA2 同義)、LT β、ICAM3、IL18、PACAP, TNFRSF7、IgJ、IGM、IgG 和 XBPl 的蛋白質之一或組合。在特定實施方案中，蛋白質標簽包含CXCL13、sFcRH5和/或RF。在特定實施方案中，基因標簽或蛋白質標簽與M亞型相關，并且基因標簽或蛋白質標簽包含表2或表6或表11中列出的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質。在特定實施方案中，基因標簽與M亞型相關，并且該一種或多種基因選自表2或表6或表11中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達分別使用表2或表6或表11中列出的相應探針進行測量。在特定實施方案中，基因標簽或蛋白質標簽與M亞型相關，并且基因標簽或蛋白質標簽包含選自 ADAM8、CTSB、CXCL3、ICAMl、IL18BP、IL1B、IL8、MMP12、CCL2、VEGFA 和 SlOOAl 1 的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質。在特定實施方案中，基因標簽或蛋白質標簽與F2亞型相關，并且基因標簽或蛋白質標簽包含表3或表7或表12中列出的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質。在特定實施方案中，基因標簽與F2亞型相關，并且該一種或多種基因選自表3或表7或表12中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達分別使用表3或表7或表12中列出的相應探針進行測量。在特定實施方案中，基因標簽或蛋白質標簽與F2亞型相關，并且基因標簽或蛋白質標簽包含選自FGF10、FGF18、FGF2、LRP6、TGF β 2、WNT11、ΒΜΡ6、BTC、CLU、CRLFl、TIMP3、FZD10、FZD7、FZD8 和 ILl7D 的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質。在特定實施方案中，基因標簽或蛋白質標簽與Fl亞型相關，并且基因標簽或蛋白質標簽包含表4或表8或表13中列出的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質。在特定實施方案中，基因標簽與Fl亞型相關，并且該一種或多種基因選自表4或表8或表13中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達分別使用表4或表8或表13中列出的相應探針進行測量。在特定實施方案中，基因標簽或蛋白質標簽與Fl亞型相關，并且基因標簽或蛋白質標簽包含選自ITGAl 1、MMP11、MMP13、MMP16、MMP28、ADAM12、ADAM22、CTSK、CTHRC1、ENPEP、P0STN、ANGPT2、SFRP2、TIE1和 VWF 的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質。在另外一個方面，提供了用于診斷患者中RA的分子亞型的試劑盒，其包含檢測生物樣品中與分子亞型相關的基因標簽。在特定實施方案中，提供了用于診斷L亞型的試劑盒，包含(1)與選自 CXCL13、FcRH5(與 IRTA2 同義)、sFcRH5 (與 sIRTA2 同義)、LT3、ICAM3、IL18、PACAP、TNFRSF7、IgJ、IGM、IgG和XBPl的基因雜交的一種或多種核酸分子；和(2)用于測量RA患者樣品中的該基因的表達水平的說明書，其中所述基因中的任何一種、組合或所有的升高表達水平指示L亞型。在特定實施方案中，提供了用于診斷M亞型的試劑盒，包含(1)與選自 ADAM8、CTSB、CXCL3、ICAMl、IL18BP、IL1B、IL8、MMP12、CCL2、VEGFA和S100A11的基因雜交的一種或多種核酸分子；和(2)用于測量RA患者樣品中該基因的表達水平的說明書，其中所述基因中的任何一種、組合或所有基因的升高表達水平指示M亞型。在特定實施方案中，提供了用于診斷F2亞型的試劑盒，包含(1)與選自FGF10、FGF18、FGF2、LRP6、TGF3 2、WNT11、BMP6、BTC、CLU、CRLF1、TIMP3、FZD10、FZD7、FZD8 和 IL17D 的基因雜交的一種或多種核酸分子；和(2)用于測量RA患者樣品中的基因表達水平的說明書，其中所述基因中的任何一種、組合或所有基因的升高表達水平指示F2亞型。在特定實施方案中，提供了用于診斷Fl亞型的試劑盒，包含(1)與選自ITGAl 1、MMPl 1、MMP13、MMP16、MMP28、ADAM12、ADAM22、CTSK、CTHRC1、ENPEP、P0STN、ANGPT2、SFRP2、TIE1 和 VWF 的基因雜交的一種或多種核酸分子；和( 用于測量RA患者樣品中該基因的表達水平的說明書，其中所述基因中的任何一種、組合或所有基因的升高表達水平指示Fl亞型。在特定實施方案中，基因表達水平通過測定mRNA水平進行測量。在特定實施方案中，測定包含PCR法和/或微陣列芯片的使用。在一個實施方案中，PCR法是qPCR。在一個實施方案中，PCR法是多重PCR。在特定實施方案中，試劑盒包含選自核酸酶、連接酶和聚合酶的至少一種酶。
在再一方面，提供了用于診斷患者中RA的分子亞型的試劑盒，其包含檢測來自患者的生物樣品中與分子亞型相關的一種或多種蛋白質的表達。在特定實施方案中，提供了用于診斷L亞型的試劑盒，包含(1) 一種或多種蛋白質分子，例如包括但不限于，與選自CXCLl3, sFcRH5(與 sIRTA2 同義)、LT β、ICAM3、IL18、PACAP, TNFRSF7、IgJ、IGM、IgG 禾口XBPl的蛋白質結合的抗體；和(2)用于測量來自RA患者樣品的該蛋白質表達水平的說明書，其中所述蛋白質中的任何一種、組合或所有蛋白質的升高表達水平指示L亞型。在特定實施方案中，檢測的蛋白質選自CXCL13、sFcRH5、RF及其組合。在特定實施方案中，提供了用于診斷M亞型的試劑盒，包含(1) 一種或多種蛋白質分子，其與選自ADAM8、CTSB、CXCL3、ICAMU IL18BP、IL1B、IL8、MMP12、CCL2、VEGFA 禾口 S100A11 的蛋白質結合；禾口 (2)用于測量來自RA患者樣品的該蛋白質表達水平的說明書，其中所述蛋白質中的任何一種、組合或所有蛋白質的升高表達水平指示M亞型。在特定實施方案中，提供了用于診斷F2亞型的試劑盒，包含(1) 一種或多種蛋白質分子，其與選自FGF10、FGF18、FGF2、LRP6、TGF3 2、WNT11、BMP6、BTC、CLU、CRLFU TIMP3、FZD10、FZD7、FZD8 禾口 IL17D 的蛋白質結合；禾口 (2)用于測量來自RA患者樣品的該蛋白質表達水平的說明書，其中所述蛋白質中的任何一種、組合或所有蛋白質的升高表達水平指示F2亞型。在特定實施方案中，提供了用于診斷Fl亞型的試劑盒，包含(1) 一種或多種蛋白質分子，其與選自ITGAl 1、MMPll、MMP13、MMP16、MMP28、ADAMl2, ADAM22、CTSK、CTHRCl、ENPEP, POSTN、ANGPT2、SFRP2、TIEl 和 VWF 的蛋白質結合；和(2)用于測量來自RA患者樣品的該蛋白質表達水平的說明書，其中所述蛋白質中的任何一種、組合或所有蛋白質的升高表達水平指示Fl亞型。在特定實施方案中，蛋白質分子是抗體、肽或肽體(peptibody)。在進一步的實施方案中，試劑盒包含用于檢測該蛋白質分子(一種或多種)的微陣列芯片。
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在一個方面，提供了治療患者中的類風濕性關節炎的方法，其包括給患者施用有效量的RA治療劑，以治療類風濕性關節炎，條件是來自患者的血清樣品含有大于116. 6pg/ml的CXCL13量、或大于126. 7ng/ml的sFcRH5量、或其組合。在一個進一步的實施方案中，血清樣品是RF陽性。在特定實施方案中，RA治療劑是B細胞拮抗劑。在特定實施方案中，B細胞拮抗劑選自針對CD22的抗體、針對CD20的抗體、針對BR3的抗體和BR3_Fc免疫粘附素。在特定實施方案中，B細胞拮抗劑是針對CD20的抗體，并且針對CD20的抗體選自利妥昔單抗、替伊莫單抗、托西莫單抗、1F5、2H7和A20。在另一個方面，提供了治療患者中的類風濕性關節炎的方法，其包括給患者施用有效量的B細胞拮抗劑，其中在施用前，來自患者的血清樣品已經被測定為含有大于116. 6pg/ml 的 CXCL13 量、或大于 126. 7ng/ml 的 sFcRH5 量或其組合，其中該 CXCL13、sFcRH5或其組合的量指示患者將響應用拮抗劑的治療。在一個進一步的實施方案中，血清樣品是RF陽性。在特定實施方案中，RA治療劑是B細胞拮抗劑。在特定實施方案中，B細胞拮抗劑選自針對CD22的抗體、針對CD20的抗體、針對BR3的抗體和BR3_Fc免疫粘附素。在特定實施方案中，B細胞拮抗劑是針對CD20的抗體，并且針對CD20的抗體選自利妥昔單抗、替伊莫單抗、托西莫單抗、1F5、2H7和A20。在另外一個方面，提供了治療患者中的類風濕性關節炎的方法，其包括給患者施用有效量的B細胞拮抗劑，其中在施用前，來自患者的血清樣品已經被測定為含有大于116. 6pg/ml 的 CXCL13 量、或大于 126. 7ng/ml 的 sFcRH5 量或其組合，其中該 CXCL13、sFcRH5或其組合的量指示患者可能有利地響應用拮抗劑的治療。在一個進一步的實施方案中，血清樣品是RF陽性。在特定實施方案中，RA治療劑是B細胞拮抗劑。在特定實施方案中，B細胞拮抗劑選自針對CD22的抗體、針對CD20的抗體、針對BR3的抗體和BR3_Fc免疫粘附素。在特定實施方案中，B細胞拮抗劑是針對CD20的抗體，并且針對CD20的抗體選自利妥昔單抗、替伊莫單抗、托西莫單抗、1F5、2H7和A20。在另外一個方面，提供了用于宣傳B細胞拮抗劑或其藥學可接受的組合物的方法，其包括向靶受眾宣傳該拮抗劑或其藥物組合物在治療如下類風濕性關節炎患者或患者群體中的用途，其中從所述患者已獲得顯示大于116. 6pg/ml的CXCL13量、或大于126. 7ng/ml的sFcRH5量或這些量的組合的血清樣品。在一個進一步的實施方案中，血清樣品是RF陽性。在一個方面，提供了產品，其包含包裝在一起的包含B細胞拮抗劑和藥學可接受的載體的藥物組合物和標簽，所述標簽陳述該拮抗劑或藥物組合物適用于治療如下類風濕性關節炎患者，其中從所述患者已獲得顯示大于116. 6pg/ml的CXCL13量、或大于126. 7ng/ml的sFcRH5量或這些量的組合的血清樣品。在一個進一步的實施方案中，血清樣品是RF陽性。在另一個方面，提供了用于制造B細胞拮抗劑或其藥物組合物的方法，其包括在包裝中組合拮抗劑或藥物組合物和標簽，所述標簽陳述該拮抗劑或藥物組合物適用于治療如下類風濕性關節炎患者，其中從所述患者已獲得顯示大于116. 6pg/ml的CXCL13量、或大于126. 7ng/ml的sFcRH5量或這些量的組合的血清樣品。在一個進一步的實施方案中，血清樣品是RF陽性。在另外一個方面，提供了為類風濕性關節炎患者提供治療選項的方法，其包括將在小瓶中的B細胞拮抗劑連同含有治療類風濕性關節炎患者的說明書的包裝說明書包裝在一起，其中從所述患者中已獲得了含有大于116. 6pg/ml的CXCL13量、或大于126. 7ng/ml的sFcRH5量或這些量的組合的樣品。在一個進一步的實施方案中，血清樣品是RF陽性。在另外一個方面，提供了規定B細胞拮抗劑用于在類風濕性關節炎患者亞群中使用的方法，該方法包括提供有關給患者亞群施用B細胞拮抗劑的教導，其中所述患者亞群的特征在于在來自所述亞群的血清樣品中大于116. 6pg/ml的CXCL13量、或大于126. 7ng/ml的sFcRH5量或這些量的組合。在一個進一步的實施方案中，血清樣品是RF陽性。在一個方面，提供了用于銷售在類風濕性關節炎患者亞群中使用的B細胞拮抗劑的方法，該方法包括向靶受眾提供有關該拮抗劑在治療如下患者亞群中的用途的信息，所述患者亞群的特征在于在來自此亞群的患者的血清樣品中大于116. 6pg/ml的CXCL13量、或大于126. 7ng/ml的sFcRH5量或這些量的組合。在一個進一步的實施方案中，來自此亞群的患者的血清樣品是RF陽性。在另一個實施方案中，提供了選擇用于類風濕性關節炎患者或患者亞群的治療的方法，其包括(a)測定在來自患者的血清樣品中CXCL13或sFcRH5的量或兩者的量；(b)測定血清樣品是RF陽性還是RF陰性；和(c)如果患者的樣品是RF陽性，且在樣品中具有大于116. 6pg/ml的CXCL13量、或大于126. 7ng/ml的sFcRH5量或這些量的組合，那么選擇B細胞拮抗劑作為治療。附圖簡述

圖1顯示，在如實施例1中所述微陣列分析來自RA患者的滑膜組織后，描述樣品聚類和分枝支持值的樹狀圖。圖2顯示，如實施例1中所述，揭示RA的4個分子表型(亞型)的熱圖(heatmap)和自展樹狀圖(bootstrapped dendrogram)(垂直線)。Fl =富成纖維細胞1型亞型；F2 =富成纖維細胞2型亞型；L =富淋巴樣亞型；M =富髓樣亞型。每個分子表型在自展樹狀圖上在圖的頂部指出；在熱圖內指出了環繞基因表達的相應框，并且突出了共調節的標簽基因的特定區域。表達數據是就可視化進行標化的ζ得分(圖底部的條)。圖3顯示，如實施例1中所述，L亞型滑膜組織樣品的分子、臨床、組織學和免疫組織化學特征。(A)與非L亞型樣品(NL)比較，在L亞型樣品(L)中XBPl轉錄因子的表達；(B)與缺乏淋巴樣細胞聚集物(lymphoid aggregates)的滑膜樣品(_)比較，含有淋巴樣細胞聚集物的滑膜樣品(+)中XBPl轉錄因子的表達；(C)相對于測試的所有RA樣品中的XBPl表達水平，紅細胞沉降率(ESR) ("Sed Rate")的曲線圖；(D)相對于測試的所有RA樣品中的XBPl表達水平，C反應蛋白質的曲線圖；(E)L亞型的代表性滑膜樣品的蘇木精與伊紅染色；(F)對L亞型的代表性滑膜樣品的T細胞標記⑶3的免疫組織化學染色；(G)對L亞型的代表性滑膜樣品的活化白細胞標記CD68的免疫組織化學染色；(H)對L亞型的代表性樣品的B細胞標記⑶20的免疫組織化學染色。圖4顯示，如實施例1中所述，M亞型滑膜組織樣品的分子、組織學和免疫組織化學特征。㈧與其他亞型(F1、F2、L)中的表達比較，在M亞型樣品(M)中ICAMl的表達；(B)相對于M亞型樣品中的TNF基因表達，ILlii基因表達的曲線圖；(C)M亞型的代表性滑膜樣品的蘇木精與伊紅染色；(D)M亞型的代表性滑膜樣品的T細胞標記CD3的免疫組織化學染色；(E)M亞型的代表性滑膜樣品的活化白細胞標記CD68的免疫組織化學染色；(F)M亞型的代表性滑膜樣品的B細胞標記CD20的免疫組織化學染色。圖5顯示，如實施例1中所述，F2亞型滑膜組織樣品的分子、組織學和免疫組織化學特征。(A)與其他亞型(F1、L和M)中的表達比較，在F2亞型樣品(F2)中IL17D的表達；(B)F2亞型的代表性滑膜樣品的蘇木精與伊紅染色；(C)F2亞型的代表性滑膜樣品的T細胞標記⑶3的免疫組織化學染色；(D)F2亞型的代表性滑膜樣品的活化白細胞標記⑶68的免疫組織化學染色；(E)F2亞型的代表性滑膜樣品的B細胞標記⑶20的免疫組織化學染色。圖6顯示，如實施例1中所述，Fl亞型滑膜組織樣品的分子、組織學和免疫組織化學特征。㈧與其他亞型(F2、L和M)中的表達比較，在Fl亞型樣品(Fl)中ITGAll的表達；(B)Fl亞型的代表性滑膜樣品的蘇木精與伊紅染色；(C)Fl亞型的代表性滑膜樣品的T細胞標記⑶3的免疫組織化學染色；(D)Fl亞型的代表性滑膜樣品的活化白細胞標記⑶68的免疫組織化學染色；(E)Fl亞型的代表性滑膜樣品的B細胞標記CD20的免疫組織化學染色。圖7顯示，如實施例1中所述，根據分子亞型具有淋巴樣簇的樣品的百分率。F1、F2、L和M分子亞型沿著底部軸指出。圖8顯示，如實施例1中所述，在每個指出的分子亞型內，對于RA的某些經典標記，某些樣品的值。㈧以mm/小時表示的紅細胞沉降率(ESR) ； (B)以mg/dL表示的C反應蛋白質(CRP) ； (C)通過階段表示的射線影像學進展。F1、F2、L和M分子亞型沿著底部軸在圖(A)-(C)各自中指出；每個點代表一個單樣品的值。圖9顯示，如實施例1中所述的，通過對特異于每個亞型的基因標簽的統計分析鑒定到的、在每個分子亞型內的生物學途徑。熱圖描述分析的結果。亞型F1、F2、L和M各自在熱圖上方列出；生物學途徑沿著熱圖的右側指出；根據在該圖的底部顯示的比例，熱圖內陰影的灰度對應于每個亞型內統計學上富集的途徑的P值。圖10顯示，如實施例2中所述，對通過微陣列分析發現差異表達的所選基因的驗證。(A)Fl特異性轉錄物；(B)F2特異性轉錄物；(C)L特異性轉錄物；(D)M特異性轉錄物。在(A)-(D)之每一個圖中，基因轉錄物的名稱在圖的頂部指出；沿著每個圖的水平軸指出亞型F1、F2、L和M以及正常(Nrml)和骨關節炎(OA)個體；沿著每個圖的垂直軸指出相對于持家基因HPRTl的轉錄物豐度。圖11顯示，如實施例3中所述，與健康對照比較，在用利妥昔單抗給藥前在REFLEX試驗中RA患者中(A)血清sFcRH5水平和(B)血清CXCL13水平的曲線圖。血清sFcRH5水平在(A)中以ng/ml在垂直軸上描繪；血清CXCL13水平在(B)中以pg/ml在垂直軸上描繪；健康對照和RA患者在(A)和(B)在水平軸上指出。圖12顯示，如實施例3中所述，CXCL13和sFcRH5數據的閾值靈敏度分析結果。條紋柱利妥昔單抗治療的患者；空心柱安慰劑治療的患者；柱寬度反映組中的患者數目；該圖的右側顯示在生物標記高的組和生物標記低的組之間經安慰劑校正的最佳亞組功效差異，具有95%置信區間(Cl)。圖13顯示，如實施例3中所述，在REFLEX試驗(A)和SERENE試驗(B)中，在由sFcRH5水平和RF血清陽性定義的患者子集中安慰劑對照的M周ACR50應答率。條紋柱利妥昔單抗治療的患者；空心柱安慰劑治療的患者；患者子集沿著水平軸指出(所有患者，FcRH5低或高、RF陰性或陽性)；在每個柱的上方指出在每個子集中相對于在那個子集中的患者總數目而言顯示ACR50應答的患者數目。對于每個子集，安慰劑對照的ACR50應答率(AACR50)也在圖的頂部指出。圖14顯示，如實施例3中所述，在REFLEX試驗中，在由sFcRH5水平、CXCL13水平和RF血清陽性定義的患者子集中安慰劑對照的M周ACR50應答率。條紋柱利妥昔單抗治療的患者；空心柱安慰劑治療的患者；患者子集沿著水平軸指出(所有患者，FcRH5低或高、CXCL13低或高、RF陰性或陽性)；在每個柱的上方指出在每個子集中相對于在那個子集中的患者總數目而言顯示ACR50應答的患者數目。對于每個子集，安慰劑對照的ACR50應答率(AACR50)也在圖的頂部指出。發明詳述除非另有定義，本文使用的技術和科學術語具有與本發明所屬領域普通技術人員通常 角軍的含義0 Singleton 等人，Dictionary of Microbiology and Molecular Biology第 2 版，J. Wiley & Sons(New York, N. Y. 1994)，禾口 March，Advanced Organic ChemistryReactions,Mechanisms and Structure 第 4 版，John Wiley & Sons(New York,N. Y. 1992),為本領域技術人員提供本申請中使用的許多術語的一般指導。某些定義為了解釋本說明書的目的，將應用下述定義，并且每當合適時，以單數使用的術語還將包括復數，并且反之亦然。在下文所述的任何定義與引入本文作為參考的任何文獻沖突的情況下，以下文所述定義為準。“類風濕性關節炎” (RA)指慢性全身性自身免疫炎性疾病，其主要累及多個關節的滑膜，引起關節軟骨損傷，導致關節破壞。RA中的主要呈現癥狀是一個或多個關節的疼痛、僵硬、腫脹和/或功能喪失。如本文可互換使用的，術語“多核苷酸”或“核酸”指任何長度的核苷酸聚合物，并且包括DNA和RNA。核苷酸可以是脫氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、修飾的核苷酸或堿基、和/或其類似物、或可以由DNA或RNA聚合酶摻入聚合物內的任何底物。多核苷酸可以包含修飾的核苷酸，例如甲基化核苷酸及其類似物。如果存在的話，那么對核苷酸結構的修飾可以在聚合物裝配前和后賦予。核苷酸的序列可以被非核苷酸組分中斷。多核苷酸可以，例如通過與標記組分綴合，在聚合后進一步修飾。其他類型的修飾包括，例如“帽”、一個或多個天然存在的核苷酸由類似物替代、核苷酸間修飾，例如具有不帶電荷的連接(例如甲基膦酸酯、磷酸三酯、氨基磷酸酯(phosphoamidates)、氨基甲酸酯等)和帶電荷的連接(例如硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等)、含有懸垂部分(pendant moieties)例如蛋白質(例如核酸酶、毒素、抗體、信號肽、聚-L-賴氨酸等)、具有嵌入劑(例如吖啶、補骨脂素等)、含有螯合劑(例如金屬、放射性金屬、硼、氧化性金屬等)、含有烷化劑(alkylators)、具有修飾的連接(例如α異頭核酸等)、以及未修飾形式的多核苷酸(一種或多種)。此外，通常存在于糖中的任何羥基可以例如替換為膦酸酯基團、磷酸酯基團，由標準保護基團保護，或活化以制備與另外核苷酸的另外連接，或可以與固體載體綴合。5'和3'末端OH可以是磷酸化的，或由胺或1-20個碳原子的有機加帽基團部分替代。其他羥基也可以衍生化為標準保護基團。多核苷酸還可以含有本領域一般已知的核糖或脫氧核糖的類似形式，包括例如2' -0-甲基」-0-烯丙基，2'-氟-或2'-疊氮基-核糖，碳環糖類似物，α-異頭糖，表異構體糖例如阿拉伯糖、木糖或來蘇糖，吡喃糖，呋喃糖，景天庚酮糖，無環類似物，和無堿基核苷類似物例如甲基核糖苷。一個或多個磷酸二酯連接可以由替代性連接基團替換。這些替代性連接基團包括但不限于其中磷酸由P(O)SC硫代酯(thioate) “ ), P(S)SC二硫代酯(dithioate) 〃)、〃(0)NR2(〃 酰胺化物〃 )、P(0)R、P(0)0R'、⑶或 CH2(〃 甲縮醛(formacetal)“)替換的實施方案，其中每個R或R'獨立地是H、或取代或未取代的烷基(1-20C)，任選含有醚(一0--)連接、芳基、鏈烯基、環烷基、環烯基或芳烷基(araldyl)。多核苷酸中的所有連接無需是相同的。先前描述適用于在此提及的所有多核苷酸，包括RNA禾口 DNA0如本文使用的，“寡核苷酸”指短的單鏈多核苷酸，其為長度至少約7個核苷酸和長度小于約250個核苷酸。寡核苷酸可以是合成的。術語“寡核苷酸”和“多核苷酸”不是相互排斥的。關于多核苷酸的上文描述同等地和完全地適用于寡核苷酸。術語“引物”指能夠與核酸雜交且，一般通過提供游離3’ -OH基團，允許互補核酸聚合的單鏈多核苷酸。術語“陣列”或“微陣列”指可雜交陣列元件，優選多核苷酸探針(例如寡核苷酸)，在基質上的有序排列。基質可以是固體基質例如玻璃載玻片或半固體基質例如硝酸纖維素膜。術語“擴增”指產生參考核酸序列或其互補體的一個或多個拷貝的過程。擴增可以是線性或指數的(例如PCR)。“拷貝”不一定意味相對于模板序列的完全序列互補性或同一性。例如，拷貝可以包括核苷酸類似物例如脫氧肌苷、有意序列改變(例如通過引物引入的序列改變，所述引物包括與模板可雜交但并非完全互補的序列)、和/或在擴增過程中出現的序列錯誤。術語“檢測”包括任何方式的檢測，包括直接和間接檢測。“升高的表達”或“升高的水平”指，相對于對照例如未患有RA的一個或多個個體，在患者中增加的mRNA或蛋白質表達。術語“分子亞型”與“分子表型”可互換使用，指特征在于一種或多種特定基因或一種或多種特定蛋白質的表達、或基因組合或蛋白質組合的特定表達模式的RA亞型或表型。特定基因、蛋白質、或基因或蛋白質的組合的表達可以與RA的特定病理學、組織學和/或臨床特征進一步相關。術語“多重PCR”指使用一組以上的引物對得自單個來源(例如患者)的核酸進行的單個PCR反應，用于在單個反應中擴增2個或更多個DNA序列的目的。如本文使用的，“類風濕因子”或“RF”指，在患者血清中檢測到的與人和動物IgG上存在的抗原決定簇相關的、單獨或任何組合的IgM、IgG或IgA同種型抗體。術語“RF陽性”指用于RF的測定例如ELISA測定的結果，其中該結果超過該測定對于視為可重現地含有可檢測水平的RF的樣品給出的閾值或截斷值。術語“RF陰性”指用于RF的測定例如ELISA測定的結果，其中該結果等于或低于該測定對于視為可重現地含有無法檢測水平的RF的樣品給出的閾值或截斷值。雜交反應的“嚴格性”可容易地由本領域普通技術人員確定，并且一般是取決于探針長度、洗滌溫度和鹽濃度的經驗計算。一般而言，更長的探針需要更高的溫度用于恰當的退火，而更短的探針需要更低的溫度。當互補鏈存在于低于其解鏈溫度的環境中時，雜交一般取決于變性DNA再退火的能力。在探針和可雜交序列之間的所需同源性程度越高，可以使用的相對溫度越高。由此，較高的相對溫度將趨于使得反應條件更嚴格，而較低的溫度趨于使得反應條件較不嚴格。關于雜交反應的嚴格性的另外細節和說明，參見Ausubel等人，Current Protocols in Molecular Biology, Wiley Interscience Publishers，(1995)。如本文定義的，“嚴格條件”或“高嚴格條件”可以通過下述進行定義(1)采用低離子強度和高溫用于洗滌，例如0. 015M氯化鈉/0. 0015M檸檬酸鈉/0. 十二烷基硫酸鈉￠ 50 0C ； (2)在雜交過程中采用變性劑，例如甲酰胺，例如，50% (ν/ν)甲酰胺與0.1%牛血清白蛋白/0. 1% Ficoll/0. 聚乙烯吡咯烷酮/50mM磷酸鈉緩沖液在pH6. 5與750mM氯化鈉、75mM檸檬酸鈉在42°C ；或(3)在42°C在采用50 %甲酰胺、5xSSC(0. 75M NaCl,0. 075M檸檬酸鈉)、50mM磷酸鈉(pH6. 8)、0. 1 %焦磷酸鈉、5xDenhardt溶液、超聲處理的鮭精0嫩(501^/1111)、0. SDS和10%硫酸葡聚糖的溶液中過夜雜交，在42°C在0. hSSC (氯化鈉/檸檬酸鈉)中10分鐘洗滌，隨后在55°C由含有EDTA的0. IxSSC組成的10分鐘高嚴格洗滌。“中等嚴格條件”可以如 Sambrook 等人，Molecular Cloning =ALaboratoryManual, New York : Co Id Spring Harbor Press，1989所述進行鑒定，包括使用比上述較不嚴格的洗滌溶液和雜交條件(例如溫度、離子強度和％ SDQ。中等嚴格條件的例子是在37°C在包含下述的溶液中過夜溫育20%甲酰胺、5xSSC(150mM NaCl、15mM檸檬酸三鈉)、50mM磷酸鈉(pH7. 6)、5x Denhardt溶液、10%硫酸葡聚糖和20mg/ml變性剪切鮭精DNA，隨后在約37-50°C在IxSSC中洗滌濾膜。技術人員明了如何根據需要調節溫度、離子強度等，以適應因子例如探針長度等。如本文使用的，術語“生物標記”指可以在患者的生物樣品中檢測的指示物，例如患者的病理學狀態的指示物。生物標記包括但不限于DNA、RNA、蛋白質、碳水化合物或基于糖脂的分子標記。術語“診斷”在本文中用于指分子或病理學狀態、疾病或狀況的鑒定或分類。例如，“診斷”可以指RA的特定類型的鑒定。“診斷”還可以指RA的特定亞型的分類，例如通過組織病理學標準(例如淋巴樣浸潤或濾泡樣淋巴樣細胞聚集)或通過分子特征(例如特征在于特定基因或由所述基因編碼的蛋白質之一或其組合的表達的亞型)。術語“幫助診斷”在本文中用于指輔助作出有關RA特定類型的癥狀或狀況的存在或性質的臨床決定的方法。例如，幫助RA診斷的方法可以包括測量來自個體的生物樣品中特定基因的表達。術語“預后”在本文中用于指，預測自身免疫疾病例如RA的可歸于自身免疫紊亂的疾病癥狀的可能性。術語“預測”在本文中用于指患者將有利地或不利地響應藥物或藥物組的可能性。在一個實施方案中，預測涉及所述應答的程度。在一個實施方案中，預測涉及患者是否和/或可能將在治療例如用特定治療劑進行治療后存活或改善，和在特定的一段時間中無疾病復發。本發明的預測法可以臨床上使用，通過選擇對于任何特定患者最合適的治療模式而作出治療決定。對于預測患者是否可能有利地響應治療方案例如給定治療方案，包括例如給定治療劑或組合的施用、手術干預、類固醇治療等，或在治療方案后患者長期存活的可能性，本發明的預測方法是一個有價值工具。如本文使用的，“治療”指試圖改變治療的個體或細胞的天然過程的臨床干預，可以在臨床病理學過程前或期間執行。治療的期望效果可以包括阻止疾病或其病狀或癥狀的出現或復發，減輕疾病的狀況或癥狀，減少疾病的任何直接或間接病理學后果，降低疾病進展速率，改善或緩和疾病狀態，以及實現康復或改善的預后。在某些實施方案中，本發明的方法和組合物在延遲疾病或病癥發展的嘗試中是有用的。“有效量”指以所需劑量和時間長度有效達到期望的治療或預防結果的量。治療劑的“治療有效量”可以根據因素而改變，所述因素例如疾病狀態，個體的年齡、性別和重量，和抗體在個體中引發所需應答的能力。治療有效量還是其中治療劑的治療有利效應勝過其任何毒性或有害效應的量。“預防有效量”指以所需劑量和時間長度有效達到期望的預防結果的量。典型地但不是必須的，因為預防劑量在疾病的早期階段前或時在受試者中使用，所以預防有效量將小于治療有效量。“個體”、“受試者”或“患者”是脊椎動物。在特定實施方案中，脊椎動物是哺乳動物。哺乳動物包括但不限于靈長類動物(包括人和非人靈長類動物)和嚙齒類動物(例如小鼠和大鼠)。在特定實施方案中，哺乳動物是人。“對照受試者”指未曾被診斷過患有RA且沒有與RA有關的任何體征或癥狀的健康
受試者。 如本文使用的，術語“樣品”指得自或源自目的受試者的組合物，其包含待表征和/或鑒定的細胞實體和/或其他分子實體，例如基于物理、生物化學、化學和/或生理學特征表征和/或鑒定。例如，短語“疾病樣品”及其變體指得自目的受試者的任何樣品，其被預期含有或已知含有待表征的細胞和/或分子實體。“組織”或“細胞樣品，，意指得自受試者或患者的組織的相似細胞集合。組織或細胞樣品的來源可以是實體組織如來自新鮮、冷凍和/或保存的器官或組織樣品、或活檢組織或吸引物；血液或任何血液組成成分；體液例如腦脊髓液、羊膜液、腹膜液或間質液；來自受試者的妊娠或發育中的任何時間的細胞。組織樣品還可以是原代或培養的細胞或細胞系。任選地，組織或細胞樣品得自疾病組織/器官。組織樣品可以含有在自然界中不與組織天然地混合的化合物，例如防腐劑、抗凝劑、緩沖劑、固定劑、營養素、抗生素等。如本文使用的，“參考樣品”、“參考細胞”、“參考組織”、“對照樣品”、“對照細胞”或“對照組織”，是指該樣品、細胞或組織得自的來源已知或被認為未患有待用本發明的方法或組合物鑒定的疾病或狀況。在一個實施方案中，參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織得自待使用本發明的方法或組合物鑒定疾病或狀況的相同受試者或患者的身體的健康部分。在一個實施方案中，參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織得自如下個體的身體的健康部分，所述個體并非待使用本發明的方法或組合物鑒定疾病或狀況的受試者或患者。為了本文的目的，組織樣品的“切片”意指組織樣品的單個部分或小片，例如由組織樣品切出的組織或細胞的薄片。應當理解可以取組織樣品的多個切片，對其實施根據本發明的分析，條件是應當理解本發明包括這樣的方法，在該方法中對相同的組織樣品切片在形態和分子水平兩者上進行分析，或就蛋白質和核酸兩者進行分析。“關聯”意指以任何方式將第一分析或方案的性能和/或結果與第二分析或方案的性能和/或結果進行對比。例如，可以將第一分析或方案的結果用于執行第二方案，和/或可以使用第一分析或方案的結果以確定是否應執行第二分析或方案。就基因表達分析或方案的實施方案而言，可以使用基因表達分析或方案的結果以確定是否應執行特定的治療方案。“藥物”是治療疾病、病癥和/或病狀的活性藥物。在一個實施方案中，疾病、病癥和/或病狀是RA或其癥狀或副作用。對于特定治療劑或治療選項，當依照本發明使用時，術語“增加的抗性”意指對標準劑量的藥物或標準治療方案減少的應答。對于特定治療劑或治療選項，當依照本發明使用時，術語“減少的敏感性”意指對標準劑量的藥物或標準治療方案減少的應答，其中減少的應答可以通過增加治療劑的劑量或治療的強度(至少部分地)補償。“患者應答”或“應答”可以使用指示患者受益的任何終點進行評估，包括但不限于，(1)疾病進展在一定程度上的抑制，包括減慢和完全停止；( 疾病發作次數和/或癥狀的減少；(3)損傷尺寸的縮小；(4)對疾病細胞浸潤到鄰近周圍器官和/或組織內的抑制(即減少、減慢或完全停止)；( 疾病傳播的抑制(即減少、減慢或完全停止)；(6)自身免疫應答的降低，這可以但不必導致疾病損傷的消退或消除；(7)與病癥相關的一種或多種癥狀在一定程度上的緩解；(8)在治療后無疾病表現的長度增加；和/或(9)在治療后在給定時間點上減少的死亡率。術語“基因標簽”與“基因表達標簽”可互換使用，并且指其表達可以指示特征在于特定分子、病理學、組織學和/或臨床特征的特定RA亞型的基因之一或其組合。在特定實施方案中，包含基因標簽的一種或多種基因的表達與對照受試者中的表達比較是升高的。術語“蛋白質標簽”與“蛋白質表達標簽”可互換使用，并且指其表達可以指示特征在于特定分子、病理學、組織學和/或臨床特征的特定RA亞型的蛋白質之一或其組合。在特定實施方案中，包含蛋白質標簽的一種或多種蛋白質的表達與對照受試者中的表達比較是升高的。如本文使用的，“RA治療劑”或“有效治療RA的治療劑”及其語法變體指這樣的治療劑，當以有效量提供時，其被已知、臨床上證實或被臨床醫生預期可以在RA受試者中提供治療益處。“B細胞表面標記”或“B細胞表面抗原”在本文中是在B細胞的表面上表達的抗原，其可以用與之結合的拮抗劑靶向。示例性B細胞表面標記包括⑶10、⑶19、⑶20(MS4A1)、CD21、CD22、CD23、CD24、CD37、CD40、CD53、CD72、CD73、CD74、CDw75, CDw76, CD77、CDw78、CD79a、CD79b、CD80、CD81、CD82、CD83、CDw84、CD85 和 CD86 白細胞表面標記(關于描述，參見 The Leukocyte Antigen Facts Book,第 2 版 1997,編輯 Barclay 等人 Academic Press,Harcourt Brace &Co.，New York)。其他 B 細胞表面標記包括 RP105、FcRH2、B-細胞 CR2、CCR6、P2X5、HLA-DOB,CXCR5、FCER2、BR3、Btig、NAG14、SLGC16270、FcRHUIRTA2、ATWD578、FcRH3、IRTAl、FcRH6、BCMA和239287。與哺乳動物的非B細胞組織比較，特別有意義的B細胞表面標記在B細胞上優先表達，并且可以在前體B細胞和成熟B細胞兩者上表達。“與B細胞表面標記結合的抗體”是這樣的分子，當其在與B細胞表面標記結合后，其破壞或耗竭哺乳動物中的B細胞和/或干擾一種或多種B細胞功能，例如通過減少或阻止由B細胞引發的體液應答。在一些情況下，抗體能夠耗竭由其治療的哺乳動物中的B細胞(即減少循環B細胞水平)。此類耗竭可以經由多種機制來達到，例如抗體依賴性細胞介導的細胞毒性(ADCC)和/或補體依賴性細胞毒性(CDC)、B細胞增殖的抑制、和/或B細胞
29死亡的誘導(例如經由凋亡)。“拮抗劑”指能夠中和、阻斷、抑制、廢除、減少或干擾特定或指定蛋白質的活性的分子，所述活性包括在配體的情況下其與一種或多種受體的結合或在受體的情況下其與一種或多種配體的結合。拮抗劑包括抗體及其抗原結合片段、蛋白質、肽、糖蛋白、糖肽、糖脂、多糖、寡糖、核酸、生物有機分子、擬肽、藥理學活性劑及其代謝產物、轉錄和翻譯控制序列等。拮抗劑還包括蛋白質的小分子抑制劑、和融合蛋白、受體分子和與蛋白質特異性結合從而隔離其與其靶的結合的衍生物、蛋白質的拮抗劑變體、針對蛋白質的反義分子、RNA適體、和針對蛋白質的核酶。“B細胞拮抗劑”是這樣的分子，其在與B細胞表面標記結合后，可以破壞或耗竭哺乳動物中的B細胞和/或干擾一種或多種B細胞功能，例如通過減少或阻止由B細胞引發的體液應答。在一些情況下，拮抗劑能夠耗竭由其治療的哺乳動物中的B細胞(即減少循環B細胞水平)。此類耗竭可以經由多種機制來達到，例如ADCC和/或⑶C、B細胞增殖的抑制和/或B細胞死亡的誘導(例如經由凋亡)。示例性拮抗劑包括與B細胞標記結合的合成或天然序列肽、融合蛋白和小分子拮抗劑，任選與細胞毒素劑綴合或融合。例子包括但不限于例如⑶22抗體、⑶20抗體、BR3抗體(例如W002M909)和BR3_Fc免疫粘附素。⑶20抗體的例子包括“C2B8”，現稱為“利妥昔單抗”(“RITUXAN ”)(美國專利號5，736，137)；從IDEC Pharmaceuticals, Inc.商購可得的命名為“Y2B8”或“替伊莫單抗”(ZEVALIN )的釔-[90]-標記的2B8鼠抗體(美國專利號5，736，137 ；2B8在1993年6月22日以保藏號HB11388由ATCC保藏)；鼠IgG^i “Bi”，也稱為“托西莫單抗”，任選由131I標記以生成抗體“131I-B1”或“碘I131托西莫單抗”(BEXXARTM)，從Corixa商購可得(還參見，美國專利號5，595，721)；鼠單克隆抗體“ 1F5"(Press等人Blood69(2) :584-591(1987)及其變體，包括“構架補丁的(framework-patched) ”或人源化的1F5 (W02003/002607, Leung, S. ；ATCC 保藏號 HB-96450)；鼠 2H7 和嵌合 2H7 抗體(美國專利號 5，677，180)；人源化 2H7(參見例如，W004/056312 ；US20060024295) ；HUMAX-CD20 抗體(Genmab，丹麥)；W02004/035607 (Teeling等人)中所示的人單克隆抗體；AME-133 抗體(Applied Molecular Evolution) ；A20抗體或其變體例如嵌合或人源化A20抗體(分別為 cA20、hA20) (US2003/0219433, Immunomedics)；禾口可從 International LeukocyteTyping Workshop 獲得的單克隆抗體 L27、G28-2.93-1B3, B-Cl 或 NU-B2 (Valentine 等人，In =Leukocyte TypingIII (McMichae 1，編輯，第 440 頁，Oxford University Press (1987))。當在本文中使用時，術語“BAFF”、“BAFF多肽”、“TALL-1 ”或“TALL-1多肽”、“BLyS”和“THANK”涵蓋“天然序列BAFF多肽”和“BAFF變體”。“BAFF”是給予具有在例如美國專利公開號2006/0110387中所述的人BAFF序列的那些多肽、及其同源物和片段和變體(具有天然序列BAFF的生物學活性)的名稱。BAFF的生物學活性可以選自促進B細胞存活、促進B細胞成熟和與BR3結合。術語“BAFF”包括在以下文獻中描述的那些多肽Shu等A,J. Leukocyte Biol. ,65 :680(1999) ；GenBank Accession No. AF136293 ；W01998/18921 ；EP869, 180 ；W01998/27114 ；W01999/12964 ；W01999/33980 ；Moore 等人，Science, 285 260-263 (1999) ；Schneider 等人，J. Exp. Med.，189 :1747-1756 (1999)；和 Mukhopadhyay 等人，J. Biol. Chem.，274 15978-15981 (1999)。如本文使用的，術語“BAFF拮抗劑”以最廣泛含義使用，包括(1)結合天然序列BAFF多肽或結合天然序列BR3多肽以部分或完全阻斷BR3與BAFF多肽的相互作用，和(2)部分或完全阻斷、抑制或中和天然序列BAFF的信號傳導的任何分子。天然序列BAFF多肽的信號傳導促進例如B細胞存活和B細胞成熟。BAFF信號的抑制、阻斷或中和導致例如B細胞數目的減少。如本文定義的，BAFF拮抗劑將在體外或體內部分或完全阻斷、抑制或中和BAFF多肽的一種或多種生物學活性。在一個實施方案中，生物學活性的BAFF在體外或體內加強下述事件中的任何一個或其組合增加B細胞的存活、增加IgG和/或IgM的水平、增加漿細胞的數目、和脾臟B細胞中NF-κ 1^2/100至p52NF-κ. β的加工(例如，Batten等人，J. Exp. Med. 192 :1453-1465 (2000) ；Moore 等人，Science 285 :260-263 (1999)；和Kayagaki 等人，Immunity, 10 :515-524 (2002)) 在某些實施方案中，如本文定義的，BAFF拮抗劑包括抗BAFF抗體、BAFF結合性多肽(包括免疫粘附素和肽)、和BAFF結合性小分子。BAFF拮抗劑包括例如W02002/(^641中所述的BAFF結合性抗體(例如包含其表1的SEQ ID NOS :1-46,321-329,834-872,1563-1595,1881-1905中任何氨基酸序列的抗體)。在一個進一步的實施方案中，免疫粘附素包含BAFF受體的BAFF結合區(例如BR3、BCMA或TACI的細胞外結構域)。在一個再進一步的實施方案中，免疫粘附素是BR3-Fc。BAFF結合性Fc蛋白質的其他例子可以在 W02002/66516、W02000/40716、W02001/87979、W02003/024991、W02002/16412、W02002/38766、W02002/092620和W02001/U812中找到。制備BAFF拮抗劑的方法例如在US2005/0095243 和 US2005/0163775 中描述。當在本文中使用時，術語“BR3”、“BR3多肽”或“BR3受體”涵蓋如下文定義的天然序列BR3多肽和BR3變體。“BR3”是對如下多肽的命名，所述多肽包含例如W02003/14294和US2005/0070689中所述的人BR3序列。BR3多肽可以從各種來源例如人組織類型或其它來源中分離，或通過重組和/或合成方法制備。術語BR3包括W02002/24909、W02003/14294和US2005/0070689中所述的BR3多肽。抗BR3抗體可以依照例如W02003/14294和US2005/0070689中所述的方法進行制備。“天然序列”BR3多肽或“天然BR3”包括與源自自然界的相應BR3多肽具有相同的氨基酸序列的多肽。此類天然序列BR3多肽可以從自然界中分離或可以通過重組和/或合成方法產生。術語“天然序列BR3多肽”特別地涵蓋該多肽的天然截短的、可溶的或分泌的形式(例如細胞外結構域序列)、天然存在的變體形式(例如可變剪接形式)和天然存在的等位基因變體。本發明的BR3多肽包括這樣的BR3多肽，其包含人BR3的氨基酸殘基1-184的連續序列或由其組成(參見W02003/14294和US2005/0070689)。BR3 “細胞外結構域”或“E⑶”指基本上不含跨膜和細胞質結構域的BR3多肽形式。BR3的ECD形式包括包含選自人BR3的氨基酸1-77、2_62、2_71、1-61、7_71、23_38和2-63的氨基酸序列中任何一個的多肽。在特定實施方案中，BAFF拮抗劑是包含人BR3的上述ECD形式中的任何一個的多肽及其結合天然BAFF的變體和片段。"BR3變體”意指這樣的BR3多肽，其與天然序列的全長BR3或BR3E⑶的氨基酸序列具有至少約80%氨基酸序列同一性，并且結合天然序列BAFF多肽。任選地，BR3變體包括單個富半胱氨酸的結構域。此類BR3變體多肽包括例如這樣的BR3多肽，其中在全長氨基酸序列的N和/或C末端上、以及一個或多個內部結構域中一個或多個氨基酸殘基被加入或缺失。還考慮結合天然序列BAFF多肽的BR3E⑶的片段。
如本文使用的，術語“APRIL拮抗劑”以最廣泛含義使用，包括任何(1)結合天然序列APRIL多肽或結合APRIL的天然序列配體，以部分或完全阻斷配體與APRIL多肽的相互作用，和(2)部分或完全阻斷、抑制或中和天然序列APRIL的信號傳導的分子。天然序列APRIL多肽信號可以例如促進B細胞存活和B細胞成熟。APRIL (增殖誘導配體)是與BAFF具有共享受體的TNF家族成員。APRIL拮抗劑的例子包括但不限于阿塞西普(atacic印t)(與TACI-Ig免疫粘附素相同)和BAFF/APRIL拮抗劑(可溶性BCMA-Fc)。術語“細胞因子”是一個上述術語，用于由一個細胞群體釋放而作為細胞間介質作用于其它細胞的蛋白質。細胞因子的例子是淋巴因子、單核因子；白細胞介素(IL)例如IL-UIL-la, IL-2、IL-3、IL-4、IL-5、IL-6、IL-7、IL-8、IL-9、IL-11、IL-12、IL-15、IL-17A、IL-17F、IL-17A/F ；腫瘤壞死因子例如TNF-α或TNF-β ；及其他多肽因子包括LIF和kit配體(KL)。如本文使用的，術語細胞因子包括來自天然來源或來自重組細胞培養物的蛋白質和天然序列細胞因子的生物學活性等價物，包括合成產生的小分子實體及其藥學可接受的衍生物和鹽。為了本文的目的，“腫瘤壞死因子-a (TNF-a)”指包含Pennica等人，Nature，312 =721(1984)或 Aggarwal 等人，JBC, 260 =2345(1985)中描述的氨基酸序列的人 TNF-α分子。"TNF-α抑制劑”在本文中是指，一般通過與TNF-α結合且中和其活性，在一定程度上抑制TNF-α的生物學功能的活性劑。本文尤其考慮的TNF抑制劑的例子是依那西普(etanercept, ENBREL )、英夫利昔單抗(infliximab, REMICADE )、阿達木單抗(adalimumab, HUMIRA )、戈利木單抗(golimumab，simponi )、和賽妥珠單抗(certolizumab pegol，CIMZIA )。"IL-17A/F結合劑”是與細胞因子IL-17A/F結合的活性劑例如抗體，或與IL-17A和IL-17F交叉反應的活性劑。"IL-6結合劑”是與細胞因子IL-6結合的活性劑，例如抗體。“⑶4結合劑”是與在T淋巴細胞譜系的細胞上表達的表面糖蛋白⑶4結合的活性劑，例如抗體。“緩解疾病的抗風濕藥”或“DMARD”的例子包括羥氯喹啉(hydroxycloroquine)、柳氮磺胺吡啶(sulfasalazine)、氨甲蝶呤((+) 口服和皮下氨甲蝶呤)、來氟米特(Ieflunomide)、硫唑嘌呤(azathioprine)、D-青霉胺、金(經口)、金(肌內)、米諾環素(minocycline)、環孢菌素(cyclosporine)、葡萄球菌蛋白A免疫吸附物，包括其鹽和衍生物等。“CTLA4”在活化T淋巴細胞上表達且參與免疫應答的下調。在文獻中關于CTLA4的其他名稱包括細胞毒性T淋巴細胞相關抗原4，細胞毒性T淋巴細胞相關蛋白質4、細胞分化抗原CD152、和細胞毒性T淋巴細胞相關顆粒絲氨酸蛋白酶4。如本文使用的，具有“上市批準”或已“批準作為治療劑”的治療劑或這些短語的其語法變體，指由有關政府實體(例如聯邦、州或當地管理機構、部門、局)批準、許可、登記或授權由和/或通過和/或代表商業實體(例如盈利性實體)銷售以用于治療特定病癥(例如RA)或患者亞群(例如特定種族、性別、生活方式、疾病危險譜等的患者)的治療劑(例如以藥物制劑、藥物的形式)。有關政府實體包括例如美國食品與藥品管理局(FDA)、歐洲藥物評審局(European Medicines Evaluation Agency) (EMEA)及其等價實體。“抗體”(Ab)和“免疫球蛋白”(Ig)指具有相似結構特征的糖蛋白。抗體顯示出與特定抗原的結合特異性，而免疫球蛋白包括抗體和一般缺乏抗原特異性的其他抗體樣分子。后一類多肽可以例如由淋巴系統以低水平以及由骨髓瘤以增加的水平產生。術語“抗體”和“免疫球蛋白，，在本文中可以互換使用，具有最廣泛含義，包括單克隆抗體(例如全長或完整單克隆抗體)、多克隆抗體、單價抗體、多價抗體、多特異性抗體(例如雙特異性抗體，只要它們顯示出所需生物學活性即可)，并且還可以包括一些抗體片段(如本文更詳細地描述的)。抗體可以是嵌合、人、人源化和/或親和力成熟的。術語“全長抗體”、“完整抗體”和“全抗體”在本文中可互換使用，指基本上完整形式的抗體，而不是如下定義的抗體片段。該術語特別指具有含Fc區的重鏈的抗體。“抗體片段”包含完整抗體的部分，優選包含其抗原結合區。抗體片段的例子包括Fab、Fab'、F(ab' ) 2和Fv片段；雙體(diabody)；線性抗體；單鏈抗體分子；和由抗體片段形成的多特異性抗體。抗體的木瓜蛋白酶消化產生各自具有單個抗原結合位點的2個等同的抗原結合片段——稱為“Fab”片段，和殘留“Fe”片段——其名稱反映其容易結晶的能力。胃蛋白酶處理獲得F(ab’)2片段，其具有2個抗原結合位點且仍能夠交聯抗原。“Fv”是最低限度抗體片段，其包含完整抗原結合位點。在一個實施方案中，雙鏈Fv種類為緊密非共價結合的一個重可變結構域和一個輕鏈可變結構域的二聚體。共同地，Fv的6個CDR對抗體賦予抗原結合特異性。然而，即使單個可變結構域(或僅包含對于抗原特異的3個CDR的Fv的一半)，也具有識別且結合抗原的能力，盡管以低于完整結合位點的親和力。Fab片段含有重和輕鏈可變結構域，并且還含有輕鏈的恒定結構域和重鏈的第一恒定結構域(CHl)。Fab’片段與Fab片段的不同在于在重鏈CHl結構域的羧基末端上少數殘基的添加，包括來自抗體鉸鏈區的一個或多個半胱氨酸。Fab’ -SH是本文用于如下Fab’的名稱，在該Fab’中恒定結構域的一個或多個半胱氨酸殘基具有游離巰基。F(ab’)2抗體片段最初作為Fab’片段對產生，在該對片段之間具有鉸鏈半胱氨酸。抗體片段的其他化學偶聯也是已知的。如本文使用的，術語“單克隆抗體”指得自基本上同質的抗體群體的抗體，S卩，該群體包含的抗體，除了可能以微量存在的可能突變例如天然突變外，是相同的。因此，修飾詞“單克隆”指抗體不是不同抗體的混合物的特征。在特定實施方案中，單克隆抗體一般包括包含結合靶的多肽序列的抗體，其中靶結合多肽序列通過如下過程獲得，所述過程包括從多個多肽序列中選擇單個靶結合多肽序列。例如，選擇過程可以是從多個克隆，例如雜交瘤克隆、噬菌體克隆或重組DNA克隆的合并物，中選擇獨特克隆。應當理解，所選的靶結合序列可以進一步改變，例如以改善對于靶的親和力，人源化靶結合序列，改善其在細胞培養物中的生產，減少其在體內的免疫原性，制備多特異性抗體等，并且包含改變的靶結合序列的抗體也是本發明的單克隆抗體。與一般包括針對不同決定簇(表位)的不同抗體的多克隆抗體制劑形成對比，單克隆抗體制劑中的每個單克隆抗體都針對抗原上的一個決定簇。除其特異性外，單克隆抗體制劑也是有利的，因為它們一般不受其他免疫球蛋白污染。修飾詞“單克隆”指抗體得自基本上同質的抗體群體的特征，不應解釋為需要通過任何特定方法生產該抗體。例如，待依照本發明使用的單克隆抗體可以通過多種技術制備，包括例如雜交瘤法(例如，Kohler等人，Nature, 256 =495(1975) ；Harlow等人，Antibodies :A Laboratory Manual, (Cold Spring Harbor Laboratory Press,第 2 版 1988) ；Hammerling 等人’ in :Monoclonal Antibodies and T-Cell Hybridomas563-681 (Elsevier, N. Y.，1981))、重組 DNA 法(參見例如，美國專利號 4，816，567)、噬菌體展示技術(參見例如，Clackson等人，Nature, 352 :624-628 (1991) ；Marks等人，J. Mol. Biol. 222 :581-597(1992) ；Sidhu 等人，J. Mol. Biol. 338(2) :299-310(2004)；Lee 等 A, J. Mol. Biol. 340(5) :1073-1093(2004) ；Fellouse, Proc. Natl. Acad. Sci.USA 101 (34) :12467-12472(2004)；禾口 Lee 等人，J. Immunol. Methods 284(1-2)119-132 (2004)、和用于在具有部分或全部人免疫球蛋白基因座或編碼人免疫球蛋白序列的基因的動物中產生人或人樣抗體的技術(參見例如，W098/24893 ；W096/34096 ；W096/33735 ；W091/10741 Jakobovits ^ 人，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90 :2551(1993)；Jakobovits 等人，Nature 362 :255-258(1993) ；Bruggemann 等人，Year in Immunol. 7 33 (1993) ；U. S. PatentNos. 5，545，807 ；5，545，806 ；5，569，825 ；5，625，126 ；5，633，425 ；5，661，016 ；Marks 等人，Bio. Technology 10 :779-783 (1992) ；Lonberg 等人，Nature368 856-859(1994) ；Morrison, Nature 368 :812-813(1994) ；Fishwild 等人’ NatureBiotechnol. 14 :845-851 (1996) ；Neuberger, Nature Biotechnol. 14 :826(1996) VX RLonberg 禾口 Huszar, Intern. Rev. Immunol. 13 :65-93(1995)。單克隆抗體在本文中特別包括“嵌合”抗體，其中重和/或輕鏈的部分與源自特定物種或屬于特定抗體類別或亞類的抗體中的相應序列等同或同源，而該鏈(一條或多條)的其余部分與源自另一個物種或屬于另一個抗體類別或亞類的抗體中的相應序列等同或同源，以及此類抗體的片段，只要它們顯示出所需生物學活性即可(美國專利號4，816，567 ；和 Morrison 等人，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81 :6855-9855 (1984))。非人(例如，鼠)抗體的“人源化”形式是含有源自非人免疫球蛋白的最低限度序列的嵌合抗體。在一個實施方案中，人源化抗體是人免疫球蛋白(受體抗體)，其中受體的高變區的殘基由具有所需特異性、親和力和/或能力的來自非人物種(供體抗體)的高變區的殘基替換，所述非人物種例如小鼠、大鼠、兔或非人靈長類動物。在某些情況下，人免疫球蛋白的構架區(FR)殘基由相應非人殘基替換。此外，人源化抗體可以包含在受體抗體或供體抗體中不存在的殘基。可以做出這些修飾以進一步精化抗體性能。一般而言，人源化抗體將包含至少一個和一般2個可變結構域的基本上全部，其中所有或基本上所有高變環都對應于非人免疫球蛋白的高變環，并且所有或基本上所有FR是人免疫球蛋白序列的。人源化抗體任選地還將包含至少部分免疫球蛋白恒定區(Fe)，一般是人免疫球蛋白的恒定區。關于進一步細節，參見Jones等人，Nature 321:522-525(1986) ；Riechmann等人，Nature 332 :323-329 (1988)；和 Presta，Curr. Op. Struct. Biol. 2 :593-596 (1992)。還參見下述綜述文章和其中引用的參考文獻Vaswani和Hamilton，Ann. Allergy, Asthma &Immunol. 1 :105-115(1998) ；Harris, Biochem.Soc. Transactions 23 :1035-1038(1995)；Hurle 禾口 Gross, Curr. Op. Biotech. 5 :428-433(1994)。“人抗體”是包含對應于人產生的抗體的氨基酸序列的抗體，和/或已使用如本文公開的用于制備人抗體的任何技術制備的抗體。此類技術包括篩選源自人的組合文庫，例如噬菌體展示文庫(參見例如，Marks等人，J. Mol. Biol. , 222 =581-597 (1991)和Hoogenboom 等人，Nucl. Acids Res. ,19 :4133-4137(1991))；使用人骨髓瘤和小鼠-人雜合骨髓瘤細胞系產生人單克隆抗體(參見例如，Kozbor J. Immunol. ,133 =3001(1984)；Brodeur 等人’ Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications,第55-93 頁(Marcel Dekker, Inc. , New York, 1987)；禾口 Boerner 等人，J. Immunol. , 147 86(1991))；和在轉基因動物(例如，小鼠)中生成單克隆抗體，所述轉基因動物能夠在不存在內源免疫球蛋白產生的情況下產生完全的人抗體庫(參見例如，Jakobovits等人，Proc. Natl. Acad. Sci USA，90 :2551 (1993) Jakobovits 等人，Nature，362 :255 (1993)；Bruggermann等人，Year in Immunol.，7 :33 (1993))。人抗體的這個定義特別地排除包含來自非人動物的抗原結合殘基的人源化抗體。“親和力成熟的”抗體是在其一個或多個CDR中具有一個或多個改變的抗體，這導致與不具有這些改變的親本抗體比較，抗體對于抗原的親和力的改善。在一個實施方案中，親和力成熟的抗體對于靶抗原具有納摩爾或甚至皮摩爾親和力。親和力成熟的抗體通過本領域已知的程序產生。Marks等人Bio/Technology 10 :779-783 (1992)描述了通過VH和VL結構域改組的親和力成熟。下述文獻描述了 HVR和/或構架殘基的隨機誘變=Barbas等人Proc Nat. Acad. Sci. USA 91:3809-3813(1994) Jchier 等人Gene 169:147-155(1995)；Yelton 等人 J. Immunol. 155 :1994-2004(1995) Jackson 等人，J. Immunol. 154(7)3310-9 (1995)；和 Hawkins 等人，J. Mol. Biol. 226 :889-896 (1992)。“阻斷性抗體”或“拮抗劑抗體”是抑制或減少它結合的抗原的生物學活性的抗體。一些阻斷性抗體或拮抗劑抗體部分或完全抑制抗原的生物學活性。如本文使用的，“生長抑制性”抗體是阻止或減少細胞增殖的抗體，所述細胞表達與抗體結合的抗原。例如，抗體可以在體外和/或體內阻止或減少B細胞的增殖。“誘導凋亡”的抗體指誘導例如B細胞的程序性細胞死亡的抗體，如通過標準凋亡測定法所確定的，例如膜聯蛋白V的結合、DNA的片段化、細胞皺縮、內質網擴張、細胞碎裂和/或膜泡(稱為凋亡小體)的形成。抗體“效應子功能”指可歸于抗體的Fc區(天然序列Fc區或氨基酸序列變體Fc區)的那些生物學活性，隨著抗體同種型而改變。抗體效應子功能的例子包括但不限于Clq結合和補體依賴性細胞毒性(CDC) ；Fc-受體結合；抗體依賴性細胞介導的細胞毒性(ADCC)；吞噬作用；細胞表面受體(例如B細胞受體)的下調；和B細胞激活。術語“Fe區”在本文中用于定義免疫球蛋白重鏈的C末端區，包括天然序列Fc區和變體Fc區。盡管免疫球蛋白重鏈的Fc區的邊界可以改變，但人IgG重鏈Fc區一般定義為從位置的氨基酸殘基或從ftx)230到其羧基末端的區段。Fc區的C末端賴氨酸(根據EU編號系統的殘基447)可以例如在抗體產生或純化過程中或通過重組改造編碼抗體重鏈的核酸而去除。相應地，完整抗體的組合物可以包含其中所有K447殘基均被去除的抗體群體，K447殘基未被去除的抗體群體，和具有含和不含K447殘基的抗體的混合物的抗體群體。除非本文另有說明，免疫球蛋白重鏈中殘基的編號是Kabat中的EU索引的編號(Kabat 等人，Sequences ofProteins of Immunological Interest,第 5 版(Public HealthService, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991))巾。“Kabat 巾白勺 EU 胃弓丨”指人IgGlEU抗體的殘基編號。“功能性Fc區”具有天然序列Fc區的“效應子功能”。示例性“效應子功能”包括但不限于Clq結合；CDC ；Fc-受體結合；ADCC ；吞噬作用；細胞表面受體(例如B細胞受體；BCR)的下調等。此類效應子功能一般要求Fc區與結合結構域(例如抗體-可變結構域)組合，并且可以使用例如如本文公開的多種測定法進行評估。“天然序列Fc區”包含與在自然界中發現的Fc區的氨基酸序列等同的氨基酸序列。天然序列人Fc區包括天然序列人IgGlFc區(非A和A同種異型)；天然序列人IgG2Fc區；天然序列人IgG3Fc區；和天然序列人IgG4Fc區，以及其天然存在的變體。“變體Fc區”包含由于至少一個氨基酸修飾，一般為一個或多個氨基酸置換，而不同于天然序列Fc區的氨基酸序列。術語“包含Fc區的抗體”指包含Fc區的抗體。Fc區的C末端賴氨酸(根據EU編號系統的殘基447)可以例如在抗體純化過程中或通過重組改造編碼抗體的核酸而去除。相應地，包含具有Fc區的抗體的組合物可以包含具有K447的抗體，所有K447被去除的抗體，或含和不含K447殘基的抗體的混合物。“Fe受體”或“FcR”描述結合抗體的Fc區的受體。在某些實施方案中，FcR是天然人FcR。在某些實施方案中，FcR結合IgG抗體(γ受體)，包括Fc yRI、FcyRII和FcyRIII亞類的受體，包括這些受體的等位基因變體和可變剪接形式。FcyRII受體包括Fc y RIIA ( “活化性受體”)和FcyRIIB( “抑制性受體”)，其具有主要在其細胞質結構域中不同的相似氨基酸序列。活化性受體Fc γ RIIA在其細胞質結構域中含有免疫受體酪氨酸基活化基序(ITAM)。抑制性受體Fc γ RIIB在其細胞質結構域中含有免疫受體酪氨酸基抑制基序(ITIM)。(參見例如，Da e ron, Annu. Rev. Immunol. 15 :203-234 (1997)) FcR 例如在 Ravetch 禾口 Kinet, Annu. Rev. Immunol 9 :457-92(1991) ；Capel 等人，Immunomethods4 25-34(1994) JPde Haas 等人，J. Lab. Clin. Med. 126 :330-41 (1995)中綜述。本文術語“FcR”涵蓋其他FcR，包括未來鑒定的那些。術語“Fe受體”或“FcR”還包括新生兒受體，Fcfoi，其負責母源IgG至胎兒的轉移(Guyer 等人，J. Immunol. 117 :587(1976)和 Kim 等人，J. Immunol. 24 :249(1994))和免疫球蛋白的穩態的調節。測量與Fcfoi的結合的方法是已知的(參見例如，Ghetie和Ward，Immunology Today,18(12) :592-8(1997) ；Ghetie 等人，Nature Biotechnology,15(7)637-40(1997) ；Hinton 等人，J. Biol. Chem.，279 (8) :6213-6(2004) ；W02004/92219 (Hinton等人)。人Fcfoi高親和力結合多肽在體內與人Fcfoi的結合和其血清半衰期，可以例如在表達人Fcto的轉基因小鼠或轉染的人細胞系中或在靈長類動物中測定，其中施用具有變體Fc區的該多肽。W02000/42072 (Presta)描述了對于FcR具有改善或減少的結合的抗體變體。還參見例如，Shields 等人，J. Biol. Chem. ,9 ) :6591-6604(2001) “人效應細胞”是表達一種或多種FcR且執行效應子功能的白細胞。在特定實施方案中，細胞表達至少Fc γ RIII且執行一種或多種ADCC效應子功能。介導ADCC的人白細胞的例子包括外周血單核細胞(PBMC)、天然殺傷(NK)細胞、單核細胞、細胞毒性T細胞和嗜中性粒細胞。效應細胞可以從天然來源例如從血液中分離。“抗體依賴性細胞介導的細胞毒性”或“ADCC”指細胞毒性形式，其中在特定細胞毒性細胞(例如，NK細胞、嗜中性粒細胞和巨噬細胞)上存在的Fc受體(FcR)上結合的分泌Ig使得這些細胞毒性效應細胞能夠與攜帶抗原的靶細胞特異性結合，且隨后用細胞毒素殺死靶細胞。介導ADCC的主要細胞，NK細胞，僅表達Fc γ RIII，而單核細胞表達Fc YRI、Fc y RII 和 Fc yRIII。在造血細胞上的 FcR 表達在 Ravetch 和 Kinet，Annu. Rev. Immunol.，9 :457-492(1991)的第464頁表3中總結。為了評估目的分子的ADCC活性，可以執行體外ADCC 測定試驗，例如 U. S. 5，500，362 或 5，821，337 或 U. S. 6，737，056 (Presta)中所述的那些。用于此類測定的有用的效應細胞包括PBMC和NK細胞。可替代或另外地，目的分子的ADCC活性可以在體內例如在動物模型中評估，例如公開于Clynes等人，Proc. Natl. Acad.Sci. (USA) ,95 :652-656(1998)中的。“補體依賴性細胞毒性”或“CDC”指在補體的存在下靶細胞的裂解。經典補體途徑的活化通過補體系統的第一組分(Clq)與抗體(合適亞類)的結合起始，其中所述抗體與其關聯抗原結合。為了評估補體活化，可以執行例如feizzano-Santoro等人，J. Immunol.Methods, 202 :163(1996)中描述的CDC測定。具有改變的Fc區氨基酸序列(具有變體Fc區的多肽)和增加或降低的Clq結合能力的多肽變體例如在U. S. 6，194，551和W01999/51642中描述。還參見例如，Idusogie 等人，J. Immunol. 164 :4178-4184(2000)。“結合親和力” 一般指分子(例如抗體)的單個結合位點與其結合配偶體(例如抗原)之間的非共價相互作用的總和的強度。除非另有說明，如本文使用的，“結合親和力”指反映結合對的成員(例如，抗體和抗原)之間的1 1相互作用的固有結合親和力。分子X對于其配偶體Y的親和力一般可以通過解離常數(Kd)表示。親和力可以通過本領域已知的常見方法進行測量，包括本文描述的那些。低親和力抗體一般緩慢結合抗原且傾向于容易解離，而高親和力抗體一般更快速結合抗原且趨于保持結合更長時間。測量結合親和力的多種方法是本領域已知的。如本文使用的，術語“基本上相似的，，或“基本上相同的，，指2個數值(例如一個與本發明的抗體相關，而另一個與參考/比較抗體相關)之間足夠高程度的相似性，由此本領域技術人員將認為這2個值之間的差異就由所述值(例如Kd值)量度的生物學特征而言幾乎無或完全無生物學和/或統計學顯著性。作為參考/比較值的函數，所述2個值之間的差異例如小于約50%、小于約40%、小于約30%、小于約20%和/或小于約10%。如本文使用的，短語“實質上減少的”或“實質上不同的”指2個數值(一般地一個與一種分子相關，而另一個與參考/比較分子相關)之間足夠高程度的差異，從而使得本領域技術人員認為就由所述值(例如Kd值)度量的生物學特征而言這2個值之間的差異具有統計顯著性。作為參考/比較分子的值的函數，所述2個值之間的差異例如大于約10%、大于約20%、大于約30%、大于約40%和/或大于約50%。“小分子”或“有機小分子”在本文中定義為具有低于約500道爾頓的分子量的有機分子。當在本文中使用時，單詞“標記”指可檢測化合物或組合物。標記一般與試劑例如核酸探針或抗體直接或間接綴合或融合，并且促進與之綴合或融合的試劑的檢測。標記可以自身是可檢測的(例如，放射性同位素標記或熒光標記)，或在酶促標記的情況下，可以催化底物化合物或組合物發生化學改變，導致可檢測的產物。“分離的”生物分子例如核酸、多肽或抗體是已鑒定且與其天然環境中的至少一種組分分離和/或回收的生物分子。在本文中提及“約”值或參數包括(且描述)涉及該值或參數本身的實施方案。例如，述及“約X”的描述包括“X”的描述。術語“藥物制劑”指無菌的制劑，其形式允許藥物的生物學活性是有效的，并且不含有對于制劑將施用于的受試者而言具有無法接受的毒性的額外組分。“無菌”制劑是消毒的或不含所有活微生物及其孢子。“包裝說明書”用于指通行包括在治療產品或藥物的商業包裝中的說明書，其含有關于適應癥、用法、劑量、施用、禁忌、待與包裝產品組合的其他治療產品、和/或與此治療產品或藥物的使用相關的注意事項，等信息。“試劑盒”是包含至少一種試劑，例如用于治療RA或關節損傷的藥物、或用于特異性檢測本發明的生物標記基因或蛋白質的探針，的任何制造品(例如包裝或容器)。在特定實施方案中，該制品作為用于執行本發明方法的單位被推廣、分發或銷售。“靶受眾”是，如通過上市或宣傳，特別是對于特定用途、治療或適應癥，特定藥物所要推廣至或旨在推廣至的人群或機構，例如個體患者，患者群體，報紙、醫學文獻和雜志的讀者，電視或因特網觀眾，收音機或因特網的聽眾，醫生，藥物公司等。術語“血清樣品”指得自個體的任何血清樣品。用于從哺乳動物獲得血清的方法是本領域眾所周知的。當涉及受試者或患者對于先前已經施用于其的藥物(一種或多種)的反應時，表述“不應答/響應”描述該受試者或患者，在該藥物(一種或多種)施用后，未曾顯示出對于進行治療的病癥而言任何的或足夠的治療跡象，或他們顯示出了對于該藥物(一種或多種)在臨床上無法接受的高度毒性，或他們未維持在第一次施用該藥物(一種或多種)后的治療跡象，其中單詞治療在此處如本文定義的使用。短語“不應答/響應”包括描述對于先前施用的藥物(一種或多種)具有抵抗性和/或頑固的那些受試者，并且包括下述情況其中受試者或患者在接受藥物施用時已進展，和其中受試者或患者在完成方案后12個月內(例如6個月內)已進展，其中所述方案涉及他或她不再響應的藥物(一種或多種)。對于一種或多種藥物的不應答性因此包括在先前或當前的治療后繼續具有活動性疾病的受試者。例如，在用患者不響應的藥物(一種或多種)治療約1-3個月后，患者可以具有活動性疾病活動性。此應答性可以由在所討論的病癥的治療領域的臨床醫生進行評估。對于不響應藥物(一種或多種)，在用一種或多種藥物進行的先前或目前治療中經歷“臨床上無法接受的高水平的毒性”的受試者經歷與之相關的一種或多種不良副作用或不利事件，所述副作用或不利事件被有經驗的臨床醫生視為嚴重的、例如嚴重感染，充血性心力衰竭，脫髓鞘(導致多發性硬化)，顯著超敏反應，神經病理學事件，高度自身免疫性，癌癥例如子宮內膜癌、非何杰金氏淋巴瘤、乳腺癌、前列腺癌、肺癌、卵巢癌或黑素瘤，肺結核(TB)等。“減少不良副作用的危險”意指，與所觀察到的由用先前施用的藥物治療相同患者或其他患者導致的危險相比，由本文拮抗劑治療導致的副作用的危險被降低至較低程度。此類副作用包括上文就毒性闡述的那些，并且優選感染、癌癥、心力衰竭或脫髓鞘。與對RA患者或關節損傷患者的增加的臨床益處相關的生物標記的“量”或“水平”是在生物樣品中可檢測的水平。這些可以通過本領域技術人員已知以及本文公開的方法進
38行測量。評估的生物標記的表達水平或量可以用于確定對于治療的應答。術語“表達的水平”或“表達水平”一般而言可互換使用，并且一般指生物樣品中多核苷酸或氨基酸產物或蛋白質的量。“表達”一般指基因編碼的信息被轉換成細胞中存在和運作的結構的過程。因此，如本文使用的，基因的“表達”可以指轉錄成多核苷酸、翻譯成蛋白質、或甚至蛋白質的翻譯后修飾。轉錄的多核苷酸、翻譯的蛋白質或翻譯后修飾的蛋白質的片段也應視為表達的，無論它們是源于通過可變剪接生成的轉錄物或降解的轉錄物，還是源于蛋白質的翻譯后加工例如蛋白酶水解。“表達的基因”包括轉錄成多核苷酸mRNA并且隨后翻譯成蛋白質的那些，以及轉錄成RNA但不翻譯成蛋白質的那些(例如轉移和核糖體 RNA)。類風濕性關節炎自身免疫疾病仍是人類臨床上重要的疾病。如名字暗示的，自身免疫疾病通過身體的自身免疫系統起作用。雖然病理學機制在不同類型的自身免疫疾病中不同，但一個一般性的機制涉及針對特定內源性蛋白質的抗體的生成(本文稱為自身反應性抗體或自身抗體)。醫生和科學家已鑒定超過70種臨床上不同的自身免疫疾病，包括RA、多發性硬化 (MS)、脈管炎、免疫介導的糖尿病和狼瘡例如全身性紅斑狼瘡(SLE)。雖然許多自身免疫疾病是罕見的-影響少于200，000個體-共同地，這些疾病影響數百萬美國人，估計5%群體， 其中女性不成比例地受大多數疾病影響。這些疾病的慢性性質導致巨大的社會和財政負擔。炎性關節炎是在多種自身免疫病癥包括RA、銀屑病性關節炎(PsA)、SLE、 Sjogren氏綜合征和多肌炎中的一個顯著臨床表現。大多數這些患者在體格檢查時發現關節畸形，但一般僅RA和PsA患者在成像研究上表現骨侵蝕。RA是慢性炎性疾病，其影響北歐和北美約0. 5-1%成人群體，以及在全世界其他部分中略微較低的比例。Alamanos 和 Drosos，Autoimmun. Rev.，4 :130-136(2005)。它是以受累關節的滑膜中的慢性炎癥為特征的全身性炎性疾病，由于慢性疼痛和疲勞，這最終導致日常功能的喪失。大多數患者還經歷受累關節中軟骨和骨的進行性惡化，這可以最終導致永久性殘疾。RA的長期預后不良，其中約50%患者自診斷起10年內出現顯著功能性殘疾。Keystone, Rheumatology, 44 (Suppl. 2) :ii8_iil2 (2005)。預期壽命減少平均 3-10年。Alamanos和Drosos，同上。具有高滴度類風濕因子(RF)的患者(約80%的患者)具有侵略性更強的疾病(Bukhari 等人，Arthritis Rheum. ,46 :906-912(2002)),比 RF陰性的患者，更差的長期后果和增加的死亡率。Heliovaara等人，Ann. Rheum. Dis. ,54 811-814(1995))。慢性炎性骨疾病例如RA的發病機理并未完全闡明。此類疾病伴隨在受累關節周圍的骨丟失——由增加的破骨細胞重吸收導致。這個過程在很大程度上由促炎細胞因子增加的局部產生介導。Teitelbaum, Science，289 1504-1508 (2000) ；Goldring 和 Gravallese, Arthritis Res.，2(1) :33-37 (2000)。這些細胞因子可以直接地作用于破骨細胞譜系中的細胞，或間接地通過影響成骨細胞/基質細胞中基本破骨細胞分化因子、NFkB 配體的受體激活物(RANKL)和/或其可溶性誘餌受體，護骨蛋白(OPG)的產生，而作用于破骨細胞譜系中的細胞。Hossbauer等人，J. Bone Min. Res.，15(1) :2_12 (2000)。腫瘤壞死因子-α (TNF-α)是炎癥的主要介質。它在多種形式的骨丟失的發病機理中的重要性得到幾列實驗和臨床證據的支持。Feldmann等人，Cell，85 (3) :307-310 (1996)。然而，TNF-α不是破骨細胞發生(Douni等人，J. Inflamm. ,47 :27-38 (1996))、侵蝕性關節炎(Campbell等人，J.Clin· Invest. , 107(12) 1519-1527 (2001))、或骨質溶解(Childs 等人，J. Bon. Min. Res. ,16 :338-347(2001))必需的，因為這些可以在不存在TNF-α的情況下發生。特別地在RA中，免疫應答被認為由滑膜區室中存在的一種或數種抗原起始/延續，其導致急性炎性細胞和淋巴細胞流入關節內。炎癥的后續波導致稱為血管翳的侵襲性和侵蝕性組織的形成。這含有增生的成纖維細胞樣滑膜細胞和巨噬細胞，其產生促炎細胞因子例如TNF-α和白細胞介素-I(IL-I)。蛋白水解酶的局部釋放、多種炎癥介質和破骨細胞活化促成許多組織損害。存在關節軟骨的喪失和骨侵蝕的形成。周圍的腱和滑液囊可以受炎癥過程影響。最終，關節結構的完整性被破壞，產生殘疾。B細胞對于RA的免疫發病機理的精確貢獻并未完全表征。然而，存在B細胞參與疾病過程的幾種可能機制。Silverman 和 Carson，Arthritis Res. Ther.，5Suppl. 4 Sl-6(2003)。歷史上，B細胞被認為主要通過充當自身抗體生產性細胞的前體而在RA的疾病過程中起作用。已鑒定了許多自身抗體特異性，包括針對II型膠原和蛋白聚糖的抗體以及 RF。大量抗體的生成導致免疫復合物形成和補體級聯的活化。這又擴大免疫應答且可以終于局部細胞裂解。增加的RF合成和補體消耗已與疾病活動性關聯。RF自身的存在與更嚴重形式的RA和關節外特征的存在相關。有證據表明B細胞是高度有效的抗原呈遞細胞(APC) (Janeway和Katz， J. Immunol. ,138 :1051(1998) ；Rivera 等人，Int. Immunol.，13 1583-1593 (2001))。RF 陽性B細胞可以是特別有效的APC，因為它們的表面免疫球蛋白可以容易地允許捕獲任何免疫復合物，而不論在其內存在的抗原如何。許多抗原由此可以被加工而呈遞給T細胞。 此外，近期已提示這還可以允許RF陽性B細胞自延續。Edwards等人，Immunology, 97 188-196(1999)對于T細胞的活化，需要將2種信號遞送給細胞；一種經由T細胞受體(TCR)，其在主要組織相容性復合物(MHC)抗原的存在下識別加工的肽，而第二種經由共刺激分子。當活化時，B細胞在其表面上表達共刺激分子，并且因此可以提供第二種信號用于T細胞活化和效應細胞的生成。B細胞可以通過產生細胞因子促進其自身功能以及其他細胞的功能。Harris等人，Nat. Immunol.，1 :475-482(2000)。TNF-α、IL-I、淋巴毒素- α、IL-6 和 IL-10 是在 RA 滑膜中B細胞可以產生的一些細胞因子。盡管T細胞活化被視為RA發病機理中的關鍵組分，但在重癥聯合免疫缺陷病 (SCID)小鼠中使用人滑膜外植體的近期工作已證實在關節內的T細胞活化和保留關鍵性地依賴于B細胞的存在。Takemura等人，J. Immunol.，167 :4710-4718 (2001)。B細胞在這點上的確切作用并不明了，因為其他APC看起來對T細胞不具有相同作用。對于關節的結構損害是慢性滑膜炎癥的重要后果。60% -95%具有RA的患者在疾病發作3-8年內發展至少一種射線影像學侵蝕。Paulus等人，J.Rheumatol. ,23 801-805(1996) ；Hulsmans 等人，Arthritis Rheum. ,43 1927-194(^2000)。在早期 RA 中，在射線影像學損害得分和功能能力之間的關聯很弱，但在疾病8年后，關聯系數可以達到高至 0. 68。Scott 等人，Rheumatology，39 :122-132(2000)。在具有至少 4 年 RA 的小于 60 歲的 1，007 個患者中，Wolfe 等人(Arthritis Rheum, 43Suppl. 9 :S403 (2000))發現在 Larsen 射線影像學損害得分的進展速率(Larsen等人，Acta Radiol. Diagn. 18 :481-491 (1977))、 增加的社會保障殘疾狀態和減少的家庭收入之間的顯著相關性。RA的診斷可以依據目前美國風濕病學會(American College of Rheumatology) (ACR)標準，并且可以包括在最大限度改善前持續至少1小時的在關節中和周圍的晨僵；3 個或更多個關節區域的關節炎醫生觀察到至少3個關節區域已同時具有軟組織腫脹或液體(非單獨的骨生長過度)；該14個可能的關節區域(右和左)是近端指間(PIP)、掌指 (MCP)、腕、肘、膝、踝和跖趾(MTP)關節；手關節的關節炎上面腫脹的至少一個關節區域在腕、MCP或PIP關節中；對稱性關節炎在身體兩側上(PIP、MCP或MTP關節的雙側累及是可接受的，無需絕對對稱)的相同關節區域的同時累及(如在上面的3個或更多個關節區域的關節炎中)；類風濕結節醫生觀察到在骨隆起部或伸側面上方或在近關節區中的皮下結節；血清類風濕因子通過任何方法證實的異常量的血清類風濕因子，少于正常對照患者的5%的量是陽性的；射線影像學變化在后前位手和腕X射線上的類風濕性關節炎典型的射線影像學變化，這必須包括定位于累及關節或鄰近累及關節最顯著的侵蝕或明確的骨質脫鈣(單獨的骨關節炎變化不合格)。如果患者滿足至少4個上述標準，那么一般做出 RA的診斷。射線影像學損害的防止或延遲是RA治療的目標之一。Edmonds等人，Arthritis Rheum. ,36 :336-340(1993)。6或12個月持續時間的對照臨床試驗已證明射線影像學損害得分的進展在安慰劑組中比在接受下述藥物的組中更快速氨甲蝶呤(MTX) (Sharp等人，Arthritis Rheum. ,43 :495-505 (2000))、來氟米特(Sharp等人，同上)、柳氮磺胺吡啶 (SSZ) (Sharp 等人，同上)、潑尼松龍(Kirwan 等人，N.Engl. J. Med.，333 :142-146(1995)； Wassenburg 等人，Arthritis Rheum, 42 =Suppl 9 :S243 (1999))、白細胞介素-1 受體拮抗劑(Bresnihan 等人，Arthritis Rheum, 41 :2196-2204 (1998))、或英夫利昔單抗/MTX 組合。Lipsky等人，N. Eng. J. Med. , 343 1594-1604 (2000) 臨床試驗也已證明在用依那西普治療后的射線影像學進展不如用MTX治療后的快速。Bathon等人，N. Engl. J. Med.，343 1586-1593(2000)。其他研究已評估用下述藥物治療的患者中的射線影像學進展皮質類固酉享(Joint Committee of the Medical Research Council 禾口 Nuffield Foundation, Ann Rheum. Dis. ,19 :331-337(1960) ；Van Everdingen φ A, Ann. Intern. Med. , 136 1-12(2002)),環孢菌素 A(Pasero 等人，J. Rheumatol.，24 :2113-2118 (1997) ；Forre, Arthritis Rheum. ,37 1506-1512 (1994)), MTX 與硫唑嘌呤比較(Jeurissen 等人，Ann. Intern. Med.，114 :999-1004(1991)), MTX 與金諾芬(auranofin)比較(Weinblatt 等人， Arthritis Rheum. ,36 :613-619 (1993)), MTX ( 7Π ^v l/f ) (Alarcon 等人，J. Rheumatol.， 19 :1868-1873(1992)),羥氯喹啉(HCQ)與 SSZ 比較(Van der Heijde 等人，Lancet, 1 1036-1038)，SSZ (Hannonen 等人，Arthritis Rheum. ,36 :1501-1509 (1993)),潑尼松龍、 MTX 和 SSZ 的 COBRA (Combinatietherapei Bij Reumatoide Artritis)組合(Boers 等人， Lancet, 350 :309-318(1997) ；Landewe 等人，Arthritis Rheum. ,46 :347-356 (2002)), MTX, SSZ 和 HCQ 的組合(0 ‘ Dell 等人，N.Engl· J.Med·，334 :1沘7-1四1 (1996) ；Mottonen 等人，Lancet, 353 1568-1573 (1999))，環磷酰胺、硫唑嘌呤和HCQ的組合(Csuka等人，JAMA,255 :2115-2119(1986)),和阿達木單抗與 MTX 的組合。Keystone 等人，Arthritis Rheum.， 46Suppl. 9 :S205(2002)。FDA目前已批準標注聲明(labeling claims)特定藥劑例如來氟米特、依那西普和英夫利昔單抗減慢射線影像學關節損害的進展。這些聲明基于在隨機分配的治療組和對照組之間觀察到的進展速率的統計學顯著差異。然而，在治療和對照組內的個體中進展速率相當大程度地重疊。因此，盡管在治療組之間的顯著差異，但這些數據不能用于評估待開始治療的患者將出現就射線影像學損害進展而言的有利后果的可能性。多種方法已被建議用于將來自個體患者的配對射線照片分類為未進展的，例如在2個時間點上損害得分均為0，損害得分無增加，無具有侵蝕的新關節，和得分變化不超過最小可檢測差異(即， 相同射線照片的重復讀數之間的差異的95%置信區間。Lassere等人，J. Rheumatol. ,26 731-739(1999)。由于幾個原因，在臨床試驗開始和6或12個月臨床試驗結束時獲取的配對射線照片之間確定在該間隔期中個體患者是否已經存在增加的結構損害，是困難的。射線影像學損害的速率在RA患者群體內是不均一的；少數患者可以具有快速進展的損害，但許多可以具有很少的進展或無進展，特別是如果時間間隔相對短時。用于評分射線影像學損害的方法，例如，Sharp(Sharp 等人，Arthritis Rheum. , 14 :706-720(1971) ；Sharp 等人，Arthritis Rheum. ,28 :1326-1335 (1985)), Larsen (Larsen 等人，Acta Radiol. Diagn.，18 :481-491(1977)),和這些方法的變型(Van der Heijde, J. Rheumatol. ,27 沈1力63 (2000))，取決于閱讀者關于真實的判斷和解釋。決定的因素是軟骨下皮質骨板的明顯不連續是否是真實的，或關節相對側上皮質之間的距離減少是否是真實的，或是由于關節位置相對于膠片和射線束的輕微變化、或射線影像學曝光的變化、或某些其他技術因素引起。因此，記錄的得分是真正損害的近似值，并且對于許多受試者，在相同射線影像的重復評分之間的最小可檢測差異大于在基線和最終射線影像之間的間隔期中已發生的實際變化。如果閱讀者對于膠片的時間順序不知情，那么這些不能避免的評分錯誤可以是任一方向的，當得分減少時導致明顯“愈合”，或當閱讀錯誤增加膠片之間的差異時導致明顯快速進展。當研究涉及足夠大的患者群體，其中所述患者已隨機分配接受有效治療或安慰劑，則正和負讀數誤差可以彼此抵消，可以檢測到在處理組之間小但真正的差異。用于定量RA疾病活動性的臨床測量的不精確性已造成相似問題。來自臨床試驗的某些后果測量值之間的統計學顯著差異對于評估開始該治療的個體的改善可能性是沒有用的。Paulus等人，Arthritis Rheum.，33 :477-484 (1990)。伴隨美國風濕病學會 (ACR) 20%綜合改善標準(ACR20)的建立，個體改善的認定成為實際可行的，在該標準中， 如果在觸痛和腫脹關節計數中存在20%改善和在5個另外的量度(疼痛、身體功能、患者的綜合健康評估、醫生的綜合健康評估和急性期反應物水平)的至少3個中存在20%改善， 那么將患者歸為改善的。Felson等人，Arthritis Rheum. ,38 :727-735(1995) 所有這些測量的最小可檢測差異都具有大值，但通過要求相同過程(疾病活動性)的7個方面中的5 個的同時改善，7個測量誤差的隨機性被約束，由此可以較為容易地將真實改善歸于個體。在RA中，關節損害是一個顯著特征。在疾病后果的描述中，關節破壞的射線學參數被看作是一個關鍵的后果量度。在近期OMERACT(Outcome Measures in RheumatologyClinical Trials)協商會議中，放射學被選擇作為后果測量核心組的部分用于縱向觀察性研究。Wolfe 等人，Arthritis Rheum.，41Supp 9 :S204(1998)摘要。放射學也是 WHO/ILAR(World Health Organization/International League of Associations for Rheumatology)要求的用于長期臨床試驗的核心測量組的部分。Tugwell和Boers， J. Rheumatol. ,20 :528-530(1993)。已在短期和長期研究中獲得有關RA的放射學損害后果的可用數據。在具有近期發作的疾病的RA患者的短期研究中，每6個月獲得的射線影像顯示了，在最初快速進展后， 手和足的放射學損害進展速率在2-3年后降低。Van der Hei jde等人，Arthritis Rheum., 35 :26-34(1992) ；Fex 等人，Br. J. Rheumatol. ,35 :1106-1055(1996)。在較不頻繁獲取射線影像的長期研究中，發現了恒定進展速率，其中損害不停的惡化長達25年的疾病持續時間。Wolfe 和 Sharp，Arthritis Rheum. ,41 :1571-1582(1998) ；Graudal 等人，Arthritis Rheum. ,41 :1470-1480(1998) ；Plant 等人，J. Rheumatol. ,25 :417-426(1998) ；Kaarela 和 Kautiainen，J. Rheumatol. ,24 :1285-U87 (1997)。射線影像學進展模式中的這些差異是否是由于評分技術中的差異引起，仍不明了。使用的這些評分系統在待評分的關節數目上、在侵蝕(ERO)和關節間隙變窄 (JSN)的獨立評分的存在上、在每關節的最大得分上、以及在放射學異常的權重上是不同的。迄今，在優選的評分法上未達成一致。在早期關節炎患者的一個隊列研究中前3年隨訪過程中，發現了 JSN和ERO對測量到的手和足放射學損害進展的貢獻是不同。Van der Heijde 等人，Arthritis Rheum. ,35 =26-34(1992)。此外，發現獨立地評分 ERO 和 JSN 的方法例如Siarp和Kellgren評分法，比使用總體測量的方法例如Larsen評分法，對早期RA 中的變化更靈敏。Plant 等人，J. Rheumatol. ,21 :1808-1813(1994) ；Cuchacovich 等人， Arthritis Rheum.，；35 :736-739 (1992)。Sharp 評分是非常費力的方法。Van der Heijde, Baillieres Clin. Rheumatol.，10 :435-533(1996)。在晚期或破壞性 RA 中，發現 Sharp 和Larsen法提供相似信息。然而，這些不同評分法對疾病晚期中的變化的靈敏度仍未進行研究，并且對于獨立地測量ERO和JSN的評分方法是否可以提供有用信息，是可爭議的。Pincus 等人，J. Rheumatol.，24 :2106-2122(1997)。還參見 Drossaers-Bakker 等人， Arthritis Rheum. ,43 1465-1472 QOOO)，其比較了這3個放射性評分系統在RA的長期評估中的使用。Paulus 等人，Arthritis Rheum. ,50 :1083-1096(2004)將參與臨床試驗的 RA個體中的射線影像學關節損害分類為進展性或非進展性的，并且得出結論使用如下綜合定義， 可以將觀測的隊列中的RA關節損害分類為進展性或非進展性的，所述定義包括許多不精確的相關但不同的結構性關節損害測量。看起來，在RA患者的每日臨床管理中，在將結構變化視為真實的并且使用其作為治療決定的基礎前，在一對射線影像之間應存在至少5個 Sharp射線影像學損害得分單位的間隔變化。一些RA治療劑RA的初始治療一般涉及一種或多種下述藥物的施用非類固醇抗炎藥(NSAID)例如乙酰水楊酸(例如，阿司匹林)、布洛芬(美林)、萘普生(消痛靈)、吲哚美辛(消炎痛)、 萘丁美酮(瑞力芬)、托美丁(痛滅定)；糖皮質激素(經由關節注射)；和低劑量潑尼松龍。參見"Guidelines for the management of rheumatoid arthritis，" Arthritis &
43Rheumatism 46 (2) =328-346 (2002年2月)。具有新近診斷的RA的大多數患者在診斷3個月內開始用緩解病情抗風濕藥物(DMARD)治療。在RA中通常使用的DMARD是羥氯喹啉、柳氮磺胺吡啶、氨甲蝶呤((+) 口服和皮下氨甲蝶呤)、來氟米特、硫唑嘌呤、D-青霉胺、金(經口)、金(肌內)、米諾環素、環孢菌素、葡萄球菌蛋白A免疫吸附。在一些情況下，患者用免疫調節劑例如硫唑嘌呤或環磷酰胺進行治療。另外的RA治療劑包括抗細胞因子劑(例如， 抗腫瘤壞死因子α、抗白細胞介素-1-受體(例如，阿那白滯素)、抗白細胞介素10、抗白細胞介素6受體、抗白細胞介素6、抗干擾素α、抗B淋巴細胞刺激物)、共刺激抑制劑(例如，抗 CD154、CTLA4_Ig (例如，abatacept)) 在一些情況下，TNF α抑制劑已用于RA的治療。示例性TNF α抑制劑包括依那西普(以商品名ENBREL 銷售)、英夫利昔單抗(以商品名REMICADE 銷售)、阿達木單抗(以商品名HUMIRA 銷售)、戈利木單抗(以商品名SIMPONI 銷售)、和賽妥珠單抗(以商品名CIMZIA 銷售)。依那西普(在商品名稱ENBREL 下銷售)是在美國批準用于治療活動性RA 的注射藥物。依那西普與TNFa結合且作用于去除來自關節和血液的大多數TNFa，從而阻止TNF α促進類風濕性關節炎的炎癥和其他癥狀。依那西普是由與人IgGl的Fc部分連接的人75kD(p75)腫瘤壞死因子受體(TNFR)的細胞外配體結合部分組成的“免疫粘附素”融合蛋白。藥物已與不良副作用相關，包括嚴重感染和敗血癥，和神經系統病癥例如多發性硬化(MS) ο 參見" 列如，www, remicade-inf liximab. com/paRes/enbrel embrel. html 在商品名稱REMICADE⑧下銷售的英夫利昔單抗是治療RA和Crohn氏病的免疫抑制性處方藥物。英夫利昔單抗是嵌合單克隆抗體，其與TNFa結合且通過靶向且結合導致炎癥的TNFa而減少身體中的炎癥。英夫利昔單抗已與某些致命反應聯系，例如心力衰竭和感染包括結核以及導致MS的脫髓鞘。參見例如，www. remicade-inf liximab. com。在2002年，Abbott Laboratories得到FDA獲準上市阿達木單抗(在商品名稱 HUMIRA 下銷售)，先前稱為D2E7。阿達木單抗是與TNF α結合的人單克隆抗體， 并且批準用于在具有中等到重度活動性RA的成人中減少體征和癥狀和抑制結構損害的進展，其中所述患者對于一種或多種常規緩解病情的DMARD已經表現無足夠的應答。在2009年4月，Centocor Ortho Biotech Inc.接受FDA批準上市戈利木單抗 (在商品名稱SIMP0NI 下銷售)用于具有中等到重度RA、銀屑病性關節炎和強直性脊柱炎的患者。戈利木單抗是對于人TNFa特異性的人IgGl κ單克隆抗體，由患者每月皮下自施用一次。戈利木單抗與可溶性和跨膜生物活性形式的TNF α結合。類似于抑制TNF α的其他治療劑，戈利木單抗已與特定不利事件例如感染危險，包括嚴重和威脅生命的真菌感染， 相關。在2009年5月，賽妥珠單抗(在商品名稱CIMZIA 下銷售)由FDA批準用于治療具有RA的患者。它由健康護理專業人士通過皮下注射在導入期中每2周一次和隨后在維持期中每4周一次施用。賽妥珠單抗是重組、人源化抗體Fab'片段，對于人TNFa具有特異性，與約40kDa聚乙二醇(PEG2MAL40K)綴合。賽妥珠單抗也已與特定安全危險例如增加的嚴重感染危險相關，類似于其他TNF α抑制劑。在一些情況下，利妥昔單抗(在商品名稱RITUXAN 下銷售)已用作RA的療法。利妥昔單抗是針對CD20抗原的遺傳改造的嵌合鼠/人單克隆抗體。利妥昔單抗是在1998年4月7日(Anderson等人)授權的美國專利號5，736，137中稱為“C2B8”的抗體。另一種抗CD20抗體是ocrelizumab。Ocrelizumab是抗CD20抗體2H7的人源化變體。此人源化2H7變體例如在國際公開號W02004/056312 (國際申請號PCT/US2003/040426) 中描述。具有B細胞拮抗劑活性的RA治療劑可以例如通過就特定生物學性質篩選化合物而進行鑒定。例如，可以采用如Sundberg等人，CancerResearch 66，1775-1782 (2006)中所述的篩選方法，其中，就B細胞增殖的抑制，篩選通過靶向c-myc蛋白質用于快速和特異性降解的化合物。關于BAFF、APRIL、以及涉及B細胞存活和篩選的教導，還參見Mackay 等人，Annual Review of Immunology，21 :231164 (2003)，關于 B 細胞增殖和 APRIL，還參 JAL Thangarajh ^ Α Scandinavian J. Immunol. , 65 (1) :92(2007)。 jit；夕卜，Sakurai 入， European J. Immunol.，37(1) :110(2007)公開了 TACI 減弱由 BAFF-R和 CD40 共刺激的抗體產生。進一步地，Acosta-Rodriguez 等人，European J. Immunol.，37 (4) :990(2007)公開了 BAFF和LPS協作以誘導B細胞變得對CD95/Fas-介導的細胞死亡敏感。進一步篩選方法可以在下述文獻中發現Martin 和 Chan，“ B CellImmunobiology in Disease =Evolving Concepts from the Clinic Annual Review of Immunology, " 24 :467-496(2006),Pillai 等)κ," Marginal Zone B Cells" Annual Review of Immunology, 23 161-196 (2005), VX 及Hardy禾口Hayakawa, " B Cell Development Pathways," Annual Review oflmmunology, 19 :595-621 0001)。根據這些及其他參考文獻，技術人員可以篩選合適的拮抗劑。微陣列(Hagmann，Science, 290 :82-83 (2000)),以及 RNA 干擾(RNAi) (Ngo 等人，Nature，441 106-110(2006))可以用于這個目的。在本發明的范圍內包括的B細胞拮抗劑包括抗體、合成或天然序列肽、免疫粘附素和小分子拮抗劑，其與B細胞表面標記或B細胞特異性存活或增殖因子結合，任選與其它分子綴合或融合。在特定實施方案中，拮抗劑包含抗體或免疫粘附素。它包括BLyS拮抗劑，例如免疫粘附素，包括但不限于，抗⑶23 (例如，lumiliximab)、抗CD20、抗CD22或抗BR3抗體、APRIL拮抗劑和/或BLyS免疫粘附素。在特定實施方案中，BLyS免疫粘附素選自包含BR3的細胞外結構域的BR3免疫粘附素、包含TACI的細胞外結構域的TACI免疫粘附素、和包含BCMA的細胞外結構域的BCMA免疫粘附素。BR3免疫粘附素的特定實施方案包括如W02005/00351、美國專利公開號2005/0095243、美國專利公開號2005/0163775 和TO2006/068867中所述的hBR3_Fc。在特定實施方案中，BLyS拮抗劑是抗BLyS抗體，其中抗BLyS抗體在包含殘基162-275的BLyS區域內結合BLyS，或抗BR3抗體，其中抗BR3 抗體在包含人BR3的殘基23-38的區域中結合BR3。在特定實施方案中，免疫粘附素選自 TACI-Ig (atacicept)和BR3_Ig。在特定實施方案中，B細胞拮抗劑是針對CD20、CD22、BAFF 或APRIL的。在特定此類實施方案中，拮抗劑是抗體或TACI-Ig。CD22抗原或CD22也稱為BL-CAM或Lyb8，是具有約130 (還原的)_140kD (非還原的)分子量的1型整合膜糖蛋白。它在B淋巴細胞的細胞質和細胞膜中表達。CD22抗原在與CD19抗原大約相同的階段在B細胞淋巴細胞分化的早期出現。與一些其他B細胞標記不同，CD22膜表達局限于在成熟B細胞(CD22+)和漿細胞(CD22-)之間包含的晚期分化階段。 CD22 抗原例如在 Wilson 等人，J. Exp. Med.，173 :137(1991)和 Wilson 等人，J. Immunol.， 150 :5013(1993)中描述。
一些示例性抗 CD22 抗體包括 EP 1，476，120 (Tedder 和 Tuscano)、 EPl, 485, 130 (Tedder)和 EPl, 504, 035 (Popplewell 等人)中描述的那些，以及美國專利公開號 2004/0258682 (Leung 等人)、美國專利號 5，484，892 (Dana-Farber)、 美國專利號6，183，744(Immunomedics、依帕珠單抗(epratuzumab))和美國專利號 7，074，403 (Goldenberg 和 Hansen)中描述的那些。BLyS(也稱為 BAFF、TALL-U THANK、TNFSF13B 或 zTNF4)是 TNFl 配體超家族成員，其對于B細胞存活和成熟是必需的。在轉基因小鼠中的BAFF超表達導致B細胞過度增生和嚴重自身免疫疾病的發生(Mackay等人，J. Exp. Med. , 190 1697-1710 (1999)； Gross 等人，Nature, 404 :995-999(2000) ；Khare 等人，Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A, 97 3370-3375(2000))。BAFF水平在多種自身免疫病癥的人患者中是升高的，例如SLE、RA和 Sjogren 氏綜合征(Cheema 等人，Arthritis Rheum. ,44 :1313-1319(2001) ；Groom 等人， J. Clin. Invest.，109 :59-68 (2002) ；Zhang 等人，J. Immunol.，166 :6-10 (2001))。此夕卜， BAFF水平與疾病嚴重性關聯，暗示BAFF可以在這些病的發病機理中起直接作用。BAFF通過與TNF受體超家族的3個成員TACI、BCMA和BR3(也稱為BAFF-R)結合而作用于B細胞(Gross 等人，同上；Thompson 等人，Science，293 :2108-2111 (2001) ；Yan 等人，Curr. Biol. 11 :1547-1552(2001) ；Yan 等人，Nat. Immunol.，1 :37-41(2000) ；Schiemann 等人， Science, 293 :2111-2114 (2001))。在這3個中，僅BR3對于BAFF具有特異性；另外2個也結合相關TNF家族成員，增殖誘導配體(APRIL)。BAFF和受體敲除或突變小鼠的表型比較表明，通過BR3的信號傳導介導BAFF的B細胞存活功能(Thompson等人，同上；Yan等人，同上，2001 ；Schiemann等人， 同上)。不同地，TACI看起來充當抑制性受體(Yan, Nat. Immunol.，2 :638-643 (2001))，而 BCMA的作用并不明了(Schiemann等人，同上)。US2007/0071760公開了使用TACI-Ig融合分子以足以抑制BlyS和APRIL的增殖誘導功能的量治療B細胞惡性腫瘤。BR3是在B細胞的表面上表達的184殘基III型跨膜蛋白質(Thompson等人，同上；Yan，Nat. Immun.，同上)。細胞內區域與已知結構域或蛋白質_蛋白質相互作用基序沒有序列相似性。然而，BAFF誘導的通過BR3的信號傳導導致轉錄因子NF_B2/pl00至 p52 的力口工(Claudio 等人，Nat. Immunol. ，3 :958-965(2002) ；Kayagaki 等人，Immunity, 10 :515-524(2002)). BR3的細胞外結構域(ECD)也是趨異的。TNFR家族成員通常特征在于在其細胞外區域中多個富含半胱氨酸的結構域(CRD)的存在；每個CRD —般由約40個殘基組成，通過6個半胱氨酸在3個二硫鍵中穩定。這個家族的常規成員通過2個CRD與配體表面上的2個不同片相互作用而與配體接觸(Bodmer等人，TrendsBiochem. Sci. ,27 19-26 (2002))。然而，BR3E⑶僅含有4個半胱氨酸殘基，最多能夠形成一個部分CRD，從而產生此小受體如何賦予高親和力配體結合的問題。已顯示BR3的BAFF結合結構域位于沈殘基核心區內(Kayagaki等人，同上)。當構造在發夾肽(bhpBR3)內時，6個BR3殘基足以賦予BAFF結合且阻斷BR3介導的信號傳導。其他人已報道了旨在與BAFF相互作用的多肽(例如，102002/^24909102003/035846, W02002/16312 和 W02002/02641)。功能喪失和射線影像學變化在疾病過程早期出現。這些變化可以使用一些DMARD 得到延遲或阻止。盡管幾個DMARD最初是臨床上有效和充分耐受的，但這些藥物中的許多隨著時間過去變得較不有效或顯示出增加的毒性。基于其功效和可耐受性，MTX已成為測定其他治療的標準療法。Bathon 等人，N. Eng. J. Med. , 343 1586-1593 (2000) ；Albert 等人， J. Rheumatol. ,27 :644-652(2000)。近期研究已檢查了在如下患者中的射線影像學進展具有晚期RA且已服用過來氟米特、MTX 或安慰劑的患者(Strand 等人，Arch. Intern. Med.，159 :2542-2550 (1999))，以及在部分應答MTX后已服用過英夫利昔單抗加上MTX或安慰劑加上MTX的患者。Lipsky等人，N. Engl. J.Med·，343 :1594-1602(2000) ；Maini 等人，Lancet，；354 :1932-1939 (1999)。在 ENBREL ERA (早期RA)試驗的第一年中，依那西普顯示在改善疾病的體征和癥狀以及抑制射線影像學進展中比MTX顯著更有效。Bathon等人，N. Eng. J. Med.，343 1586-1593 (2000)。 Genovese等人，Arthritis Rheum. 46 :1443-1450(2002)報道來自該研究的第二年的結果， 得出結論在具有早期侵襲性RA的患者中經過2年，作為單一療法的依那西普是安全的，且在減少疾病活動性、停止結構損害，和減少殘疾方面優于MTX。還研究了在中等至重度RA患者中與MTX組合的ocrelizumab (靶向⑶20+B細胞的人源化抗體)的安全性和臨床活性0 I/II ACTION 研究)。Genovese 等人，Arthritis Rheum. , 54 (9) :S66_S67 (2006 年 9 月)。進一步地，手和足的射線影像學進展的減少在接受與MTX組合的英夫利昔單抗后的早期 RA 患者中觀察到。Van der Heijde 等人，Annals Rheumatic Diseases,64 417 (2005)。具有早期RA的患者在用英夫利昔單抗治療后達到在身體功能上臨床上有意義和持久的改善。Smolen 等人，Annals Rheumatic Diseases，64 :418-419 Q005)。Van der Hei jde 等人，Annals Rheumatic Diseases，64 :319 Q005)報道了從命名為ASSERT的隨機化、安慰劑對照試驗得到的、在具有強直性脊柱炎(AS)的患者中英夫利昔單抗治療對骨礦物質密度的影響。ASSERT試驗顯示英夫利昔單抗改善具有AS的患者的疲勞和疼痛。Van der Hei jde 等人，Annals Rheumatic Diseases, 64 :318-319(2005) van der Hei jde 等人，Arthritis Rheum. ,5 :582-591 (2005)描述了根據 ASSERT 在治療的AS患者中英夫利昔單抗的功效和安全性。作者得出結論英夫利昔單抗在M周研究期中在AS患者的大隊列中是充分耐受和有效的。此外，在一個具有AS的279個患者的隨機化、安慰劑對照試驗中，通過磁共振成像評估了英夫利昔單抗治療對脊柱炎癥的作用。Van der Hei jde 等人，Annals Rheumatic Diseases, 64 :317 (2005)。van der Heij de 等人， Arthritis Rheum. 52 :1979-1985(2005)解決了在測量治療對AS患者的脊柱射線影像學進展的影響時應使用的方式。Antoni 等人，Annals Rheumatic Diseases 64 :107 Q005)報道了 1 年后英夫利昔單抗多國PsA對照試驗(IMPACT)的射線影像學分析結果。Smolen等人，Arthritis Rheum. 52 =1020-1030(2005)報道了，在不具有臨床改善的RA患者中用英夫利昔單抗加上 MTX治療的射線影像學益處的證據，以及對來自該抗TNF試驗的數據在有伴隨治療研究的 RA中的詳細子分析(subanalysis)。射線影像學進展(通過修飾的Siarp/van derHeijde 得分的平均變化來量度)在接受MTX加上安慰劑的患者中比在接受英夫利昔單抗加上MTX 的患者中大得多。作者得出結論即使在沒有臨床改善的患者中，用英夫利昔單抗加上MTX 的治療也提供了就該破壞性過程而言顯著的益處，說明在此類患者中，疾病的這2個測量是分開的。在基線射線影像學損害和用英夫利昔單抗治療RA患者后身體功能的改善之間的相關性由 Breedveld 等人，Annals Rheumatic Diseases，64 :52-55 (2005)描述。使用Siarp得分的van der Hei jde修飾，評估了結構損害。作者得出結論在基線時更大的關節損害與在基線時更弱的身體功能相關以及與在治療后身體功能的更少改善相關，強調早期干預對于減慢關節破壞的進展的重要性。類風濕性關節炎分子生物標記許多研究者已進行了對分離自RA患者的滑膜組織的微陣列基因表達譜研究。公開的研究包括van der Pouw Kraan TC等人，使用cDNA微陣列技術在類風濕性滑膜中發現獨特基因表達譜多個組織破壞和修復途徑的存在證據(Discovery of distinctive gene expression profiles in rheumatoid synovium using cDNA microarray technology evidence for the existence ofmultiple pathways of tissue destruction and repair), Genes Immun Apr ；4 (3) :187-96(2003) ；van der Pouw Kraan TC，等人，類風濕性關節炎是一種異質性疾病在類風濕性組織間STAT-I途徑活化的差異證據(!Rheumatoid arthritis is a heterogeneous disease :evidence for differences in the activation of the STAT-Ipathway between rheumatoid tissues), Arthritis Rheum Aug ；48 (8) 2132-45(2003) ；Finis K等人，以基因組寬度的互補DNA微陣列和組織陣列技術分析色素性絨毛結節性滑膜炎揭示潛在新治療方法(Analysis of pigmented villonodular synovitis with genome-wide complementary DNA microarray and tissue array technology reveals insight into potential novel therapeutic approaches)， Arthritis Rheum Mar ；54 (3) :1009-19(2006) ；Lindberg J，等人，英夫利昔單抗對類風濕性關節炎患者滑膜組織中mRNA表達譜的影響(Effect of infliximab on mRNA expression profiles in synovial tissue of rheumatoid arthritis patients), Arthritis Res Ther. 8 (6) :R179(2006) ；van der Pouw Kraan TC 等人，類風濕性關節炎患者對抗腫瘤壞死因子α治療的應答性與治療前組織炎性水平相關(Responsiveness to anti-tumour necrosis factor alpha therapy is related to pre—treatment tissue inflammation levels in rheumatoid arthritis patients)， Ann Rheum Dis. Apr ；67(4) :563-6(2008) ；Huber R等人，在類風濕性關節炎滑膜中鑒定組內、個體間、和基 13特異的 mRNA 普差異(Identification ofintra-group, inter-individual, and gene-specific variances in mRNA expression profiles in the rheumatoid arthritis synovial membrane), Arthritis Res Ther 10(4) :R98(2008) ；Badot V^A^ifll^ 基因表達譜分析鑒定類風濕性關節炎中阿達木單抗治療應答性缺乏的預測性標簽(Gene expression profiling in the synovium identifies a predictive signature of absence of response to adalimumab therapy in rheumatoid arthritis), Arthritis Res Ther. 11(2) :R57 (2009), Epub 2009 年四月 23。一般技術除非另有說明，本發明的實踐將采用分子生物學(包括重組技術)、微生物學、細胞生物學、生物化學和免疫學的常規技術，其在本領域技術人員的能力內。此類技術在文獻中充分解釋，例如〃 Molecular Cloning =ALaboratory Manual"，第二版(Sambrook 等人，1989) ； “ Oligonucleotide Synthesis “ (Μ· J. Gait，編輯，1984) ； “ Animal Cell Culture" (R. I. Freshney,編輯，1987) ； “ Methods in Enzymology“ (Academic Press, Inc.) ； “ Current Protocols in Molecular Biology" (F. M. Ausubel 等人，編輯，1987，和定期更新)；“PCR :The Polymerase Chain Reaction"，(Mullis 等人，編輯，1994)。在本發明中采用的引物、寡核苷酸和多核苷酸可以使用本領域已知的標準技術生成。本文提供了與RA和RA的特定亞型相關的基因表達標簽。這些標簽構成RA和/ 或RA亞型的生物標記，和/或對RA的發生、持續和/或進展造成易患性或貢獻。相應地， 本文公開的本發明在多種情形中是有用的，例如在與RA診斷和治療有關的方法和組合物中是有用的。基因表汰水平的檢測根據本文描述的任何方法，核酸可以是由基因組DNA轉錄的RNA或由RNA生成的 cDNA。核酸可以源自脊椎動物例如哺乳動物。核酸被說成“源自”特定來源，如果它直接得自那個來源或如果它是在那個來源中發現的核酸的拷貝。核酸包括核酸的拷貝，例如由擴增得到的拷貝。擴增在特定情況下可以是期望的， 例如以便獲得所需量的材料用于檢測變異。隨后可以對擴增子實施變異檢測方法，例如下文描述的那些，以測定特定基因的表達。微陣列是一種多重技術，典型地使用排成陣列的數千個核酸探針的系列，在高嚴格條件下與例如cDNA或cRNA樣品雜交。探針-靶雜交一般通過檢測熒光團、銀或化學發光標記的靶來檢測和定量，從而測定靶中核酸序列的相對豐度。在典型的微陣列中，探針通過與化學基質(經由環氧基-硅烷、氨基-硅烷、賴氨酸、聚丙烯酰胺或其他)的共價鍵與固體表面附著。固體表面是例如玻璃、硅片或微型珠。多種微陣列是商購可得的，包括例如由 Affymetrix, Inc.和 Illumina, Inc 制造的那些。生物樣品可以使用本領域技術人員已知的一些方法獲得。生物樣品可以得自脊椎動物，并且特別是哺乳動物。在一些情況下，生物樣品是滑膜組織、血清或外周血單核細胞 (PBMC)。通過篩選此類身體樣品，可以對于疾病例如RA實現簡單的早期診斷。此外，就靶核酸(或編碼的多肽)的表達水平中的變異，測試此類身體樣品，也可以更容易地監控治療的進展。在確定受試者或組織或細胞樣品包含本文公開的基因表達標簽后，有效量的合適 RA治療劑可以考慮施用于受試者以治療受試者中的RA。本文描述的對哺乳動物中多種病理學狀況的臨床診斷可以通過熟練從業者實施。臨床診斷技術是本領域可獲得的，例如允許診斷或檢測哺乳動物中的RA的技術。RA治療劑可以依照已知方法施用，例如以推注或經一段時間的連續輸注而靜脈內施用、通過肌內、腹膜內、intracerobrospinal、皮下、關節內、滑膜內、鞘內、經口、局部或吸入途徑。任選地，施用可以使用各種商購可得的裝置，通過微型泵輸注執行。試劑盒 為了在本文描述或提議的應用中的使用，還提供了試劑盒或產品。此類試劑盒可以包含區室化的載體工具，以在封閉界限中容納一個或多個容器工具例如小瓶、管等，每一個容器工具各自包含待在方法中使用的分開元件之一。例如，容器工具之一可以包含探針， 其為或可以是可檢測標記的。此類探針可以是對于包含作為基因表達標簽的一種或多種基因的多核苷酸具有特異性的多核苷酸。當試劑盒利用核酸雜交以檢測靶核酸時，試劑盒還可以具有含有用于擴增靶核酸序列的核苷酸(一種或多種)的容器和/或包含與報道分子例如酶學、熒光或放射性同位素標記結合的報道工具的容器，所述報道工具例如生物素結合蛋白質，例如抗生物素蛋白或鏈霉親和素。試劑盒一般將包含上文描述的容器和包含從商業和用戶觀點上期望的材料的一個或多個其他容器，包括緩沖液、稀釋劑、濾器、針、注射器，和具有使用說明的包裝說明書。 使用標簽可以存在于容器上，以指示組合物用于特定治療或非治療應用，并且還可以提供關于體內或體外使用的指導，例如上文描述的那些。試劑盒中的其他任選組分包括一種或多種緩沖液(例如，封閉緩沖液、洗滌緩沖液、底物緩沖液等)、其他試劑例如以酶學標記物化學改變的底物(例如，色素原)、表位修復(印itope retrieval)溶液、對照樣品(陽性和 /或陰性對照)、對照載玻片(一個或多個)等。市場營銷方法本發明還涵蓋用于市場營銷RA治療劑或其藥學可接受組合物的方法，其包括對靶受眾推廣、提供指導和/或詳細說明在如下RA患者或患者群體中治療劑或其藥物組合物用于治療的應用，其中從所述患者已獲得樣品，證實如本文公開的遺傳變異的存在。市場營銷一般是通過非人媒介的有償通訊，其中發起人是確定的且信息是受控制的。用于本文目的的營銷包括宣傳、公關、產品陳列、贊助、包銷和促銷。這個術語還包括在任何印刷通訊介質中出現的資助信息性公告，該公告設計為吸引大量受眾以朝購買、支持或稱贊本發明的有利模式方向說服、告知、推動、鼓動或以其他方式影響行為。本文診斷方法的營銷可以通過任何方式完成。用于遞送這些信息的營銷媒介的例子包括電視、收音機、電影、雜志、報紙、因特網和廣告牌，包括廣告，其是在播放媒體中出現的信息。使用的營銷類型將取決于許多因素，例如待達到的靶受眾的性質，例如醫院、保險公司、診所、醫生、護士和患者，以及成本考慮和控制藥物和診斷產品上市的有關司法和條例。基于由互動服務和/或其他數據例如用戶人口統計數據和地理位置定義的用途特征， 可以是個性化的或定制的。
實施例下述是本發明的方法和組合物的實施例。應當理解，考慮到上文提供的一般描述， 可以實施多種其他實施方案。實施例1方法和受試者 受試者和滑膜活檢組織涉及從人受試者獲得樣本的所有程序依據University of Michigan Institutional Review Board批準的方案執行。人滑膜組織通過在診斷有RA的患者中通過滑膜切除術自受累關節獲得，所述診斷基于美國風濕病學會對RA提出的7個標準中的至少 4 個的存在(Arnett, F. C.，等人，Arthritis Rheum. ,31 :315-324 (1988))。將切出的組織在液氮中立即速凍且貯存于-80°C。對于匹配的組織學切片，將樣品短暫置于-20°C，冷凍切片且立即放回-80°C。將冷凍樣品在Qiagen牌RLT中勻漿，并且根據制造商推薦的方案(Qiagen, Valencia, CA.)分離 RNA。方法
微陣列雜交用于制備cRNA和用于陣列雜交的方法由Affymetrix，Inc. (Santa Clara, CA)提供。簡言之，使用 cDNA 合成試劑盒，superscript Choice (Invitrogen, Carlsbad, CA)和 T7-(dT) 24 寡聚物引物(Biosearch Technologies, Inc.，Novato, CA)，將 3μ g 總 RNA 轉換成雙鏈 cDNA。使用親和樹脂 Sample Cleanup Module Kit (Affymetrix, he.)純化雙鏈 cDNA，并且隨后乙醇沉淀。在體外轉錄試劑(Enzo Diagnostics, Inc. ,Farmingdale,NY)中通過使用T7RNA聚合酶和生物素標記的核苷酸，由cDNA生成標記的cRNA。使用Affymetrix Sample Cleanup Module Kit純化標記的cRNA。通過測量在洸Onm的吸光度且使用在洸Onm 的10D對應于40 μ g/ml RNA的換算，確定標記的cRNA的量。通過在94°C在40mM Tris-乙酸鹽pH8. UlOOmM乙酸鉀和30mM乙酸鎂中溫育30分鐘，使15微克標記的cRNA片段化。隨后使樣品與GeneChip Human Genome U133Plus 2. OArrays (Affymetrix，he.)在 45°C 在設為60rpm的rotisserie爐中雜交19小時。將陣列洗滌且在Affymetrix Fluidics站中染色，并且在GeneChip 掃描儀3000上掃描。使用Affymetrix GeneChip 操作系
統和分析軟件，執行數據分析。組織病理學和免疫組織化學對在丙酮中固定的人滑膜組織的5-μπι厚冰凍切片，進行染色。用蘇木精與伊紅染色了一些切片用于組織學評估。其他切片在10%血清中封閉30分鐘，并且染色以檢測表達下述譜系標記的細胞(CD20-小鼠抗人克隆 26，5μβ/πι1，0ει1 ) ；CD3-兔抗人抗體SP7， 1 200稀釋度，NeoMarkers ；和CD68-小鼠抗人克隆KP-1,2. 5g/ml, Dako)。所有免疫組織化學染色用物種特異性、生物素化的二級抗體和3，3' - 二氨基聯苯胺(DAB)進行檢測。統計分析用在統計學編程環境中可獲得的開源工具，R(在URL :cran (dot) r-pro ject (dot) org 可獲得)和商購可得的 Spotfire Decision Site(TIBC0 Software Inc, Palo Alto, CA)，執行微陣列數據的統計分析。通過多尺度自展重采樣(multiscale boostrap resampling)進行分子亞型的鑒定，其中使用開源R包，Pvclust (Shimodaira，H和Suzuki， R.，Bioinformatics, 22 (12), 2006) 使用由Spotfire提供的方差分析，執行差異表達的基因的熱圖顯現和鑒定。使用CoPub，根據開發商的推薦方案(Frijters，R.等人， Nucleic Acids Res. 36 :W406-ff410(網絡服務商發布 doi :10. 1093/nar/gkn215) (2008))； 在 URLservices(dot)nbic(dot)nl(slash)cgi-bin(slash)copub(slash)microarray_ analySiS(dot)pl可獲得)，鑒定在每個亞型內顯著過度出現的途徑。簡言之，將在每個亞型內特異性上調的Affymetrix探針組標識符( 1000個頂部排序的探針組)上載到網絡服務器。選擇GeneChip Human Genome U133A Plus 2. OArray (Affymetrix, Inc.)作為背景數據集，搜索類別局限于生物過程，并且所有計算設置保留其缺省值。將所得到的數據保存至個人計算機且格式化用于在Spotfire中的比較性熱圖顯現。分類詞的鑒定分子表型訓練和測試使用由20，776個探針組成的過濾后表達數據集和類別標簽，我們試圖構建一系列兩類別和多類別的分類模型，其可以(i)將每個推定患者亞類從另外的3個亞型中區分出來，或(ii)實現所有4個亞類的彼此互相區分。我們在本文中將這些分類模型稱為“分類詞”。在可從相同患者獲得多個樣品的情況下，隨機選擇來自該患者的一個樣品，進入模型。
51使用 CMA 包(Slawski 等人，BMC Bioinformatics 9 :439 Q008))，執行變量(探針)選擇和模型訓練。在兩類別模型的情況下，根據每個探針的兩樣本t統計量或其robust Wilcoxon 統計量的絕對值，排序每個探針與給定類別標簽的相關性，由此進行變量選擇。對于多類別模型，通過在所有四個推定類別上探針的單向F-統計量或其robust Kruskall-Wallis檢驗統計量，對探針進行排序。經過N = 48輪的留一交叉驗證(LOOCV)，或當該類別的大小被認為足夠大時，即對于F2、L和M兩類別模型，經過100輪重復的5折交叉驗證，記錄檢驗統計量的值。對于每個模型和選擇的檢驗統計量，在每輪交叉驗證時，保留具有最大、最顯著的檢驗統計量值的頭20個探針。產生基于探針特異性投票的變量重要性度量，其中計算一個探針在多少輪(或分數)的交叉驗證中出現在頭20個最強相關探針的列表中。實施CMA包中的線性判別分析(LDA)，使用這特定的48個患者樣品獲得的估計類別標簽，可以與聚類結果的原始估計標簽比較。作為一個明智的檢查，使用序列改變的類別標簽，重復變量選擇和LDA步驟，導致增加的錯分類率。在雙色微陣列平臺上可公開獲得的獨立測試數據(Lindberg等人，PLoS One 5(6) :ell310(2010))被用于評估由訓練數據構建的模型的穩健性。對于每個RA患者二-二向模型，和對于多類別模型，使用R中的MASS包(Venables，W.N.& Ripley， B.D. (2002)Modern Applied Statistics with S.第 4 版 Springer, New York. ISBN 0-387-卯457-0)，在該訓練數據上，將曾經出現在一個給定的交叉驗證輪的頭20個探針列表中的獨特探針的集合(經過選擇的參量或穩健性檢驗統計量而聚集)，應用于LDA模型。 使用L00CV，通過將在訓練數據上構建的LDA模型應用于該新的測試集數據，獲得了新的預測類別標簽。2個數據集之間的探針通過其獨特Entrez基因標識編號聯系。在任一數據集中的多個探針被對應到一個給定Entrez基因編號的情況下，選擇獨特探針以代表給定基因。在原始Affymetrix訓練數據中，選擇了經過L00CV輪具有最高變量重要性得分的探針。 在ties的情況下，隨機選擇一個探針。還隨機選擇了在測試數據中的獨特代表性探針。在測試數據集中的漏失數據使用該探針的中值表達值輸入。在執行LDA前，集中(center)并且縮放(scale)訓練和測試數據，以將其置于更相等的立足點(footing)上。關于4個分子表型各自的分類詞在下文提供。分子表型(亞型)的鑒定在從RA患者分離的滑膜組織上，進行了基因表達微陣列實驗，例如以評估基因表達模式，作為基礎以促進在RA發病機理和進展中重要的分子途徑的理解，以及鑒定潛在治療靶和用于診斷和預后目的的生物標記。使用全基因組表達陣列，GeneChip Human Genome U133Plus 2.0 Array (Affymetrix，he.)，對從 50 個 RA 患者中切出的 81 個滑膜組織樣品執行基因表達微陣列實驗。使用制造商提供的軟件MAS5，對表達數據進行歸一化、相對于500標化、轉換以及ζ評分。如果探針具有至少100的最低表達，并且相對于探針在所有樣品中的平均表達水平，在至少5個樣品中差異1. 5個標準差，那么將該探針包括在分析中。這個評估獲得了 20，776個探針，這些探針被10，000次重復地隨機重置抽樣(sampling with replacement)，并聚類(使用相關性作為距離的度量和平均連接用于凝聚)。圖1中顯示了所得到的樹狀圖，該圖描述樣品聚類和所得到的自展分枝支持值。我們分析了來自微陣列實驗的熱圖(圖2)，并且基于在不同RA分子亞型之間差異表達的基因的相對表達水平，鑒定了 RA的4個分子亞型。我們將樣品分配到由自展樹狀圖推出的4個不同組(圖幻。通過對數轉換的表達數據的方差分析，鑒定了在每個組內差異表達的基因。對統計上顯著的探針(具有ρ < 1. 0E-6的5501個探針)執行分層聚類。表達數據是就可視化進行標準化的ζ得分。如圖2中所示，最大的樣品分組(45%)定義了本文描述為富淋巴樣(L)的分子亞型(圖2，在該圖頂部的樹狀圖頂部標記為“L”的分支，在熱圖中顯示了相應框，87%自展支持)。這些樣品共有廣泛的淋巴樣浸潤和濾泡樣淋巴樣細胞聚集(每個ρ < 0. 01)。這組樣品的基因表達標簽揭示了 B細胞、漿細胞、T細胞和巨噬細胞特有的模式，并且牽涉特定途徑，包括B和T細胞活化、同種型轉換、Ig分泌和細胞因子產生。表5提供了與L亞型相關的探針組(和相關基因)列表。這些使用下述標準由微陣列數據鑒定(1)在L亞型內的倍數變化彡1. 5 ； (2) t檢驗ρ值< 0. 0001 ；和(3)注釋為屬于至少一個下述蛋白質分子類別分泌的、質膜、激酶、G偶聯蛋白受體、磷酸酶、核受體、離子通道、E3-連接酶、脫泛素酶。下表1顯示來自表5的這些探針集(和相關基因)中一些的亞集，其已鑒定為L 亞型的治療靶和生物標記。表1中鑒定的基因編碼共有表面表達和分泌性質的蛋白質。在一些情況下，可以由例如單克隆抗體靶向具有這些性質的蛋白質，并且在此種情況下這些蛋白質被視為治療靶。在一些情況下，可以測量分泌蛋白質和自細胞膜斷裂的產物，并且在該種情況下這些蛋白質和產物被視為生物標記。表1. 一些L亞型治療靶和生物標記。
權利要求
1.一種診斷受試者中RA的分子亞型的方法，所述方法包括測量得自所述受試者的生物樣品中基因之一或組合的表達、或由所述基因之一或組合編碼的蛋白質之ー或組合的表達，其中所述基因之一或組合選自表1、表5、表10、CXCLl 3, FcRH5、sFcRH5、LT β、ICAM3、 IL18、PACAP、TNFRSF7、IgJ、IGM、IgG和XBPl中的任何基因，其中所述基因之一或組合的升高表達或所述蛋白質之ー或組合的升高表達指示所述RA分子亞型。
2.權利要求1的方法，其中所述生物樣品是滑膜組織。
3.權利要求2的方法，其中所述基因之一或組合的表達使用PCR法或微陣列芯片進行測量。
4.權利要求1的方法，其中所述基因的組合包含XBPl、SMPDL3B、L0C255458、 L0C339562、PM2、SLC2A11、FAM46C、NDP52、CD79A、SLC38A1、IGLLU L0C91316、PLCG2、 L0C440361、MGC27165、IGKV1D13、ST6GAL1、HERPUDU DKFZP564G2022、GIMAP5, DERL3、 FLJ22170、PHYH、MTMR4、NDEL1、SSB1、NLK、TMAP1、SLC39A3、CBFA2T3、FAM20B、FKBP11、P2RY8、 KIAA0746、SCAMP5、LRP12、SLC39A6、DKFZp762C2414, E2IG2、SOSl 和 APG10L。
5.權利要求1的方法，其中所述生物樣品是血清，并且所述蛋白質之ー或組合選自 CXCLl3, sFcRH5 及其組合。
6.權利要求5的方法，其進ー步包括測量血清中的RF，并且確定血清是RF陽性還是RF 陰性。
7.權利要求5的方法，其中所述測量包含使用免疫測定。
8.權利要求7的方法，其中所述免疫測定是ELISA。
9.權利要求8的方法，其進ー步包括測定CXCL13的量。
10.權利要求9的方法，其中測定的所述量大于116.6pg/ml、或大于150pg/ml、或大于 200pg/ml、或大于 250pg/ml、或大于 300pg/ml。
11.權利要求8的方法，其進ー步包括測定sFcRH5的量。
12.權利要求11的方法，其中測定的所述量大于126.7ng/ml、或大于150ng/ml、或大于 200ng/ml、或大于 250ng/ml、或大于 300ng/ml。
13.權利要求6的方法，其中所述血清被確定為RF陽性，并且所述蛋白質的組合由 CXCL13 和 sFcRH5 組成。
14.一種診斷受試者中RA的分子亞型的方法，所述方法包括測量得自所述受試者的生物樣品中基因之一或組合的表達、或由所述基因之一或組合編碼的蛋白質之ー或組合的表達，其中所述基因之一或組合選自表2、表6、表11、ADAM8、CTSB、CXCL3、ICAMl、IL18BP、 IL1B、IL8、MMP12、CCL2、VEGFA和S100A11中的任何基因，其中所述基因之一或組合的升高表達或所述蛋白質之ー或組合的升高表達指示所述RA分子亞型。
15.權利要求14的方法，其中所述生物樣品是滑膜組織。
16.權利要求15的方法，其中所述基因之一或組合的表達使用PCR法或微陣列芯片進行測量。
17.權利要求14的方法，其中所述基因的組合包含EMILIN2、RHOG,MICAL3、NAGA, SERPINB1、ICAM1、ZYX、UBE3A、VPS13A、FLJ11259、CCL2、GST01、LILRB2、FLNA、LILRB3、P2RX4、 HSMPP8、HCK、CXCL3、TPM4、CAPZB, PGD、CTSB、ATP6V0D1、SLC16A3、CTSZ, C5R1、FLJ20847、 CLKl、VEGF, C9orf88、ARL7、RAPGEFU TFRC, ATP6V1A、ZYX, NRP2、CCRl、NPCl、TCF7L2、KIAA0485、TM7SF1、PLAU,CTSL、FZD4、LACTB、KIAA0582、MFHAS 1、LILRB3、RABGAP1、FAM50B、 MBD2、VPS37C、ACTNl、MGC2752、PLAUR 和 EIF4E2。
18.—種診斷受試者中RA的分子亞型的方法，所述方法包括測量得自所述受試者的生物樣品中基因之一或組合的表達、或由所述基因之一或組合編碼的蛋白質之ー或組合的表達，其中所述基因之一或組合選自表3、表7、表12、FGFlO, FGF18、FGF2、LRP6、TGF β 2、 WNT11、ΒΜΡ6、BTC、CLU、CRLFl、ΤΙΜΡ3、FZD10、FZD7、FZD8 禾P IL17D 中的任何基因，其中所述基因之一或組合的升高表達或所述蛋白質之ー或組合的升高表達指示所述RA分子亞型。
19.權利要求18的方法，其中所述生物樣品是滑膜組織。
20.權利要求19的方法，其中所述基因之一或組合的表達使用PCR法或微陣列芯片進行測量。
21.權利要求18的方法，其中所述基因的組合包含SLC29A1、FZD8、⑶LP1、RNASE4、 PTTG1、GPR64、CBX7、CLU、KBTBD9、ΙΡ09、PLEKHA1、NOVA 1、ΑΒΤΒ2、MSL3L1、ΝΤΝ4、GABARAPL1、 IDH2、PC0LCE2、NTRK2、ARGBP2、SCARA3、SLC35A1、HMGB3、POSTN、LTBP3、L0C201895、NDFIP1、 L0C283481、FLJ10970、AUTS2、FANCA,PPP3CA、BBS1、FLJ32803 和 CHD9。
22.—種診斷受試者中RA的分子亞型的方法，所述方法包括測量得自所述受試者的生物樣品中基因之一或組合的表達、或由所述基因之一或組合編碼的蛋白質之ー或組合的表達，其中所述基因之一或組合選自表4、表8、表13、ITGAlU MMPlU ΜΜΡ13、ΜΜΡ16、ΜΜΡ28、 ADAM12、ADAM22、CTSK、CTHRC1、ENPEP、P0STN、ANGPT2、SFRP2、TIE1 和 VWF 中的任何基因，其中所述基因之一或組合的升高表達或所述蛋白質之ー或組合的升高表達指示所述RA分子亞型。
23.權利要求22的方法，其中所述生物樣品是滑膜組織。
24.權利要求23的方法，其中所述基因之一或組合的表達使用PCR法或微陣列芯片進行測量。
25.權利要求22的方法，其中所述基因的組合包含CREB3L1、KYNU,⑶Hll、C10orf38、 FLJ22662、STAT5A、FCGR2C、HEPH、L0C90139、SEPTll、CTSS、PTPNSl、KIAA1374、TPMl、VSIG4、 AP1S2、FLJ44635、MAP4K4、RNASET2、LPINl、MFAP2、C0L4A1、HEYL, C0L18A1、MGC17943、 GPR116、KCTD15、GUCYlA3、MARCO、CDH5、NXN、AP1S2、C16orf9、KYNU、MGC48972、FBP1、ZNF462、 MSR1、ADRBK1、SGKL、SLC38A2、QARS、CD68、ABCA1、YIF1、FU20364、FPRL2、MAP1B、CYBB、CASK、 FLJ1112 7、POSTN、HAVCR2、FGL2、TRIM14、LILRA2、ITGB2、FCGR2C、FCGR3A、FCGR3B、LST1、PNKP 和 COROlA。
26.ー種預測受試者對于RA治療劑的應答的方法，其包括測量得自所述受試者的生物樣品中基因之一或組合的表達、或由所述基因之一或組合編碼的蛋白質之ー或組合的表達，其中所述基因之一或組合選自表1、表5、表10、CXCLl3, FcRH5、sFcRH5、LT β、ICAM3、 IL18、PACAP、TNFRSF7、IgJ、IGM、IgG和XBPl中的任何基因，其中所述基因之一或組合的升高表達或所述蛋白質之ー或組合的升高表達預測所述受試者對于所述RA治療劑的應答。
27.權利要求沈的方法，其中所述生物樣品是血清，并且所述蛋白質之ー或組合選自 CXCLl3, sFcRH5 及其組合。
28.權利要求27的方法，其進ー步包括測量血清中的RF，并且確定所述血清是RF陽性或RF陰性的。
29.權利要求沈的方法，其中所述測量包含使用免疫測定。
30.權利要求四的方法，其中所述免疫測定是ELISA。
31.權利要求沈的方法，其中所述RA治療劑是B細胞拮抗劑。
32.權利要求31的方法，其中所述B細胞拮抗劑選自針對CD22的抗體、針對CD20的抗體、針對BR3的抗體和BR3-Fc免疫粘附素。
33.權利要求32的方法，其中所述B細胞拮抗劑是針對CD20的抗體。
34.權利要求33的方法，其中所述針對CD20的抗體選自利妥昔單抗、替伊莫單抗、托西莫單抗、1F5、2H7和A20。
35.權利要求30的方法，其進ー步包括確定測量的所述蛋白質之ー或組合的量。
36.權利要求35的方法，其中所述CXCL13的量被確定為大于116.6pg/ml。
37.權利要求35的方法，其中所述sFcRH5的量被確定為大于126.7ng/ml。
38.權利要求觀的方法，其中所述血清確定為RF陽性。
39.權利要求沈-38中任ー項的方法，其中所述受試者被預測有效響應利妥昔單杭。
40.ー種用于預測具有類風濕性關節炎的受試者是否將響應B細胞拮抗劑的方法，所述方法包括確定來自所述受試者的血清樣品是否含有大于116. 6pg/ml的CXCL13量、或大于126. 7ng/ml的sFcRH5量或其組合，其中所述CXCL13、sFcRH5或其組合的量指示所述患者將響應所述拮抗劑。
41.權利要求40的方法，其進ー步包括測量所述血清中的RF，并且確定所述血清是RF 陽性還是RF陰性，并且其中所述血清被確定為RF陽性。
42.一種預測具有類風濕性關節炎的受試者是否將有效地響應用B細胞拮抗劑的治療的方法，其包括評估來自所述患者的血清樣品中作為生物標記的CXCL13、sFcRH5或兩者的量，并且預測所述受試者將有效響應用所述拮抗劑的治療，其中大于116. 6pg/ml的CXCL13 量、或大于126. 7ng/ml的sFcRH5量或這些量的組合指示所述受試者可能有效響應用所述拮抗劑的治療。
43.權利要求42的方法，其進ー步包括測量所述血清中的RF，并且確定所述血清是RF 陽性還是RF陰性，并且其中所述血清被確定為RF陽性。
44.ー種預測受試者對于RA治療劑的應答的方法，其包括測量得自所述受試者的生物樣品中基因之一或組合的表達、或由所述基因之一或組合編碼的蛋白質之ー或組合的表達，其中所述基因之一或組合選自表2、表6、表11、ADAM8、CTSB、CXCL3、ICAMl、IL18BP、 IL1B、IL8、MMP12、CCL2、VEGFA和S100A11中的任何，其中所述基因之一或組合的升高表達或所述蛋白質之ー或組合的升高表達預測所述受試者對所述RA治療劑的應答。
45.ー種預測受試者對于RA治療劑的應答的方法，其包括測量得自所述受試者的生物樣品中基因之一或組合的表達、或由所述基因之一或組合編碼的蛋白質之ー或組合的表達，其中所述基因之一或組合選自表3、表7、表12、FGFlO, FGF18、FGF2、LRP6、TGFβ 2、 WNT11、ΒΜΡ6、BTC、CLU、CRLFl、ΤΙΜΡ3、FZD10、FZD7、FZD8 禾Π IL17D 中的任何基因，其中所述基因之一或組合的升高表達或所述蛋白質之ー或組合的升高表達預測所述受試者對所述 RA治療劑的應答。
46.ー種預測受試者對于RA治療劑的應答的方法，其包括測量得自所述受試者的生物樣品中基因之一或組合的表達、或由所述基因之一或組合編碼的蛋白質之ー或組合的表達，其中所述基因之一或組合選自表4、表8、表13、ITGAlU MMPlU MMP13、MMP16、MMP28、 ADAM12、ADAM22、CTSK、CTHRC1、ENPEP、P0STN、ANGPT2、SFRP2、TIE1 和 VWF 中的任何基因，其中所述基因之一或組合的升高表達或所述蛋白質之ー或組合的升高表達預測所述受試者對所述RA治療劑的應答。
47.一種治療患者中的類風濕性關節炎的方法，其包括給所述患者施用有效量的RA治療劑，以治療類風濕性關節炎，條件是來自所述患者的血清樣品為RF陽性，并且含有大于 116. 6pg/ml 的 CXCL13 量、或大于 126. 7ng/ml 的 sFcRH5 量或其組合。
48.權利要求47的方法，其中所述RA治療劑是B細胞拮抗劑。
49.權利要求48的方法，其中所述B細胞拮抗劑選自針對CD22的抗體、針對CD20的抗體、針對BR3的抗體和BR3-Fc免疫粘附素。
50.權利要求49的方法，其中所述B細胞拮抗劑是針對CD20的抗體。
51.權利要求50的方法，其中所述針對CD20的抗體選自利妥昔單抗、替伊莫單抗、托西莫單抗、1F5、2H7和A20。
52.一種治療患者中的類風濕性關節炎的方法，其包括給所述患者施用有效量的B細胞拮抗劑，其中在所述施用前，來自所述患者的血清樣品已經被確定為RF陽性，并且含有大于116. 6pg/ml的CXCL13量、或大于126. 7ng/ml的sFcRH5量或其組合，其中所述CXCL13、 sFcRH5或其組合的量指示所述患者將響應用所述拮抗劑的治療。
53.權利要求52的方法，其中所述RA治療劑是B細胞拮抗劑。
54.權利要求53的方法，其中所述B細胞拮抗劑選自針對CD22的抗體、針對CD20的抗體、針對BR3的抗體和BR3-Fc免疫粘附素。
55.權利要求M的方法，其中所述B細胞拮抗劑是針對CD20的抗體。
56.權利要求55的方法，其中所述針對CD20的抗體選自利妥昔單抗、替伊莫單抗、托西莫單抗、1F5、2H7和A20。
57.一種治療患者中的類風濕性關節炎的方法，其包括給所述患者施用有效量的B細胞拮抗劑，其中在所述施用前，來自所述患者的血清樣品已經被確定為RF陽性，并且含有大于116. 6pg/ml的CXCL13量、或大于126. 7ng/ml的sFcRH5量或其組合，其中RF陽性和所述CXCL13、sFcRH5或其組合的量指示所述患者可能有利地響應用所述拮抗劑的治療。
58.權利要求57的方法，其中所述RA治療劑是B細胞拮抗劑。
59.權利要求58的方法，其中所述B細胞拮抗劑選自針對CD22的抗體、針對CD20的抗體、針對BR3的抗體和BR3-Fc免疫粘附素。
60.權利要求59的方法，其中所述B細胞拮抗劑是針對CD20的抗體。
61.權利要求60的方法，其中所述針對CD20的抗體選自利妥昔單抗、替伊莫單抗、托西莫單抗、1F5、2H7和A20。
62.ー種用于宣傳B細胞拮抗劑或其藥學可接受組合物的方法，其包括向靶受眾推廣該B細胞拮抗劑或其藥學組合物在治療具有類風濕性關節炎的如下患者或患者群體中的用途，其中從所述患者已獲得血清樣品，顯示其為RF陽性并且含有大于116. 6pg/ml的 CXCL13量、或大于126. 7ng/ml的sFcRH5量或這些量的組合。
63.一種制造品，其包含包裝在一起的包含B細胞拮抗劑和藥學可接受的載體的藥物組合物和標簽，所述標簽陳述該拮抗劑或藥物組合物適用于治療具有類風濕性關節炎的如下患者，其中從所述患者已獲得血清樣品，顯示其為RF陽性并且含有大于116. 6pg/ml的 CXCL13量、或大于126. 7ng/ml的sFcRH5量或這些量的組合。
64.一種用于制造B細胞拮抗劑或其藥物組合物的方法，其包括在包裝中組合拮抗劑或藥物組合物和標簽，所述標簽陳述該拮抗劑或藥物組合物適用于治療具有類風濕性關節炎的如下患者，其中從所述患者已獲得血清樣品，顯示其為RF陽性并且含有大于116. 6pg/ ml的CXCL13量、或大于126. 7ng/ml的sFcRH5量或這些量的組合。
65.ー種為具有類風濕性關節炎的患者提供治療選項的方法，其包括將在小瓶中的B 細胞拮抗劑與含有有關治療如下類風濕性關節炎患者的指導的包裝說明書包裝在一起，其中從所述患者已獲得樣品，該樣品為RF陽性并且含有大于116. 6pg/ml的CXCL13量、或大于126. 7ng/ml的sFcRH5量或這些量的組合。
66.一種規定B細胞拮抗劑在類風濕性關節炎患者亞群中使用的方法，該方法包括提供給患者亞群施用B細胞拮抗劑的說明書，其中所述患者亞群的特征在于在來自所述亞群的血清樣品中RF的存在和大于116. 6pg/ml的CXCL13量、或大于126. 7ng/ml的sFcRH5量或這些量的組合。
67.ー種用于營銷在類風濕性關節炎患者亞群中使用的B細胞拮抗劑的方法，該方法包括向靶受眾提供關于拮抗劑用于治療患者亞群的用途的信息，所述患者亞群的特征在于在來自此亞群的患者的血清樣品中RF的存在和大于116. 6pg/ml的CXCL13量、或大于 126. 7ng/ml的sFcRH5量或這些量的組合。
68.一種用于選擇用于類風濕性關節炎的患者或患者亞群的療法的方法，其包括(a) 測定在來自患者的血清樣品中CXCL13、sFcRH5的量或這兩個量；和(b)如果患者的樣品具有大于116. 6pg/ml的CXCL13量、或大于126. 7ng/ml的sFcRH5量或這些量的組合，那么選擇B細胞拮抗劑作為治療。
69.權利要求68的方法，其進ー步包括測量血清中的RF，并且確定所述血清是RF陽性還是RF陰性，并且其中所述血清為RF陽性。
70.一種用于治療類風濕性關節炎(RA)的分子亞型的治療靶，其中所述治療靶是選自表 1、表 5、表 10、CD20、CTLA4、CD3、CRTAM、IL2R3、IL2Ry , CD19、HLAII、CD79a、CD79b、 FcRH5、CD38、IL21R、IL12R3 1和IL12R0 2中任何的基因之ー或組合。
71.ー種用于治療RA的分子亞型的治療靶，其中所述治療靶是由選自表1、表5、表10、 CD20、CTLA4、CD3、CRTAM、IL2R3、IL2Rγ、CD19、HLAII、CD79a、CD79b、FcRH5、CD38、IL21R、 IL12Ri3 1和IL12Ri3 2中任何的基因之一或組合編碼的蛋白質之ー或組合。
72.ー種用于治療RA的分子亞型的治療靶，其中所述治療靶是選自表2、表6、表11、 CLEC5A、CLEC7A、ALCAM、ILlRAP, IRAKI、NRP2、TREMl 和 VEGF 中任何的基因之ー或組合。
73.ー種用于治療RA的分子亞型的治療靶，其中所述治療靶是由選自表2、表6、表11、 CLEC5A、CLEC7A、ALCAM、ILlRAP, IRAKI、NRP2、TREMl 和 VEGF 中任何的基因之ー或組合編碼的蛋白質之ー或組合。
74.ー種用于治療RA的分子亞型的治療靶，其中所述治療靶是選自表3、表7、表12、 IL17D、IL17RC、TIMP3和TNFRSF11B中任何的基因之ー或組合。
75.ー種用于治療RA的分子亞型的治療靶，其中所述治療靶是由選自表3、表7、表12、 IL17D、IL17RC、TIMP3和TNFRSF11B中任何的基因之一或組合編碼的蛋白質之ー或組合。
76.ー種用于治療RA的分子亞型的治療靶，其中所述治療靶是選自表4、表8、表13、 ⑶Hll、ITGAll和CLEClIA中任何的基因之ー或組合。
77.ー種用于治療RA的分子亞型的治療靶，其中所述治療靶是由選自表4、表8、表13、 ⑶Hll、ITGAll和CLEClIA中任何的基因之一或組合編碼的蛋白質之ー或組合。
全文摘要
本發明提供鑒定、診斷和預后類風濕性關節炎的方法，以及治療類風濕性關節炎的方法。還提供了用于鑒定有效類風濕性關節炎治療劑和預測對類風濕性關節炎治療劑的應答性的方法。
文檔編號G01N33/53GK102597268SQ201080049387
公開日2012年7月18日 申請日期2010年9月2日 優先權日2009年9月3日
發明者F·馬丁, G·小丹尼斯, M·J·湯森德 申請人:弗·哈夫曼-拉羅切有限公司