復單元(或其片段)的結果。此類序列變化可容易地通過能夠檢 測核酸序列長度或核酸堿基順序中變異的分析方法來檢測。
[0016] 本文使用的術語〃快速突變Y-STR標記〃（RM Y-STR)是指以下11種Y-STR標記： DYF387S1、DYF399S1、DYF404S1、DYS449、DYS526、DYS547、DYS570、DYS576、DYS612、DYS626和 DYS627〇
[0017] 本文使用的術語〃等位基因梯〃是指由來自給定STR基因座的擴增等位基因組成的 標準大小標記或者是指在大小(或電泳迀移率)方面與來自給定STR基因座的擴增等位基因 等同的大小標準品。等位基因梯可包括用于給定STR標記的一個或多個等位基因的大小標 準品。等位基因梯可包括來自不同STR標記的等位基因。等位基因梯中的大小標準品可用可 檢測的標記例如熒光染料來標記。
[0018] 本文使用的術語〃 γ-STR標記〃是指存在于人Y染色體非重組部分上的STR標記。基 于現有知識，存在超過2 50種此類Y-STR標記。Y-STR標記為本領域普通技術人員熟知。Y-STR 標記的數據庫可公開得到，例如在網址www · usystrdatabase · org和www · yhrd · org。
[0019] 本文使用的術語〃 STR"是指含有短重復序列元件的基因組DNA的區域。重復的序列 元件不限于但通常為3至7個堿基對的長度。在STR內每一序列元件至少重復一次并且在本 文中稱為"重復單元"。術語STR還包括其中以串聯或具有間插堿基形式重復多于單個重復 單元的基因組DNA的區域，前提是至少一個序列以串聯形式重復至少兩次。
[0020] 本文使用的術語"引物"是指以這樣的方式與基因座的DNA鏈雜交的單鏈寡核苷酸 或DNA片段，使得引物的3'端可作為采用DNA聚合酶聚合及延伸的位點。除天然存在的DNA之 外，或代替天然存在的DNA，引物亦可為DNA類似物，例如LNA、堿基類似物等。〃引物對"是指 兩個引物，其包括在待擴增DNA序列的一端處與單鏈雜交的引物1，以及在待擴增DNA序列的 互補鏈上與另一端雜交的引物2。"引物位點〃是指與引物雜交的靶DNA區域。
[0021] 本文使用的不定冠詞和"所述"以及本文使用的類似提及對象應理解為涵蓋單數 和復數，除非上下文另外說明其它用法。因此，在權利要求或說明書中當與術語"包括"一起 使用不定冠詞時可意指〃一個(種）〃但也與〃一個(種）或多個(種）〃"至少一個(種）〃以及" 一個(種)或多于一個(種)〃的含義一致。還應注意的是，權利要求書可經撰寫以排除任何任 選元素。因此，該陳述意欲充當使用與敘述權利要求元素相關的例如"唯一地"、"僅僅"等排 它性術語或使用"否定"限定的先行基礎。
[0022] 除非另外限定，本文使用的所有技術和科學術語具有與本發明所屬領域普通技術 人員的通常理解相同的含義。本文上下文提及的所有專利、專利申請、已公布申請、論文和 其它出版物均通過引用以其整體結合到本文中。若本文闡述的定義和/或描述與通過引用 結合到本文的專利、專利申請、已公布申請和其它出版物中闡述的任何定義相反或在其它 方面不一致時，本文闡述的定義和/或描述將優先于通過引用結合的定義。對任何出版物的 引用為申請日前的公開內容并且不應理解為承認：由于在先發明，本發明將無資格先于所 述出版物。
[0023] 某些具體實施方案的描述 申請人通過查驗以下三個領域已確定眾多Y-STR的突變率:i)基于進化和系譜應用所 需的合理地大量基因座，缺乏關于Y-STR可突變性的知識，ii)關于Y-STR可突變性的分子 基礎的有限知識，和iii)缺乏用于法醫、系譜和特定群體應用中家族區分的Y-STR。
[0024] 在約2000個經DNA-確認的父子對中。表1提供186種Y-STR標記的突變率和特性。包 括突變率估計，多數為首次測定。亦評價了針對所有基因座產生的多樣性和DNA序列數據以 探究Y-STR可突變性的潛在原因。測試經鑒定最可突變Y-STR用于區分男性親屬的適用性及 其對于Y-染色體在法醫科學中的應用的意義，從而鑒定了13種快速突變的Y-STR (RM- Y-STR)標記。
[0025] 發現與所測試的173種其它Y-STR相比，所述13種Y-STR標記具有顯著更高的突變 率。這些快速突變的標記為 DYF387S1、DYF399S1、DYF403S1、DYF404S1、DYS449、DYS518、 0￥5526、0￥5547、0￥5570、0￥5576、0￥5612、0￥5626和0丫5627。這13種1?^-5了1?的突變率完全 超過1〇Λ而所有其它173種Y-STR (所測試基因座的94%)具有完全低于10_2(通常為10_3及 更低）的突變率（圖1)。特別地，13種RM Y-STR的基因座-特異性突變率范圍為0.0116至 0.0744。相比之下，六11^^/5了1^￥?丨161111?0財廣增試劑盒中包括的17種￥-5了1?(￥?丨16『試 劑盒，由Applied Biosystems / Life Technologies銷售，Foster City, California USA, SPDYS456、DYS389I、DYS390、DYS389II、DYS458、DYS19、DYS385 a/b*、DYS393、DYS391、 DYS439、DYS635、DYS392、Y GATA 財、0￥5437、0￥5438、0￥5448)的基因座-特異性突變率范圍 為0.0002至0.0065，這基于大量>135，000減數分裂轉移(meiotic transf er)而最近建立 (Goedbloed等.2009)。因此，申請人意想不到地發現13種RM-Y-STR比最常用于現今法醫應 用的YFiler試劑盒Y-STR突變更快(為60-11倍）。這些RM-Y-STR標記中意想不到高的突變率 使區分相同父本遺傳譜系的男性成員間的可能性增加。當采用多個快速突變Y-STR標記時， 區分相同男性譜系成員間的可能性甚至更大。本文提供的本發明各種實施方案包括用于確 定給定分析樣品中一種或多種、兩種或更多種、三種或更多種、四種或更多種、五種或更多 種等等本發明快速突變Y-STR標記的特定等位基因的方法、試劑和試劑盒。
[0026]本文提供了用于確定一種或多種快速突變Y-STR標記的特定等位基因的各種方 法。快速突變Y-STR標記的特定等位基因可使用與用于確定其它類型STR標記的等位基因基 本相同的方法和技術來確定。本領域技術人員可容易地對所述方法和技術進行改進以適用 于快速突變Y-STR標記的等位基因確定。所述技術的實例包括與檢測技術例如電泳、質譜等 連用的DNA測序和序列特異性擴增技術例如PCR。在一些實施方案中，PCR擴增產物可通過與 PCR擴增引物綴合的熒光染料來檢測，例如PCT專利申請WO 2009/059049中描述的。PCR擴增 產物還可用其它技術檢測，包括但不限于對擴增產物染色例如銀染等。
[0027] 給定快速突變Y-STR標記的特定等位基因還可通過各種廣泛可用的DNA測序技術 中任一種來測定，所1述測序技術例如桑格測序法、焦磷酸測序、Maxim和Gi lbert測序等。
[0028] 眾多自動化DNA測序技術可市售得到，applied Biosystems 3130，applied Biosystems 3100、lllumina Genome Analyzer、Applied Biosystems SOLiD系統、Roche Genome Sequencer Fix系統等。
[0029] 用于使用本方法和組合物分析的DNA可通過多種來源獲得。DNA可在犯罪現場獲 得，例如從強奸受害者回收的精液。此外，用于分析的DNA可直接從男性受試者獲得以產生 等位基因信息數據庫（用于后續分析)或可從確定疑犯中獲得。
[0030] 可對用于分析的DNA進行定量，然后進行等位基因分析，從而提供更精確的等位基 因調取(calling)。樣品中DNA量可用本領域技術人員已知的許多技術來測定，所述技術例 如實時PCR。引人關注的是，對分析樣品中存在的Y染色體DNA進行定量，然后對Y-染色體STR 標記(包括快速突變的Y-染色體STR標記)進行等位基因分析。亦可對樣品中常染色體DNA進 行定量，從而提供用于測定混合樣品中存在的女性DNA的背景量的方法，所述樣品例如強奸 案中回收的那些樣品。
[0031 ] Y染色體單元型可通過確定多種Y-STR標記上存在的特定等位基因來建立。一般而 言，Y-STR標記突變越快，能夠基于Y-染色體標記分析來區分男性親屬間的可能性就越大。 在一些實施方案中，所述快速突變Y-STR標記可通過采用多重PCR的方法來分析。多重PCR可 擴增所述快速突變Y-STR標記中的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12種或全部13種。在一些實施 方案中，多重PCR可共擴增不是本發明快速突變Y-STR標記組的一部分的另外的Y-STR標記。 在一些實施方案中，多重PCR可提供用于共擴增一種或多種常染色體STR標記，例如⑶DIS STR 標記、D3S1358、vWA、FGA、D8S1179、D21Sll、D18S51、D5S818、D13S317、D7S82