(T 3 (95% CI 2.38χ10_3至7.60χ10_3)。值得注意的是，突變率超過1χ10_2的13種Y-STR標記僅代表所研究 標記的7%，其被稱為〃快速突變的Y-STR" (RM Y-STR)，涵蓋了本研究中觀察到的大量突變 (924中的妨2 (5〇%))。
[0050]重復數。對各Y-STR基因座計算平均重復數的2個估值，i)在最長同源陣列中的平 均重復數;和ii)最長同源陣列的重復數加上最鄰近的任何非-可變重復(依據先前針對基 序結構29所確定的規則）。我們的回歸分析顯示盡管最長同源陣列中的重復數顯著影響突 變率(具有增加突變率的更高的重復數(Wald X2 = 2.41 X 106, p〈0.0001 ))，但包括陣 列周圍非可變重復數給模型提供了稍微更精確的信息(Wald X2 = 3.03 X 106, p〈0.0001 ，圖2)。估計模型內的有效大小，偏rf為0.798,這表明基因座之間重復總數的方差占所觀 察Y-STR突變率中總體(有效+誤差)方差的約78%。此外，在重復總數與等位基因-特異性 突變率之間觀察到統計學顯著的指數關系(R2= 0.707, p = 6.84xl(T9)。此外，在重復總數 與突變方向之間存在強的關系（圖3)。較長的等位基因展示趨向重復喪失（收縮）的指數和 統計顯著趨勢（R 2 = 0.585，ρ = 8.27x10〃），而較短的等位基因顯著更頻繁地獲得重復 (擴展）(R2 = 0.238, ρ = 0.011)。擴展突變率具有二次分布，頂點為約19個重復。
[0051 ] 通過RM Y-STR來區分男性親屬 我們鑒定了 13種快速突變（RM) Y-STR標記（突變率均為>lxl(T2) ;DYF387S1、 DYF399S1、DYF403S1、DYF404S1、DYS449、DYS518、DYS526、DYS547、DYS570、DYS576、DYS612、 DYS626和DYS627 (圖1，表1)。這13種RM Y-STR標記中的4種為多拷貝系統(DYF387S1為雙 拷貝，DYF399S1為三拷貝，DYF403S1為四拷貝，DYF404S1為雙拷貝以及DYS526為雙拷 貝），而9種為單拷貝Y-STR標記(盡管在單個擴增子內，這些標記中的6種包含多個Y-STR基 因座，并且僅兩種，即DYS570和DYS576為簡單重復，其各自僅具有一個Y-STR基因座）。根據 以下假設將所述13種RM Y-STR合并到一個組中：若合并RM Y-STR，則近親男性(甚至是父-子對或兄弟對)可通過Y-STR突變來區分。原則上，在13種RM Y-STR之一的一個突變將足夠 用于區分個體。
[0052]為了定義RM Y-STR組區分男性親屬的統計期望，以及為了將其潛能與常用的 Yfiler組比較，我們首先借助貝葉斯方法計算了就兩組Y-STR的每一組所觀察到的突變率。 就各組Y-STR而言，借助泊松分布對各父子對中所觀察到的突變數進行建模。對于RM Y-STR，后驗分布的中值突變率經估計為1.97x10-2 (95% Cl 1 .8x10-2 - 2.2x10-2)，這是經 估計的Yfiler Y-STR的中值率(3.0x10-3 (范圍為2.39x10-3至3.72x10-3的95% CI))的6.5 倍。接著，對于給定父子對，對在兩組Y-STR的每組中觀察到至少一個突變的概率進行估計， 這反映區分男性親屬的最低標準。假定每組的全部Y-STR成功進行基因型分型，并且對每組 Y-STR標記采用突變率的后驗估計，RM Y-STR組中觀察到至少一個突變的概率為0.1952 (0.177至0.21的95% CI)。意想不到的是，該值是Yf i ler組所估計的值（0.047 (0.038至 0.057的95% CI))的4倍以上。RM Y-STR組中觀察到至少一個突變的概率在統計學上顯著高 于Yfiler組的概率(p〈5.〇XKT Q7)。最后，獨立于用于確立突變率的那些樣品，對樣品以實驗 為依據地進行如下測試:所述新的RM Y-STR組是否可在實踐上用于區分男性親屬。為此，對 來自80個男性系譜的103個男性親屬對(其系譜內的1至20個世代之間具有親戚關系)進行 基因分型，并且將結果與相同樣品中獲自Yfiler試劑盒的結果相比。總的說來，RM Y-STR組 通過至少1個突變來區分70.9%的男性親屬對，這反映男性親屬區分的水平為Yfiler試劑盒 組(僅為13%)的5倍;值得注意的是，顯著差異(t = 6.389, p〈0.0001)與最初父子對分析 的統計期望相似（圖4和表3)。在系譜內，RM Y-STR組區分70%的父子對、56%的兄弟以及67% 的堂兄弟姊妹（圖4和表3)。相比之下，Yfiler組不能夠區分數據集中任何的父子對或堂兄 弟姊妹，僅能區分6%的兄弟（圖4和表3)。此外，用RM Y-STR組，所有被分開多于11個世代的 親屬可通過1個或更多個突變來區分，但用Yfi ler組僅為33%。
[0053]本文公開和要求保護的所有組合物和方法可根據本公開內容在無需過度實驗的 情況下制備和實施。盡管本發明的組合物和方法可能已通過具體實施例或優選實施方案來 描述，這些實例和實施方案絕不以任何方式意欲限制權利要求的范圍，并且本領域技術人 員將清楚的是，在不違背本發明思想、精神和范圍的情況下，可對本文所述的組合物和/或 方法以及所述方法的步驟或步驟的順序進行改變。更具體而言，將清楚的是，某些化學和生 理學兩者相關的試劑可代替本文所述的試劑，同時將得到相同或相似結果。對于本領域技 術人員清楚明了的所有此類相似替代和改變將被認為在所附權利要求書所限定的本發明 精神、范圍和思想內。
?:
I. ? j I. I： .1 J f f '1 j f j ! t :i t
【主權項】
1. 擴增引物對組在制備用于鑒定男性個體的試劑盒中的用途，所述擴增引物對組包括 用于擴增至少2種Y-STR標記的引物，所述Y-STR標記選自由以下組成的組：DYF387S1、 DYF399S1、DYF403S1、DYF404S1、DYS449、DYS518、DYS526、DYS547、DYS570、DYS576、DYS612、 DYS626和DYS627。2. 權利要求1的用途，其中所述引物可用于共擴增至少3-13個來自所述標記組的基因 座。3. 權利要求1的用途，其中所述引物可用于擴增所有來自所述組的基因座。4. 用于通過鑒定至少2種Y染色體STRS標記的等位基因鑒定男性個體的試劑盒，其中所 述標記選自 DYF387S1、DYF399S1、DYF403S1、DYF404S1、DYS449、DYS518、DYS526、DYS547、 0丫3570、0￥3576、0￥3612、0￥3626和0￥3627，所述試劑盒包括用于擴增至少2個基因座的引 物，以及代表所選標記的等位基因梯。5. 等位基因梯大小標準品在制備用于鑒定男性個體的試劑盒中的用途，所述標準品包 括至少2種Y-STR標記的一個或多個等位基因的大小標準品，所述Y-STR標記選自DYF387S1、 DYF399S1、DYF403S1、DYF404S1、DYS449、DYS518、DYS526、DYS547、DYS570、DYS576、DYS612、 DYS626和DYS627。6. 擴增引物對組在制備用于鑒定男性個體的試劑盒中的用途，所述擴增引物對組包括 至少一個選自以下的引物對：DYF387S1、DYF399S1、DYF403S1、DYF404S1、DYS449、DYS518、 0丫5526、0￥5547、0￥5570、0￥5576、0￥5612、0￥5626和0丫5627。7. 擴增引物對組在制備用于鑒定男性個體的試劑盒中的用途，所述擴增引物對組包括 用于Y-STR標記的引物，所述Y-STR標記由以下組成：DYF387S1、DYF399S1、DYF403S1、 0￥卩40451、0￥5449、0￥5518、0￥5526、0￥5547、0￥5570、0￥5576、0￥5612、0￥5626和0丫5627。
【專利摘要】本文提供的方法和組合物涉及13種STR的發現，所述13種STR為人Y染色體上存在的標記，當與現今已知的173種其它Y-STR標記相比時，其具有意想不到地高的突變率，所述173種其它Y-STR標記包括法醫中常用的那些。除了基于提高的突變率的理論期望外，這13種快速突變(RM)？Y-STR被證明適于區分近親男性，以及更遠的男性親屬，并且比法醫中最常用的Y-STR更適于所述區分。我們新的RM-Y-STR組由于如本文發現的其不尋常的突變性質，預期將克服當前許多案件的法醫應用中Y-染色體分析的困境，所述法醫應用涵蓋現今男性譜系鑒定乃至男性個體鑒定。本發明實施方案包括用于等位基因確定快速突變Y-STR標記的方法，用于分析快速突變Y-STR標記的擴增引物，用于分析快速突變Y-STR標記的等位基因梯，以及用于分析快速突變Y-STR標記的試劑盒。
【IPC分類】C12Q1/68
【公開號】CN105648052
【申請號】
【發明人】R.方, M.富爾塔多, M.凱澤
【申請人】生命科技公司
【公開日】2016年6月8日
【申請日】2010年9月10日