記(Takara公司DL2000,分別為 2000bp,lOOObp,750bp,500bp,250bp,100bp); 1為未加入PEI水溶液的再擴增體系;2,3,4, 5,6為分別加入0.4,0.45,0.47,0.49,0.52mg/L PEI的再擴增體系;7為不加入模板的空白 對照。可以看出加入PEI為0.4~0.49mg/L的體系PCR擴增結果中非特異性擴增明顯減少,特 別是PEI加入量為0.45~0.49mg/L左右時擴增得到明亮的單一目標帶,而相應的未加入PEI 的常規PCR體系擴增結果顯示嚴重后續拖尾,表明非特異性擴增嚴重。該PCR擴增結果顯示 了本發明對于PCR擴增有顯著的優化效果,特別是可以提高擴增特異性和擴增產物的產量。 [0072] 實施例2
[0073] 添加 Au/PEI摩爾比為100:1的{(Au)1Q()-PEI-mPEG24}對非特異性擴增嚴重的再擴增 PCR反應進行優化。
[0074]反應體系和具體過程同實施例1,所不同的是添加的優化劑為自制的{(Au)100-PEI-mPEG 24},濃度為1. Oyg/yL,分子量為92700,使用前需要在超凈臺中稀釋10倍后備用。 [0075] 擴增結果如圖3所示。從左至右依次為M:分子量標記(Takara公司DL2000,分別為 2000bp,lOOObp,750bp,500bp,250bp,100bp); 1為未加入{(Au)iQ〇-PEI-mPEG24}水溶液的再 擴增體系;2,3,4,5,6分別為加入0.3,0.36,0.38,0.42,0.46mg/L{(Au)1(x)-PEI-mPEG 24}的再 擴增體系;7為不加入模板的空白對照。可以看出加入{(Au)1Q()-PEI-mPEG 24}為0.3~0.42mg/ L的體系,PCR擴增結果中非特異性擴增明顯減少,特別是{(Au) 1QQ-PEI-mPEG24}加入量為 0.36~0.42mg/L時擴增得到明亮的單一目標帶,而相應的未加入{(Au) 1QQ-PEI-mPEG24}的常 規PCR體系擴增結果顯示嚴重后續拖尾,表明非特異性擴增嚴重。該PCR擴增結果顯示了本 發明對于PCR擴增有顯著的優化效果,特別是可以提高擴增特異性和擴增產物的產量。
[0076] 實施例3
[0077] 添加 Au/PEI摩爾比為200:1的KAu)2(x)-PEI-mPEG24}對非特異性擴增嚴重的再擴增 PCR反應進行優化。
[0078]反應體系和具體過程同實施例1,所不同的是添加的優化劑為自制的{(Au) 200-PEI-mPEG24},濃度為1. Oyg/yL,分子量為112400,使用前需要在超凈臺中稀釋10倍后備用。 [0079] 擴增結果如圖4所示。從左至右依次為M:分子量標記(Takara公司DL2000,分別為 2000bp,lOOObp,750bp,500bp,250bp,100bp); 1為未加入{(Au)2Q〇-PEI-mPEG24}水溶液的再 擴增體系;2,3,4,5分別為加入 0 · 32,0 · 34,0 · 39,0 · 43mg/L{ (Au)2QQ-PEI-mPEG24}的再擴增體 系;6為不加入模板的空白對照。可以看出加入{(Au) 2Q()-PEI-mPEG24}為0.32~0.39mg/L的體 系,PCR擴增結果中非特異性擴增明顯減少,特別是{(Au) 2QQ-PEI-mPEG24}加入量為0.34~ 0.39mg/L時擴增得到明亮的單一目標帶,而相應的未加入{(Au) 2Q()-PEI-mPEG24}的常規PCR 體系擴增結果顯示嚴重后續拖尾,表明非特異性擴增嚴重。該PCR擴增結果顯示了本發明對 于PCR擴增有顯著的優化效果,特別是可以提高擴增特異性和擴增產物的產量。
[0080] 實施例4
[0081 ] 添加 Au/PEI摩爾比為300:1的KAu)3(x)-PEI-mPEG24}對非特異性擴增嚴重的再擴增 PCR反應進行優化。
[0082]反應體系和具體過程同實施例1,所不同的是添加的優化劑為自制的{(Au) 300-PEI-mPEG24},濃度為l.Oyg/yL,分子量為132100,使用前需要在超凈臺中稀釋10倍后備用。 [0083] 擴增結果如圖5所示。從左至右依次為M:分子量標記(Takara公司DL2000,分別為 2000bp,lOOObp,750bp,500bp,250bp,100bp); 1為未加入{(Au)3QQ-PEI-mPEG24}水溶液的再 擴增體系;2,3,4,5,6分別為加入0.2,0.24,0.28,0.34,0.38mg/L{(Au)3(x)-PEI-mPEG 24}的再 擴增體系;7為不加入模板的空白對照。可以看出加入{(Au)3Q()-PEI-mPEG 24}為0.2~0.34mg/ L的體系,PCR擴增結果中非特異性擴增明顯減少,特別是{(Au)3QQ-PEI-mPEG24}加入量為 0.24~0.34mg/L時擴增得到明亮的單一目標帶,而相應的未加入{(Au)3Q()-PEI-mPEG 24}的常 規PCR體系擴增結果顯示嚴重后續拖尾,表明非特異性擴增嚴重。該PCR擴增結果顯示了本 發明對于PCR擴增有顯著的優化效果,特別是可以提高擴增特異性和擴增產物的產量。 [0084] 實施例5
[0085] 添加乙酰化了的Au/PEI摩爾比為200:1的{(Au)2Q()-PEI-Ac-mPEG24}對非特異性擴 增嚴重的再擴增PCR反應進行優化。
[0086]反應體系和具體過程同實施例1,所不同的是添加的優化劑為自制的{(Au) 200-PEI-Ac-mPEG24},濃度為l.Oyg/yL,使用前需要在超凈臺中稀釋10倍后備用。
[0087] 擴增結果如圖6所示。從左至右依次為M:分子量標記(Takara公司DL2000,分別為 2000bp,lOOObp,750bp,500bp,250bp,100bp); 1為未加入{(Au)2〇()-PEI-Ac-mPEG24}水溶液的 再擴增體系;2,3,4,5,6分別為加入20,40,60,70,80mg/L{ (Au)2QQ-PEI-Ac-mPEG24}的再擴增 體系;7為不加入模板的空白對照。可以看出加入KAu) 2(x)-PEI-Ac-mPEG24}為20~70mg/L的 體系,PCR擴增結果中非特異性擴增明顯減少,特別是KAu) 2(x)-PEI-AC-mPEG24}加入量為40 ~70mg/L時擴增得到明亮的單一目標帶,而相應的未加入{(Au) 2Q()-PEI-Ac-mPEG24}的常規 PCR體系擴增結果顯示嚴重后續拖尾,表明非特異性擴增嚴重。該PCR擴增結果顯示了本發 明對于PCR擴增有顯著的優化效果,特別是可以提高擴增特異性和擴增產物的產量。
[0088] 實施例6
[0089] 在進行一些目標模板中GC堿基較高的擴增實驗時,常常因為其中的二級結構導致 錯配,和GC間的三個氫鍵需要較高的溫度才能斷裂,而太高的溫度又會使酶失活,因此常常 會得不到目標條帶,或者只能得到非特異性條帶。
[0090] 針對這種容易得不到目的條帶或者有非特異性擴增的PCR擴增情況,通過向PCR高 GC含量體系中添加有效量的樹枝狀聚合物來實現對其優化。
[0091] 具體而言,包括下列步驟:
[0092] 1、制備高GC含量擴增體系。
[0093] 體系組成如下表:
[0094]
L0095J 高GC含量體糸將選用Mousavian,Z等(Mousavian,Z ·,et al · Adv Biomed Res, 2014,3,65)提到以人類基因組為模板,擴增Apolipoprotein E(ApoE)基因時,即使在復雜 的且時間非常長的PCR程序下,也只能得到有非特異性的條帶,當縮短PCR時間時,會無法得 到目標條帶。擴增高GC含量的DNA片段常常會遇到無法得到目標條帶的問題,因此我們還建 立了擴增人類ApoE基因片段的體系,用來進一步研究納米材料對高GC含量擴增體系的優化 效果。以人類基因組作為模板,用量為200ng/uL,擴增片段長度約為219bp JCR體系為25uL, ^l^^?^!j^p3:5,-ACAGAATTCGCCCCGGCCTGGTACAC-3 ,;p4:5,-TAAGCTTGGCACGGCTGTCCAAGGA-3 '。擴增條件為:94°C預變性2分鐘;35個循環,每個循環包 括:94°C變性1分鐘,64.2°C退火2分鐘,72°C延伸3分鐘;最后72°C延伸5分鐘。
[0096] 2、將購買的PEI配成濃度為1μg/μL,分子量為25000,使用前需要在超凈臺中稀釋 1〇{首后備用。
[0097] 3、向以上PCR體系中加入不同體積的PEI,使得每25yL PCR反應體系中PEI的濃度 分別為〇,1 〇,12,14,16mg/L,同時做不加優化劑的相應對照組。
[0098] 4、利用PCR技術對模板分子進行擴增,擴增程序與第一次擴增條件相同。
[0099] 5、對擴增后的DNA樣品進行瓊脂糖凝膠電泳檢測,檢查擴增條帶,與對照體系進行 比較。
[0100] 擴增結果如圖7所示。從左至右依次為M:分子量標記(Takara公司DL2000,分別為 2000bp,lOOObp,750bp,500bp,250bp,100bp); 1為未加入PEI水溶液的高GC體系;2,3,4,5為 分別