專利名稱：患有炎癥疾病的受試者對細胞因子靶向藥物(CyTD)的早期反應或無反應預測的基因和基 ...的制作方法
患有炎癥疾病的受試者對細胞因子靶向藥物(CyTD)的早期反應或無反應預測的基因和基因組合
背景技術：
細胞因子革巴向藥物(Cytokine targeting drugs)比如TNF α阻斷劑(此后稱為“ΤΒΑ”)越來越多地用于各種炎癥疾病的治療中。這種TBA被批準的第一個適應癥是類風濕關節炎和克羅恩氏病(Crohn' s disease)。類風濕關節炎(RA)是一種主要病因不明的慢性、漸進性、使人衰弱的(debilitating)自身免疫疾病，影響了約1%的人口(I)。RA特征在于滑膜的慢性炎癥，其最終導致關節損傷、疼痛和障礙(2)。RA的臨床表現(clinicalspectrum)是異質性的(heterogeneous),從輕微到嚴重不等，具有涉及的二次器官系統(secondary organ system)的差異。目前的治療反應率上差異進一步說明了疾病異質性。通常用所謂的疾病修飾抗風濕藥(DMARDs) (disease-modifying anti-rheumatic drugs)比如氨甲喋呤(MTX)開始一線治療。約30%的患者顯示出欠佳的反應或不能耐受傳統DMARDs (3)。在這些患者中，用“生物制劑”起始二線治療，其為阻斷被認為是有助于疾病進展的分子或細胞的試劑，比如腫瘤壞死因子-α (TNF-α )和白細胞介素-I (IL-I)或者B和T-細胞。目前確實可獲得九種生物制劑，各具有重疊的或獨特的作用機制(4)。對這種治療的反應率有很大的不同，大量患者對治療仍然是難治愈的或者僅顯示部分改善(5)。藥物作用機制的理解不完整以及疾病異質性意味著沒有在治療起始之前鑒定患者對各種生物制劑適合性的方法。建立合理的基礎，在此基礎上針對特定生物制劑選擇患者，將有助于患者被更有效地治療；對有可能反應的那些患者起始考慮中的生物制劑，而可以為不太可能有反應的患者提供另一種治療。缺少關于生物制劑療效和安全性的可靠文獻，并且考慮到不反應的或經歷嚴重副作用的患者的百分比、RA的破壞性以及無效生物治療的社會成本，強烈需要在開始療法之前對成功進行預測。臨床上的或者基于放射照像的測試將最有可能評估病癥時為時已晚而不能保護關節免于不可逆的破壞。理想的，作為療法反應性的預測物，分子生物標志物標記(signature)應當在療法開始之前在易于獲得的生物樣本中獲得，比如外周血。考慮到RA的系統性質，以及系統性和器官特異性部分之間的關聯，外周血可能不會直接隱含對疾病病理機制的理解，但它特別適于分析基因的表達譜，其提供了一個框架來選擇臨床相關的生物標志物。此外，基于血的測試還比基于滑膜組織的測試對患者具有更小的侵入性。最終，這可能會導致個體化形式的醫藥，借此最適合的療法將被應用到個體患者。這同樣適用于TBA已被批準的或者初步結果表明TBA可能會是有用的治療的其它炎癥疾病。目前，除RA或克羅恩氏病的治療以外，TBA已批準用于治療強直性脊柱炎、銀屑病關節炎、斑塊狀銀屑病和潰瘍性結腸炎(特別是參見英夫利昔單抗和依那西普的FDA標簽)。此外，初步結果表明TBA在若干其它炎癥疾病中可能是有用的治療，比如血管炎(特別是白塞氏病、變應性肉芽腫性血管炎(churg-strauss vasculitis)、結節性多動脈炎和巨細胞性關節炎);韋格納肉芽腫(Wegener' s granulomatosis);結節病；成人發病的斯提耳氏病(Still，s disease)、多肌炎/皮肌炎和系統性紅斑狼瘡(SLE) (31和32)。在所有情況下，只有部分(盡管有時高的比例)用TBA治療的患者顯示對治療的臨床反應(特別是參見央夫利昔單抗(Reraicade )和依那西普(Enbrei )的FDA標簽)。因此，對于其中TBA可能有用的所有疾病，能夠預測受試者對TBA治療作出反應或不反應的能力將非常有用。一種深入了解存在于病理生理過程中的分子標記的非常強大的方式來自于DNA微陣列技術，該技術允許在具有臨床定義的疾病的患者當中在血液和組織樣本中鑒別差異表達的基因部分。這些差異表達的基因可能對導致疾病的生物途徑提供深入了解，并代表早期診斷、預后和反應預測的分類物(c I as s i fi er )。使用這種多級且相對昂貴的技術受多個缺陷的困擾，這在很大程度上取決于完美標準化的條件。可能影響靈敏度和重現性的因素范圍從樣本的不同、起始RNA材料在數量和質量上的差異、擴增和做標記的策略和染料到探針序列和雜交條件。此外，標準化(normalization)和數據分析算法使用的標準化方法的缺乏可影響結果。此外，大多數微陣列研究未經過前瞻性規劃且往往沒有詳細的協議，而是傾向于利用已有的樣本。因此，結果的驗證在微陣列研究中是必不可少的步驟，并且必須設置質量標準。基于收集于治療基線處的生物樣本(滑膜或外周血)的回顧性分析，一些研究小組已經探討了鑒定能夠根據患者對治療的反應對他們進行分類的分子特性(單核苷酸多態性、基因表達等)的可能性。特別是，許多關注已給予了 TNF-α阻斷劑英夫利昔單抗，幾年前由T LeqUerr6和同事對基于基因表達的對療法的反應的預測做出第一份報告(6)。自此，其它幾個小組也相似地報告了大規模的外周血基因表達分析作為對英夫利昔單抗的反應的預測的手段(7) (8) (9)。所有這些研究報告了差異表達基因及其組合用于預測對治療的反應。這些研究為在基線治療預測對英夫利昔單抗的反應提供重要的概念證據。無論如何，正如所有這類研究，利用微陣列技術，在相對較小的患者群中同時測量成千上萬個基因，冒著過度擬合(over-fitting)數據的風險，導致假陽性結果。此外，這些研究的單中心性質可能會將所鑒定的基因的相關性限制到一個更廣且更加人口統計學上多樣的群體。本發明通過將來自多個現有研究的信息進行組合克服了這些缺點。這種方法可以提高結果的可靠性和普遍性。定量方法顯示出廣泛的應用于將元分析(meta-analysis)方法應用到基因組范圍的數據用于生物發現的目的,在這樣的方法中處理(address ) —組相關研究假設的個體研究經統計整合和分析用來確定干預的有效性(元分析)。元分析已經用于鑒定兩組之間差異表達的基因用來比較在不同微陣列平臺上獲得的結果(跨平臺分類)，用來鑒定來自異源數據集的樣本之間的重疊，用來鑒定共同表達的基因或者用來重建基因網絡。多基因表達微陣列數據集的元分析提供辨別基因表達標記，所述辨別基因表達標記是在大量微陣列樣本上所鑒定且驗證的，由不同實驗室和微陣列技術產生。通過這種方法產生的預測模型比單一數據集所產生的得到更好的驗證，同時也展現了高的預測能力和改進的普適性能。在本發明中，根據Ramasamy等人(10)描述的在微陣列數據集上進行元分析的分步方法進行元分析(I-鑒定合適的微陣列研究；2-從研究中提取數據(這一步驟也涉及從所選研究的作者獲得額外信息);3-制備個體數據集；4注釋個體數據集；5_解決探針和基因之間的多-對-多關系；6_組合研究特異性估計；7_分析、描述和解釋結果)。
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因此鑒定了對英夫利昔單抗療法的將反應者和無反應者之間差異表達的61個基因。此外，兩個個體基因已被發現與測試受試者的英夫利昔單抗反應或無反應表型高度相關，并且最少數目基因的幾個組合被提出作為RA患者中對抗-TNF治療的初期(第14周和第22周)反應的預測。這些組合包括那些已知參與英夫利昔單抗的炎癥或免疫過程而非代謝途徑的基因，這明確表示所述組合用于預測患有其它炎癥疾病的患者對TNFa-阻斷劑(TBA)反應或無反應表型的普遍有用性是合理的，尤其是那些TBA已被批準的或者初步研究中已顯示是有用的疾病。
發明內容
因此本發明涉及細胞因子靶向藥物(此后稱為CyTD，比如TNFa-阻斷劑，此后稱為TBA)反應或無反應的表型的體外診斷或預后的方法,包括(a)根據患有炎癥疾病的受試者的生物樣本確定包括如下或由如下組成的表達(i)基因 MAPK14 ;或基因 MAPK14 和 S100A9 ;或基因 MAPK14 和 GNLY ;或表 2 的 61個基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii) (i)和(ii)表達譜中任意一個的等同表達譜，以及任選地一個或更多個看家基因，(b)獲得的表達譜與至少一個參考表達譜進行比較，以及(c)根據所述比較確定CyTD反應或無反應的表型。本發明還涉及用于為患有炎癥疾病的患者設計CyTD治療的方法，所述方法包括(a)根據所述受試者的生物樣本確定包括如下或由如下組成的表達譜⑴基因MAPK14 ;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61個基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii) (i)和(ii)表達譜中任意一個的等同表達譜，以及任選地一個或更多個看家基因，(b)獲得的表達譜與至少一個參考表達譜進行比較，(c)根據所述比較確定CyTD反應或無反應的表型，以及(d)根據所述鑒定的CyTD反應或無反應表型設計CyTD治療的劑量。本發明還涉及用CyTD治療患有炎癥疾病的患者的方法，包括(a)使用本發明的方法根據所述受試者生物樣本確定CyTD反應或無反應表型的存在，以及(b)按照步驟(a)的結果調整CyTD治療。所述CyTD治療的調整可存在于-如果受試者已被診斷為CyTD無反應的，降低或抑制所述CyTD治療,或-如果受試者已被診斷為CyTD反應的，延續所述CyTD治療。
本發明還涉及CyTD在炎癥疾病治療中的新用途，包括步驟Ca)使用本發明的方法根據患有炎癥疾病的受試者的生物樣本確定CyTD反應或無反應表型的存在，以及(b)相對于步驟(a)的結果確定待施用的CyTD劑量。任選地；向受試者施用步驟(b)中確定的CyTD劑量。因此本發明涉及CyTD，用于治療炎癥疾病，其中向患有所述炎癥疾病的受試者施用CyTD，其中使用本發明的方法所述受試者已被診斷和/或預后為反應性的。本發明還涉及CyTD用于制備用于在患有炎癥疾病的受試者中治療所述炎癥疾病的藥物的用途，其中使用本發明的方法所述受試者已被診斷和/或預后為反應性的。貫穿本說明書，“炎癥疾病”是指涉及導致身體損傷的非受控炎癥過程的疾病，并包括通常被本領域技術人員視為炎癥疾病的任何疾病。有利地，所述炎癥疾病已知涉及，至少在一些情況下，致病性炎癥細胞因子(IL-1、IL-6、IL15、IL-17、IL-18、IL-23或TNF-α )分泌。然后本發明的方法允許診斷這種致病性炎癥細胞因子分泌在受試的受試者中的存在，來預測他/她對CyTD治療的反應能力，并且因此鑒于其CyTD反應/無反應表型調整他/她的治療。甚至更有利的，所述炎癥疾病已知涉及，至少在一些情況下，致病性TNF-a的分泌。然后本發明的方法允許診斷這種致病性TNF-α分泌在受試的受試者中的存在，來預測他/她對TBA治療的反應能力，并且因此鑒于其TBA反應/無反應表型調整他/她的治療。這種炎癥疾病可以是自身免疫或非自身免疫來源的。本發明的方法和試劑盒對其有用的，尤其是用于確定TBA反應或無反應表型的炎癥疾病的非限制性實例包括類風濕關節炎(RA)、克羅恩氏病、強直性脊柱炎、銀屑病關節炎、斑塊狀銀屑病、潰瘍性結腸炎、血管炎(特別是白塞氏病、變應性肉芽腫性血管炎、結節性多動脈炎和巨細胞性關節炎)；韋格納肉芽腫；結節病；成人發病的斯提耳氏病、多肌炎/皮肌炎和系統性紅斑狼瘡(SLE)。本發明的方法對其是有用的優選的疾病的組是那些TBA已被批準用于其治療中的類風濕關節炎(RA)、克羅恩氏病、強直性脊柱炎、銀屑病關節炎、斑塊狀銀屑病、潰瘍性結腸炎。本發明的方法尤其適用于確定患RA的患者的TBA反應或無反應表型。對于類風濕關節炎(RA)，由于通常用所謂的疾病修飾抗風濕藥(DMARDs)起始一線治療，本發明還涉及治療患RA的受試者的方法，包括步驟Ca)向所述患RA的受試者施用治療劑量的DMARD,(b)使用本發明的方法根據所述患RA的受試者生物樣本確定CyTD反應或無反應表型的存在，以及(c)相對于步驟(b)的結果確定待施用的CyTD劑量。因此，本發明還涉及DMARD和CyTD的組合用于治療RA，包括步驟(a)向患RA的受試者施用治療劑量的DMARD，(b)使用本發明的方法根據所述患RA的受試者生物樣本確定CyTD反應或無反應表型的存在，以及(C)相對于步驟(b)的結果確定待施用的CyTD劑量。任選地；向受試者施用步驟(C)中確定的CyTD劑量。在一個優選實施方式中，DMARD是氨甲喋呤(MTX)。通過“細胞因子靶向藥物”或“CyTD”是指中和細胞因子信號的任何分子，特別是通過結合和中和細胞因子或其受體的任何分子。這樣的結合和中和分子可能特別是特異于所述細胞因子或細胞因子受體的抗體或其片段、細胞因子受體拮抗劑、或結合和中和所述細胞因子或細胞因子受體的任何其它分子，比如重組蛋白質。所述CyTD優選靶向炎癥細胞因子如IL-l、IL-6，IL-15，IL-17，IL-18，IL-23或TNF-α或這些炎癥細胞因子的受體。靶向IL-I信號的分子包括IL-I的單克隆抗體，比如康納單抗(Canakinumab)(商品名llaris )、人抗-IL-I β的單克隆抗體；IL-1受體拮抗劑如阿那白滯素(商品名Kineret )以及IgGlFc部分和人IL-IRI和IL-IAcP配體結合結構域之間的融合蛋白比如利納西普(Rilonacept)(商品名Arcalyst )。革巴向IL_6信號的分子尤其包括塔西單抗(Tocilizumab),—種抗-IL-6R單克隆抗體。靶向IL-15信號的分子尤其包括HuMax-IL-15 (AMG 714)，一種抗-IL-15單克隆抗體。靶向IL-17信號的分子尤其包括AIN457，一種抗-IL-17A單克隆抗體。貫穿本說明書中，CyTD的優選實施方式是“TNFa -阻斷劑”或“TBA”。通過“TNFa-阻斷劑”或“TBA”，此處是指能夠中和TNFa作用的生物劑。所述劑優選是蛋白質比如可溶性TNFa受體,例如培那西普(Pegsunercept),或抗體。在另一個優選實施方式中，所述劑是單克隆抗體。在甚至另一個優選實施方式中，所述劑選自依那西普(EnbreIS)、英夫利昔單抗(Remicade )、阿達木單抗(Humira )和賽妥珠單抗(Certolizumab pegol)(Cimzia ) ^在甚至更優選的實施方式中，所述劑是英夫利昔單抗。在根據本發明的任意方法的尤其優選的實施方式中，炎癥疾病是類風濕關節炎，并且CyTD是英夫利昔單抗，一種特定的TBA。根據本發明“CyTD反應表型”被定義為受試者對CyTD施用的反應狀態。“反應狀態”是指所述受試者(稱作CyTD反應受試者或反應受試者或反應性受試者出于本申請的目的，這些術語是相似的)對治療反應，即治療在所述受試者中是有效的。反應的定義是臨床癥狀的改善。根據ACR20、ACR50、ACR70準則(11)和/或在14或22周的EULAR準則或者DAS28變化>1. 2進行這種反應的定量。甚至更優選的是在14周的EULAR反應準則。這些準則(31)已經由重組領域專業人士的組織(ACR :美國風濕病學院；EULAR :歐洲抗風濕聯盟)所建立。因此這些準則是本領域技術人員公知的并且不需要在這里詳述。相反,“CyTD無反應表型”是指在所述受試者中沒有反應的狀態(此處稱為CyTD無反應受試者或無反應受試者或無反應性受試者這些術語在本申請上下文中應當被認為是具有相同含義的)，意味著所述受試者對于治療仍然是難治愈的。在任意上述本發明的診斷/預后體外方法的優選實施方式中，所述受試者是患RA的受試者。“患RA的受試者”是符合美國風濕病學院(ACR)RA準則(11)的受試者。在另一個實施方式中，所述受試者沒有用CyTD治療；在另一個實施方式中，所述受試者用CyTD治療。這將很容易地相信，當所述受試者沒有用CyTD治療時，本發明的方法允許所述受試者的反應性/無反應性的預后。因此，在本實施方式中，本發明的方法允許本領域技術人員預后(即鑒定)對CyTD治療反應易感的受試者。鑒于RA的破壞性質和無效生物治療的社會成本，這是非常重要的。此外，由于本發明的這種實施方式允許在起始任何治療之前鑒定無反應受試者，一位經治療的受試者遇到嚴重副作用的風險大大降低。當根據本發明的受試者用CyTD治療時，本發明的方法，對于診斷受試者是否對所述CyTD反應，并且所述受試者是否將因此受益于所述治療的延續，是有用的。此外，它們對于診斷對治療不反應的患者是有用的，即對于CyTD是難治愈的，因此應當迅速轉移到另一療法。考慮到RA的使人衰弱的性質，這一成果是至關重要的。特別是，本發明的方法允許在CyTD治療開始后弟14周或22周進彳了診斷。在本說明書中，針對CyTD所描述的還特別適用于TBA，其是CyTD在根據本發明的 任何方法或試劑盒中的優選實施方式。“生物樣本”可以是取自受試者的任何樣本，比如血清樣本、血漿樣本、尿樣本、血液樣本、淋巴樣本或活檢。這種樣本必須允許確定包含如下或由如下組成的表達譜⑴基因MAPK14 ;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61個基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRKl、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii) (i)和(ii)表達譜中任意一個的等同表達譜，以及任選地一個或更多個看家基因。用于確定表達譜的優選生物樣本包括樣本比如血液樣本、血漿樣本、淋巴樣本、或活檢。優選地，生物樣本是血液樣本。實際上，可通過完全無害的血液收集從患者獲得這種血液樣本，從而允許CyTD反應或無反應表型的非侵入性診斷。通過“表達譜”表示包含如下或由如下組成的基因的組的表達水平⑴基因MAPK14 ;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61個基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii) (i)和(ii)表達譜中任意一個的等同表達譜，以及任選地一個或更多個看家基因，因為這些表達譜已被證明與評價受試者的反應/無反應表型尤其相關。在一個最優選實施方式中，用于診斷CyTD治療開始后第14周或22周受試者是否反應的表達譜包括或優選由如下組成基因IL2RB、S100A9、和CASP5，或者基因S100A9或其等同表達譜，或者任選地一個或更多個看家基因。在另一個最優選實施方式中，用于診斷CyTD治療(尤其是TBA治療)開始后第14周或22周的反應性的表達譜包括或優選由如下組成基因MAPK14和S100A9，或其等同表達譜，或者任選地一個或更多個看家基因。在另一個最優選實施方式中，用于診斷CyTD治療(尤其是TBA治療)開始后第14周或22周的反應性的表達譜包括或優選由如下組成基因S100A9或其等同表達譜,或者任選地一個或更多個看家基因。在另一個最優選實施方式中，用于診斷CyTD治療(尤其是TBA治療)開始后第14周或22周的反應性的表達譜包括或優選由如下組成基因MAPK14和GNLY，或其等同表達譜，或者任選地一個或更多個看家基因。確定CyTD反應或無反應表型的存在憑借在步驟(b)中將獲得的表達譜與至少一個參考表達譜的比較而進行。術語“等同表達譜”此處涉及如下的表達譜(i)基因 MAPK14 ;或基因 MAPK14 和 S100A9 ;或基因 MAPK14 和 GNLY ;或表 2 的 61個基因，或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCKJP GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5JP UTP14C，其中，一些基因的添加、刪除或取代不顯著改變測試的可靠性，并且被視為“可接受的表達譜”。作為一個實例，相同代謝途徑的其它基因對本發明所描述的組的一些基因的添加或取代也應當被視為等同表達譜。例如S100A8等同于S100A9，并且在其中S100A9被S100A8所替換的任何上述(i)或(ii)表達譜(即包括或由如下組成的表達譜基因MAPK14和S100A8 ;表2的8或61個基因，其中S100A9被S100A8所替換；或者基因S100A8 ；或基因 S100A8、IL2RBJPCASP5 ;或基因 S100A8、IL2RB、KLRK1、HCK和 GNLY ;或基因 S100A8、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5和UTP14C)也應當被視為上述(i)和(ii)表達譜的等同表達譜，因此包括在本發明的范圍內。更通常被視為等同表達譜的是，在其中一些基因被屬于相同生物網絡的基因所替換的任何表達譜，比如下面圖2和3中所述的。術語“可接受的表達譜”此處涉及能夠正確劃分至少60%，優選65%，以及更優選70%所分析的樣本的表達譜，具有至少60%，優選65%，以及更優選70的靈敏度和特異性。靈敏度值定義為對CyTD治療真正臨床上反應的以及使用本發明的測試劃分為反應的患者的數目相對于所有用CyTD治療的患者的比。特異性測量使用本發明的測試所正確鑒定的對CyTD治療真正臨床上不反應的患者相對于所有用CyTD治療的患者的比例。通過“最優表達譜”表示能夠正確劃分至少80%所分析的樣本的表達譜，具有靈敏度或至少80%的靈敏度。盡管如下的列表(i)基因 MAPK14 ;或基因 MAPK14 和 S100A9 ;或基因 MAPK14 和 GNLY ;或表 2 的 61個基因，或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，已經被確定為評價反應性/無反應性的最優表達譜，等同表達譜比如上面所定義的，仍然允許評價反應性，具有可接受的可靠性。在一些具體的實施方式中，如下的亞列表⑴基因MAPK14 ;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61個基因，或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，仍然允許評價反應性，具有良好的可靠性并且應當被視為可接受的表達譜。而用于確定CyTD (尤其是TBA)反應或無反應表型的表達譜可包括和不僅由如下組成⑴基因MAPK14 ;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61個基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii) (i)和(ii)表達譜中任意一個的等同表達譜，以及任選地一個或更多個看家基因，優選的是表達譜由或者主要由上述(i)、(ii)或(iii)表達譜之一組成，任選地具有一個或更多個看家基因，表示不超過50、40、30、25、
1120個，優選不超過15個，優選不超過10個，優選不超過9、8、7、6、5、4、3、2或I個不是屬于上述(i)、(ii)或(iii)表達譜或看家基因之一的基因包括在表達譜中。通過“看家基因”，意思是以相對恒定的水平在很多或所有已知情況當中組成性表達的基因，因為它們編碼細胞一直需要的蛋白質，因此它們對于細胞是必要的并且在任何條件下總是存在。假設它們的表達不受實驗條件影響。它們編碼的蛋白質通常參與細胞生存(sustenance)或維持所必需的基本功能。可用于本發明方法的看家基因的非限制性實例包括-HPRTl (次黃嘌呤磷酸核糖轉移酶I)，-UBC (泛素 C)，-YffHAZ (酪氨酸3-單加氧酶/色氨酸5_單加氧酶激活蛋白，zeta多肽)，-B2M (beta-2-微球蛋白)，-GAPDH (甘油醛_3_磷酸脫氫酶)，-FPGS (葉酸多聚谷氨酸合成酶)，-DECRl (2，4_ 二烯酰基CoA還原酶1，線粒體)，-PPIB (肽酰脯氨酰異構酶B (親環素B))，-ACTB (肌動蛋白 β )，-PSMB2 (蛋白酶體(前體(prosome),巨蛋白因子(macropain))亞基，β型，2),-GPSl (G蛋白途徑抑制因子1)，-CANX (鈣聯蛋白)，-NACA (新生多肽相關復合物α亞基)，-ΤΑΧ1ΒΡ1 (Taxl (I型人T-細胞白血病病毒)結合蛋白1)，和-PSMD2 (蛋白酶體(前體，巨蛋白因子)26S亞基，非-ATP酶，2)。優選，用于本發明方法標準化的看家基因的數目包括在I至5之間，優選3個。確定反應或無反應表型的存在憑借在步驟(b)中將獲得的表達譜與至少一個參考表達譜的比較而進行。“參考表達譜”是預定的表達譜，獲自來自具有已知特定反應狀態的受試者的生物樣本。為了使得這種比較有意義且強大，通過訓練根據如下步驟所獲得的算法而確定“參考表達譜”:-收集獲自反應或無反應患者的生物樣本的表達譜，-在上述患者的表達譜上訓練算法，用于將所述表達譜劃分為反應和無反應表型。“獲得的表達譜與參考表達譜的比較”可以被理解為將調整的算法應用到獲得的表達譜上。在具體的實施方式中，用于比較步驟(b)中測試樣本的參考表達譜可能已獲自來自CyTD反應受試者的生物樣本(“CyTD反應參考表達譜”或“反應參考表達譜”；如此處所用這些表達是同義的)，和/或來自CyTD無反應受試者的生物樣本(“CyTD無反應參考表達譜”或“無反應參考表達譜”；如此處所用這些表達具有相同含義)。優選地,至少一個參考表達譜是CyTD反應參考表達譜。或者,至少一個參考表達譜可以是CyTD無反應參考表達譜。更優選的是，CyTD反應表型的存在或不存在的確定是通過與至少一個反應者(responder)和至少一個無反應者參考表達譜比較而進行的。因此可使用一個反應參考表達譜和一個無反應參考表達譜進行診斷或預后。有利的是，為了獲得更強大的診斷或預后，使用若干反應參考表達譜和若干無反應參考表達譜進行所述診斷或預后。受試的受試者的表達譜與所述參考表達譜的比較，其允許基于他/她表達譜預測受試的受試者臨床反應，可使用統計模型和機器學習技術(machine I earningtechnologies)由本領域技術人員進行。PLS (偏最小二乘法)回歸尤其與在小量(small)參考樣本的情況下給出預測有關。也可以使用支持向量機(SVM)、邏輯回歸、線性判別分析(Linear DiscriminantAnalysis)、隨機森林(random forests)、k_NN 最鄰近法(nearestneighbour)或PAM (微陣列預測分析)統計方法進行比較。可以通過本領域技術人員公知的任何技術來確定表達譜。尤其是，可在基因組和/或核酸和/或蛋白質水平測量各基因表達水平。在一個優選的實施方式中，通過測量各基因核酸轉錄物的量確定表達譜。在另一個實施方式中，通過測量各基因產生的蛋白質的量確定表達譜。可以通過本領域技術人員公知的任何技術來測量核酸轉錄物的量。尤其是，可直接在提取的信使RNA(mRNA)樣本上、或在通過本領域公知的技術從提取的mRNA制備的反轉錄互補DNA (cDNA)上進行測量。可以使用本領域技術人員公知的任何技術測量來自mRNA或cDNA樣本的核酸轉錄物的量，包括核微陣列、定量PCR和用標記探針雜交。在一個優選的實施方式中，使用定量PCR確定表達譜。定量，或實時PCR是一種本領域技術人員公知且容易獲得的技術，不需要精確描述。在一個具體的實施方式中，不應該被視為限制本發明的范圍，使用定量PCR確定表達譜可以按照如下進行。簡要地說，使用TaqMan Universal PCR Master Mix (AppliedBiosystems)進行實時 PCR 反應。6 μ L 的 cDNA 加入到含有 7. 5 μ L 的 TaqManUniversal PCRMaster Mix、0. 75 μ L的20X探針和引物的混合物以及0. 75 μ I水的9 μ L PCR混合物中。反應由如下組成一個在50°C的2分鐘的起始步驟，隨后在95°C的10分鐘，以及40個擴增循環，包括在95°C 15秒和在60°C I分鐘。使用ABI 7900HT快速實時PCR系統(AppliedBiosystems)可以進行反應和數據采集。通過記錄對數生長期的擴增循環確定樣本中模板轉錄物分子的數目(循環閾值或CT)，在此期間可以檢測背景熒光之上的熒光信號。因此，模板轉錄物分子的起始數目與Ct負相關。使用“ Λ ACT法”測量基因的表達水平，簡言之，通過一個或一組參考/看家基因和/或通過參考樣本比如合并的樣本或市售參考(比如qPCR人類通用參考(qPCR Human Universal Reference) cDNA,隨機引物；Ozyme ;r6f639654)對基因進打標準化。在另一個優選的實施方式中，通過利用核微陣列確定表達譜。根據本發明“核微陣列”由附著至基底(substrate)上的不同核酸探針組成，其可以是微芯片、玻璃載片或微球尺寸的珠。微芯片可以由聚合物、塑料、樹脂、多糖、二氧化硅或基于二氧化硅的材料、碳、金屬、無機玻璃或硝酸纖維素構成。探針可以是核酸比如cDNAs(“cDNA微陣列”)或寡核苷酸(“寡核苷酸微陣列”)，并且寡核苷酸長度上可以是大約25至大約60個堿基對或更短。為了確定靶向核樣本的表達譜，所述樣本經標記，與微陣列在雜交條件下接觸，導致與附著至微陣列表面的探針序列互補的靶向核酸之間復合物的形成。然后檢測標記的雜交復合物的存在。微陣列雜交技術的許多變化對于本領域技術人員是可獲得的。在一個優選實施方式中，核微陣列是包括或由特異于如下的寡核苷酸組成的寡核苷酸微陣列(i)基因 MAPK14 ;或基因 MAPK14 和 S100A9 ;或基因 MAPK14 和 GNLY ;或表 2 的 61個基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii) (i)和(ii)表達譜中任意一個的等同表達譜，以及任選地一個或更多個看家基因。優選，寡核苷酸約50個堿基長。承認的是，本發明的核酸微陣列或寡核苷酸微陣列包括特異于如上定義的等同表達譜的微陣列。基于各基因的基因組序列(見表2Genbank登錄號)，使用本領域中已知的任何微陣列寡核苷酸設計方法，可以設計特異于表2任何基因的合適的微陣列寡核苷酸。尤其是，可以使用針對微陣列寡核苷酸的設計而開發的任何可獲得的軟件，比如，例如OligoArray軟件(可在 http: //berry, engin. umich. edu/oligoarray/ 上獲得)、GoArrays 軟件(可在 http: //www. isima. fr/bioinfo/goarrays/ 上獲得)、陣歹丨J設計軟件(可在 http: IIwm.premierbiosoft. com/dnamicroarray/index, html 上獲得)、Primer3 軟件(可在 http: //frodo. wi. mit. edu/primer3/primer3code. html 上獲得)或 Promide 軟件(可在 http: //oligos. mo I gen, mpg. de/ 上獲得)。在另一個實施方式中，通過利用蛋白質微陣列確定表達譜。在根據本發明的方法的一個具體的實施方式中，所述方法可以進一步包括確定至少一個用于診斷的額外參數。這種“用于診斷的參數”是不能單獨用于診斷的參數，但是已被描述為展示反應性受試者和明顯難以治愈的受試者之間顯著差異值的參數，其還可因此用于細化(refine)和/或確認根據上述本發明方法的診斷。它們可顯著包括取決于炎癥疾病的相關臨床參數。對于類風濕關節炎(RA)，這種臨床參數包括受試者疼痛的評價、晨僵時間、腫脹關節數、關節疼痛數等。優選，有用的參數或診斷確定自受試者的非侵入性生物樣本。特別是，對于RA，它們可以選自特異于RA的標準生物參數。根據本發明，特異于RA的標準生物參數是臨床醫生通常用于監測RA治療療效的生物參數。特異于RA或自身免疫疾病的這些標準生物參數通常包括本領域技術人員所熟知的特定蛋白質的血清或血漿濃度。可以通過測試確定特異于RA的所述標準生物參數，測試包括抗核抗體測試(AM測試)、C-反應蛋白測試(CRP測試)、紅細胞沉降率(ESR測試)、環瓜氨酸肽抗體檢測(CCP測試)、和類風濕因子測試。這些測試對于本領域技術人員是眾所周知的，此處不作詳細介紹。它們可單獨使用或組合使用。這種額外參數可用以確認使用包括如下或由如下組成的表達譜所獲得的診斷(i)基因 MAPK14 ;或基因 MAPK14 和 S100A9 ;或基因 MAPK14 和 GNLY ;或表 2 的 61個基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii) (i)和(ii)表達譜中任意一個的等同表達譜，
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以及任選地一個或更多個看家基因。本發明進一步涉及用于CyTD反應或無反應表型的體外診斷的試劑盒，包括至少一種用于確定包括如下或由如下組成的表達譜的試劑(i)基因 MAPK14 ;或基因 MAPK14 和 S100A9 ;或基因 MAPK14 和 GNLY ;或表 2 的 61個基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii) (i)和(ii)表達譜中任意一個的等同表達譜，以及任選地一個或更多個看家基因。通過“用于確定表達譜的試劑”是指專門允許確定所述表達譜的試劑，即專門意圖用于特異性確定包括在表達譜中的基因的表達水平的試劑。這種定義不包括用于確定任何基因表達水平的通用試劑，比如Taq聚合酶或擴增緩沖液，盡管這種試劑也可以被包括在根據本發明的試劑盒中。在根據本發明的試劑盒的一個優選實施方式中，所述試劑盒專用于基于包括如下或由如下組成的表達譜的CyTD反應或無反應表型的體外診斷(i)基因 MAPK14 ;或基因 MAPK14 和 S100A9 ;或基因 MAPK14 和 GNLY ;或表 2 的 61個基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii) (i)和(ii)表達譜中任意一個的等同表達譜，以及任選地一個或更多個看家基因。通過“專用的”是指本發明試劑盒中用于確定表達譜的試劑基本上由用于確定上述(i)、(ii)或(iii)表達譜，任選地一個或更多個看家基因的表達水平的試劑組成，并且因此包括用于確定除了上述(i)、(ii)或(iii)表達譜和看家基因中提到的那些以外的基因表達的最少試劑。例如本發明專用試劑盒優選包括不超過50、40、30、25、20種，優選不超過15種，優選不超過10種，優選不超過9、8、7、6、5、4、3、2或I種用于確定不是屬于上述(i )、( i i )或(i i i )表達譜之一并且不是看家基因的基因的表達水平的試劑。這種用于CyTD反應或無反應表型的體外診斷的試劑盒可進一步包括用于確定反應性表型存在或不存在的說明書。這種用于反應性表型體外診斷的試劑盒可進一步包括至少一種用于確定用于診斷的額外參數(比如標準生物參數)的試劑。尤其是，所述試劑用于進行任何如下測試抗核抗體測試(ANA測試)、C-反應蛋白測試(CRP測試)、紅細胞沉降率(ESR測試)、環瓜氨酸肽抗體檢測(CCP測試)、和類風濕因子測試。在用于根據本發明的反應性表型的體外診斷的任何試劑盒中，用于確定包括如下或由如下組成的表達譜的試劑⑴基因MAPK14 ;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61個基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者
(iii) (i)和(ii)表達譜中任意一個的等同表達譜，以及任選地一個或更多個看家基因，優選包括用于如下轉錄物的特異性定量擴增的特異性擴增引物和/或探針⑴基因MAPK14 ;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61個基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii) (i)和(ii)表達譜中任意一個的等同表達譜，以及任選地一個或更多個看家基因，和/或用于檢測如下的核微陣列(i)基因 MAPK14 ;或基因 MAPK14 和 S100A9 ;或基因 MAPK14 和 GNLY ;或表 2 的 61個基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii) (i)和(ii)表達譜中任意一個的等同表達譜，以及任選地一個或更多個看家基因。可因此使用定量PCR和/或核微陣列，優選寡核苷酸微陣列和/或蛋白質微陣列，進行表達譜的確定。此外，用于確定CyTD (特別是TBA)表型存在或不存在的說明書優選包括至少一個參考表達譜，或至少一個用于獲得參考表達譜的參考樣本。在一個優選的實施方式中，至少一個參考表達譜是反應性表達譜。或者，至少一個參考表達譜可以是無反應性表達譜。更優選的是，通過比較如上所述的反應和無反應表達譜進行反應性水平的確定。本發明還涉及包括或由特異于如下的核酸組成的核酸微陣列(i)基因 MAPK14 ;或基因 MAPK14 和 S100A9 ;或基因 MAPK14 和 GNLY ;或表 2 的 61個基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii) (i)和(ii)表達譜中任意一個的等同表達譜，以及任選地一個或更多個看家基因。所述核酸微陣列可以包括特異于額外基因和任選地一個或更多個看家基因的額外核酸，但優選由最多 500、400、300、200 優選 100、90、80、70 更優選 60、50、45、40、35、30、
25、20、15、10或甚至更少的(例如9、8、7、6、5、4、3、2或I)不同核酸組成。在一個優選的實施方式中，所述核酸微陣列包括不超過50、40、30、25、20，優選不超過15，優選不超過10，優選不超過9、8、7、6、5、4、3、2或I個特異于不是屬于上述(i)、
(ii)或(iii)表達譜之一的基因并且不是看家基因的不同核酸。有利的是，所述微陣列由特異于如下的核酸組成(i)基因 MAPK14 ;或基因 MAPK14 和 S100A9 ;或基因 MAPK14 和 GNLY ;或表 2 的 61個基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、
16HCKjP GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRKl、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者
(iii) (i)和(ii)表達譜中任意一個的等同表達譜，
以及任選地一個或更多個看家基因。
在一個優選的實施方式中，所述核酸微陣列是包括或由特異于如下的寡核苷酸組成的寡核苷酸微陣列
(i)基因MAPK14 ;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61個基因；或
(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCKJP GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者
(iii) (i)和(ii)表達譜中任意一個的等同表達譜，
以及任選地一個或更多個看家基因。
通過描述本發明，可以通過參考此處提供的某些具體實施例和附圖獲得對本發明特征和優點的進一步理解，實施例和附圖僅出于說明性目的而非意圖進行限制，除非另有指明。
圖I :對于最差異表達的8個基因的兩個最顯著富含GO的術語是“ Y干擾素生產的正調節”(A)和“自然殺傷細胞介導的細胞毒作用的正調節”(B) (P值<5xl0_3)。
圖2 :使用PathGen的MAPK14和S100A9的途徑分析
圖3 :由Ingemiity 系統分析產生的最差異表達的8個基因屬于單個生物網絡(細胞-細胞信號和相互作用、血液系統發育和功能、免疫細胞運輸)。
在圖3中，符號代表不同分子類型；
-向上的三角形磷酸酶，
-向下三角形激酶，
-橫向橢圓形轉錄調節因子，
-垂直橢圓形跨膜受體，
-菱形酶，
-橫向矩形配體依賴的核受體，
-垂直矩形G_蛋白偶聯受:體，
-單圈其它類型的分子，
-雙圈復合物群體，
陰影的形狀代表作為61個所列出部分的分子。
線的類型代表相互作用類型
-簡單箭頭表示第一分子直接作用于第二分子(比如但不限于激活)
-虛線箭頭表示第一分子間接作用于第二分子
-以短的節段結束的線表示抑制
-單線代表相互作用(比如但不限于蛋白質-蛋白質相互作用)具體實施方式
實施例實施例I :兩個數據集的元分析(Bienkowska等人(9)和Tulia等人(8))材料和方法在這個實施例中，描述了隨后實施例1-3中使用的材料和方法。數據鑒定和數據提取:在它們已經在首次接受生物制劑的RA患者上進行過的基礎上選擇研究，所述患者用英夫利昔單抗起始療法，并在第14或22周獲得他們對治療反應的測量。需在基線(治療前)獲得大規模的基因表達信息。按照Ramasamy等人描述的步驟(10),我們鑒定符合我們研究準則的四項研究Lequerr6等人(6)、Sekiguchi等人(7)、Bienkowska等人(9)和Julidi等人(8)。表達數據、表型和注釋數據都下載自GEO (分別為GSE3592、GSE8350、GSE12051 和 GSE15258)。 所有四項研究鑒定“對抗TNF療法反應的基因表達標記”。有趣的是，然而，未有過兩個出版物使用相同的方法，這可以部分解釋所報道的標記之間缺少重疊。為了使四項研究更具有可比性，我們聯系了作者以獲得更多的個體信息，比如基線DAS28和第14周或22周以使用單一的反應定義(EULAR準則一具有“中度(moderate)”和“良好”的反應者被視為反應者)或治療細節以確保只分析用英夫利昔單抗治療的患者。因此，基于第14周和第22周的EULAR定義，我們將患者重新分類為反應者，并進行良好和中度反應者相對于無反應者的二進制分析。這種二進制分組尤其適合無反應者的鑒定。最終的數據集總結于表I并且是我們可以得到的最均勻的數據。 表I :臨床準則比對之后的數據集總結
數據質量和數據加工:來自Bienkowska等人的數據是唯一的我們下載原始CEL文件并使用我們內部規程進行加工的數據(在細化器(refiner)陣列中使用GC-RMA通過GENEDATAExpressionist (Genedata AG, Basel,瑞士)進行標準化)。由于失真(distortion)增加，有質量問題(quality issue)的六個芯片被標記(flagged)。然而，由于對于英夫利昔單抗樣本可用的陣列數目有限，我們將它們包括在我們的分析中。來自Lequerr6等人、Julia等人和Sekiguchi等人的數據均作為表達矩陣下載，其對應著標準化之后的表達值。Lequerr6等人的數據包括技術重復；我們平均技術重復并從分析中排除對照樣本。為了將探針信息翻譯成基因信息，我們使用NCBI的Geneld，正如在GEO上發現的各自注釋文件中所提供的。當多個探針可獲得時，我們選擇跨平臺具有相同NCBI GI號的探針。當探針在GI方面不同時，它們被隨機選擇。因此對于各基因，只有一個探針在分析中發揮作用。統計分析:由于Sekiguchi等人所用的陣列上的探針數目有限，以及Lequerr6等人研究中樣本來源引入的主要差異(PBMC相對于全血),我們僅在Bienkowska等人和Julia等人的數據集上初步進行了元分析。我們然后加入來自Sekiguchi等人的數據并且最后來自Lequerr6等人的數據進行了元分析。因此進行三個元分析(分別，實施例1、2和3)。使用MetaArray包(D Ghosh和H Choi，2009)在R上進行統計分析。這種包執行(H Choi, 2005)中所述的潛變量模型以及整合相關性(integrative correlationX 12)。對于表達的概率(POE)的估計，我們使用EM估計方法。在100%存在上并基于平均相關>-0. 2過濾探針。采用t檢驗，如R中multtest庫中所執行的，評價個體探針的貢獻。基于分布圖的目視檢查，我們將閾值設置為在2. 5的顯著性。然后在個體數據集中進一步分析使用這種方法鑒定的探針的列表來評價它們的預測性能。這在Genedata Expressionist 中使用Fisher LDA預測物和留一驗證(leave-one-out cross validation)進行。 在 Genedata i/.xpi'i-.'ssionisix (GenedataAG, Basel,瑞士)中使用Gene Ontology Fisher (無對應譯文)的精確測試功能進行生物過程富集的評價。顯著探針的列表與測試的探針列表進行比較(共同探針)。使用PathGen(可在 http: //dna. cs. byu. edu/pathRen 獲得)進行途徑分析。結果在4022個探針上進行兩個數據集的初步元分析(即Bienkowska等人與Julia等人)。兩研究之間的異質性可能是由于其余的臨床差異，比如疾病的嚴重程度、單-相對于雙-療法的使用或由于所用不同平臺造成的探針差異(Affymetrix相對于Illumina微陣列)。基于來自合并數據集的POE的t-檢驗，我們基于它們的顯著性對基因進行排序。表2提供反應者和非反應者之間最差異表達的61個基因的基因符號和方向。有趣的是，這種基因列表與Julia等人鑒定的基因之間僅被兩個基因重疊,被Bienkowska等人鑒定的一個基因重疊。為了評價基因的組的區分性能，我們選擇了前8個基因并將它們應用到個體數據集上。性能可以在表3中找到。這8個基因的集在Julia等人的數據集中性能非常好:通過L00，44個樣本中有7個被錯誤分類，給出84%的整體誤差率，PPV高達97%。表2 :前61個差異表達的探針的排序列表。最靠前的基因是最顯著的。
I! BI符號名稱 陸勺方_IL2MBD細III介泰2受體，beta000878'2 (SEQ ID NO: I)mmSlOiAfSl(M)鈣結合蛋白A9NM—002965.3 (SEQ ID NO :2)降低KLRKl名傷細_集It樣受體#:家族K, 成M INM—007360.2 (SEQ ID NO :3)增加HCK造觀_應激_NM—001172129.1 (SEQ ID NO :4)降低GNLY_粒溶翁NM—006433.3 (SEQ ID NO :5)增加CTSZHlftliKilj zNM—001336.3 (SEQ ID NO :6)降低ARTSADP-核糖坫化W /· 5NM—001142272.1 (SEQ ID NO : )降低IITPI4CU3小核丨核糖核Uta ι 獅物c021645.5 (SEQ ID NO :8)增_DRAPlDRI-相.XHtiH I (負_ . 2α)NM—006442.3 (SEQ IDNO :9)降低SHKBPlSH3KBP1 結合 ΚΠ INM^I 38392.3 (SEQ IDNO ;10)降低IARS3T4'￡^it-tRNA ftl&mNM—W2161.4 (SEQ IDNO :11)增加ATP6V1E1ΛΤΡ ft, H 溶_沐31 0練， Vl EiNM^OO 1039367.1 (SEQ ID NO :12)降低RPP21核糖核酸_ P/MRP 2IkDa #. NMJ)24M9.I (SEQ IDNOrI 3)聯丨I 3 Λ 抜W-—f. M禽跨鉍酸/楮+ 酸5NM^OOl 039465.1 (SHQIDNO:14)WJilILOC2856365 ' )染色體/]'*敏閱讀IK 51N 175921.4 (SEQ ID NO :15)增如NTNG2_突導向μ丨子(netrin) G2NMJJ32536.2 (SEQ IDNO :16)降低ASFIAASFl抗沉默功能I M源物ANM—014034.2 (SEQ ID NO :17)JffJiIIDYSFdysferlin ( Jc 對應譯文)NM—001130455.1 (SEQ ID NO :18)降低EIF4HA核翻譯起始W /· 4HNM—031992.i (SEQ ID NO :19)增加
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權利要求
1.一種用于細胞因子靶向藥物(CyTD)反應或無反應表型的體外診斷或預后的方法，包括(b)根據患有炎癥疾病的受試者的生物樣本確定包括如下或由如下組成的表達譜(i)基因MAPK14;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61個基因；或(ii)基因S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5JP UTP14C，或者(iii)(i)和(ii)表達譜中任意一個的等同表達譜， 以及任選地一個或更多個看家基因，(c)獲得的表達譜與至少一個參考表達譜進行比較，以及Cd)根據所述比較確定反應或無反應表型。
2.根據權利要求I所述的方法，其中在步驟(b)中將獲得的表達譜與至少一個參考反應和/或無反應表達譜進行比較。
3.根據權利要求2所述的方法，其中將獲得的表達譜在步驟(b)中與至少一個參考反應表達譜和至少一個參考無反應表達譜進行比較。
4.根據權利要求I至3任一項所述的方法，其中通過測量所述基因核酸轉錄物的量確定表達譜。
5.根據權利要求4所述的方法，其中使用定量PCR或寡核苷酸微陣列確定表達譜。
6.根據權利要求I至3任一項所述的方法，其中使用基因組微陣列或蛋白質微陣列確定表達譜。
7.根據權利要求I至6任一項所述的方法，其中所述生物樣本是血液樣本。
8.根據權利要求I至7任一項所述的方法，其中所述CyTD是TNFa阻斷劑(TBA)。
9.根據權利要求I至8任一項所述的方法，其中所述炎癥疾病選自類風濕關節炎(RA)、克羅恩氏病、強直性脊柱炎、銀屑病關節炎、斑塊狀銀屑病、潰瘍性結腸炎、血管炎；韋格納肉芽腫；結節病；成人發病的斯提耳氏病、多肌炎/皮肌炎和系統性紅斑狼瘡(SLE)。
10.根據權利要求9所述的方法，其中所述炎癥疾病是類風濕關節炎。
11.根據權利要求10所述的方法，還包括確定至少一個額外參數，通過選自如下的測試確定所述額外參數抗核抗體測試(ANA測試)、C-反應蛋白測試(CRP測試)、環瓜氨酸肽抗體檢測(CCP測試)和類風濕因子測試。
12.—種用于體外診斷CyTD反應或無反應表型的試劑盒,包括至少一種用于確定包括如下或由如下組成的表達譜的試劑(i)基因MAPK14;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61個基因；或(ii)基因S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii)(i)和(ii)表達譜中任意一個的等同表達譜，以及任選地一個或更多個看家基因。
13.根據權利要求12所述的試劑盒，還包括用于確定至少一個額外參數的至少一種試劑，所述試劑選自抗核抗體測試(ANA測試)、C-反應蛋白測試(CRP測試)、環瓜氨酸肽抗體CN 102918165 A書求要利權2/3頁檢測(CCP測試)和類風濕因子測試。
14.一種包括特異于如下核酸的核酸微陣列(i)基因MAPK14;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61個基因；或(ii)基因S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5JP UTP14C，或者(iii)(i)和(ii)表達譜中任意一個的等同表達譜，以及任選地一個或更多個看家基因。
15.根據權利要求14所述的核酸微陣列，其是寡核苷酸微陣列。
16.一種用于為患有炎癥疾病的患者設計CyTD治療的方法，所述方法包括Ca)根據所述受試者的生物樣本確定包括如下或由如下組成的表達譜(i)基因MAPK14;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61個基因；或(ii)基因S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5JP UTP14C，或者(iii)(i)和(ii)表達譜中任意一個的等同表達譜，以及任選地一個或更多個看家基因，(b)獲得的表達譜與至少一個參考表達譜進行比較，(c)根據所述比較確定所述受試者的反應或無反應表型，以及Cd)根據所述鑒定的反應或無反應表型設計CyTD治療的劑量。
17.一種用于調整患有炎癥疾病的患者的CyTD治療的方法，所述方法包括Ca)根據所述受試者的生物樣本確定包括如下或由如下組成的表達譜(i)基因MAPK14;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61個基因；或(ii)基因S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5JP UTP14C，或者(iii)(i)和(ii)表達譜中任意一個的等同表達譜，以及任選地一個或更多個看家基因，(b)獲得的表達譜與至少一個參考表達譜進行比較，(c)根據所述比較確定所述受試者的反應或無反應表型，以及(d)調整CyTD治療。
18.—種治療患RA的受試者的方法,包括步驟Ca)向所述患RA的受試者施用治療劑量的疾病修飾抗風濕藥(DMARD),(b)根據所述患RA的受試者生物樣本確定包括如下或由如下組成的表達譜(i)基因MAPK14;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61個基因；或(ii)基因S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5JP UTP14C，或者(iii)(i)和(ii)表達譜中任意一個的等同表達譜，3以及任選地一個或更多個看家基因，(c)獲得的表達譜與至少一個參考表達譜進行比較，Cd)根據所述比較確定所述患有RA的受試者的反應或無反應表型，(e)確定CyTD的劑量，以及(f)施用所述CyTD劑量。
19.根據權利要求18所述的方法，其中DMARD是氨甲喋呤。
20.一種治療患有炎癥疾病的受試者的方法，包括步驟Ca)根據所述受試者的生物樣本確定包括如下或由如下組成的表達譜(i)基因MAPK14;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61個基因；或(ii)基因S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5JP UTP14C，或者(iii)(i)和(ii)表達譜中任意一個的等同表達譜，以及任選地一個或更多個看家基因，(b)獲得的表達譜與至少一個參考表達譜進行比較，(c)根據所述比較確定所述受試者的反應或無反應表型，(d)確定CyTD的劑量，以及(e)施用所述劑量的CyTD。
21.根據權利要求16至20任一項所述的方法，其中在CyTD治療開始后第14周或22周確定步驟(a)的表達譜。
22.根據權利要求21所述的方法，其中步驟(a)的表達譜由基因IL2RB、S100A9和CASP5，或其等同表達譜組成。
23.根據權利要求21所述的方法，其中步驟(a)的表達譜由基因MAPK14和S100A9，或其等同表達譜組成。
24.根據權利要求21所述的方法，其中步驟(a)的表達譜由基因S100A9，或其等同表達譜組成。
25.根據權利要求21所述的方法，其中步驟(a)的表達譜由基因MAPK14和GNLY，或其等同表達譜組成。
26.根據權利要求16至25任一項所述的方法，其中所述炎癥疾病選自類風濕關節炎(RA)、克羅恩氏病、強直性脊柱炎、銀屑病關節炎、斑塊狀銀屑病、潰瘍性結腸炎、血管炎；韋格納肉芽腫；結節病；成人發病的斯提耳氏病、多肌炎/皮肌炎和系統性紅斑狼瘡(SLE)。
27.根據權利要求26所述的方法，其中所述炎癥疾病是類風濕關節炎。
28.根據權利要求16至24任一項所述的方法，其中所述CyTD治療是TBA治療。
全文摘要
本發明涉及人類醫藥的領域，并且尤其涉及患有炎癥疾病的受試者對細胞因子靶向藥物(CyTD)治療的反應性的診斷/預后的領域。更準確地說，本發明關注用于CyTD反應或無反應的表型的體外診斷/預后的方法，包括(a)根據受試者生物樣本確定包括基因MAPK14；或基因MAPK14和S100A9；或基因MAPK14和GNLY；或表2的6個基因；或基因S100A9；或基因S100A9、IL2RB和CASP5；或基因S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK和GNLY；或基因S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5和UTP14C的表達譜，或者(i)和(ii)表達譜中任意一個的等同表達譜，以及任選地一個或更多個看家基因，(b)獲得的表達譜與至少一個參考表達譜進行比較，以及(c)根據所述比較確定反應或無反應的表型。本發明還涉及用于進行所述方法的試劑盒和核酸微陣列。本發明還涉及治療患有炎癥疾病的患者的方法。
文檔編號C12Q1/68GK102918165SQ201180015117
公開日2013年2月6日 申請日期2011年3月24日 優先權日2010年3月24日
發明者A·賽維諾, O·R·波帕-尼察, C·布勞德 申請人:Tc園表達公司