是指 272位上的谷氨酸經酪氨酸置換的變異多膚。為清楚起見，已經過工程改造 W改變核酸編碼 序列但不改變起始氨基酸(例如將CGG(編碼精氨酸)交換成CGA(仍是編碼精氨酸）W增加宿 主生物體表達水平）的蛋白質不是"氨基酸取代"；即，盡管產生了編碼相同蛋白質的新基 因，但如果所述蛋白質在特定位置上具有與起始時相同的氨基酸，則其不是氨基酸取代。
[0072] 如本文中所使用的"氨基酸插入"或"插入"意指在親本多膚序列中的特定位置上 添加氨基酸序列。舉例來說，-233E或233E指示在233位之后和在234位之前插入谷氨酸。另 夕h-233ADE或A233ADE指示在233位之后和在234位之前插入AlaAspGlu。
[0073] 如本文中所使用的"氨基酸缺失"或"缺失"意指去除親本多膚序列中的特定位置 上的氨基酸序列。舉例來說，E233-或E233#指示缺失233位上的谷氨酸。另外，EDA233-或 EDA233#指示從233位開始缺失序列GluAspAla。
[0074] 如本文中所使用的"變異蛋白質"或"蛋白質變體"或"變體"意指由于至少一個氨 基酸修飾而與親本蛋白質不同的蛋白質。蛋白質變體可能是指所述蛋白質本身、包含所述 蛋白質的組合物或編碼其的氨基序列。優選地，蛋白質變體與親本蛋白質相比具有至少一 個氨基酸修飾，例如與親本相比具有約一至約屯十個氨基酸修飾且優選地具有約一至約五 個氨基酸修飾。在一些實施方案中，親本多膚，例如化親本多膚，是人類野生型序列，諸如來 自于IgGl、IgG2、IgG3或IgG4的化區，但具有變體的人類序列也可W充當"親本多膚"。本文 中的蛋白質變體序列優選地將與親本蛋白質序列具有至少約80%同一性，且最優選地具有 至少約90%同一性，更優選地具有至少約95%-98%-99%同一性。變異蛋白質可能是指變 異蛋白質本身、包含所述蛋白質變體的組合物或編碼其的DNA序列。相應地，如本文中所使 用的"抗體變體"或"變異抗體"意指由于至少一個氨基酸修飾而不同于親本抗體的抗體，如 本文中所使用的"IgG變體"或"變異IgG"意指由于至少一個氨基酸修飾而不同于親本IgG (再次，在許多情況下，來自于人類IgG序列）的抗體，且如本文中所使用的"免疫球蛋白變 體"或"變異免疫球蛋白"意指由于至少一個氨基酸修飾而不同于親本免疫球蛋白序列的免 疫球蛋白序列。如本文中所使用的"Fc變體"或"變異Fc"意指在化結構域中包含氨基酸修飾 的蛋白質。本發明的Fc變體是根據構成其的氨基酸修飾來定義。因此，舉例來說，N434S或 434S是相對于親本化多膚在434位上具有取代絲氨酸的化變體，其中編號是根據指數。同 樣，M428L/M34S定義了相對于親本化多膚具有取代M42化和M34S的Fc變體。可能未規定WT 氨基酸的同一性，在運種情況下，上述變體被稱為428L/434S。應指出，提供取代的順序是任 意的，那就是說，舉例來說，428L/434S是與M428L/M34S相同的Fc變體，等等。對于本發明中 所討論的設及抗體的所有位置，除非另外指出，否則氨基酸位置編號是根據EU指數。如 Rabat或抓編號方案中的抓指數或抓指數是指抓抗體的編號化delman等，1969，Proc化tl Acad Sci USA 63:78-85,?全文引用的方式并入在此）。修飾可W是添加、缺失或取代。取 代可W包括天然存在的氨基酸和在一些情況下合成氨基酸。實例包括美國專利號6，586， 207；W0 98/48032；W0 03/073238；US2004-0214988A1；WO 05/35727A2；WO 05/74524A2； J.W.畑in等，（2002)'Journal of the American 畑emical Society 124:9026-9027; J.W.CMn，&P.G.Schultz, (2002)，ChemBioChem 11:1135-1137;J.W.Chin等，（2002)，PICAS United States of America 99:11020-11024;和L.Wang,&P.G.Schultz,(2002)，Qiem.l- 10,全部W全文引用的方式并入。
[0075] 如本文中所使用，"蛋白質"在本文中意指至少兩個共價連接的氨基酸，其包括蛋 白質、多膚、寡膚和膚。膚基可W包含天然存在的氨基酸和膚鍵，或合成膚模擬結構，即，"類 似物"，諸如類膚(參見Simon等，PNAS USA 89(20) :9367( 1992)，W全文引用的方式并入）。 氨基酸可W是天然存在的或合成的(例如，并非由DNA編碼的氨基酸）；如本領域中技術人員 應了解。舉例來說，出于本發明的目的，高苯丙氨酸、瓜氨酸、鳥氨酸和正亮氨酸被視為合成 氨基酸，而且可W利用D和L(R或S)構象的氨基酸。本發明的變體可W包含修飾，包括使用例 如由Schultz和同事開發的技術并入的合成氨基酸的使用，包括但不限于W下所描述的方 法：燈〇郵和化ultz，2004，Trends Genet. 20 (12): 625-30; Anderson等，2004，Proc Nat 1 Acad Sci USA 101(2):7566-71;Zhang 等，2003,303(5656):371-3;和畑 in 等，2003， Science301(5635):964-7,全部W全文引用的方式并入。另外，多膚可W包括一個或多個側 鏈或末端的合成衍生化、糖基化、PEG化、環狀排列、環化、與其他分子的連接子、與蛋白質或 蛋白質結構域的融合和膚標簽或標記的添加。
[0076]如本文中所使用的"殘基"意指蛋白質中的位置和其相關氨基酸同一性。舉例來 說，IgGl中的天冬酷胺297(也稱為Asn297或N297)是人類抗體IgGl中297位上的殘基。
[0077]如本文中所使用的"Fab"或"Fab區"意指包含VH、CH1、化和CL免疫球蛋白結構域的 多膚。Fab可W指呈分離狀態的運個區域或在全長抗體、抗體片段或化b融合蛋白質情況下 的運個區域。如本文中所使用的"Fv"或"Fv片段"或"Fv區"意指包含單一抗體的化和VH結構 域的多膚。
[0078]如本文中所使用的"非天然存在的修飾"意指不是同種型的氨基酸修飾。舉例來 說，因為無 IgG在434位上包含絲氨酸，所W IgGl、IgG2、IgG3或IgG4(或其雜合物）中的取代 434S被視為非天然存在的修飾。
[0079]如本文中所使用的"效應功能"意指由抗體化區與化受體或配體的相互作用引起 的生物化學事件。效應功能包括但不限于ADCC、ADCP和CDC。
[0080] 如本文中所使用的"親本多膚"意指隨后經修飾W產生變體的起始多膚。親本多膚 可W是天然存在的多膚或天然存在的多膚的變體或工程改造版本。親本多膚可W指多膚本 身、包含所述親本多膚的組合物或編碼其的氨基酸序列。相應地，如本文中所使用的"親本 免疫球蛋白"意指未經修飾的免疫球蛋白多膚，其經修飾W產生變體，且如本文中所使用的 "親本抗體"意指未經修飾的抗體，其經修飾W產生變異抗體。應指出，"親本抗體"包括如W 下所概述的已知的市售重組產生的抗體。
[0081] 如本文中所使用的"位置"意指蛋白質序列中的位置。位置可依序或根據確定的格 式，例如用于抗體編號的抓指數進行編號。
[0082] 如本文中所使用的"祀抗原"意指被指定抗體的可變區特異性結合的分子。祀抗原 可W是蛋白質(諸如Toso蛋白）、碳水化合物、脂質或其他化合物。
[0083] 如本文中所使用的"祀細胞"意指表達祀抗原的細胞。
[0084] 如本文中所使用的"可變區"意指包含基本上由分別組成κ、λ和免疫球蛋白重鏈基 因座的νκ、νλ和/或VH基因中的任一個編碼的一個或多個Ig結構域的免疫球蛋白區域。
[0085] "野生型或WT"在本文中意指在自然界中發現的氨基酸序列或核巧酸序列，包括等 位基因變異。WT蛋白質具有尚未有意修飾的氨基酸序列或核巧酸序列。
[0086] 盡管主要參考具體實施方案描述了描述本發明，但也預見了在閱讀本公開內容后 其他實施方案對于本領域技術人員將顯而易見，并且希望所述實施方案包含在本發明方法 內。 巧087] I.發明概述
[0088]本發明設及用于調節Toso蛋白（其在本文中還被可互換地稱為"Toso"或"Toso受 體"或"Faim3"或"FCMR")的活性的方法和組合物。本發明的方法和組合物可W根據且在一 些實施方案中與調節Toso蛋白的活性的其他已知方法組合使用，舉例來說，諸如2013年3月 14日提交的USSN 13/831，031中所描述的那些方法，該史獻的全史且具體來說是與調節 Toso蛋白的活性的方法和組合物有關的任何公開內容、權利要求、附圖或其他教導內容出 于所有目的W引用的方式并入在此。
[0089] 在一些實施方案中，本發明的方法和組合物可增加 Toso蛋白的活性。在其他實施 方案中，本發明的方法和組合物可抑制Toso蛋白的活性。
[0090] 在某些方面，用于調節Toso蛋白的活性的組合物包括能結合Toso蛋白或Toso蛋白 的配體的藥劑。在其他實施方案，本發明的組合物包括能結合Toso蛋白或Toso蛋白的配體 的抗體。
[0091] 本發明進一步設及通過施用在受試者中調節Toso活性的抗體來治療病癥和疾病 的方法。如本文中更詳細論述，本發明的抗體可用于治療罹患不限于W下各項疾病的受試 者：II型糖尿病、自身免疫性病癥(包括但不限于1型糖尿病、多發性硬化或類風濕性關節 炎）、哮喘、過敏、慢性阻塞性肺病rCOPD")、高IgM綜合征、化L、狼瘡或中性白細胞增多相關 病癥(包括但不限于中性粒細胞減少、嚴重先天性中性粒細胞減少、環形中性粒細胞減少、 抗體介導的中性粒細胞減少、網狀細胞發育不全、白細胞粘附缺陷、家族性骨髓增生性疾 病、慢性骨髓性白血病、家族性冷激性等麻疹和白細胞增多W及慢性肉芽腫病）。
[0092] II.針對Toso的抗體
[0093] 本發明的抗體調節Toso活性。在一些實施方案中，本發明的抗體能增加 Toso活性。 在其他實施方案中，本發明的抗體能降低Toso活性。在一些實施方案中，本發明的抗體直接 結合Toso蛋白。在其他實施方案中，本發明的抗體結合Toso蛋白的配體。在其他實施方案 中，本發明的抗體與中間蛋白質或其他分子結合或W其他方式相互作用，并且通過與所述 中間蛋白質或其他分子的相互作用間接地影響Toso活性。
[0094] 制備抗體的方法在本領域中一般是已知的。舉例來說，美國專利號6,727,350討論 了 Toso抗體和用于制備其的方法，并且其全文且具體來說是與針對Toso蛋白的抗體有關的 所有教導內容出于所有目的在此W引用的方式并入。
[0095] 在一些實施方案中，使用本領域中已知的和本文中更詳細描述的方法，通過隧菌 體展示篩選來鑒別本發明的抗體。在其他實施方案中，所述方法將包括通過將隧菌體展示 篩選的結果克隆到人類IgG的表達載體中來產生完全人類抗體。
[0096] 用于本發明的抗體可W呈如本文中所描述的多種形式，包括下文所描述的傳統抗 體W及抗體衍生物、片段和模擬物。一般來說，術語"抗體"包括了包括至少一個恒定結構域 (包括但不限于CH1、C肥、C冊和化)的任何多膚。
[0097] 傳統抗體結構單元典型地包含四聚體。各四聚體典型地由兩對同一的多膚鏈構 成，各對具有一個"輕"鏈(典型地具有約25kDa的分子量)和一個"重"鏈(典型地具有約50至 70W)a的分子量）。人類輕鏈分類為K和λ輕鏈。本發明設及IgG類別，其具有若干個亞類，包括 但不限于IgGl、IgG2、IgG3和IgG4。因此，如本文中所使用的"同種型"意指由其恒定區的化 學特征和抗原特征定義的任何免疫球蛋白亞類。應理解，治療抗體還可W包含同種型和/或 亞類的雜合物。
[0098] 各鏈的氨基末端部分包括約100至110或更多個氨基酸的主要負責抗原識別的可 變區，在本領域中和本文中一般被稱為"Fv結構域"或"Fv區"。在可變區中，針對重鏈和輕鏈 的各V結構域的Ξ個環聚集w形成抗原結合位點。各環被稱為互補性決定區（下文稱為 "CDR")，其中氨基酸序列中的變異最顯著。"可變"是指可變區的某些節段的序列在抗體中 在序列方面廣泛差異。可變區內的變異性不均勻分布。相反，V區由被稱為"高變區"的各自 為9至15個氨基酸長或更長的極端變異性較短區域隔開的稱為框架區(FR)的具有15至30個 氨基酸的相對不變的區段組成。
[0099] 各VH和化由Ξ個高變區Γ互補性決定區"，"CDR")和四個F財勾成，從氨基末端到簇 基末端按 W 下順序排列：FR1-CDR1-FR2-CDR2-FR3-CDR3-FR4。
[0100] 高變區一般涵蓋輕鏈可變區中的約氨基酸殘基24至34化CDR1; "L"表示輕鏈）、50 至56化CDR2)和89至97化CDR3)的氨基酸殘基和重鏈可變區中的約31至35B化CDRl;"tf'表示 重鏈）、50至65(HCDR2)和95至 102(HCDR3);Kabat等，SEQUENCES OF PROTEINS OF IMMUNOLOGICAL INTEREST,第5版.Public Health Service,化tional Institutes of 化曰1*}1，86*}163(1曰，1(1.(1991)，和/或形成高變環的那些殘基（例如輕鏈可變區中的殘基26 至32化CDR1)、50至52(LCDR2)和91至96(LCDR3)和重鏈可變區中的26至32化CDR1)、53至55 化 CDR2)和 96 至 l〇UHCDR3);Chothia 和 Lesk(1987)J.Mol.Biol.l96:901-917eW 下描述本 發明的特定CDR。
[0101] 貫穿本說明書，當提到可變結構域(大約輕鏈可變區中的殘基1至107和重鏈可變 區中的殘基1至113)中的殘基時一般使用Kabat編號系統(例如Kabat等，同上（1991))。
[0102] CDR有助于形成抗體的抗原結合或更具體來說表位結合位點。"表位"是指與抗體 分子的可變區中被稱為互補位的特定抗原結合位點相互作用的決定子。表位是諸如氨基酸 或糖側鏈的分子的組群且通常具有特定的結構特征W及特定的電荷特征。單一抗原可W具 有多于一個表位。
[0103] 表位可W包含直接設及結合的氨基酸殘基(也稱為表位的免疫顯性組分)和不直 接設及結合的其他氨基酸殘基，諸如被特異性抗原結合膚有效阻斷的氨基酸殘基;換句話 說，氨基酸殘基在特異性