用于調節炎癥的氨酰tRNA合成酶的制作方法

專利名稱：用于調節炎癥的氨酰tRNA合成酶的制作方法
技術領域：
本發明一般地涉及包含氨酰-tRNA合成酶多肽(包括其截短體、蛋白水解片段和/或變體)的組合物，以及使用這樣的組合物調節炎癥和其它細胞應答的方法。
背景技術：
氨酰-tRNA合成酶(其催化tRNA分子的氨酰化)是在翻譯過程中解碼遺傳信息所必需的。在高等真核生物中，氨酰-tRNA合成酶與其它多肽結合，以形成超分子多酶復合物。每種真核tRNA合成酶由核心酶(其與tRNA合成酶的原核副本密切相關)和附著在核心酶的氨基端或羧基端末端上的一個或多個額外結構域組成。例如，人酪氨酰-tRNA合成酶(YRS)具有不是原核和低等真核YRS分子的一部分的羧基端結構域。氨酰tRNA合成酶(諸如酪氨酰-tRNA合成酶、色氨酸-tRNA合成酶和其它合成酶)與哺乳動物細胞中擴展的功能(包括在信號轉導途徑中的活性以及其它)有關。

發明內容
本發明的實施方案源自下述意外的發現，即包含氨酰-tRNA合成酶(AARS)多肽(包括其截短片段、蛋白水解片段和變體)的組合物會調節炎癥應答，并從而調節炎癥。這些AARS多肽因此可用于治療多種炎性疾病或病癥。因此，本發明的實施方案一般地涉及用于調節炎癥的組合物，所述組合物包含一種或多種分離的氨酰-tRNA合成酶(AARS)多肽或其生物活性片段或變體，其中所述多肽會調節炎癥。在某些實施方案中，所述AARS多肽是酪氨酰-tRNA合成酶(YRS)、色氨酰-tRNA合成酶(WRS)、谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(QRS)、甘氨酰-tRNA合成酶(GlyRS)、組氨酰-tRNA合成酶(HisRS)、絲氨酰-tRNA合成酶、苯丙氨酰-tRNA合成酶、丙氨酰-tRNA合成酶、天冬酰胺酰-tRNA合成酶(AsnRS)、天冬氨酰-tRNA合成酶(AspRS)、半胱氨酰-tRNA合成酶(CysRS)、谷氨酰-tRNA合成酶、脯氨酰-tRNA合成酶(ProRS)、精氨酰-tRNA合成酶、異亮氨酰-tRNA合成酶、亮氨酰-tRNA合成酶、賴氨酰-tRNA合成酶、蘇氨酰-tRNA合成酶、甲硫氨酰-tRNA合成酶或纈氨酰-tRNA合成酶。
某些實施方案包括，AARS多肽的蛋白水解片段。在某些實施方案中，通過在體外用蛋白酶溫育所述多肽，衍生出蛋白水解片段的序列。在某些實施方案中，通過在細胞中重組表達AARS多肽，衍生出蛋白水解片段的序列，其中所述細胞包含一種或多種重組的或內源的蛋白酶。在某些實施方案中，所述蛋白水解片段包含內源性的、天然存在的人或小鼠AARS蛋白水解片段的序列。在某些實施方案中，所述氨酰-tRNA合成酶是YRS多肽。在某些實施方案中，所述YRS多肽在它的C-端處被截短。在某些實施方案中，所述YRS多肽包含SEQ ID N0:l、2、3、
6、8、10、12 或 14 的氨基酸序列，其中至少約 1-50、50-100、100-150、150-200 或約 200-250
個氨基酸殘基從其C-端被截掉。在某些實施方案中，所述YRS多肽在它的N-端處被截短。在某些實施方案中，所述 YRS多肽包含SEQ ID N0:l、2、3、6、8、10、12或14的氨基酸序列，其中至少約1-50、50_100、50-100、100-150、150-200或約200-250個氨基酸殘基從其N-端被截掉。在某些實施方案中，所述YRS多肽包含與SEQ ID NO: 2所示的氨基酸序列具有至少80%、90%、95%、98%或100%同一性的氨基酸序列，其中在位置341處的丙氨酸沒有被酪氨酸置換。在某些實施方案中，所述YRS多肽包含與SEQ ID N0:l、2、3、6、8、10、12或14所示的氨基酸序列具有至少80%、90%、95%、98%或100%同一性的氨基酸序列。在某些實施方案中，所述氨酰-tRNA合成酶是GlyRS多肽。在某些實施方案中，所述GlyRS多肽是在SEQ ID NO: 16中所示的全長人甘氨酰-tRNA合成酶序列的片段。在某些實施方案中，所述片段包含SEQ ID NO: 16的氨基酸殘基367-438或其活性變體。在某些實施方案中，所述GlyRS多肽包含與SEQ ID NO: 16所示的氨基酸序列具有至少80%、90%、95%、98%或100%同一性的氨基酸序列。在某些實施方案中，所述GlyRS多肽包含SEQ ID NO: 16的氨基酸殘基 57-685、214-685、239-685、311-685、439-685、511-658、214-438、367-438、214-420、214-338、85-127、1-213、1-61、85-214、333-685、128-685、265-685、483-685 或25-56或其活性片段。在某些實施方案中，所述氨酰-tRNA合成酶是QRS多肽。在某些實施方案中，所述QRS多肽包含與SEQ ID NO: 25所示的氨基酸序列具有至少80%、90%、95%、98%或100%同一性的氨基酸序列。在某些實施方案中，所述QRS多肽在它的C-端處被截短。在某些實施方案中，所述QRS多肽包含SEQ ID N0:25的氨基酸序列，其中至少約1-50、50-100、50-100、100-150、150-200、200-250、250-300、300-350、350-400、400-450、450-500 或約 500-550 個氨基酸殘基從其C-端被截掉。在某些實施方案中，所述QRS多肽包含SEQ ID NO: 25的氨基酸殘基 1-183、1-220、1-249 或 1-200，或 SEQ ID NO: 36-103 或 109-115 中的任意一個或多個。在某些實施方案中，所述氨酰-tRNA合成酶是HisRS多肽。某些實施方案包含HisRS剪接變體多肽。在某些實施方案中，所述HisRS多肽至少包含HisRS的WHEP結構域。在某些實施方案中，所述HisRS多肽至少包含HisRS的反密碼子結合結構域。在某些實施方案中，所述HisRS多肽缺少功能性的氨酰化結構域。在某些實施方案中，所述HisRS多肽至少包含HisRS的WHEP結構域和HisRS的反密碼子結合結構域，但是缺少功能性的氨酰化結構域。在某些實施方案中，所述HisRS多肽包含在SEQ ID NO: 28、30或32中所示的序列。在某些實施方案中，所述HisRS多肽包含與SEQ ID NO: 28、30或32所示的氨基酸序列具有至少80%、90%、95%、98%或100%同一性的氨基酸序列。在某些實施方案中，所述HisRS多肽包含在SEQ ID N0:28、30或32中所示的序列的至少20個連續的氨基酸殘基。在某些實施方案中，所述氨酰-tRNA合成酶是WRS多肽。在某些實施方案中，所述WRS多肽包含與SEQ ID NO:33-35中的任意一個或多個所示的氨基酸序列具有至少80%、90%、95%、98%或100%同一性的氨基酸序列。在某些實施方案中，所述WRS多肽包含SEQ IDNO:33-35中的任意一個或多個的生物活性片段。在某些實施方案中，所述AARS多肽是天冬氨酰-tRNA合成酶(AspRS)。在某些實施方案中，所述AspRS多肽包含與SEQ ID NO: 105所示的氨基酸序列具有至少80%、90%、95%、98%或100%同一性的氨基酸序列。在某些實施方案中，所述AspRS多肽基本上由SEQID NO: 105的氨基酸1-154組成。某些實施方案包括，用于調節受試者中的炎癥應答的藥物組合物，所述藥物組合物包含權利要求1-54中任一項所述的氨酰-tRNA合成酶(AARS)多肽和藥學上可接受的載 體。某些實施方案包括，調節炎癥應答的方法，所述方法包括使細胞接觸有效濃度的具有炎癥應答調節活性的氨酰-tRNA合成酶(AARS)多肽，從而調節炎癥應答。在某些實施方案中，所述細胞是免疫細胞或血管細胞。在某些實施方案中，所述免疫細胞是粒細胞、淋巴細胞、單核細胞/巨噬細胞、樹突細胞或肥大細胞。在某些實施方案中，所述粒細胞是嗜中性粒細胞、嗜酸性粒細胞或嗜堿性粒細胞。在某些實施方案中，所述淋巴細胞是B-細胞、⑶8+T-細胞、⑶4+T-細胞、天然殺傷細胞或Y δ T-細胞。在某些實施方案中，所述血管細胞是平滑肌細胞、內皮細胞或成纖維細胞。某些實施方案包括,在體外或離體地使細胞接觸。某些實施方案包括,給受試者施用細胞。某些實施方案包括，通過給受試者直接地施用AARS多肽，使受試者中的細胞接觸。某些實施方案包括，減少急性炎癥應答、減少慢性炎癥應答或二者。某些實施方案包括，增加急性炎癥應答、增加慢性炎癥應答或二者。某些實施方案包括，調節一種或多種免疫細胞或血管細胞的活化、炎癥分子分泌、增殖、活性、遷移或附著。某些實施方案包括，調節一種或多種炎癥分子的水平或活性。在某些實施方案中，所述一種或多種炎癥分子包括補體系統、激肽系統、凝固系統或纖維蛋白溶解系統中的任意一種或多種的血漿衍生的炎癥分子。在某些實施方案中，所述一種或多種炎癥分子包括溶酶體顆粒、血管活性胺、類花生酸、細胞因子、急性期蛋白或一氧化氮中的任意一個或多個的細胞衍生的炎癥分子。在某些實施方案中，所述一種或多種細胞因子選自在表J和K中的細胞因子。某些實施方案包括，調節TNF-a、IL-2、MIP-I β、IL-12 (p40)、KC、MIP-2或IL-10中的任意一種或多種的水平或活性。某些實施方案包括，調節與選自下述的一種或多種組織、組織系統或器官有關的炎癥應答或炎性病癥皮膚、毛囊、神經系統、聽覺系統或平衡器官、呼吸系統、胃食管組織、胃腸道系統、血管系統、肝臟、膽囊、淋巴/免疫系統、泌尿生殖系統、肌肉骨骼系統、脂肪組織、乳房和內分泌系統。某些實施方案包括，治療選自下述的超敏反應1型超敏反應、II型超敏反應、III型超敏反應、IV型超敏反應、立即超敏反應、抗體介導的超敏反應、免疫復合物介導的超敏反應、T-淋巴細胞介導的超敏反應和遲發型超敏反應。
某些實施方案包括，治療選自下述的自身炎性病癥家族性地中海熱、TNF受體有關的周期性綜合征(TRAPS)、超-IgD綜合征(HIDS)、CIASl有關的疾病諸如穆-韋二氏綜合征、家族性寒冷自身炎癥性綜合征和新生兒發作的多系統炎性疾病、PAPA綜合征(化膿性無菌關節炎、壞疽性膿皮病、痤瘡)和Blau綜合征。某些實施方案包括，治療與選自下述的癌癥有關的炎癥前列腺癌、乳腺癌、結腸癌、直腸癌、肺癌、卵巢癌、睪丸癌、胃癌、膀胱癌、胰腺癌、肝癌、腎癌、腦癌、黑素瘤、非黑素瘤皮膚癌、骨癌、淋巴瘤、白血病、甲狀腺癌、子宮內膜癌、多發性骨髓瘤、急性髓樣白血病、神經母細胞瘤、膠質母細胞瘤和非霍奇金淋巴瘤。某些實施方案包括，治療與全身性炎癥反應綜合征(SIRS)有關的炎癥。某些實施方案包括，治療與細胞因子暴發有關的炎癥。某些實施方案包括，治療與下述的任意一種或多種有關的炎癥肉芽腫性炎癥、纖維蛋白性炎癥、化膿性炎癥、漿液性炎癥或潰瘍性炎癥。 某些實施方案包括，治療與一種或多種傷口有關的炎癥。某些實施方案包括，治療與慢性阻塞性肺病(COPD)有關的炎癥。某些實施方案包括，增加炎癥應答，以治療原發性或繼發性免疫缺陷。在某些實施方案中，所述原發性免疫缺陷是混合的T-細胞和B-細胞免疫缺陷、抗體缺乏、定義明確的綜合征、免疫調節異常疾病、吞噬細胞障礙、先天性免疫障礙或補體缺乏。某些實施方案包括，調節與一種或多種免疫細胞或血管細胞的活性有關的炎性病癥。在某些實施方案中，所述免疫細胞是粒細胞、淋巴細胞、單核細胞/巨噬細胞、樹突細胞或肥大細胞。在某些實施方案中，所述粒細胞是嗜中性粒細胞、嗜酸性粒細胞或嗜堿性粒細胞。在某些實施方案中，所述淋巴細胞是B-細胞、T-細胞、天然殺傷細胞。在某些實施方案中，所述血管細胞是平滑肌細胞、內皮細胞或成纖維細胞。在某些實施方案中，所述炎性病癥是嗜中性粒細胞介導的病癥、巨噬細胞介導的病癥或淋巴細胞介導的病癥。本發明的某些方面源自下述發現，即某些谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(QRS)多肽具有治療相關的非規范生物活性。因此，根據一個方面，本發明提供了具有至少一種非規范生物活性的、分離的QRS多肽，以及它們的基本上保留所述非規范活性的活性片段和變體。本文所用的“非規范”活性”通常是指，本發明的QRS多肽具有的、除了氨酰化以外(更具體地，除了將谷氨酰胺添加到tRNAGln分子上以外)的活性。如本文詳述的，在某些實施方案中，本發明的QRS多肽表現出的非規范生物活性可以包括、但不限于，調節細胞增殖、調節細胞凋亡、調節細胞信號傳遞(例如，經由Akt)、調節血管生成、調節細胞遷移、調節細胞結合、調節細胞代謝、調節細胞因子產生(例如，IL-12、TNF_a)等。在某些實施方案中，本發明的QRS多肽是全長哺乳動物QRS蛋白的鄰接片段。在一個更具體的實施方案中，所述QRS多肽是在SEQ ID N0:25、36-103或109-115中所示的人或小鼠QRS蛋白序列的鄰接片段。示例性地，所述片段可以具有基本上任意的長度，只要它們不是全長的，且另外只要它們保留至少一種感興趣的非規范生物活性。在某些示例性的實施方案中，本發明的QRS多肽的大小范圍是約10-50、10-100、10-150、10-200、10-250、10-300、10-350、10-400、10-450、10-500、10-550、10-600、10-650、10-700 或 10-750 個氨基酸長度。在某些示例性的實施方案中，本發明的QRS多肽的大小范圍是約20-50、20-100、20-150、20-200、20-250、20-300、20-350、20-400、20-450、20-500、20-550、20-600、20-650、20-700或20-750個氨基酸長度。在其它實施方案中，本發明的QRS多肽的大小范圍是約50-100、50-150、50-200、50-250、50-300、50-350、50-400、50-450、50-500、50-550、50-600、50-650,50-700或50-750個氨基酸長度。在其它實施方案中，本發明的QRS多肽的大小范圍是約 100-150、100-200、100-250、100-300、100-350、100-400、100-450、100-500、100-550、100-600、100-650、100-700或100-750個氨基酸長度。在其它示例性的實施方案中，本發明的 QRS 多肽的大小范圍是約 200-250、200-300、200-350、200-400、200-450、200-500、200-550,200-600,200-650,200-700 或 200-750 個氨基酸長度。在本發明的其它實施方案中，QRS多肽包含QRS蛋白序列的片段的活性變體(即，保留至少一種感興趣的非規范生物活性)，諸如在SEQ ID N0:25中所示的人QRS蛋白序列。在一個更具體的實施方案中，所述活性變體是沿其長度與在SEQ ID N0:25、36-103或109-115中所示的人或小鼠QRS序列具有至少70%、80%、90%、95%、98%或99%同一性的多肽。本發明的其它實施方案提供了具有一種或多種非規范活性的QRS剪接變體和點突變體，無論所述變體是天然地還是非天然地存在的。本發明的其它實施方案提供了具有一種或多種非規范活性的QRS蛋白水解片段，無論是內源地(即，在細胞中)還是在體外生 產的。在某些實施方案中，通過在體外用蛋白酶溫育QRS多肽，鑒定蛋白水解片段的序列。在某些實施方案中，通過在細胞中重組表達QRS多肽，其中所述細胞包含一種或多種重組的或內源的蛋白酶，鑒定蛋白水解片段的序列。在某些實施方案中，所述蛋白水解片段包含內源的、天然存在的人或小鼠QRS蛋白水解片段的序列。在本發明的一個更具體的實施方案中，QRS多肽包含SEQ ID NO: 25的人QRS序列的片段，所述片段包含氨基酸殘基1-183 (Ql)、1-220 (Q2)、1-249 (Q3)或1-200 (Q4)或基本上由其組成，或它們的基本上保留至少一種感興趣的非規范生物活性的活性片段或變體。在某些實施方案中，QRS多肽片段包含SEQ ID NO:36-103或109-115中的任一個或基本上
由其組成。根據本發明的另一個方面，提供了融合蛋白，其包含本文所述的至少一種QRS多肽和異源融合伴侶。根據本發明的另一個方面，提供了編碼本文所述的多肽和融合蛋白的分離的多核苷酸，以及包含這種多核苷酸的表達載體和包含這種表達載體的宿主細胞。根據本發明的另一個方面，提供了組合物，例如，藥物組合物，其包含生理上可接受的載體和本文所述的本發明的至少一種分離的多肽、融合蛋白、抗體、分離的多核苷酸、表達載體、宿主細胞等。在其它方面，本發明也提供了通過使細胞或組織接觸本文所述的本發明組合物來調節細胞活性的方法，其中要調節的細胞活性選自細胞增殖、細胞凋亡、細胞信號傳遞、細胞代謝、血管生成、細胞遷移、細胞結合、細胞因子產生等。在其它方面，本發明提供了通過施用根據本發明的組合物來治療有此需要的受試者的疾病、障礙或其它病癥的方法。作為實例，這樣的疾病、障礙或病癥可以包括、但不限于癌癥、炎性疾病或病癥、免疫疾病(包括自身免疫病)和/或與異常的血管生成有關的病癥。序列表SEQ ID NO: I是人酪氨酰-tRNA合成酶(YRS)的全長氨基酸序列。SEQ ID NO: 2是全長人YRS的Y341A變體的氨基酸序列。
SEQIDNO: 3是C-端截短的(氨基酸1-364)人YRS的氨基酸序列。SEQIDN0:4是編碼人YRS的全長氨基酸序列的多核苷酸序列(SEQ ID NO: I)。SEQIDN0:5顯示了 8氨基酸標簽的序列。SEQIDNO:6是SPl人YRS剪接變體的氨基酸序列。SEQIDNO:7是編碼SPl人YRS剪接變體(SEQ ID NO:6)的多核苷酸序列。SEQIDNO:8是SP2人YRS剪接變體的氨基酸序列。SEQIDNO:9是編碼SP2人YRS剪接變體(SEQ ID NO:8)的多核苷酸序列。SEQIDNO: 10是SP3人YRS剪接變體的氨基酸序列。 SEQIDNO: 11是編碼SP3人YRS剪接變體(SEQ ID NO: 10)的多核苷酸序列。SEQIDNO: 12是SP4人YRS剪接變體的氨基酸序列。SEQIDNO: 13是編碼SP4人YRS剪接變體(SEQ ID NO: 12)的多核苷酸序列。SEQIDNO: 14是SP5人YRS剪接變體的氨基酸序列。SEQIDNO: 15是編碼SP5人YRS剪接變體(SEQ ID NO: 14)的多核苷酸序列。SEQIDNO: 16是人細胞質甘氨酰-tRNA合成酶(GlyRS)的全長氨基酸序列。SEQIDNO: 17是編碼SEQ ID NO: 16的GlyRS多肽的核酸序列。SEQIDNO: 18-24代表在測定GlyRS片段邊界時分析的示例性的肽序列。SEQIDNO: 25是人谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(QRS)的全長氨基酸序列。SEQIDNO:26和27代表在測定QRS片段邊界時分析的示例性的肽序列。SEQIDNO: 28是組氨酰-tRNA合成酶(HisRS)蛋白(NP_002100. 2)的全長氨基酸序列。SEQIDNO: 29是HisRS_SV9剪接變體的核酸編碼序列。SEQIDN0:30是由SEQ ID NO:29編碼的HisRS_SV9剪接變體多肽的氨基酸序列。SEQIDN0:31是HisRS-SVll剪接變體的核酸編碼序列。SEQIDN0:32是由SEQ ID NO:31編碼的HisRS-SVll剪接變體多肽的氨基酸序列。SEQIDNO:33是人色氨酰-tRNA合成酶(WRS)的主要同種型的氨基酸序列。SEQIDNO: 34是人WRS的截短變體(T2)的氨基酸序列。SEQIDNO:35是人WRS的截短變體(Toltrup)的氨基酸序列。SEQIDNO:36-103代表人QRS的不同的內源的肽片段。SEQIDNO: 104是人苯丙氨酰-tRNA合成酶(PheRS)剪接變體(PheRS_SVlP)的氨
基酸序列。SEQIDNO: 105是全長人天冬氨酰-tRNA合成酶(AspRS)多肽的氨基酸序列。SEQIDNO: 106是人WRS的N-端片段(Fl ;氨基酸1-471)的氨基酸序列。SEQIDNO: 107是人WRS的剪接變體(微-WRS ;氨基酸48-471)的氨基酸序列。SEQIDNO: 108是人WRS的片段(Tl ;氨基酸71-471)的氨基酸序列。SEQIDNO: 109-115是從人Jurkat T-細胞得到的天然存在的、內源的人QRS蛋白水解片段。SEQIDNO: 116是小鼠谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(mQRS)的全長氨基酸序列。SEQIDNO: 117是編碼SEQ ID NO:25的人QRS多肽的核酸序列。


圖I顯示了酪氨酰-tRNA合成酶多肽對嗜中性粒細胞向肺中的遷移的影響。圖IA顯示了 Y341A的影響，圖IB顯示了微-YRS的影響，它們與地塞米松治療的陽性對照細胞和未治療的對照細胞相對比(參見實施例I)。圖2顯示了組氨酰-tRNA合成酶多肽對粒細胞向肺中的遷移的影響。圖2A顯示了嗜中性粒細胞的減少的遷移，圖2B顯示了嗜酸性粒細胞的減少的遷移(參見實施例I)。圖3表明，酪氨酰-tRNA合成酶多肽會刺激被CXCR-2受體轉染的293和CHO細胞系的遷移(參見實施例2)。在圖24中的左圖顯示了 293/CXCR-2細胞的結果，在圖24中的右圖顯示了 CH0/CXCR-2細胞的結果。圖4顯示了 YRS多肽對多形核(PMN)細胞遷移的刺激作用(參見實施例3)。圖5顯示了響應于DlAspRS多肽(SEQ ID NO: 105的氨基酸1-154)的體內和體外 細胞因子釋放。圖5A顯示了在靜脈內地注射10mg/kg Dl的小鼠中TNF-α和IL-IO的循環血清水平。TNF-α在早期的時間點增加，但是被快速地清除，而抗炎細胞因子IL-IO顯示出延長的時程。圖5Β顯示了來自注射Dl的小鼠的5種細胞因子的體內血清水平。圖5C顯示了用Dl刺激的PBMC的體外分析，在4小時處的TNF-α增加顯著高于全長DRS。圖表明，在PBMC的Dl治療以后24小時，分泌的IL-IO水平顯著增加。圖6表明，重組的HRS-SV9和HRS-SV11剪接變體多肽會增強活化的Jurkat T細胞中的IL-2分泌。在有或沒有HRS-SV9或HRS-SVll存在下，用PMA (25ng/ml) +離子霉素(250ng/ml)處理細胞，并在48小時以后通過ELISA來分析培養基。圖7表明，HRS-SV9刺激PBMC以劑量依賴性的方式分泌TNF- α。圖8A-8C顯示了 QRS的結構域結構和氨基酸序列(SEQ ID NO: 25)，并解釋了由全長QRS的內源蛋白酶解產生的QRS片段(SEQ ID NO: 116和117)的SDS-PAGE分離。圖9顯示了被克隆進大腸桿菌蛋白表達載體中進行過表達和純化的QRS片段(命名為 Q1、Q2、Q3 和 Q4)。圖10表明，使用所有4種QRS片段(Ql、Q2、Q3和Q4)的預處理會抑制在O. 5EU/ml LPS刺激以后從PBMC釋放出的TNF-α的量。圖11表明，使用Q4片段的預處理會在4和24小時以后抑制在O. 5EU/ml LPS刺激以后從PBMC釋放出的TNF- α的量。圖12表明，使用QRS的Q4片段的預處理會抑制在LPS刺激以后從PBMC釋放出的IL-12(p40)的量。圖13A-13C顯示了 AARS多肽對THP-I細胞的遷移的抑制作用。圖13A顯示了 HisRS對THP-I向化學引誘物CCL-23的遷移的抑制作用，圖13B顯示了 AspRS對THP-I向化學引誘物CCL-23的遷移的抑制作用，圖13C顯示了 p43多肽對THP-I向化學引誘物CCL-5的遷移的抑制作用。圖14顯示了來自巨噬細胞的細胞溶質(藍色)和條件培養基(紅色)QRS肽級分的蛋白形貌和遷移分析平臺(PR0T0MAP)，以及QRS多肽序列的表示；(紫色)指示，在細胞溶質級分和條件培養基級分中發現了所述肽。參見實施例5。圖15A-1 顯示了與圖14的PR0T0MAP相對應的天然存在的、內源的QRS肽片段的氨基酸序列。在這些圖中，(藍色；斜體)對應著在胞質溶膠中檢測到的肽，(紅色；帶有下劃線)對應著在條件培養基中檢測到的肽，(紫色；斜體且帶有下劃線)對應著在兩種樣品中檢測到的肽。圖15A顯示了帶6的肽片段(全長QRS)，圖15B顯示了帶9的肽片段(C-端QRS片段)，圖15C-D顯示了帶19和20的肽片段(N-端QRS片段)。圖16A-16C顯示了從用星狀孢子素處理的人Jurkat T-細胞得到的內源的QRS肽(藍色；斜體)的氨基酸序列。圖18A和18B分別顯示了帶18和19的肽，所述肽從用星狀孢子素(STS)處理4小時的Jurkat T-細胞得到。圖18C顯示了帶18的肽，所述肽從用STS處理6小時的Jurkat T-細胞得到。詳細描述本發明源自下述發現，即氨酰-tRNA合成酶(AARS)和源自它們的某些多肽具有治療相關的非規范生物活性。因此，根據一個方面，本發明提供了具有至少一種非規范生物活性的分離的AARS多肽及其基本上保留所述非規范活性的活性片段和變體。 本文所用的“非規范活性”通常是指，本發明的AARS多肽具有的、除了將氨基酸添加到tRNA分子上以外的活性。如本文詳述的，在某些實施方案中，本發明的AARS多肽表現出的非規范生物活性可以包括、但不限于，調節炎癥應答，包括急性和慢性炎癥應答、全身性炎癥應答、局部炎癥應答和在細胞水平的炎癥應答，無論是在體內、離體還是在體外。炎癥應答調節活性的實例包括、但不限于調節不同的免疫細胞的生長、活性或運輸，和調節不同的細胞因子的生產或分泌。因此，本發明的實施方案包括AARS多肽，包括它們的截短體、剪接變體、蛋白水解片段和變體，它們通過例如增加或減少炎癥應答來調節炎癥，并由此在與炎癥有關的疾病或病癥的治療和預防中具有治療上有益的活性。使用AARS多肽勝過其它治療的優點包括，例如，不同于傳統治療的作用機理，與基于炎癥的信號傳遞的協同作用，更高的效能，和與使用去免疫化的分子有關的益處。本領域技術人員會明白其它優點。除非特別地相反地指出，本發明的實踐將采用屬于本領域技能的分子生物學和重組DNA技術的常規方法，它們中的許多為了例證目的描述在下面。這樣的技術在文獻中得到充分解釋。參見，例如，Sambrook,等人，Molecular Cloning ALaboratory Manual(第 3 版，2000);DNA Cloning:A Practical Approach,第 I 和 II卷(D.Glover,編)；Oligonucleotide Synthesis(N. Gait,編，1984);OligonucleotideSynthesis:Methods and Applications(P. Herdewijn,編,2004) ;Nucleic AcidHybridization(B. Hames&S. Higgins,編,1985);Nucleic Acid Hybridization:ModernApplications (Buzdin和Lukyanov,編，2009);Transcription and Translation(B. Hames和 S. Higgins,編,1984);Animal Cell Culture(R. Freshney,編,1986);Freshney, R.I. (2005)Culture of Animal Cells, a Manual of Basic Technique,第 5 版· HobokenNJ, John ffiley&Sons;B. Perbal, A Practical Guide to Molecular Cloning(2010 年第 3 版);FarrelI, R. , RNA Methodologies:A Laboratory Guide for Isolation andCharacterization (2005 年第 3 版)。在本文中引用的所有出版物、專利和專利申請通過引用整體并入本文。定義除非另外定義，本文所用的所有科技術語具有本發明所屬領域的普通技術人員所通常理解的相同含義。雖然在實施或測試本發明時可采用與本文所述的那些相似或等效的任何方法和材料，但是本文描述了優選的方法和材料。為了本發明的目的，下面對下述術語進行定義。本文所用的冠詞“一”表示一個或超過一個(即至少一個)所述冠詞的語法對象。作為實例，“一個元件”表示一個元件或超過一個元件。“約”是指這樣的數量、水平、值、數目、頻率、百分比、尺寸、大小、量、重量或長度其相對于參照數量、水平、值、數目、頻率、百分比、尺寸、大小、量、重量或長度，變化多達30、25、20、25、10、9、8、7、6、5、4、3、2 或 1%。應用于參照多核苷酸或多肽序列的片段的術語“生物活性片段”表示這樣的片段其具有參照序列的活性的至少約 O. 1,0. 5、1、2、5、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、
35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、96、97、98、99、100、110、120、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000%或更多。在本發明的范圍內包括其長度為至少約18、19、 20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、40、50、60、70、80、90、100、120、140、160、180、200、220、240、260、280、300、320、340、360、380、400、420、440、460、480、500 或更多(包括之間的所有整數)個連續核苷酸或氨基酸殘基的生物活性片段，其包含或編碼參照氨基-酰tRNA轉移酶多核苷酸或多肽的炎癥應答調節活性，諸如SEQ ID N0:l、2、3、6、8、10、12、14、16、25、28、30、32-108 和 109-115 的示例性的參照多肽序列，或 SEQ ID N0:4、7、9、ll、13、15、
17、19和31的示例性的參照核苷酸序列。生物活性片段也包括參照AARS序列的天然存在的剪接變體以及AARS多肽的蛋白水解片段。根據多種技術，可以鑒別或衍生出“蛋白水解片段”或蛋白水解片段的序列。例如，如本文所例證的，可以在體外鑒別蛋白水解片段，諸如通過用選擇的蛋白酶溫育AARS多肽，或可以內源地(即，在體內)鑒別它們。在某些實施方案中，可以制備或鑒別內源的蛋白水解片段，例如，通過在選擇的微生物或真核細胞中重組表達AARS多肽，所述細胞已經被修飾成含有一種或多種選擇的蛋白酶，或天然地含有一種或多種能夠作用于AARS多肽的蛋白酶，并分離和表征從其內源地生產的蛋白水解片段。這樣的蛋白水解片段的實例包括本文所述的Q1-Q4以及在表C-I中例證的蛋白水解片段(包括其變體)。在某些實施方案中，可以制備或鑒別天然存在的內源的蛋白水解片段，例如，從不同的細胞級分(例如，細胞溶質的、膜、細胞核的)和/或不同細胞類型的生長培養基，所述細胞包括、例如，巨噬細胞諸如RAW巨噬細胞(例如，RAW264. 7巨噬細胞；參見實施例5)，T-細胞，包括原代T-細胞和T-細胞系諸如Jurkats和天然殺傷(NK)細胞以及其它。在某些實施方案中，通過諸如質譜法等技術或等效技術，可以鑒別內源的蛋白水解片段(無論如何產生)。一旦已經制備或鑒別出在體外或內源地鑒別的蛋白水解片段，則可以對它測序，并克隆進用于重組生產的表達載體中，或合成地生產。代表性的生物活性片段通常參與相互作用，例如，分子內或分子間相互作用。分子間相互作用可以是特異性的結合相互作用或酶促相互作用。分子間相互作用可以是在AARS多肽和靶分子(諸如參與調節炎癥過程(例如，細胞因子產生或分泌、免疫細胞遷移或募集、免疫細胞對自身抗原或外來抗原的應答、附著)的另一種AARS多肽或靶分子)之間。AARS多肽的生物活性片段包括這樣的多肽片段其氨基酸序列與SEQ ID N0:l、2、3、6、8、10、12、14、16、25、28、30、32-108或109-115中的任一個的氨基酸序列(包括它們的生物活性部分)具有足夠的相似性或同一性，或源自它們，或由SEQ ID ΝΟ:4、7、9、11、13、15、17、19或31的核苷酸序列編碼。“編碼序列”是指，起基因的多肽產物的代碼作用的任意核酸序列。相反，術語“非編碼序列”是指，不會起基因的多肽產物的代碼作用的任意核酸序列。在本說明書中，除非上下文另有需要，詞語“包含”將被理解為暗示包括所述的步驟或元件或一組步驟或元件,但不排除任何其它的步驟或元件或一組步驟或元件。“由……組成”是指，包括且限于跟隨在短語“由(……組成)”之后的所有對象。因而，短語“由……組成”是指，列出的要素是必需的或強制性的，且不可能存在其它要素。“基本上由……組成”是指，包括在該短語之后列出的任意要素，且限于不會干擾或促成在關于列出的要素的公開內容中指出的活性或作用的其它要素。因而，短語“基本上由……組成” 是指，列出的要素是必需的或強制性的，但是其它要素是任選的，且可以取決于它們是否實質上影響列出的要素的活性或作用而存在或不存在。術語“互補的”和“互補性”表示通過堿基配對規則相關聯的多核苷酸(即，核苷酸序列)。例如，序列“A-G-T”與序列“T-C-A”互補。互補性可以是“部分的”，其中僅一些核酸堿基根據堿基配對規則相匹配。或者，在所述核酸之間可能存在“完全的”或“總的”互補性。核酸鏈之間的互補性程度對核酸鏈之間的雜交的效率和強度具有顯著影響。“對應”是指(a)多核苷酸具有的核苷酸序列與參照多核苷酸序列的全部或一部分基本上相同或互補，或多核苷酸編碼的氨基酸序列與肽或蛋白質中的氨基酸序列相同；或(b)肽或多肽具有的氨基酸序列與參照肽或蛋白質中的氨基酸序列基本相同。“衍生物”是指，通過修飾已經從基礎序列衍生出的多肽，所述修飾例如通過與其它化學部分的綴合或絡合(例如，聚乙二醇化)，或通過本領域理解的翻譯后修飾技術。術語“衍生物”的范圍還包括已經對親代序列所作的變動，包括提供功能性等價分子的添加或缺失。本文所用的術語“功能”和“有功能的”等表示，生物功能、酶功能或治療功能。“基因”是指這樣的遺傳單位其占據染色體上的特定基因座，且由轉錄和/或翻譯調節序列和/或編碼區和/或不翻譯序列(即，內含子、5’和3’非翻譯序列)組成。“同源性”表示，相同的或構成保守置換的氨基酸的數目的百分比。使用序列對比程序諸如GAP (Deveraux等人，1984，Nucleic Acids Research 12，387-395)(其通過引用并入本文)，可以測定同源性。以此方式，可以如下對比具有與本文所述那些類似的或基本上不同的長度的序列在比對中插入缺口，這樣的缺口通過例如GAP所用的對比算法來測定。術語“宿主細胞”包括這樣的單個的細胞或細胞培養物其可以是或已經成為本發明的任意重組載體或分離的多核苷酸的受體。宿主細胞包括單個宿主細胞的后代，且所述后代可能由于天然的、偶然的或故意的突變和/或變化而不一定與原始母代細胞完全相同(在形態學上或在總DNA補體方面)。宿主細胞包括在體內或在體外用本發明的重組載體或多核苷酸轉染或感染的細胞。包含本發明的重組載體的宿主細胞是重組宿主細胞。“分離的”是指這樣的物質其實質上或基本上不含有該物質在天然狀態時通常伴隨的組分。例如，本文所用的“分離的多核苷酸”包括已經從其天然狀態下側接的序列中純化出的多核苷酸，例如已經從通常鄰接該片段的序列中取出的DNA片段。或者，本文所用的“分離的肽”或“分離的多肽”等包括從其天然細胞環境中和從與其它細胞組分的結合中體外分離和/或純化出的肽或多肽分子，即，它不顯著地伴有體內物質。“從……得到”是指，從特定受試者來源分離或衍生出樣品，例如多核苷酸提取物或多肽提取物。例如，可以從直接分離自受試者的組織或生物流體得到提取物。本文所用的術語“寡核苷酸”表示，由多個核苷酸殘基(脫氧核糖核苷酸或核糖核苷酸或其有關的結構變體或合成類似物)通過磷酸二酯鍵連接組成的聚合物(或其有關的結構變體或合成類似物)。因此，盡管術語“寡核苷酸”通常表示具有天然存在的核苷酸殘基和所述殘基之間的連接的核苷酸聚合物，應當理解，該術語的范圍也包括各種類似物，包括但不限于肽核酸(PNA)、氨基磷酸酯、硫代磷酸酯、膦酸甲酯、2-0-甲基核糖核酸等。該分子的確切大小可以隨具體用途而異。寡核苷酸的長度通常較短，通常約10-30個核苷酸殘基，盡管通常用術語“多核苷酸”或“核酸”表示大的寡核苷酸，但是該術語可以表示具有任何長度的分子。本文所用的術語“可操作地連接”是指，將結構基因置于啟動子的調節控制下，所 述啟動子然后控制所述基因的轉錄和任選的翻譯。在異源的啟動子/結構基因組合的構建中，通常優選地使遺傳序列或啟動子所在位置離基因轉錄起始位點的距離與下述距離大約相同遺傳序列或啟動子與在它的天然環境(即，遺傳序列或啟動子的來源基因)中它控制的基因之間的距離。如本領域已知的，可以調節該距離的一些變化，而不喪失功能。類似地，通過將元件置于它的天然的環境(即，它的來源基因)中，確定調節序列元件相對于要置于它控制下的異源基因的優選位置。本文所用的術語“多核苷酸”或“核酸”指mRNA、RNA、cRNA、cDNA或DNA。該術語通常表示長度為至少10個堿基的核苷酸的聚合形式，所述核苷酸無論是核糖核苷酸還是脫氧核苷酸，還是任一類核苷酸的修飾形式。該術語包括單鏈和雙鏈形式的DNA。術語“多核苷酸變體”和“變體”等表示表現出與參照AARS多核苷酸序列實質的序列同一性的多核苷酸，或在下文定義的嚴緊性條件下與AARS參照序列雜交的多核苷酸。這些術語還包括這樣的多核苷酸其與參照多核苷酸的區別在于至少一個核苷酸的添加、缺失或置換。因此，術語“多核苷酸變體”和“變體”包括這樣的多核苷酸其中一個或多個核苷酸已經加入或缺失，或被不同核苷酸替換。在這點上，本領域熟知，可對參照多核苷酸作某些改動(包括突變、添加、缺失和置換)，但改變的多核苷酸保留參照多核苷酸的生物功能或活性。多核苷酸變體包括，例如，與在SEQ ID N0:4、7、9、ll、13、15、17、19或31中所示的序列具有至少50%(和至少51%到至少99%以及之間的所有整數百分比)序列同一性的多核苷酸，或它們的編碼AARS多肽的生物活性片段的部分。術語“多核苷酸變體”和“變體”還包括天然存在的等位基因變體。“多肽”、“多肽片段”、“肽”和“蛋白”在本文中互換地用于表示氨基酸殘基的聚合物及其變體和合成類似物。因此，這些術語也適用于這樣的氨基酸聚合物其中一個或多個氨基酸殘基是合成的非天然存在的氨基酸，例如對應的天然存在的氨基酸的化學類似物以及天然存在的氨基酸聚合物。術語“氨酰-tRNA合成酶”(AARS)通常是指，這樣的處于它們的天然形式或野生型形式的酶所述酶能夠催化特定氨基酸或它的前體酯化成所有它的相容同源tRNA之一，以形成氨酰-tRNA。在該“規范”活性中，氨酰-tRNA合成酶催化一個2步反應首先，它們通過形成氨酰-腺苷酸來活化它們各自的氨基酸，其中通過置換焦磷酸鹽，使氨基酸的羧基與ATP的α -磷酸相連，然后，當結合正確的tRNA時，氨酰-腺苷酸的氨酰被轉移至tRNA的2’或3’末端OH上。I類氨酰-tRNA合成酶通常具有2個高度保守的序列基序。這些酶會在腺苷核苷酸的2’-0H處氨酰化，且通常是單體的或二聚的。II類氨酰-tRNA合成酶通常具有3個高度保守的序列基序。這些酶會在相同腺苷的3’ -OH處氨酰化，且通常是二聚的或四聚的。II類酶的活性部位主要由側接α-螺旋的7條鏈的反向平行的β-折疊組成。盡管苯丙氨酸-tRNA合成酶是II類，它在2’ -OH處氨酰化。AARS多肽包括酪氨酰-tRNA合成酶(YRS)、色氨酰-tRNA合成酶(WRS)、谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(QRS)、甘氨酰-tRNA合成酶(GlyRS)、組氨酰-tRNA合成酶、絲氨酰-tRNA合成酶、苯丙氨酰-tRNA合成酶、丙氨酰-tRNA合成酶、天冬酰胺酰-tRNA合成酶(AsnRS)、天冬氨酰-tRNA合成酶(AspRS)、半胱氨酰-tRNA合成酶(CysRS)、谷氨酰-tRNA合成酶、脯 氨酰-tRNA合成酶(ProRS)、精氨酰-tRNA合成酶、異亮氨酰-tRNA合成酶、亮氨酰-tRNA合成酶、賴氨酰-tRNA合成酶、蘇氨酰-tRNA合成酶、甲硫氨酰-tRNA合成酶和纈氨酰-tRNA合成酶。這些AARS多肽的全長野生型序列是本領域已知的。在AARS多肽的含義內也包括與氨酰tRNA合成酶相互作用的多功能蛋白(AMP)，包括AMP-I (或p43)、AMP_2 (或p38)和 AMP-3(或 pl8)。術語“多肽”、“多肽片段”、“截短的多肽”或“其變體”包括、但不限于這樣的多肽所述多肽的氨基酸序列與參照AARS序列具有至少50%(和至少51%到至少99%，以及之間的所有整數百分比)序列同一性，例如人或小鼠AARS多肽的氨基酸序列，包括其生物活性片段，諸如具有參照序列的至少約 10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、120、140、160、180、200、220、240、260、280、300、350、400、450、500、550、600、650、700 或更多(包括之間的所有整數)個連續氨基酸的片段。這些術語另外包括AARS多肽的天然等位基因變化，所述變化可以從一個屬或種至另一個屬或種存在和發生。示例性的參照序列包括在SEQ ID N0:l、2、3、6、8、10、12、14、16、25、28、30、32-108 和 109-115 中的任一個中所示的那些。AARS多肽(包括其截短體、片段和/或變體)包括這樣的多肽其表現出參照AARS多肽的特異性生物活性(例如，在受試者中或在體外的炎癥應答調節活性)的至少約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、110%、120%、130%、140%、150%、200%、300%、400%、500%、600%、700%、800%、900%、1000%或更多。僅僅作為實例，可以定量AARS有關的非規范生物活性，例如，通過測量AARS多肽的減少免疫細胞(諸如粒細胞)向炎癥部位(包括肺)的遷移的能力，或通過測量AARS多肽對免疫細胞針對給定抗原(自身抗原或外來抗原)的應答的影響。在某些實施方案中，AARS多肽會使免疫細胞(諸如嗜中性粒細胞)對抗原脫敏，并從而減少這些細胞向炎癥部位的募集。在某些實施方案中，AARS多肽會調節免疫細胞的炎癥應答，或調節不同的炎癥分子的水平或活性，以及其它。用于測定免疫細胞的合適的體外模型如本文所述(參見實施例I)，且是本領域已知的。與參照AARS多肽相比具有實質上降低的生物活性的AARS多肽(包括其截短體和/或變體)是，表現出生物活性的參照AARS多肽的比活的小于約25%、10%、5%或1%(即，具有非規范活性)的那些多肽。術語多肽“變體”表示這樣的多肽其與參照多肽的差別在于至少一個氨基酸殘基的添加、缺失或置換。在某些實施方案中，多肽變體與參照多肽的差別在于一個或多個保守的或非保守的置換。在某些實施方案中，所述多肽變體包含保守置換，在這點上，本領域熟知，有些氨基酸可改變為具有大概相似性質的其它氨基酸，而不改變多肽的活性本質。多肽變體還包括這樣的多肽其中一個或多個氨基酸已經添加或缺失，或被不同氨基酸殘基替代。本發明預見到，全長AARS多肽的變體(例如，具有Y341A置換的全長YRS多肽)、全長AARS多肽的截短片段、剪接變體、蛋白水解片段(包括內源的蛋白水解片段)和這種片段的變體以及它們的有關生物活性片段在本文所述的方法中的用途。AARS多肽的生物活性片段包括這樣的肽所述肽的氨基酸序列與(推定的)全長AARS多肽序列(諸如SEQID N0:1 或其部分，或SEQ ID NO:2、3、6、8、10、12、14、16、25、28、30、32_108或 109-115 的多肽)的氨基酸序列充分類似或源自后者。通常，生物活性片段包括具有AARS多肽的至少一種活性的結構域或基序，且可以包括一種或多種(和在有些情況下，所有)不同的活性結構域，包括具有炎癥應答調節活性的片段。在某些情況下，AARS多肽的生物活性片段具有特定截短片段獨有的生物活性(例如，調節細胞因子分泌、調節免疫細胞的遷移)，所以全長AARS多肽可能不具有該活性。在 某些情況下，通過使生物活性的AARS多肽片段與其它全長AARS多肽序列分離，或通過改變全長AARS野生型多肽序列的某些殘基(例如，YRS多肽的Y341A)來顯露生物活性的結構域，可以揭示生物活性。截短的AARS多肽的生物活性片段可以是這樣的多肽片段它是，例如，在 SEQ ID N0:l、2、3、6、8、10、12、14、16、25、28、30、32-108 或 109-115 中的任一個中所述的氨基酸序列或不同的人AARS多肽的已知氨基酸序列的10、11、12、13、14、15、16、17、
18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、40、50、60、70、80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、220、240、260、280、300、320、340、360、380、400、450、500、550、600、650、700、750或更多(包括之間的所有整數)個連續的或非連續的(例如，剪接變體有時是非連續的)氨基酸。在某些實施方案中，生物活性片段包括炎癥應答調節序列、結構域或基序。合適地，所述生物活性片段具有它的來源生物活性(即，非規范生物活性)多肽的活性的不小于約1%、10%、25%或50%。本文所用的術語“序列同一性”(或例如，與……具有“50%序列同一性”)表示，序列在比較窗口內的核苷酸與核苷酸或氨基酸與氨基酸的相同程度。因此，可以如下計算“序列同一性百分比”:在比較窗口內比較兩個最佳對齊的序列，確定在兩個序列中存在相同核酸堿基(例如，A、T、C、G、I)或相同氨基酸殘基(例如，Ala、Pro、Ser、Thr、Gly、Val、Leu、lie、Phe、Tyr、Trp> Lys、Arg、His、Asp、Glu、Asn、Gin、Cys 和 Met)的位置的數目，以產生匹配位置的數目，將所述匹配位置的數目除以比較窗口內的位置總數(即窗口大小)，并將結果乘以100，以得到序列同一性百分比。用于描述兩個或多個多核苷酸或多肽之間的序列關系的術語包括“參照序列”、“比較窗口”、“序列同一性”、“序列同一性百分比”和“實質同一性”。“參照序列”的長度是至少12個、有時15-18個、通常至少25個單體單元,包括核苷酸和氨基酸殘基。因為兩個多核苷酸可以各自包含(1)在兩個多核苷酸之間相似的序列(即只是完整多核苷酸序列的一部分)，和⑵兩個多核苷酸之間不同的序列，通常通過在“比較窗口”內比較兩個多核苷酸的序列，在兩個(或多個)多核苷酸之間進行序列比較，以鑒定和比較序列相似性的局部區域。“比較窗口 ”指這樣的概念區段其具有至少6個、通常約50至約100個、更通常約100至約150個鄰接位置，在兩個序列以最佳方式對齊后，將序列與相同數目的鄰接位置的參照序列相比較。對于兩個序列的最佳比對，比較窗口可包含與參照序列(其不包含添加或刪除)相比大約20%或更少的添加或刪除(即，間隙)。用于對齊比較窗口的序列最佳比對，可用計算機執行的算法(GAP、BESTFIT、FASTA 和 TFASTA，在 Wisconsin Genetics SoftwarePackage Release 7. 0 中，Genetics Computer Group,575ScienceDrive Madison,WI,USA)或通過目檢來進行，并選擇由多種方法中的任一種產生的最佳比對(即導致在比較窗口內的最高百分比同源性)ο另外可參見例如由Altschul等人，1997, Nucl. Acids Res. 25:3389公開的BLAST系列程序。關于序列分析的詳細討論，可以參見=Ausubel等人,“CurrentProtocols in Molecular Biology, ^John ffiley&Sons Inc, 1994-1998,第 15 章第 19. 3 單
J Li ο本文所用的“受試者”包括可以用本發明的AARS多肽進行治療的、表現出征狀或處于表現出征狀的風險中的任意動物，已經離體或在體外用AARS多肽治療的細胞(例如， 干細胞)，或二者。合適的受試者(患者)包括實驗室動物(諸如小鼠、大鼠、兔或豚鼠)、耕作動物和家養動物或寵物(諸如貓或狗)。包括非人靈長類動物，和優選的人患者。某些實施方案包括這樣的受試者其表現出增加的或病理學的炎癥應答或不足的炎癥應答，或處于表現出所述炎癥應答的風險中。氨酰-tRNA合成酶多肽的“有效濃度”表示這樣的量與對照多肽或無多肽相比，其能夠以任何希望的方式調整或調節炎癥應答或炎癥，無論是在細胞中、在體外或離體，在組織中，還是在受試者中。炎癥應答調節活性的一個實例包括減少免疫細胞諸如粒細胞(例如，嗜中性粒細胞、嗜酸性粒細胞)或淋巴細胞向選擇的組織(諸如肺)的遷移。另一個實例包括使免疫細胞對抗原脫敏。炎癥應答調節活性的另一個實例包括調節細胞因子產生。從本文提供的描述和本領域的理解，會明白其它實例。“免疫細胞”包括脊椎動物免疫系統的任意細胞，包括淋巴細胞諸如B-細胞、殺傷T-細胞(即，CD8+T-細胞)、輔助T-細胞(B卩，CD4+T-細胞，包括Thl和Th2細胞)、天然殺傷細胞和Y S T-細胞、單核細胞、巨噬細胞、嗜中性粒細胞、樹突細胞、肥大細胞、嗜酸性粒細胞和嗜堿性粒細胞。“巨核細胞”通常是指，負責生產正常凝血所必需的血液凝血細胞(即，血小板)的骨髓細胞。巨核細胞通常占骨髓細胞的1/10，000。巨核細胞源自骨髓中的多能造血干細胞前體細胞。血小板生成素(TPO)是巨核細胞生產的初期信號，即，TPO足以誘導骨髓中的祖細胞向最終的巨核細胞表型分化，但不是絕對必要的。巨核細胞分化的其它分子信號包括6皿-05 、11^-3、幾-6、11^-11、趨化因子(SDF-1 ;FGF_4)和促紅細胞生成素。認為通過下述譜系形成巨核細胞=CFU-Me (多能造血干細胞或成血細胞)_>原巨核細胞_>前巨核細胞_>巨核細胞。在原巨核細胞階段，所述細胞喪失它的分裂能力，但是仍然能夠復制它的DNA，并繼續發育，變成多倍體。在成熟以后，巨核細胞開始生產血小板或凝血細胞的過程。血小板生成素在誘導巨核細胞形成小原血小板突塊或細胞質內部膜(用于儲存釋放之前的血小板)中起作用。在釋放后，這些原血小板突塊中的每一個可以產生2000-5000個新的血小板。共約2/3的新釋放的血小板會保留在循環中，約1/3被脾隔離。在釋放血小板以后，剩余的細胞核通常穿過骨髓屏障到達血液，并在肺中被肺泡巨噬細胞消耗。巨核細胞減少(Megakaryocytopenia,也稱作megakaryophthisis)是骨髓中的巨核細胞缺少。“紅細胞”表示主要由血紅蛋白組成的紅血細胞，所述血紅蛋白是含有血紅素基團的復雜的金屬蛋白，它們的鐵原子暫時連接至肺中的氧分子(O2)上。通過稱作紅細胞生成的過程，生成紅細胞，其中它們在約7天內通過網織紅細胞從定向干細胞發育成成熟的紅細胞，并存活共約100-120天。“紅細胞增多癥”(或紅血球增多)是特征在于紅細胞過剩的疾病，其中增加的血液粘度可以造成許多征狀。“貧血”是特征在于血液的低氧運輸能力(由于低紅細胞計數，或紅血細胞或血紅蛋白的某種異常)的疾病。“粒細胞”表示，特征在于在它的細胞質中存在顆粒的白血細胞。粒細胞也稱作多形核白細胞(PMN或PML)，這是因為變化的核形狀。粒細胞的實例包括嗜中性粒細胞、嗜酸性粒細胞和嗜堿性粒細胞。“嗜中性粒細胞”或中性粒細胞通常是指，在人類中豐富類型的白血細胞，其與嗜堿性粒細胞和嗜酸性粒細胞一起，形成多形核細胞家族(PMN)的一部分。根據它們在蘇木素和曙紅(H&E)組織學或細胞學制品上的獨特染色特征，可以容易地鑒別嗜中性粒細胞。 嗜中性粒細胞通常存在于血流中，但是是在炎癥的開始(即，急性)階段最先向炎癥部位遷移炎癥細胞群體之一，主要是作為感染或癌癥的結果。通常，嗜中性粒細胞首先通過血管遷移，然后通過間質組織遷移，跟隨源自炎癥部位的化學信號(例如，白介素_8(IL-8)、干擾素-Y (IFN-y)和C5a)。“嗜中性粒細胞減少癥”表示低嗜中性粒細胞計數的存在，其可能源自先天性的(遺傳的)障礙，或可能由于其它病癥而形成，如在再生障礙性貧血或一些類型的白血病的情況下。“嗜中性粒細胞增多癥”表示異常高的嗜中性粒細胞計數。“嗜酸性粒細胞”也稱作嗜酸性白細胞，表示這樣的白細胞其在它們的細胞質內具有均勻大小的粗糙的圓形顆粒，且通常具有二裂片的(雙葉的)核。嗜酸性粒細胞的細胞質顆粒被染料曙紅染成紅色。嗜酸性粒細胞通常占外周血白細胞的約1%至約3%，具有約350-650計數/立方毫米。在變態反應和寄生物感染(諸如蠕蟲)過程中，在血液中的嗜酸性粒細胞計數經常升高到超過正常范圍。“嗜酸性粒細胞減少癥”表示粒細胞缺乏的一種形式，其中嗜酸性粒細胞的數目低于預期值。“嗜酸性粒細胞增多癥”表示血液中異常高的嗜酸性粒細胞數目。例如，嗜酸性粒細胞增多癥可以分類為輕度的(小于約1500個嗜酸性粒細胞/立方毫米)、中度的(約1500至約5000個/立方毫米)或嚴重的(超過約5000個/立方毫米)。在原發性的嗜酸性粒細胞增多癥中，增加的嗜酸性粒細胞生產通常是由于造血干細胞的異常，諸如在嗜酸性白血病中。在繼發性的嗜酸性粒細胞增多癥中，增加的嗜酸性粒細胞生產通常是由于細胞因子驅動的反應過程。嗜堿性粒細胞也稱作嗜堿性白細胞，表示這樣的白細胞其在細胞質內具有均勻大小的粗糙的淡藍色-黑色顆粒，且通常具有二裂片的(雙葉的)核。嗜堿性粒細胞的細胞質顆粒被堿性染料染色。嗜堿性粒細胞通常占外周血白細胞的約O. 5%至約3%。嗜堿性粒細胞儲存和釋放組胺和5-羥色胺，以及其它化學試劑。嗜堿性粒細胞能夠攝取外來顆粒，并也生產、儲存和釋放肝素、5-羥色胺和組胺。炎癥性的化學試劑(諸如肝素和組胺)的釋放經常與哮喘和變態反應有關。骨髓中的干細胞不斷地生產嗜堿性粒細胞。“嗜堿性粒細胞減少癥”表示低嗜堿性粒細胞計數(例如，小于約O. OlxlO9/升血液)，“嗜堿性粒細胞增多癥”表示高嗜堿性粒細胞計數(例如，超過約101°/升血液)。“淋巴細胞”通常表示脊椎動物免疫系統的白血細胞，包括B-細胞、T-細胞(例如，輔助T-細胞、細胞毒性的T-細胞、Y δ T-細胞)和天然殺傷(NK)細胞。通常，且僅僅為了例證目的，B-細胞生產和分泌抗體，T-輔助細胞釋放調節其它免疫細胞的細胞因子和生長因子，細胞毒性的T-細胞(CTL)裂解病毒感染的細胞、腫瘤細胞和同種異體移植物，NK細胞裂解病毒感染的細胞和腫瘤細胞。“淋巴細胞減少癥”的特征在于，在血液中異常低水平的淋巴細胞。在成年人中的正常的總淋巴細胞計數通常是約1000-4800/μ L，在小于2歲的兒童中是約3000-9500/μ L。在6歲時，正常的總淋巴細胞計數的下限是約1500/μ L。淋巴細胞減少癥經常特征在于，在成年人中〈1000/μ L的總淋巴細胞計數，或在小于2歲的兒童中〈3000/μ L。淋巴細胞減少癥的具體實例包括Τ-淋巴細胞減少癥，其中存在太少的T-細胞(例如，CD4+T-細胞計數小于約300細胞/ μ L)，但是經常具有正常數目的其它淋巴細胞出淋巴細胞減少癥，其中存在太少的B細胞，但是經常具有正常數目的其它淋巴細胞；和NK淋巴細胞減少癥，其中存在太少的天然殺傷細胞，但是經常具有正常數目的其它淋巴細胞。“淋巴細胞增多”表示異常高的淋巴細胞計數，經常特征在于高于正常值超過40% 的總淋巴細胞計數。絕對的淋巴細胞增多通常存在于下述情況下在成年人中，絕對淋巴細胞計數大于4000/微升；在大齡兒童中，大于7000/微升；在嬰兒中，大于9000/微升。相對的淋巴細胞增多可能發生在下述情況下在白血細胞中存在更高比例(大于40%)的淋巴細胞，且淋巴細胞計數(ALC)是正常的(小于約4000/微升)。術語“調整”包括“增加”或“刺激”以及“減少”或“降低”，通常是以統計上顯著的
或生理上顯著的量。術語“增強”或“增加”或“刺激”通常表示，與沒有AARS多肽或由對照分子/組合物造成的應答相比，一種或多種試劑或組合物在細胞中生成或造成更大生理應答(即，下游效應)的能力。可測量的生理應答可以包括更大的細胞生長、繁殖、附著或遷移以及從本領域的理解和本文的描述顯而易見的其它應答。在本領域已知的其它方法中，體外菌落形成試驗代表用于測量細胞對本文提供的試劑的應答的一種方法。可測量的生理應答還可以包括臨床應答，諸如改變的炎癥，這通過例如體溫、發紅、腫脹或炎癥的其它臨床標志來測量。“增加的”或“增強的”量通常是“統計上顯著的”量，且可以包括這樣的增加所述增加是沒有AARS多肽(沒有試劑)或由對照組合物生成的量的I. I、I. 2、2、3、4、5、6、7、8、9、
10、15、20、30或更多倍(例如，500、1000倍)(包括之間的所有整數和小數點，以及高于1，例如，1.5、1.6、1.7、1.8等)。術語“減少”可以一般地涉及本發明的一種或多種AARS多肽的“減少”有關的生理應答或細胞應答的能力，所述應答諸如本文所述的疾病或病癥的征狀，這根據診斷領域的常規技術測得。實例包括減少的免疫細胞(諸如粒細胞)向肺的遷移和減少的肺炎癥。可測量的生理應答可以包括減輕的炎癥，這通過例如體溫、發紅、腫脹或炎癥的其它臨床標志來測量。本領域技術人員會明白有關的生理或細胞應答(體內或體外)。與沒有AARS多肽或由對照組合物產生的應答相比，應答的“減輕”可以是統計上顯著的，且可以包括，例如，1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95% 或 100% (包括之間的所有整數)減輕。“遷移”表示細胞的遷移，即根據本文所述的和本領域已知的常規體外試驗可以測量的過程(參見，例如，實施例8)。遷移也表示體內遷移，諸如細胞從一個組織遷移至另一個組織(例如，從骨髓遷移至外周血，或從外周血遷移至肺組織)，或從在一個組織內的部位遷移至在相同組織內的另一個部位。體內遷移(例如，趨化性)經常響應于感染或損傷的/刺激的組織而發生。“分化”表示，專門化程度更低的(例如，多能性的、全能的、多能的等)細胞變為更專門化的細胞類型的過程。本文所用的“治療”包括對與炎癥調節有關的疾病或病癥的征狀或病理學的任何希望的作用，或對可能受益于炎癥調節的其它初步治療(例如，感染、變態反應)的結果的任何希望的作用，且可能包括要治療的疾病或病癥的一種或多種可測量的標志物的甚至輕微的變化或改善。“治療”不一定指示，完全根除或治愈疾病或病癥或其有關的征狀。接受該治療的受試者是有此需要的任意動物，包括靈長類動物，尤其是人類和其它哺乳動物，諸如馬、牛、豬和綿羊；和家禽和一般寵物。也包括“預防性的”治療，其會減少發展有關的疾病或病癥的風險，或減少發展與所述疾病或病癥有關的征狀的風險。臨床改善的示例性標志包括、但不限于體溫的改變、免疫細胞計數的改變和細菌計數的改變，無論是在施用AARS 多肽以后，還是在施用已經離體或在體外用AARS多肽治療的細胞以后，還是二者。“載體”是指從例如質粒、噬菌體、酵母或病毒衍生出的多核苷酸分子，優選DNA分子，其中可插入或克隆入多核苷酸。載體優選地含有一個或多個獨特的限制位點，并能在確定的宿主細胞(包括靶細胞或組織或祖細胞或其組織)中自主復制，或可整合入確定的宿主的基因組中，從而使克隆的序列可復制。因此，載體可以是自主復制型載體，即所述載體作為染色體外的實體而存在，其復制獨立于染色體復制，例如，線性的或閉合的圓形質粒、染色體外元件、微染色體或人造染色體。載體可含有確保自身復制的任何裝置。或者，載體在導入宿主細胞后可整合到基因組中，并與它已經整合的染色體一起復制。載體系統可包含單個載體或質粒、兩個或多個載體或質粒(它們合起來含有要導入宿主細胞基因組中的總DNA)或轉座子。載體的選擇通常取決于載體與所述載體要導入的宿主細胞的相容性。在本案中，載體優選地為在細菌細胞中可操作地有功能的載體。載體還可包括選擇標志物，例如可用于選擇合適轉化體的抗生素抗性基因。術語“野生型”和“天然存在的”可互換地用于表示這樣的基因或基因產物當從天然存在的來源分離出時，其具有該基因或基因產物的特征。野生型基因或基因產物(例如，多肽)是在群體中最經常觀察到的，且因而是該基因的任意設計的“正常”或“野生型”形式。氨酰-tRNA多肽及其變體本發明部分地涉及下述觀察結果氨酰-tRNA合成酶多肽(包括其截短體和變體)會在體內和離體(或在體外)調節炎癥應答。因此，本發明的多肽包括全長氨酰-tRNA合成酶多肽，以及氨酰-tRNA合成酶多肽的任意生物活性片段或其變體或修飾，其中所述多肽能夠在受試者中、在體外或離體地調節炎癥應答。氨酰-tRNA合成酶通常催化tRNA的同源氨基酸對tRNA的氨酰化。因為它們在連接氨基酸和tRNA所含有的核苷酸三聯體中的重要作用，認為氨酰-tRNA合成酶是在進化中出現的第一種蛋白。如上面所指出的，氨酰-tRNA合成酶的實例包括酪氨酰-tRNA合成酶(YRS)、色氨酰-tRNA合成酶(WRS)、谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(QRS)、甘氨酰-tRNA合成酶(GlyRS)、組氨酰-tRNA合成酶(HisRS)、絲氨酰-tRNA合成酶(SRS)、苯丙氨酰-tRNA合成酶(PheRS)、丙氨酰-tRNA合成酶(AlaRS)、天冬酰胺酰-tRNA合成酶(AsnRS)、天冬氨酰-tRNA合成酶(AspRS)、半胱氨酰-tRNA合成酶(CysRS)、谷氨酰-tRNA合成酶(ERS)、脯氨酰-tRNA合成酶(ProRS)、精氨酰-tRNA合成酶(RRS)、異亮氨酰-tRNA合成酶(IRS)、亮氨酰-tRNA合成酶(LRS)、賴氨酰-tRNA合成酶(KRS)、蘇氨酰-tRNA合成酶(TRS)、甲硫氨酰-tRNA合成酶(MRS)和纈氨酰-tRNA合成酶(VRS)。酪氨酰-tRNA合成酶(YRS)屬于I類tRNA合成酶家族，其在活性部位處具有2個高度保守的序列基序HIGH和KMSKS。I類tRNA合成酶會在腺苷核苷酸的2’_0H處氨酰化，且通常是單體的或二聚的(分別I或2個亞基)。人酪氨酰-tRNA合成酶由3個結構域組成1)氨基端羅斯曼褶結構域，其負責活化的E · Tyr-AMP中間體的形成，且在細菌、古細菌和真核生物中是保守的；2)tRNA反密碼 子識別結構域，其在細菌和真核生物之間尚未是保守的；和3)人酪氨酰-tRNA合成酶獨有的羧基端結構域，且其一級結構與假定的人細胞因子內皮單核細胞活化蛋白II具有49%同一'I"生，與來自漂亮新小桿線蟲(Caenorhabditis elegans)的甲硫氨酰-tRNA合成酶的羧基端結構域具有50%同一性，且與來自釀酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)的Arclp的羧基端結構域具有43%同一性。人酪氨酰-tRNA合成酶的前2個結構域分別與來自釀酒酵母、詹氏甲烷球菌(Methanococcus jannaschii)和嗜熱脂肪芽抱桿菌(Bacillus stearothermophilus)的酪氨酰-tRNA合成酶具有52、36和16%同一'丨生。已知參與嗜熱脂肪芽孢桿菌中的酪氨酰-腺苷酸復合物的形成的15種氨基酸中的9種在所有生物體中是保守的，而參與識別tRNATyl:的氨基酸不是保守的。在大腸桿菌中表達的重組人和嗜熱脂肪芽孢桿菌酪氨酰-tRNA合成酶的動力學分析指示，人酪氨酰-tRNA合成酶會氨酰化人的tRNATiT，但是不會氨酰化嗜熱脂肪芽孢桿菌tRNAT'反之亦然。據信，人酪氨酰-tRNA合成酶的羧基端結構域從甲硫氨酰-tRNA合成酶的羧基端結構域的基因副本演化而來，且可能指導tRNA至該酶的活性部位。真核酪氨酰-tRNA合成酶的生物片段會將蛋白合成與細胞-信號傳遞途徑相聯系。這些片段可以通過選擇性剪接或蛋白酶解而天然地產生，或通過人工蛋白水解處理而產生。例如，如在本發明中提供的，N-端片段微-YRS能夠在體內調節炎癥應答。另外，全長YRS多肽序列中的某些突變會賦予參照序列(例如，Y341A)增加的炎癥應答調節活性。全長YRS多肽序列的截短的剪接變體的實例包括SP1-SP5多肽。人酪氨酰-tRNA合成酶的全長氨基酸序列如在SEQ ID NO: I中所示。含有催化結構域和反密碼子識別結構域的人微-YRS(即，SEQ ID N0:3;或微-Tyr)的結構已經被報道至1.18A的分辨率。由于人和細菌酶的催化結構域重疊，在微-YRS中的反密碼子識別結構域相對于催化結構域的空間布置與細菌直系同源物相比是獨特的。不希望被任一種理論約束，反密碼子-識別結構域的獨特方向可能解釋為什么片段微-YRS在不同的細胞-信號傳遞途徑中更有活性。YRS多肽變體的具體實例包括全長YRS多肽或其截短體或剪接變體，其具有一個或多個選自下述的氨基酸置換R93Q置換、I14L置換、N17G置換、L271置換、A85S置換和V156L置換，以及它們的組合。YRS多肽變體的具體實例包括、但不限于具有SEQ ID NO: I的氨基酸1-364的、具有R93Q置換的YRS多肽，具有SEQ ID NO: I的氨基酸1-353的、具有114L置換的YRS多肽，具有SEQ ID NO: I的氨基酸1-353的、具有N17G置換的YRS多肽，具有SEQ ID NO: I的氨基酸1-353的、具有L27I置換的YRS多肽，具有SEQ ID NO: I的氨基酸1-353的、具有A85S置換的YRS多肽，和具有SEQ ID NO: I的氨基酸1-353的、具有V156L置換的YRS多肽。生物活性的YRS片段的具體實例包括、但不限于C-端截短的酪氨酰-tRNA合成酶多肽，其包含在SEQ ID NO: I中所示的氨基酸序列的氨基酸1-343、氨基酸1_344、氨基酸1-350、氨基酸1-353或氨基酸1-364以及SEQ ID NO:3和6的多肽，或由它們組成。生物活性片段的其它實例包括、但不限于N-端截短的酪氨酰-tRNA合成酶多肽，其包含在SEQID N0:6、10、12和14中所示的氨基酸序列，或由它們組成。這些和其它YRS多肽被包括在本發明的AARS多肽中。組氨酰-tRNA合成酶(HRS或HisRS)是屬于IIa類tRNA合成酶家族的α 2 二聚 體。HisRSs的一級結構的編譯表明，這些同型二聚酶的亞基由420-550個氨基酸殘基組成。這代表在AARS中相對短的鏈長度，其肽鏈大小范圍是約300-1100個氨基酸殘基。SEQ IDNO: 28是全長HisRS蛋白(ΝΡ_002100. 2)的氨基酸序列。SEQ ID NO: 30是HRS-SV9剪接變體的氨基酸序列，SEQ ID NO: 32是HRS-SVlI剪接變體的氨基酸序列。組氨酰-tRNA合成酶多肽及其變體或截短體的實例包括至少包含HisRS的WHEP結構域(例如，人全長HisRS蛋白的氨基酸殘基3-43)的HisRS片段，和至少包含HisRS的反密碼子結合結構域(例如，全長人HisRS蛋白的氨基酸殘基406-501)的HisRS片段。其它實例包括缺少功能性的氨酰化結構域(例如，人全長HisRS蛋白的氨基酸殘基54-398)的HisRS片段，或至少包含WHEP結構域和反密碼子結合結構域、但是缺少功能性的氨酰化結構域的HisRS剪接變體多肽。在某些實施方案中，本發明的HisRS多肽包含在SEQ ID NO: 28、30或32中所示的序列，或是在SEQ ID N0:28、30或32中所示的多肽的連續的或非連續的(例如，剪接變體可以是非連續的)片段。示例性地，所述片段可以具有基本上任意的長度，只要它們保留至少一種感興趣的非規范生物活性。例如,如本文進一步描述的,這樣的片段可能包含SEQ IDN0:28、30或32的至少約5、10、15、20、25、50、75或80或更多個連續的氨基酸殘基。在本發明的其它實施方案中，HisRS多肽包含在SEQ ID N0:28、30或32中所示的序列的活性變體(即，保留至少一種感興趣的非規范生物活性)。在某些實施方案中，所述活性變體是這樣的多肽所述多肽沿其長度，與在SEQ ID N0:28、30或32中所示的序列具有至少70%、80%、90%、95%或99%同一性。在某些實施方案中，本發明的HisRS多肽不是由全長人HisRS蛋白的殘基1-48組成的多肽。這些和其它HisRS多肽被包括在本發明的AARS多肽內。色氨酰-tRNA合成酶(WRS)也稱作色氨酸-tRNA連接酶，屬于I類tRNA合成酶家族。色氨酰-tRNA合成酶會催化色氨酸對tRNAtl:p的氨酰化，即在蛋白合成中的基本功能。人WRS具有在N-端區域中的激酶結構域和在C-端附近的絲氨酸磷酸化位點。通過交替的mRNA剪接，在體內生成2種主要形式的人色氨酰-tRNA合成酶，以產生全長蛋白(SEQ ID NO:33)和其片段，經常命名為微-WRS(SEQ ID NO: 107) 0也包括人TI-WRS(SEQ ID NO: 108)和 T2_WRS(SEQ ID NO:34)(它們是從 IFN-γ -敏感的啟動子生成的交替剪接變體，后者是WRS的N-端截短片段)以及N-端片段(Fl; SEQ ID NO: 106)和稱作“Tolstrup”的WRS片段(SEQ ID N0:35)。人WRS的其它剪接變體是本領域已知的(參見，例如，Liu 等人，Nucleic Acids Research, 32(2) :719-27, 2004,通過引用并入本文)。在結構上，全長WRS含有3個部分，即規范的二核苷酸結合折疊、二聚體界面和螺旋結構域。該酶與酪氨酰-tRNA合成酶(YRS)具有足夠的結構同源性，使得所述兩種酶可以被描述為構象異構體。與活化的氨基酸色氨酰_5’ AMP相互作用的結構元件與在酪氨酰-5’ AMP復合物中看到的幾乎完全相同。另外，識別吲哚的側鏈也是高度保守的，并需要含有保守天冬氨酸的“決定特異性的”螺旋的重新定向，以確保色氨酸相對于酪氨酸的選擇。羧基端(其是混亂的，因此在YRS中沒有見到)形成在WRS中的二聚體界面的一部分(參見 Doublie 等人，Structure. 3:17-31，1995)。人T2-WRS的晶體結構已經被報道至2.5A的分辨率。該變體與嗜熱脂肪芽孢桿菌WRS(bffRS)具有22%的極低序列同源性，但是，它們的總體結構是非常類似的。T2-WRS與 bffRS的結構對比揭示了在底物-結合槽中和在槽入口處的大量結構差異，所述結構差異在底物結合和tRNA結合中起重要作用。T2-WRS具有朝向活性部位的寬開口，并采用與bWRS的封閉構象類似的緊湊構象。建模研究指示，tRNA與二聚酶結合，并主要經由它的受體臂與人WRS的連接多肽I相互作用，經由它的反密碼子環與WRS的α -螺旋結構域相互作用。全長WRS多肽(或主要剪接變體)的氨基酸序列如SEQ ID Ν0:33所示。不同的剪接變體或片段的氨基酸序列如SEQ ID Ν0:34和35所示。因此，WRS多肽的這些和其它變體或片段被包括在本發明的AARS多肽內。谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(QRS)屬于I類tRNA合成酶家族，人蛋白是形成大分子蛋白復合物的幾種哺乳動物氨酰-tRNA合成酶之一。QRS的真核生物特異性的N-端附屬物似乎會穩定化多-ARS復合物中的其它組分的結合，而C-端催化結構域是QRS與多-AARS復合物的結合所必需的。人QRS酶不同于細菌和酵母酶，這提示，人QRS的大量部分已經進化，以執行除了tRNA的加載以外的功能。例如，在真核QRS(EC 6. I. I. 18)N-端區域內的至少2個獨特的區域(部分I和部分II)在大腸桿菌中不具有副本。盡管認為這些區域以非特異性的方式結合RNA，增強tRNA和酶之間的相互作用，它們不是酶功能所必需的(參見，例如，Wang等人，J. Biol. Chem. 274:16508-12，1999)。此外，人和小鼠細胞會表達至少一種QRS變體，所述變體含有在N-端區域的部分I中的缺失，這可能是由于交替起始密碼子或交替剪接。但是，可得到的酵母的序列數據提示，這些微生物不表達這樣的QRS變體，相反僅表達含有N-端區域的部分I和部分II的QRS多肽。QRS的分子系統發生研究提示，它相對最近地已經從密切相關的酶谷氨酰胺酰-tRNA合成酶進化。作為證據，選擇的谷氨酰-tRNA合成酶突變體顯示出增強的谷氨酸識別。例如，在活性部位近端的2個殘基(Phe-90和Tyr-240)的誘變會在體外提高谷氨酸識別3-5倍，并導致谷氨酸對tRNAgln的錯誤酰化。QRS已經在多種復合物中結晶，最重要的是與它的同源tRNAgln—起。該酶與tRNA的凹面產生廣泛接觸，并在位置34-36處與CUG反密碼子發生特異性的相互作用，在tRNA的5’末端和3’末端之間形成堿基對，剛好在氨酰受體之前。
某些QRS多肽具有抗細胞凋亡活性。例如，人QRS以谷氨酰胺依賴性的方式與Fas連接活化的細胞凋亡信號調節激酶I (ASKl)相互作用。該相互作用涉及2種酶的催化結構域，且被Fas配體分離。該相互作用也抑制ASKl活性(通過體外激酶和轉錄試驗測得)和由ASKl誘導的細胞死亡(被谷氨酰胺剝奪弱化的作用)。因此，谷氨酰胺的細胞濃度會增強QRS與ASKl的抗細胞凋亡相互作用，Fas連接會減少該相互作用。認為該抗細胞凋亡活性位于人QRS的C-端539個氨基酸中。全長QRS多肽的氨基酸序列顯示在SEQ ID NO: 25中。QRS變體、截短體或片段的某些具體實例包括這樣的QRS多肽其包含SEQ ID NO: 25的氨基酸1-183 (QRS1或Ql)、1-220(QRS2 或 Q2)、1-249(QRS3 或 Q3)、1-200(QRS4 或 Q4)、I-(181-293)，例如，1-180、1-181、1-182、1-183、1-184、1-185、1-186、1-187、1-188、1-189、1-190、1-191、1-192、1-193、1-194、1-195、1-196、1-197、1-198、1-199、1-200 等，或基本上由它們組成(參見表 2)。也包括SEQ IDN0:36-103和109-115的肽。因此，QRS多肽的這些和其它變體被包括在本發明的AARS多肽內。甘氨酰-tRNA合成酶(GlyRS)是屬于tRNA合成酶的II類家族的α 2 二聚體(參見，例如，美國申請號12/492，925，通過引用并入本文)。該基因的大約2462個堿基對的cDNA含有編碼685個氨基酸(其具有預測的分子量=77，507Da)的大開放讀碼框(ORF)。人GlyRS的蛋白序列與B. mori GlyRS具有大約60%同一性，與釀酒酵母GlyRS具有45%同一性，且含有II類tRNA合成酶特有的基序2和3。全長GlyRS多肽的氨基酸序列顯示在SEQ ID N0:16中。SEQ ID N0:18_24代表在測定GlyRS片段邊界中分析的示例性的肽序列。GlyRS蛋白水解片段的某些實例包括這樣的多肽所述多肽包含SEQ ID NO: 16的氨基酸殘基 57-685、214-685、239-685、311-685、439-685、511-658、214-438、367-438、214-420、214-338、85-127、1-213、1-61、85-214、333-685、128-685、265-685、483-685 或25-56(包括它們的基本上保留至少一種感興趣的非規范生物活性的生物活性的截短體或變體，例如，與所述片段具有約80%、85%、90%、95%、98%序列同一性的變體)，或基本上由它們組成，或由它們組成。在某些具體實施方案中，所述GlyRS多肽不是在NCBI#CR594947、U09587和/或U09510中的任一個中所述的多肽。因此，GlyRS多肽的這些和其它變體被包括在本發明的AARS多肽內。具有非規范活性的AARS多肽的其它實例包括苯丙氨酰-tRNA合成酶(PheRS)剪接變體多肽(PheRS_SVlP) (SEQ ID NO: 104)，其在C-端末端中具有不同于全長人PheRS蛋白序列(包括那些PheRS多肽的變體和片段)的獨特氨基酸序列；和天冬氨酰-tRNA合成酶(AspRS)多肽(SEQ ID NO: 105)，包括它們的基本上由SEQ ID NO: 105的氨基酸殘基1-154、1-174,1-31,399-425,413-476 或 397-425 組成的片段。本發明的實施方案預見到，包含AARS多肽(包括它們的截短片段、剪接變體、蛋白水解片段和變體和/或修飾的多肽)的組合物用于調節受試者的炎癥的用途。包括這樣的AARS多肽其減少免疫細胞(諸如粒細胞)向肺的遷移，使免疫細胞(諸如粒細胞)對給定的抗原或刺激物脫敏，或二者，并具有本文所述的和本領域已知的其它炎癥性調節活性。本申請包括的變體蛋白是生物學上有活性的，也就是說，它們繼續具有參照AARS多肽序列(例如，SEQ ID N0:l、2、3、6、8、10、12、14、16、25、28、30 和 32-108、109-115 等)的炎癥應答調節活性。這樣的變體可能源自，例如，遺傳多態性或人工操作。 參照AARS多肽片段的生物活性的變體與參照蛋白的氨基酸序列具有至少40%、50%、60%、70%、一般至少75%、80%、85%、經常約90%_95%或更多、典型地約98%或更多的序列相似性或同一性，這通過本文別處所述的序列比對程序使用默認參數測得。參照AARS多肽的生物活性的變體通常可能與該蛋白相差多達200、100、50或20個氨基酸殘基，或適當地相差少至1-15個氨基酸殘基、少至1-10個(諸如6-10個)、少至5個、少至4、3、2或甚至I個氨基酸殘基。在有些實施方案中，AARS多肽與在SEQ ID NO: 1、2、3、6、8、10、12、14、16、
25、28、30、32-108或109-115中的參照序列相差至少I個、但是小于15、10或5個氨基酸殘基。在其它實施方案中，它與在 SEQ ID N0:l、2、3、6、8、10、12、14、16、25、28、30、32-108 或109-115中的參照序列相差至少I個殘基，但是小于20%、15%、10%或5%的殘基。可以以不同的方法改變AARS多肽，所述方法包括氨基酸置換、缺失、截短和插入。這樣的操作方法通常是本領域已知的。例如，通過DNA中的突變，可以制備截短的和/或變體AARS多肽的氨基酸序列變體。用于誘變和核苷酸序列改變的方法是本領域眾所周知的。參見，例如，Kunkel (1985，Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 82:488-492)、Kunkel等人(1987，Methods in EnzymoI, 154:367-382)、美國專利號 4,873，192、Watson, J.D.等人(“Molecular Biology ofthe Gene”，第 4 版,Benjamin/Cummings, MenloPark, Calif. , 1987)和其中引用的參考文獻。關于不會影響目標蛋白的生物活性的適當氨基酸置換的指南，可以參見Dayhoff等人(1978) Atlas of Protein Sequence andStructure (Natl. Biomed. Res. Found. , Washington, D. C.)的模型。用于篩選通過點突變或截短產生的組合文庫的基因產物的方法，和用于篩選具有選定性能的基因產物的cDNA文庫的方法，是本領域已知的。這樣的方法適用于快速篩選通過AARS多肽的組合誘變產生的基因文庫。遞歸系統誘變(REM，一種增強文庫中的功能突變體的頻率的技術)可以與篩選試驗聯合使用，以鑒別 AARS 多肽變體(Arkin 和 Yourvan (1992) Proc. Natl. Acad. Sci. USA89:7811_7815;Delgrave 等人(1993)Protein Engineering, 6:327-331)。如在下面更詳細地討論的，保守置換(諸如將一個氨基酸替換為另一個具有類似性質的氨基酸)可能是合乎需要的。與參照AARS 氨基酸序列(例如，SEQ ID NO: 1、2、3、6、8、10、12、14、16、25、28、30、32-108和109-115)相比，生物活性的截短的和/或變體AARS多肽可能沿著它們的序列含
有在不同位置處的保守氨基酸置換。“保守氨基酸置換”是這樣的置換其中一個氨基酸殘基被替換為具有類似側鏈的氨基酸殘基。在本領域中已經確定了具有類似側鏈的氨基酸殘基的家族，它們通常如下細分類酸性的由于在生理pH時丟失H離子，其殘基具有負電荷，該殘基被水溶液吸引，因而當含有它的肽在生理PH的水性介質中時，該殘基在該肽的構象中力圖處于表面位置。具有酸性側鏈的氨基酸包括谷氨酸和門冬氨酸。堿性的由于在生理pH時或在生理pH上下I或2個pH單位內(如組氨酸)與H離子結合，其殘基具有正電荷，該殘基被水溶液吸引，因此當含有它的肽在生理pH的水性介質中時，該殘基在該肽的構象中力圖力圖處于表面位置。具有堿性側鏈的氨基酸包括精氨酸、賴氨酸和組氨酸。帶電荷的殘基在生理pH時帶電荷，因此包括具有酸性或堿性側鏈的氨基酸(即，谷氨酸、門冬氨酸、精氨酸、賴氨酸和組氨酸)。疏水的殘基在生理pH時不帶電荷，因此殘基被水溶液排斥，當含有它的肽在水性介質中時，該殘基在該肽的構象中力圖處于內部位置。具有疏水側鏈的氨基酸包括酪氨酸、纈氨酸、異亮氨酸、亮氨酸、蛋氨酸、苯丙氨酸和色氨酸。中性的/極性的殘基在生理pH時不帶電荷，但是殘基不被水溶液充分排斥，因此當含有它的肽在水性介質中時，該殘基在該肽的構象中力圖處于內部位置。具有中性/極性側鏈的氨基酸包括天冬酰胺、谷氨酰胺、半胱氨酸、組氨酸、絲氨酸和蘇氨酸。本說明書還將某些氨基酸表征為“小的”氨基酸，因為它們的側鏈并不大得足以賦予疏水性，即便是沒有極性基團。除了脯氨酸外，“小的”氨基酸是當至少一個極性基團在 側鏈上時具有四個或更少碳的那些氨基酸，以及當在側鏈上沒有極性基團時具有三個或更少碳的那些氨基酸。具有小側鏈的氨基酸包括甘氨酸、絲氨酸、丙氨酸和蘇氨酸。基因編碼的次級氨基酸脯氨酸是一個特殊的情況，因為已知其對肽鏈的二級構象的影響。脯氨酸的結構與所有其它天然存在的氨基酸的差別在于，它的側鏈鍵合α-氨基的氮以及α-碳。然而，一些氨基酸相似性矩陣是本領域已知的(參見例如，在例如DayhofT等人，1978，Amodel of evolutionary change in proteins 中公開的 PAM120 矩陣和 PAM250 矩陣)。但是，在 Μ· O. Dayhoff,(編)，Atlas of protein sequence and structure,第 5 卷，第345-358 頁，National Biomedical Research Foundation, Washington DC;和 Gonnet 等人(Science, 256:14430-1445, 1992)中的用于測定距離關系的矩陣包括在與甘氨酸、絲氨酸、丙氨酸和蘇氨酸相同組中的脯氨酸。因此，為了本發明的目的，將脯氨酸分類為“小的”氨基酸。分類為極性或非極性所需的吸引或排斥程度是任意的，因此本發明具體預見到的氨基酸已被分類為一類或另一類。大多數沒有具體提到的氨基酸可基于已知的行為進行分類。氨基酸殘基可進一步細分為環狀或非環狀、以及芳族或非芳族(這顯然是根據殘基的側鏈取代基所作的分類)以及小的或大的。如果殘基含有總共4個或更少碳原子(包括羧基碳)且存在額外的極性取代基，或含有總共3個或更少碳原子且沒有額外的極性取代基，則認為該殘基是小的殘基。當然，小的殘基總是非芳族的。根據它們的結構性質，氨基酸殘基可分為兩類或更多類。對于天然存在的蛋白質氨基酸，在下表A中顯示了根據該方案的亞分類。表A氨基酸亞分類
權利要求
1.一種用于調節炎癥應答的組合物，所述組合物包含分離的氨酰-tRNA合成酶(AARS)多肽或其生物活性片段、剪接變體或變體和藥學上可接受的載體，其中所述多肽調節炎癥應答。
2.根據權利要求I所述的組合物，其中所述AARS多肽是酪氨酰-tRNA合成酶(YRS)、色氨酰-tRNA合成酶(WRS)、谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(QRS)、甘氨酰-tRNA合成酶(GlyRS)、組氨酰-tRNA合成酶(HisRS)、絲氨酰-tRNA合成酶(SRS)、苯丙氨酰-tRNA合成酶(PheRS)、丙氨酰-tRNA合成酶(AlaRS)、天冬酰胺酰-tRNA合成酶(AsnRS)、天冬氨酰-tRNA合成酶(AspRS)、半胱氨酰-tRNA合成酶(CysRS)、谷氨酰-tRNA合成酶(ERS)、脯氨酰-tRNA合成酶(ProRS)、精氨酰-tRNA合成酶(RRS)、異亮氨酰-tRNA合成酶(IRS)、亮氨酰-tRNA合成酶(LRS)、賴氨酰-tRNA合成酶(KRS)、蘇氨酰-tRNA合成酶(TRS)、甲硫氨酰-tRNA合成酶(MRS)或纈氨酰-tRNA合成酶(VRS)。
3.根據權利要求2所述的組合物，其包含所述AARS多肽的蛋白水解片段。
4.根據權利要求3所述的組合物，其中通過在體外用蛋白酶溫育所述多肽，衍生出所述蛋白水解片段的序列。
5.根據權利要求3所述的組合物，其中通過在細胞中重組表達所述AARS多肽，衍生出所述蛋白水解片段的序列，其中所述細胞包含一種或多種重組的或內源的蛋白酶。
6.根據權利要求3所述的組合物，其中所述蛋白水解片段包含內源的、天然存在的AARS蛋白水解片段的序列。
7.根據權利要求2所述的組合物，其中所述AARS多肽是YRS多肽。
8.根據權利要求7所述的組合物，其中所述YRS多肽在其C-端被截短。
9.根據權利要求7所述的組合物，其中所述YRS多肽包含SEQID NO: 1、2、3、6、8、10、12或14的氨基酸序列，其中至少約1-50個氨基酸殘基從其C-端被截掉。
10.根據權利要求7所述的組合物，其中所述YRS多肽包含SEQID NO: 1、2、3、6、8、10、12或14的氨基酸序列，其中至少約50-100個氨基酸殘基從其C-端被截掉。
11.根據權利要求7所述的組合物，其中所述YRS多肽包含SEQID NO: 1、2、3、6、8、10、12或14的氨基酸序列，其中至少約100-150個氨基酸殘基從其C-端被截掉。
12.根據權利要求7所述的組合物，其中所述YRS多肽包含SEQID NO: 1、2、3、6、8或10的氨基酸序列，其中至少約150-200個殘基從其C-端被截掉。
13.根據權利要求7所述的組合物，其中所述YRS多肽包含SEQID NO: 1、2、3、6、8或10的氨基酸序列，其中至少約200-250個氨基酸殘基從其C-端被截掉。
14.根據權利要求7所述的組合物，其中所述YRS多肽在其N-端被截短。
15.根據權利要求7所述的組合物，其中所述YRS多肽包含SEQID NO: 1、2、3、6、8、10、12或14的氨基酸序列，其中至少約1-50個氨基酸殘基從其N-端被截掉。
16.根據權利要求7所述的組合物，其中所述YRS多肽包含SEQID NO: 1、2、3、6、8、10、12或14的氨基酸序列，其中至少約50-100個氨基酸殘基從其N-端被截掉。
17.根據權利要求7所述的組合物，其中所述YRS多肽包含SEQID NO: 1、2、3、6、8、10、12或14的氨基酸序列，其中至少約100-150個氨基酸殘基從其N-端被截掉。
18.根據權利要求7所述的組合物，其中所述YRS多肽包含SEQID NO: 1、2、3、6、8或10的氨基酸序列，其中至少約150-200個殘基從其N-端被截掉。
19.根據權利要求7所述的組合物，其中所述YRS多肽包含SEQID NO: 1、2、3、6、8或10的氨基酸序列，其中至少約200-250個氨基酸殘基從其N-端被截掉。
20.根據權利要求7所述的組合物，其中所述YRS多肽包含與SEQID NO: 2所示的氨基酸序列具有至少80%、90%、95%、98%或100%同一性的氨基酸序列，其中在位置341處的丙氨酸沒有被酪氨酸置換。
21.根據權利要求7所述的組合物，其中所述YRS多肽包含與SEQID NO: 1、2、3、6、8、10、12或14所示的氨基酸序列具有至少80%、90%、95%、98%或100%同一性的氨基酸序列。
22.根據權利要求2所述的組合物，其中所述AARS多肽是GlyRS多肽。
23.根據權利要求22所述的組合物，其中所述GlyRS多肽是SEQID NO: 16所示的全長人甘氨酰-tRNA合成酶序列的片段。
24.根據權利要求23所述的組合物，其中所述片段包含SEQID NO:16的氨基酸殘基367-438或其活性變體。
25.根據權利要求22所述的組合物，其中所述GlyRS多肽包含與SEQID NO: 16所示的氨基酸序列具有至少80%、90%、95%、98%或100%同一性的氨基酸序列。
26.根據權利要求22所述的組合物，其中所述GlyRS多肽包含SEQID NO: 16的氨基酸殘基 57-685、214-685、239-685、311-685、439-685、511-658、214-438、367-438、214-420、214-338、85-127、1-213、1-61、85-214、333-685、128-685、265-685、483-685 或 25-56 或其活性片段。
27.根據權利要求2所述的組合物，其中所述AARS多肽是QRS多肽。
28.根據權利要求27所述的組合物，其中所述QRS多肽包含與SEQID NO: 25所示的氨基酸序列具有至少80%、90%、95%、98%或100%同一性的氨基酸序列。
29.根據權利要求27所述的組合物，其中所述QRS多肽在其C-端被截短。
30.根據權利要求27所述的組合物，其中所述QRS多肽包含SEQID NO: 25的氨基酸序列，其中至少約1-50個氨基酸殘基從其C-端被截掉。
31.根據權利要求27所述的組合物，其中所述QRS多肽包含SEQID NO:25的氨基酸序列，其中至少約50-100個氨基酸殘基從其C-端被截掉。
32.根據權利要求27所述的組合物，其中所述QRS多肽包含SEQID NO: 25的氨基酸序列，其中至少約100-150個氨基酸殘基從其C-端被截掉。
33.根據權利要求27所述的組合物，其中所述QRS多肽包含SEQID NO: 25的氨基酸序列，其中至少約150-200個殘基從其C-端被截掉。
34.根據權利要求27所述的組合物，其中所述QRS多肽包含SEQID NO: 25的氨基酸序列，其中至少約200-250個氨基酸殘基從其C-端被截掉。
35.根據權利要求27所述的組合物，其中所述QRS多肽包含SEQID NO: 25的氨基酸序列，其中至少約250-350個氨基酸殘基從其C-端被截掉。
36.根據權利要求27所述的組合物，其中所述QRS多肽包含SEQID NO: 25的氨基酸序列，其中至少約350-450個氨基酸殘基從其C-端被截掉。
37.根據權利要求27所述的組合物，其中所述QRS多肽包含SEQID NO: 25的氨基酸序列，其中至少約450-500個氨基酸殘基從其C-端被截掉。
38.根據權利要求27所述的組合物，其中所述QRS多肽包含SEQID NO: 25的氨基酸序列，其中至少約500-550個氨基酸殘基從其C-端被截掉。
39.根據權利要求27所述的組合物，其中所述QRS多肽包含SEQID NO: 25的氨基酸殘基 1-183、1-220、1-249 或 1-200，或 SEQ ID N0:36_103 或 109-115 中的任意一個或多個。
40.根據權利要求2所述的組合物，其中所述AARS多肽是HisRS多肽。
41.根據權利要求40所述的組合物，其包含HisRS剪接變體多肽。
42.根據權利要求40或41所述的組合物，其中所述HisRS多肽至少包含HisRS的WHEP結構域。
43.根據權利要求40或41所述的組合物，其中所述HisRS多肽至少包含HisRS的反密碼子結合結構域。
44.根據權利要求40或41所述的組合物，其中所述HisRS多肽缺少功能性的氨酰化結構域。
45.根據權利要求40或41所述的組合物，其中所述HisRS多肽至少包含HisRS的WHEP結構域和HisRS的反密碼子結合結構域，但是缺少功能性的氨酰化結構域。
46.根據權利要求40所述的組合物，其中所述HisRS多肽包含SEQID N0:28、30或32所示的序列。
47.根據權利要求40所述的組合物，其中所述HisRS多肽包含與SEQID N0:28、30或32所示的氨基酸序列具有至少80%、90%、95%、98%或100%同一性的氨基酸序列。
48.根據權利要求40或41所述的組合物，其中所述HisRS多肽包含SEQID N0:28、30或32所示的序列的至少20個連續的氨基酸殘基。
49.根據權利要求2所述的組合物，其中所述AARS多肽是WRS多肽。
50.根據權利要求49所述的組合物，其中所述WRS多肽包含與SEQID NO: 33-35中任意一個或多個所示的氨基酸序列具有至少80%、90%、95%、98%或100%同一性的氨基酸序列。
51.根據權利要求49所述的組合物，其中所述WRS多肽包含SEQID NO:33_35中任意一個或多個的生物活性片段。
52.根據權利要求I所述的組合物，其中所述AARS多肽是天冬氨酰-tRNA合成酶(AspRS)。
53.根據權利要求52所述的組合物，其中所述AspRS多肽包含與SEQID NO: 105所示的氨基酸序列具有至少80%、90%、95%、98%或100%同一性的氨基酸序列。
54.根據權利要求52所述的組合物，其基本上由SEQID NO: 105的氨基酸1-154組成。
55.一種用于調節受試者的炎癥應答的藥物組合物，所述藥物組合物包含權利要求1-54中任一項所述的氨酰-tRNA合成酶(AARS)多肽和藥學上可接受的載體。
56.—種調節炎癥應答的方法，所述方法包括使細胞接觸有效濃度的具有炎癥應答調節活性的氨酰-tRNA合成酶(AARS)多肽，從而調節所述炎癥應答。
57.根據權利要求56所述的方法，其中所述細胞是免疫細胞或血管細胞。
58.根據權利要求57所述的方法，其中所述免疫細胞是粒細胞、淋巴細胞、單核細胞/巨噬細胞、樹突細胞或肥大細胞。
59.根據權利要求58所述的方法，其中所述粒細胞是嗜中性粒細胞、嗜酸性粒細胞或嗜堿性粒細胞。
60.根據權利要求58所述的方法，其中所述淋巴細胞是B-細胞、T-細胞、天然殺傷細胞。
61.根據權利要求57所述的方法，其中所述血管細胞是平滑肌細胞、內皮細胞或成纖維細胞。
62.根據權利要求56所述的方法，其包括在體外或離體地使所述細胞接觸。
63.根據權利要求62所述的方法，其另外包括給受試者施用所述細胞。
64.根據權利要求56所述的方法，其包括通過給受試者直接地施用所述AARS多肽，使所述受試者中的細胞接觸。
65.根據權利要求63或64所述的方法，其包括減少急性炎癥應答、減少慢性炎癥應答或二者。
66.根據權利要求63或64所述的方法，其包括增加急性炎癥應答、增加慢性炎癥應答或二者。
67.根據權利要求63或64所述的方法，其包括調節一種或多種免疫細胞或血管細胞的活化、炎癥分子分泌、增殖、活性、遷移或附著。
68.根據權利要求63或64所述的方法，其包括調節一種或多種炎癥分子的水平或活性。
69.根據權利要求68所述的方法，其中所述一種或多種炎癥分子包括補體系統、激肽系統、凝固系統或纖維蛋白溶解系統中任意一種或多種的血漿衍生的炎癥分子。
70.根據權利要求68所述的方法，其中所述一種或多種炎癥分子包括溶酶體顆粒、血管活性胺、類花生酸、細胞因子、急性期蛋白或一氧化氮中任意一個或多個的細胞衍生的炎癥分子。
71.根據權利要求70所述的方法，其中一種或多種細胞因子選自在表J和K中的細胞因子。
72.根據權利要求71所述的方法，其包括調節TNF-a、IL_2、MIP-I β、IL-12 (p40)、KC、MIP-2或IL-IO中任意一種或多種的水平或活性。
73.根據權利要求63或64所述的方法，其包括，調節與選自下述的一種或多種組織、組織系統或器官有關的炎癥應答或炎性病癥皮膚、毛囊、神經系統、聽覺系統或平衡器官、呼吸系統、胃食管組織、胃腸道系統、血管系統、肝、膽囊、淋巴/免疫系統、泌尿生殖系統、肌肉骨骼系統、脂肪組織、乳房和內分泌系統。
74.根據權利要求63或64所述的方法，其包括，治療選自下述的超敏反應I型超敏反應、II型超敏反應、III型超敏反應、IV型超敏反應、立即超敏反應、抗體介導的超敏反應、免疫復合物介導的超敏反應、T-淋巴細胞介導的超敏反應和遲發型超敏反應。
75.根據權利要求63或64所述的方法，其包括，治療選自下述的自身炎性病癥家族性地中海熱、TNF受體有關的周期性綜合征(TRAPS)、超-IgD綜合征(HIDS)、CIASl有關的疾病諸如穆-韋二氏綜合征、家族性寒冷自身炎癥性綜合征和新生兒發作的多系統炎性疾病、PAPA綜合征(化膿性無菌關節炎、壞疽性膿皮病、痤瘡)和Blau綜合征。
76.根據權利要求63或64所述的方法，其包括，治療與選自下述的癌癥有關的炎癥前列腺癌、乳腺癌、結腸癌、直腸癌、肺癌、卵巢癌、睪丸癌、胃癌、膀胱癌、胰腺癌、肝癌、腎癌、腦癌、黑素瘤、非黑素瘤皮膚癌、骨癌、淋巴瘤、白血病、甲狀腺癌、子宮內膜癌、多發性骨髓瘤、急性髓樣白血病、神經母細胞瘤、膠質母細胞瘤和非霍奇金淋巴瘤。
77.根據權利要求63或64所述的方法，其包括治療與全身性炎癥反應綜合征(SIRS)有關的炎癥。
78.根據權利要求63或64所述的方法，其包括治療與細胞因子暴發有關的炎癥。
79.根據權利要求63或64所述的方法，其包括，治療與下述的任意一種或多種有關的炎癥肉芽腫性炎癥、纖維蛋白性炎癥、化膿性炎癥、漿液性炎癥或潰瘍性炎癥。
80.根據權利要求63或64所述的方法，其包括治療與一種或多種傷口有關的炎癥。
81.根據權利要求63或64所述的方法，其包括治療與慢性阻塞性肺病(COPD)有關的炎癥。
82.根據權利要求66所述的方法，其包括增加所述炎癥應答，以治療原發性或繼發性免疫缺陷。
83.根據權利要求82所述的方法，其中所述原發性免疫缺陷是混合的T-細胞和B-細胞免疫缺陷、抗體缺乏、定義明確的綜合征、免疫調節異常疾病、吞噬細胞障礙、先天性免疫障礙或補體缺乏。
84.根據權利要求73所述的方法，其中所述炎性病癥與類風濕性關節炎、糖尿病或心血管疾病有關。
85.根據權利要求63或64所述的方法，其包括調節與一種或多種免疫細胞或血管細胞的活性有關的炎性病癥。
86.根據權利要求85所述的方法，其中所述免疫細胞是粒細胞、淋巴細胞、單核細胞/巨噬細胞、樹突細胞或肥大細胞。
87.根據權利要求86所述的方法，其中所述粒細胞是嗜中性粒細胞、嗜酸性粒細胞或嗜堿性粒細胞。
88.根據權利要求86所述的方法，其中所述淋巴細胞是B-細胞、T-細胞、天然殺傷細胞。
89.根據權利要求86所述的方法，其中所述血管細胞是平滑肌細胞、內皮細胞或成纖維細胞。
90.根據權利要求85所述的方法，其中所述炎性病癥是嗜中性粒細胞介導的病癥、巨噬細胞介導的病癥或淋巴細胞介導的病癥。
91.一種具有非規范生物活性的分離的谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(QRS)多肽或其活性變體。
92.根據權利要求91所述的分離的QRS多肽，其中所述非規范生物活性選自調節細胞增殖、調節細胞凋亡、調節Akt介導的細胞信號傳遞、調節細胞代謝和調節細胞因子產生。
93.根據權利要求91所述的分離的QRS多肽，其中所述活性變體沿其長度與SEQIDN0:25、36-103或109-115中的任一個具有至少90%同一性。
94.根據權利要求91所述的分離的QRS多肽，其中所述活性變體沿其長度與SEQIDNO:25的氨基酸殘基1-183、1-220、1-249或1-200具有至少90%同一性。
95.根據權利要求91所述的分離的QRS多肽，其中所述多肽是SEQIDNO: 25的片段。
96.根據權利要求95所述的分離的QRS多肽，其中所述片段是蛋白水解片段。
97.根據權利要求96所述的分離的QRS多肽，其中通過在體外用蛋白酶溫育所述QRS多肽，衍生出所述蛋白水解片段的序列。
98.根據權利要求96所述的分離的QRS多肽，其中通過在細胞中重組表達所述QRS多肽，衍生出所述蛋白水解片段的序列，其中所述細胞包含一種或多種重組的或內源的蛋白酶。
99.根據權利要求96所述的分離的QRS多肽，其中所述蛋白水解片段包含內源的、天然存在的人或小鼠QRS蛋白水解片段的序列。
100.根據權利要求98所述的分離的QRS多肽，其包含SEQID NO:25的氨基酸殘基1-183、1-220、1-249或1-200或其活性片段或變體。
101.根據權利要求98所述的分離的QRS多肽，其基本上由SEQID NO:25的氨基酸殘基1-183、1-220、1-249或1-200或其活性片段或變體組成。
102.根據權利要求9所述的分離的QRS多肽，其包含SEQID NO: 36-103或109-115中的任一個。
103.根據權利要求9所述的分離的QRS多肽，其基本上由SEQID N0:36_103或109-115中的任一個組成。
104.一種融合多肽，其包含權利要求91-103中任一項所述的多肽和異源融合伴侶。
105.—種分離的多核苷酸,其編碼權利要求91-104中任一項所述的多肽。
106.—種表達載體,其包含權利要求105所述的分離的多核苷酸。
107.一種宿主細胞，其包含權利要求106所述的表達載體。
108.—種二聚的或多聚的復合物，其包含至少一種權利要求91所述的分離的谷氨酰胺酰-tRNA合成酶多肽。
109.—種組合物，其包含生理上可接受的載體和至少一種選自下述的組分 (i)權利要求91所述的分離的多肽； (ii)權利要求104所述的融合蛋白； (iii)權利要求105所述的分離的多核苷酸； (iv)權利要求106所述的表達載體；和 (V)權利要求108所述的二聚的或多聚的復合物。
110.一種用于調節細胞活性的方法，所述方法包括使細胞或組織接觸權利要求109所述的組合物。
111.根據權利要求110所述的方法，其中所述細胞活性選自細胞遷移、細胞增殖、血管生成、細胞凋亡、Akt介導的細胞信號傳遞、細胞代謝和細胞因子產生。
112.根據權利要求110所述的方法，其中所述細胞活性是TNF-α活性或分泌。
113.根據權利要求110所述的方法，其中所述細胞活性是IL-12活性或分泌。
114.一種用于治療病癥的方法，所述方法包括給有此需要的受試者施用權利要求109所述的組合物，其中所述病癥選自炎性疾病、自身免疫病、腫瘤病、代謝疾病、神經學疾病、感染、心血管疾病和與異常的血管生成有關的疾病。
全文摘要
本發明提供了調節炎性和其它細胞應答的組合物，所述組合物包含氨酰-tRNA合成酶多肽，包括所述多肽的活性片段和/或變體。也提供了使用這種組合物治療病癥的方法，所述病癥會受益于炎癥的調節，諸如炎性疾病或病癥。
文檔編號A61P29/00GK102821784SQ201080061989
公開日2012年12月12日 申請日期2010年12月10日 優先權日2009年12月11日
發明者杰弗里·迪安·沃特金斯, 阿蘭·P·瓦瑟洛特, 萊斯利·安·格林尼, 賴安·安德魯·亞當斯, 凱爾·P·基昂格, 張偉, 克瑞斯迪·海倫·佩耶爾, 洪非, 阿里納·何 申請人:Atyr醫藥公司