免疫抑制性多肽與核酸的制作方法

專利名稱：免疫抑制性多肽與核酸的制作方法
技術領域：
本發明總體上涉及結合⑶80和/或⑶86的新穎多肽類，編碼此類多肽的核酸，以及制備并使用此類多肽及核酸的方法。本發明的背景T細胞在免疫應答的起始及調控中發揮重要作用。為了產生T細胞的完全活化，要求至少兩個不同的信號傳導事件。一個第一信號是通過表達于T細胞表面上的T細胞受體與(TCR)與在表達于抗原呈遞細胞(APC)上的主要組織相容性復合物(MHC)分子的環境中存在的特定抗原(Ag)之間的 相互作用而產生。一個第二 (共刺激)信號是由表達于APC上的共刺激性配體與它們的表達于T細胞上的對應受之體間的相互作用而產生。一種優勢共刺激通路涉及在表達于APC上的⑶80 (B7-1或B7.1)以及⑶86 (B7-2或B7.2)配體與主要表達于T細胞上的⑶28以及CTLA-4 (也稱為⑶152)之間的相互作用。CTLA-4 (細胞毒性T淋巴細胞抗原4)以及⑶28充當這些⑶80以及⑶86配體的受體。正向信號傳導是通過⑶28受體介導的。這種或這些⑶80和/或⑶86配體與CD28的結合通過促進免疫突觸的形成而降低了 T細胞活化的閾值(Viola A.etal., Science283:680-682 (1999))。此外，CD28的共刺激活化或增強了對于T細胞的增殖以及存活具有重要性的因子的形成，如，白介素-2 (IL-2)、NF-K B,以及Bcl-XL(Norton S.D.et at., J.1mmunol.149: 1556-1561 ( 1992 ) ; Vel la A.T.et al., J.1mmunol.158:4714-4720 (1997))。在體內，⑶28-缺陷的小鼠是嚴重免疫妥協的，并且顯示了不良的抗原特異的 T 細胞應答(Green, J.M.et al., Immunityl: 501-508 (1994))。當T細胞在這種共刺激性信號的缺失下被活化時，可造成T細胞的無反應性或耐受。負向信號傳導是通過CTLA-4受體介導的。這些⑶80以及⑶86配體各自以高親和力結合到CTLA-4上，并且衍生自⑶28信號傳導的平衡免疫增生性反應。CTLA-4信號傳導的潛在機制包括競爭性結合共刺激性分子⑶80/⑶86 (Masteller, Ε.M.et al.，J.1mmunol.164:5319 (2000))、通過將磷酸酶誘導至免疫突觸上而抑制TCR信號傳導(LeeK.M.et al.，Science282:2263 (1998))、以及破壞這種免疫突觸(Pentcheva-Hoang T.etal., Immunity21:401 (2004) ;Chikuma S.et al., J.Exp.Medl97:129 (2003) ;SchneiderH.et al., Science313:1972 (2006))。在體內，CTLA-4缺陷的小鼠顯示了深度的自身免疫表型，其特征為大量的組織浸潤以及器官破壞(Waterhouse P.et al.，Science270:985(1995))。設計成拮抗這種⑶80/⑶86共刺激通路的治療劑(如，可溶性人類CTLA-4-1g)具有用于治療自身免疫疾病以及紊亂的可能。本發明提供了具有改進的能力以調整或阻抑經由這種⑶80/⑶86共刺激通路的信號傳導的的有利分子，以及將此類分子用于所選擇且不同的T細胞應答的操縱的方法。此類分子在如以下詳細討論的不同應用中具有有益的用途。本發明的概述在第一個方面，本 發明提供了一種分離或重組的CTLA-4多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列與在SEQ ID NO: 159中所示的人類CTLA-4細胞外結構域的多肽序列具有達到15個氨基酸殘基差異，其中該分離或重組的CTLA-4多肽具有結合⑶80或⑶86或二者之一的一個細胞外結構域的能力，和/或具有阻抑或抑制一種免疫應答的能力。根據本發明第一方面的一種多肽可與SEQ ID NO:36的多肽序列具有至少90%的序列一致性，或至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、或至少99%的序列一致性。根據本發明第一方面的一種多肽可包括SEQ ID N0:36的多肽序列。根據本發明第一方面的一種多肽可與SEQ ID NO:50的多肽序列具有至少90%的序列一致性，或至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、或至少99%的序列一致性。根據本發明第一方面的一種多肽可包括SEQ ID N0:50的多肽序列。根據本發明第一方面的一種多肽可具有結合人類⑶80或人類⑶86或二者之一的一個細胞外結構域的能力。根據本發明第一方面的一種多肽可包括長度為124個氨基酸殘基的一個多肽序列。根據本發明第一方面的一種多肽可包括一個氨基酸取代，該取代在選自下組的一個氨基酸位置上，該組的構成為:對應于相對SEQ ID N0:159的位置50、54、55、56、64、65、70、或85的多個氨基酸位置根據本發明第一方面的一種多肽可包括二、三、或四個氨基酸取代，這些取代在選自下組的多個氨基酸位置上，該組的構成為:對應于相對SEQ ID N0:159的位置50、54、55、56、64、65、70、或85的氨基酸位置。本發明第一方面的一種多肽可包括在相對SEQ ID NO: 159的位置70上的一個氨基酸取代，如取代S70F。本發明第一方面的一種多肽可包括在相對SEQ ID NO: 159的位置104上的一個氨基酸取代，如取代L104E。本發明第一方面的一種多肽可包括在相對SEQ ID NO: 159的位置30上的氨基酸取代，如取代T30N/D/A或取代T30N。本發明第一方面的一種多肽可包括在相對SEQ ID NO: 159的位置64上的一個氨基酸取代，如取代S64P。
本發明第一方面的一種多肽可包括在相對SEQ ID NO: 159的位置50上的一個氨基酸取代，如取代A50M。本發明第一方面的一種多肽可包括在相對SEQ ID NO: 159的位置54上的一個氨基酸取代，如取代M54K/V或取代M54K。本發明第一方面的一種多肽可包括在相對SEQ ID NO: 159的位置65上的一個氨基酸取代，如取代I65S。本發明第一方面的一種多肽可包括在相對SEQ ID NO: 159的位置56上的一個氨基酸取代，如取代N56D。本發明第一方面的一種多肽可包括在相對SEQ ID NO: 159的位置55上的一個氨基酸取代，如取代G55E。本發明第一方面的一種多肽可包括在相對SEQ ID NO: 159的位置85上的一個氨基酸取代，如取代M85A。本發明第一方面的一種多肽可包括在相對SEQ ID NO: 159的位置24上的一個氨基酸取代，如取代A24E/S或取代A24E。本發明第一方面的一種多肽可具有對于⑶86或它的一根細胞外結構域的一種結合親和力，該結合親和力是大約等于或大于一種單體人類CTLA-4細胞外結構域對于CD86或CD86細胞外結構域的結合親和力。本發明第一方面 的一種多肽可具有對于⑶80或它的一個細胞外結構域的一種結合親和力，該結合親和力大于一種單體人類CTLA-4細胞外結構域對于CD80或CD80細胞外結構域的結合親和力。本發明第一方面的一種多肽可具有阻抑一種免疫應答的能力。本發明第一方面的一種多肽可具有抑制T細胞活化或T細胞增殖的能力。在第二方面中，本發明提供了一種分離或重組的多肽多聚體，該多肽多聚體包括本發明第一方面的至少兩個多肽。在第三方面中，本發明提供了一種分離或重組的融合蛋白，該融合蛋白包括(a)根據本發明第一方面的一種多肽，以及(b) —種第二多肽，其中該第二多肽是一種Ig Fe多肽，并且其中該融合蛋白具有結合CD80和/或CD86、或二者之一的或兩者的一個細胞外結構域的能力，和/或調整或調節一種免疫應答的能力。在第四方面中，本發明提供了一種分離或重組的二聚體融合蛋白，該二聚體融合蛋白包括根據本發明第三方面的兩個單體融合蛋白。在第五方面中，本發明提供了一種分離或重組的核酸，該核酸包括一個核苷酸序列，該核苷酸序列編碼了本發明第一方面的一種多肽、本發明第二方面的一種多聚體、本發明第三方面的一種融合蛋白、或本發明第四方面的一種二聚體融合蛋白。在第六方面中,本發明提供了一種載體，該載體包括本發明第五方面的一種核酸。在第七方面中，本發明提供了一種分離或重組的宿主細胞，該宿主細胞包括本發明第一方面的一種多肽、本發明第二方面的一種多聚體、本發明第三方面的一種融合蛋白、本發明第四方面的一種二聚體融合蛋白、本發明第五方面的一種核酸、和/或本發明第六方面的一種載體。在第八方面中，本發明提供了一種藥物組合物，該藥物組合物包括一種藥學上可接受的賦形劑、藥學上可接受的載體、或藥學上可接受的稀釋劑，以及以下的一項或多項:本發明第一方面的一種多肽、本發明第二方面的一種多聚體、本發明第三方面的一種融合蛋白、本發明第四方面的一種二聚體融合蛋白、本發明第五方面的一種核酸、本發明第六方面的一種載體、和/或本發明第七方面的一種宿主細胞。在第九方面中，本發明提供了阻抑一種免疫應答的方法，所述方法包括將一種B7-陽性細胞與一個有效量的以下的至少一項進行接觸:本發明第一方面的一種多肽、本發明第二方面的一種多聚體、本發明第三方面的一種融合蛋白、本發明第四方面的一種二聚體融合蛋白、本發明第五方面的一種核酸、本發明第六方面的一種載體、和/或本發明第七方面的一種宿主細胞，以阻抑一種免疫應答，其中一種免疫應答由此受到阻抑。在第十方面中，本發明提供了本發明第一方面的一種多肽、本發明第二方面的一種多聚體、本發明第三方面的一種融合蛋白、本發明第四方面的一種二聚體融合蛋白、本發明第五方面的一種核酸、本發明第六方面的一種載體、和/或本發明第七方面的一種宿主細胞，用于阻抑一種免疫應答。在第十一方面中，本發明提供了本發明第一方面的一種多肽、本發明第二方面的一種多聚體、本發明第三方面的一種融合蛋白、本發明第四方面的一種二聚體融合蛋白、本發明第五方面的一種核酸、本發明第六方面的一種載體、和/或本發明第七方面的一種宿主細胞，在制造用于阻抑一種免疫應答的一種藥物的用途。在第十二方面中，本發明提供了一種偶聯物，該偶聯物包括本發明第一方面的一種多肽、本發明第二方面的一種多聚體、本發明第三方面的一種融合蛋白、或本發明第四方面的一種二聚體融合蛋白，以及共價連附于這種多肽、多聚體、融合蛋白、或二聚體融合蛋白上的一個非多肽部分，其中所述偶聯物具有阻抑一種免疫應答的能力。本發明的其他方面如以下說明。

在另一個方面，本發明提供了一種分離或重組的多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的至少一種多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的序列一致性，該組的構成為:SEQ ID NOS:1至73，其中該多肽結合⑶80或⑶86或二者之一的一個細胞外結構域(ECD)，和/或具有阻抑或抑制一種免疫應答的能力。在另一個方面，本發明提供了一種分離或重組的多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的至少一種多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的序列一致性，該組的構成為:SEQ ID NOS:1至73，其中該多肽具有對于一個人類⑶86細胞外結構域或人類CD80細胞外結構域的一種結合親和力，該結合親和力對應地是大約等于或大于一個人類CTLA-4細胞外結構域對于該人類CD86細胞外結構域或人類CD80細胞外結構域的結合親和力，并且其中該多肽可任選地具有阻抑一種免疫應答的能力。一些此類多肽具有對于該人類CD86細胞外結構域的一種結合親和力，該結合親和力大于該人類CTLA-4細胞外結構域對于該人類CD86細胞外結構域的結合親和力。一些此類多肽具有對于該人類CD80細胞外結構域的一種結合親和力，該結合親和力大于該人類CTLA-4細胞外結構域對于該人類CD80細胞外結構域的結合親和力。在另一個方面，本發明提供了一種分離或重組的突變CTLA-4多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列(a)與在SEQ ID NO: 159中所示的人類CTLA-4細胞外結構域的多肽序列具有不超過10、9、8、7、或6個氨基酸殘基(例如，不超過1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10個氨基酸殘基)的差異，并且(b)包括至少一個氨基酸取代，該取代在對應于相對SEQ IDNO: 159的位置50、54、55、56、64、65、70、或85的一個氨基酸位置上，其中該突變CTLA-4多肽具有結合CD80或CD86或二者之一的一個細胞外結構域的能力，和/或具有阻抑或抑制一種免疫應答的能力。在另一個方面，本發明提供了一種分離或重組的多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽包括(i)與SEQ ID NOSil至73所構成的組中選出的一個多肽序列至少95%的序列一致性，以及(ii) 一個苯丙胺酸殘基，該苯丙胺酸殘基在對應于由SEQ ID NOSil至73所構成的組中選出的所述多肽序列的位置70的氨基酸位置上，其中該多肽具有結合CD80和/或CD86、或二者之一的或兩者的一個細胞外結構域的能力，和/或具有阻抑或抑制一種免疫應答的能力。在另一個方面，本發明提供了一種分離或重組的突變CTLA-4多肽，該突變CTLA-4多肽結合CD80和/或CD86、和/或二者之一的或兩者的一個細胞外結構域，和/或可阻抑一種免疫應答，其中所述多肽包括一個多肽序列，該多肽序列(a)與在SEQ ID N0:159中所示的人類CTLA-4細胞外結構域多肽的多肽序列具有不超過10、9、8、7、或6個氨基酸殘基(例如，不超過1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10個氨基酸殘基)的差異，并且(b)包括至少一個氨基酸取代，其中所述至少一個氨基酸取代包括S70F，其中根據SEQ ID NO: 159對多個氨基酸殘基位置進行編號。在另一個方面，本發明提供了一種分離或重組的突變CTLA-4多肽，該突變CTLA-4多肽包括一個多肽序列，該多肽序列(a)與在SEQ ID N0:159中所示的人類CTLA-4細胞外結構域的多肽序列具有不超過11、10、9、8、7、或6個氨基酸殘基(例如，不超過1、2、3、4、5、
6、7、8、9、10、或11個氨基酸殘基)的差異，并且(b)包括至少一個氨基酸取代，該取代在對應于相對 SEQ ID NO: 159 的位置 24、30、32、50、54、55、56、64、65、70、或 85 的一個氨基酸殘基位置上，其中該突變CTLA-4多肽具有結合⑶80或⑶86或二者之一的一個細胞外結構域的能力，和/或具有阻抑或抑制一種免疫應答的能力。在另一個方面，本發明提供了一種分離或重組的多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列(a)與在SEQ ID N0:31所示的多肽序列具有不超過10、9、8、7、或6個氨基酸殘基(例如，不超過1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10個氨基酸殘基)的差異，并且(b)包括以下的至少一項:在對應于SEQ ID NO: 31的位置50的一個位置上的一個甲硫氨酸殘基、在對應于SEQ ID NO:31的位置54的一個位置上的一個賴氨酸殘基、在對應于SEQ ID NO:31的位置55的一個位置上的一個谷氨酸殘基、在對應于SEQ ID NO:31的位置64的一個位置上的一個脯氨酸殘基、在對應于SEQ ID NO: 31的位置65的一個位置上的一個絲氨酸殘基、在對應于SEQ ID NO:31的位置70的一個位置上的一個苯丙氨酸殘基，其中根據SEQ ID N0:31對多個氨基酸殘基位置進行編號，并且該多肽結合CD80和/或CD86、和/或二者之一的或兩者的一個ECDjP /或抑制一種免疫應答。
在另一個方面，本發明提供了一種分離或重組的融合蛋白二聚體，該融合蛋白二聚體包括經由至少一個二硫鍵連接的兩個單體融合蛋白，該二硫鍵在每個單體突變融合蛋白中存在的兩個半胱氨酸殘基之間形成，其中每個單體融合蛋白包括(a) —種多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的至少一個多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的一致性，該組的構成為:SEQ ID NOS:1至73，以及(b) —種Ig Fe多肽，其中該融合蛋白具有結合CD80和/或CD86、和/或CD80-1g和/或CD86_Ig的能力，和/或具有抑制或阻抑一種免疫應答的能力。在另一個方面，本發明提供了一種分離或重組的融合蛋白二聚體，該融合蛋白二聚體包括兩個單體融合蛋白，每個這種單體融合蛋白包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的至少一個多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的序列一致性，該組的構成為:SEQ ID NOS:74至79、197至200、205至214、以及219至222，其中該多肽結合CD80和/或CD86、和/或它的一個細胞外結構域，和/或阻抑一種免疫應答，或它們的一個互補的多核苷酸序列。在另一個方面，本發明提供了一種分離或重組的融合蛋白二聚體，該融合蛋白二聚體包括兩個單體融合蛋白，其中每個單體融合蛋白包括:(I) 一種多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列與選自下組的一個多肽序列具有不超過10、9、8、7、或6個氨基酸殘基(例如，不超過1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10個氨基酸殘基)的差異，該組的構成為:SEQ IDNOS:1至73，并且其中在該多肽序列中在位置41、50、54、55、56、64、65、70或85上的氨基酸殘基是與在所述所選擇的多肽序列的對應位置上的氨基酸殘基相同的，以及(2) —種IgFe多肽，其中該融合蛋白二聚體結合CD80和/或CD86，和/或抑制一種免疫應答。在另一個方面，本發明提供了一種分離或重組的融合蛋白二聚體，該融合蛋白二聚體包括兩個單體融合蛋白，其中每個單體融合蛋白包括:(I) 一種突變CTLA-4細胞外結構域多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列(i)與在SEQ ID勵:159的人類(:1'1^-4細胞外結構域的多肽序列具有不超過10、9、8、7或6個氨基酸殘基(如，不超過1、2、3、4、5、6、
7、8、9或10個氨基酸殘基)的差異，并且(ii)包括至少一個氨基酸取代，該取代是在對應于相對SEQ ID NO: 159的位置50、54、55、56、64、65、70或85的氨基酸位置；以及(2) —種Ig Fe多肽，其中該融合蛋白二聚體結合CD80和/或CD86，和/或阻抑或抑制一種免疫應答。一些此類融合蛋白二聚體在相對SEQ ID NO: 159的多個氨基酸位置上包括一個或多個取代，這個或這些取代選自下組，其構成為:A50M、M54K、G55E、N56D、S64P、I65S、以及S70F ；以及⑵一種Ig Fe多肽，該Ig Fe多肽可任選地是IgG2Fc多肽，其中該突變CTLA-4-1g二聚體結合h⑶80或h⑶86，和/或阻抑或抑制一種免疫應答。在另一個方面，本發明提供了一種分離或重組的多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的一個多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的序列一致性，該組的構成為:SEQ ID NO: 26,SEQ ID NO: 36,SEQ ID NO: 38,SEQ ID NO: 50、以及 SEQID NO:56，其中該多肽(i)結合⑶80和/或⑶86、或二者之一的或兩者的一個細胞外結構域，和/或(ii)阻抑一種免疫應答。在另一個方面，本發明提供了一種分離或重組的多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的一種多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%或100%的序列一致性，該組的構成為:SEQ ID NOS: 74至79、197至200、205至214、以及219至222，其中該多肽(i)結合CD80和/或CD86、或二者之一的或兩者的一個細胞外結構域，(ii)結合一種⑶80-1 g融合蛋白和/或⑶86-1 g融合蛋白，和/或(iii)阻抑一種免疫應答。還提供了一種分離或重組的融合蛋白二聚體，該二聚體包括經由至少一個二硫鍵連接的兩個單體融合蛋白，該二硫鍵在每個單體突變 融合蛋白中存在的兩個半胱氨酸殘基之間形成，其中每個單體融合蛋白包括(a) —種多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的至少一個多肽序列至少95%的一致性，該組的構成為:SEQ ID NO: 79,SEQ ID NO: 197,SEQ ID NO: 198,SEQ ID NO: 199、以及 SEQ ID NO: 200，以及(b) 一種 Ig Fe多肽，其中該融合蛋白具有(i)結合CD80和/或CD86、和/或CD80和/或CD86的一個細胞外結構域的能力，( )結合⑶80-1g和/或⑶86-1g的能力，和/或(iii)具有抑制或阻抑一種免疫應答的能力。在另一個方面，本發明提供了一種分離或重組的核酸，該核酸包括一個多核苷酸序列，該多核苷酸序列編碼了包括一種多肽序列的一種多肽，該多肽序列具有與選自下組的至少一個多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的序列一致性，該組的構成為:SEQ ID勵5:1至79、197至200、205至214，以及219至222，其中該多肽結合0)80和/或CD86、和/或二者之一的或兩者的一個細胞外結構域，和/或具有阻抑一種免疫應答的能力，或它的一個互補的多核苷酸序列。在另一個方面，本發明提供了一種分離或重組的核酸，該核酸包括一個多核苷酸序列，該多核苷酸序列編碼了包括一種多肽序列的一種融合蛋白，該多肽序列具有與選自下組的至少一個多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的序列一致性，該組的構成為:SEQ ID NOS: 74至79、197至200、205至214、以及219至222，其中該多肽結合CD80和/或CD86、和/或它的一個細胞外結構域，和/或阻抑一種免疫應答，或它的一個互補的多核苷酸序列。在另一個方面，本發明提供了一種分離或重組的核酸，該核酸包括:(a) 一個多核苷酸序列，該多核苷酸序列具有與選自下組的至少一個多核苷酸序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的序列一致性，該組的構成:SEQ ID NOS:80至158,201至204、223、以及224 ； (b) (a)的一個互補的多核苷酸序列；或(c) (a)或(b)的任何多核苷酸序列的一個片段，其中該核酸編碼了一種多肽，該多肽結合CD80和/或CD86、和/或二者之一的或兩者的一個細胞外結構域，和/或具有阻抑或抑制一種免疫應答的能力。在另一個方面，本發明提供了一種分離或重組的核酸，該核酸包括一個多核苷酸序列，該多核苷酸序列編碼了包括一個多肽序列的一種多肽，(a)該多肽序列與選自下組的一個多肽序列具有不超過10、9、8、7、或6個氨基酸殘基(例如，不超過1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10個氨基酸殘基)的差異，該組的構成為:SEQ ID NOS:1至73，并且(b)其中在該多肽序列中在位置41、50、54、55、56、64、65、70、或85位置上的氨基酸殘基是與在選自下組的所述多肽序列的對應位置上的氨基酸殘基相同的，該組的構成為=SEQ ID N0S:1至73，其中該多肽結合CD80和/或CD86、和/或二者之一者的或二者的細胞外結構域，和/或抑制一種免疫應答，或它的一個互補的多核苷酸序列。在另一個方面，本發明提供了一種分離或重組的核酸，該核酸包括一個多核苷酸序列，該多核苷酸序列編碼了包括一個多肽序列的一種多肽，該多肽序列(a)與在SEQ IDNO: 159中所示的人類CTLA-4細胞外結構域的多肽序列具有不超過10、9、8、7、或6個氨基酸殘基(例如，不超過1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10個氨基酸殘基)的差異，并且(b)包括至少一個氨基酸取代，該取代在對應于相對SEQ ID N0:159的位置50、54、55、56、64、65、70、或85的一個氨基酸位 置上，其中所述多肽具有結合⑶80和/或⑶86、和/或二者之一的一個細胞外結構域的能力，和/或具有阻抑或抑制一種免疫應答的能力，或它的一個互補的多核苷酸序列。
在另一個方面,本發明提供了一種分離或重組的核酸,該核酸包括一個多核苷酸序列，該多核苷酸序列編碼了包括一個多肽序列的一種多肽，該多肽序列具有(i)與選自下組的一個多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的序列一致性，該組的構成為:SEQ ID N0S:1至73，以及(ii) 一個苯丙氨酸殘基，該苯丙氨酸殘基在對應于所述選自下組的多肽序列的位置70的一個氨基酸位置上，該組的構成為:SEQ ID NO:1至73，其中該多肽結合hCD80和/或hCD86、或它的一個ECD，和/或抑制一種免疫應答，其中該氨基酸取代可任選地包括S70F,或它的一個互補的多核苷酸序列。在另一個方面，本發明提供了一種分離或重組的核酸，該核酸包括一個多核苷酸序列，該多核苷酸序列編碼了包括兩個多肽的一種重組多肽二聚體，其中每個這種多肽包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的一個序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的一致性，該組的構成為:SEQ ID勵3:1至73，其中該二聚體結合110)80和/或110)86，和/或抑制一種免疫應答，或其它的一根互補的多核苷酸序列。在另一個 方面，本發明提供了一種分離或重組的核酸，該核酸包括一個多核苷酸序列，該多核苷酸序列編碼了一種融合蛋白，該融合蛋白包括(a) —種多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的至少一個多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%或100%的一致性，該組的構成為:SEQ ID NOS:1至73，以及(b) —種Ig多肽，其中該融合蛋白結合CD80和/或CD86，和/或具有阻抑一種免疫應答的能力，或它的一個互補的多核苷酸序列。在另一個方面，本發明提供了一種分離或重組的核酸，該核酸包括一個多核苷酸序列，該多核苷酸序列編碼了包括一個多肽序列的一種多肽，該多肽序列(a)與在SEQ IDN0:31中所示的多肽序列具有不超過10、9、8、7、或6個氨基酸殘基(例如，不超過1、2、3、4、
5、6、7、8、9、或10個氨基酸殘基)的差異，并且(b)包括以下的至少一項:在對應于SEQ IDNO: 31的位置50的一個位置上的一個甲硫氨酸殘基、在對應于SEQ ID NO: 31的位置54的一個位置上的一個賴氨酸殘基、在對應于SEQ ID NO:31的位置55的一個位置上的一個谷氨酸殘基、在對應于SEQ ID NO:31的位置64的一個位置上的一個脯氨酸殘基、在對應于SEQID NO:31的位置65的一個位置上的一個絲氨酸殘基、在對應于SEQ ID N0:31的位置70的一個位置上的一個苯丙氨酸殘基，其中SEQ ID NO:31對多個氨基酸殘基位置進行編號，并且該多肽結合CD80和/或CD86，和/或抑制一種免疫應答，或它的一個互補的多核苷酸序列。在另一個方面，本發明提供了一種表達載體，該表達載體包括:(i) 一個第一多核苷酸序列，該第一多核苷酸序列編碼了一種第一多肽，該第一多肽包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的至少一個多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的一致性，該組的構成為:SEQ ID NOS:1至73，其中所述第一多肽結合人類⑶86和/或人類⑶80、和/或二者之一的或兩者的一個細胞外結構域，和/或阻抑一種免疫應答，以及(ii) 一個第二多核苷酸序列，該第二多核苷酸序列編碼了一種第二多肽，該第二多肽包括一種免疫球蛋白(Ig)多肽的一個鉸鏈區、一個CH2結構域、以及一個CH3結構域，該Ig多肽可任選地是人類IgG2Fc多肽。在另一個方面，本發明提供了一種分離或重組的宿主細胞，該宿主細胞用編碼了一種融合蛋白的一種核酸進行轉染，該核酸包括:(i) 一個第一核苷酸序列，該第一核苷酸序列編碼了包括一種多肽序列的一種第一多肽，該多肽序列具有與選自下組的至少一個多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的一致性，該組的構成為:SEQ ID NOS:1至73，其中所述第一多肽具有結合人類CD86和/或人類CDSOJP /或二者之一的或兩者的一個細胞外結構域的能力，和/或具有阻抑一種免疫應答的能力；以及(ii) 一個第二核苷酸序列，該第二核苷酸序列編碼了一種第二多肽，該第二多肽包括一種免疫球蛋白(Ig)多肽的一個鉸鏈區、一個CH2結構域、以及一個CH3結構域，該Ig多肽可任選地是人類IgG2Fc多肽，其中該宿主細胞可表達該融合蛋白。在另一個方面，本發明提供了阻抑一種免疫應答的方法，所述方法包括將一種B7-陽性細胞與一個有效量的本發明的至少一種多肽、偶聯物、核酸、載體、或細胞進行接觸以阻抑一種免疫應答，其中一種免疫應答由此受到阻抑。在另一個方面，本發明提供了調整表達了⑶28和/或CTLA-4的多個T細胞與多個B7-陽性細胞的相互作用的方法，該方法包括將B7-陽性細胞與一個有效量的本發明的至少一種多肽、偶聯物、核酸、載體、或細胞繼續擰接觸以調整多個B7-陽性細胞與多個⑶28-陽性T細胞和/或多個CTLA-4-陽性T細胞的相互作用，其中該多個B7-陽性細胞與多個⑶28-陽性T細胞和/或多個CTLA-4-陽性T細胞的相互作用受到調整。在另一個方面，本發明提供了抑制多個⑶28-陽性T細胞和/或多個CTLA-4-陽性T細胞與多個B7-陽性細胞的相互作用的方法，該方法包括將多個B7-陽性細胞與一個有效量的本發明的至少一種多肽、偶聯物、核酸、載體、或細胞進行接觸，其中該多個CD28-陽性T細胞和/或多個CTLA-4-陽性T細胞與多個B7-陽性細胞的相互作用受到抑制。

在另一個方面，本發明提供了在一位受試者體內抑制多個CD28-陽性T細胞與多個B7-陽性細胞的相互作用的方法，該方法包括對一位受試者給予一個有效量的本發明的至少一種多肽、偶聯物、核酸、載體、或細胞，其中在該受試者體內的多個內源性CD28-陽性T細胞與多個內源性B7-陽性細胞的相互作用受到阻抑。在另一個方面，本發明提供了治療患有一種免疫系統疾病或紊亂的一位受試者的方法，該疾病或紊亂通過多個內源性T細胞與表達CD80和/或CD86的多個內源性細胞的相互作用調整的，所述方法包括對需要這種治療的一位受試者給予一個治療有效量的本發明的至少一種多肽、偶聯物、核酸、載體、或細胞，其中這種或這些在多個內源性T細胞與表達所述CD80和/或所述CD86的多個內源性細胞之間的相互作用受到抑制，由此治療在該受試者體內的免疫系統疾病或紊亂。在另一個方面，本發明提供了抑制一位受方受試者對于來自一個供方的一個組織或器官移植體的排斥的方法，該方法包括對需要該方法的受方受試者給予一個治療有效量的本發明的至少一種多肽、偶聯物、核酸、載體、或細胞，由此阻抑受方受試者對于該組織或器官移植體的排斥。在另一個方面，本發明提供了制備一種融合蛋白的方法，該方法包括:(1)在一種培養基中培養用一種核酸轉化的一種宿主細胞，其中該核酸包括:(i) 一個第一核苷酸序列，該第一核苷酸序列編碼了一種多肽，該多肽具有與SEQ ID N0S:1至73中任何一個的一個多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%或100%的一致性，該多肽結合CD86和/或CD80、和/或⑶86或⑶80之一的一個細胞外結構域，以及(ii) 一個第二核苷酸序列，該第二核苷酸序列編碼了一種Ig多肽，該Ig多肽包括一個鉸鏈區、CH2結構域、以及CH3結構域，由此表達了該核酸并且產生了一種融合蛋白；并且(2)回收該融合蛋白。還提供了生產一種多肽的方法，該方法包括將本發明的一種核酸引入到多個細胞的一個群體之中，其中該核酸被可操作地連接到有效生產由該核酸所編碼的多肽的一個調節序列上；在一種培養基中培養這些細胞以生產該多肽；并且將該多肽從這些細胞或培養基中分離。還提供了多種組合物，這些組合物包括本發明的一種分子(例如，突變CTLA-4分子)以及一種賦形劑、載體、或稀釋劑。還包括了多種藥物組合物，這些誒藥物組合物包括本發明的一種分子以及一種藥學上可接受的賦形劑、載體、或稀釋劑。本發明涉及下述各項。1.一種分離或重組的CTLA-4多肽，該多肽包括與在SEQ ID NO: 159中所示的人類CTLA-4細胞外結構域的多肽序列具有達到15個氨基酸殘基差異的一個多肽序列，其中該分離或重組的CTLA-4多肽具有結合⑶80或⑶86或二者之一的一個細胞外結構域的能力，和/或具有阻抑或抑制一種免疫應答的能力。2.根據項I所述的一種分離或重組的多肽，該多肽具有與SEQ ID NO: 36的多肽序列至少90%的序列一致性。3.根據項2所述的一種分離或重組的多肽，該多肽具有與SEQ ID NO: 36的多肽序列至少95%的序列一致性。4.根據項3所述的一種分離或重組的多肽，該多肽包括SEQ ID NO:36的多肽序列。5.根據項I所述的一種分離或重組的多肽，該多肽具有與SEQ ID N0:50的多肽序列至少90%的序列一致 性。6.根據項5所述的一種分離或重組的多肽，該多肽具有與SEQ ID NO: 50的多肽序列至少95%的序列一致性。7.根據項6所述的一種分離或重組的多肽，該多肽包括SEQ ID NO:50的多肽序列。8.如以上項中任一項所述的多肽，其中⑶80是人類⑶80并且⑶86是人類⑶86。9.如以上項中任一項所述的多肽，其中該多肽包括長度為124個氨基酸殘基的一個多肽序列。10.如以上項中任一項所述的多肽，該多肽包括一個氨基酸取代，該取代在選自下組的一個氨基酸位置上，該組的構成為:對應于相對SEQ ID N0:159的位置50、54、55、56、64、65、70、或85的多個氨基酸位置。11.如以上項中任一項所述的多肽，該多肽包括兩個氨基酸取代，這些取代在選自下組的多個氨基酸位置上，該組的構成為:對應于相對SEQ ID NO: 159的位置50、54、55、56、64、65、70、或85的多個氨基酸位置。12.如以上項中任一項所述的多肽，該多肽包括三個氨基酸取代，這些取代在選自下組的多個氨基酸位置上，該組的構成為:對應于相對SEQ ID NO: 159的位置50、54、55、56、64、65、70、或85的多個氨基酸位置。13.如以上項中任一項所述的多肽，該多肽包括四個氨基酸取代，這些取代在選自下組的多個氨基酸位置上，該組的構成為:對應于相對SEQ ID NO: 159的位置50、54、55、56、64、65、70、或85的多個氨基酸位置。14.如項10至13中任一項所述的多肽，該多肽包括一個在相對SEQ ID NO: 159的位置70上的氨基酸取代。15.根據如項14所述的多肽，其中該在相對SEQ ID NO: 159的位置70上的氨基酸取代是S70F。16.如項10至15中任一項所述的多肽，該多肽進一步包括一個在相對SEQ IDNO: 159的位置104上的氨基酸取代。17.如項16所述的多肽，其中該在相對SEQ ID NO: 159的位置104上的氨基酸取代是L104E。 18.如項10至17中任一項所述的多肽，該多肽進一步包括一個在相對SEQ IDNO: 159的位置30上的氨基酸取代。19.如項18所述的多肽，其中該在相對SEQ ID NO: 159的位置30上的取代是T30N/D/A。20.如項19所述的多肽，其中該在相對SEQ ID NO: 159的位置30上的取代是T30N。21.如項10至20中任一項所述的多肽，該多肽包括一個在相對SEQ ID NO: 159的位置64上的氨基酸取代。22.如項21所述的多肽，其中該在相對SEQ ID NO: 159的位置64上的氨基酸取代是 S64P。23.如項10至22中任一項所述的多肽，該多肽包括一個在相對SEQ ID NO: 159的位置50上的氨基酸取代。24.如項23所述的多肽，其中該在相對SEQ ID NO: 159的位置50上的氨基酸取代是A50M。25.如項10至24中任一項所述的多肽，該多肽包括一個在相對SEQ ID NO: 159的位置54上的氨基酸取代。26.根據如項25所述的多肽，其中該在相對SEQ ID NO: 159的位置54上的氨基酸取代是M54K/V。27.如項26所述的多肽，其中該在相對SEQ ID NO: 159的位置54上的氨基酸取代是 M54K。28.如項10至17中任一項所述的多肽，該多肽包括一個在相對SEQ ID NO: 159的位置65上的氨基酸取代。29.如項28所述的多肽，其中該在相對SEQ ID NO: 159的位置65上的氨基酸取代是 I65S。30.如項10至17中任一項所述的多肽，該多肽包括一個在相對SEQ ID N0:159的位置56上的氨基酸取代。31.如項30所述的多肽，其中該在相對SEQ ID NO: 159的位置56上的氨基酸取代是 N56D。32.如項10至17中任一項所述的多肽，該多肽包括一個在相對SEQ ID NO: 159的位置55上的氨基酸取代。
33.如項32所述的多肽，其中該在相對SEQ ID NO: 159的位置55上的氨基酸取代是 G55E。34.如項10至17中任一項所述的多肽，該多肽包括一個在相對SEQ ID NO: 159的位置85上的氨基酸取代。35.如項34所述的多肽，其中該在相對SEQ ID NO: 159的位置55上的氨基酸取代是 M85A。36.如項10至17中任一項所述的多肽，該多肽進一步包括一個在相對SEQ IDNO: 159的位置24上的氨基酸取代。37.如項36所述的多肽，其中該在相對SEQ ID NO: 159的位置24上的氨基酸取代是A24E/S。38.如項37所述的多肽，其中該在相對SEQ ID NO: 159的位置24上的氨基酸取代是A24E。39.如以上項中任一項所述的多肽，其中該多肽具有對于CD86或它的一個細胞外結構域的一種結合親和力，該結合親和力是大約等于或大于一種單體人類CTLA-4細胞外結構域對于CD86或CD86細胞外結構域的結合親和力。40.如以上項中任一項所述的多肽，其中該多肽具有對于⑶80或它的一個細胞外結構域的一種結合親和力，該結合親和力大于一種單體人類CTLA-4細胞外結構域對于⑶80或⑶80細胞外結構域的結合親和力。41.如以上項中任一項所述的多肽，其中該多肽具有阻抑一種免疫應答的能力。42.如以上項中任一項所述的多肽，其中該多肽具有抑制T細胞活化或T細胞增殖的能力。43.一種分離或重組的多肽多聚體，該多肽多聚體包括至少兩個如以上項中任一項所述的多肽。44.一種分離或重組的融合蛋白，該融合蛋白包括(a)如項I至42中任一項所述的一種多肽，以及(b) —種第二多肽，其中該第二多肽是一種IgFc多肽，并且其中該融合蛋白具有結合CD80和/或CD86、或二者之一的或兩者的一個細胞外結構域的能力，和/或調整或調節一種免疫應答的能力。45.一種分離或重組的二聚體融合蛋白，該二聚體融合蛋白包括兩個根據項44所述的單體融合蛋白。46.一種分離或重組的核酸，該核酸包括一個核苷酸序列，該核苷酸序列編碼了如項I至42中任一項所述的一種多肽、項43所述的一種多聚體、項44所述的一種融合蛋白、或項45所述的一種二聚體融合蛋白。47.一種載體，該載體包括如項46所述的一種核酸。48.一種分離或重組的宿主細胞，該宿主細胞包括:(a)如項I至42中任一項所述的一種多肽；(b)如項43所述的一種多聚體；(c)如項44所述的一種融合蛋白；(d)如項45所述的一種二聚體融合蛋白；(e)如項46所述的一種核酸； 和/或。
(f)如項47所述的一種載體。49.一種藥物組合物，該藥物組合物包括一種藥學上可接受的賦形劑或藥學上可接受的載體、以及以下的一項或多項:(a)如項I至42中任一項所述的一種多肽；(b)如項43所述的一種多聚體；(c)如項44所述的一種融合蛋白；(d)如項45所述的一種二聚體融合蛋白；(e)如項46所述的一種核酸；(f)如項47所述的一種載體；和/或。(g)如項48所述的一種宿主細胞。50.用于阻抑一種免疫應答的一種方法，所述方法包括將一種B7-陽性細胞與一個有效量的以下的至少一項進行接觸:(a)如項I至42中任一項所述的一種多肽；(b)如項43所述的一種多聚體；(c)如項44所述的一種融合蛋白；(d)如項45所述的 一種二聚體融合蛋白；(e)如項46所述的一種核酸；(f)如項47所述的一種載體；和/或。(g)如項48所述的一種宿主細胞以阻抑一種免疫應答，其中一種免疫應答由此受到阻抑。51.如項I至42中任一項所述的一種多肽、項43所述的一種多聚體、項44所述的一種融合蛋白、項45所述的一種二聚體融合蛋白、項46所述的一種核酸、項47所述的一種載體、和/或項48所述的一種宿主細胞,用于阻抑一種免疫應答。52.如項I至42中任一項所述的一種多肽、項43所述的一種多聚體、項44所述的一種融合蛋白、項45所述的一種二聚體融合蛋白、項46所述的一種核酸、項47所述的一種載體、和/或項48所述的一種宿主細胞，在制造用于阻抑一種免疫應答的藥物中的用途。53.一種分離或重組的多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的至少一種多肽序列至少95%的序列一致性，該組的構成為:SEQ ID NOS:1至73，其中該多肽結合CD80或CD86或二者之一的一個細胞外結構域，和/或具有阻抑或抑制一種免疫應答的能力。54.如項53所述的多肽，其中⑶80是人類⑶80并且⑶86是人類⑶86。55.如項53至54中任一項所述的多肽，其中該多肽具有阻抑或抑制一種免疫應答的能力。56.如項53至55中任一項所述的多肽，其中該多肽具有抑制T細胞活化的能力。57.如項53至55中任一項所述的多肽，其中該多肽具有抑制T細胞增殖的能力。58.如項53至57中任一項所述的多肽，其中該多肽與CTLA-4相比具有阻抑或抑制一種免疫應答的更大的能力。59.如項53所述的多肽，其中該多肽具有抑制T細胞活化或T細胞增殖的一種能力，該能力大于人類CTLA-4抑制T細胞活化或T細胞增殖的能力。
60.如項53所述的多肽，其中該多肽具有抑制T細胞活化或T細胞增殖的能力，該能力大于人類CTLA-4的一種細胞外結構域對T細胞活化或T細胞增殖進行抑制的能力。61.如項53至57中任一項所述的多肽，其中該多肽具有抑制一種免疫應答的一種能力，該能力大于包括了在SEQ ID NO: 168中所示的多肽序列的一種LEA29Y多肽抑制一種免疫應答的能力。62.如項53至61中任一項所述的多肽,其中該多肽包括一個多肽序列,該多肽序列具有與選自下組的至少一種多肽序列至少96%、97%、98%、或99%的序列一致性，該組的構成為:SEQ ID N0S:1 至 73。63.如項53至62中任一項所述的多肽，其中該多肽包括選自下組的一個多肽序列，該組的構成為:SE Q ID N0S:1至73。64.一種分離或重組的多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的至少一種多肽序列至少95%的序列一致性，該組的構成為:SEQ ID NOS:1至73，其中該多肽結合一個單體人類CD80或單體人類CD86或二者之一的一個細胞外結構域。65.如項64所述的多肽，其中該多肽具有對于單體人類CD86的一種結合親和力，該結合親和力是大約等于或大于單體人類CTLA-4對于單體人類CD86的結合親和力。66.如項64所述的多肽，其中該多肽具有對于單體人類CD86的一種結合親和力，該結合親和力是大約等于或大于單體人類CTLA-4對于單體人類CD86的結合親和力。67.如項65所述的多肽，其中該多肽具有對于單體人類CD86的一種結合親和力，該結合親和力是大約等于或大于單體人類CTLA-4對于單體人類CD86的結合親和力。68.如項64至67中任一項所述的多肽，其中該多肽與單體人類CTLA-4相比具有阻抑一種免疫應答的更大的能力、抑制T細胞活化的更大的能力、和/或抑制T細胞增殖的更大的能力。69.一種分離或重組的多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的至少一種多肽序列至少95%的序列一致性，該組的構成為:SEQ ID NOS:1至73，其中該多肽具有對于一個人類CD86細胞外結構域或人類CD80細胞外結構域的一種結合親和力，該結合親和力對應地是大約等于或大于一種人類CTLA-4細胞外結構域對于該人類CD86細胞外結構域或人類CD80細胞外結構域的結合親和力，并且其中該多肽可任選地具有阻抑一種免疫應答的能力。70.如項69所述的多肽，其中該多肽具有對于該人類CD86細胞外結構域的一種結合親和力，該結合親和力大于該人類CTLA-4細胞外結構域對于該人類CD86細胞外結構域的結合親和力。71.如項70所述的多肽，其中該多肽具有對于該人類CD80細胞外結構域的一種結合親和力，該結合親和力大于該人類CTLA-4細胞外結構域對于該人類CD80細胞外結構域的結合親和力。72.如項69至71中任一項所述的多肽，其中該多肽與該人類CTLA-4細胞外結構域相比具有阻抑一種免疫應答的更大的能力、抑制T細胞活化的更大的能力、和/或抑制T細胞增殖的更大的能力。73.如項53所述的多肽，其中該突變多肽包括長度為124個氨基酸殘基的一個多肽序列。
74.一種分離或重組的突變CTLA-4多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列(a)與在SEQ ID NO: 159中所示的人類CTLA-4細胞外結構域的多肽序列具有不超過11個、不超過10個、不超過9個、不超過8個、不超過7個、或不超過6個氨基酸殘基的
差異，并且(b)包括至少一個氨基酸取代，該取代是在對應于相對SEQ ID NO: 159的位置24、30、32、50、54、55、56、64、65、70、或85的一個氨基酸殘基位置上，其中該突變CTLA-4多肽具有結合⑶80或⑶86或二者之一的一個細胞外結構域的能力，和/或具有阻抑或抑制一種免疫應答的能力。75.如項74所述的多肽，其中⑶80是人類⑶80并且⑶86是人類⑶86。76.如項74所述的多肽，其中該突變多肽包括長度為124個氨基酸殘基的一個多肽序列。77.如項74所述的多肽，該多肽包括兩個氨基酸取代，這些取代是在選自下組的多個氨基酸位置上，該組的構成為:對應于相對SEQ ID N0:159的位置24、30、32、50、54、55、56、64、65、70、85、或104的多個氨基酸位置。78.如項74所述的多肽，該多肽包括三個氨基酸取代，這些取代是在選自下組的多個氨基酸位置上，該組的構成為:對應于相對SEQ ID N0:159的位置24、30、32、50、54、55、56、64、65、70、85、或104的多個氨基酸位置。79.如項74所述的多肽，該多肽包括四個氨基酸取代，這些取代是在選自下組的多個氨基酸位置上，該 組的構成為:對應于相對SEQ ID N0:159的位置24、30、32、50、54、55、56、64、65、70、85、或104的多個氨基酸位置。80.如項74所述的多肽，該多肽包括一個在相對SEQ ID NO: 159的位置70上的氨
基酸取代。81.如項80所述的多肽，其中該在相對SEQ ID NO: 159的位置70上的氨基酸取代是 S70F。82.如項74至81中任一項所述的多肽，該多肽進一步包括一個在相對SEQ IDNO: 159的位置104上的氨基酸取代。83.如項82所述的多肽，其中該在相對SEQ ID NO: 159的位置104上的氨基酸取代是L104E。84.如項74至83中任一項所述的多肽，該多肽進一步包括一個在相對SEQ IDNO: 159的位置30上的氨基酸取代。85.如項84所述的多肽，其中該在相對SEQ ID NO: 159的位置30上的取代是T30N/D/A。86.如項85所述的多肽，其中該在相對SEQ ID NO: 159的位置30上的取代是T30N。87.如項74至86中任一項所述的多肽，該多肽包括一個在相對SEQ ID NO: 159的位置64上的氨基酸取代。88.如項87所述的多肽，其中該在相對SEQ ID NO: 159的位置64上的氨基酸取代是 S64P。89.如項74至88中任一項所述的多肽，該多肽包括一個在相對SEQ ID NO: 159的位置50上的氨基酸取代。90.如項89所述的多肽，其中該在相對SEQ ID NO: 159的位置50上的氨基酸取代是A50M。91.如項74至83中任一項所述的多肽，該多肽包括一個在相對SEQ ID NO: 159的位置54上的氨基酸取代。92.如項91所述的多肽，其中該在相對SEQ ID NO: 159的位置54上的氨基酸取代是 M54K/V。93.如項92所述的多肽，其中該在相對SEQ ID NO: 159的位置54上的氨基酸取代是 M54K。94.如項74至83中任一項所述的多肽，該多肽包括一個在相對SEQ ID NO: 159的位置65上的氨基酸取代。95.如項94所述的多肽，其中該在相對SEQ ID NO: 159的位置65上的氨基酸取代是 I65S。
96.如項74至83中任一項所述的多肽，該多肽包括一個在相對SEQ ID NO: 159的位置56上的氨基酸取代。97.如項96所述的多肽，其中該在相對SEQ ID NO: 159的位置56上的氨基酸取代是 N56D。98.如項74至83中任一項所述的多肽，該多肽包括一個在相對SEQ ID NO: 159的位置55上的氨基酸取代。99.如項98所述的多肽，其中該在相對SEQ ID NO: 159的位置55上的氨基酸取代是 G55E。100.如項74至83中任一項所述的多肽，該多肽包括一個在相對SEQ ID NO: 159的位置85上的氨基酸取代。101.如項100所述的多肽，其中該在相對SEQ ID NO: 159的位置55上的氨基酸取代是M85A。102.如項74至83中任一項所述的多肽，該多肽進一步包括一個在相對SEQ IDNO: 159的位置24上的氨基酸取代。103.如項102所述的多肽，其中該在相對SEQ ID NO: 159的位置24上的氨基酸取代是 A24E/S。104.如項103所述的多肽，其中該在相對SEQ ID NO: 159的位置24上的氨基酸取代是A24E。105.如項74至104中任一項所述的多肽，其中該多肽具有對于⑶86或它的一個細胞外結構域的一種結合親和力，該結合親和力是大約等于或大于一種單體人類CTLA-4細胞外結構域對于CD86或CD86細胞外結構域的結合親和力。106.如項74至105中任一項所述的多肽，其中該多肽具有對于⑶80或它的一個細胞外結構域的一種結合親和力，該結合親和力大于一種單體人類CTLA-4細胞外結構域對于⑶80或⑶80細胞外結構域的結合親和力。107.如項74至106中任一項所述的多肽，其中該多肽具有阻抑一種免疫應答的能力。
108.如項74至107中任一項所述的多肽，其中該多肽具有抑制T細胞活化或T細胞增殖的能力。109.一種分離或重組的多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列包括:(i)與由SEQ ID N0S:1至73所構成的組中選出的一個多肽序列至少95%的序列一致性，以及(ii)一個苯丙胺酸殘基，該苯丙胺酸殘基在對應于由SEQ ID N0S:1至73所構成的組中選出的所述多肽序列的位置70的氨基酸位置上，其中該多肽具有結合⑶80和/或⑶86、或二者之一的或兩者的一個細胞外結構域的能力，和/或具有阻抑或抑制一種免疫應答的能力。110.如項109所述的多肽，其中該多肽包括以下的一項或多項:在對應于位置24的一個氨基酸位置上的一個谷氨酸殘基；在對應于對應位置30的一個氨基酸位置上的一個天冬酰胺殘基；在對應于位置32的一個氨基酸位置上的一個異亮氨酸殘基；在對應于位置50的一個氨基酸位置上的一個甲硫氨酸殘基；在對應于位置54的一個氨基酸位置上的一個賴氨酸殘基；在對應于位置55的一個氨基酸位置上的一個谷氨酸殘基；

在對應于位置56的一個氨基酸位置上的一個天冬氨酸殘基；在對應于位置64的一個氨基酸位置上的一個脯氨酸殘基；在對應于位置65的一個氨基酸位置上的一個絲氨酸殘基；以及在對應于位置104的一個氨基酸位置上的一個谷氨酸殘基；111.一種分離或重組的突變CTLA-4多肽，該多肽結合⑶80和/或⑶86、和/或二者之一的或兩者的一個細胞外結構域，和/或可阻抑一種免疫應答，所述多肽包括一個多肽序列，該多肽序列:(a)與在SEQ ID NO: 159中所示的人類CTLA-4細胞外結構域多肽的多肽序列具有不超過6個氨基酸殘基的差異，并且(b)包括至少一個氨基酸取代，其中所述至少一個氨基酸取代包括S70F，其中根據SEQ ID NO: 159對多個氨基酸殘基位置進行編號。112.如項111所述的多肽，該多肽進一步包括至少一個氨基酸取代，該氨基酸取代選自下組，其構成為:A24E、T30N、V321、D41G、A50M、M54K、G55E、N56D、S64P、I65S、M85A、L104E、以及 I106F。113.一種分離或重組的多肽，該多肽包括選自下組的一個多肽序列，該組的構成為:SEQ ID NOS:1至79，或任何所述多肽序列的一個片段，其中所述片段結合⑶80和/或CD86、和/或二者之一的或兩者的一個細胞外結構域，和/或具有阻抑或抑制一種免疫應答的能力。114.如項113所述的多肽，其中該片段結合人類CD80以及人類CD86和/或它們對應的細胞外結構域。115.如項53至114中任一項所述的多肽，其中該多肽是一種可溶性多肽。116.一種分離或重組的蛋白，該蛋白包括:(a)如項53至115中任一項所述的一種多肽，以及(b)協助該多肽的分泌的一種肽。
117.如項116所述的蛋白，其中該肽是一種信號肽。118.如項117所述的蛋白，其中該信號肽包括一種氨基酸序列，該氨基酸序列具有與SEQ ID NO: 182或SEQ ID NO:216的氨基酸序列至少95%的序列一致性。119.如項118所述的蛋白，其中該信號肽包括SEQ ID N0:182或SEQ ID N0:216
的氨基酸序列。120.一種分離或重組的蛋白，該蛋白包括如項53至115中任一項所述的一種多肽，以及一個跨膜結構域。121.如項120所述的蛋白，其中該跨膜結構域包括一個氨基酸序列，該氨基酸序列與包括SEQ ID NO: 160的氨基酸殘基162至182的一個氨基酸序列具有至少95%的一致性。122.如項121所述的蛋白，其中該跨膜結構域包括SEQ ID NO: 160的氨基酸殘基162 至 182。123.如項120所述的蛋白，該蛋白進一步包括一個胞質域。124.如項122所述的蛋白，其中該胞質域包括一個氨基酸序列，該氨基酸序列與包括SEQ ID NO: 160的氨基酸殘基183至223的一個氨基酸序列具有至少95%的一致性。125.如項124所述的蛋白，其中該胞質域包括一個氨基酸序列，該氨基酸序列包括SEQ ID NO: 160的氨基酸殘基183至223。126.如項120至125中任一項所述的蛋白，該蛋白進一步包括一種信號肽。127.如項53至115中任一項所述的多肽或如項116至126中任一項所述的蛋白，其中該多肽的氨基酸殘基中的一個或多個被糖基化。128.如項53至115或127中任一項所述的多肽或如項116至127中任一項所述
的蛋白，其中該多肽的氨基酸殘基中的一個或多個被聚乙二醇化。129.一種分離或重組的多肽多聚體，該多肽多聚體包括至少兩個如項53至115中任一項所述的多肽或至少兩個項116至128中任一項所述的蛋白。130.如項129所述的多聚體，其中該至少兩個多肽中的所有都是相同的。131.如項129所述的多聚體，其中該多聚體是可阻抑或抑制一種免疫應答的。132.如項129所述的多聚體，其中該多聚體是可抑制T細胞活化或T細胞增殖的。133.如項129所述的多聚體，其中該多聚體包括四個多肽。134.一種分離或重組的多肽二聚體，該二聚體包括兩個如項53至115中任一項所述的多肽。135.如項134所述的二聚體，其中該二聚體是一種同型二聚體。136.如項 134所述的二聚體，其中該二聚體是一種異型二聚體。137.如項134所述的二聚體，其中該二聚體是可阻抑或抑制一種免疫應答的。138.如項134所述的二聚體，其中該二聚體是可抑制T細胞活化或T細胞增殖的。139.一種分離或重組的多肽二聚體，該多肽二聚體包括兩個如項53至115中任一項所述的多肽，其中該二聚體具有對于人類CD86或它的一個細胞外結構域的一種結合親合力，該結合親合力對應地是大約等于或大于包括兩個人類CTLA-4細胞外結構域的一個二聚體對于人類CD86或它的一個細胞外結構域的結合親合力。140.一種分離或重組的多肽二聚體，該多肽二聚體包括兩個如項53至115中任一項所述的多肽，其中該二聚體具有對于人類CD80或它的一個細胞外結構域的一種結合親合力，該結合親合力對應地是大約等于或大于包括兩個人類CTLA-4細胞外結構域的一個二聚體對于人類CD80或它的一個細胞外結構域的結合親合力。141.如項139所述的二聚體，其中該二聚體具有對于人類⑶80或它的一個細胞外結構域的一種結合親合力，該結合親合力對應地是大約等于或大于包括兩個人類CTLA-4細胞外結構域的一個二聚體對于人類CD80或它的一個細胞外結構域的結合親合力。142.如項140所述的二聚體，其中該二聚體具有對于人類⑶86或它的一個細胞外結構域的一種結合親合力，該結合親合力對應地是大于包括兩個LEA29Y多肽的一個二聚體對于人類CD86或它的一個細胞外結構域的結合親合力，其中每個LEA29Y多肽包括在SEQ ID NO: 168中所示的多肽序列。143.如項140所述的二聚體，其中該二聚體以一個速率從結合的人類⑶86或它的一個細胞外結構域中解離，該速率對應地是小于包括兩個人類CTLA-4細胞外結構域的一個二聚體從結合的人類CD86或它的一個細胞外結構域中解離的速率。144.如項140所述的二聚體，其中該二聚體以一個速率從結合的人類⑶86或它的一個細胞外結構域中解離，該速率對應地是小于包括兩個LEA29Y多肽的一個二聚體從結合的人類CD86或它的一個細胞外結構域中解離的速率，其中每個LEA29Y多肽包括在SEQID NO: 168中所示的多肽序列。145.如項140所述的二聚體，其中該二聚體以一個速率與人類⑶86或它的一個細胞外結構域相結合，該速率對應地是大于包括兩個人類CTLA-4細胞外結構域的一個二聚體與人類CD86或它的一個細胞 外結構域相結合的速率。146.如項140所述的二聚體，其中該二聚體以一個速率與人類⑶86或它的一個細胞外結構域相結合，該速率對應地是大于包括兩個LEA29Y多肽的一個二聚體與人類CD86或它的一個細胞外結構域相結合的速率，其中每個LEA29Y多肽包括在SEQ ID N0:168中所示的多肽序列。147.一種分離或重組的多肽二聚體，該多肽二聚體包括兩個如項53至115中任一項所述的多肽，其中包括兩個人類CTLA-4細胞外結構域或兩個LEA29Y多肽的一個二聚體相比該二聚體具有阻抑一種免疫應答的更大的能力。148.如項147所述的二聚體，其中該二聚體與包括兩個人類CTLA-4細胞外結構域的一個二聚體相比具有抑制T細胞活化或T細胞增殖的更大的能力。149.一種分離或重組的多肽二聚體，該二聚體包括兩個如項53至115中任一項所述的多肽，其中該二聚體具有一個CD86平衡解離常數(KD)，該CD86平衡解離常數小于包括了兩個人類CTLA-4細胞外結構域或兩個LEA29Y多肽的一種二聚體的CD86平衡解離常數(Kd)0150.一種分離或合成的偶聯物，該偶聯物包括:(a)如項I至115中任一項所述的一種多肽，以及(b)共價地附連至該多肽上的一個非多肽部分。151.如項150所述的偶聯物，其中該偶聯物結合了⑶80或⑶86或二者之一的一個細胞外結構域。152.如項151所述的偶聯物，其中⑶80是人類⑶80并且⑶86是人類⑶86。
153.如項150所述的偶聯物，該偶聯物包括至少兩個非多肽部分。154.如項153所述的偶聯物，其中該非多肽部分是一個糖分子。155.如項154所述的偶聯物，其中該糖分子是附連于一個N-糖基化位點上的。156.如項150所述的偶聯物，其中該非多肽部分是一種聚合物。157.如項156所述的偶聯物，其中該聚合物是一個聚乙二醇部分。158.如項157所述的偶聯物，其中該聚乙二醇部分是共價地附連于該多肽的一個半胱氨酸殘基上的。159.如項157所述的偶聯物，該偶聯物包括共價地附連于該多肽的一個賴氨酸殘基上的一個聚乙二醇部分。160.如項159所述的偶聯物，該偶聯物包括共價地附連于該多肽的N-端氨基基團上的一個聚乙二醇部分。161.一種分離或重組的融合蛋白，該融合蛋白包括(a) —個第一多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的至少一種多肽序列至少95%的一致性，該組的構成為:SEQ ID N0S:1至73，以及(b) —個第二多肽，其中該第二多肽是一個Ig Fe多肽，其中該融合蛋白具有結合CD80和/或CD86、或二者之一的或兩者的一個細胞外結構域的一種能力，和/或調整或調節一種免疫應答的能力。162.如項161所述的融合蛋白，其中該融合蛋白調整或調節了 T細胞的活化或增殖或細胞因子的產生。

163.如項161或162所述的融合蛋白，其中該第二多肽是直接地與該第一多肽進行融合的。164.如項161或162所述的融合蛋白，其中該第二多肽是與一個連接物氨基酸序列進行融合的，該氨基酸序列是與該第一多肽進行融合的。165.如項161所述的融合蛋白，其中該第二多肽是與該第一多肽的C-端進行融合的。166.如項161所述的融合蛋白，其中該第二多肽包括一個Ig重鏈恒定區的一個或多個結構域。167.如項161所述的融合蛋白，其中該第二多肽包括一種Ig多肽的一個鉸鏈區、CH2結構域、以及CH3結構域。168.如項161所述的融合蛋白，其中該Ig Fe多肽是一種野生型人類IgFc多肽或一種突變Ig Fe多肽。169.如項161所述的融合蛋白，其中該第二多肽包括一種人類Ig多肽的一個鉸鏈區、CH2結構域、以及CH3結構域。170.如項169所述的融合蛋白，其中該人類Ig多肽是一種人類IgG多肽，該人類IgG2多肽可任選地是人類IgG2Fc多肽。171.一種分離或重組的融合蛋白二聚體，該融合蛋白二聚體包括經由至少一個二硫鍵連接的兩個單體融合蛋白，該二硫鍵在每個單體突變融合蛋白中存在的兩個半胱氨酸殘基之間形成，其中每個單體融合蛋白包括(a) —個多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的至少一個多肽序列至少95%的一致性，該組的構成為:SEQ IDNOS:1至73，以及(b) —個Ig Fe多肽，其中該融合蛋白二聚體具有結合⑶80和/或⑶86、和/或⑶80-1g和/或⑶86-1g的能力，和/或具有抑制或阻抑一種免疫應答的能力。172.一種分離或重組的融合蛋白二聚體，該融合蛋白二聚體包括兩個單體融合蛋白，其中每個這種單體融合蛋白包括:(1) 一個多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列與選自下組的一種多肽序列具有不超過10、9、8、7或6個氨基酸殘基的差異，該組的構成為:SEQ ID N0S:1至73，并且其中在該多肽序列中在位置24、30、32、41、50、54、55、56、64、65、70、或85上的氨基酸殘基是與在所述所選擇的多肽序列的對應位置上的氨基酸殘基相同的，以及⑵一個Ig Fe多肽，其中該融合蛋白二聚體結合CD80和/或CD86，和/或抑制一種免疫應答。173.一種分離或重組的融合蛋白二聚體，該融合蛋白二聚體包括兩個單體融合蛋白，其中每個單體融合蛋白包括:(I)一個突變CTLA-4細胞外結構域多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列(i)與在SEQ ID NO: 159中所示的人類CTLA-4細胞外結構域的多肽序列具有不超過10、9、8、7、或6個氨基酸殘基的差異，并且(ii)包括至少一個氨基酸取代，該取代是在對應于 相對SEQ ID NO: 159的位置24、30、32、50、54、55、56、64、65、70、或85的一個氨基酸位置上；以及⑵一個Ig Fe多肽，其中該融合蛋白二聚體結合CD80和/或CD86、和/或阻抑或抑制一種免疫應答。174.一種分離或重組的突變CTLA-4-1g融合蛋白二聚體，該融合蛋白二聚體包括兩個突變CTLA-4-1g融合蛋白單體，其中每個突變CTLA-4-1g融合單體包括:(I) 一個突變CTLA-4-E⑶多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列(a)與在SEQ ID NO: 159中所示的人類CTLA-4細胞外結構域的多肽序列具有不超過10、9、8、7、或6個氨基酸殘基的差異，并且(b)包括在相對于SEQ ID NO: 159的多個氨基酸位置上的一個或多個取代，這種或這些取代選自下組，其構成為:A50M、M54K、G55E、N56D、S64P、I65S、以及S70F ;以及(2) —個Ig Fe多肽，該Ig Fe多肽可任選地是IgG2Fc多肽，其中該突變CTLA-4-1g 二聚體結合了h⑶80或h⑶86，和/或阻抑或抑制一種免疫應答。175.一種分離或重組的融合蛋白二聚體，該融合蛋白二聚體包括兩個如項161至171以及314至316中任一項所述的單體融合蛋白，其中這兩個單體融合蛋白是經由以下各項連接的:(i)在兩個半胱氨酸殘基之間形成的至少一個二硫鍵，其中每個半胱氨酸殘基是存在于這兩個第一多肽之一中的，和/或(ii)在兩個半胱氨酸殘基之間形成的至少一個二硫鍵，其中每個半胱氨酸殘基是存在于這兩個第二多肽之一中的。176.如項171、172、173、或174所述的融合蛋白二聚體，其中該融合蛋白二聚體具有對于人類CD86或它的一個細胞外結構域或hCD86-1g的一種結合親合力，該結合親合力對應地是大于一種融合蛋白二聚體對于人類⑶86或它的一種細胞外結構域或h⑶86-1g的結合親合力，該融合蛋白二聚體包括兩個單體融合蛋白，各自包括與一種Ig多肽進行融合的一種野生型人類CTLA-4細胞外結構域。177.如項171、172、173、或174所述的融合蛋白二聚體，其中該融合蛋白二聚體具有對于人類CD86或它的一個細胞外結構域或hCD86-1g的一種結合親合力，該結合親合力對應地是大于一種CTLA-4-1gG2融合蛋白二聚體對于人類⑶86或它的一種細胞外結構域或h⑶86-1g的結合親合力，其中該CTLA-4-1gG2融合蛋白二聚體包括兩個單體CTLA-4-1gG2融合蛋白，每個CTLA-4-1gG2融合蛋白包括SEQ ID NO: 162的多肽序列。178.如項171、172、173、或174所述的融合蛋白二聚體，其中該融合蛋白二聚體具有對于人類CD86或它的一個細胞外結構域或hCD86-1g的一種結合親合力，該結合親合力對應地是至少等于或大于一種人類CTLA-4-1g融合蛋白二聚體對于人類⑶86或它的一個細胞外結構域或hCD86-1g的結合親合力，其中該人類CTLA-4-1g融合蛋白二聚體包括兩個融合蛋白單體，每個這種單體包括SEQ ID NO: 164的多肽序列。179.如項171、172、173、或174所述的融合蛋白二聚體，其中該融合蛋白二聚體具有對于人類CD86或它的一個細胞外結構域或hCD86-1g的一種結合親合力，該結合親合力對應地是至少等于或大于一種LEA29Y-1g融合蛋白二聚體對于人類⑶86或它的一個細胞外結構域或hCD86-1g的結合親合力，其中該LEA29Y-1g融合蛋白二聚體包括兩個單體LEA29Y-1g融合蛋白，各自包括SEQ ID N0:166的多肽序列。180.如項171、172、173、或174所述的融合蛋白二聚體，其中該融合蛋白二聚體具有一種能力來阻抑一種免疫應答、抑制T細胞活化、或抑制T細胞增殖，該能力是至少等于或大于一種融合蛋白的能力，該融合蛋白包括兩個單體融合蛋白，這兩個單體融合蛋白各自包括與一種Ig多肽進行融合的一個野生型人類CTLA-4細胞外結構域。181.如項171、172、173、或174所述的融合蛋白二聚體，其中該融合蛋白二聚體具有一種能力來阻抑一種免疫應答、抑制T細胞活化、或抑制T細胞增殖，該能力是至少等于或大于一種CTLA-4-1gG2融合蛋白 二聚體阻抑一種免疫應答、抑制T細胞活化、或抑制T細胞增殖的能力，該CTLA-4-1gG2融合蛋白二聚體包括兩個單體融合蛋白，這兩個單體融合蛋白各自具有SEQ ID NO: 162的多肽序列。182.如項171、172、173、或174所述的融合蛋白二聚體，其中該融合蛋白二聚體具有一種能力來阻抑一種免疫應答、抑制T細胞活化、或抑制T細胞增殖，該能力是至少等于或大于一種人類CTLA-4-1g融合蛋白二聚體阻抑一種免疫應答、抑制T細胞活化、或抑制T細胞增殖的能力，其中該人類CTLA-4-1g融合蛋白二聚體包括兩個融合蛋白單體，每個這種單體包括SEQ ID NO: 164的多肽序列。183.如項171、172、173、或174所述的融合蛋白二聚體，其中該融合蛋白二聚體以一個速率從結合的人類CD86或它的一個細胞外結構域或hCD86-1g中解離，該速率是對應地小于包括兩個人類CTLA-4細胞外結構域的一種融合蛋白二聚體從結合的人類CD86或它的一個細胞外結構域或hCD86-1g中解離的速率。184.如項171、172、173、或174所述的融合蛋白二聚體，其中該融合蛋白二聚體以一個速率從結合的人類CD86或它的一個細胞外結構域或hCD86-1g中解離，該速率是對應地小于一種CTLA-4-1gG2融合蛋白二聚體從結合的人類⑶86或它的一個細胞外結構域或h⑶86-1g中解離的速率。185.如項171、172、173、或174所述的融合蛋白二聚體，其中該融合蛋白二聚體是以一個速率從結合的人類CD86或它的一個細胞外結構域或hCD86-1g中解離，該速率是對應地小于一種人類CTLA-4-1g融合蛋白二聚體從結合的人類⑶86或它的一個細胞外結構域或hCD86-1g中解離的速率，其中該人類CTLA-4-1g融合蛋白二聚體包括兩個融合蛋白單體,每個這種單體包括SEQ ID NO: 164的多肽序列。186.如項171、172、173、或174所述的融合蛋白二聚體，其中該融合蛋白二聚體以一個速率從結合的人類CD86或它的一個細胞外結構域或hCD86-1g中解離，該速率是對應地小于一種LEA29Y-1g融合蛋白二聚體從結合的人類CD86或它的一個細胞外結構域或h⑶86-1g中解離的速率，其中該LEA29Y-1g融合蛋白二聚體包括兩個融合蛋白，這兩個融合蛋白各自具有SEQ ID NO:166的序列。187.如項171、172、173、或174所述的融合蛋白二聚體，其中該融合蛋白二聚體以一個速率與人類CD86或它的一個細胞外結構域或hCD86-1g相結合，該速率是對應地至少等于或大于包括兩個人類CTLA-4細胞外結構域的一個融合蛋白二聚體與人類CD86或它的一個細胞外結構域或h⑶86-1g相結合的速率。188.如項171、172、173、或174所述的融合蛋白二聚體，其中該融合蛋白二聚體以一個速率與人類CD86或它的一種細胞外結構域或hCD86-1g相結合，該速率是對應地至少等于或大于一種CTLA-4-1gG2融合蛋白二聚體與人類⑶86或它的一個細胞外結構域(或hCD86-1g)相結合的速率。189.如項171、172、173、或174所述的融合蛋白二聚體，其中該融合蛋白二聚體以一個速率與人類CD86或它的一種細胞外結構域或hCD86-1g相結合，該速率是對應地至少等于或大于一種人類CTLA-4-1g融合蛋白二聚體與人類⑶86或它的一種細胞外結構域或h⑶86-1g相結合的速率，其中該人類CTLA-4-1g融合蛋白二聚體包括兩個融合蛋白單體，每個這種單體包括SEQ ID NO: 164的多肽序列。190.如項171、172、173、或174所述的融合蛋白二聚體，其中該融合蛋白二聚體以一個速率與人類CD86或它的一種細胞外結構域或hCD86-1g相結合，該速率是對應地至少等于或大于一種LEA29Y-1g融合蛋白二聚體與人類CD86或它的一種細胞外結構域或h⑶86-1 g相結合的速率。191.如項171、172、173、或174所述的融合蛋白二聚體，其中該融合蛋白二聚體具有一個⑶86平衡解離常數(KD)，該⑶86平衡解離常數小于包括了兩個人類CTLA-4細胞外結構域的一種融合蛋白二聚體的CD86平衡解離常數(KD)。192.如項171、1 72、173、或174所述的融合蛋白二聚體，其中該融合蛋白二聚體具有一個⑶86平衡解離常數(KD)，該⑶86平衡解離常數小于一種CTLA-4-1gG2融合蛋白二聚體的⑶86平衡解離常數(Kd)。193.如項171、172、173、或174所述的融合蛋白二聚體，其中該融合蛋白二聚體具有一個⑶86平衡解離常數(KD)，該⑶86平衡解離常數小于一種人類CTLA-4-1g融合蛋白二聚體的⑶86平衡解離常數(KD)，其中該人類CTLA-4-1g融合蛋白二聚體包括兩個融合蛋白單體，每個這種單體包括SEQ ID NO: 164的多肽序列。194.如項171、172、173、或174所述的融合蛋白二聚體，其中該融合蛋白二聚體具有一個⑶86平衡解離常數(KD)，該⑶86平衡解離常數小于一種LEA29Y-1g融合蛋白二聚體的⑶86平衡解離常數(Kd)。195.一種分離或重組的核酸，該核酸包括一個多核苷酸序列，該多核苷酸序列編碼了如項53至115中任一項所述的一種多肽、項161至171以及314至316中任一項所述的一種融合蛋白、或項172至194以及317中任一項所述的一種融合蛋白二聚體、或它的一個互補的多核苷酸序列。196.一種分離或重組的核酸，該核酸包括一個多核苷酸序列，該多核苷酸序列編碼了包括一個多肽序列的一種多肽，該多肽序列具有與選自下組的至少一個多肽序列至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、或至少99%的序列一致性，該組的構成為:SEQ ID NOS:1至79、197至200,205至214、以及219至222，其中該多肽具有結合CD80和/或CD86、和/或二者之一的或兩者的一個細胞外結構域的能力，和/或具有阻抑一種免疫應答的能力，或它的一個互補的多核苷酸序列。197.如項196所述的核酸，其中該核酸編碼了一種多肽，與一種人類CTLA-4單體或它的一個細胞外結構域相比，該多肽具有對應地對于人類CD86或它的一個細胞外結構域的更大的結合親和力。 198.一種分離或重組的核酸，該核酸包括一個多核苷酸序列，該多核苷酸序列編碼了包括一個多肽序列的一種融合蛋白，該多肽序列具有與選自下組的至少一種多肽序列至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、或至少99%的序列一致性，該組的構成為:SEQ IDNOS: 74至79、197至200,205至214、以及219至222，其中該多肽結合CD80和/或CD86、和/或它的一個細胞外結構域，和/或阻抑一種免疫應答，或它的一個互補的多核苷酸序列。199.一種分離或重組的核酸，該核酸包括:(a) —個多核苷酸序列，該多核苷酸序列具有與選自下組的至少一個多核苷酸序列至少95%的序列一致性，該組的構成為:SEQ IDN0S:80至158、201至204、223、以及224 ;(b) (a)的一個互補的多核苷酸序列；或(c) (a)或(b)的任何多核苷酸序列的一個片段，其中該核酸編碼了一種多肽，該多肽結合CD80和/或CD86、和/或二者之一的或兩者的一個細胞外結構域，和/或具有阻抑或抑制一種免疫應答的能力。200.一種分離或重組的核酸，該核酸包括一個多核苷酸序列，該多核苷酸序列編碼了一種多肽，該多肽包括一個多肽序列，(a)該多肽序列與選自下組的一個多肽序列具有不超過10、9、8、7、或6個氨基酸殘基的差異，該組的構成為:SEQ ID N0S:1至73，并且(b)其中在該多肽序列中在位置24、30、32、41、50、54、55、56、64、65、70、或85上的氨基酸殘基是與在所述選自下組的多肽序列的對應位置上的氨基酸殘基相同的，該組的構成為:SEQID NOS:1至73，其中該多肽結合⑶80和/或⑶86、和/或二者之一的或兩者的一個細胞外結構域，和/或抑制一種免疫應答，或它的一個互補的多核苷酸序列。201.一種分離或重組的核酸，該核酸包括一個多核苷酸序列，該多核苷酸序列編碼了包括一個多肽序列的一種多肽，該多肽序列(a)與在SEQ ID N0:159中所示的人類CTLA-4細胞外結構域的多肽序列具有不超過6個氨基酸殘基的差異，并且(b)包括至少一個氨基酸取代，該氨基酸取代是在對應于相對SEQ ID N0:159的位置30、32、50、54、55、56、64,65,70或85上的一個氨基酸位置，其中所述多肽具有結合⑶80和/或⑶86、和/或二者之一的一個細胞外結構域的能力，和/或具有阻抑或抑制一種免疫應答的能力，或它的一個互補的多核苷酸序列。202.如項201所述的核酸，其中所述核酸包括至少一個相對SEQ ID NO: 159的氨基酸取代，該氨基酸取代選自下組，其構成為:A50M、M54K、G55E、N56D、S64P、I65S、以及S70F，并且可任選地進一步包括至少一個相對SEQ ID NO: 159的氨基酸取代，該氨基酸取代選自下組，其構成為:L104E/D、T30N/D/A、以及V32I。203.一種分離或重組的核酸，該核酸包括一個多核苷酸序列，該多核苷酸序列編碼了包括一個多肽序列的一種多肽，該多肽序列具有(i)至少95%—致性的一個多肽序列，該多肽序列選自下組，其構成為:SEQ ID N0S:1至73，以及(ii) 一個苯丙氨酸殘基，該苯丙氨酸殘基在對應于所述選自下組的多肽序列的位置70的一個氨基酸位置上，該組的構成為:SEQ ID NOS:1至73，其中該多肽結合h⑶80和/或h⑶86或它的一個E⑶，和/或抑制一種免疫應答，其中所述氨基酸取代可任選地包括S70F，或它的一個互補的多核苷酸序列。204.一種分離或重組的核酸，該核酸包括一個多核苷酸序列，該多核苷酸序列編碼了一種重組多肽二聚體，該重組多肽二聚體包括兩個多肽，其中每個這種多肽包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的一個序列至少95%的一致性，該組的構成為:SEQID NOS:1至73，其中該二聚體結合h⑶80和/或h⑶86、和/或抑制一種免疫應答，或它的一種互補的多核苷酸序列。205.一種分離或重組的核酸，該核酸包括一個多核苷酸序列，該核苷酸序列編碼了一種融合蛋白，該融合蛋白包括(a) —種多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的至少一個多肽序列至少95%的一致性，該組的構成為:SEQ ID NOS:1至73，以及(b) —種Ig多肽，其中該融合蛋白結合CD80和/或CD86、和/或具有阻抑一種免疫應答的能力，或它的一個互補的多核苷酸序列。206.如項205所述的核酸，其中所述核酸編碼了一種融合蛋白二聚體。207.如項196所述的核酸，其中該核酸編碼了一種多肽，該多肽與一種人類CTLA-4單體或它的一個細胞外結構域相比具有阻抑一種免疫應答的更大的能力。208.如項207所述的核酸，其中該核酸編碼了一種多肽，該多肽與一種人類CTLA-4單體或它的一個細胞外結構域相比具有抑制T細胞活化或T細胞增殖的更大的能力。209.如項196所述的核酸，其中該核酸編碼了一種多肽，該多肽以一個速率從結合的人類CD86或它的一個細胞外結構域中解離，該速率是小于一種人類CTLA-4單體或它的一種細胞外結構域從結合的人類CD86或它的一種細胞外結構域中解離的速率。210.一種分離或重組的核酸，該核酸包括:(a) 一種多核苷酸序列,該多核苷酸序列具有與一種RNA多核苷酸序列至少95%的序列一致性，其中該RNA多核苷酸序列包括選自下組的一種DNA序列，該組的構成為:SEQID NOS:80至158、201至204、223、以及224，其中在該DNA序列中所有的胸腺嘧啶核苷酸殘基被尿嘧啶核苷酸殘基替換；(b) (a)的一個互補的多核苷酸序列；或(c) (a)或(b)的任何多核苷酸序列的一個片段，其中該核酸編碼了一種多肽，該多肽(i)結合⑶80和/或⑶86、和/或二者之一的或兩者的一個細胞外結構域，和/或(ii)具有阻抑一種免疫應答的能力，該免疫應答可任選地包括T細胞活化和/或T細胞增殖。211.如項195至210中任一項所述的核酸，該核酸進一步包括編碼了一種信號肽的一個核苷酸序列。212.一種分離或重組的核酸，該核酸包括一個多核苷酸序列，該多核苷酸序列編碼了包括一個多肽序列的一種多肽，該多肽 序列(a)與在SEQ ID N0:31中所示的多肽序列具有不超過6個氨基酸殘基的差異，并且(b)包括以下的至少一項:在對應于SEQ ID N0:31的位置50的一個位置上的一個甲硫氨酸殘基、在對應于SEQ ID NO:31的位置54的一個位置上的一個賴氨酸殘基、在對應于SEQ ID NO:31的位置55的一個位置上的一個谷氨酸殘基、在對應于SEQ ID NO:31的位置64的一個位置上的一個脯氨酸殘基、在對應于SEQ IDNO:31的位置65的一個位置上的一個絲氨酸殘基、在對應于SEQ ID NO:31的位置70的一個位置上的一個苯丙氨酸殘基，其中根據SEQ ID NO:31對多個氨基酸殘基位置進行編號，并且其中該多肽結合CD80和/或CD86、和/或二者之一的或兩者的一個ECDJP /或抑制一種免疫應答，或它的一個互補的多核苷酸序列。213.一種載體,該載體包括如項143至160中任一項所述的一種核酸、編碼了如項53至128以及312至313中任一項所述的一種多肽的一種核酸、編碼了如項129至133中任一項所述的一種多肽多聚體的一種核酸、編碼了如項134至149中任一項所述的一種多肽二聚體的一種核酸、編碼了如項150至160中任一項所述的一種偶聯物的一種核酸、編碼了如項161至171以及314至316中任一項所述的一種融合蛋白的一種核酸、或編碼了如項172至194以及317中任一項所述的一種融合蛋白二聚體的一種核酸。214.如項213所 述的載體，其中該載體是一種DNA載體。215.如項213所述的載體，其中該載體是一種RNA載體。216.如項213所述的載體，其中該核酸是可操作地連接至一個啟動子上的。217.如項213所述的載體，其中該載體是一種表達載體。218.如項217所述的載體,其中該表達載體包括在

圖1C中所示的質粒表達載體。219.如項213所述的載體，其中該載體是一種病毒載體、酵母載體、植物載體、細菌載體、或昆蟲載體。220.如項所述219的載體,其中該病毒載體是一種腺病毒載體。221.如項213所述的載體，其中該載體是一種質粒載體。222.如項213至221中任一項所述的載體，其中該載體進一步包括一種選擇性標記。223.一種表達載體,該載體包括:(i) 一個第一多核苷酸序列，該第一多核苷酸序列編碼了一種第一多肽，該第一多肽包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的至少一個多肽序列至少95%的一致性，該組的構成為:SEQ ID NOS:1至73，其中所述第一多肽結合人類CD86和/或人類CD80、和/或二者之一的或兩者的一個細胞外結構域，和/或阻抑一種免疫應答，以及(ii) 一個第二多核苷酸序列，該第二多核苷酸序列編碼了一種第二多肽，該第二多肽包括一種免疫球蛋白(Ig)多肽的一個鉸鏈區、一個CH2結構域、以及一個CH3結構域，該Ig多肽可任選地是人類IgG2Fc多肽。224.一種分離或重組的宿主細胞，該宿主細胞包括:(a)如項53至128以及312至313中任一項所述的一種多肽；(b)如項129至133中任一項所述的一種多聚體；(c)如項134至149中任一項所述的一種二聚體；(d)如項150至160中任一項所述的一種偶聯物；(e)如項161至171以及314至316中任一項所述的一種融合蛋白；(f)如項172至194以及317中任一項所述的一種融合蛋白二聚體；(g)如項195至212中任一項所述的一種核酸；和/或(h)如項213至223中任一項所述的一種載體。225.一種分離或重組的宿主細胞，該宿主細胞用如項143至160中任一項所述的一種核酸進行轉染或轉化。
226.一種分離或重組的宿主細胞，該宿主細胞用編碼了一種融合蛋白的一種核酸進行轉染，該核酸包括:(i) 一個第一核苷酸序列，該第一核苷酸序列編碼了包括一種多肽序列的一種第一多肽，該多肽序列具有與選自下組的至少一個多肽序列至少95%的一致性，該組的構成為:SEQ ID NOS:1至73，其中所述第一多肽具有結合人類⑶86和/或人類⑶80、和/或二者之一的或兩者的一個細胞外結構域的能力，和/或具有阻抑一種免疫應答的能力；以及(ii) 一個第二核苷酸序列，該第二核苷酸序列編碼了一種第二多肽，該第二多肽包括一種免疫球蛋白(Ig)多肽的一個鉸鏈區、一個CH2結構域、以及一個CH3結構域，該Ig多肽可任選地是人類IgG2Fc多肽，其中該宿主細胞是可表達該融合蛋白的。227.一種分離或重組分離的宿主細胞，該宿主細胞包括如項213至223中任一項所述的一種載體。228.一種分離的宿主細胞，該宿主細胞用根據項213至223中任一項所述的一種載體進行轉染或轉化。229.如項224至228中任一項所述的宿主細胞，其中該宿主細胞是一種真核細胞。230.如項229所述的宿主細胞，其中該宿主細胞是一種中國倉鼠卵巢(CHO)細胞或COS細胞。231.一種無限增殖化的細胞系，該細胞系包括:(a)如項53至128以及312至313中任一項所述的一種多肽；(b)如項129至133中任一項所述的一種多聚體；(c)如項134至149中任一項所述的一種二聚體；(d)如項150至160中任一項所述的一種偶聯物；(e)如項161至171以及314至316中任一項所述的一種融合蛋白；(f)如項172至194以及317中任一項所述的一種融合蛋白二聚體；(g)如項195至212中任一項所述的一種核酸；(h)如項213至223中任一項所述的一種載體；和/或(i)如項224至230中任一項所述的一種細胞。232.一種組合物，該組合物包括一種賦形劑或載體、以及以下的一項或多項:(a)如項53至128以及312至313中任一項所述的一種多肽；(b)如項129至133中任一項所述的一種多聚體；(c)如項134至149中任一項所述的一種二聚體；(d)如項150至160中任一項所述的一種偶聯物；(e)如項161至171以及314至316中任一項所述的一種融合蛋白；(f)如項172至194以及317中任一項所述的一種融合蛋白二聚體；(g)如項195至212中任一項所述的一種核酸；(h)如項213至223中任一項所述的一種載體。(i)如項224至230中任一項所述的一種細胞；和/或(j)如項231所述的一種細胞系。233.一種藥物組合物，該藥物組合物包括一種藥學上可接受的賦形劑或藥學上可接受的載體、以及以下的一項或多項:
(a)如項53至128以及312至313中任一項所述的一種多肽；(b)如項129至133中任一項所述的一種多聚體；(c)如項134至149中任一項所述的一種二聚體；(d)如項150至160中任一項所述的一種偶聯物；(e)如項161至171以及314至316中任一項所述的一種融合蛋白；(f)如項172至194以及317中任一項所述的一種融合蛋白二聚體；(g)如項195至212中任一項所述的一種核酸；(h)如項213至223中任一項所述的一種載體。(i)如項224至230中任一項所述的一種細胞；和/或(j)如項231所述的一種細胞系。234.阻抑一種免疫應答的一種方法，所述方法包括將一種B7-陽性細胞與一個有效量的以下的至少一項進行接觸:(a)如項53至128以及312至313中任一項所述的一種多肽；(b)如項129至133中任一項所述的一種多聚體；(c)如項134至 149中任一項所述的一種二聚體；(d)如項150至160中任一項所述的一種偶聯物；(e)如項161至171以及314至316中任一項所述的一種融合蛋白；(f)如項172至194以及317中任一項所述的一種融合蛋白二聚體；(g)如項195至212中任一項所述的一種核酸；(h)如項213至223中任一項所述的一種載體；和/或(i)如項224至230中任一項所述的一種細胞；以阻抑一種免疫應答，其中一種免疫應答由此受到阻抑。235.如項234所述的方法，其中該受到阻抑的免疫應答是一種T細胞應答。236.如項234所述的方法，其中該方法包括將一種B7-陽性細胞與所述多肽進行接觸，其中所述多肽結合在多個B7-陽性細胞上表達的B7-1、和/或結合了在多個B7-陽性細胞上表達的B7-2。237.調整了表達⑶28和/或CTLA-4的T細胞與B7-陽性細胞的相互作用的一種方法，該方法包括將B7-陽性細胞與一個有效量的以下的至少一項進行接觸:(a)如項53至128以及312至313中任一項所述的一種多肽；(b)如項129至133中任一項所述的一種多聚體；(c)如項134至149中任一項所述的一種二聚體；(d)如項150至160中任一項所述的一種偶聯物；(e)如項161至171以及314至316中任一項所述的一種融合蛋白；(f)如項172至194以及317中任一項所述的一種融合蛋白二聚體；(g)如項195至212中任一項所述的一種核酸；(h)如項213至223中任一項所述的一種載體；和/或(i)如項224至230中任一項所述的一種細胞；以調整B7-陽性細胞與⑶28-陽性T細胞和/或CTLA-4-陽性T細胞的相互作用，其中該B7-陽性細胞與⑶28-陽性T細胞和/或CTLA-4-陽性T細胞的相互作用受到了調節。238.抑制該⑶28-陽性T細胞和/或CTLA-4-陽性T細胞與B7-陽性細胞的相互作用的一種方法，該方法包括將B7-陽性細胞與一個有效量的以下的至少一項進行接觸:(a)如項53至128以及312至313中任一項所述的一種多肽；(b)如項129至133中任一項所述的一種多聚體；(c)如項134至149中任一項所述的一種二聚體；(d)如項150至160中任一項所述的一種偶聯物；(e)如項161至171以及314至316中任一項所述的一種融合蛋白；(f)如項172至194以及317中任一項所述的一種融合蛋白二聚體；(g)如項195至212中任一項所述的一種核酸；(h)如項213至223中任一項所述的一種載體；和/或(i)如項224至230中任一項所述的一種細胞；其中該⑶28-陽性T細胞和/或CTLA-4-陽性T細胞與B7-陽性細胞的相互作用受到抑制。 239.如項238所述的方法，其中T細胞的活化或增殖受到抑制。240.如項238所述的方法，其中這些B7-陽性細胞是抗原呈遞細胞。241.在一位受試者體內抑制該⑶28-陽性T細胞與B7-陽性細胞的相互作用的一種方法，所述方法包括對一個受試者給予一個有效量的以下的至少一項:(a)如項53至128以及312至313中任一項所述的一種多肽；(b)如項129至133中任一項所述的一種多聚體；(c)如項134至149中任一項所述的一種二聚體；(d)如項150至160中任一項所述的一種偶聯物；(e)如項161至171以及314至316中任一項所述的一種融合蛋白；(f)如項172至194以及317中任一項所述的一種融合蛋白二聚體；(g)如項195至212中任一項所述的一種核酸；(h)如項213至223中任一項所述的一種載體；和/或(i)如項224至230中任一項所述的一種細胞；其中在該受試者體內的該內源性⑶28-陽性T細胞與內源性B7-陽性細胞的相互作用受到抑制。242.如項241所述的方法，其中內源性⑶28-陽性T細胞與表達B7_2 (⑶86)或B7-1 (⑶80)的內源性B7-陽性細胞的相互作用受到抑制。243.如項241所述的方法，其中這些表達B7-2 (⑶86)和/或B7-1 (⑶80)的B7-陽性細胞以及B7-2 (CD86)和/或B7-1 (CD80)與CD28-陽性T細胞的相互作用受到抑制。244.如項243所述的方法，其中B7-2 (CD86)以及B7-1 (CD80)與CD28-陽性T細胞的相互作用受到抑制。245.在一位受試者體內阻抑一種免疫應答的一種方法,該方法包括對需要該方法的一位受試者給予一個治療有效量的以下的一項或多項:(a)如項53至128以及312至313中任一項所述的一種多肽；
(b)如項129至133中任一項所述的一種多聚體；(c)如項134至149中任一項所述的一種二聚體；(d)如項150至160中任一項所述的一種偶聯物；(e)如項161至171以及314至316中任一項所述的一種融合蛋白；(f)如項172至194以及317中任一項所述的一種融合蛋白二聚體；(g)如項195至212中任一項所述的一種核酸；(h)如項213至223中任一項所述的一種載體；和/或(i)如項224至230中任一項所述的一種細胞；由此在該受試者體內阻抑一種免疫應答。246.如項245所述的方法，其中一種可溶性融合蛋白二聚體是以一個治療有效量給予該受試者的，該治療有效量包括從大約0.001毫克每千克(mg/kg)該受試者體重至大約100毫克每千克(mg/kg)該受試者體重。247.如項246所述的方法，其中該可溶性融合蛋白二聚體的治療有效量包括從大約 0.0Olmg/kg 該受試者體重到至少約 0.005,0.01,0.025,0.05,0.1,0.2,0.3,0.4,0.5、0.6,0.7,0.8,0.9、1、1.5、2、3、4、5、6、7、8、9、10、25、或 50mg/kg 該受試者體重。248.如項245所述的方法，其中該多肽、融合蛋白、二聚體、多聚體、融合蛋白二聚體、核酸、載體、和/或細胞是在一種藥學上可接受的賦形劑或載體中給予該受試者的。249.如項245所述的方法，其中經胃腸外、皮下、或靜脈內給予該多肽、融合蛋白、二聚體、多聚體、融合蛋白二聚體、核酸、載體、和/或細胞。250.如項245所述的方法，其中該多肽、融合蛋白、二聚體、多聚體、融合蛋白二聚體、核酸、載體、和/或細胞是每個月一、二、三或四次經皮下給予的。251.如項245至250中任一項所述的方法，其中一種可溶性融合蛋白二聚體是在一種藥學上可接受的賦形劑或載體中以一種濃度給予該受試者的，該濃度是從大約0.0 lmg/ml至大約200mg/ml、大約0.lmg/ml至大約200mg/ml、大約I至大約200mg/ml、大約I至大約100mg/ml、大約5至大約75mg/ml、大約10至大約50mg/ml、大約25至大約50mg/ml、或大約 50mg/ml 至大約 100mg/ml。252如項245所述的方法，其中該多肽是一種可溶性多肽，該融合蛋白是一種可溶性融合蛋白，該二聚體是一種可溶性二聚體，該多聚體是一種可溶性多聚體，并且該融合蛋白二聚體是一種可溶性融合蛋白二聚體。253.在一位受試者體內阻抑一種免疫應答的一種方法，該方法包括對一位需要該方法的受試者給予一個治療有效量的一個第一免疫抑制劑或化合物，所述第一免疫抑制劑包括:(a)如項53至128以及312至313中任一項所述的一種多肽；(b)如項129至133中任一項所述的一種多聚體；

(c)如項134至149中任一項所述的一種二聚體；(d)如項150至160中任一項所述的一種偶聯物；(e)如項161至171以及314至316中任一項所述的一種融合蛋白；(f)如項172至194以及317中任一項所述的一種融合蛋白二聚體；(g)如項195至212中任一項所述的一種核酸；
(h)如項213至223中任一項所述的一種載體；和/或(i)如項224至230中任一項所述的一種細胞；由此在該受試者體內阻抑一種免疫應答。254.如項253所述的方法，該方法進一步包括給予一個有效量的至少一種額加的免疫抑制劑或治療劑。255.如項254所述的方法，其中該至少一種額加的免疫抑制劑或治療劑是選自下組，其構成為:一種緩解疾病的抗風濕藥(DMARD )、留體化合物、非留體化合物、水楊酸鈉或鎂、布洛芬、乙酰水楊酸、撲熱息痛、抗體、阻斷一種抗炎細胞因子產生的生物劑、依法珠單抗、抗炎劑或化合物、以及非留體抗炎藥物(NSAID)。256.如項25 4或255所述的方法，其中該至少一種額加的免疫抑制劑或治療劑是在一種藥學上可接受的賦形劑或載體中給予該受試者的。257.如項253至256中任一項所述的方法，其中該多肽、融合蛋白、二聚體、多聚體、融合蛋白二聚體、核酸、載體、和/或細胞是每天至少一次、每周至少一次、每雙周至少一次、或每月至少一次進行給予的。258.如項253至257中任一項所述的方法，其中該至少一種額加的免疫抑制劑或藥劑是(i)與給予該第一免疫抑制劑或化合物的同時；(ii)在給予該第一免疫抑制劑或化合物之后；或(iii)在給予該第一免疫抑制劑或化合物之前給予的。259.治療患有一種免疫系統疾病或紊亂的一位受試者的一種方法,該疾病或紊亂是通過內源性T細胞與表達⑶80和/或⑶86的內源性細胞的相互作用調整的，所述方法包括對需要這種治療的一位受試者給予一個治療有效量的以下各項:(a)如項53至128以及312至313中任一項所述的一種多肽；(b)如項129至133中任一項所述的一種多聚體；(c)如項134至149中任一項所述的一種二聚體；(d)如項150至160中任一項所述的一種偶聯物；(e)如項161至171以及314至316中任一項所述的一種融合蛋白；(f)如項172至194以及317中任一項所述的一種融合蛋白二聚體；(g)如項195至212中任一項所述的一種核酸；(h)如項213至223中任一項所述的一種載體；和/或(i)如項224至230中任一項所述的一種細胞；其中在內源性T細胞與表達所述⑶80和/或所述⑶86的內源性細胞之間的一種或多種相互作用受到抑制，由此治療該受試者體內的免疫系統疾病或紊亂。260.如項259所述的方法，其中⑶80是人類⑶80并且⑶86是人類⑶86。261.如項259所述的方法，其中是表達⑶28的內源性T細胞與表達⑶86的內源性細胞和/或表達CD80的內源性細胞之間的相互作用受到抑制。262.如項所述261的方法，其中⑶80是人類⑶80，⑶86是人類⑶86，并且⑶28是人類⑶28。263.如項259至262中任一項所述的方法，其中該免疫系統疾病或紊亂是一種自身免疫疾病或紊亂。264.如項263所述的方法，其中該免疫系統疾病或紊亂是選自下組，其構成為:關節炎、類風濕性關節炎、幼年型特發性關節炎(JIA)、系統性紅斑狼瘡(SLE)、銀屑病、銀屑病性關節炎、糖尿病、幼年型糖尿病、I型糖尿病、多發性硬化癥、克羅恩病、系統性硬皮病、潰瘍性結腸炎、炎癥性腸病(IBD)、韋格納氏肉芽腫病病、阿狄森氏病、格雷夫斯氏病、肌風濕病、風濕性疾病、強直性脊柱炎、重癥肌無力、以及ANCA-相關性脈管炎。265.如項259至264中任一項所述的方法，其中該多肽、融合蛋白、二聚體、偶聯物、融合蛋白二聚體、核酸、載體、和/或細胞是在一種藥學上可接受的賦形劑或載體中給予該受試者的。266.如項259中任一項所述的方法，其中一種可溶性融合蛋白二聚體是以一個治療有效量給予的，該治療有效量包括從大約0.001mg/kg該受試者體重至約大100mg/kg該患者體重。267.如項266所述的方法，其中該可溶性融合蛋白二聚體的治療有效量包括至少約 0.001、0.005、0.0U0.025、0.05、0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1、2、3、4、5、
6、7、8、9、10、25、50、75、或 100mg/kg 該受試者體重。268.如項266所述 的方法，其中該可溶性融合蛋白二聚體的治療有效量包括從大約 0.0Olmg/kg 該受試者體重到至少約 0.005,0.01,0.025,0.05,0.1,0.2,0.3,0.4,0.5、
0.6,0.7,0.8,0.9、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、25、50、75、或 100mg/kg 該受試者體重。269.如項259至268中任一項所述的方法，其中該多肽、融合蛋白、二聚體、偶聯物、融合蛋白二聚體、核酸、載體、和/或細胞是每天至少一次、每周至少一次、每雙周至少一次、或每月至少一次進行給予。270.制備一種多肽的一種方法，該方法包括在一種培養基中培養如項224至230中任一項所述的一種宿主細胞，并且回收由該細胞所表達的多肽。271.制備一種多肽的一種方法，該方法包括:(a)將如項195至212中任一項所述的一種核酸引入到多個細胞的一個群體之中，其中該核酸被可操作地連接到有效生產由該核酸所編碼的多肽的一個調節序列上；(b)在一種培養基中培養這些細胞以生產該多肽；并且(c)將該多肽從這些細胞或培養基中分離。272.一種經培養的細胞，其中已引入如項213至223中任一項所述的一種載體。273.一種經培養的細胞，其中已引入如項161至171中任一項所述的一種表達載體。274.制備一種融合蛋白的一種方法，該方法包括:(I)在一種培養基中培養用一種核酸轉化的一種宿主細胞，其中該核酸包括:(i)一種第一核苷酸序列，該第一核苷酸序列編碼了一種多肽，該多肽具有與選自下組的一個多肽序列至少95%的一致性，該組的構成為:SEQ ID N0S:1至73，該多肽結合⑶86和/或⑶80、和/或⑶86或⑶80之一的一個細胞外結構域，以及(ii) 一個第二核苷酸序列，該第二核苷酸序列編碼了一種Ig多肽，該Ig多肽包括一個鉸鏈區、CH2結構域、以及CH3結構域，該Ig多肽可任選地是人類IgG2Fc，由此表達了該核酸并且產生了一種融合蛋白；并且(2)回收該融合蛋白。275.如項274所述的方法，其中該核酸進一步包括一個第三核苷酸序列，該第三核苷酸序列編碼了可操作地連接至該融合蛋白上的一種分泌肽或信號肽，并且該融合蛋白是作為包括相同的第一以及第二融合蛋白的一種二硫鍵合的融合蛋白二聚體而從該宿主細胞中分泌的，并且該二硫鍵合的融合蛋白二聚體是從該培養基中回收的。276.如項275所述的方法，其中該二硫鍵合的融合蛋白二聚體是經由在該第一融合蛋白的一個半胱氨酸殘基與該第二融合蛋白的一個半胱氨酸殘基之間的一個共價二硫鍵而形成的。277.如項274所述的方法，其中該融合蛋白是從該培養基、宿主細胞、或宿主細胞周質中回收的。278.一種分離或重組的核酸，該核酸包括一個核苷酸序列，該核苷酸序列編碼了(i) 一個第一多肽，該第一多肽包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的至少一個多肽序列至少95%的序列一致性，該組的構成為:SEQ ID NOS:1至73，其中該第一多肽結合CD86和/或CD80、和/或二者之一的或兩者的一個細胞外結構域，以及(ii) 一個第二多肽，該第二多肽包括一種IgG多肽的一個鉸鏈區、CH2結構域、以及CH3結構域。279.如項278所述的核酸分子，其中該第二多肽包括SEQ ID NO: 184的多肽序列。280.一種表達載體，該載體包括如項278或279所述的核酸。281.如項280所述的表達載體,該表達載體進一步包括一個第三核苷酸序列，該第三核苷酸序列協助該第一多肽以及該第二多肽的表達。282.如項280所述的表達載體，該表達載體進一步包括一個第四核苷酸序列，該第四核苷酸序列協助該第二多肽的表達，其中該第三以及第四核苷酸序列是相同或不同的。283.一種宿主 細胞，該宿主細胞包括如項280、281、或282所述的表達載體。284.制備一種融合蛋白二聚體的一種方法，該方法包括培養如項283所述的宿主細胞。285.如項284所述的方法，其中該融合蛋白二聚體是從該宿主細胞培養基中回收的。286.如項285所述的方法，其中該二聚體是從該宿主細胞中回收的。287.如項285所述的方法，其中該二聚體是從該宿主細胞周質中回收的。288.抑制由一位受方受試者對于來自一個供方的一個組織、細胞、移植物、或器官的移植體的排斥的一種方法，該方法包括對其有需要的受方受試者給予一個治療有效量的以下各項:(a)如項53至128以及312至313中任一項所述的一種多肽；(b)如項129至133中任一項所述的一種多聚體；(c)如項134至149中任一項所述的一種二聚體；(d)如項150至160中任一項所述的一種偶聯物；(e)如項161至171以及314至316中任一項所述的一種融合蛋白；(f)如項172至194以及317中任一項所述的一種融合蛋白二聚體；(g)如項195至212中任一項所述的一種核酸；(h)如項213至223中任一項所述的一種載體；和/或(i)如項224至230中任一項所述的一種細胞；由此抑制該受方受試者對于該組織、細胞、移植物、或器官的移植體的排斥。
289.如項288所述的方法，其中將該多肽、融合蛋白、二聚體、多聚體、偶聯物、融合蛋白二聚體、核酸、載體、和/或細胞是在組織、細胞、移植物、或器官的移植之前、同時、或之后給予該受方受試者的。290.如項288所述的方法，其中該供方以及該受方受試者是相同的物種。291.如項288所述的方法，其中該供方以及該受方受試者是不同的物種。292.如項290所述的方法，其中該供方以及該受方受試者均是人類。293.如項288所述的方法，其中該有效量包括從大約0.001mg/kg該受試者體重至大約200mg/kg該受試者體重。294.如項293所述的方法，其中該有效量包括從大約0.001毫克每千克(mg/kg)該受試者體重到至少約 0.005,0.01,0.05,0.1,0.2,0.25,0.3,0.4,0.5,0.6,0.7,0.8,0.9、
1、2、3、4、5、10、15、25、50、75、100、125、150、或 175 毫克每千克(mg/kg)該受試者體重。295.如項294所述的方法，其中該有效量包括從大約0.001毫克每千克(mg/kg)該受試者體重到至少約0.005,0.01,0.05,0.1,0.2,0.25,0.5、1、2、3、4、或5毫克每千克(mg/kg)該受試者體重。296.如項288所述的方法，其中該多肽、融合蛋白、二聚體、偶聯物、融合蛋白二聚體、核酸、載體、和/或細胞是在組織、細胞、移植物、或器官的移植之后的那天并且在移植之后每周至少一次或每月至少一次，當需要時，達到12、24、或36或更多個月而進行給予。297.如項288所述的方法，其中該器官移植體是一種腎移植體、肝移植體、肺移植體、或心臟移植體。298.在一位受試者體內治療組織、細胞、移植物、或器官的移植體的排斥的一種方法，該方法包括對需要這種治療的一位受試者給予一個治療有效量的以下各項:(a)如項53至128以及312至313中任一項所述的一種多肽；(b)如項129至133中任一項所述的一種多聚體；(c)如項134至149中任一項所述的一種二聚體；(d)如項150至160中任一項所述的一種偶聯物；(e)如項161至171以及314至316中任一項所述的一種融合蛋白；(f)如項172至194以及317中任一項所述的一種融合蛋白二聚體；(g)如項195至212中任一項所述的一種核酸；(h)如項213至223中任一項所述的一種載體；和/或(i)如項224至230中任一項所述的一種細胞；由此減少或緩解由該受試者對該組織、細胞、移植物、或器官的移植體的排斥。299.如項298所述的方法，其中該多肽、融合蛋白、二聚體、多聚體、偶聯物、融合蛋白二聚體、核酸、載體、和/或細胞是在組織、細胞、移植物、或器官的移植之前、同時、或之后給予該受試者的。300.根據項53至128以及312至313中任一項所述的一種多肽、項129至133中任一項所述的一種多肽、項134至149中任一項所述的一種二聚體、項150至160中任一項所述的一種偶聯物、項161至171以及314至316中任一項所述的一種融合蛋白、項172至194以及317中任一項所述的一種融合蛋白二聚體、項195至212中任一項所述的一種核酸、項213至223中任一項所述的一種載體、 或項224至230中任一項所述的一種細胞，在制造用于在一個哺乳動物體內抑制或阻抑一種免疫應答的藥物中的用途。301.根據項300所述的用途，其中該免疫應答是一種T細胞應答。302.根據項53至128以及312至313中任一項所述的一種多肽、項129至133中任一項所述的一種多肽、項134至149中任一項所述的一種二聚體、項150至160中任一項所述的一種偶聯物、項161至171以及314至316中任一項所述的一種融合蛋白、項172至194以及317中任一項所述的一種融合蛋白二聚體、項195至212中任一項所述的一種核酸、項213至223中任一項所述的一種載體、或項224至230中任一項所述的一種細胞，在制造用于治療一種免疫系統疾病或紊亂的藥物中的用途。303.根據項302所述的用途，其中該免疫系統疾病或紊亂是通過在一個哺乳動物體內的T細胞與CD80-陽性細胞和/或CD86-陽性細胞的相互作用而介導的。304.根據項303所述的用途，其中該免疫系統疾病或紊亂是一種自身免疫疾病或自身免疫紊亂。

305.根據項302所述的用途，其中該免疫系統疾病或紊亂是選自下組，其構成為:關節炎、類風濕性關節炎、幼年型特發性關節炎(JIA)、系統性紅斑狼瘡(SLE)、銀屑病、銀屑病性關節炎、糖尿病、幼年型糖尿病、I型糖尿病、多發性硬化癥、克羅恩病、系統性硬皮病、潰瘍性結腸炎、炎癥性腸病(IBD)、韋格納氏肉芽腫病病、阿狄森氏病、格雷夫斯氏病、肌風濕病、風濕性疾病、強直性脊柱炎、重癥肌無力、以及ANCA-相關性脈管炎。306.根據項53至128以及312至313中任一項所述的一種多肽、項129至133中任一項所述的一種多肽、項134至149中任一項所述的一種二聚體、項150至160中任一項所述的一種偶聯物、項161至171以及314至316中任一項所述的一種融合蛋白、項172至194以及317中任一項所述的一種融合蛋白二聚體、項195至212中任一項所述的一種核酸、項213至223中任一項所述的一種載體、或項224至230中任一項所述的一種細胞，在制造用于在一個哺乳動物體內治療一種組織或器官移植排斥的藥物的用途。307.根據項53至128以及312至313中任一項所述的一種多肽、項129至133中任一項所述的一種多肽、項134至149中任一項所述的一種二聚體、項150至160中任一項所述的一種偶聯物、項161至171以及314至316中任一項所述的一種融合蛋白、項172至194以及317中任一項所述的一種融合蛋白二聚體、項195至212中任一項所述的一種核酸、項213至223中任一項所述的一種載體、或項224至230中任一項所述的一種細胞，在制造用于抑制CD80-陽性細胞和/或CD86-陽性細胞與CD28-陽性細胞和/或CTLA-4-陽性T細胞的相互作用的藥物的用途。308.如項172所述的多肽，其中在氨基酸位置24、30、32、41、50、54、55、56、64、65、70,85,104以及106上的這些氨基酸殘基是與在所述所選擇的多肽序列中的多個對應位置上的氨基酸殘基相同。309.一種分離或重組的融合蛋白二聚體，該融合蛋白二聚體包括兩個單體融合蛋白，每個這種單體融合蛋白包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的至少一種多肽序列至少95%的序列一致性，該組的構成為:SEQ ID N0S:74至79、197至200、205至214、以及219至222，其中該多肽結合CD80和/或CD86、和/或它的一個細胞外結構域，和/或阻抑一種免疫應答。310.一種分離或重組的多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列(a)與在SEQID NO:31中所示的多肽序列具有不超過6個氨基酸殘基的差異，并且(b)包括以下的至少一項:在對應于SEQ ID NO:31的位置50的一個位置上的一個甲硫氨酸殘基、在對應于SEQID NO:31的位置54的一個位置上的一個賴氨酸殘基、在對應于SEQ ID NO:31的位置55的一個位置上的一個谷氨酸殘基、在對應于SEQ ID NO:31的位置64的一個位置上的一個脯氨酸殘基、在對應于SEQ ID NO: 31的位置65的一個位置上的一個絲氨酸殘基、在對應于SEQ ID NO:31的位置70的一個位置上的一個苯丙氨酸殘基，其中根據SEQ ID NO:31對多個氨基酸殘基位置進行編號，并且該多肽結合CD80和/或CD86、和/或二者之一的或兩者的一個E⑶，和/或抑制一種免疫應答。311.一種分離或重組的多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列包括⑴與由SEQ ID N0S: 36至46以及55所構成的組中選出的一個多肽序列至少95%的序列一致性，以及(ii) 一個谷氨酸殘基，該谷氨酸殘基在所述選出的多肽序列的位置70的氨基酸位置上，其中該多肽(i)結合CD80和/或CD86、或二者之一的或兩者的一個細胞外結構域，和/或(ii)阻抑一種免疫應答。312.一種分離或重組的多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的一個多肽序列至少95%的序列一致性，該組的構成為:SEQ ID NO:26,SEQ ID NO:36、SEQ ID NO: 38,SEQ ID NO: 50、以及 SEQ ID NO: 56，其中該多肽(i)結合 CD80 和 / 或 CD86、或二者之一的或兩者的一個細胞外結構域，和/或(ii)阻抑一種免疫應答。313.一種分離或重組的多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的一個多肽序列至少95%的序列一致性，該組的構成為:SEQ ID NOS:74至79、197至200、205至214、以及219至222，其中該多肽(i)結合⑶80和/或⑶86、或二者之一的或兩者的一個細胞外結構域，( )結合一種⑶80-1g融合蛋白和/或一種⑶86-1g融合蛋白，和/或(i i i )阻抑一種免疫應答。314.如項161所述的分離或重組的融合蛋白，所述融合蛋白包括(a) —個第一多肽，該多肽包括一個多肽序列， 該多肽序列具有與選自下組的至少一種多肽序列至少95%的序列一致性，該組的構成為:SEQ ID NO:26,SEQ ID NO:36,SEQ ID NO:38,SEQ ID NO:50、以及SEQ ID N0:56，以及(b) —個第二多肽，其中該第二多肽是一種Ig Fe多肽，其中該融合蛋白具有結合CD80和/或CD86、或二者之一的或兩者的一個細胞外結構域的能力，和/或調整或調節一種免疫應答的能力。315.如項314所述的融合蛋白，其中該Ig Fe多肽是一種野生型人類IgFc多肽或一種突變Ig Fe多肽。316.如項314所述的融合蛋白，其中該Ig Fe多肽是一種人類IgG Fe多肽，該人類IgG2Fc多肽可任選地是人類IgG2Fc多肽。317.一種分離或重組的融合蛋白二聚體，該融合蛋白二聚體包括經由至少一個二硫鍵連接的兩個單體融合蛋白，該二硫鍵在每個單體突變融合蛋白中存在的兩個半胱氨酸殘基之間形成，其中每個單體融合蛋白包括(a) —種多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序具有與選自下組的至少一個多肽序列至少95%的一致性，該組的構成為:SEQ IDNO: 79、SEQ ID NO: 197、SEQ ID NO: 198、SEQ ID NO: 199、以及 SEQ ID NO: 200，以及(b) 一種Ig Fe多肽，其中該融合蛋白二聚體具有(i)結合CD80和/或CD86、和/或CD80和/或CD86的一個細胞外結構域的能力，(ii)結合CD80-1g和/或CD86_Ig的能力，和/或(iii )具有抑制或阻抑一種免疫應答的能力。318.如項263所述的方法，其中該免疫系統疾病或紊亂是選自下組，其構成為:阿狄森氏病、過敏、斑禿、阿耳茲海默氏病、抗嗜中性細胞胞質抗體(ANCA)-相關性脈管炎、強直性脊柱炎、抗磷脂綜合征(休斯綜合征)、關節炎、哮喘、動脈硬化、動脈硬化斑塊、自身免疫疾病(例如，狼瘡、RA、MS、格雷夫斯氏病、等等)、自身免疫性溶血性貧血、自身免疫性肝炎、自身免疫性內耳病、自身免疫性淋巴增生綜合征、自身免疫性心肌炎、自身免疫性卵巢炎、自身免疫性睪丸炎、無精子癥、貝切特氏病、貝切特氏綜合征、貝格爾氏病、大皰性類天皰瘡、心肌癥、心血管疾病、口炎性腹瀉/乳糜瀉、慢性疲勞免疫功能障礙綜合征(CFIDS)、慢性自發性多發神經炎、慢性炎癥性脫髓鞘性多發性神經疾病(CIPD)、慢性復發性多發性神經病變(格-巴二氏綜合征)、丘-施二氏血管炎(CSS)、瘢痕性類天皰瘡、冷凝集素病(CAD)、COPD、CREST綜合征、克羅恩病、皰疹樣皮炎、皮肌炎、糖尿病、盤狀狼瘡、濕疹、后天性大皰性表皮松解癥、原發性混合型冷凝球蛋白血癥、伊凡斯氏綜合征、眼球突出癥、纖維肌痛、古德帕斯徹氏綜合征、移植物相關性疾病或紊亂、格雷夫斯氏病、GVHD、橋本甲狀腺炎、特發性肺纖維化、特發性血小板減少性紫癜(ITP)、IgA腎病、免疫增生性疾病或紊亂(例如，銀屑病)、炎癥性腸病(IBD)、胰島素依賴型糖尿病(IDDM)、間質性肺病、幼年型糖尿病、幼年型關節炎、幼年型特發性關節炎(JIA)、川崎氏病、朗-伊二氏肌無力綜合征、扁平苔蘚、狼瘡、狼瘡腎炎、淋巴細胞性垂體炎、美尼爾氏病、米勒費雪綜合征/急性播散性腦脊髓脊神經根病、混合性結締組織病、多發性硬化癥癥(MS)、肌風濕病、肌痛性腦脊髓炎(ME)、重癥肌無力、眼部炎癥、落葉型天皰瘡、尋常型天皰瘡、惡性貧血、結節性多動脈炎、多軟骨炎、多腺體綜合征(懷塔克綜合征)、風濕性多肌痛、多發性肌炎、原發性無丙種球蛋白血癥、原發性膽汁性肝硬化/自身免疫性膽道疾病、銀屑病、銀屑病性關節炎、雷諾氏現象、萊特爾氏綜合征/反應性關節炎、再狹窄、風濕熱、風濕性疾病、類風濕性關節炎、肉樣瘤病、施密特氏綜合征、硬皮病、斯耶格倫氏綜合癥、實體器官移植體排斥(腎、心臟、肝、肺、等等)、僵人綜合征、系統性紅斑狼瘡(SLE)、系統性硬皮病、高安氏動脈炎、顳動脈炎/巨細胞動脈炎、甲狀腺炎、I型糖尿病、II型糖尿病、潰瘍性結腸炎、眼色素層炎、脈管炎、白癜風、韋格納氏肉芽腫病，以及預防或阻抑與由一位受方受試者對于一種供方的組織、細胞、移植物、或器官移植體的排斥相 關聯的一種免疫應答。319.如項232或233所述的組合物，該組合物包括一個有效量的以下各項:(a)如項53至128以及312至313中任一項所述的一種多肽；(b)如項129至133中任一項所述的一種多聚體；(c)如項134至149中任一項所述的一種二聚體；(d)如項150至160中任一項所述的一種偶聯物；(e)如項161至171以及314至316中任一項所述的一種融合蛋白；或(f)如項172至194以及317中任一項所述的一種融合蛋白二聚體。320.如項232、233、或319所述的組合物，該組合物包括可將該組合物的pH維持在大約PH3至大約pHIO范圍內的一種緩沖劑、水、可任選的一種非離子型洗滌劑、可任選的一種鹽、以及可任選的一種糖醇、單糖、二糖、或多糖。321.如項319至320中任一項所述的組合物，其中該組合物是在生理的pH下。322.如項319至321中任一項所述的組合物，其中該組合物具有從大約4至大約7.5 的 pH。323.如項319至322中任一項所述的組合物，其中該組合物具有從大約5.0至大約7.5的pH。324.如項319至323中任一項所述的組合物，其中該組合物具有大約6.4的pH。325.如項319至323中任一項所述的組合物，其中該組合物具有大約7.4或7.5的pH。326.如項319至325中任一項所述的組合物，其中該緩沖劑是以從大約ImM至大約IOOmM或ImM至大約50mM的濃度而存在。327.如項319至326中任一項所述的組合物，其中該緩沖劑是以大約5mM至大約35mM的濃度而存在。328.如項319至327中任一項所述的組合物，其中該緩沖劑是以大約IOmM至大約25mM的濃度而存在。329.如項319至328中任一項所述的組合物，其中該緩沖劑是以大約20mM的濃度而存在。330.如項319至329中任一項所述的組合物，其中該緩沖劑是選自下組，其構成為:一種HEPES緩沖劑、檸檬酸鹽緩沖劑、琥珀酸鹽緩沖劑、乙酸鹽緩沖劑、檸檬酸鹽緩沖齊U、馬來酸鹽緩沖劑、磷酸緩沖劑、以及Tris緩沖劑。331.如項319至33 0中任一項所述的組合物，其中該緩沖劑是選自下組，其構成為:一種HEPES緩沖劑、檸檬酸鈉緩沖劑、以及琥珀酸鈉緩沖劑。332.如項319至331中任一項所述的組合物，其中該pH是大約6.0至大約6.7，并且該緩沖劑是琥珀酸鈉或檸檬酸鈉。333.如項319至332中任一項所述的組合物，其中該pH是大約7.0至大約7.7，并且該緩沖劑是HEPES。334.如項319至333中任一項所述的組合物，其中該組合物包括一種糖醇或糖類，其中該糖類是一種單糖、二糖、或多糖。335.如項319至334中任一項所述的組合物，其中該二糖是蔗糖或海藻糖。336.如項319至335中任一項所述的組合物，其中該組合物包括以大約ImM至大約50mM的濃度而存在的一種鹽。337.如項319至336中任一項所述的組合物，其中該組合物包括以大約20mM的濃
度而存在的一種鹽。338.如項319至337中任一項所述的組合物，其中該組合物包括一種非離子型洗滌劑。339.如項319至338中任一項所述的組合物，其中該組合物包括一種非離子性清潔劑，該非離子型洗漆劑選自下組，其構成為:'i'ween -B0、Tween :-60、i'ween -20>
或普流尼克F-68。340.如項319至339中任一項所述的組合物，其中該多肽、多聚體、二聚體、偶聯物、融合蛋白、或融合蛋白二聚體是以在大約lmg/ml (重量/體積)至大約200mg/ml (重量/體積)的范圍內的濃度而存在。341.如項319至340中任一項所述的組合物，其中該多肽、多聚體、二聚體、偶聯物、融合蛋白、或融合蛋白二聚體是以在大約25mg/ml (重量/體積)至大約100mg/ml (重量/體積)的范圍內的濃度而存在。342.如項319至341中任一項所述的組合物，其中該多肽、多聚體、二聚體、偶聯物、融合蛋白、或融合蛋白二聚體是以一個濃度而存在，該濃度是在大約50mg/ml (重量/體積)至大約300mg/ml (重量/體積)的范圍內的濃度而存在，任選地大約在大約50mg/ml (重量/體積)至大約100mg/ml (重量/體積)的范圍內。343.如項319至342中任一項所述的組合物，其中該組合物的多肽、多聚體、二聚體、偶聯物、融合蛋白、或融合蛋白二聚體的有效量是從大約0.lmg/kg至大約15mg/kg,并且其中將該組合物給予一個哺乳動物。344.如項319至343中任一項所述的組合物，其中該多肽、多聚體、二聚體、偶聯物、融合蛋白、或融合蛋白二聚體的有效量是從大約0.5mg/kg至大約10mg/kg,并且該組合物是經經胃腸外給予的。345.如項319至344中任 一項所述的組合物，其中該多肽、多聚體、二聚體、偶聯物、融合蛋白、或融合蛋白二聚體的有效量是從大約0.5mg/kg至大約5mg/kg,并且可任選的是大約0.5mg/kg,并且該組合物是經皮下給予的。346.如項319至345中任一項所述的組合物，其中該多肽、多聚體、二聚體、偶聯物、融合蛋白、或融合蛋白二聚體的有效量是從大約10mg/kg至大約5mg/kg,并且任選地的是大約0.5mg/kg,并且該組合物是經靜脈內給予的。347.如項319至346中任一項所述的組合物，其中該多肽、多聚體、二聚體、偶聯物、融合蛋白、或融合蛋白二聚體包括一個氨基酸序列，該氨基酸序列具有與SEQ ID NO:36的氨基酸序列至少96%、至少97%、至少98%、或至少99%的序列一致性。348.如項319至346中任一項所述的組合物，其中該多肽、多聚體、二聚體、偶聯物、融合蛋白、或融合蛋白二聚體包括一個氨基酸序列，該氨基酸序列具有與SEQ ID NO:50的氨基酸序列至少96%、至少97%、至少98%、或至少99%的序列一致性。349.如項319至348中任一項所述的組合物，其中該組合物是無菌的。350.如項319至348中任一項所述的組合物，其中該組合物是對血液等滲的。351.如項319至350中任一項所述的組合物，其中該組合物是一種液體組合物。352.如項319至351中任一項所述的組合物，其中該組合物是一種液體或一種經干燥的形式，其中該經干燥的形式是選自下組，其構成為:一種凍干形式、一種風干形式、以及一種經噴霧干燥的形式。353.如項319至352中任一項所述的組合物，其中該組合物是處于凍干形式。354.一種藥物組合物，該組合物包括:(a) —種多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列選自下組，其構成為=SEQ ID N0S:36以及50，以在大約I至大約200mg/ml (重量/體積)的濃度范圍而存在；(b) —種緩沖劑，該緩沖劑以大約5mM至大約50mM的濃度具有在大約PH5.0與大約pH8.0之間的緩沖能力；(c)將該組合物達到一個指定體積的一種藥學上可接受的稀釋劑；(d) —種糖，其濃度為按重量計大約0.5%至大約10% ； (e) 一種鹽，其濃度為大約ImM至大約200mM ； (f)該pH是在大約pH5.0至大約pH8.0的范圍內；以及(g)可任選的一種洗滌劑。355.如項354所述的組合物，其中(a)該多肽包括SEQ ID NO: 36的多肽序列，該多肽序列以從大約50mg/ml至大約100mg/ml的濃度而存在；(b)該緩沖劑是HEPES緩沖劑，以大約20mM的濃度存在；(c)該藥學上可接受的稀釋劑是水；(d)該糖是蔗糖或海藻糖，其濃度為按重量計2%; (e)該鹽是氯化鈉，其濃度為大約IOOmM:(f)該pH是大約7.4;并且(g)可任選地，該洗滌劑是存在的，其中該洗滌劑是選自下組，其構成為:Tween -80,Tween -60、Tween -20、或普流尼克F-68，濃度為小于或等于約0.lmg/ml。356.如項354所述的組合物，其中(a)該多肽包括SEQ ID NO:50的多肽序列，以在從大約50mg/ml至大約100mg/ml的濃度范圍而存在；(b)該緩沖劑是朽1檬酸鈉緩沖劑，以大約20mM的濃度存在；(c)該藥學上可接受的稀釋劑是水；(d)該糖是蔗糖或海藻糖，其濃度為按重量計2%; (e)該鹽是氯化鈉，其濃度為大約IOOmM ;(f)該pH是大約6.5;并且(g)可任選的一種洗滌劑，該洗滌劑選自下組，其構成為:Tween +-80、Tween -60、Tween⑩-20或普流尼克F-68,其濃度為小于或等于約0.lmg/ml。357.一種藥物組合物，該組合物包括:(a) 一種多肽，該多肽包括一個氨基酸序列，該氨基酸序列具有與SEQ ID NO: 36的氨基酸序列至少96%、至少97%、至少98%、或至少99%的序列一致性；以及(b) HEPES緩沖劑。358.一種藥物組合物，該組合物包括:(a) 一種多肽，該多肽包括一個氨基酸序列，該氨基酸序列具有與SEQ ID NO: 36的氨基酸序列至少96%、至少97%、至少98%、或至少99%的序列一致性；以及(b) —種藥學上可接受的賦形劑或一種藥學上可接受的載體，其中該組合物具有從大約7至大約8的pH。359.根據項358所述的一種藥物組合物，其中該組合物具有大約7.4的pH。360.根據項358或359所述的一種藥物組合物，該組合物包括HEPES緩沖劑。361.一種藥物組合物，該組合物包括:(a) 一種多肽，該多肽包括一個氨基酸序列，該氨基酸序列具有與SEQ ID NO: 50的氨基酸序列至少97%、至少98%、或至少99%的序列一致性；以及(b)檸檬酸 鈉緩沖劑。362.一種藥物組合物，該組合物包括:(a) 一種多肽，該多肽包括一個氨基酸序列，該氨基酸序列具有與SEQ ID NO: 50的氨基酸序列至少97%、至少98%、或至少99%的序列一致性；以及(b) —種藥學上可接受的賦形劑或一種藥學上可接受的載體，其中該組合物具有從大約6至大約7的pH。363.根據項362所述的一種藥物組合物，其中該組合物具有大約6.5的pH。364.根據項362或363所述的一種藥物組合物，該組合物包括檸檬酸鈉緩沖劑。365.根據項所述302的用途，其中該免疫系統疾病或病癥是選自下組，其構成為:該免疫系統疾病或紊亂是選自下組，其構成為:阿狄森氏病、過敏、斑禿、阿耳茲海默氏病、抗嗜中性細胞胞質抗體(ANCA)-相關性脈管炎、強直性脊柱炎、抗磷脂綜合征(休斯綜合征)、關節炎、哮喘、動脈硬化、動脈硬化斑塊、自身免疫疾病(例如，狼瘡、RA、MS、格雷夫斯氏病、等等)、自身免疫性溶血性貧血、自身免疫性肝炎、自身免疫性內耳病、自身免疫性淋巴增生綜合征、自身免疫性心肌炎、自身免疫性卵巢炎、自身免疫性睪丸炎、無精子癥、貝切特氏病、貝切特氏綜合征、貝格爾氏病、大皰性類天皰瘡、心肌癥、心血管疾病、口炎性腹瀉/乳糜瀉、慢性疲勞免疫功能障礙綜合征(CFIDS)、慢性自發性多發神經炎、慢性炎癥性脫髓鞘性多發性神經疾病(CIPD)、慢性復發性多發性神經病變(格-巴二氏綜合征)、丘-施二氏血管炎(CSS)、瘢痕性類天皰瘡、冷凝集素病(CAD)、COPD, CREST綜合征、克羅恩病、皰疹樣皮炎、皮肌炎、糖尿病、盤狀狼瘡、濕疹、后天性大皰性表皮松解癥、原發性混合型冷凝球蛋白血癥、伊凡斯氏綜合征、眼球突出癥、纖維肌痛、古德帕斯徹氏綜合征、移植物相關性疾病或紊亂、格雷夫斯氏病、GVHD、橋本甲狀腺炎、特發性肺纖維化、特發性血小板減少性紫癜(ITP)、IgA腎病、免疫增生性疾病或紊亂(例如，銀屑病)、炎癥性腸病(IBD)、胰島素依賴型糖尿病(IDDM)、間質性肺病、幼年型糖尿病、幼年型關節炎、幼年型特發性關節炎(JIA)、川崎氏病、朗-伊二氏肌無力綜合征、扁平苔蘚、狼瘡、狼瘡腎炎、淋巴細胞性垂體炎、美尼爾氏病、米勒費雪綜合征/急性播散性腦脊髓脊神經根病、混合性結締組織病、多發性硬化癥癥(MS)、肌風濕病、肌痛性腦脊髓炎(ME)、重癥肌無力、眼部炎癥、落葉型天皰瘡、尋常型天皰瘡、惡性貧血、結節性多動脈炎、多軟骨炎、多腺體綜合征(懷塔克綜合征)、風濕性多肌痛、多發性肌炎、原發性無丙種球蛋白血癥、原發性膽汁性肝硬化/自身免疫性膽道疾病、銀屑病、銀屑病性關節炎、雷諾氏現象、萊特爾氏綜合征/反應性關節炎、再狹窄、風濕熱、風濕性疾病、類風濕性關節炎、肉樣瘤病、施密特氏綜合征、硬皮病、斯耶格倫氏綜合癥、實體器官移植體排斥(腎、心臟、肝、肺、等等)、僵人綜合征、系統性紅斑狼瘡(SLE)、系統性硬皮病、高安氏動脈炎、顳動脈炎/巨細胞動脈炎、甲狀腺炎、I型糖尿病、II型糖尿病、潰瘍性結腸炎、眼色素層炎、脈管炎、白癜風、韋格納氏肉芽腫病，以及預防或阻抑與由一位受方受試者對于一種供方的組織、細胞、移植物、或器官移植體的排斥相關聯的一種免疫應答。以下對本發明的其他方面進行說明。圖式的簡單說明圖1是質粒表達載體P⑶NA突變CTLA-4-1g的示意圖，它包括編碼了突變CTLA-4-1g融合蛋白的核苷酸序列。在圖1中，每個突變CTLA-4-1g融合蛋白包括本發明的一個突變CTLA-4E⑶多肽，該多肽在其C-端與人類IgG2 (hIgG2) Fe多肽的N-端進行融 圖 2A-2D 對應地是示例性 hCD80_Ig、hCD86_Ig、LEA29Y_Ig。以及 hCTLA-4_IgG2融合蛋白的示意圖。示意性地顯示了每個融合蛋白的信號肽、細胞外結構域(ECD)、連接物(如有任何存在)、以及Ig Fe結構域。還顯示了存在于該信號肽、ECD、連接物(如有任何存在)、與Ig Fe之間的多個接合處的氨基酸殘基。每個融合蛋白的信號肽典型地在加工過程中受到切割，并且因此該分泌(成熟)的融合蛋白典型地并不含有該信號肽序列。圖2D展示了人類CTLA-4-1gG2 (“hCTLA-4-1gG2”)融合蛋白的示意圖，該融合蛋白包括一個人類CTLA-4細胞外結構域(“hCTLA-4E⑶”)，該人類CTLA-4細胞外結構域在其C-端與人類IgG2多肽的N-端進行共價融合。這種hCTLA-4-1gG2融合蛋白的預測多肽序列示于SEQ IDNO: 161，并且包括以下片段:hCTLA-4信號肽(氨基酸殘基1_37)、hCTLA_4E⑶多肽(氨基酸殘基38-161 )、以及人類IgG2Fc多肽(氨基酸殘基162-389)。在該hCTLA_4ECD多肽的C-端與該人IgG2Fc的N-端之間不包括連接物(例如，無氨基酸殘基)。該人類IgG2Fc多肽包括人類IgG2的鉸鏈區、CH2結構域、以及CH3結構域。在圖2D中，顯示了在這些不同片段之間的接合處上的氨基酸殘基。具體言之，顯示了該信號肽的后四個氨基酸殘基、該hCTLA-4ECD多肽的前五個以及后五個氨基酸殘基、以及該人類IgG2Fc多肽的前五個以及后五個氨基酸殘基。該信號肽典型地在加工過程中受到切割，并且因此該hCTLA-4_IgG2的分泌融合蛋白(成熟融合蛋白)典型地并不含有該信號肽序列。這種hCTLA-4-1gG2融合蛋白的成熟或分泌形式的多肽序列示于SEQ ID ΝΟ:162Αστυν-4ΕΟ)多肽的序列包括SEQ ID NO: 162的氨基酸殘基1-124，并且人類IgG2Fc多肽的序列包括SEQ ID NO: 162的氨基酸殘基125-352。在另一個方面，這種成熟hCTLA-4Ig并不包括C-端賴氨酸(K)殘基，并且因此包括SEQ IDNO: 162的氨基酸殘基1-351。這種成熟hCTLA-4_IgG2融合蛋白(它具有總共352個氨基酸)包括在SEQ IDNO: 160中所示的全長WT hCTLA-4蛋白的多肽序列的氨基酸殘基38-389，并且以下氨基酸殘基序列起始:甲硫氨酸-組氨酸-纈氨酸-丙氨酸。若需要，該成熟形式的氨基酸能夠以Met-His-Val-Ala序列的Met起始來編號，將Met指定為第一殘基(例如，該E⑶包括編號為1-124的氨基酸殘基)，如在SEQ ID NO: 162中。成熟hCTLA_4IgG2是典型地在以下所說明的實例的測定中使用的融合蛋白形式，除非另有指明。編碼了這種hCTLA-4-1gG2融合蛋白(它包括與hIgG2Fc多肽相融合的hCTLA-4ECD)的DNA序列示于SEQ ID NO: 163。圖3表示以下蛋白的SDS/PAGE分析:不同質量的分子量標記物(千道爾頓(kDa))(第I道);基于克隆D3的本發明的示例性突變CTLA-4-1g融合蛋白(B卩，D3_IgG2)(第2道)；基于克隆D4的一個示例性突變CTLA-4-1g融合蛋白(即，D4-1gG2)(第3道);以及OrenciaS:(Abatacept)融合蛋白(第 4 道)(Bristol-Myers Squibb C0., Princeton, NJ)。圖4表示本發明的一種示例性突變CTLA-4-1g融合蛋白(即，D3_IgG2)由SEC分析獲得的洗脫圖，證明本發明的突變CTLA-4-1g融合蛋白在從瞬時轉染的COS細胞中純化時在尺寸上是同質的。圖5顯示了以下融合蛋白與h⑶86-1g的結合的典型Biacore 分析:Orencia 融合蛋白、LEA29Y-lg、以及D3-lgG2。該分析的解離相以由箭頭標記的時間開始。Orenda 融合蛋白(它是由融合了突變IgGlFc結構域多肽的野生型人類CTLA-4ECD多肽構成)有效地充當一種野生型人類CTLA-4-1g對照物。本發明的一種突變CTLA-4-1g融合蛋白(如，D3-1gG2，它與Orcncia, 融合蛋白相比具有與CD86_Ig相結合的更高的親和力)與Orencia 融合蛋白相比具有更慢的從⑶86-lg中解離的速率。

圖6是涉及本發明的示例性突變CTLA-4-1g融合蛋白(D3-04_IgG2、D3_ll_IgG2、D3-12-1gG2、D3-14-1gG2)的PBMC增殖抑制測定(使用抗-⑶3抗體刺激)結果的圖示。這些測定顯示，與Orencia 以及LEA29Y-1g相比，本發明的突變CTLA-4-1g融合蛋白在體外抑制T細胞增殖方面是顯著地更加有效的。圖7是涉及本發明的多個突變CTLA-4-1g融合蛋白的示例性組的⑶4+T細胞增殖抑制測定(使用抗-CD3刺激以及hB7.2-依賴的共刺激)的圖示。將Orencia 以及LEA29Y-1g融合蛋白包括為對照物用于進行比較。圖8是涉及本發明的多個突變CTLA-4-1g融合蛋白的示例性組的PBMC增殖抑制分析(使用Pro抗原刺激)的圖示。將Orencia 以及LEA29Y-lg融合蛋白包括為對照物用于進行比較。圖9是涉及本發明的一個示例性突變CTLA-4-1g融合蛋白D3_IgG2的單向混合淋巴細胞反應(MLR)增殖抑制測定的圖示。將Orenda 及LEA29Y-1g融合蛋白包括為對照物用于進行比較。圖10是顯示本發明的一個示例性突變CTLA-4-1g融合蛋白的結構的示意圖。示意性地顯示了兩個相同的單體突變CTLA-4-1g融合蛋白，各自包括一個成熟突變CTLA-4E⑶，該E⑶在其C-端與人類IgG2Fc多肽的N-端進行融合。每個人類IgG2多肽包括一個IgG2鉸鏈區、CH2結構域。以及CH3結構域。還顯示了存在于該E⑶與Ig Fe多肽之間的多個接合處的示例性氨基酸殘基。在這些成分之間的接合處上的氨基酸殘基可以不同，這取決于該突變CTLA-4E⑶多肽序列和/或Ig多肽序列。這種二聚體融合蛋白是由至少一個二硫鍵的形成而產生，該二硫鍵在這兩個單體中類似位置上的半胱氨酸殘基之間形成。潛在性地涉及在這兩個單體之間形成二硫鍵的半胱氨酸(C)殘基以星號進行標記。每個單體融合蛋白的信號肽典型地在加工過程中受到切割，并且因此該分泌(成熟)融合蛋白典型地并不包括該信號肽序列。圖11是涉及hCTLA-4-1gG2、Orenda 以及LEA29Y-1g融合蛋白的CD4+T細胞增殖抑分析(使用抗-CD3刺激以及hB7.2-依賴性共刺激)的圖示。圖12A-12F表示野生型人類CTLA-4細胞外結構域的多肽序列(在該圖中稱為“hCTLA4E⑶”)、該LEA29Y多肽的多肽序列(在該圖中稱為“LEA29YE⑶”)、與本發明的示例性突變CTLA-4E⑶多肽的多肽序列的比對。本發明的這些突變CTLA-4E⑶多肽的克隆名稱示于左側。與在野生型人類CTLA-4ECD多肽中的氨基酸序列相同的氨基酸殘基以句點(.)指明。圖13表示一個BL0SUM62矩陣。圖14(A-D)顯示 針對兩個氨基酸序列的示例性比對以及通過手動計算所確定所確定的比對得分。圖15A-15B顯示在大鼠體內以lmg/kg作為一個單一(A)靜脈(IV)團藥或(B)皮下(SC)注射所給予的OrenciaS:融合蛋白、人類CTLA-4-1gG2、以及本發明的代表性突變CTLA-4-1gG2融合蛋白的藥物動力學(PK)曲線。本發明的詳細說明定義還應當理解的是，本文中所用的術語僅是處于說明聚體的實施方案的目的并且并不旨在進行限制。除非另外定義，本文中所用的所有技術及科學術語具有與本發明所涉及的領域內的普通技術人員所通常理解的意義相同的意義。術語“核酸”以及“多核苷酸”是可互換使用的以便是指處于單或雙股形式的多個核酸殘基(例如，脫氧核糖核苷酸或核糖核苷酸)的聚合物。除非明確限定，這些術語涵蓋了含有天然核苷酸的已知類似物的核酸，這些核酸與參比核酸具有類似的結合特性，并且可以按照與天然發生的核苷酸相類似的方式進行代謝。除非另有指明，一種具體的核酸序列還暗示性地涵蓋它的多個保守性修飾的變體(例如，簡并密碼子的取代)以及互補的核苷酸序列，連同明確指明的序列。確切地，簡并密碼子的取代可通過產生多個序列而達到，在這些序列中一個或多個所選擇(或全部)的密碼子的第三位置被混合的堿基和/或脫氧肌苷殘基取代(Batzer et al., Nucleic Acid Res.19:5081 (1991) ；0htsuka et al., J.Biol.Chem.260:26052608 (1985);及 Cassol et al.(1992) ；Rossolini et al., Mol.Cell.Probes8:9198 (1994))。術語核酸或多核苷酸是與cDNA或由一個基因所編碼的mRNA互換使用的。
術語“基因”廣泛地是指與一種生物功能相關聯的任何核酸片段(例如，DNA)。一個基因可包括它們的表達所要求的一個編碼序列和/或調節序列。一個基因還可包括一個或多個未經表達的DNA核酸片段，這個或這些片段(例如)形成了其他的一種或多種蛋白的識別序列(例如，啟動子、增強子、或其他調節區域)。一個基因可獲自不同的來源，包括從所感興趣的來源中克隆或從已知的或預測的序列信息而合成，并且可包括一個或多個經設計以具有所希望的參數的序列。術語“多肽”、“肽”、以及“蛋白”是互換使用的以便是指多個氨基酸殘基的聚合物。這些術語應用至多個氨基酸聚合物上，在這些氨基酸聚合物中一個或多個氨基酸殘基是一種對應的自然發生氨基酸的一個人工化學模擬物，連同自然發生的氨基酸聚合物以及非自然發生的氨基酸聚合物。如在本文中所使用的，這些術語涵蓋了任何長度的氨基酸鏈，包括全長蛋白(即，抗原)，其中這些氨基酸殘基是由共價肽鍵連接的。一種給定的氨基酸聚合物或核酸聚合物的編號“對應于”或是“相對”一種所選擇的氨基酸聚合物或核酸聚合物的編號，當任何給定的聚合物組分(例如，氨基酸、核苷酸，也通稱為“殘基”)的位置是參比所選擇的氨基酸或核酸聚合物的一個相同或等效位置而指定，而并非由在該給定聚合物中該組分的實際編號位置而指定。因此，例如，一個給定氨基酸位置在一個給定多肽序列中的編號對應于在用作一個參比序列的一個所選多肽序列中的相同或等效的氨基酸位置。在本文中，一個“等效位置”(例如，一個“等效氨基酸位置”或“等效核酸位置”或“等效殘基位置”)被定義為一種試驗多肽(或試驗多核苷酸)序列的一個位置(如，一個氨基酸位置或核酸位置或殘基位置)，該位置當使用在本文中所說明的比對算法進行比對(優選的是最佳比對)時與參比多肽(或參比多核苷酸)序列的一個對應位置金進行比對。該試驗多肽序列的等效氨基酸位置并不需要具有與該試驗多肽的對應位置相同的數字位置號。同樣，該試驗多核苷酸序列的等效核酸位置并不需要具有與該試驗多核苷酸的對應位置相同的數字位置號。 一種“突變”多肽包括一個多肽序列，該多肽序列與一種親本或參比多肽的多肽序列(例如，一種野生型(WT)多肽序列)具有一個或多個氨基酸殘基差異。在一個方面，一種突變多肽包括一個多肽序列，該多肽序列與一種親本或參比多肽的多肽序列具有該親本或參比多肽序列殘基總數的從大約 1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、20%、30%、40%、50%、或更多的差異。在另一個方面，一種突變多肽包括一個多肽序列，該多肽序列具有與一種親本或參比多肽的多肽序列至少約50%、60%、70%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、或 99% 的序列一致性。在另一個方面，一種突變多肽包括一個多肽序列，該多肽序列與一種親本或參比多肽的多肽序列具有從I至 100個或更多的氨基酸殘基(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個、或更多的氨基酸殘基)差異。一種突變多肽可包括一個多肽序列，該多肽序列與一種親本或參比多肽的多肽序列具有通過(例如)該親本或參比多肽的一個或多個氨基酸殘基(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個、或更多的氨基酸殘基)的缺失、添加、或取代、或這種或這些缺失、插入、和/或取代的任何組合所造成的差異。該參比或親本多肽其本身可以是一種突變多肽。一種“突變”核酸包括一個核苷酸序列，該核苷酸序列與一種親本或參比核酸(如，一種WT核酸)的核苷酸序列具有一個或多個核酸殘基差異。在一個方面，一種突變核酸包括一個核苷酸序列，該核苷酸序列與一種親本或參比核酸的核苷酸序列具有該親本或參比核苷酸序列殘基總數的從大約 1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、20%、30%、40%、50%、或更多的差異。在另一個方面，一種突變核酸包括一個核苷酸序列，該核苷酸序列具有與一種親本或參比核酸的核苷酸序列至少約50%、60%、70%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、或 99% 的序列一致性。在另一個方面，一種突變核酸包括一個核苷酸序列，該核苷酸序列與一種親本或參比核酸的核苷酸序列具有從I至100個或更多的核苷酸殘基(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個、或更多的核苷酸殘基)差異。一種突變核酸可包括一個多肽序列，該多肽序列與一種親本或參比多肽的多肽序列具有通過(例如)該親本或參比多肽的一個或多個氨基酸殘基(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個、或更多的氨基酸殘基)的缺失、添加、或取代、或這種或這些缺失、插入、和/或取代的任何組合所造成的差異。在一種核酸中的一個突變還可以產生于一個可替代的切割或核苷酸的平截或在核苷酸的加工或切割中的錯誤。該參比或親本核酸其本身可以是一種突變核酸。“自然發生”當應用至受試者時意味著該受試者在自然中被發現而不同于由人類人工生產的。“非自然發生”當應用至受試者時意味該受試者不是自然發生的(即，該受試者不可能在自然中被發現)。例如，一種非自然發生的多肽是指由人制備的一種多肽，例如，通過體外合成或人工制備。所感興趣的一個序列的一個“亞序列”或“片段”是該完整序列的任何部分，達到但不包括所感興趣的完整序列。一種核酸、蛋白或其他組分當它部分地或徹底地與和它正常結合的多個組分(其他蛋白、核酸、細胞、合成試劑、等等)分開時是“分離的”。在摩爾基礎上，在一個組合物中一種分離的種類比其他種類更為大量的。例如，該分離的種類可包括存在的所有大分子種類的至少約 50%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或 100%(在摩爾基礎上)。優選地，所感興趣的種類被純化達到實質的均質性(即，在該組合物中污染物種類不能通過常規的檢測方法檢測到)。純度和均質性可使用本領域中所熟知的多種技術確定，如，蛋白或核酸樣本的瓊脂糖或聚丙烯酰胺凝膠電泳，之后跟對染色、然后立即顯像。若希望，可使用一種高分辨率的技術，如高效液相層析(HPLC)或一種類似手段用于材料的純化。術語“純化的”當應用至核酸或多肽上時總體上代表一種核酸或多肽，該核酸或多肽基本上不含其他組分，如通過本領域所熟知的分析技術所確定(例如，一種純化的多肽或多核苷酸在電泳膠、色譜洗脫液、和/或經受密度梯度離心的媒質中形成一個離散的條帶)。例如，在凝膠電泳中產生基本上一個條帶的核酸或多肽是“純化的”。一種純化的核酸或多肽是至少約50%純度，通常是至少約75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%,99.6%,99.7%,99.8%、或更加純的(例如，在摩爾基礎上按重量計的百分比)。在一個相關的意義上，本發明提供了使組合物富含一種或多種本發明的分子的方法，如本發明的一種或多種多肽或多核苷酸。當在應用一種純化或富集技術之后一種分子的濃度存在著一種實質的增加時，一種組合物即富含該分子。一種實質上純的多肽或多核苷酸將典型地包括按重量計(在摩爾基礎上)在一個具體組合物中所有大分子種類的至少約 55%、60%、70%、80%、85%、90% 、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98、99%、99.5% 或更多。一種核酸或多肽當它是人工或工程處理的，或衍生自一種人工或工程處理的蛋白或核酸時是“重組”的。術語“重組”當針對一種細胞使用時，典型地是指該細胞復制了一種異源核酸或表達了一種由異源核酸編碼的多肽。重組細胞可包括不會在天然(非重組)形式的細胞中發現的基因。重組細胞還包括以下細胞，這些細胞包括在天然形式的細胞中發現的基因，但這些基因被修飾或通過人工手段重新引入該細胞中。該術語還涵蓋了以下細胞，這些細胞包括對于該細胞為內源性的一種核酸，該核酸已經得到修飾，未將該核酸從該細胞中去除；此類修飾包括通過基因置換、位點特異性突變、以及本領域中的普通技術人員已知的相關技術所獲得的那些。重組DNA技術包括用于在體外生產重組DNA，并將該重組DNA轉移至它可表達或擴增的細胞中、由此產生一種重組多肽的技術。一個“重組表達盒”或簡稱為“表達基因盒”是一種重組地或合成地產生的核酸構建體，具有可以在與此 類序列兼容的宿主中影響一個結構基因表達的多個核酸元件。表達基因盒包括至少啟動子以及可任選地的轉錄終止信號。典型地，該重組表達盒包括一種有待轉錄的核酸(例如，編碼一種所希望的蛋白的核酸)以及一個啟動子。在影響表達方面所需或有幫助的額外的因子也可如本文所說明進行使用。例如，一個表達基因盒也可包括多個核苷酸序列，這些核苷酸序列編碼了指導一種表達的蛋白從宿主細胞中分泌的信號序列。轉錄終止信號、增強子、以及影響基因表達的其他核酸序列也可包括于一個表達基因盒中。如在本文中所使用的，一個“外源核酸”、“外源DNA片段”、“異源序列”、或“異源核酸”是源自于對該具體的宿主細胞而言為外來的來源的，或者若來自相同的來源，則是從其起始形式修飾的。因此，在一個宿主細胞中的異源基因包括對于該具體的宿主細胞為內源性的、但已經過修飾的基因。在本文所說明的應用中一個異源序列的修飾典型地是通過使用定向分子進化法而發生的。因此，該術語是指一個DNA片段，該DNA片段對于該細胞是外來的或外源的，或對于該細胞是同源的，但在該宿主細胞核酸中的位置是原始無法發現該元件的。將外源核酸或外源DNA表達以產生外源多肽。一個“載體”可以是能夠在宿主細胞中遞送或維持一種核酸的任何試劑，例如但不限于:質粒(例如，DNA質粒)、裸核酸、病毒載體、病毒、與一種或多種多肽或其他分子絡合的核酸、連同固定在固相顆粒上的核酸。載體在以下進行詳細說明。一個載體可用作一種試劑用于在宿主細胞中遞送或維持一個外源基因和/或蛋白。一個載體能夠轉導、轉染、或轉化一種細胞，由此造成該細胞復制或表達核酸和/或蛋白(處理對于該細胞而言并非天然的那些)，或以該細胞而言非屬天然的方式復制或表達核酸和/或蛋白。一個載體可包括協助一種核酸進入該細胞的材料，如，一種病毒顆粒、脂質體、蛋白涂層、或類似物。可使用將一種核酸遞送至該細胞中的任何方法；除非另有指明，術語載體并不是指將一種核酸遞送至一個細胞中的任何具體方法，或者并不是指任何具體的細胞類型是轉導的受試者。本發明并不限于用于遞送或維持本發明的任何核酸的任何特定載體，該核酸包括(例如)編碼了本發明的一種突變CTLA-4多肽或它的一個片段(例如，突變CTLA-4E⑶)的一種核酸，該核酸結合⑶80和/或⑶86或它的一個片段(例如，一個⑶80E⑶或⑶86E⑶)的。術語“表達載體”典型地是指重組地或合成地產生的一個核酸構建體或序列，具有一系列的特定核酸元件，它允許將一種特定核酸轉錄至宿主細胞中。該表達載體典型地包括有待轉錄的、可操作地連接到一個啟動子上的一種核酸。術語“表達”包括涉及生產這種多肽的任何步驟，包括但不限于:轉錄、轉錄后修飾、翻譯、翻譯后修飾、和/或分泌。一種“信號肽”是一個肽(或氨基酸)序列，該序列典型地是在所感興趣的一種多肽之前，并且與該多肽共同進行翻譯，并且指導或協助該多肽進入分泌系統。一種信號肽典型地是與所感興趣的多肽的氨基端共價地附連或融合的，并且協助所感興趣的多肽從宿主細胞中的分泌。該信號肽典型地在翻譯之后從所感興趣的多肽中切割。術語“編碼”是指一種核苷酸對一個或多個氨基酸進行編碼的能力。該術語并不需要一個起始或終止密碼子。一個氨基酸序列可以在一個多核苷酸序列及其互補體所提供的六個不同讀框中的任何一個進行編碼。術語“對照序列”在本文中進行定義以便包括對于表達本發明的一種多肽而言是必需的或有利的所有組分。每個對照序列可以是對于編碼該多肽的核苷酸序列而言是天然或外來的。此類對照序列包括但不限于:一個引導子(leader)、多腺苷酸序列、前肽序列、啟動子、信號肽序列、以及轉錄終止子。在最小限度，一個對照序列包括一個啟動子，以及轉錄的和翻譯的終止信號。這些對照序列可以與多個連接物一起提供，這是出于引入特異的限制性位點的目的，這些位點協助了這些對照序列與編碼了一種多肽的核苷酸序列的編碼區域的連接作用。術語“編碼序列”是指一種核苷酸序列，該核苷酸序列直接指定了其蛋白產物的氨基酸序列。這個編碼序列的邊界總體上是由一個開放讀框(ORF)確定的，它可起始于ATG起始密碼子。一種核酸當它被放置在與另一種核酸序列的功能性關系中時是與另一種核酸序列“可操作地連接”的。例如，一個啟動子或增強子是可操作地連接到一個編碼序列上，若它指導了該編碼序列的轉錄。可操作地連接意 思是所連接的這些DNA序列典型地是鄰近的，并且在必需結合兩個蛋白編碼區域時是鄰近的并且在閱讀框中。然而，因為增強子總體上在距離該啟動子幾千個堿基時發揮作用并且內含子序列可具有可變化的長度，一些多核苷酸元件可以是可操作地連接的但并非鄰近的。一種“宿主細胞”是任何易于用一種核酸轉化的細胞。“一個多核苷酸序列的基本上全長”或“一個多肽序列的基本上全長”對應地是指一個多核苷酸序列或多肽序列長度的至少約50%、60%、70%、75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5% 或更多。一種“抗原”是指一種物質，它與由特異性免疫原所刺激的免疫應答的這種或這些
廣物進7TT反應。見，如，Julius Cruse et al.，Atlas of Immunology60 (1999)
,Richard Coicci et al., Immunology.-^
Shoet Couese27-30 (5th ed.2003)。一種免疫應答可包括一種體液應答和/或一種細胞介導的免疫應答(例如，細胞毒性T淋巴細胞(CTL))。免疫應答的產物可包括抗體和/或CTL。抗原典型地是大分子(例如，多肽、核酸、碳水化合物絡合物、磷脂、多糖類)，這些大分子對于該宿主而言是外來的；被稱為抗原決定簇的抗原的部分與該免疫應答的這種或這些產物進(如一種抗體或在T淋巴細胞上的特異性T細胞受體)行反應(例如，與它或它們結合)。一種抗原可以(但非必需)誘發一種免疫應答并且與該免疫應答的這種或這些產物進行反應。“抗原性”是指具有抗原性的狀態或特性一即，具有一種抗原的特性。一種抗原的特異性可以顯示在一種抗原與它的抗體(反之亦然)的關系中；一種抗原典型地以高度特異的方式與其對應的抗體進行反應，并且并不會以相同程度的特異性與由該免疫原所誘發的其他抗體進行反應。一個“抗原量”是一種抗原的量，該抗原與由一種特異性免疫原所激發的免疫應答的這種或這些產物進行可檢測地反應。一種“免疫原”是指一種物質，它可誘發一種免疫應答而非免疫耐受。見，如，JuuusCeuse et al.，以上說明文獻于60-61 ；R
ICHAED C0ICOj
以上說明文獻于27-30。免疫原還與所誘發的免疫應答的這種或這些產物進行反應(例如，結合)，這種或這些產物已經特異地誘對抗這些抗原。因此，所有的免疫原都是抗原。“免疫原性”是指具有免疫原性的狀態或特性-即，具有一種免疫原的特性。一個“免疫原量”是有效誘發一種可檢測的免疫應答的一種免疫原的量。一種免疫原可在受試者體內弓I起一種強免疫應答,如對于至少一種病原的至少部分或完整的保護性免疫力。一種“免疫調節劑”或“免疫調節性”分子(如，一種免疫調節性多肽或核酸)調整了免疫應答。提及“調整”一種免疫應答或對其“進行調整”是指該免疫應答被改變。例如，在一位受試者體內“調整”一種免疫應答或對其“進行調整”總體上是指在該受試者體內激發、誘發、抑制、降低、阻抑、增加、增強、或以其他方式改變一種免疫應答。一種免疫應答的這種調整可以通過本領域中的普通技術人員已知的方法進行評估，包括以下所說明的那些。一種“免疫抑制藥”或“免疫抑制劑”是一種分子，如多肽或核酸，它阻抑一種免疫應答。如在本文中所使用的，一種“抗體”(縮寫為“Ab”)是指一種免疫球蛋白(縮寫為“Ig”)，不論是天然的或全部或部分地合成產生的。該術語包括它的所有衍生物，這些衍生物維持了針對一種抗原的特異性結合能力。該術語還涵蓋具有一個結合結構域的任何蛋白，該結合結構域與一種免疫球蛋白結合結構域是同源的或大致是同源的。此類蛋白可衍生于天然來源，或部分地或全部合成產生。一種抗體可以是單克隆的或多克隆的。一種抗體可以是任何免疫球蛋白類別的一個成員，包括以下五個人類類別中的任何一個=IgA (它包括亞型IgAl以及IgA2) 、IgD、IgE、IgG (它包括亞型IgGU IgG2、IgG3、以及IgG4)以及IgM。抗體包括成對的重以及輕多肽鏈，并且每個這種鏈是由單個的免疫球結構域構成的。每條鏈包括一個恒定(C)區以及一個可變(V)區。一種典型的抗體結構單元包括一個四聚體。每個四聚體是由兩組相同的多肽鏈對構成的，每個對具有一條“輕”鏈(大約25kDa)以及一條“重”鏈(大約50_70kDa)。重鏈以五種主要類型(Υ、μ、δ、α、以及ε)存在，這取決于該抗體的類型，并且含有大約450至600個氨基酸殘基。輕鏈具有兩種主要類型(λ和K )，并且含有大約230個氨基酸殘基。作為一種例子，一種IgG抗體是一個四聚蛋白，該四聚蛋白包括兩條重鏈以及兩條輕鏈。每條IgG重鏈含有按照以下順序從N-端至C-端所連接的四個免疫球結構域:Vh-Ch1-Ch2-Ch3 (有時也縮寫為VH-CH1-CH2-CH3)。這些縮寫對應地是指重鏈可變結構域、重鏈恒定結構域1、重鏈恒定結構域2、以及重鏈恒定結構域3。一條重鏈也可以指抗體類型，如，Cy 1，它代表IgG抗體的伽瑪(Y )重鏈的第一恒定結構域。每條IgG輕鏈包括按照以下順序從N-端至C-端所連接的兩個免疫球結構域:Vh-Q，其中Vh和Q對應地是指輕鏈可變結構域以及輕鏈恒定結構域。一種抗體的可變區(它在每條多肽鏈的N-端典型地包括大約100至110個或更多的氨基酸)包括抗原結合決定簇，并且因此主要負責抗原識和及特異性。多個抗體之間的最大程度的氨基酸序列變異在該可變區中見到。大部分的序列變異發生在位于該可變區中的互補決定區(⑶R)。存在著總計六個⑶R，三個⑶R在各條重鏈中，而三個⑶R在各條輕鏈中，它們共同形成了抗原結合位點。重鏈⑶R被命名為Vh⑶R1、Vh⑶R2、以及VhCDR3，而輕鏈⑶R被命名為Vl⑶R1、Vl⑶R2、以及Vl⑶R3。位于⑶R之外的區域稱為框架(FR)區。不同抗體的框架區可在氨基酸殘基方面發生變化，但氨基酸變異的程度并未與不同抗體的可變區之間變異的程度近似一樣多。在多個情形下，這些框架區提供了一個穩定的或恒定的支架用于由CDRs所提出的氨基酸多樣性。術語“抗體片段”是指小于全長的一種抗體的任何衍生物。抗體片段的實例包括但不限于:含有Vh-ChI和Vh-Q的抗原結合片段(Fab)、含有Vh和\的可變片段(Fv)、含有一起連接在一條鏈中的Vh和\的單鏈可變片段(scFv)、連同其他V區片段，如Fab’、F(ab)2) F(ab，)2、dsFv 雙抗體(diabody)、Fc、以及 Fd 多肽片段。見 Cqncise Encyclopedia:Biochemistey細 Molecular ^iology (de Gruyter, 3d ed.1997)，以及 Watson, J.D.et al.，Recombinant DNA (2ded.1992)(以下稱為 “Watson”)。一個抗體片段可以通過本領域中已知的任何手段產生。例如,該抗體片段可通過將一個完整的抗體斷裂而酶促或化學產生，或它可從一個編碼了該部分的抗體序列的基因中重組地產生。例如，抗體的片段可通過用一種肽酶進行消化而產生。例如，胃蛋白酶在鉸鏈區中在這些二硫鍵以下消化了一種抗體以產生F(ab’)2，一種Fab片段的二聚體，該Fab片段其本身是由一個二硫鍵結合Vh-ChI的一條輕鏈。該F(ab’)2可以在溫和的條件下被還原以破壞鉸鏈區中的二硫化物連接體，由此將該(Fab’ ) 2 二聚體轉化成為一個Fab’單體。該Fab’單體實質上是一個具有部分的鉸鏈區的Fab片段。對于抗體和抗體片段的更為詳細的說明，見，Funmmental Immunology..E.Paul, ed., Raven Press, N.Y.(1993)。盡管就一種完整抗體的消化而言定義了不同的抗體片段，本領域中的普通技術人員應當理解此類Fab’片段可以從頭化學地合成或通過使用重組DNA方法學來合成。因此，該術語還包括通過整個抗體的修飾而產生的或使用重組DNA方法學從頭合成的抗體片段。可替代地，該抗體片段可以是整個地或部分地合成產生的。該抗體片段可以可任選地是一個單鏈抗體片段。可替代地，該片段可包括連接在一起的多個鏈，例如通過二硫化物連接體。該片段也可以可任選地是一種多分子絡合物。一種功能性的抗體片段將典型地包括至少約50個氨基酸，并 且將更典型地包括至少約200個氨基酸。一個免疫球蛋白或抗體分子的Fe區域或結構域(也被稱為Ig Fe多肽或Fe多肽)大致對應于該免疫球蛋白重鏈的恒定區，并且負責不同的功能，包括抗體的一種或多種效應子功能。例如，IgG分子的Ig Fe區域包括免疫球結構域CH2和CH3以及導向進入CH2的N-端鉸鏈區。鉸鏈區是在Fe與CHl之間的重鏈的一部分，含有重鏈間的二硫鍵，并給予該抗體分子柔性。Fe區域的恒定結構域與免疫系統的細胞相互作用。Fe受體是結合了抗體的Fe區域的蛋白。對于這種IgG抗體類別的一個重要的Fe受體家族包括Fe伽瑪受體(FcyR)。在細胞上抗體對Fe受體的結合介導了多中抗體功能。不同的IgG亞類對于Fe伽瑪受體展示了不同的親和力。大體上，與IgG2和IgG4相比，IgGl和IgG3以更大的親和力結合這些受體。Fc受體表達在不同的細胞上,包括例如B細胞、單核細胞、樹狀細胞、嗜中性細胞、以及某些淋巴細胞。一個Ig Fe與它的受體的結合將這些效應子細胞帶至所結合的抗原的位點上，最后造成信號傳導以及免疫應答，包括B細胞活化、炎癥應答、細胞毒性應答、以及吞噬細胞的應答。一種Ig Fe融合體是一種分子，該分子包括可操作地連接至一種免疫球蛋白或抗體的Fe區域上的一個或多個多肽(或一個或多個小分子)。見，如，Chamow etal., 1996, Trends Biotechnol.14:52-60。因此,一種 Ig Fe 融合蛋白是一種分子，該分子包括可操作地連接至一個Ig Fe區域上的一種或多種多肽。一種Ig Fe融合蛋白可包括例如，一種抗體的Fe區域(它協助了效應子的功能和藥物代謝動力學)，以及一種受體蛋白或配體蛋白或其他蛋白或其片段的結合區域或結合結構域。該結合區域或結合結構域介導了該靶受體或配體的識別(與一種抗體的抗體可變區對一種抗原的識別是可比的)。一個IgFe區域可間接或直接連接到一個或多個多肽或小分子(融合配偶體)上。可以將本領域中所已知的并且如以下詳細說明的多個連接體用將一個IgFc連接到一個融合配偶體上以產生一種Ig Fe融合體。一種Ig Fe融合蛋白典型地包括直接或間接共價連接到至少一個多肽上的Ig Fe區域，該多肽典型地結合一種靶配體或受體。單克隆的或多克隆的抗體可以用本領域中已知的任何技術進行制備(見，如，Kohler&Milstein, Nature256:495497 (1975) ；Kozbor et al., Immunology Today4:72(1983)；Cole et al.，pp.7796 于 Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy (1985))。可以將產生單鏈抗體的技術(美國專利號4，946，778)進行適應以產生針對本發明多肽的抗體。此外，可將轉基因小鼠或其他生物體(包括哺乳動物)用來表達人源化的抗體。可以使用噬菌體展示技術來鑒定特異性地結合到所選擇的抗原上的抗體以及雜聚性 Fab 片段(見，如，McCafferty et al., Nature348:552554 (1990) ;Marks et al.，BiotechnologylO:779783 (1992))。術語“表位”是指特異性結合到一種抗體的部分上的一個抗原決定簇。表位通常是由多個分子的化學活性表面群集所構成，如氨基酸或糖側鏈，并且通常具有特異的三維結構特征，連同特異的電荷特征。對構象和非構象進行區分，這是因為與前者的結合在變性溶劑的存在下喪失而后者不會。兩個分子(例如，一個配體和一個受體)之間的一種“特異性結合親和力”意思指一個分子對另一個分子的偏好結合。多 個分子的結合被典型地認為是特異的，若該平衡結合常數(例如，KA)是大約IxIO2IT1至大約IxlO13Ir1或更多，包括大約IO4至IO13M'大約IO6至IO12M'大約IO8IT1至IO11ITi或大約IO8至IOkiM'在一個抗原與一個抗體之間的結合相互作用的Ka值典型地在從大約IO5M4至大約IO1I1的范圍內，通常是大約IOl1至大約KAf1，并且經常是大約IO8M4至大約IOkiM' Ka (M—1)是通過計算匕/\而確定的，其中ka是結合速率常數而kd是解離速率常數。匕和匕的單位對應地是^^^和^。平衡解離常數Kd是Ka的倒數。KD=kd/ka。對于反應A+B〈=>AB(代表結合到一個所感興趣的單一蛋白(例如，受體)上的一個單一配體)，Kd等于([A] [B])/[AB]。用于測量結合親和力和/或分子親合力的熟知技術的非限制性實例包括例如，Biacore 技術(GE Healthcare)，如在本文其他地方所討論，等溫滴定微量熱法(isothermal titration microcalorimetry)(MicroCalLLC, Northampton, MA USA)、ELISA、以及熒光激活的細胞分選(FACS)法。例如，可使用FACS或其他分選法來選擇分子群(例如，展示細胞表面的配體)，這些分子群特異地結合到相關聯的結合對成員(如，受體，例如一種可溶性受體)上。配體-受體絡合物可(例如)通過熒光進行檢測并分選(例如，通過將該絡合物與識別該絡合物的一種熒光抗體進行反應)。將結合一種相關聯的結合對成員(例如，受體)的所感興趣的分子匯集并且在較低的受體濃度的存在下再次進行分選。通過在降低的受體濃度(一個示例性濃度范圍，在KT6M降至KT13M的數量級上，S卩，由I微摩爾濃度(μ Μ)降至I納摩爾濃度(ηΜ)、或更小(例如，1(ΓηΜ或I(T12M)的存在下進行多輪分選，根據該配體-受體相互作用的本質，可分離出對于該受體展示出特異的結合親和力的所感興趣的分子群。當提及一種蛋白時，短語“特異地(或選擇性地)結合” 一種抗體或“特異地(或選擇性地)進行免疫應答”是指一種結合反應，該結合反應是該蛋白在一個異質性蛋白群體以及其他生物制品學中存在的確定物。因此，在指定的免疫分析條件下，所限定的抗體以背景值的至少兩倍結合到一種具體的蛋白上，并且不會以一個顯著的量基本上結合到在該樣本中存在的其他蛋白上。在此類條件下特異性結合到一種抗體上可能要求一種抗體，該抗體是針對它對一種具體蛋白的特異性選擇的。可使用多種免疫分析形式來選擇可與一種具體蛋白進行特異性免疫應答的抗體。例如，例行使用固相ELISA免疫測定來選擇與一種蛋白進行特性地免疫應答的抗體(見，如，Harlow&Lane, Antibodies, A Laboratory Manual(1988)，用來確定特異性免疫反應性的免疫分析形式以及條件的說明)。通常而言，一種特異性或選擇性的反應應當是至少兩倍的背景信號或噪聲并且更典型地是從10至100倍中背景值的。術語“細胞因子”包括例如但不限于:白介素、干擾素(IFN)、趨化因子、造血生長因子、腫瘤壞死因子(TNF)、以及轉化生長因子。大體上，此類細胞因子是小分子量的蛋白，這些蛋白調控了免疫系統細胞的成熟、活化、增殖、以及分化。術語“篩選”總體上說明了一個過程，該過程識別了本發明的最佳分子，例如包括本發明的多肽，以及包括其的相關融合蛋白，以及編碼所有此類分子的核酸。可以在選擇和篩選中使用對應分子的幾種 特性，例如，一種對應分子在試驗系統或在體外、離體、或體內的應用中誘發或改變一種所希望的免疫應答的能力。“選擇”是一種篩選形式，其中通過一個選擇性標記的表達同時達到了識別和物理分離，它在一些遺傳學情形下在其他細胞死亡時允許表達該標記的細胞存活(或反之亦然)。篩選標記包括例如，熒光素酶、半乳糖苷酶、以及綠色熒光蛋白、反應底物、以及類似物。選擇性標記包括藥物和毒素耐受基因、以及類似物。另一種選擇模式涉及基于一個可檢測事件的物理分選，如，一個配體與一個受體的結合、一種底物與一種酶的反應、或任何其他能夠直接地(例如，通過使用一種生色的底物或配體)或間接地(例如，通過與一種生色的第二抗體進行反應)產生一種可檢測信號的物理過程。通過物理分選進行的選擇可以通過不同的方法完成，這些方法包括但不限于，例如，在全細胞或微滴形式中的y FACS。由于在體外研究初級免疫應答的限制，體內試驗是特別有用的篩選方法。在一些此類研究中，首先將本發明的一種多核苷酸或多肽引入試驗受試者(例如，一種哺乳動物，如，一種動物)體內，并且隨后研究了一種經誘發的免疫應答，這是通過分析在經免疫動物體內的免疫應答類型(例如，經免疫動物血清中的抗體生產，T細胞的增殖)，或通過研究在該經免疫動物體內該經誘發免疫應答的質量或強度(例如，經誘發的抗體效價水平)而進行的。如在本文中所使用的，術語“受試者”包括但不限于:一種生物或動物，包括哺乳動物和非哺乳動物。一種哺乳動物包括例如但不限于:人類、非人類靈長類(例如，狒狒、紅毛猩猩、猴、大猩猩)、小鼠、狗、豬、牛、山羊、貓、兔、大鼠、豚鼠、倉鼠、馬、綿羊、或其他非人類哺乳動物。一種非哺乳動物包括例如但不限于:一種非哺乳動物無脊椎動物以及非哺乳動物脊椎動物，如，一種鳥(例如,一種雞或鴨)或一種魚。
術語“藥物組合物”是指適合于在受試者(包括一種動物或人類)體內的藥物用途的組合物。一種藥物組合物典型地包括一個有效量的一種活性劑以及一種載體、賦形劑、或稀釋劑。該載體、賦形劑、或稀釋劑典型地對應地是一種藥學上可接受的載體、賦形劑或稀釋劑。術語“有效量”是指一種物質的一個劑量或量，該劑量或量足以產生一個所希望的結果。所希望的結果可包括在該劑量或量的受方體內的一個客觀或主觀改進。例如，所希望的結果可包括在一位受試者體內的一種免疫應答的可測量、可檢測或可測試性的誘發、促進、增強、或調整，對該受試者已經給予了一個劑量或量的一種具體抗原或免疫原(或其組合物)。可將足以產生這種結果的一種免疫原的一個劑量或量說明為一個“免疫原性”劑量(藥量)或量。一種“預防性治療”是給予一位受試者的一種治療，該受試者未顯示一種疾病、病理學、或紊亂的跡象或癥狀，或僅顯示了其早期跡象或癥狀的，這樣使得出于防止或降低了發展該疾病、病理學、或紊亂的風險的目的而給予治療。一種預防性治療作為對抗一種疾病、病理學、或紊亂的防止性治療，或作為抑制或降低一種疾病、病理學、或紊亂進一步發展或增強的治療而發揮 作用。一種“預防活性”是一種試劑的一種活性，該試劑當給予一位受試者(該受試者未顯示一種病理學、疾病、或紊亂的跡象或癥狀，或僅顯示其早期跡象或癥狀)時防止或降低了發展該病理學、疾病、或紊亂的風險。一種“預防上有用”的試劑(例如，核酸或多肽)是指一種試劑，該試劑在防止一種疾病、病理學、或紊亂的發展方面是有用的，或在抑制或降低一種疾病、病理學、或紊亂進一步發展或增強方面是有用的。一種“治療性治療”是給予一位受試者的一種治療，該受試者顯示了病理學、疾病、或紊亂的癥狀或跡象，其中出于減少或消除這些跡象或癥狀而將治療給予該受試者。一種“治療活性”是一種試劑的一種活性，該試劑當給予一位患有病理學、疾病、或紊亂的跡象或癥狀的受試者時消除或減少了這些跡象或癥狀。一種“治療上有用的”試劑是指該試劑用于減少、治療、或消除一種疾病、病理學、或紊亂的跡象或癥狀。總體上，在本文中使用的命名法以及在以下說明的細胞培養、分子遺傳學、分子生物學、核酸化學、以及蛋白質化學中的實驗室操作是本領域中的普通技術人員所熟知的并且經常使用的。標準技術，如在 Sambrook et al., Molecular Cloning □ A LaboratoryManual (2nd Ed.), Vols.1-3, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NewYork, 1989 (以下稱為 “Sambrook”)以及 CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY, F.M.Ausubel et al., eds., Current Protocols, Greene Publishing Associates, Inc.與John ffiley&Sons, Inc.的合資企業(1994,增刊至1999)(以下稱為“Ausubel”)中所說明，用于重組核酸方法、核酸合成、細胞培養方法、以及轉基因的摻入，例如，電穿孔、注射、基因槍、經由皮膚印記、以及脂質轉染(lipofection)。總體上,寡核苷酸合成以及純化步驟是根據說明書而進行的。這些技術和操作典型地是根據本領域內的常規方法以及子本文件中通篇提供的不同概述性參考文獻而進行的。其中的操作據信是本領域中的普通技術人員所熟知的，并且是為了讀者方便而進行提供。在本文中對不同的額外術語是進行定義或以其他方式進行表征。本發明的分子及方法_本發明提供了用于治療免疫系統的疾病、紊亂、以及病況的分子和方法，包括例如，其中調整免疫系統(例如，T細胞依賴的免疫應答)是希望的那些。本發明的分子(例如，本發明的多肽、本發明的偶聯物、本發明的可溶性融合蛋白、編碼此類多肽或融合蛋白的核酸)用于治療其中希望免疫抑制的免疫系統疾病、紊亂、以及病況，包括例如但不限于:自身免疫疾病、紊亂、以及病況、免疫增生性疾病、移植物相關紊亂的治療，以及涉及由從一個供方到一個受方的組織、細胞、器官、或移植物的移植的治療方法，其中阻抑該受方體內對抗該供方的組織、細胞、器官、或移植物的免疫應答是希望的。在一個方面，本發明提供了新穎的突變CTLA-4分子，它們與一個CTLA-4分子(例如，結合⑶80和/或⑶86的野生型人類CTLA-4多肽(“hCTLA_4”)或它的一個片段，如人類CTLA-4的細胞外結構域(“hCTLA-4E⑶”))相比具有改進的特性。如以下更為詳細的討論，使用不同的誘變和篩選策略來制得并識別了結合CD80和/或CD86的新穎突變CTLA-4分子。特別地，使用此類策略來制得并識別對于⑶80 (B7-1)和/或⑶86 (B7-2)具有改進的結合親合力的CTLA-4突變分子(當與人類CTLA-4 (“hCTLA_4”)相比)，和/或對于⑶80和/或⑶86具有改進的結合親合力的CTLA-4突變分子(當與hCTLA-4E⑶相比)。結合表達于抗原呈遞細胞上的內源性⑶80和/或⑶86配體的本發明的突變CTLA-4分子有效地抑制或阻斷這些配體與內源性⑶28受體(該受體表達于T細胞表面上)的相互作用。作為結果，由T細胞表面受體⑶28與B7分子(B卩，⑶80和⑶86)的相互作用所提供的對T細胞活化重要的共刺激信號受到抑制或阻斷。此類T細胞并未受到最適活化，并且具有降低的增殖能力。在其中一個⑶80或⑶86配體與一個⑶28受體之間的信號傳導受到阻斷的情形下，T細胞并未受到最適刺激而成為活性的，并且因此并未受到最適誘發而進行增殖。類似地，在其中一個⑶80或⑶86配體與一個⑶28受體之間的信號傳導受到阻抑的情形下，T細胞的活化及增殖受到阻抑。在一個方面，本發明提供了突變CTLA-4分子，它們作為CTLA-4信號傳導的拮抗劑而發揮作用。在另一個方面，本發明提供了突變CTLA-4分子，它們作為CD28信號傳導的拮抗劑而發揮作用，由此阻抑或阻斷T細胞依賴的免疫應答；此類分子作為免疫抑制劑而發揮作用。在又一個方面，本發明提供了突變CTLA-4分子，它們結合CD80和⑶86，但它們針對⑶86具有比針對⑶80的更高的結合親合力，并且因此可抑制⑶86依賴的共刺激作用的程度大于CD80依賴的共刺激作用。本發明的所有此類突變CTLA-4分子預期用于治療其中希望免疫抑制或免疫抑制可能具有益處的疾病、紊亂、或病況。
—種人類CTLA-4-1g融合蛋白以及一種特異的突變CTLA-4_Ig融合蛋白(兩者皆由Bristol-Myers Squibb C0.(Princeton, NJ)研發)已經顯示有效治療某些免疫相關性疾病或病況。Orcndn.K.融合蛋白(也稱為阿巴西普(“ABA”))(Bristol-Myers SquibbC0.(Princeton, NJ))是一種可溶性重組二聚體融合蛋白，它是由通過一個二硫鍵共價連接在一起的兩個相同的單體免疫球蛋白(Ig)融合蛋白構成，該二硫鍵在每個單體融合蛋白中存在的半胱氨酸殘基之間形成。ORENCIA是Bristol-Myers Squibb Company的注冊商標。Orerwia⑩二聚體的每個單體Ig融合蛋白是由人類CTLA-4的細胞外結構域(SEQ ID N0:159)構成，該細胞外結構域在其C-端與一種特異的突變IgGlFc多肽(SEQ IDNO: 186)的N-端進行融合。每個這種單體融合蛋白的完整多肽序列示于SEQ ID NO: 164。OrencialV:聚體是在一個哺乳動物表達系統中生產的，并且具有92kDa的表觀分子量。據信Orencia 二聚體的兩個單體Ig融合蛋白是通過一個單一的二硫鍵共價連接在一起的，該二硫鍵在位于每個hCTLA-4-突變IgGl單體的位置120上的半胱氨酸殘基之間形成，并且在這兩個突變IgGlFc多肽之間沒有形成二硫鍵。Orencia 二聚體是一種選擇性共刺激調節劑，它通過結合⑶80和⑶86并且因此阻斷了與CD28的相互作用而抑制了 T細胞活化。Orencia .二聚體目前已被批準用于治療患有中度至嚴重的類風濕性關節炎(RA)的人類成人。額外的有關Orencia 二聚體及其臨床適應癥以及有效性的信息以orencia.com和bms.com提供在萬維網上。如以上所指出，Orencia 二聚體的每個融合蛋白單體含有一個人類CTLA-4細胞外結構域。人類CTLA-4是一種膜蛋白，該膜蛋白瞬時表達于T細胞上。WT全長hCTLA-4的全長蛋白序列示于SEQ ID NO: 160，并且一個編碼了 WT全長hCTLA-4的核酸序列示于SEQID NO: 194。人類CTLA-4包括一種信號肽(SP)、細胞外結構域(ECD)、跨膜結構域(TD)、以及細胞質結構域(⑶)，以該順序共價連接在一起(例如，SP的C-端共價連接到E⑶的N-端上，E⑶的C-端共價連接到TD的N-端上，而TD的C-端共價連接到⑶的N-端上)。WThCTLA-4ECD多肽典型地包括全長hCTLA-4蛋白序列(SEQ ID NO: 160)的殘基38-161，并且典型地長度為124個氨基酸殘基。這個hCTLA-4E⑶多肽序列示于SEQ ID NO: 159。該全長hCTLA-4蛋白的信號肽(SP)(典型地包括SEQ ID NO: 160的氨基酸殘基1-35或1-37)在加工過程中被切割。見，如，Harper et al., J.1mmunol.147 (3): 1037-1044 (1991)。包括hCTLA-4蛋白的氨基酸殘基1-35或1-37的人類CTLA-4信號肽序列對應地示于SEQ IDNO: 182或SEQ ID NO: 216。不論該信號肽序列是示于SEQ ID NO: 182或SEQ ID NO: 216的那個，當該信號肽被切割時，該成熟hCTLA-4蛋白典型地以在SEQ ID N0:160中所示的全長hCTLA-4蛋白序列的氨基酸位置38上的甲硫氨酸殘基起始。因此，即使該hCTLA-4信號肽序列是SEQ ID NO: 182的那個(它包括hCTLA-4蛋白的氨基酸殘基1-35)，得到的成熟分泌的hCTLA-4蛋白仍以在全長hCTLA-4蛋白的位置38上的甲硫氨酸起始。對應地在全長hCTLA-4蛋白的位置36和37上的賴氨酸(K)和丙氨酸(A)并不存在于成熟hCTLA-4蛋白中，并且據信它們在加工過程中從該成熟hCTLA-4蛋白中切割。因此，成熟hCTLA-4蛋白序列的氨基酸殘基典型地以在全長hCTLA-4蛋白的位置38上存在的甲硫氨酸殘基作為第一氨基酸(即，占據位置I)起始進 行編號；因此，組氨酸殘基占據了成熟hCTLA-4蛋白中的氨基酸位置2，等等。Orcnc:1a_1i'_二聚體的每個單體包括在SEQ ID NO: 159中所示的hCTLA_4ECD多肽序列。在全長WT hCTLA-4蛋白中，該信號肽包括SEQ ID NO: 160的氨基酸殘基1_37，該細胞外結構域(E⑶)包括氨基酸殘基38-161，該跨膜結構域(TD)包括氨基酸殘基162-182，并且該細胞質結構域(⑶)包括氨基酸殘基183-223。該hCTLA-4蛋白的成熟結構域(MD)典型地包括SEQID NO: 160的氨基酸殘基36-223，或在一些情形下包括氨基酸殘基37-223或 38-223。SEQ ID N0:194的核酸包括一個編碼了信號肽序列的核酸序列(核苷酸殘基1-111)、一個編碼了 hCTLA-4E⑶的核酸序列(核苷酸殘基112-483)、一個編碼了 hCTLA-4跨膜以及細胞質結構域的核酸序列(核苷酸殘基484-669);最后3個C-端核苷酸是TGA終止密碼子。貝拉西普(也被稱為“LEA29Y-1g”、“LEA-1g”、或“A29YL104E-1g”)(Bristol-MyersSquibb C0.(Princeton, NJ))是一種可溶性重組二聚體蛋白，它是由通過一個二硫鍵共價連接在一起的兩個相同的Ig融合蛋白構成，該二硫鍵在每個單體融合蛋白中的半胱氨酸殘基之間形成。每個單體融合蛋白是由一個突變CTLA-4細胞外結構域多肽構成，該結構域多肽在其C-端與一種特異的突變IgGl多肽的N-端進行融合。該突變CTLA-4E⑶的多肽序列與WT人類CTLA-4ECD具有兩個突變的差異，確切地是將一個酪氨酸取代在位置29上的丙氨酸(縮寫為取代A29Y)以及將一個谷氨酰胺取代在位置104上的亮氨酸(縮寫為取代L104E)，其中在該人CTLA-4E⑶中的氨基酸殘基用在N-端上的甲硫氨酸(表示在位置I上的氨基酸)進行編號。貝拉西普的每個單體包括在SEQ ID NO: 186中所示的突變IgGlFc多肽序列；這種突變IgGlFc多肽是與包括于Orencia 融合蛋白中的突變IgGlFc多肽相同的。因此，貝拉西普單體融合蛋白與每個Orencia 單體融合蛋白具有兩個氨基酸的差異。貝拉西普中每個單體融合蛋白的多肽序列示于SEQ ID NO: 166。因此，名稱“LEA29Y_Ig”反映了以下事實:貝拉西普二聚體的每個單體融合蛋白是由一個突變CTLA-4ECD構成的，它與該人類CTLA-4ECD多肽序列具有L104E和A29Y這兩個突變的差異。與Orencia 二聚體相比，貝拉西普已經顯示高出大約4倍親合性地結合⑶86，并且以高出大約2倍親合性地結合 CD80 (Larson et al.,Amer.J.Transplant.5:443-453, 444 (2005)。與Oretlcia.U,二聚體相比，在體外抑制T細 胞活化方面貝拉西普已經顯示可以達到高出大約10倍的強度，并且與Omia背蛋白相比具有改進的體內免疫抑制強度，如通過其抑制T細胞依賴的抗體反應的增加的能力以及在涉及非人類靈長類的臨床試驗中它的改進的腎同種移植存活延長所顯示。相同文獻。額外的有關貝拉西普及其臨床適應癥以及有效性的信息以bms.com提供在萬維網上。在一個方面，本發明提供了突變CTLA-4分子，包括在本文中所說明的新穎可溶性重組突變CTLA-4-lg融合蛋白，它對⑶86的結合親合力大于Orencia 二聚體(二聚體hCTLA-4-1g)對⑶86的結合親合力。本發明還提供了突變CTLA-4分子，包括新穎的可溶性重組二聚體突變CTLA-4-1g融合蛋白，它對⑶80具有一種結合親合力，該結合親合力是大約等于或大于Orencia 二聚體對CD80的結合親合力。在又另一個方面，本發明提供了突變CTLA-4分子，包括新穎的可溶性重組突變CTLA-4-1g融合蛋白，它比Orencia (阿巴西普)具有阻抑一種或多種免疫應答(例如，T細胞依賴的免疫應答)的更大的能力。與Orenem.私二聚體相比，具有一種或多種改進特性的本發明的突變CTLA-4分子預期更為強效，并且因此在治療其中希望免疫抑制的疾病、紊亂、或病況中比Orencia 二聚體更加有效、有用、并且有利，這些疾病、紊亂、或病況包括Orenda 二聚體已批準和/或已經顯示提供了臨床益處的那些疾病、紊亂、或病況，如免疫疾病(包括，類風濕性關節炎及牛皮癬)。在又另一個方面，本發明提供了突變CTLA-4分子，包括在本文中所說明的新穎可溶性重組突變CTLA-4-1g融合蛋白，它對⑶86具有一種結合親合力，該結合親合力大于貝拉西普(LEA29Y-1g)對⑶86的結合親合力。本發明還提供了突變CTLA-4分子，包括在本文中所說明的新穎可溶性重組突變CTLA-4-1g融合蛋白，它對⑶86具有一種結合親合力，該結合親合力大于貝拉西普對CD86的結合親合力。在另一個方面，本發明提供了突變CTLA-4分子，包括在本文中所說明的新穎可溶性重組突變CTLA-4-1g融合蛋白，它比貝拉西普具有阻抑一種或多種免疫應答(例如，T細胞依賴的免疫應答)的更大的能力。與貝拉西普相t匕，具有一種或多種改進特性的本發明的突變CTLA-4分子預期比貝拉西普更加強效，并且因此在治療其中希望免疫抑制的疾病、紊亂、或病況中比貝拉西普更加有效、有用、并且有利，這些疾病、紊亂、或病況包括貝拉西普融合蛋白已經顯示提供臨床益處的那些疾病、紊舌L、或病況，如非人類靈長類的腎同種移植存活。使用與在涉及類似受試者的Orencia 臨床試驗中所采用的方法學可比的那些可以確定本發明的一個分子在一位受試者體內的安全性、耐受性、藥物代謝動力學、免疫原性、以及臨床功效，該分子例如本發明的一個突變CTLA-4分子(例如，以下詳細說明的突變CTLA-4E⑶多肽或可溶性突變CTLA-4-1g融合蛋白)，該受試者患有一種免疫疾病或紊亂(例如，類風濕性關節炎、多發性硬化癥、牛皮癬、等等)，以一種特定方式(例如，胃腸外、靜脈內、或皮下給藥)對該受試者給予一個特定劑量的該分子。見，如，以bms.com和orencia.com為地址的萬維網網站。例如,使用與在涉及RA患者的Orencia 臨床試驗中所采用的方法學相類似的那些可以評估本發明的一個突變CTLA-4分子(例如，可溶性突變CTLA-4-1g)在降低患有類風濕性關節炎(RA)的受試者體內的關節損傷的進展、在減輕RA的跡象和癥狀(包括疼痛減輕)方面的有效程度。使用與在涉及類似受試者的貝拉西普臨床試驗中所采用的方法學可比的那些可以確定本發明的一個分子(例如，以下詳細說明的突變CTLA-4ECD多肽或可溶性突變CTLA-4-1g融合蛋白)在一位受試者體內的安全性、耐受性、藥物代謝動力學、免疫原性、以及臨床功效，在該受試者體內免疫抑制是希望的(例如，一位受試者，他經受了來自一個供方的組織、細胞、器官、或移植物的移植)并且以一種特定方式(例如，胃腸外、靜脈內、或皮下給藥)對該受試者給予一個特定劑量的該分子。見，如，以bms.com和orencia.com為地址的萬維網網站。例如，使用與在涉及經歷腎或腎臟移植的受方患者的貝拉西普臨床試驗中所采用的方法學相類似的那些可以評估本發明的一個突變CTLA-4分子(例如，可溶性突變CTLA-4-1g)在經歷腎或腎臟移植的患者體內的腎或腎臟移植體的排斥方面的有效程度。本發明的分子和方法以及本發明的其他方面在以下進行額外的詳細討論。本發明的多肽本發明提供了新穎的多肽，集合稱為“本發明的多肽”。術語“本發明多肽”旨在包括在本文中披露的這些多肽序列的變體和/或衍生物。本發明的多肽包括重組非自然發生或突變CTLA-4多肽，該CTLA-4多肽結合⑶80和/或⑶86和/或抑制或阻抑一種免疫應答。本發明的多肽包括重組融合蛋白，這些重組融合蛋白包括本發明的一種突變CTLA-4多肽，并且包括此類融合蛋白的單體和二聚體形式。本發明的多肽包括多聚體，這些多聚體包括本發明的一個或多個突變CTLA-4多肽。本發明還包括偶聯物，這些偶聯物包括本發明的一個或多個突變CTLA-4多肽。本發明的一些多肽是可溶性多肽。例如，如以下更為詳細說明的，本發明包括可溶性的融合蛋白，這些融合蛋白包括與一種不同的多肽(例如，一種免疫球蛋白多肽，例如，一種Ig Fe多肽)連接的一種突變CTLA-4ECD多肽，該不同的多肽增強了該突變CTLA-4E⑶多肽的溶解度。如以下更為詳細討論的，在本發明的一個方面，使用不同的誘變和篩選策略來制得并識別了結合CD80和/或CD86的新穎多肽。特別地，使用此類策略來制得并識別具有結合CD80和/或CD86的改進能力的新穎多肽，包括具有對于CD80和/或CD86的改進的結合親和力或親合力的 新穎突變CTLA-4多肽。結合了在抗原呈遞細胞上表達的CD80和/或⑶86配體的本發明的多肽干擾或阻斷了這些配體與在T細胞表面上表達的⑶28受體的相互作用。作為結果，由T細胞表面受體⑶28與B7分子(B卩，⑶80和⑶86)的相互作用所提供的T細胞共刺激信號受到抑制或阻斷。此類多肽據信用于多種疾病、紊亂、以及病況的預防性以及治療性治療，在這些治療中免疫系統(例如，T細胞應答)的調控具有益處。突變CTLA-4多肽在一個方面，本發明提供了分離或重組的多肽，該多肽各自包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的至少一種多肽序列至少75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、90.5%,91%,91.5%,92%,92.5%,93%,93.5%,94%,94.5%,95%,95.5%,96%,96.5%,97%,97.5%、98%,98.5%、99%、99.5%、或100%的序列一致性，該組的構成為:SEQ ID NOS:1至73 (例如，SEQ ID NO: K SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO:4、SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO:6、SEQID NO:7,SEQ ID NO:8,SEQ ID NO:9,SEQ ID NO: 10,SEQ ID NO:1USEQ ID NO: 12,SEQ IDNO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ IDNO:19,SEQ ID NO:20,SEQ ID N0:21、SEQ ID NO:22,SEQ ID NO:23,SEQ ID NO:24,SEQ IDNO:25、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:30,SEQ IDN0:31、SEQ ID NO:32,SEQ ID NO:33,SEQ ID NO:34,SEQ ID NO:35,SEQ ID NO:36,SEQ IDNO:37,SEQ ID NO:38,SEQ ID NO:39,SEQ ID NO:40,SEQ ID NO:41,SEQ ID NO:42,SEQ IDNO:43、SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46、SEQ ID NO:47、SEQ ID NO:48、SEQ IDNO:49,SEQ ID NO:50,SEQ ID N0:51、SEQ ID NO:52,SEQ ID NO:53,SEQ ID NO:54,SEQ IDNO:55、SEQ ID NO:56、SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:58、SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:60,SEQ IDN0:61、SEQ ID NO:62,SEQ ID NO:63,SEQ ID NO:64,SEQ ID NO:65,SEQ ID NO:66,SEQ IDNO:67,SEQ ID NO:68,SEQ ID NO:69,SEQ ID NO:70,SEQ ID N0:71、SEQ ID N0:72、以及SEQID NO: 73)，其中該多肽結合⑶80和/或⑶86、或⑶80和/或⑶86的一個多肽片段(或二者之一的或兩者的一個E⑶)，和/或調整或調節一種免疫應答。一些此類多肽(如在SEQ IDN0S:1至73中給出的那些中的每一個)被說明為分泌或成熟突變CTLA-4E⑶多肽。在SEQID N0S:1至73中的每個所給出的突變CTLA-4E⑶多肽并不包括一個信號肽；它已經在加工過程中被切割，由此產生該成熟或分泌多肽。⑶80的一個多肽片段可包括例如，一種⑶80多肽的一個細胞外結構域多肽，該⑶80多肽例如人類⑶80E⑶多肽(“h⑶80E⑶”)。⑶86的一個多肽片段可包括例如，一種CD86多肽的一個細胞外結構域多肽，該CD86多肽人類⑶86E⑶多肽(“h⑶86 E⑶”)。一些此類多肽結合一種哺乳動物⑶80和/或⑶86或它的一個多肽片段，例如一個哺乳動物⑶80或⑶86E⑶。一些此類多肽結合WT人類⑶80(“h⑶80”)和/或WT人類⑶86 (“h⑶86”)或它的一個多肽片段，例如，h⑶80E⑶或h⑶86E⑶。在一些此類方法中，至少一種免疫應答受到阻抑或抑制。一些此類多肽具有對于h⑶80或它的一個片段(例如，h⑶80E⑶)的一種結合親和力或親合力，該結合親和力或親合力對應地是至少大約等于或大于該hCTLA-4ECD多肽對于hCD80或它的一個片段的結合親和力或親合力。預測的全長hCD80多肽序列在SEQID NO: 195中給出，它包括一個信號肽、ECD、跨膜結構域、以及細胞質結構域，以該順序共價連接在一起。該信號肽包括SEQ ID NO: 195的氨基酸殘基1-34，該E⑶包括氨基酸殘基35-242，該跨膜結構域包括氨基酸殘基243-263，并且該細胞質結構域包括氨基酸殘基264-288。該hCD80ECD的多肽序列示于SEQ ID NO: 174。在SEQ ID NO: 173中所示的核酸序列編碼了該WT人類⑶80信號肽(在N-端)以及人類⑶80E⑶。一些此類多肽具有對于h⑶86或它的一個片段(例如，h⑶86E⑶)的一種結合親和力或親合力，該結合親和力或親合力對應地是大約等于或大于hCTLA-4ECD多肽對于hCD86或它的一個片段(例如如，ECD)的結合親和力或親和力。預測的全長hCD86多肽序列在SEQID NO: 175中給出，它包括一個信號肽、ECD、跨膜結構域、以及細胞質結構域，以該順序共價連接在一起，而編碼了該預測全長h⑶86多肽序列的一種示例性核酸示于SEQ ID NO: 176。該h⑶86E⑶的多肽序列示于SEQ ID NO: 180。一些此類多肽具有對于h⑶86的一種結合親和力或親合力，該結合親和力或親合力是至少大約等于或大于具有在SEQ ID NO: 168中所示的序列的LEA29YECD多肽對于hCD86的結合親和力或親合力。具有對于hCD86或hCD86ECD的結合親和力或結合親合力的本發明的示例性多肽(這種結合親和力或結合親合力是對應地至少等于或大于hCTLA-4E⑶以及LEA29Y E⑶(也被稱為“A29YL104E”或“L104EA29Y”E⑶)對于h⑶86或h⑶86E⑶的那些)包括例如但不限于:包括一個多肽序列的那些，該多肽序列具有與SEQ ID NOS:4,10至12、15、17、24、26、28、35、以及61中任何一個的序列至少95%、96%、97%、98%、99%或100%的序列一致性。見，如，實例4中的表5。在表5中所給出的數據反映了一種代表性CTLA-4-1g與單體⑶86E⑶之間的單體相互作用。若未另有指明，術語 LEA29Y (或 A29YL104E 或 L104EA29Y)是指 LEA29Y ECD (或 A29YL104E或 L104EA29Y ECD)。—些此類多肽包括一個多肽序列，該多肽序列具有與該人類CTLA-4細胞外結構域的氨基酸長度大約為相等的氨基酸長度。此類多肽可被說明為突變CTLA-4ECD多肽。一些此類突變CTLA-4ECD多肽包括一個多肽序列，該多肽序列長度是大約110個氨基酸至大約138個氨基酸殘基、大約112至大約136個氨基酸殘基、大約114至大約134個氨基酸殘基、大約116至大約132個氨基酸殘基、大約118至大約130個氨基酸殘基、大約119至大約129個氨基酸殘基、大約120至大約128個氨基酸殘基、大約121至大約127個氨基酸殘基、大約122至大約126個氨基酸殘基、大約123至大約125個氨基酸殘基。一些此類突變CTLA-4ECD多肽包括一個序列，該序列長度為124個氨基酸殘基。示例性的多肽包括例如但不限于:包括一 個多肽序列的一種多肽，該多肽序列具有與選自下組的至少一種多肽序列至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%的序列一致性，該組的構成為:SEQ ID N0S:1至73，其中這種多肽結合⑶80和/或⑶86(或二者之一的或兩者的一個ECD )。一些以上說明的此類多肽具有調整或調節一種免疫應答的能力，這些多肽包括例如，那些分離或重組的多肽，這些多肽每個包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的至少一種多肽序列至少 75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或100%的序列一致性，該組的構成為:SEQ ID N0S:1至73，并且它們結合⑶80和/或⑶86和/或它的一個E⑶。多種免疫應答中的一種或多種可通過本發明的此類多肽進行調整或調節，包括但不限于:例如，T細胞的活化或增殖、細胞因子的合成或產生(例如，TNF-α、IFN- Y , IL-2、等的產生)、不同活化標記的誘導(例如，⑶25、IL-2受體、等)、炎癥分子的合成或產生、炎癥、關節腫脹、關節觸痛、疼痛、僵硬、C-反應性蛋白的血清水平、抗膠原抗體的產生、和/或T細胞依賴的抗體反應。在一些情形下，與hCTLA-4或hCTLA-4E⑶相比，這種多肽具有阻抑或抑制至少一種此類免疫應答的更大的能力。例如，一些此類多肽在體外測定中可以抑制T細胞活化或T細胞增殖。例如，以下給出的實例4至9證明了本發明的代表性融合蛋白在體外抑制T細胞增殖的能力，這些融合蛋白包括一種代表性突變CTLA-4ECD多肽序列，如在本文中所說明的那些。一些此類多肽可以在體內抑制或阻抑受試者體內的一種免疫應答，如通過將一個治療或預防有效量的至少一種此類多肽給予需要免疫抑制療法的受試者。一些此類多肽預期用于不同的應用中，包括例如但不限于:用于治療其中希望免疫調節的疾病、紊亂、以及病況的預防和/或治療方法，如以下更為詳細地討論。此類多肽預期用于用來在受試者體內阻抑或抑制一種免疫應答的預防和/或治療方法(例如，哺乳動物(例如，人類)的免疫系統疾病或紊亂的體內治療，其中免疫抑制或免疫調節是希望的)、用于抑制由一個受方(例如，由一種哺乳動物，例如人類)對于來自供方的一個組織或器官的移植體排斥的方法、以及在本文的其他地方說明的其他方法。額外地或可替代地，一些此類多肽具有阻抑或抑制一種免疫應答的一種能力，該能力是至少大約等于或大于hCTLA-4或hCTLA-4E⑶阻抑或抑制一種或多種類型的免疫應答的能力。例如，一些此類多肽在體外和/或體內測定和/或應用(如以上說明的并且以下進行更為詳細地說明的那些)中具有抑制T細胞活化或增殖的一種能力，該能力是至少大約等于或大于hCTLA-4或hCTLA-4E⑶在此類應用中抑制T細胞活化或增殖的能力。額外地，一些此類多肽具有阻抑或抑制一種免疫應答的一種能力(例如，T細胞活化或增殖、細胞因子的產生、T細胞依賴的抗體反應)，該能力大于一種LEA29Y多肽(一種特異的突變CTLA-4E⑶，包括在SEQ ID NO: 168中所示的多肽序列)阻抑或抑制一種免疫應答的能力。例如，以下給出的實例4至9將本發明的示例性融合蛋白(包括本發明的一個突變CTLA-4E⑶多肽序列)在體外抑制T細胞增殖的能力相對于一種融合蛋白(包括hCTLA-4E⑶或LEA29Y多肽)在體外抑制T細胞增殖的能力進行了比較。此類分子預期在不同的治療性應用中具有有益的用途，包括自身免疫疾病和紊亂的治療，以及用于抑制器官、細胞、或組織移植體的移植的排斥的預防和治療的方法。—些此類多肽彼此之間可具有例如，一種氨基酸缺失、添加和/或取代的差異。一個氨基酸取代可以是一個保守性或非保守性取代。見，如，標題為“序列變異”的部分。在另一個方面，本發明還提供了分離或重組的多肽，這些多肽各組包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的至少一種多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的序列一致性，該組的成為:SEQ ID NOS:1至73，其中該多肽結合一個單體h⑶80或單體h⑶86或二者之一的或兩者的一個E⑶。一些此類多肽具有(I)對于單體h⑶86的一種結合親和力，該結合親和力是大約等于或大于單體hCTLA-4或一種LEA29Y多肽對于單體hCD86或它的一個ECD的結合親和力，以及(2)對于單體hCD80的一種結合親和力，該結合親和力是大約等于或大于單體hCTLA-4對于單體h⑶80的結合親和力。該LEA29Y多肽包括SEQ ID NO: 168的多肽序列。此外，一些此類多肽與單體hCTLA-4、單體hCTLA_4E⑶、或LEA29Y多肽相比具有阻抑在本文中說明的一種或多種免疫應答的更高的能力(例如，T細胞的活化/增殖、細胞因子的合成/產生、活化標記的誘導、炎癥分子的產生、炎癥、抗膠原Ab的產生、T細胞依賴的Ab應答)。本發明還提供了分離或重組的多 肽，這些多肽各自包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的至少一種多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的序列一致性，該組的構成為:SEQ ID NOS:1至73，其中該多肽具有對于一個h⑶86E⑶或h⑶80E⑶的一種結合親和力，該結合親和力對應地是大約等于或大于一個hCTLA-4ECD對于該h⑶86E⑶或h⑶80E⑶的結合親和力。一些此類多肽具有對于該h⑶86E⑶的一種結合親和力，該結合親和力大于該 hCTLA-4ECD (SEQ ID N0:159)或該LEA29Y多肽(SEQ ID NO: 168)對于該h⑶86E⑶的結合親和力。一些此類多肽具有對于該h⑶80E⑶的一種結合親和力，該結合親和力大于該hCTLA-4E⑶對于該h⑶80E⑶的結合親和力。一些此類多肽具有阻抑一種免疫應答的能力，在一些情形下是與該hCTLA-4E⑶或該LEA29Y多肽相比阻抑一種或多種免疫應答(包括以上說明的以及全文中說明的)的更大的能力。在另一個方面，本發明提供了一種分離或重組的CTLA-4多肽變體，該多肽變體包括一個多肽序列，該多肽序列(a)它與在SEQ ID N0:159中所示的一個人類CTLA-4E⑶的多肽序列具有不超過15個氨基酸殘基、不超過14個氨基酸殘基、不超過13個氨基酸殘基、不超過12個氨基酸殘基、不超過11個氨基酸殘基、不超過10個氨基酸殘基、不超過9個氨基酸殘基、不超過8個氨基酸殘基、不超過7個氨基酸殘基、不超過6個氨基酸殘基、不超過5個氨基酸殘基(例如，不超過1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、或14個氨基酸殘基)的差異，并且(b)其中在該hCTLA-4ECD多肽序列(SEQ ID NO: 159)的位置24、30、32、39、41、50、54、55、56、64、65、70、85、104或106上的氨基酸殘基，在該CTLA-4多肽變體序列中被一個不同的氨基酸殘基取代，其中根據SEQ ID NO: 159對該CTLA-4多肽變體的氨基酸殘基位置進行編號，并且其中該CTLA-4多肽變體具有結合⑶80或⑶86或二者之一的一個細胞外結構域或片段的能力，和/或具有阻抑或抑制一種免疫應答的能力。一些此類變體具有選自下組的一個或多個(如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15個)氨基酸取代，該組的構成為:A24E、A24S、S25A、G27H、K28N、T30N、T30D、T30A、V321、Q39K、Q39E、D41G、D41N、D41S、A50M、A50G、M54K、M54E、M54V、G55E、G55K、N56D、D63K、S64P、I65S、I65F、I65T、S70F、M85A、M85V、M85A、L104E、L104D、以及 1106M、1106F、以及 1106L。在另一個方面，本發明提供了一種分離或重組的突變CTLA-4多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列(a)與在SEQ ID NO: 159中所示的人類CTLA-4細胞外結構域的多肽序列具有不超過12個氨基酸殘基(例如，不超過2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、或12個氨基酸殘基)的差異，并且(b)包括選自下組的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、或12個氨基酸取代，該組的構成為:對應于SEQ ID N0:159的氨基酸位置24、30、32、50、54、55、56、64、65、70、以及104的氨基酸殘基位置，其中根據SEQ ID NO: 159對該突變CTLA-4多肽的氨基酸位置進行編號，并且其中該突變CTLA-4多肽具有結合CD80或CD86或二者之一的一個細胞外結構域或片段的能力，和/或具有阻抑或抑制一種免疫應答的能力。在這些位置中的示例性氨基酸取代包括但不限于:在WT hCTLA-4ECD中存在的氨基酸殘基的保守性氨基酸取代和/或 A24S/E (即，A 24S 或 A24E)、T30N/D/A (即，T30N 或 T30D 或 T30A)、V32I/L/M/V、A50M/G、M54E/V/K、G55E/K/R、N56D/A、S64P/M/C、I65S/T/F/V、S70F/Y/W、L104E/M、或它們的任何取代組合。在另一個方面，本發明提供了分離或重組的多肽(例如，突變CTLA-4E⑶多肽)，這些多肽各自包括多一個肽序列，該多肽序列(a)與選自下組的多肽序列具有不超過14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或I個氨基酸殘基的差異，該組的構成為:SEQ ID N0S:1至73，并且(b)其中在該多肽序列中在氨基酸位置41、50、54、55、56、64、65、70、或85的氨基酸殘基是與在所述所選擇的多肽序列(例如，選自SEQ ID N0S:1至73的多肽)的對應位置上的氨基酸殘基相同，其中該多肽結合CD80和/或CD86、和/或二者之一的或兩者的一個細胞外結構域，和/或抑制一種或多種免疫應答。在一些情形下，該多肽與所選擇的多肽(例如，選自SEQ ID勵3:1至73)具有不超過10、9、8、7、或6個氨基酸殘基(例如，不超過1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10個氨基酸殘基)的差異，但占據氨基酸殘基位置41、50、54、55、56、64、65、70、以及85中一個或多個的氨基酸是與在所選擇的多肽序列(例如，選自SEQ NOS:1至73中的一個)中的位置上所包括的氨基酸殘基相同，并且未缺失或被另一個氨基酸取代。一些此類多肽包括一個多肽序列，該多肽序列與所選擇的多肽序列具有不超過10、9、8、7、或6個氨基酸殘基(例如，不超過1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10個氨基酸殘基)的差異，并且它在氨基酸殘基位置24、30、32、41、50、54、55、56、64、65、70、85、104以及106中的一個或多個上包括多個氨基酸殘基，這些氨基酸殘基與在所選擇的多肽序列中在對應位置上的氨基酸殘基相同。此類多肽可以在一個或多個位置上與所選擇的多肽序列具有一個或多個氨基酸缺失、一個或多個添加、和/或一個或多個氨基酸取代的差異，這個或這些位置并未限定為具有與所選擇序列的氨基酸相同的氨基酸。包括了具有對于hCD86或它的一個片段(例如，hCD86ECD)的一種結合親和力或親合力的此類多肽，該結合親和力或親合力對應地是至少大約等于或大于該hCTLA-4E⑶或LEA29Y多肽對于h⑶86或它一個片段(例如，E⑶)的結合親和力或親合力。一些此類多肽具有對于h⑶80或它的一個片段(例如，h⑶80E⑶)的一種結合親和力，該結合親和力對應地是至少大約等于或大于該hCTLA-4E⑶多肽對于h⑶80或它的一個片段的結合親和力或親合力。一些此類多肽包括一個多肽序列，該多肽序列具有大約等于該hCTLA-4E⑶的氨基酸長度的長度，例如，長度為118至130、119至129、120至128、121至127、122至126、123至125、或124個氨基酸殘基。一些此類多肽可阻抑不同免疫應答中的一種或多種，包括例如，T細胞活化、T細胞增殖、細胞因子的合成 或產生(例如，TNF-α、IFN-Y、IL-2的產生)、活化標記的誘導(例如，⑶25、IL-2受體)、炎癥、炎癥分子的產生、抗膠原Ab的產生、和/或T細胞依賴的Ab應答。與hCTLA-4、hCTLA-4E⑶多肽、或LEA29Y多肽相比，一些此類多肽具有阻抑一種或多種此類免疫應答的更大的能力。例如，一些此類多肽可在體外測定中阻抑T細胞活化或T細胞增殖。例如，實例4至9將本發明的代表性融合蛋白(本發明的一個突變CTLA-4ECD多肽序列)在體外抑制T細胞增殖的能力相對于一種融合蛋白(包括該hCTLA-4E⑶或LEA29Y多肽)這樣做的能力進行了比較。一些此類多肽可在體內抑制或阻抑受試者體內的一種免疫應答，如，通過將一個治療或預防有效量的至少一種此類多肽給予需要免疫抑制療法的受試者。此類多肽預期用于不同的應用中，包括例如但不限于:用于治療其中希望阻抑一種免疫應答的免疫系統疾病、紊亂、以及病況的預防和/或治療方法，包括例如，用于治療自身免疫疾病以及紊亂的預防和/或治療方法，用于抑制由一個受方(例如，由一種哺乳動物，例如人類)對于來自供方的一個組織或器官移植的排斥的方法、以及在本文的地方所說明的其他方法。

在另一個方面，本發明提供了一種分離或重組的多肽(例如，突變CTLA-4E⑶多肽)，該多肽各自包括一個多肽序列，該多肽序列(a)與在SEQ ID NO: 159中所示的人類CTLA-4細胞外結構域的多肽序列具有不超過10個氨基酸殘基、不超過9個氨基酸殘基、不超過8個氨基酸殘基、不超過7個氨基酸殘基、不超過6個氨基酸殘基、不超過5個氨基酸殘基、不超過4個氨基酸殘基、不超過3個氨基酸殘基、不超過2個氨基酸殘基、或不超過I個氨基酸殘基(例如，不超過1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10個氨基酸殘基)的差異，并且(b)包括至少一個氨基酸取代，該取代是在對應于相對SEQ ID勵:159的多肽序列的位置50、54、55、56、64、65、70、或85的一個氨基酸殘基位置上，其中該多肽結合h⑶80和/或h⑶86、和/或二者之一的或兩者的一個ECDjP /或抑制一種免疫應答(例如，T細胞的活化或增殖、細胞因子的合成或產生(例如，TNF-a、IFN-Y、IL-2的產生)、活化標記的誘導(例如，⑶25、IL_2受體)、炎癥、炎癥分子的產生、抗膠原Ab的產生、和/或T細胞依賴的Ab應答)，如，在以下更為詳細說明的體外或體內方法和/或測定中。一些此類多肽包括一個多肽序列，該多肽序列長度是124個氨基酸殘基。一些此類多肽包括2、3、4、5或6個氨基酸取代，這些取代是在相對在SEQ ID NO:159中給出的多肽序列、選自下組的位置上，該組的構成為:氨基酸殘基位置50、54、55、56、64、65、70或85。一些此類多肽進一步包括一個氨基酸取代，該氨基酸取代是在對應于相對SEQ ID NO: 159的位置104和/或30的氨基酸殘基位置上。一些此類多肽包括至少一個氨基酸取代，該氨基酸取代是在相對SEQ ID NO: 159在位置70 (可任選地S70F)、位置64 (可任選地S64P)、位置50 (可任選地A50M/G，例如A50M、A50G)、位置54 (可任選地M54K/V，例如M54K)、位置65 (可任選地I65S)、位置56 (可任選地為N56D)、位置55 (可任選地G55E/K，例如G55E、G55K)、位置85 (可任選地M85A)、和/或位置24 (可任選地A24E/S，例如A24E)上。任何此類多肽可進一步包括一個氨基酸取代，該氨基酸取代是相對SEQ ID NO: 159在位置104 (可任選地L104E/D，例如L104E)、位置30 (可任選地T30N/D/A，例如T30N、T30D或T30A)、和/或位置32 (可任選地V32I)。在一些情形下，該多肽包括在相對SEQ ID NO: 159的氨基酸位置上的一個或多個氨基酸取代，這些氨基酸取代選自下組的，其構成為:A50M、M54K、G55E、N56D、S64P、I65S、W&S70F。一些此類多肽展示了對于⑶86 (例如，h⑶86)或⑶86E⑶(例如，h⑶86E⑶)一種的結合親和力，該結合親和力對應地是大約等于或大于一個單體hCTLA-4E⑶對于⑶86或⑶86E⑶的結合親和力。一些此類多肽展示了對于⑶80 (例如，h⑶80)或⑶80E⑶(例如，h⑶80E⑶)的一種結合親和力，該結合親和力對應地是大于一種單體hCTLA-4E⑶對⑶80或⑶80E⑶的結合親和力。一些此類多肽具有阻抑或抑制一種或多種免疫應答的能力(例如，T細胞的活化或增殖、細胞因子的產生、等)，如，在體外和/或在體內。一些此類多肽與hCTLA-4、hCTLA-4ECD、或LEA29Y多肽相比以一種更大的程度來抑制一種或多種此類免疫應答。此類多肽預期在不同的治療應用中具有有益的用途，包括用于治療自身免疫疾病以及紊亂的預防和/或治療性方法，以及用于抑制器官、細胞、或組織移植體的移植的排斥的預防和/或治療方法。在另一個方面，本發明提供了一種分離或重組的多肽(例如，突變CTLA-4E⑶多肽)，這些多肽每個包括一個多肽序列，該多肽序列(a)與在SEQ ID N0:159中所示的人類CTLA-4細胞外結構域的多肽序列具有不超過6個氨基酸殘基(例如，不超過1、2、3、4、5、或6個氨基酸殘基)的差異，并且(b)包括在相對SEQ ID NO: 159的氨基酸位置上的一個或多個取代，該取代選自下組，其構成為:A50M、M54K、G55E、N56D、S64P、I65S、以及S70F，其中該多肽結合hCD80和/或hCD86、或二者之一的或兩者的一個細胞外結構域，和/或在體外測定和/或體內方法中阻抑一種免疫應答(例如，T細胞的活化或增殖、細胞因子的合成或產生、活化標記的誘導、炎癥分子的產生、炎癥、關節腫脹或觸痛、疼痛、僵硬、C-反應性蛋白的血清水品、抗膠原Ab的產生和/或T細胞依賴的Ab應答、等)。此類多肽預期用于治療患有其中免疫抑制療法會具有益處的疾病、紊亂、以及病況的受試者，包括例如，用于治療自身免疫疾病和紊亂的治療及預防方法， 以及用于阻抑器官、細胞、或組織移植體的移植的預防及治療方法。本發明還提供了一種分離或重組的多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列包括⑴與SEQ ID N0S:24的多肽序列至少95%的序列一致性，以及(ii) 一個苯丙胺酸殘基，該苯丙胺酸殘基在對應于由SEQ ID N0S:1至73所構成的組中選出的所述多肽序列的位置70的氨基酸位置上，其中該多肽結合h⑶80和/或h⑶86、或二者之一的一個細胞外結構域，和/或在體外測定和/或體內方法中抑制一種免疫應答(例如，T細胞的活化或增殖、細胞因子的合成或產生、活化標記的誘導、炎癥分子的產生、炎癥、關節或觸痛、疼痛、僵硬、C-反應性蛋白的血清水平、抗膠原Ab的產生、和/或T細胞依賴的Ab應答、等)。一些此類多肽包括相對于所選擇序列的以下中的一個或多個:在對應于位置24的一個氨基酸位置上的一個谷氨酸殘基、在對應于位置30的一個氨基酸位置上的一個天冬酰胺殘基、在對應于位置32的一個氨基酸位置上的一個異亮氨酸殘基、在對應于位置50的一個氨基酸位置上的一個甲硫氨酸殘基、在對應于位置54的一個氨基酸位置上的一個賴氨酸殘基、在對應于位置55的一個氨基酸位置上的一個谷氨酸殘基、在對應于位置56的一個氨基酸位置上的一個天冬氨酸殘基、在對應于位置64的一個氨基酸位置上的一個脯氨酸殘基、在對應于位置65的一個氨基酸位置上的一個絲氨酸殘基、以及在對應于位置104的氨基酸位置的谷氨酸殘基。此類多肽預期在不同的應用中具有有益的用途，包括用于治療自身免疫疾病和紊亂的方法，以及用來抑制器官、細胞、或組織移植體的移植的方法。例如，在一個非限制性的方面，本發明包括一種分離或重組的多肽(例如，突變CTLA-4E⑶)，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列包括⑴與SEQ ID N0S: 24的多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%或100%的序列一致性，以及(ii) 一個苯丙胺酸殘基，該苯丙氨酸殘基在對應于SEQ ID NO:24的多肽序列的位置70的一個氨基酸位置上，其中該多肽結合hCD80和/或hCD86、和/或二者之一的或兩者的一個ECD，和/或在體外和/或體內阻抑一種免疫應答。該多肽可包括相對SEQ ID N0:24的以下中的至少 一項:在位置24上的一個谷氨酸殘基、在位置30上的一個天冬酰胺殘基、在位置32上的一個異亮氨酸殘基、在位置50上的一個甲硫氨酸殘基、在位置54上的一個賴氨酸殘基、在位置55上的一個谷氨酸殘基、在位置56上的一個天冬氨酸殘基、在位置64上的一個脯氨酸殘基、在位置65上的一個絲氨酸殘基、以及在位置104上的一個谷氨酸殘基。本發明還包括一種分離或重組的多肽(例如，突變CTLA-4E⑶多肽)，該多肽結合h⑶80和/或h⑶86 (和/或二者之一的或兩者的一個E⑶)，和/或抑制一種免疫應答(如以上所說明)，例如，在體外和/或體內，其中該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列(a)與在SEQ ID NO: 159中所示的人類CTLA-4ECD多肽的多肽序列具有不超過6個氨基酸殘基的差異，并且(b)包括至少一個氨基酸取代，其中所述至少一個氨基酸取代包括S70F，其中根據SEQ ID NO: 159對氨基酸殘基位置進行編號。該多肽可進一步包括至少一個氨基酸取代，這些氨基酸取代選自下組，其構成為 A24E、T30N、V321、D41G、A50M、M54K、G55E、N56D、S64P、I65S、M85A、L104E、以及I106F。此類多肽據信用于不同的應用中，包括用于治療自身免疫疾病及紊亂的方法，以及用于阻抑器官、細胞、組織、或移植體移植的方法。本發明還包括一種分離或重組的多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列(a)與在SEQ ID NO: 31中所示的多肽序列具有不超過6個氨基酸殘基的差異，額(b)包括以下的至少一項:在對應于SEQ ID NO: 31的位置50的一個位置上的一個甲硫氨酸殘基、在對應于SEQ ID NO:31的位置54的一個位置上的一個賴氨酸殘基、在對應于SEQ ID N0:31的位置55的一個位置上的一個谷氨酸殘基、在對應于SEQ ID NO: 31的位置64的一個位置上的一個脯氨酸殘基、在對應于SEQ ID NO: 31的位置65的一個位置上的一個絲氨酸殘基、在對應于SEQ ID N0:31的位置70的一個位置上的一個苯丙氨酸殘基，其中根據SEQ ID NO:31對氨基酸殘基位置進行編號，并且該多肽結合CD80和/或CD86、和/或二者之一的或兩者的一個ECDjP /或在體外和/或體內阻抑如以上所說明的一種免疫應答。該多肽可包括在對應于SEQ ID NO:31的位置104的一個位置上的一個谷氨酸殘基、在對應的位置30的一個位置上的一個天冬酰胺殘基、和/或在對應的位置32的一個位置上的一個異亮氨酸殘基。此類多肽據信用于不同的應用中，包括用于治療自身免疫疾病及紊亂的方法，以及用于抑制器官、細胞、或組織移植體的移植的方法。在另一個方面，本發明提供了一種分離或重組的多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列包括⑴與SEQ ID N0S:36至46以及55所構成的組中選出的一個多肽序列至少95%、96%、97%、98%、或99%的序列一致性，以及(ii) 一個谷氨酸殘基，該谷氨酸殘基在所述所選擇的多肽序列的氨基酸位置55上，其中該多肽結合CD80和/或CD86、或二者之一的或兩者的一個ECDjP /或阻抑一種免疫應答。可受到阻抑的免疫應答包括例如，T細胞的活化或增殖、細胞因子的合成或產生(例如，TNF-a、IFN-Y、IL-2的產生)、活化標記的誘導(例如，⑶25、IL-2受體)、炎癥、炎癥分子的產生、抗膠原Ab的產生、和/或T細胞依賴的Ab應答。這種多肽序列可進一步包括一個在氨基酸位置70上的苯丙氨酸殘基。這種多肽序列可進一步包括一個在位置64上的脯氨酸殘基和/或一個在位置30上的天冬酰胺殘基。這種多肽序列可進一步包括一個在位置50上的甲硫氨酸殘基和/或一個在位置54上的賴氨酸殘基。在另一個方面，本發明提供了一種分離或重組的多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列包括Q)與SEQ ID勵5:28、30、36至46、55至57、以及65至73所構成的組中選出的一個多肽序列至少95%、96%、97%、98%、或99%的序列一致性，以及(ii) 一個谷氨酸殘基，該谷氨酸殘在所述所選擇的多肽序列的氨基酸位置55上，其中該多肽結合CD80和/或CD86或二者之一的或兩者的 一個細胞外結構域，和/或阻抑一種免疫應答，如，T細胞的活化或增殖、細胞因子的合成或產生(例如，TNF-a、IFN-Y、IL-2的產生)、活化標記的誘導(例如，⑶25、IL-2受體)、炎癥、炎癥分子的產生、抗膠原Ab的產生、和/或T細胞依賴的Ab應答。這種多肽序列可進一步包括一個在氨基酸位置70上的苯丙氨酸殘基。這種多肽序列可進一步包括一個在位置64上的脯氨酸殘基和/或一個在位置30上的天冬酰胺殘基。這種多肽序列可進一步包括一個在位置50上的甲硫氨酸殘基和/或一個在位置54上的賴氨酸殘基。以上說明的本發明的任何多肽可進一步包括一種肽，這種肽協助所述多肽的分泌。因此，在一個方面，本發明提供了一種分離或重組的多肽，該多肽包括(a)如以上所說明的任何多肽(例如，以上說明的一個突變CTLA-4E⑶)，以及(b) —種肽，這種肽協助了經表達的多肽從宿主細胞中的分泌。這種肽可任選地是一種信號肽。該信號肽的C-端典型地共價連結到該多肽的N-端上。該信號肽可包括一個氨基酸序列，該氨基酸序列具有與SEQIDN0:182 或 SEQ ID N0:216 的氨基酸序列至少 90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或100%的序列一致性。該信號肽可包括一個氨基酸序列，該氨基酸序列具有與包括SEQ ID NO: 160的氨基酸殘基I至35、I至36、或I至37的氨基酸序列至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或 100% 的序列一致性。以上說明的本發明的任何多肽可進一步包括一個跨膜結構域和/或細胞質結構域。因此，在一個方面，本發明提供了一種分離或重組的多肽，該多肽包括(a)以上說明的本發明的任何多肽(例如，以上說明的一個突變CTLA-4E⑶)，以及(b) —個跨膜結構域。這種蛋白可以可任選地進一步包括以上說明的一種信號肽，其中該信號肽的C-端共價連接到本發明的多肽的N-端上。該信號肽的C-端典型地共價連接到該跨膜結構域的N-端上。該跨膜結構域的C-端典型地共價連接到該細胞質結構域的N-端上。在一些情形下，該跨膜結構域包括一個氨基酸序列，該氨基酸序列具有與包括SEQ ID NO: 160的氨基酸殘基162至 182 的一個氨基酸序列至少 90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或 100% 的一致性。在一些情形下，該細胞質結構域包括一個氨基酸序列，該氨基酸序列具有與包括SEQID NO: 160的氨基酸殘基183至223的一個氨基酸序列至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或100%的一致性。以上說明的多肽中的任何一個可包括一個或多個經糖基化或聚乙二醇化的氨基酸殘基。本發明還包括一種分離或重組的多肽多聚體，該多肽多聚體包括二個或多個多肽，其中這些多聚體的多肽中 的至少一個是如在本文所說明的本發明的一種突變CTLA-4多肽(例如，一個突變CTLA-4E⑶或突變CTLA-4-1g)。這種多聚體包括本發明的至少一個多肽，并且可進一步包括并不需要為本發明的一種多肽的至少一個額外的多肽。例如，該多聚體可包括本發明的至少一個多肽，以及至少一個其他多肽，它們可以是例如，一種野生型多肽(例如，hCTLA-4E⑶或hCTLA-4-1g)，和/或至少一種其他的突變多肽(如，非本發明的一種多肽的突變多肽)。該多聚體(或多聚體多肽)中的一些或所有的多肽可以是彼此相同的，或者在一些情況下，該多聚體中的所有多肽可以是彼此不同的。在一些情況下，該多肽多聚體是一個二聚體，該二聚體包括本發明的兩個多肽，它們可以可任選地是相同的多肽(即，同型二聚體)或不同的多肽(即，異型二聚體)。在一些情況下，該多肽多聚體是一個四聚體，該四聚體包括本發明的四個多肽。該四聚體可包括四個相同的多肽(即，同型四聚體)，或本發明的四個多肽的任何組合，這樣使得至少一個多肽是與其他三個多肽不相同的(即，異型四聚體)。本發明還包括一個四聚體，該四聚體包括四個相同的WT CTLA-4E⑶多肽(例如，hCTLA-4ECD)或四個相同的WT CTLA-4-1g (例如，hCTLA-4-1g)的四聚體。在一些情況下，該多聚體可結合CD80和/或CD86 (和/或二者之一的或兩者的一個ECD)、和/或可在體外和/或體內方法中阻抑或抑制一種免疫應答(例如，T細胞的增殖或活化、細胞因子的產生、等)。與 hCTLA-4 或 hCTLA-4-1g (例如，hCTLA_4_IgG2 或Orencia 蛋白)相比，一些此類多聚體在體外和/或體內具有阻抑或抑制一種免疫應答的更大的能力。這些多聚體的多肽可以連接在一起，如，通過共價連接體，如經由在一個或多個多肽中的一個或多個半胱氨酸之間的二硫鍵。本發明的一些此類四聚體包括一種結構，該結構與一種抗體的結構示意上類似，但其中該抗體的可變結構域各自被在此說明的本發明的任何突變CTLA-4ECD多肽替換。一種抗體的重鏈包括一個重鏈可變結構域(VH)，該重鏈可變結構域融合到一個免疫球蛋白(Ig)CHl結構域(例如，IgG2CHl)上，它又融合到一條鉸鏈上。該鉸鏈融合到一個Ig CH2結構域(例如，IgG2CH2)上，其又融合到一個Ig CH3結構域(例如，IgG2CH3)上。一個抗體的輕鏈包括一條輕鏈可變結構域(')，該輕鏈可變結構域融合到Ig CK (Ck)或CA (Ca)結構域上。這兩條重鏈和兩條輕鏈通過經由在這些重鏈及輕鏈中的半胱氨酸殘基所形成的一個或多個二硫鍵而共價連接在一起。本發明包括一個突變CTLA-4四聚體，其中這些重鏈及輕鏈的可變結構域中的每個被本發明的一種突變CTLA-4ECD多肽替換。因此，這種四聚體包括兩條輕鏈和兩條重鏈。每條輕鏈包括一個突變CTLA-4E⑶多肽，該多肽融合到一個Ig CK*CA結構域上。每條重鏈包括一個突變CTLA-4E⑶，該E⑶融合到一個Ig CHl結構域(例如，IgG2CHl)，它又融合到一個鉸鏈上。該鉸鏈融合到一個Ig CH2結構域(例如，IgG2CH2)上，它又融合到一個Ig CH3結構域(例如，IgG2CH3)上。這兩條重鏈和兩條輕鏈通過經由在這些重鏈及輕鏈中的半胱氨酸殘基所形成的一個或多個二硫鍵而共價連接在一起。這種四聚體可被說明為一個CTLA-4-1g四聚體。構建這種CTLA-4-1g四聚體的方法是已知的，并且是本領域中的普通技術人員會理解的。一個四聚體⑶4-1g構建體(它包括一種CD4多肽，并且它中和了原代HIVl型分離物)說明于Allaway，G.P.et al.，AIDS Res.Hum.Retrovirusesll (5):533-9 (1995)中。該四聚體可包括四個相同的突變CTLA-4ECD多肽，或本發明的四個突變CTLA-4E⑶多肽的任何組合，這樣使得至少一個突變CTLA-4E⑶是與其他三個突變CTLA-4E⑶多肽不相同的。一些此類四聚體與hCTLA-4(或hCTLA_4_Ig)相比可以具有更高的結合親合力來結合⑶80和⑶86。一些此類四聚體可阻抑或抑制一種免疫應答；在一些情形下，這種 四聚體與hCTLA-4或hCTLA-4-1g (例如，hCTLA_4_IgG2或OrenciaS)相比在體外測定或體內應用中具有阻抑或抑制一種免疫應答(例如，T細胞的增殖或活化、細胞因子的產生、等)的更大的能力。本發明的多聚體預期在不同的應用中具有有益的用途，包括用于治療自身免疫疾病及紊亂的方法，以及用于抑制器官、細胞、或組織移植體的移植的方法。本發明還包括一種分離或重組的偶聯物多聚體，該多聚體包括二個或多個偶聯物，其中該偶聯物中的至少一個是本發明的一種偶聯物，該偶聯物包括本發明的一種突變CTLA-4多肽(例如，一個突變CTLA-4E⑶或突變CTLA_4_Ig)。在該多聚體中的一些或所有的偶聯物可以是彼此相的，或者該多聚體中的所有偶聯物可以是彼此不同的。在一些情況下，該偶聯物多聚體是一個二聚體，該二聚體包括兩個偶聯物，或是一個四聚體，該四聚體包括四個偶聯物。一些此類偶聯物多聚體可結合⑶80及/⑶86(或二者之一的或兩者的一個ECD)、和/或在體外和/或體內阻抑或抑制一種免疫應答。在該多聚體中的偶聯物分子可以連接在一起，如通過共價連接體，如經由在一個或多個偶聯物中的一個或多個半胱氨酸之間的二硫鍵。本發明包括一種分離或重組的多肽二聚體，該多肽二聚體包括以上所說明的本發明的任何兩個多肽(例如，以上說明的突變CTLA-4ECD)，其中該二聚體具有對于人類CD86或它的一個細胞外結構域的一種結合親合力，該結合親合力對應地是大約等于或大于包括兩個人類CTLA-4細胞外結構域的一個二聚體對于人類CD86或它的一個細胞外結構域的結合親合力。本發明包括分離或重組的多肽二聚體，這些多肽二聚體包括以上說明的本發明的兩個多肽(例如，以上說明的突變CTLA-4ECD)，其中該二聚體具有對于hCD80或它的一個E⑶的一種結合親合力，該結合親合力對應地是大約等于或大于包括兩個hCTLA-4E⑶多肽(SEQ ID NO: 159)的一個二聚體對于hCD80或它的一個E⑶的結合親合力。例如，在一個非限制性的方面中，該二聚體可包括兩個多肽，其中每個多肽包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的一個序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的序列一致性，該組的構成為:SEQ ID NOS:1至73，并且每個多肽結合h⑶80和/或h⑶86，和/或抑制一種免疫應答。在另一個非限制性的方面中，該二聚體可包括兩個多肽，其中每個多肽與該hCTLA-4ECD的多肽序列(SEQ ID NO: 159)具有不超過6個氨基酸殘基的差異，并且包括至少一個氨基酸取代，這些氨基酸取代是在相對SEQ ID NO: 159的一個氨基酸位置上，這些氨基酸取代選自下組，其構成為:A50M、M54K、G55E、N56D、S64P、I65S、以及S70F ;并且該多肽可任選地進一步包括取代L104E，并且每個多肽結合h⑶80和/或h⑶86，和/或抑制一種免疫應答。在一些情形下，該二聚體具有對于h⑶80或它的一個E⑶的一種結合親合力，該結合親合力對應地是大約等于或大于包括兩個hCTLA-4E⑶多肽的一個二聚體對于h⑶80或它的一個ECD的結合親合力。在一些情形下，該二聚體具有對于hCD86或它的一 ECD的一種結合親合力，該結合親合力對應地是大于包括兩個LEA29Y多肽的一個二聚體對于hCD86或它的一個E⑶的結合親合力，其中每個LEA29Y多肽包括在SEQ ID NO: 168中所示的多肽序列。在一些情形下，該二聚體以一種速率從結合的hCD86或它的一個ECD中解離，該速率對應地是小于包括兩個hCTLA-4E⑶多肽的一個二聚體從結合的h⑶86或它的一個E⑶中解離的速率。在一些情形下，該二聚體以一種速率從結合的h⑶86或它的一個E⑶中解離，該速率對應地是小于包括兩個LEA29Y多肽的一個二聚體從結合的h⑶86或它的一個E⑶中解離的速率，其中每個LEA29Y多肽包括在SEQ ID NO: 168中所示的多肽序列。在一些情形下，該二聚體以一種速率與h⑶86或它的一個E⑶相結合，該速率對應地是大于包括兩個hCTLA-4E⑶多肽的一個二聚體與h⑶86或它的一個E⑶相結合的速率。在一些情形下，該二聚體以一種速率與h⑶86或它的一個E⑶相結合，該速率對應地是大于包括兩個LEA29Y多肽的一個二聚體與hCD86或它的一個ECD相結合的速率，其中每個LEA29Y多肽包括在SEQ ID NO: 168中所示的多肽序列。在一些情形下，這種包括一個突變CTLA-4E⑶，該E⑶與包括兩個人類CTLA-4細胞外結構域或兩個LEA29Y多肽的一個二聚體相比具有阻抑一種免疫應答(例如，T細胞的增殖或活化、細胞因子的產生 、等)的更大的能力。—些此類二聚體具有一個⑶86平衡解離常數(KD)，該⑶86平衡解離常數小于包括兩個hCTLA-4E⑶多肽或兩個LEA29Y多肽的一個二聚體的⑶86平衡解離常數(KD)。一些此類二聚體具有一個⑶86平衡解離常數(KD)，該⑶86平衡解離常數小于包括兩個LEA29Y多肽的一個二聚體的⑶86平衡解離常數(KD)，每個LEA29Y多肽包括在SEQ ID NO: 168中所示的多肽序列。與一個相同化合價的全長hCTLA-4的多聚體(即，一個包括相同數目的全長CTLA-4多肽的多聚體)相比，包括本發明的至少兩個多肽的一些此類多聚體(例如，包括本發明的兩個突變CTLA-4ECD多肽的一個二聚體)具有阻抑一種免疫應答的增強的能力。與一個相同化合價的hCTLA-4E(XD的多聚體(即，一個包括相同數目的hCTLA-4E⑶多肽的多聚體)，包括本發明的至少兩個多肽的一些此類多聚體具有阻抑一種免疫應答的增強的能力。以上說明的本發明的任何多肽可進一步包括一個額外的增強溶解度的多肽序列，如，一種免疫球蛋白(Ig)多肽序列，由此形成例如，一種可溶性融合蛋白，如以下更為詳細地討論。一個多肽多聚體的每個多肽可進一步包括一個額外的增強溶解度的多肽序列，如，一個Ig多肽序列，由此形成例如，一種可溶性融合蛋白。因此，例如，如以上所說明包括本發明的二個或多個多肽的一個二聚體的每個多肽可進一步包括一個額外的增強溶解度的多肽序列,如,一個Ig多肽序列，由此形成例如,一種可溶性融合蛋白。本發明的此類多肽和二聚體預期在不同的應用中具有有益的用途，包括用于治療自身免疫疾病及紊亂的方法，以及用于抑制器官、細胞、或組織移植體的移植的方法。如之前所討論的，該成熟hCTLA-4蛋白序列典型地以在SEQ ID NO: 160中所示的全長hCTLA-4蛋白序列的氨基酸位置38上的甲硫氨酸殘基起始，并且該成熟hCTLA-4蛋白序列的氨基酸殘基典型地以這個甲硫氨酸殘基作為該第一氨基酸(即，占據位置I)起始來進行編號。本發明的一些突變CTLA-4多肽(包括單體以及二聚體融合蛋白以及多聚性多肽)包括在一個氨基酸位置上的至少一個氨基酸取代，該氨基酸位置對應于經典的hCTLA-4/hB7_2 結合界面(見，如，Schwartz et al.，Nature410:604-608(2001))之外的成熟hCTLA-4蛋白序列中的一個氨基酸位置，包括但不限于例如，氨基酸位置24、41、54、55、56、64、65、70及85中的任何一個。大體上，本領域中的普通技術人員不會預期，在以上提及的位置(24、41、54、55、56、64、65、70、和/或85)上的一個氨基酸取代，或選自下組的一個或多個取代的任何組合，該組的構成為:位置24、41、54、55、56、64、65、70、以及85，會具有增強hCTLA-4對于hB7-2的結合親和力或親合力的能力，會具有抑制CD28-陽性細胞與B7-2-陽性細胞的相互作用的增強的能力，或會提供與例如，hCTLA-4E⑶或hCTLA-4-1g相比阻抑或抑制一種免疫應答的更大的能力(例如,T細胞的活化或增殖、細胞因子的合成或產生、活化標記的誘導、炎癥分子的合成或 產生、抗膠原抗體的產生、T細胞依賴的抗體反應、以及類似物)。此夕卜，本領域中的普通技術人員將不會預期，在以上說明的位置(24、41、54、55、56、64、65、70、和/或85)中的任何一個上或此類位置的任何組合上在本文中所說明的一個或多個具體的氨基酸取代或多個具體的氨基酸取代的組合，會具有增進hCTLA-4對于hB7-2的結合親和力或親合力的能力，具有抑制CD28-陽性細胞與B7-2-陽性細胞的相互作用的增強的能力，或提供與例如，hCTLA-4E⑶或hCTLA-4-1g相比阻抑或抑制一種免疫應答的更大的能力。突變CTLA-4融合蛋白本發明還提供了新穎的分離或重組融合蛋白，該融合蛋白包括一個第一多肽(它是以上說明的并且全文說明的本發明的這些多肽中的至少一個(如，本發明的一種突變CTLA-4多肽，例如，一種突變CTLA-4E⑶多肽))，該第一多肽連接或融合到一個第二多肽上，由此形成一種融合蛋白。該第二多肽典型地協助了該第一多肽的分泌或表達。示例性的突變CTLA-4E⑶多肽包括了包括識別為SEQ ID N0S:1至73的序列的那些。本發明包括融合蛋白，這些融合蛋白包括免疫球蛋白(Ig)結構域(如，Ig Fe結構域)，這些結構域融合到或附連到本發明的生物活性分子部分(如，本發明的突變CTLA-4多肽)上。本發明的融合蛋白據信用作預防和/或治療劑，因為在免疫抑制和/或免疫調節中不同的免疫系統疾病以及紊亂以及病況的預防和/或治療性治療在診斷測定中是有益的、以及用于制備具有免疫調節和/或免疫抑制活性或特性的藥物或試劑，如在本文的其他地方更為詳細地討論。包括一種突變CTLA-4多肽以及一種Ig多肽(例如，Ig Fe)的本發明的融合蛋白被典型地稱為CTLA-4-1g融合蛋白。本發明的這些融合蛋白中的任何一個(包括以下以及實例中更為詳細說明的本發明的單體以及二聚體融合蛋白)可包括(作為一種Ig多肽)例如，一種Ig Fe多肽，如在本文中以及以上和以下的其他地方所說明。該第二多肽可直接連結到該第一多肽上。例如，該第二多肽(例如，一種Ig多肽，如，一種Ig Fe多肽)的N-端可直接共價融合到本發明的第一多肽(例如，突變CTLA-4ECD多肽)的C-端。可替代地，該第二多肽可間接地連接到該第一多肽上，如，其中在該第一以及第二多肽之間包括了一個連接物氨基酸序列，該連接物氨基酸序列包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10個或更多的氨基酸殘基。在其中包括了一個連接物的情形下，該氨基酸連接物序列的N-端典型地共價融合到該第一多肽(例如，突變CTLA-4E⑶)的C-端上，而該第二多肽(例如，Ig多肽，如，一種Ig Fe)的N-端典型地共價融合到該氨基酸連接物序列的C-端上。在一些情形下，該第二多肽包括一種Ig多肽的至少一部份，例如，一個Ig重鏈恒定區的一個或多個結構域。該第二多肽可包括一種Ig多肽的一個鉸鏈區、CH2結構域、以及CH3結構域。在一些情形下，該第二多肽包括一種WT Ig多肽的一個Fe結構域(B卩，WTIg Fe多肽)，例如，一種WT人類Ig多肽的一個Fe結構域(B卩，WT人類Ig Fe多肽)。如其他地方所討論，該Ig多肽可以來自不通過的物種，包括例如，哺乳動物，例如，人類、小鼠、非人類靈長類(例如，猴、大猩猩)、貓、狗、馬、等，并且可以來自不同類別(例如，IgG、IgM、IgE、等)以及亞型(例如，對IgG而言包括IgGl、IgG2、IgG4、等)，并且可包括任何這種Ig多肽的一個Fe結構域或部分。此類不同物種的Ig多肽的氨基酸以及核酸序列在本領域內是已知的。在一個方面，本發明提供了新穎的分離或重組融合蛋白，這些融合蛋白各自包括以上說明的本發明的一種分離或重組的突變CTLA-4多肽(例如，突變CTLA-4E⑶)，該突變CTLA-4多肽在其C-端直接地或間接地(經由一個氨基酸連接物序列)共價連接或融合到一種Ig Fe多肽(B卩，一種Ig多肽的Fe結構域)的N-端上。本發明的這些融合蛋白中的任何(包括以下以及實例中更為詳細說明的本發明的單體以及二聚體突變CTLA-4-1g融合蛋白)可包括一種Ig Fe多肽，如在本文中以及以上和以下的其他地方所說明的。一種Ig Fe多肽典型地包括該Ig多肽的鉸鏈區、CH2結構域、以及CH3結構域。該Ig Fe多肽可衍生自不同的物種，包括例如，人類、小鼠、靈長類、等，并且可包括一種野生型Ig Fe多肽(例如，WT IgGl、IgG2或IgG4) 。示例性的人類IgG Fe多肽包括例如但不限于:人類IgGl、人類IgG2、人類IgG4、等。示例性人類IgGlFc的多肽序列在SEQ ID NO: 185中給出。示例性的人類IgG2Fc多肽的多肽序列對應地在SEQ ID NO: 184及以218中給出。可替代地，該IgFe多肽可包括一種突變Ig多肽。例如，可以在一種突變CTLA-4-1g融合蛋白中包括一種突變IgGlFc，其中一個或多個半胱氨酸殘基已經被另一個氨基酸(例如，一個絲氨酸殘基)取代，由此消除了在兩個Ig鏈之間形成的一個或多個二硫鍵，或者其中一個或多個脯氨酸殘基被另一個氨基酸(例如，脯氨酸殘基)取代，以降低效應子功能(降低的Fe受體結合)。一種示例性的突變IgGlFc多肽的多肽序列示于SEQ ID NO: 186。本發明包括一種分離或重組的融合蛋白，如，一種突變CTLA-4-1g 二聚體或突變CTLA-4-1g單體，該融合蛋白包括以上說明的至少一種重組突變CTLA-4多肽，該重組突變CTLA-4多肽在其C-端連結到一種重組Ig Fe多肽的N-端上，該重組的Ig Fe多肽包括一個氨基酸序列，該氨基酸序列具有與選自下組的一個氨基酸序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的一致性，該組的構成為:SEQ ID N0S: 184 (人類 IgG2Fc 多肽)、185 (人類 IgGlFc 多肽)、186 (突變 IgGlFc 多肽)、以及218 (無C-端賴氨酸(K)殘基的人類IgG2Fc多肽)。
在一個方面，本發明的一種突變CTLA-4-1g融合蛋白的預測多肽序列包括以下片段:一個信號肽序列，它協助了該融合蛋白的分泌(例如，hCTLA-4信號肽(SEQ ID NO: 182或SEQ ID NO: 216)); —種突變CTLA-4E⑶多肽，該突變CTLA-4E⑶多肽典型地但非必須包括從大約118至130個氨基酸殘基的長度，并且通常是大約124個氨基酸殘基；以及一種IgFe多肽。示例性的突變CTLA-4E⑶多肽包括以上和以下所說明的那些。在一些情形下，在該突變CTLA-4ECD多肽的C-端與該人類Ig Fe多肽的N-端之間并不包括氨基酸連接物序列；即，在該突變CTLA-4-1g融合蛋白中，一種突變CTLA-4E⑶多肽的C-端被直接地共價融合到該Ig Fe多肽的N-端上。然而，若希望，一種突變CTLA-4-1g可以在該突變CTLA-4E⑶多肽的C-端與該人類Ig Fe多肽的N-端之間包括一個連接物(例如，一個或多個氨基酸殘基)。本發明的預測性單體突變CTLA-4-1g融合蛋白的信號肽典型地在加工過程中從該突變CTLA-4-1g融合蛋白的N-端被切割，并且因此本發明的一種突變CTLA-4-1g融合蛋白的成熟或分泌形式通常并不包括一個信號肽序列。包括兩個這種單體突變CTLA-4-1g融合蛋白的一種融合蛋白二聚體典型地是在細胞加工過程中通過產生共價二硫鍵而形成，這些二硫鍵是在(I) 一個這種單體融合蛋白的突變CTLA-4ECD以及IgG2Fc中的半胱氨酸殘基與(2)該第二(典型地但并非必須相同)單體融合蛋白的突變CTLA-4E⑶以及IgG2Fc中的半胱氨酸殘基之間。本發明包括二聚體融合蛋白(也被稱為融合蛋白二聚體)，這些二聚體融合蛋白每個包括本發明的兩個單體融合蛋白。該二聚體可包括兩個相同或不同的單體融合蛋白。該二聚體融合蛋白是通過在這兩個單體融合蛋白之間的一個或多個連接體而形成的。包括兩個這種單體融合蛋白的一種二聚體融合蛋白典型地是在細胞加工過程中通過產生共價二硫鍵而形成，這些二硫鍵是在一個單體融合蛋白中的半胱氨酸殘基與在該第二單體融合蛋白中的半胱氨酸殘基之間。因此，在一些情形下，本發明的一種突變CTLA-4-1g融合蛋白被表達為包括本發明的兩個單體融合蛋白的一個二聚體。在一個方面，本發明提供了包括兩個單體融合蛋白的一種分離或重組二聚體突變CTLA-4-1g融合蛋白，其中每個單體融合蛋白包括本發明的一種突變CTLA-4E⑶多肽，如以上以及以下進一步地詳細說明，該突變CTLA-4E⑶多肽在其C-端融合到一種Ig Fe多肽上。該二聚體是在細胞加工過程中通過產生共價二硫鍵而形成，這些二硫鍵是在一個單體融合蛋白的突變CTLA-4ECD以及Ig Fe中的半胱氨酸殘基與該第二單體融合蛋白的突變CTLA-4E⑶以及Ig Fe中的半胱氨酸殘基之間。這兩個單體融合蛋白典型地但并非必須地包括相同的序列。分泌或成熟形式的突變CTLA-4-1g融合蛋白并不包括一種信號肽，因為該信號肽典型地在加工過程中從該蛋白的N-端上切割。該預測的突變CTLA-4-1g融合蛋白包括一種信號肽，該信號肽的C-端被典型地共價連接到該突變CTLA-4-1g蛋白的N-端上。一種成熟突變CTLA-4-1g融合蛋白的每個單體的N-端典型地包括一個甲硫氨酸(M)。作為一種非限 制性的實例，本發明提供了包括兩個單體CTLA-4-1g融合蛋白的二聚體融合蛋白，其中每個單體突變CTLA-4-1g融合蛋白包括一種突變CTLA-4E⑶多肽，該突變CTLA-4E⑶多肽在其C-端連接到一種Ig Fe多肽的N-端上，其中該突變CTLA-4E⑶多肽包括一個多肽序列，該序列選自SEQ ID N0S:1至73中的任何一個。在一些此類二聚體融合蛋白中，這兩個單體融合蛋白是通過一個共價二硫鍵共價地連接在一起的，該二硫鍵是在細胞加工過程中在每個CTLA-4突變ECD多肽序列中的位置120上的一個半胱氨酸殘基之間形成的。可替代地，或此外，這兩個單體融合蛋白是通過一個共價二硫鍵共價地連接在一起的，該二硫鍵是在該第一單體融合蛋白的Ig Fe多肽中的一個或多個半胱氨酸殘基與該第二單體融合蛋白的Ig Fe多肽中的一個或多個半胱氨酸殘基之間產生的。這些單體融合蛋白可由多個二硫鍵(例如，一、二、三、四、或多個二硫鍵)連接在一起，該二硫鍵是在細胞加工過程中在它們對應的Ig Fe多肽中存在的半胱氨酸殘基之間形成的。在一些情形下，每個單體融合蛋白是由相同的Ig Fe多肽構成(例如，人類IgG2Fc，如例如在SEQ IDNO: 184或218中所示)，并且一個或多個共價二硫鍵可以在細胞加工過程中在每個Ig Fe多肽中的等效位置上的半胱氨酸殘基之間產生。一種示例性的突變CTLA-4E⑶多肽是D3-12突變CTLA-4E⑶多肽，該多肽包括SEQ ID NOill的多肽序列。本發明的一種示例性的突變CTLA-4-1g融合蛋白是D3-12突變CTLA-4E⑶多肽，該多肽在其C-端直接地(無連接物)共價連接到或融合到在SEQ ID NO: 218中所示的人類IgG2Fc多肽的N-端上，由此形成在SEQ ID NO: 205中所示的D3_12_IgG2融合蛋白，或者在其C-端直接地(無連接物)共價連接到或融合到在SEQ ID NO: 184中所示的人類IgG2Fc多肽的N-端上，由此形成在SEQ ID NO: 74中所示的D3_12_IgG2融合蛋白。SEQ ID NO: 74的序列與SEQ ID NO: 205的序列具有一個殘基的差異一S卩，在SEQ ID NO: 74的C-端存在著一個額外的賴氨酸殘基。我們在通過液相色譜質譜分析(LCMS )、或類似分析實驗性地發現，在CHO細胞中通過轉染一個表達載體(包括編碼了一個突變CTLA-4E⑶的一個核苷酸序列(例如，在SEQ ID NO: 11中所示的D3-12E⑶多肽序列))而得到的一種突變CTLA-4融合蛋白、以及在SEQ ID NO: 184中所示的hIgG2Fc多肽典型地并不包括該預期的C-端賴氨酸(K)殘基，如基于在SEQ ID NO: 184中所示的hIgG2Fc序列而會預期的。例如，SEQ ID NO: 153的核苷酸序列編碼了該hCTLA-4信號肽以及D3_12_IgG2融合蛋白，并且在其C-端包括終止密碼子TAA。密碼子AAA (它編碼了一個賴氨酸殘基)直接在SEQ ID NO: 153的序列中位于該終止密碼子TAA之前。通過將包括了 SEQ ID NO: 153的核苷酸序列的一個表達載體轉染到CHO細胞中而產生的一種成熟D3-12-1gG2融合蛋白的預測多肽序列示于SEQ ID N0:74。該信號肽不存在于成熟形式的D3_12_IgG2融合蛋白中，因為它在加工過程中已經從該成熟的融合蛋白中北切割。然而，基于LCMS分析，我們發現，在這種情形下該成 熟D3-12-1gG2典型地并不包括該預測的C-端賴氨酸，如基于SEQ IDNO: 153的核苷酸序列而可預期的。相反地，通過這種方法所產生的得到的成熟D3-12-1gG2多肽序列是在SEQ ID NO: 205中所示的那個。據信該IgG2Fc多肽的C-端賴氨酸是在加工過程或在分泌之前被切割。據信使用另一個哺乳動物細胞系，通過將這種包括SEQ ID N0:153的核苷酸序列的載體轉染到這種哺乳細胞(例如，COS細胞或類似細胞)中而進行的D3-12-1gG2蛋白制備，會因為類似的加工或分泌機制而產生缺乏預測C-端賴氨酸殘基的一種類似D3-12-1gG2融合蛋白。該二聚體D3-12_IgG2融合蛋白包括兩個這種D3_12_IgG2單體，這兩個單體通過一個或多個二硫鍵連接在一起，這些二硫鍵是在細胞加工過程中通過在多個半胱氨酸殘基之間產生共價二硫鍵而形成的。D3-12-1gG2以及本發明的其他融合蛋白可例如，通過使用在實例3中給出的方法而制得。例如，可將編碼了一種D3-12多肽的核酸序列(例如，SEQ IDN0:90)克隆到該IgG2Fc融合載體中，可以用該載體轉染哺乳動物細胞，并且將得到的融合蛋白表達(典型地是二聚體形式)，純化，并進行評估，如實例3中所說明。另一個示例性的突變CTLA-4E⑶多肽是D3-54突變CTLA-4E⑶多肽，該多肽包括SEQ ID N0:36的多肽序列，而一種示例性的突變CTLA-4-1g融合蛋白包括D3-54突變CTLA-4ECD多肽，該多肽在其C-端直接地(無連接物)共價連接到或融合到在SEQ IDNO:218中所示的hIgG2Fc多肽的N-端(無C-端賴氨酸)上，由此形成在SEQ ID NO:211中所示的D3-54-1gG2融合蛋白，或者在其C-端直接地(無連接物)共價連接到或融合到在SEQ ID NO: 184中所示的hIgG2Fc多肽的N-端(無C-端賴氨酸)上，由此形成在SEQ IDNO: 197中所示的D3-54-1gG2融合蛋白。如以上所討論，實驗性分析指出在CHO細胞中制得的成熟D3-54-1gG2融合蛋白典型地并不包括該預期的C-端賴氨酸殘基。據信該hIgG2Fc的C-端賴氨酸是在加工過程或在分泌之前被切割，這造成了在SEQ ID N0:211中所示的D3-54-1gG2融合蛋白序列。此外，如以上所指出，D3-29-1gG2可使用實例3的方法制得。二聚體D3-54-1gG2融合蛋白包括兩個D3-54-1gG2單體，這兩個單體通過一個或多個二硫鍵連接在一起，這些二硫鍵是在細胞加工過程中通過在多個半胱氨酸殘基之間產生共價二硫鍵而形成。在SEQ ID N0:201中所示的核酸序列編碼了在SEQ ID N0S: 197以及211中所示的融合蛋白。 本發明的其他融合蛋白可類似地包括一種突變CTLA-4E⑶多肽，該多肽連接到或融合到hIgG2 (SEQ ID N0:218或84)上。本發明的示例性成熟突變CTLA-4_IgG2融合蛋白包括例如，SEQ ID N0S: 74至79、197至200、205至214、以及219至222中每個的多肽序列。SEQ ID N0S:74至79、197至200、220、以及222的多肽序列中的每個包括一個C-端賴氨酸殘基；這個C-端賴氨酸殘基典型地是在加工過程或在分泌之前受到切割，這對應地造成在SEQ ID勵5:205至210、211至214、219、以及221中所示的無(:-端賴氨酸的多肽序列。圖10是一個示意圖，顯示了本發明的一個示例性突變CTLA-4_IgG2融合蛋白的一個示例性構型或結構。示意性地顯示了兩個相同的單體突變CTLA-4-1gG2融合蛋白，每個包括一個成熟突變CTLA-4E⑶多肽，該多肽在其C-端共價連接到一種人類IgG2Fc多肽的N-端上。每個人類IgG2Fc多肽包括一個人類IgG2的鉸鏈區、CH2結構域、以及CH3結構域。還顯示了存在于該ECD與Ig Fe多肽之間的接合處的示例性氨基酸殘基。在此類組分之間的接合處的氨基酸殘基可有差異，這取決于該突變CTLA-4ECD多肽序列和/或Ig多肽序列。這種二聚體突變CTLA-4-1gG2融合蛋白是由至少一個二硫鍵的形成而產生，這些二硫鍵是在這兩個突變CTLA-4-1gG2融合蛋白單體中的類似位置上的半胱氨酸殘基之間。這些潛在地涉及這兩個單體之間形成二硫鍵的半胱氨酸(C)殘基用星號標記。每個單體融合蛋白的信號肽典型地是在加工過程中受到切割，并且因此該分泌(成熟)融合蛋白典型地并不包括該信號肽序列。該人類IgG2多肽的多肽序列(它包括人類IgG2的鉸鏈區、CH2結構域、以及CH3結構域)示于SEQ ID NO: 184。在另一個方面，該人類IgG2多肽的多肽序列(它包括人類IgG2的鉸鏈區、CH2結構域、以及CH3結構域)示于SEQ ID NO:218 ;在此情形下，該IgG2多肽當與SEQ ID NO: 184的序列相比并不包括C-端賴氨酸(K)殘基。可以將本發明的突變CTLA-4-1g融合蛋白的特性(在其他地方進行詳細說明)與一種或多種參比Ig融合蛋白的特性(例如，hCTLA-4-1gGl、hCTLA-4-1gG2、Orenda*融合蛋白、以及LEA29Y-1g)進行比較。可進行比較的特性包括例如，結合⑶80和/或⑶86(和/或CD80-1g和/或CD86-1g)的能力、和/或阻抑或抑制一種免疫應答的能力(例如，T細胞的活化或增殖、細胞因子的產生、等)。該成熟hCTLA-4-1gGl融合蛋白在溶液中典型地是作為一個hCTLA-4-1gGl融合蛋白二聚體而存在的，該二聚體包括兩個相同的單體hCTLA-4-1gGl蛋白，每個單體hCTLA-4-1gGl融合蛋白包括連接到一種IgGlFc多肽上的hCTLA_4E⑶多肽(SEQ ID NO: 159)。該成熟hCTLA_4_IgG2融合蛋白在溶液中典型地作為一種hCTLA_4_IgG2融合蛋白二聚體而存在，該二聚體包括兩個相同的單體hCTLA-4-1gG2蛋白，每個單體hCTLA-4-1gG2融合蛋白(SEQ ID NO: 162)包括連接到一種IgG2Fc多肽上的hCTLA_4ECD多肽(SEQ ID NO: 159)。該成熟Orendat:融合蛋白是一種融合蛋白二聚體，該融合蛋白二聚體包括兩個相同的單體Orenda1*融合蛋白，每個單體融合蛋白(SEQ ID NO: 164)包括連接到一種特異的突變 IgGlFc 多肽(SEQ ID NO: 186)上的 hCTLA_4ECD 多肽(SEQ ID N0:159)。該成熟LEA29Y-1g融合蛋白在溶液中典型地作為一種LEA29Y-1g融合蛋白二聚體而存在，該二聚體包括兩個相同的單體LEA29Y-1g融合蛋白，每個單體LEA29Y-1g融合蛋白(SEQ IDNO: 166)包括連接到 一個特異的突變IgGl多肽(SEQ ID NO: 186)上的特異突變CTLA-4ECD多肽(SEQ ID NO: 168)。據信Orenua"二聚體的兩個融合蛋白單體是由一個單一的二硫鍵共價連接在一起的，該二硫鍵是在每個hCTLA-4-突變IgGl單體的位置120上的半胱氨酸殘基之間形成，并且在這兩個突變IgGlFc多肽之間并未形成任何二硫鍵。一些突變CTLA-4融合蛋白結合⑶80 (例如，h⑶80)和/或⑶86 (例如，h⑶86)。一些此類突變CTLA-4-1g融合蛋白結合一種⑶80-1g融合蛋白和/或一種⑶86-1g融合蛋白。示例性的CD80-1g融合蛋白包括該hCD80-mIg融合蛋白(SEQ ID N0:225)，它包括連接到一種鼠Ig Fe多肽的人類CD80ECD;以及該hCD80-hIgGl融合蛋白(SEQ ID NO: 171)，它包括連接到人類IgGlFc多肽上的h⑶80E⑶的序列。示例性的⑶86-1g融合蛋白包括該hCD86-mIg融合蛋白(SEQ ID NO: 226)，它包括連接到一種鼠Ig Fe多肽上的hCD86ECD(SEQID N0:180);以及該成熟hCD86-hIgGl融合蛋白(SEQ ID NO: 178)，它包括連結到該人類IgGlFc 多肽(SEQ ID NO: 185)上的 hCD86ECD (SEQ ID N0:180)的序列。編碼了 hCD86_mIg以及hCD80-mIg的示例性核酸序列對應地示于SEQ ID N0S: 227以及228。在一個方面，本發明提供了一種分離或重組的融合蛋白，該融合蛋白包括(a) —種多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的至少一個多肽序列至少80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或 100% 的序列一致性，該組的構成為:SEQ ID N0S:1至73，以及(b) 一種Ig Fe多肽(例如，hIgG2Fc)，其中該融合蛋白結合CD80和/或CD86，和/或CD80-1g和/或CD86_Ig融合蛋白，和/或展示了阻抑或抑制一種免疫應答的能力。該Ig Fe多肽可包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的一個多肽序列至少 95%、96%、97%、98%、99%、或 100% 的一致性，該組為 SEQ ID NO: 184、185、186、以及218。在一些情形下，該多肽(a)的C-端共價連接到(b)的Ig Fe多肽的N-端上。一些此類突變CTLA-4-1g融合蛋白結合一種哺乳動物⑶80和/或⑶86 (例如，h⑶80和/或h⑶86)，和/或⑶80-1 g和/或⑶86-1 g融合蛋白。一種⑶80-1 g可包括例如，連接到一種Ig Fe上的人類⑶80E⑶(例如，h⑶80-1g)。在一個實施方案中，一種h⑶80-1g是連接到一種人類Ig Fe上的人類⑶80E⑶(例如，h⑶80-hIg);在另一個實施方案中，一種h⑶80-1g是連結到一種鼠Ig Fe上的人類⑶80E⑶(h⑶80-mIg)。在一個實施方案中，一種h⑶86-1g是連接到一種人類Ig Fe上的人類⑶86E⑶(h⑶86_hlg);在另一個實施方案中，一種h⑶86-1g是連接到一種鼠Ig Fe上的人類⑶86E⑶(h⑶86_mlg)。一些此類融合蛋白在體外和/或體內的測定和/或方法中具有抑制或阻抑不同免疫應答種的一個或多個的能力，例如，T細胞活化、T細胞增殖、細胞因子的合成或產生(例如，TNF- a、IFN- y、IL_2的產生)、活化標記(例如，CD25、IL-2受體)或炎癥分子的誘導、炎癥、抗膠原Ab的產生和/或T細胞依賴的Ab應答。此類融合蛋白預期在不同的應用中具有有益的用途，包括用于治療免疫系統疾病及紊亂(例如，自身免疫疾病)的方法，以及用于抑制器官、細胞、或組織移植體的移植的方法，如以下所討論。在另一個方面，本發明提供了一種分離或重組的突變CTLA-4-1g融合蛋白二聚體，該融合蛋白二聚體包括經由至少一個二硫鍵連接的兩個單體突變CTLA-4-1g融合蛋白，這些二硫鍵是在每個單體突變CTLA-4-1g融合蛋白中存在的兩個半胱氨酸殘基之間形成。每個突變CTLA-4-1g融合蛋白單體包括:(a) 一種突變CTLA-4E⑶多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的至少一個多肽序列至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或 100% 的一致性，該組的構成為:SEQ ID N0S:1 至 73，以及(b) 一種Ig Fe多肽(例如，hIgG2Fc)，其中該融合蛋白二聚體結合⑶80和/或⑶86，和/或CD80-1g和/或CD86-1g融合蛋白，和/或展示了阻抑或抑制一種免疫應答的能力。在一些情形下，(a)的多肽的C-端共價連接到或融合到(b)的Ig Fe多肽的N-端上。該IgFe多肽可包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的一個多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的一致性，該組的構成為:SEQ ID NO: 184至186以及218。在一些情形下，該融合蛋白二聚體通過一個共價二硫鍵而形成，該二硫鍵是在每個突變CTLA-4E⑶多肽序列的氨基酸位置120上的半胱氨酸殘基之 間，或在對應于相對在SEQ ID NO: 159中所示的hCTLA-4E⑶多肽序列的每個突變CTLA-4E⑶多肽序列中的位置120的一個氨基酸位置上。一些此類融合蛋白在體外和/或體內的測定和/或方法中具有抑制或阻抑不同免疫應答中的一個或多個的能力，例如，T細胞活化、T細胞增殖、細胞因子的合成或產生(例如，TNF-a、IFN-Y、IL-2的產生)、活化標記(例如，⑶25、IL-2受體)或炎癥分子的誘到、炎癥、抗膠原Ab的產生、和/或T細胞依賴的Ab應答。此類融合蛋白二聚體預期在不同的應用中具有有益的用途，包括用于治療免疫系統疾病及紊亂(例如，自身免疫疾病)的方法，以及用于抑制器官、細胞、或組織移植體的移植的方法，如以下所討論。一些此類突變CTLA-4-1g融合蛋白單體具有對于h⑶86或h⑶86E⑶的結合親和力，這些結合親和力對應地是至少等于或大于hCTLA-4E⑶以及LEA29對于h⑶86或h⑶86E⑶的那些。見，如，實例4中的表5。在一些此類二聚體以及單體融合蛋白中存在的突變CTLA-4E⑶多肽包括一個多肽序列，該多肽序列具有大約等于該hCTLA-4E⑶氨基酸長度的氨基酸長度。例如，一些此類突變CTLA-4ECD多肽包括一個多肽序列，該多肽序列長度為大約 110 至 138、112 至 136、114 至 134、116 至 132、118 至 130、119 至 129、120 至 128、121至127、122至126、或123至125個氨基酸殘基。一些此類突變CTLA-4E⑶多肽包括一個具有124個氨基酸殘基的序列。示例性的突變CTLA-4E⑶多肽包括例如但不限于，包括一種多肽序列的那些，該多肽序列具有與選自下組的至少一種多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的序列一致性，該組的構成為:SEQ ID NOS:1至73，其中這種突變CTLA-4ECD多肽結合⑶80和/或⑶86 (或二者之一的或兩者的一個E⑶)、和/或具有抑制一種免疫應答的能力。
一些此類突變CTLA-4-1g融合蛋白二聚體具有對于h⑶86和/或h⑶86_Ig的一種結合親合力，該結合親合力對應地是至少大約等于或大于一種hCTLA-4-1g融合蛋白二聚體(例如，hCTLA-4-1gG2 或 hCTLA-4-1gGl 二聚體XOendai二聚體、和 I 或 LEA29Y_Ig對于h⑶86和/或h⑶86-1g的結合親合力。一些此類融合蛋白二聚體具有對于h⑶86和/或hCD86-mIg的一種結合親合力，該結合親合力與Orencia 二聚體對于hCD86和/或hCD86-mIg 的親和力相比高出 2-10 倍(2χ-10χ)、5_10 倍(5χ_10χ)、10-20 倍(10χ_20χ)、20-40倍(20χ-40χ)、或超過40倍(>40χ)。見，如，以下表3中的本發明的示例性二聚體融合蛋白。可替代地或額外地，一些此類融合蛋白二聚體具有對于h⑶80和/或h⑶80-1g的一種結合親合力，該結合親合力對應地是至少大約等于或大于一種hCTLA-4-1g 二聚體(例如，hCTLA-4-1gG2 或hCTLA-4-1gGl 二聚體)、(.)reiU；ur 二聚體、和 /或LEA29Y-1g對于hCD80和/或h⑶80-1g的結合親合力。一些此類融合蛋白二聚體具有對于h⑶80和/或h⑶80-mIg的一種結合親合力，該結合親合力與Orencia*二聚體對于h⑶86和/或h⑶86-mIg的結合親合力相比高出0.5-2倍 (0.5x-2x)、2-4倍(2χ-4χ)、或超過2倍(>2χ)。見，如，以下表4中的本發明的示例性二聚體融合蛋白。一些此類突變CTLA-4-1g融合蛋白二聚體以一種速率從結合的h⑶86和/或hCD86-1g中解離，該速率對應地是小于一種hCTLA-4-1g 二聚體(例如，hCTLA_4_IgG2或 hCTLA-4-1gGl 二聚體)、Orencias 二聚體、和 / 或 LEA29Y_Ig 從結合的 hCD86 和 / 或h⑶86-1g中解離的速率。一些此類融合蛋白以一種速率與h⑶86和/或h⑶86-1g相結合，該速率對應地是至少等于或大于一種hCTLA-4-1g 二聚體(例如，hCTLA-4-1gG2或hCTLA-4-1gGl 二聚體)、Orencia"二聚體、和 I 或 LEA29Y_Ig 與 hCD86 和 / 或 hCD86_Ig 相結合的速率。對于一些此類融合蛋白二聚體，針對在⑶86 (或⑶86-1g)與本發明的融合蛋白二聚體之間的結合反應的平衡解離常數(Kd)小于針對在⑶86 (或⑶86-1g)與一種hCTLA-4-1g 二聚體(例如，hCTLA-4-1gG2 或 hCTLA-4-1gGl 二聚體)、()renUa:; 二聚體、和 /或LEA29Y-1g 二聚體之間的結合反應的平衡解離常數(KD)。見，如，表3中的本發明的示例性融合蛋白二聚體。對于一些此類融合蛋白二聚體，針對在⑶80 (或⑶80-1g)與本發明的融合蛋白二聚體之間的結合反應的平衡解離常數(Kd)是大約等于或小于針對在CD80(或 CD80-1g)與一種 hCTLA-4-1g 二聚體(例如，hCTLA-4_IgG2 或 hCTLA-4-1gGl 二聚體)、
二聚體、或LEA29Y-1g 二聚體之間的結合反應的平衡解離常數(KD)。見，如，表4中的本發明的示例性融合蛋白二聚體。一些此類突變CTLA-4-1g融合蛋白二聚體具有阻抑或抑制一種免疫應答的一種能力(例如，抑制T細胞的活化或增殖、抑制細胞因子的產生、等)，該能力對應地是大約等于或大于一種 hCTLA-4-1g 二聚體(例如，hCTLA-4-1gG2 或 hCTLA-4-1gGl 二聚體)、0renciak.二聚體、和/或LEA29Y-1g 二聚體抑制或阻抑所述免疫應答的能力。例如，一些此類融合蛋白二聚體可在體外測定中抑制T細胞活化或T細胞增殖。例如，以下所示的實例4至9證明了本發明的代表性融合蛋白二聚體(包括一種代表性突變CTLA-4ECD多肽序列)在體外抑制T細胞增殖的能力。一些此類二聚體可以在體內抑制或阻抑受試者體內的一種免疫應答，如，通過將一個治療或預防有效量的至少一種這種二聚體給予需要免疫抑制療法的受試者。一些此類融合蛋白二聚體預期用于不同的應用，包括例如但不限于，用于在患有其中希望免疫抑制的免疫系統疾病或紊亂(例如，自身免疫疾病)的受試者體內阻抑或抑制一種免疫應答的預防和/或治療方法，以及用于通過一個受方對于來自供方的一個組織、細胞、或器官移植體的排斥的方法。一些此類二聚體具有調整或阻抑通過⑶28的信號傳導的經變化的能力，因為他們具有對于⑶80和⑶86的不同的比較性結合親合力。此類二聚體用于其中希望T細胞應答的差異操縱的應用，包括用于治療免疫系統疾病及紊亂的治療及預防方法，例如，免疫缺陷疾病及紊亂(例如，RA、MS、牛皮癬、等)。包括本發明多肽的示例性二聚體融合蛋白(具有以上說明的差異CD80/CD86結合親合力以及免疫抑制特性)示于實例4。一些此類突變CTLA-4-1g 二聚體具有阻抑或抑制一種免疫應答的一種能力，該能力對應地是大約等于或大于hCTLA-4蛋白或hCTLA-4-1g 二聚體阻抑或抑制一種或多種類型免疫應答的能力。例如，一些此類二聚體在體外和/或活體內的測定和/或應用(如以上和以下所說明的那些)中具有抑制T細胞的活化或增殖的一種能力，該能力是至少大約等于或大于該 hCTLA-4 蛋白或一種 hCTLA-4-1g 二聚體(例如，(_)renei;:rf.hCTLA-4_IgG2 二聚體、或hCTLA-4-1gGl 二聚體)在此類應用中抑制T細胞的活化或增殖的能力。額外地，一些此類二聚體具有抑制或阻抑一種免疫應答的一種能力(例如，T細胞的活化或增殖、細胞因子的產生、T細胞依賴的抗體反應)，該能力大于一個LEA29Y-1g 二聚體抑制或阻抑一種免疫應答的能力。例如，實例4至9將本發明的代表性二聚體融合蛋白(包括本發明的一個突變CTLA-4E⑶多肽序列)在體外抑制T細胞增殖的能力相對于二聚體hCTLA-4-1gG2、Orencia 、以及LEAY29-1g在體外阻抑T細胞增殖的能力進行了比較。見，如，以下表6至9。一些此類二聚體具有結合h⑶80和/或h⑶86 (或h⑶80-1g和/或h⑶86_Ig)的能力，以及在體外和/或體內的測定和/或應用(如以上以及以下更為詳細說明的那些)中抑制或阻抑一種免疫應答的能力(例如，一種體內方法，其中給予了一個治療或預防有效量的至少一種此類二聚體)。一 些此類二聚體具有對于h⑶80和/或h⑶86 (或h⑶80-1g和/或h⑶86-1g)的一種結合親合力，該結合親合力對應地是至少大約等于或大于hCTLA-4蛋白、一種二聚體 hCTLA-4-1g (例如，hCTLAHgGZOencia")或二聚體 LEA29Y_Ig 對于 hCD80和/或h⑶86 (或h⑶80-1g和/或h⑶86-1g)的結合親合力，以及阻抑一種免疫應答的能力，該能力是至少等于或大于hCTLA-4蛋白、一種二聚體hCTLA-4-1g(例如，hCTLA-4-1gG2、Orencia")或二聚體LEA29Y-1g抑制一種免疫應答的能力。此類突變CTLA-4-1g融合蛋白二聚體預期用于不同的應用，包括例如，用于治療免疫系統疾病、紊亂、及病況的預防和/或治療方法，如以下更為詳細地討論。在另一個方面，本發明提供了一種分離或重組的融合蛋白二聚體(例如，突變CTLA-4-1g融合蛋白二聚體)，該融合蛋白二聚體包括兩個相同的單體融合蛋白(例如，兩個單體突變CTLA-4-1g融合蛋白)，其中每個這種單體融合蛋白包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的一個多肽序列至少90%、90.5%、91%、91.5%,92%,92.5%,93%,93.5%、94%,94.5%,95%,95.5%,96%,96.5%,97%,97.5%,98%,98.5%,99%,99.5%、或 100% 的一致性，該組的構成為:SEQ ID N0S:74至79、197至200、205至214、以及219至222，其中該二聚體結合CD80和/或CD86 (和/或一種CD80-1g和/或CD86_Ig，對應地如hCD80_mIg和/或h⑶86-mIg)，和/或具有抑制一種免疫應答的能力，包括以上所說明并且以下進一步說明的那些。在SEQ ID N0S: 74至79、197至200、205至214、以及219至222中給出的多肽序列中的每個是一個成熟突變CTLA-4E⑶，該E⑶在其C-端融合到一種IgG2Fc多肽的N-端上，并且每個這種序列可被稱為一種突變CTLA-4-1g融合蛋白。SEQ ID NOS:74至79、197至200、220、以及222中每個的多肽序列是與SEQ ID N0S:205至214、219、以及221相同的，除了 SEQ ID N0S: 74至79、197至200、220、以及222中的每個在其C-端包括一個賴氨酸之外。在另一個方面，本發明提供了一種分離或重組的融合蛋白單體，該融合蛋白單體包括一個多肽序列，該多肽序列具有與包括SEQ ID勵3:74至79、197至200、205至214、以及219至222中任何一個的氨基酸殘基I至351的一個多肽序列至少90%、90.5%、91%、91.5%,92%,92.5%,93%,93.5%,94%,94.5%,95%,95.5%,96%,96.5%,97%,97.5%,98%,98.5%、99%,99.5%、或100%的一致性，其中該融合蛋白結合⑶80和/或⑶86(和/或一種⑶80_Ig和/或⑶86-1g，對應地如h⑶80-mIg和/或h⑶86_mlg)、和/或具有抑制一種免疫應答的能力，包括以上所說明并且以下進一步說明的那些。在另一個方面，本發明提供了一種分離或重組的融合蛋白二聚體，該融合蛋白二聚體包括兩個相同的單體融合蛋白，其中每個這種單體融合蛋白包括一個多肽序列，該多肽序列具有與包括SEQ ID N0S: 74至79、197至200、205至214、以及219至222中任何一個的氨基酸殘基1-351的多肽序列具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或100%的一致性，其中該融合蛋白結合⑶80和/或⑶86(和/或⑶80-1g和/或⑶86_Ig，對應地如h⑶80-mIg和/或h⑶86-mIg)，和/或具有抑制一種免疫應答的能力，包括以上所說明并且以下進一步說明的那些。還提供了一種突變單體CTLA-4-1g融合蛋白，該融合蛋白包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的一個多肽序列至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%的一致性，該組的構成為:SEQ ID NOS: 74至79、197至200、205至214、以及219至222，其中所述單體融合蛋白結合CD80和/或CD86 (和/或CD80_Ig和/或CD86_Ig，對應地如h⑶80-mIg和/或h⑶86-mIg)、和/或具有抑制一種免疫應答的能力。一些此類融合蛋白單體以及二聚體在體外和/或體內的測定和/或方法中具有抑制或阻抑一種或多種免疫應答的能力，包括例如，T細胞的活化或增殖、細胞因子的合成或產生(例如，TNF-α、IFN-y ,IL-2的產生)、活化標記的誘導(例如，⑶25、IL-2受體)、炎癥、抗膠原Ab的產生、和/或T細胞依賴的Ab應答(例如，在患有一種疾病、紊亂、或病況的一位受試者體內，其中免疫抑制療法會具有益處，并且對該受試者給予一個治療有效量的這種二聚體融合蛋白的受試者體內，如以下更為詳細地討論)。此類融合蛋白單體以及二聚體預期用于不同的應用，包括用于治療免疫系統疾病的治療和/或預防方法，包括以下所討論的那些。在另一個方面，本發明提供了一種分離或重組的融合蛋白二聚體(例如，突變CTLA-4-1g融合蛋白二聚體)，該融合蛋白二聚體包括兩個單體融合蛋白(例如，單體突變CTLA-4-1g融合蛋白)，其中每個這種單體融合蛋白包括:⑴一種多肽(例如，突變CTLA-4細胞外結構域多肽)，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列與選自下組的一個多肽序列具有不超過6個氨基酸殘基(例如，不超過1、2、3、4、5、或6個氨基酸殘基)的差異，該組的構成為:SEQ ID N0S:1至73，并且其中在該多肽序列中在氨基酸位置41、50、54、55、56、64、65、70、或85的氨基酸殘基是與在所述所選擇的多肽序列(例如，選自SEQ ID N0S:1至73的一種多肽)的對應位置上的氨基酸殘基相同，以 及(2) —種Ig Fe多肽(例如，IgG2Fc)，其中該融合蛋白二聚體結合CD80和/或CD86 (和/或CD80-1g和/或CD86_Ig)、和/或在體外和/或體內的測定和/或方法中抑制一種免疫應答(例如，T細胞的活化或增殖、細胞因子的產生、活化標記或炎癥分子的誘導、抗膠原Ab的產生、和/或T細胞依賴的Ab應答、等)，如以下所詳細討論。本發明還包括如以上所說明的一種分離或重組的單體融合蛋白，它結合CD80和/或CD86 (和/或CD80-1g和/或CD86_Ig)，和/或在體外或體內誘導一種免疫應答。在該融合蛋白二聚體中，這兩個單體融合蛋白(例如，突變CTLA-4-1g單體)可任選地通過經由在每個單體中的半胱氨酸殘基的一個或多個二硫鍵而共價連接在一起，并且這兩個單體典型地是彼此相同的。在一些情形下，在這種融合蛋白二聚體或單體中的突變CTLA-4E⑶多肽與所選擇的多肽(例如，選自SEQ ID NOS:1至73)具有不超過6個氨基酸殘基的差異，但占據位置41、50、54、55、56、64、65、70、及85中的氨基酸是與在所選擇的多肽序列中的位置上的氨基酸殘基相同；即，在這種位置上的氨基酸殘基不能缺失或取代。在這種融合蛋白中的一些此類CTLA-4ECD多肽包括一個多肽序列，該多肽序列與所選擇的多肽序列具有不超過6個氨基酸殘基的差異，并且它包括了在位置24、30、32、41、50、54、55、56、64、65、70、85、104、以及106上的氨基酸殘基，這些氨基酸殘基與在所選擇的多肽序列中的對應位置上的氨基酸殘基相同。此類CTLA-4ECD多肽可以與所選擇的多肽序列具有一種或多種氨基酸缺失、一種或多種氨基酸添加、和/或一種或多種氨基酸取代的差異。一個氨基酸取代可以是一個保守性或非保守性取代。見，如，“序列變異”章節。一些此類二聚體融合蛋白具有對于hCD86或hCD86-1g的一種結合親合力，該結合親合力對應地是至少大約等于或大于 hCTLA-4、二聚體 hCTLA-4-1g、二聚體 LEA29Y_Ig、或Orcncia.A.蛋白對于 hCD86 或h⑶86-1g的結合親合力。一些此類單體融合蛋白具有對于h⑶86、h⑶86-1g、或h⑶86E⑶的一種結合親和力或親合力，該結合親和力或親合力對應地是至少大約等于或大于該單體hCTLA-4、單體 hCTLA-4-1g、或單體 LEA29Y_Ig 對于 hCD86、hCD86_Ig 或 hCD86ECD 的結合親和力或親合力。可替代地或額外地，一些此類二聚體融合蛋白具有對于h⑶80或h⑶80-1g的一種結合親合力，該結合親合力對應地是至少大約等于或大于hCTLA-4或hCTLA-4-1g對于h⑶80的親合力。可替代地或額外地，一些此類單體融合蛋白具有對于h⑶80、h⑶80-1g、或hCD80ECD的一種結合親和力或親合力，該結合親和力或親合力對應地是至少大約等于或大于單體hCTLA-4或單體hCTLA-4-1g對于hCD80、hCD80_Ig、或hCD80ECD的一種結合親和力或親合力。在一些情形下，在這種融合蛋白二聚體或單體中的突變CTLA-4E⑶多肽包括一個多肽序列，該多肽序列具有大約等于該hCTLA-4ECD氨基酸長度的長度，例如從大約118 至 130,119 至 129,120 至 128,121 至 127,122 至 126,123 至 125、或 124 個氨基酸殘基的長度。該Ig Fe多肽(例如，IgG2Fc、IgGlFc, IgG4Fc、或一種降低效應子功能或Fe受體結合的一種突變IgG Fe)的N-端可直接地或間接地(經由包括例如從I至10個氨基酸殘基的一個連接物)共價地連接到或融合到該突變CTLA-4E⑶多肽的C-端上。該Ig Fe多肽可包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的一個多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的序列一致性，該組的構成為:SEQ ID NOS: 184至186以及218，例如SEQ IDNO: 184、185、186 以及 218 的任何一個。
—些此類突變CTLA-4-1g融合蛋白二聚體或單體可阻抑不同免疫應答中的一個或多個，包括例如，T細胞活化、T細胞增殖、細胞因子的合成或產生(例如，TNF-α、IFN- Y、IL-2的生成)、活化標記(例如，⑶25、IL-2受體)或炎癥分子的誘導、炎癥、抗膠原Ab的產生、和/或一種或多種T細胞依賴的Ab應答。一些此類突變CTLA-4-1g 二聚體與hCTLA-4、二聚體hCTLA-4-1g、或二聚體LEA29Y-1g相比具有阻抑一種或多種此類免疫應答的更大的能力。例如，實例4至9提供了以下數據，這些數據將本發明的代表性二聚體融合蛋白(包括本發明的一種突變CTLA-4ECD多肽)在體外抑制T細胞增殖的能力相對于一種二聚體hCTLA-4-1g或二聚體LEA29Y-1g這樣做的能力進行了比較。一些此類突變CTLA_4_Ig單體與單體hCTLA-4、單體hCTLA-4-1g、或單體LEA29Y_Ig相比具有阻抑一種或多種此類免疫應答的更大的能力。一些此類單體及二聚體可以在受試者體內阻抑或抑制一種免疫應答，如通過將一個治療或預防有效量的至少一種此類多肽給予需要免疫抑制療法的受試者。此類融合蛋白預期在不同的應用中具有有益的用途，包括用于治療一種疾病、紊亂、或病況的方法，其中免疫抑制會具有益處，如，用于治療自身免疫疾病及紊亂的預防和/或治療方法，以及用于抑制器官、細胞、或組織移植體的移植的方法。在另一個方面，本發明提供了一種分離或重組的蛋白二聚體(例如，突變CTLA-4-1g融合蛋白二聚體)，該蛋白二聚體包括兩個單體融合蛋白(例如，兩個單體突變CTLA-4-1g融合蛋白)，其中每個這種單體融合蛋白包括:(I) 一種突變CTLA-4細胞外結構域(ECD)多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列(a)與選自下組的一個多肽序列具有不超過6個氨基酸殘基(例如，不超過1、2、3、4、5或6個氨基酸殘基)的差異，該組的構成為:SEQ ID N0S:1至73，并且(b)包括在對應于相對SEQ ID NO: 159多肽序列的位置50、54、55、56、64、65、70、或85的一個氨基酸位置上的至少一個氨基酸取代；以及(2) —種Ig Fe多肽，其中該融合蛋白二聚體結合⑶80和/或⑶86 (和/或⑶80-1g和/或⑶86-1g)、和/或在體外和/或體內的測定和/或方法中抑制一種免疫應答(例如，T細胞的活化或增殖、細胞因子的產生、活化標記的誘導、炎癥、抗膠原抗體的產生、T細胞依賴的抗體反應、等)，如以下更為詳細地說明。本發明還包括一種分離或重組的單體融合蛋白，如以上所說明，它結合⑶80和/或⑶86(和/或⑶80-1g和/或⑶86-1g)、和/或在體外或體內誘導一種免疫應答。在一些情形下，⑶80是h⑶80，并且⑶86是h⑶86。在該融合蛋白二聚體中，這兩個單體融合蛋白(例如，突變CTLA-4-1g單體)是可任選地通過經由在每個單體中的半胱氨酸殘基的一個或多個二硫鍵而共價連接在一起，并且這兩個單體典型地是彼此相同的。該Ig Fe多肽(例如，IgG2Fc、 IgGlFc, IgG4Fc、或降低效應子功能或Fe受體結合的一種突變IgG Fe)的N-端可直接地或間接地(經由包括例如從I至10個氨基酸殘基的一個連接物)共價連接到或融合到該突變CTLA-4E⑶多肽的C-端上。該Ig Fe多肽可包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的一個多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的序列一致性，該組的構成為:SEQ ID N0S: 184至186以及218。一些此類融合蛋白二聚體或單體包括一種突變CTLA-4E⑶多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列具有大約等于該hCTLA-4E⑶氨基酸長度的長度，例如118至130、119至129、120至128、121至127、122至126、或123至125個氨基酸殘基的長度。在這種融合蛋白二聚體或單體中的一些此類突變CTLA-4ECD多肽包括一個多肽序列，該多肽序列長度是124個氨基酸殘基。一些此類突變CTLA-4E⑶多肽包括2、3、4、5、或6個氨基酸取代，這些氨基酸取代是在相對在SEQ ID NO: 159中所示的序列的、選自下組的位置上，該組的構成為:位置50、54、55、56、64、65、70、以及85。一些此類突變CTLA-4ECD多肽進一步包括一個氨基酸取代，該氨基酸取代是在對應于相對SEQ ID NO: 159的位置104和/或30的一個位置上。一些此類突變CTLA-4E⑶多肽包括相對SEQ ID NO: 159的至少一個氨基酸取代，這些氨基酸取代是在位置70 (可任選地S70F)、位置64 (可任選地S64P)、位置50 (可任選地A50M)、位置54 (可任選地M54K/V，例如M54K)、位置65 (可任選地I65S)、位置56 (可任選地N56D)、位置55 (可任選地G55E)、位置85 (可任選地M85A)、和/或位置24 (可任選地A24E/S，例如A24E)上。任何此類突變CTLA-4ECD多肽可進一步包括相對SEQ ID NO: 159的一個氨基酸取代，該氨基酸取代是在位置104 (可任選地L104E/D，例如L104E)、位置30(可任選地T30N/D/A，例如T30N、T30D、或T30A)、和/或位置32 (可任選地V32I)。一些此類突變CTLA-4ECD多肽包括至少一個氨基酸取代，這些氨基酸取代是在相對SEQ ID NO: 159的一個氨基酸位置上，這些氨基酸取代選自下組，其構成為:A50M、M54K、G55E、N56D、S64P、I65S、以及S70F。一些此類突變CTLA-4E⑶多肽包括2、3、4、5、或6個氨基酸取代，這些氨基酸取代是在相對SEQ ID NO: 159的多個氨基酸位置上，這些氨基酸取代選自下組，其構成為:A50M、M54K、G55E、N56D、S64P、I65S、以及 S70F。
一些此類突變CTLA-4-1g 二聚體展示了對于⑶86(例如，h⑶86)或二聚體⑶86_Ig(例如，h⑶86-1g)的一種結合親合力，該結合親合力對應地是大約等于或大于hCTLA-4蛋白、二聚體 hCTLA-4-1g (例如，hCTLA-4-1gGl 或 hCTLA-4-1gG2)、Orenciaw蛋白、或二聚體LEA29Y-1g對于⑶86或二聚體⑶86_Ig的結合親合力。一些此類二聚體具有對于⑶80(例如，h⑶80)或二聚體⑶80-1g (例如，h⑶80-1g)的一種結合親合力，該結合親合力對應地大于hCTLA-4蛋白、一種二聚體hCTLA-4-1g,OrenciaR蛋白、和/或二聚體LEAY29_Ig對于⑶80或二聚體⑶80-1g的結合親合力。一些此類突變CTLA-4-1g單體展示了對于⑶86 (例如，h⑶86)或⑶86_Ig (例如，hCD86-1g)的一種結合親和力或親合力，該結合親和力或親合力對應地是大約等于或大于單體hCTLA-4、單體hCTLA-4-1g、或單體LEA29Y_Ig對于CD86或二聚體CD86_Ig的結合親和力或親合力。一些此類單體具有對于⑶80 (例如，h⑶80)或⑶80-1g (例如，h⑶80-1g)的一種結合親和力或親合力，該結合親和力或親合力對應地是大于單體hCTLA-4或單體hCTLA-4-1g (例如，單體 CTLA-4-1gGl 或 CTLA-4_IgG2)對于 CD80 或二聚體 CD80_Ig 的結合親和力或親合力。—些此類突變CTLA-4-1g 二聚體以及單體在體外和/或體內的測定和/或方法中(例如，在患有一種疾病、紊亂、或病況的一位受試者體內，其中免疫抑制療法會具有益處，并且對該受試者給予一個治療有效量的至少一種此類突變CTLA-4-1g 二聚體)阻抑或抑制一種或多種免疫應答的能力，包括以上以及全文中所說明的(例如，T細胞的活化或增殖、細胞因子的產生、活化標記的誘導、炎癥、抗膠原抗體的產生、T細胞依賴的抗體反應)。一些此類突變 CTLA-4-1g 二聚體與 hCTLA-4、一種二聚體 hCTLA-4-1g (例如，二聚體 CTLA-4-1gGl或CTLA-4-1gG2)、Orem;iaK蛋白、和/或二聚體LEAY29-1g相比以更大的程度來抑制一種或多種此類免疫應答。一些此類突變CTLA-4-1g單體與hCTLA-4、單體hCTLA_4_Ig、和/或單體LEAY29-1g相比以更大的程度來阻抑一種或多種此類免疫應答。此類突變CTLA-4-1g二聚體以及單體預期在不同的應用中具有有益的用途，包括用于治療自身免疫疾病及紊亂的方法，以及用于抑制器官、細胞、或組織移植體的移植的方法。在另一個方面，本發明提供了一種分離或重組的融合蛋白二聚體(例如，突變CTLA-4-1g融合蛋白二聚體)，該融合蛋白二聚體包括兩個單體融合蛋白(例如，單體突變CTLA-4-1g融合蛋白)，其中每個這種單體融合蛋白包括:(I) 一種多肽(例如，突變CTLA-4細胞外結構域)，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列(i)具有與選自下組的任何多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的序列一致性，該組的構成為:SEQ ID NOS:1至73，并且(ii)包括一個苯丙氨酸殘基，該苯丙氨酸殘基在對應于所述多肽序列的位置70的一個氨基酸位置上，該多肽序列選自下組，其構成為:SEQ ID N0:1至73，以及(2) —種IgFe多肽(例如，IgG2Fc、IgGlFc, IgG4Fc、或降低效應子功能或Fe受體結合的一種突變IgGFe)，其中該融合蛋白二聚體結合CD80 (例如，hCD80)和/或CD86 (例如，hCD86)(和/或CD80-1g，例如hDC80-1g、和/或CD86_Ig，例如hCD86_Ig)、和/或在體外和/或體內誘導一種免疫應答的能力。本發明還包括如以上所說明的一種分離或重組的單體融合蛋白，該單體融合蛋白結合CD80 (例如，hCD80)和/或CD86 (例如，hCD86)(和/或CD80_Ig，例如hDC80-1g、和/或⑶86-1g，例如h⑶86-1g)、和/或在體外或體內誘導一種免疫應答。在一些情形下，該Ig Fe多肽包括一個序列，該序列具有與選自下組的一個多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的序列一致性，該組的構成為:SEQ ID N0S: 184至186以及218。該Ig Fe多肽的N-端可直接地或間接地(經由包括例如從I至10個氨基酸殘基的一個連接物)共價連接到或融合到該突變CTLA-4E⑶多肽的C-端上。在一些此類突變CTL-4-1g 二聚體及單體中，該突變CTLA-4E⑶多肽包括以下的相對所述所選擇的多肽序列中的一個或多個:在對應于位置24的一個氨基酸位置上的一個谷氨酸殘基；在對應于位置30的一個氨基酸位置上的一個天冬酰胺殘基；在對應于位置32的一個氨基酸位置上的一個異亮氨酸殘基；在對應于位置50的一個氨基酸位置上的一個甲硫氨酸殘基；在對應于位置54的一個氨基酸位置上的一個賴氨酸殘基；在對應于位置55的一個氨基酸位置上的一個谷氨酸殘基；在對應于位置56的一個氨基酸位置上的一個天冬氨酸殘基；在對應于位置64的一個氨基酸位置上的一個脯氨酸殘基；在對應于位置65的氨基酸位置上的一個絲氨酸殘基；以及在對應于位置104的氨基酸位置上的一個谷氨酸殘基。例如，在此類突變CTLA-4-1g 二聚體或單體中，一些此類突變CTLA-4E⑶多肽包括一個多肽序列，該多肽序列包括(i)與SEQ ID N0:2的多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的序列一致性 ，以及(ii) 一個苯丙氨酸殘基，該苯丙氨酸殘基在對應于SEQ IDNO: 24的多肽序列的位置70的一個氨基酸位置上，其中該多肽結合h⑶80和/或h⑶86(和/或h⑶80-1g和/或h⑶86-1g)、和/或在體外和/或體內的測定和/或方法中抑制一種免疫應答。在此類突變CTLA-4-1g 二聚體或單體中，一些此類突變CTLA-4E⑶多肽包括以下的相對SEQ ID N0:24中的一個或多個:在位置24上的一個谷氨酸殘基、在位置30上的一個天冬酰胺殘基、在位置32上的一個異亮氨酸殘基、在位置50上的一個甲硫氨酸殘基、在位置54上的一個賴氨酸殘基、在位置55上的一個谷氨酸殘基、在位置56上的一個天冬氨酸殘基、在位置64上的一個脯氨酸殘基、在位置65上的一個絲氨酸殘基、以及在位置104上的一個谷氨酸殘基。一些此類突變CTLA-4-1g 二聚體具有對于⑶86 (例如，h⑶86)或二聚體⑶86_Ig(例如，h⑶86-1g)的一種結合親合力，該結合親合力對應地是大約等于或大于hCTLA-4、二聚體hCTLA-4-1g、Orenda#蛋白、或二聚體LEA29Y-1g對于CD86或二聚體CD86-1g的結合親合力。一些此類二聚體具有對于⑶80 (例如，h⑶80)或二聚體⑶80-1g (例如，h⑶80-1g)的一種結合親合力，該結合親合力對應地是大于hCTLA-4、一種二聚體hCTLA-4-1g、或Orenciai^白對于CD80或二聚體CD80-1g的結合親合力。一些此類突變CTLA-4-1g單體展示了對于⑶86 (例如，h⑶86)或⑶86_Ig (例如，hCD86-1g)的一種結合親和力或親合力，該結合親和力或親合力對應地是大約等于或大于單體hCTLA-4、單體hCTLA-4-1g、和/或單體LEA29Y_Ig對于CD86或CD86_Ig的結合親和力或親合力。一些此類單體具有對于⑶80 (例如，h⑶80)或⑶80-1g (例如，h⑶80-1g)的一種結合親和力或親合力，該結合親和力或親合力對應地是大于單體hCTLA-4或單體hCTLA-4-1g對于⑶80或二聚體⑶80-1g的結合親和力或親合力。一些此類突變CTLA-4-1g 二聚體以及單體具有在體外和/或體內的測定和/或方法中(例如，在患有一種疾病、紊亂、或病況的一位受試者體內，其中免疫抑制療法將會具有益處，并且對該受試者給予一個治療有效量的至少一種此類突變CTLA-4-1g 二聚體)阻抑或抑制一種或多種免疫應答的能力(例如，T細胞的活化或增殖、細胞因子的產生、活化標記的誘導、炎癥、抗膠原Ab的產成、T細胞依賴的Ab應答)。一些此類突變CTLA-4-1g 二聚體與 hCTLA-4、一種二聚體 hCTLA-4-1g (例如，二聚體 CTLA-4-1gGl 或 CTLA-4_IgG2)、Orencia"蛋白、和/或二聚體LEA29Y-1g相比以更大的程度來阻抑或抑制一種或多種此類免疫應答的能力。一些此類突變CTLA-4-1g單體與單體hCTLA-4、單體hCTLA_4_Ig、和/或單體LEAY29-1g相比以更大的程度來阻抑或抑 制一種或多種此類免疫應答的能力。此類突變CTLA-4-1g 二聚體以及單體預期在不同的治療和/或預防方法中具有有益的用途，這些方法用于治療其中免疫抑制治療將具有益處的疾病或紊亂，包括例如，用于治療自身免疫疾病的方法，以及用于抑制器官、細胞、或組織移植體的移植物的排斥的方法。在又另一個方面，本發明提供了一種分離或重組的融合蛋白二聚體(例如，突變CTLA-4-1g融合蛋白二聚體)，該融合蛋白二聚體包括兩個單體融合蛋白(例如，單體突變CTLA-4-1g融合蛋白)，其中每個這種單體融合蛋白包括:(1) 一種多肽(例如，突變CTLA-4細胞外結構域)，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列(a)與在SEQ ID NO: 159所述的人類CTLA-4細胞外結構域多肽的多肽序列具有不超過6個氨基酸殘基的差異，并且(b)包括至少一個氨基酸取代，其中所述至少一個氨基酸取代包括S70F，其中根據SEQ ID NO: 159對氨基酸殘基位置是進行編號；以及(2) —種IgG Fe多肽(例如，IgG2FC、IgGlFc、IgG4Fc。或降低效應子功能或Fe受體結合的一種突變IgG Fe)，其中所述二聚體結合hCD80和/或h⑶86(和/或h⑶86-1g和/或h⑶86-1g)、和/或在體外和/或體內的測定和/或方法中抑制一種免疫應答(例如，T細胞的活化或增殖、細胞因子的產生、活化標記的誘導、炎癥、抗膠原抗體的產生、T細胞依賴的抗體反應、等)，如以下詳細地討論。本發明還包括如以上所說明的一種分離或重組的單體融合蛋白，該單體融合蛋白結合CD80 (例如，hCD80)和/或CD86 (例如，hCD86)(和 / 或 CD80_Ig，例如 hCD80_Ig、和 / 或 CD86_Ig，例如 hCD86_Ig)、和/或在體外或體內誘導一種免疫應答。該Ig Fe多肽可包括一個序列，該序列具有與選自下組的一個多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的序列一致性，該組的構成為:SEQID NOS: 184至186以及218。該Ig Fe多肽的N-端可直接地或間接地(經由包括例如從I至10個氨基酸殘基的一個連接物)共價連接到或融合到該突變CTLA-4E⑶多肽的C-端所。在一些此類突變CTLA-4-1g 二聚體或單體中，該突變CTLA-4E⑶多肽進一步包括選自下組的至少一個氨基酸取代，該組的構成為:A24E、T30N、V321、D41G、A50M、M54K、G55E、N56D、S64P、I65S、M85A、L104E、以及I106F。在一些此類突變CTLA_4_Ig 二聚體或單體中，該突變CTLA-4E⑶多肽進一步包括取代L104E，和/或二、三、或四個額外的取代，這些取代選自下組，其構成為:T30N、V321、A50M、M54K、G55E、N56D、S64P、以及 I65S。一些此類二聚體具有對于CD86 (例如，hCD86)或二聚體CD86_Ig (例如，hCD86_Ig)的一種結合親合力，該結合親合力對應地是大約等于或大于hCTLA-4、二聚體hCTLA-4-1g、和/或Orencia 蛋白對于CD86或二聚體CD86-1g的結合親合力。一些此類二聚體具有對于⑶80 (例如，h⑶80)或二聚體⑶80-1g (例如，h⑶80-1g)的一種結合親合力，該結合親合力對應地是大于hCTLA-4、二聚體hCTLA-4-1g、和/或(Jrenuia'‘蛋白對于⑶80或二聚體⑶80-1g的結合親合力。一些此類單體具有對于⑶86 (例如，h⑶86)或⑶86-1g (例如，hCD86-1g)的一種結合親和力或親合力，該結合親和力或親合力對應地是大約等于或大于單體hCTLA-4、單體hCTLA-4-1g或單體LEA29Y_Ig對于⑶86或⑶86_Ig的結合親和力或親合力。一些此類單體具有對于⑶80 (例如，h⑶80)或⑶80-1g (例如，h⑶80-1g)的一種結合親和力或親合力，該結合親合力或親合力對應地是大于單體hCTLA-4或單體hCTLA-4-1g對于⑶80或二聚體⑶80-1g的結合親和力或親合力。一些此類突變CTLA-4-1g 二聚體以及單體在體外和/或體內的測定和/或方法中(例如，在患有一種疾病、紊亂、或病況的一個受試者體內，其中免疫抑制療法將具有益處，并且對該受試者給予一個治療有效量的至少一種此類突變CTLA-4-1g 二聚體)阻抑或抑制一種或多種免疫應答的能力(例如，T細胞的活化或增殖、細胞因子的產生、活化標記的誘導、炎癥、抗膠原抗體的產生、T細胞依賴的抗體反應)。一些此類二聚體與hCTLA-4、一種二聚體 hCTLA-4-1g(例如，二聚體 CTLA-4-1gGl 或 CTLA-4-1gG2)、Orenciaκ 蛋白、和 I 或二聚體LEAY29-1g相比具有以更大的程度來阻抑或抑制一種或多種此類免疫應答的能力。一些此類單體與單體hCTLA-4、單體hCTLA-4-1g、和/或單體LEAY29_Ig相比具有以更大的程度來阻抑或抑制一種或多種此類免疫應答的能力。此類突變CTLA-4-1g 二聚體以及單體預期在不同的治療和/或預防方法中具有有益的用途，這些方法用于治療其中免疫抑制治療將具有益處的疾病或紊亂，包括例如，用于治療自身免疫疾病的方法，以及用于抑制器官或組織移植體的移植的方法 。在另一個方面，本發明提供了一種分離或重組的融合蛋白二聚體(例如，突變CTLA-4-1g融合蛋白二聚體)，該融合蛋白二聚體包括兩個單體融合蛋白(例如，單體突變CTLA-4-1g融合蛋白)，其中每個這種單體融合蛋白包括:⑴一種多肽(例如，突變CTLA-4細胞外結構域)，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列(a)與SEQ ID NO: 31的多肽序列具有不超過6個氨基酸殘基的差異，并且(b)包括以下的至少一項:在對應于SEQ ID N0:31的位置50的一個位置上的一個甲硫氨酸殘基、在對應于SEQ ID NO: 31的位置54的一個位置上的一個賴氨酸殘基、在對應于SEQ ID NO:31的位置55的一個位置上的一個谷氨酸殘基、在對應于SEQ ID NO:31的位置64的一個位置上的一個脯氨酸殘基、在對應于SEQ IDNO: 31的位置65的一個位置上的一個絲氨酸殘基、在對應于SEQ ID NO: 31的位置70的一個位置上的一個苯丙氨酸殘基，其中根據SEQ ID NO: 31對氨基酸殘基位置進行編號；以及(2) 一種Ig Fe多肽，其中所述二聚體結合hCD80和/或hCD86 (和/或hCD86_Ig和/或h⑶86-1g)、和/或抑制一種免疫應答。本發明還包括如以上所說明的一種分離或重組的單體融合蛋白，它結合CD80 (例如，hCD80)和/或CD86 (例如，hCD86)(和/或CD80_Ig，例如h⑶80-1g、和/或⑶86-1g，例如h⑶86-1g)、和/或在體外或體內誘導一種免疫應答。該IgFe多肽可包括一種IgG2Fc、IgGlFc, IgG4Fc、或降低效應子功能或Fe受體結合的一種突變IgG Fe。該Ig Fe多肽可包括一個序列，該序列具有與選自下組的一個多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的一致性，該組的構成為:SEQ ID NOS: 184至186以及218。該Ig Fe多肽的N-端可直接地或間接地(經由包括例如從I至10個氨基酸殘基的一個連接物)共價連接到或融合到該突變CTLA-4E⑶多肽的C-端上。在一些此類二聚體或單體中，該突變CTLA-4E⑶多肽包括在對應于SEQ ID NO:31的位置104的一個位置上的一個谷氨酸殘基、在對應于位置30的一個位置上的一個天冬酰胺殘基、和/或在對應于位置32的一個位置上的一個異亮氨酸殘基。一些此類二聚體具有對于⑶86 (例如，h⑶86 )或二聚體⑶86-1 g (例如，h⑶86-1g)的一種結合親合力，該結合親合力對應地是大約等于或大于hCTLA-4蛋白、二聚體 hCTLA-4-1g、Oren(；ia:1 蛋白、和 I 或二聚體 LEAY29_Ig 對于 CD86 或二聚體 CD86_Ig的結合親合力。一些此類二聚體具有對于⑶80 (例如，h⑶80)或二聚體⑶80-1g (例如，h⑶80-1g)的一種結合親合力，該結合親合力對應地是大于hCTLA-4、二聚體hCTLA-4-1g、和/或GVenda蛋白對于⑶80或二聚體⑶80-1g的結合親合力。一些此類單體展示了對于⑶86 (例如，h⑶86)或⑶86-1g (例如，h⑶86-1g)的一種結合親和力或親合力，該結合親和力或親合力對應地是大約等于或大于單體hCTLA-4、單體hCTLA-4-1g、或單體LEA29Y_Ig對于⑶86或⑶86-1 g的結合親和力或親合力。一些此類單體具有對于⑶80 (例如，h⑶80)或⑶80-1g (例如，h⑶80-1g)的一種結合親和力或親合力，該結合親和力或親合力對應地是大于單體hCTLA-4或單體hCTLA-4-1g對于⑶80或二聚體⑶80_Ig的結合親和力或親合力。一些此類突變CTLA-4-1g 二聚體以及單體在體外和/或體內具有阻抑或抑制一種或多種免疫應答的能力(例如，T細胞的活化或增殖、細胞因子的產生、活化標記的誘導、炎癥、抗膠原抗體的產生、T細胞依賴的抗體反應)，如以下詳細討論。一些此類二聚體與hCTLA-4、一種二聚體hCTLA-4-1g、Orenda8蛋白、和I或二聚體LEAY29_Ig相比具有以更大的程度來阻抑一種或多種此類免疫應答的能力。一些此類單體與單體hCTLA-4或單體hCTLA-4-1g相比具有以更大的程度來阻抑或抑制一種或多種此類免疫應答的能力。此類突變CTLA-4-1g 二聚體以及單體預期在不同的治療和/或預防方法中具有有益的用途，這些方法用于治療其中免疫抑制治療將具有益處的疾病或紊亂，(例如，自身免疫疾病及紊亂，以及用于抑制器官或組織移植體的移植的方法)。以上所說明的任何這種二聚體以及單體突變CTLA-4-1g融合蛋白二聚體或單體可進一步包括一種肽，這種肽協助該融合蛋白從宿主細胞中分泌。這種肽可任選地是一種信號肽。該信號肽的C-端典型地共價連接到一種融合蛋白的N-端上。該信號肽可包括一個氨基酸序列，該氨基酸序列具有與SEQ ID NO: 182或SEQ ID NO:216的氨基酸序列至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或 100% 的一致性。該信號肽可包括一個氨基酸序列，該氨基酸序列具有與包括SEQ ID NO: 160的氨基酸殘基I至35、I至36、或I至37 的一個氨基酸序列至少 90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或 100% 的一致性。此外，如以下所討論，以上所說明的任何這種二聚體及單體突變CTLA-4-1g融合蛋白可包括一個或多個經糖基 化或聚乙二醇化的氨基酸殘基。本發明還提供了一種成熟/分泌的突變CTLA-4_IgG2融合蛋白，其長度是352個氨基酸，并且包括一種突變CTLA-4E⑶多肽(包括124個氨基酸殘基)，以及一種人類IgG2Fc多肽，它包括228個氨基酸殘基。示例性的突變CTLA-4ECD多肽包括那些多肽，這些多肽包括通過SEQ ID NOS:1至73中的任何一個所識別的序列。示例性的突變CTLA-4_IgG2融合蛋白包括那些，它們包括通過SEQ ID N0S: 74至79、197至200、205至214、以及219中222中任何一個所識別的一個多肽序列。若需要，一種成熟突變CTLA-4-1gG2融合蛋白的氨基酸能夠以該突變CTLA-4-1gG2的第一個氨基酸殘基(即，該突變CTLA-4E⑶多肽的第一個殘基)起始進行編號。在一些方面，該突變CTLA-4-1gG2融合蛋白(或突變CTLA-4E⑶)的第一個殘基是甲硫氨酸，并且因此該突變CTLA-4-1gG2融合蛋白(或突變CTLA-4E⑶)的氨基酸編號將會由甲硫氨酸起始(被指定為氨基酸殘基I)。本發明還包括一種分離或重組的多聚體融合蛋白，該多聚體融合蛋白包括二個或多個以上說明的突變CTLA-4-1g融合蛋白。在一些情形下，該多聚體是一個融合蛋白二聚體，該融合蛋白二聚體包括兩個突變CTLA-4-1g融合蛋白，它們可以是相同的融合蛋白(即，同型二聚體)或不同的融合蛋白(即，異型二聚體)。在一些情形下，該多聚體是一種四聚體融合蛋白，它包括四個本發明的突變CTLA-4-ECD多肽。該四聚體可包括四個相同的突變CTLA-4E⑶多肽(即，同型四聚體)、或本發明的四個突變CTLA-4E⑶多肽的任何組合，這樣使得所有四個突變CTLA-4E⑶多肽都不相同(即，異四聚體)。一些此類多聚體結合⑶80和/⑶86 (和/或h⑶80-1g和/或h⑶86-1g)、和/或阻抑或抑制一種免疫應答。本發明包括以上說明的可溶形式的多肽、融合蛋白、以及多聚體中的任何一種。還包括了以下說明的可溶形式的本發明的偶聯物。本發明的可溶性分子如，本發明的可溶性的多肽、二聚體融合蛋白、單體融合蛋白、多聚體、以及偶聯物-并未連接或結合或結合到細胞上。一些此類可溶性分子可以在溶液中或可以進行循環，例如，在一種液體中(例如，在受試者的體內)。可以典型地使用一種信號肽來協助這種分子的分泌，但該信號肽在該分子從宿主細胞中分泌的過程中被切割。因此，在大部分的情形下，一種可溶性的分子，如，一種可溶性的多肽、二聚體融合蛋白、單體融合蛋白、或多聚體，并不包括一種信號肽。如以上所討論，本發明的一個突變CTLA-4細胞外結構域多肽可以連接到一種Ig分子上，該分子包括例如，一種Ig多肽的一 部份，例如，一種Ig Fe多肽，它造成一種可溶性的融合蛋白。因此，在一個方面，本發明包括可溶性的突變CTLA-4-1g融合蛋白，該融合蛋白包括如在本文中所說明的本發明的任何突變CTLA-4ECD多肽，該多肽融合到或連接到一種Ig多肽的至少一個部分上，例如，一種野生型Ig Fe (例如，人類IgG2Fc)或突變Ig Fe多肽。此類可溶性的突變CTLA-4-1g融合蛋白可以是單體或二聚體的融合蛋白，并且包括以上以及其他地方(包括在以下實例中)詳細說明的的那些突變CTLA-4-1g融合蛋白單體以及二聚體。如以上以及本文中的其他地方所詳細說明，一些此類可溶性的單體或二聚體融合蛋白可具有結合CD80和/或CD86的能力、和/或在體外和/或體內的應用中阻抑或抑制一種免疫應答的能力(例如，T細胞的活化或增殖)。本發明的此類可溶性分子預期在不同的應用中具有具體的益處，包括例如，用于治療免疫系統疾病及紊亂(例如，自身免疫疾病)的治療及預防方法，以及用于抑制細胞、器官或組織移植體的移植的預防及治療方法。本發明的可溶性分子一例如，本發明的可溶性重組突變CTLA-4E⑶多肽、單體以及二聚體的突變CTLA-4-1g融合蛋白、突變CTLA-4E⑶偶聯物、突變CTLA-4-1g偶聯物、包括突變CTLA-4E⑶多肽或突變CTLA-4-1g的多聚體、包括突變CTLA-4偶聯物或突變CTLA-4-1g偶聯物的多聚體-它們結合⑶80和/或⑶86，在以一個治療或預防有效量給予一個受試者時，抑制了內源性CD80和/或CD86與內源性CD28之間的相互作用，由此在該受試者體內阻抑一種免疫系統反應或對該受試者的健康的身體組織、器官、和/或細胞的免疫系統進行攻擊。在其中一個受試者是來自一個供方的健康的身體組織、器官、和/或細胞的受方情形下(例如，當該受試者受方已接受了一個供方的組織移植體或細胞或器官移植物時)，此類可溶性的分子抑制了內源性CD80和/或CD86與內源性CD28之間的相互作用，由此抑制該受試者的免疫系統對由該供方捐獻到該受試者的健康的身體組織、器官、和/或細胞的有害應答或攻擊。經由阻抑一種免疫系統應答或對健康的身體組織的攻擊，降低了該受試者體內與這種免疫系統應答或對健康的身體組織、器官、或細胞的攻擊相關聯的副作用(例如，疼痛、關節炎癥、等)，并延遲或防止由這種響應或攻擊所造成的損傷。用于測量以上說明的本發明的多肽(包括例如，突變CTLA-4E⑶多肽、二聚體以及單體的突變CTLA-4 -1g融合蛋白、以及多聚體)的結合親和力以及親合力的方法對于本領域中的普通技術人員而言將是已知的，并且包括例如但不限于:BiaC0re 技術(GEHealthcare)、等溫滴定微量熱法(MicroCal LLC, Northampton, MA)、ELISA、結合親合力曬菌體展示法、以及FACS法。Biacore法在以下實例4中詳細說明。FACS或其他分選方法在以上以及本文的其他地方進行更為詳細地說明。通過噬菌體ELISA來測量本發明的多肽對hCD80和/或hCD86的結合親合力的方法說明于以下實例2中。用于檢測并測量由本發明的分子(包括例如，本發明的突變CTLA-4ECD多肽、二聚體以及單體的突變CTLA-4-1g融合蛋白、以及多聚體)所誘導的T細胞應答的方法是本領域的普通技術人員所熟知的。T細胞活化常見地特征在于生理學事件，包括例如，T細胞相關的細胞因子合成(例如，IFN-Y的產生)以及活化標記(例如，⑶25、IL-2受體)的誘導。CD4+T細胞在MHC II型分子的背景中識別它們的免疫原肽，而CD8+T細胞則在MHC I型分子的背景中識別它們的免疫原肽。用于評估并測量以上說明的本發明的分子抑制或阻抑T細胞活化和/或T細胞增殖或阻斷通過CD86和/或CD80的信號傳導的能力的示例性方法說明于實例5至8以及本文的其他地方。本發明的多肽、單體以及二聚體的融合蛋白、以及多聚體(包括以上所討論的那些)可任選地進一步包括一種額外的氨基酸(例如，甲硫氨酸)，將該氨基酸加到至N-端和/或一種肽標簽上用于進行純化或識別。本發明的多肽(包括以上所討論的那些)可任選地進一步包括一個多肽純化亞序列，例如，選自一種表位標簽、一種FLAG標簽、一種聚組氨酸序列、以及一種GST融合物的亞序列。此外，如以下更為詳細地討論，本發明包括分離的、重組的、或合成的核酸，這些核酸編碼了以上說明的以及以下額外詳細說明的本發明的所有多肽、融合蛋白、以及多聚體。序列一致性_如以上所討論，在一個方面，本發明包括一種分離或重組的多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的一個多肽序列至少85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或 100% 的序列一致性，該組的構成為:SEQ ID N0S:1至73，其中該多肽結合⑶80或⑶86或二者之一的一個細胞外結構域，和/或具有阻抑或抑制一種免疫應答的能力。在另一個方面，如以下詳細說明，本發明提供了一種分離或重組的核酸，該核酸包括一個多核苷酸序列，該多核苷酸序列編碼了包括一個多肽序列的一種多肽，該多肽序列具有與選自下組的至少一個多肽序列至少75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5% 或 100% 的序列一致性，該組的構成為:SEQ ID NOS:1至73，其中該多肽具有結合⑶80和/或⑶86、和/或它的一個ECD的能力，和/或具有阻抑一種免疫應答的能力，或它的一個互補的多核苷酸序列。一個序列(多肽或核酸)與另一個的相似程度提供了對于這兩個序列的類似結構以及功能特性的指示。因此，在本發明的背景中，具有與任何給定的示例性序列的一個相似序列的序列是本發明的一個特征。具有如以下所定義的序列一致性百分比的序列是本發明的一個特征。可使用確定序列關系的不同方法，包括手動比對以及計算機輔助性序列比對以及分析。用于進行序列比對的不同的計算機程序是可獲得的，或能夠由技術人員產生。如以上所指出，在本發明中所采用的核酸以及多肽的序列不需要對應地與本發明的一種核酸或本發明的多肽的對應序列相同，但可以是實質上相同的。例如，可使本發明的多肽經受不同的變化，如一個或多個氨基酸的插入、缺失、和/或取代(保守性或非保守性的)，包括例如，在此類變 化可對其用途提供某些優勢的情形下，如，在其治療及預防的用途中，或其給藥或診斷的應用中。也可使本發明的核酸經受不同的變化，如一個或多個氨基酸在一個或多個密碼子中的一個或多個取代，這樣使得一個特定的密碼子編碼了相同或不同的氨基酸，造成沉默變化(例如，在一個核苷酸序列中的突變造成該氨基酸序列的沉默突變，例如，當經編碼的氨基酸并未被該核酸突變而改變時)或非沉默變化，該序列中一個或多個核酸(或密碼子)的一個或多個缺失，該序列中一個或多個核酸(或密碼子)的一個或多個添加或插入，該序列中一個或多個核酸(或密碼子)的切割或一個或多個截段。還可對這些核酸進行修飾以包括一個或多個密碼子，這種或這些密碼子在一個表達系統(例如，細菌或哺乳動物)中提供最佳表達，同時，若希望，所述一個或多個密碼子仍編碼了這種或這些相同的氨基酸。此類核酸變化可對其治療及預防性用途，或其給藥或診斷性應用提供某些優勢。這些核酸以及多肽能夠以多種方式進行修飾，只要它們包括與本發明的一個對應核酸或多肽中的一個序列實質上相同(如以下所定義)的序列。在二個或多個核酸或多肽序列的背景中，術語“相同的”或“一致性”是指二個或多個序列，當為了最大相似性而進行比較并且比對時，這些序列是相同的或具有一個限定百分比的相同的氨基酸殘基或核苷酸，如使用以下說明的序列比較算法或通過目視檢驗所確定。一個受試序列與一個參比(即，查詢)序列的“序列一致性百分比(“％ —致性”)”意思是該受試序列在一個比較長度中與該查詢序列相同所達到的一個限定百分比(即，對于一個多肽序列而言在一個又一個氨基酸的基礎上，或對于一個多核苷酸序列而言在一個又一個核苷酸的基礎上)。一個受試序列與一個查詢序列的序列一致性百分比(“％序列一致性”或“％ —致性”)可計算如下。首先，使用一種具有特定比對參數的序列比較算法來確定這兩個序列的最適比對。這種最適比對的確定可使用計算機進行，或可以進行手動計算，如以下所說明。接著，在該比較長度中對這兩個經最適比對的序列進行比較，并確定在該最適比對中在這兩序列中發生的相同殘基的位置數目，它提供了匹配位置的數目。接著將該匹配位置數目除以該比較長度的總位置數目(除非另有限定，它是該查詢序列的長度)，并接著再將該結果乘以100，以便得到該受試序列與該查詢序列的序列一致性百分比。
就多肽序列而言，典型地將一個序列視為一個“查詢序列”(例如，本發明的一個多肽序列)，件該序列與一個或多個其他序列(即，“一個或多個受試序列”，例如，存在于一個序列數據庫中的序列)進行比較。這種序列比較算法使用了這些指定的比對參數來確定在該查詢序列與這個或這些受試序列之間的最適比對。當將一個查詢序列與一個序列數據庫(例如,GENBANK 數據庫(Genetic Sequence Data Bank;U.S.Department ofHealth and Human Services)或(」」.NLSLQM:數據庫(Thomson Derwent ;也可以作為 STN上DGENE 數據庫而獲得))進行比較時，通常僅將該查詢序列與這些比對參數輸入計算機；對于達到一個限定數目的受試序列返回了在查詢序列與每個受試序列之間的最適比對。1.確定最適比對這兩多肽序列當使用指定的參數(即，一種定義的氨基酸替換矩陣(substitutionmatrix)、間隙存在罰分(gap existence penalty)(也被稱為間隙開放罰分(gap openpenalty))、以及間隙延伸罰分(gap extension penalty))進行比對以達到該對序列可能的最高相似性評分時，是“最適比對”的。BL0SUM62矩陣(Henikoff and Henikoff (1992)Proc.Natl.Acad.Sc1.USA89 (22):10915-10919)經常用作在多肽序列比對算法(如，BLASTP,以下所說明)中的一個默認評分替換矩陣。針對在這些比對序列之一中引入的一個單一的氨基酸間隙強加間隙存在罰分，并且針對該間隙中的每個殘基位置強加間隙延伸罰分。除非另有指明，在本文中所采用的比對參數為:BL0SUM62評分矩陣，間隙存在罰分=11，并且間隙延伸罰分=1。通過比對開始以及結束處(例如，比對窗口)的每個序列的氨基酸位置來定義比對評分，并且可任選地通過將一個間隙或多個間隙插入到一個或這兩個序列中，以便達到最高可能的相似性評分。 盡管在二個或多個序列之間的最適比對可以通過手動進行確定(如以下所說明)，通過使用一種計算機執行的比對算法協助T該過程，這種比對算法如，BLAST (National Library of Medicine),例如，針對多肽序列的BLASTP以及針對核酸序列的BLASTN，說明于 Altschul et al.(1997) Nucleic Acids Res.25:3389-3402 中，并且通過不同來源而使公眾可以獲得，這些來源如，國家生技信息中心(National Center forBiotechnology Information) (NCBI)網站。當使用一個計算機化的BLAST界面時,如果該選項存在使用一個“低復雜性過濾器(low complexity filter)”,應當將這個選項關閉(即，不使用過濾器)。在兩個多肽序列之間的最適比對也可以使用以上限定的相同比對參數(矩陣=BL0SUM62，間隙開放罰分=11，以及間隙延伸罰分=1)，通過BLASTP算法的手動計算(S卩，無計算機輔助)來確定。開始時，通過目視對這兩個序列進行初始比對。接著，按照以下方法計算了一個初始比對評分:對于該比對的每個位置(即，對于各對經比對的殘基配對)，根據BL0SUM62矩陣指定一個數字值(圖13)。對該比對中的每對殘基所指定的數值之和是比對評分。如果這兩個正在進行比對的序列是高度相似的，通常這種初始比對提供了最高可能比對評分。具有最高可能比對評分的比對是基于所采用的比對參數的最適比對。在圖14(A至D)中提供了對于兩個序列的手動計算比對評分的實例。圖14(A)顯示了針對一個“查詢(query)”序列(在本文中識別為人類CTLA-4E⑶序列(SEQ ID NO: 159)的殘基39-53)與一個“受試”序列(在本文中被識別為D3 (SEQ ID NO:61)的殘基40-54)的一個任意比對(比對14A)的比對評分計算。通過BL0SUM62矩陣針對每對經比對的氨基酸所指定的數字值顯示在該比對中的各個位置之下。圖14⑶顯示了對于這相同的兩個序列的最適比對的比對評分。為了協助可視化，將該比對中的每個相同的氨基酸對用粗體顯示。以下圖14(B)中的比對(比對14B)造成這兩個序列的最高可能比對評分(每個比對位置下所示數值之和)；這兩個序列的任何其他比對(具有或沒有間隙)會造成一個較低的比對評分。在一些情形下，可通過將一個或多個間隙引入到在該比對中引入而獲得一個較高的比對評分。當將一個間隙引入到一個比對中時，指定了一個間隙開放罰分，并且針對該間隙內的每個殘基位置額外地評估了一個空隙延伸罰分。因此，使用以上說明的比對參數(包括間隙開放罰分=11并且間隙延伸罰分=1)，在該比對中的一個殘基長度的間隙將對應于指定到該間隙上的-(11+ (lxl))=-12數值；兩個殘基的間隙將對應于指定到該間隙上的-(11+ (2x1)) =-13數值、等等。針對引入到該比對中的每個新間隙來重復這個計算。

以下是一個實例，它證明了將一個間隙引入到一個比對中怎樣能夠造成一個較高的比對評分，盡管在有間隙罰分的情況下。圖14(C)顯示了一個“查詢”序列(在本文中被識別為該人類CTLA-4ECD序列(SEQ ID NO: 159)的殘基39-53)與一個“受試”序列(在本文中被識別為D3 (SEQ ID N0:61)的殘基41-55)的比對(比對14C)，但在此情形下氨基酸49-50缺失。比對14C (它是最佳的可能比對，沒有引入任何間隙)產生比對評分34。圖14⑶中的比對(比對14D)顯示了在該下側序列中引入一個兩個殘基的間隙對該比對評分的作用。盡管總間隙罰分為13 (間隙開放罰分是11，并且2次I分的間隙延伸罰分)，這兩個序列的整體比對評分增加至43。以下的比對D產生了最高可能比對評分，并且因此是這兩個序列的最適比對；這兩個序列的任何其他比對(具有或沒有間隙)會造成一個較低的比對評分。應當理解的是，以上說明的序列比對計算的實例(它使用了相對較短的序列)僅是出于說明性目的而提供。實際上，所才用的比對參數(BL0SUM62矩陣，間隙開放罰分=11，并且間隙延伸罰分=1)總體上旨在用于長度為85個氨基酸或更長的多肽序列。NCBI網站針對其他長度的序列提供了以下比對參數，這些比對參數適用于計算機輔助性連同手動的比對計算，使用如以上所說明的相同過程進行。對于長度為50-85個氨基酸的序列，最適參數是BL0SUM80矩陣(Henikoff and Henikoff,以上說明文獻)，間隙開放罰分=10，并且間隙延伸罰分=1。對于長度為35-50個氨基酸的序列，最適參數是PAM70矩陣(Dayhoff, M.0.，Schwartz, R.M.&0rcutt, B.C.(1978) “A model of evolutionarychange in proteins，，in Atlas of Protein Sequence and Structure, vol.5, suppl.3, M.0.Dayhoff (ed.), pp.345-352，Natl.Biomed.Res.Found., Washington, DC.),間隙開放罰分=10，并且間隙延伸罰分=1。對于長度為小于35個氨基酸的序列，最適參數是PAM30矩陣(Dayhoff, M.0.，以上說明文獻)，間隙開放罰分=9，并且間隙延伸罰分=1。2.計算一致性百分比一旦對這些序列進行最適比對，即可通過對在該最適比對中含有相同殘基對的位置數目進行計數，將其除以在該比較長度(也稱為比較窗口)中的殘基數目(除非另有限定，它是該查詢序列中的殘基數目)，再將得到的數目乘以100，來計算該受試序列相對于該查詢序列的一致性百分比。返回參照以上的比對，在每個實例中，指定為查詢(上側)序列的序列長度是15個氨基酸。在比對B中，在該查詢序列(上側)與受試序列(下側)的最適比對中，有12對的比對氨基酸殘基(以粗體字顯示)是完全相同的。因此，這個特定的受試序列具有與該15個殘基的查詢序列的完整長度(12/15) X100=80%的一致性；換言之，在比對B中的受試序列具有與該查詢序列至少80%的氨基酸序列一致性。在比對D中，在該最適比對中有11對的氨基酸殘基(以粗體字顯示)是相同的；因此，這個特定的受試序列具有與該15個殘基的查詢序列的完整長度(11/15) xl00=73.3%的一致性；換言之，在比對D中的受試序列具有與該查詢序列至少73%的氨基酸序列一致性。當應用于多肽時，術語“實質的一致性”(或“實質上相同”)典型地意思指當使用BLASTP算法(手動或經由計算機)使用以上說明的適當參數來對兩個氨基酸序列(即，一個查詢序列以及一個受試序列)進行最適比對時，該受試序列具有與該查詢序列至少70%、75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或100%的氨基酸序列一致性。在一些情形下，這種實質的一致性存在于至少100個氨基酸殘基的比較長度中，例如，至少 110、115、118、119、120、121、122、123、124、125、130、135、140、145、150、200、250、300、345、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、356、357、358、359、360、375、400、450、或 500 個氨基酸殘基。類似地，當應用在兩核酸序列的背景中時，術語實質的一致性(或實質上相同)意思指當使用BLASTN算法(手動或經由計算機)使用以上說明的適當參數來對兩核酸序列(SP，一個查詢序列以及一個受試序列)進行最適比對時，該受試序列具有與該查詢序列至少約 70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或 100% 的核酸序列一致性。用于核酸序列比對的參數為:配對給分(match reward) I,錯配罰分(mismatch penalty) -3,間隙存在罰分5,間隙延伸罰分2 (在BLASTN算法中并不使用替換矩陣)。在一些情形下，實質的一致性存在于至少300個核苷酸殘基的比較長度中，例如，至少 330、345、354、357、360、363、366、369、362、365、375、390、405、420、435、450、600、750、900、1035、1038、1041、1044、1047、1050、1053、1056、1059、1062、1065、1068、1071、1074、1077、1080、1200、1350、或 1500 個核苷酸殘基。可使用本領域所已知的其他序列比對程序。ALIGN程序使用了由Myers andMiller CAB10S4:11-17 (1988)所說明的一種動態規劃算法的改進而產生了這兩種所選定的蛋白或核酸序列的最適全體(整體)比對。ALIGN程序典型地(但并非必須)與加權末端間隙(weighted end-gap ) 一起使用。如果間隙開放罰分和間隙延伸罰分是可獲得的時，對于氨基酸序列比對通常將它們對應地設定在大約-5至-15以及O至-3之間，更優選地對應地是大約-12以及-0.5至-2，并且對于核酸序列比對對應地是大約-10至-20以及-3至-5，更常見地對應地是大約-16以及-LALIGN程序進一步說明于Pearson et al., Proc.Natl.Acad.Sc1.USA85:2444-48 (1988)，以及 Pearson et al., Meth.Enzymol.18:63-98 (1990)中。可替代地，并且特別針對多重序列分析(B卩，超過三種序列的比較)，可使用CLUSTALW 程序(說明于例如，Thompson et al., Nucl.Acids Res.22:4673-4680 (1994))。CLUSTALW程序是一種適合于多重DNA和氨基酸序列比對的算法(Thompson et al., Nucl.Acids Res.22:4673-4680 (1994))。CLUSTALW在多個序列的組之間進行多重的逐對比較，并基于同源性將它們組合成為一個多重比 對。在一個方面，將間隙開放和間隙延伸罰分對應地設定為10和0.05。可替代地或額外地，CLUSTALW程序是使用“動態”(對比“固定”)設置而運行。典型地，用CLUSTALW進行的核苷酸序列分析是使用BESTFIT矩陣進行的；而氨基酸序列是使用一個不同組的BLOSUM矩陣進行評估的，這取決于這些序列之間的一致性程度(例如，如通過經由圣地亞哥超級計算機中心(San Diego Supercomputer Center(SDSC))獲得的CLUSTALW1.6版程序或可從歐洲生物信息中心(European BioinformaticsInstitute, Cambridge, UK)獲得的Wl.8版所使用的)。優選地，將CLUSTALW設定成SDSC CLUSTALW系統默認設置(例如，考慮到氨基酸序列分析中的特定疏水性間隙罰分)。CLUSTALW 程序進一步說明于例如，Higgins et al.，CAB10S8 (2): 189-91 (1992)，Thompsonet al., Nucleic Acids Res.22:4673-80 (1994),以及 Jeanmougin et al., TrendsBiochem.Sc1.2:403-07 (1998)。在另一個可替代的形式中，在一個特定的比對氨基酸序列對之間的一致性或一致性百分比是指通過以下步驟所獲得的氨基酸序列一致性百分比:通過CLUSTALW分析(如Wl.8版)，對該比對中的相同配對數目進行計數，并且將這個相同配對數目除以⑴這些比對序列的長度與(ii)96中的較大的，并且使用以下的默認ClustalW參數以達成減緩/計算逐對的比對-間隙開放罰分:10 ;間隙延伸罰分:0.10 ;蛋白重量矩陣=Gonnet系列；DNA重量矩陣:IUB ；Toggle慢速/快速逐對比對=SLOW或FULL比對。用于確定一致性百分比或類似性百分比的另一個有用的算法是FASTA算法，該算法說明于Pearson et al., Proc Natl.Acad.Sc1.USA85:2444( 1988)以及Pearson, MethodsEnzymo1.266:227-258 (1996)。將用于DNA序列的FASTA比對中以計算一致性百分比的典型參數最適化，BL50 矩陣 15:-5, k 序列(k-tuple) =2 ;結合罰分(joining penalty) =40,最適化(optimization) =28 ;間隙罰分(gap penalty) =-12,間隙長度罰分(gap lengthpenalty) =-2 ;并且寬度(width) =16。其他適合的算法包括BLAST和BLAST2.0算法，它們協助至少兩個氨基酸或核苷酸序列的分析，這是通過將一種所選擇的序列與在一個數據庫(例如，GenSeq)中的多個序列進行比對，或者，當通過 一種額外的算法(如BL2SEQ)進行修飾時，是在兩個選定的序列之間進行。用于進行BLAST分析的軟件可通過國家生技信息中心(NCBI)(萬維網網址ncb1.nlm.nih.gov)而公開地獲得。BLAST算法涉及首先通過在該查詢序列中識別長度為W的短字序而識別高分序列對(HSP)，它們在與數據庫序列中具有相同長度的字序進行比對時是匹配或符合一些正值閾值的評分T。T是指鄰近字序評分閾值(neighborhood word scorethresholdXAltschul et al.,以上說明文獻)。此類初始的鄰近字序相符結果充當種子用于起始搜尋來發現含有它們的較長HSP。將這些字序相符結果沿著每個序列向兩個方向延伸，只要可增加累積比對評分便繼續進行。針對核苷酸序列，使用參數M (對一個匹配的殘基對給分；總是>0)以及N (錯配殘基的罰分；總是〈O)來計算累積評分。針對氨基酸序列，使用一個評分矩陣來計算該累積評分。這些字序相符結果在每個方向上的延伸在下列情形下停止:該累積比對評分從其所到達的最大值下滑X的量；該累積評分由于一個或多個負分殘基比對的累積而到達O或以下；或到達任一個序列的末端。BLAST算法參數W、T、以及X確定了該比對的靈敏性和速度。BLASTN程序(對于核苷酸序列)可以與字序長度(W) 11、以及期望值(E) 10、M=5、N=-4與兩股的比較一起使用。對于氨基酸序列，BLASTP程序(例如，BLASTP2.0.14; Jun-29-2000)可以與字序長度3以及期望值(E)IO —起使用。BL0SUM62評分矩陣(見 Henikoff&Henikoff, (1989) Proc.Natl.Acad.Sc1.USA89:10915)使用了 比對(B) 50、期望值(E) 10、M=5、N=-4、以及兩股的比較。同樣，如同其他適合的算法，可增加比較的嚴格性，直到該程序僅識別出與在本文的序列表中的序列更為密切相關的序列(例如，包括一個多肽序列的多肽，該多肽序列具有與選自SEQ ID勵3:1至79、197至200、205至214、以及 219 至 222 的一個多肽序列至少 85、90、91、92、93、49、95、96、97、98、99%、或 100%的一致性，或包括一個核苷酸序列的核酸，該核苷酸序列具有與選自SEQ ID N0S:80至158、201至204、223、以及224中的任何的一個核苷酸序列至少85、90、91、92、93、49、95、96、97、
98、99%、或100%的一致性，或它的一個互補的核苷酸序列。BLAST算法還對兩序列之間的相似性或一致性進行統計分析(見，如，Karlin&Altschul, (1993)Proc.Natl.Acad.Sc1.USA90:5873-5787)。一種由 BLAST 算法所提供的相似性或一致性的度量是最小總和機率(smallest sum probability) (P (N)),它提供了在兩個核苷酸或氨基酸序列至間隨機發生一個配對的機率的一個指示。例如，若在該試驗核酸與一種參比核酸的比較中，該最小總和機率是小于約0.2(如，小于約0.01或小于約0.001)，則該核酸即被視為與該參比序列相似。BLAST程序分析還可以或可替代地可以由低復雜度過濾程序(如，DUST或SEG程序)進行修飾，它們是優選地整合到該BLAST程序的操作中(見，如，Wootton etal., Comput.Chem.17:149-63 (1993), Altschul et al., Nat.Genet.6:119-29 (1991)，Hancock et al., Comput.Appl.Biosc1.10:67-70 (1991),以及 Wootton et al., Meth.Enzymol.266:554-71 (1996))。在此類方面中，若使用λ比例(lambda ratio),該比例的可用設置是在0.75與0.95之間，包括在0.8與0.9之間。若在此類方面中使用了間隙存在代價(或間隙評分)，則將該間隙存在代價典型地設定在大約-5至-15之間，更典型地是大約-10，并且將每個殘基間隙代價典型地設定在大約O至-5之間，如在O與-3至間(例如，-0.5)。適當時，將類似的間隙參數可以與其他程序一起使用。BLAST程序以及其下的原則進一步說明于，例如，Altschul et al.，J.Mol.Biol.215:403-10 (1990), Karlin andAltschul, Proc.Natl.Acad.Sc1.USA87:2264-68 (199)(如由 Karlin and Altschul, Proc.Natl.Acad.Sc1.USA90:5873-77 (1993)修飾)，以及 Altschul et al., Nucl.AcidsRes.25:3389-3402 (1997)。可使用的算法的另一個實例被納入到PILEUP軟件中。PILEUP程序使用了漸進式的逐對比對，從一組相關的序列中創造出一個多重序列比對，以顯示其關系以及序列一致性百分比或序列相似性百分比。PILEUP使用了 Feng&Dool ittle (1987 )J.Mol.Evol.35:351-360的漸進式比對法的簡化版本，它類似于Higgins&Sharp (1989)CAB10S5:151-153所說明的方法。該程序可以對高達300個序列進行比對，每個的最大長度為5，000個核苷酸或氨基酸。該多重比對操作始于這兩個最相似序列的逐對比對，產生兩個經比對序列的群。接著將該群與下一個最為相關的序列或經比對序列的群進行比對。通過兩個單個序列的逐對比對的簡單延伸而進行來對兩個群的序列進行比對。終比對是通過一系列的漸進式逐對比對而完成。該程序是通過指定特定的序列以及它們的氨基酸或核苷酸針對序列比較區域的坐標，并且通過指定這些程序參數而運行。使用PILEUP，使用特定的參數將一個參比序列與其他試驗序列進行比較，以確定序列一致性百分比(或序列相似性百分比)關系。PILEUP程序的示例性參數為: 默認間隙權數(3.00)，默認間隙長度權數(0.10)，以及加權的末端間隙。PILEUP是GCG序列分析軟件包的一個組件，例如，7.0版(Devereaux et al.(1984) Nucl.Acids Res.12:387-395)。用于進行一致性分析的其他可用算法包括Smith and WatermanC 1981 )Adv.Appl.Math.2:482 的局部同源性算法，Needleman and Wunsch (1970)J.Mol.Biol.48:443 的同源性比對算法，以及 Pearson and Lipman (1988)Proc.Natl.Acad.Sc1.USA85:2444 的相似性搜尋法。這些算法的計算機化實施(例如，GAP、BESTFIT、FASTA及TFASTA)提供于WisconsinGenetics 軟件包 7.0 版(Genetics Computer Group, 575Science Dr., Madison, WI ) 序列變異如以上所討論，本發明提供了一種分離或重組的突變CTLA-4細胞外結構域多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列(a)與選自下組的一個多肽序列具有不超過6個氨基酸殘基(例如，不超過1、2、3、4、5、或6個氨基酸殘基)的差異，該組的構成為:SEQ IDN0S:1至73，其中該突變CTLA-4E⑶多肽結合⑶80和/或⑶86，和/或二者之一的或兩者的一個細胞外結構域，和/或抑制一種免疫應答。這種或這些氨基酸取代包括一種或多種保守性的氨基酸取代。作為一種非限制性的實例，本發明的一種多肽可具有一個多肽序列，該多肽序列與SEQ ID NO:1具有總共達到6個氨基酸的差異(它可以是氨基酸取代、缺失、和/或插入的組合，包括以上所說明的那些)。在一些情形下，這些取代中的無、一些、或所有是根據以下所定義的一個取代組中的取代。根據本發明的氨基酸取代可包括但不限于:一個或多個保守性氨基酸取代。一個保守性的氨基酸殘基取代典型地涉及將一種氨基酸殘基功能類型中的成員與屬于該相同功能類型的一個殘基進行交換(相同的氨基酸殘基在計算功能同源性百分比時是認為為功能上同源的或保守的)。提供功能類似性氨基酸的保守性取代表是本領域中所熟知。一個實例提供于表I，其中給 出了六種示例性的組，這些組含有彼此可被認為為“保守性取代”的氨基酸。表1.保守的氨基酸殘基取代組
1丙氨酸(A) 甘氨酸(G) 絲氨酸(S) 蘇氨酸(T)
2天冬氨酸(D)谷氨酸(E)_3 天冬酸■胺(N)谷氨酸>驗(Q)_
4精氨酸(R) 賴氨酸(K) 組氨酸(H)_
5異亮氨酸(I) 亮氨酸(L) 甲破氨酸(M)纈氨酸(V)
—6 苯丙氨酸(F) 齡氨酸(Y) 色氨酸(W)還考慮了氨基酸的其他取代基。例如，可以通過相似的功能或化學結構或組成(例如，酸性的、堿性的、脂肪族的、芳香族的、含硫)對氨基酸進行分組。例如，一個脂肪族的分組可包括:甘氨酸(G)、丙氨酸(A)、纈氨酸(V)、亮氨酸(L)、異亮氨酸(I)。其他含有彼此間被認為是保守性取代的氨基酸的組包括:芳香族的:苯丙氨酸(F)、酪氨酸(Y)、色氨酸(W)；含硫的:甲硫氨酸(M)、半胱氨酸(C);堿性的:精氨酸(R)、賴氨酸(K)、組氨酸(H);酸性的:天冬氨酸(D)、谷氨酸(E);非極性不帶電的殘基，半胱氨酸(C)、甲硫氨酸(M)、以及脯氨酸(P);親水性不帶電的殘基:絲氨酸(S)、蘇氨酸(T)、天冬酰胺(N)、以及谷氨酰胺(Q)。對于氨基酸的其他分組，還見 Creighton (1984) Proteins, W.H.Freeman and Company。在本文中的一個多肽序列列表，結合以上的取代基，提供了所有保守取代的多肽序列的表達列表。更多的保守性取代存在于以上說明的氨基酸殘基類別中，它還可以或可替代地可以是適當的。更為保守的取代保守組包括:纈氨酸-亮氨酸-異亮氨酸、苯丙氨酸-酪氨酸、賴氨酸-精氨酸、丙氨酸-纈氨酸、以及天冬酰胺-谷氨酰胺。因此，例如，在一個特定方面中，本發明提供了一種分離或重組的多肽，該多肽包括一個多肽序列，該多肽序列具有與 SEQ ID NO:1 (或 SEQ ID N0S:1 至 79、197 至 200、205 至 214、以及 219 至 222 中的任何一個)至少 90、91、92、93、94、95、96、97、98、或 99% 的同一性，并且它與 SEQ ID NO:1 的序列具有相當大(例如，至少50%、60%、70%、75%、80%、90%)的差異(如非全部)，這是由此類更為保守的氨基酸取代所造成的。也可以確定適當的額外的氨基酸取代組，這是使用在例如，Creighton (1984)Proteins: Structure and Molecular Properties (2d Ed.1993),ff.H.Freeman andCompany中所說明的的原則進行的。在一些方面,在一個氨基酸序列變體中至少33%、50%、60%、70%、或更多(例如，至少75%、80%、90%、95%、96%、97%或更多)的取代包括對本發明的一個多肽序列中一個或多個氨基酸殘基的取代，這些取代是用在與它們所取代的多肽序列的這些氨基酸殘基相同的功能同源性類別中的殘基(如通過任何適當的分類系統所確定的，如以上所說明的那些系統)進行的。本發明的一個多肽序列的保守性取代變體包括一個小百分比的(典型地小于該多肽序列的氨基酸的10%、9%、8%、7%、或6%，或更典型地小于該多肽序列的氨基酸的5%、4%、3%、2%、或1%)、用該相同保守性取代基中的一種保守選擇的氨基酸的取代。本發明包括多肽，這些多肽包括在本文中所說明的本發明的一個多肽序列的氨基酸變體。如以上所討論的，在一個方面，本發明提供了分離或重組的多肽(例如，突變CTLA-4多肽，例如，突變CTLA-4EC D多肽)，這些多肽每個包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的至少一個多肽序列至少 75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或 100% 的序列同一性，該組的構成為:SEQ ID N0S:1 至 73，其中該多肽結合CD80和/或CD86、或CD80和/或CD86的一個多肽片段(或二者之一的或兩者的一個E⑶)，和/或阻抑一種免疫反應。此類多肽可通過一個或多個氨基酸缺失、添力口、或取代的差異(包括一個或多個保守性或非保守性的取代)發生變化，然而，其條件為這些多肽具有所說明的功能特性。在一個特定的方面中，本發明提供了多肽變體，這些多肽變體包括在本文中所說明的任何這種多肽(例如，包括一個多肽序列的多肽，該多肽序列選自下組:SEQ ID N0S:1至73)的保守性修飾變化。還如以上所討論，在另一個方面，本發明提供了分離或重組的融合蛋白(例如，突變CTLA-4-1g融合蛋白)，這些融合蛋白各自包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的至少一個多肽序列至少 75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或 100% 的序列同一性，該組的構成為:SEQ ID N0S: 74 至 79,197至200,205至214、以及219至222，其中該融合蛋白結合CD80和/或CD86(和/或CD80_Ig和/或CD86-1g)，和/或阻抑一種免疫反應。此類融合蛋白可通過一個或多個氨基酸缺失、添加、或取代(包括一個或多個保守性或非保守性的取代，)發生變化，然而，其條件為所述融合蛋白具有所說明的功能特性。在一個特定的方面，本發明提供了多肽變體，這些多肽變體包括在本文中所說明的任何這種融合蛋白(例，包括一個多肽序列的融合蛋白，該多肽序列選自下組:SEQ ID N0S:74至79、197至200、205至214、以及219至222)的保守性修飾
變化。<0}還提供了以上或本文其他地方所說明的本發明的任何分離或重組多肽的多肽變體，其中該多肽變體的氨基酸序列與該參比序列的對應多肽序列具有一個或多個保守性氨基酸殘基取代的差異，盡管非保守性的取代有時是允許的或甚至是優選的(此類非保守性取代的實例在本文中進行進一步討論)。例如，該多肽變體的序列可以與一個突變CTLA-4多肽序列通過將該突變CTLA-4ECD多肽序列中的一個或多個氨基酸殘基取代成一個或多個具有類似重量的氨基酸殘基(即，一個殘基，該殘基具有與它替換的對應多肽序列中的殘基的重量同源性)而發生變化。一種多肽的氨基酸殘基的重量(以及對應的大小)可以顯著地影響該多肽的結構。基于重量的保守性或同源性是基于一種非相同的對應氨基酸是否與在本文中所說明的基于重量的矩陣之一(例如，BL0SUM50矩陣；PAM250矩陣)上的一個正評分相關聯。<。}與以上說明的功能性氨基酸類別相類似，可以將自然發生的氨基酸殘基分為基于重量的保守組(它們被分為“強”和“弱”保守組)。常用的八個基于重量的強保守組是SerThr Ala、Asn Glu Gln Lys> Asn His Gln Lys> Asn Asp Glu Gin、Gln His Arg Lys> MetHe Leu Val、Met He Leu Phe、His Tyr、以及Phe Tyr Trp。基于重量的弱保守性包括CysSer Ala、Ala Thr Val、Ser Ala Gly、Ser Thr Asn Lys> Ser Thr Pro Ala、Ser Gly AsnAsp、Ser Asn Asp Glu Gln Lys> Asn Asp Glu Gln His Lys> Asn Glu Gln His Arg Lys>Phe Val Leu He Met、以及His Phe Tyr。一些版本的CLUSTAL W序列分析程序在比對的輸出中提供了基于重量的強保守性以及弱保守性組的分析，由此提供了一種用于確定基于重量的保守性的便利技術(例如，由SDSC所提供的CLUSTAL W，它典型地是與SDSC系統默認設置一起使用的)。在一些方面中，在這種多肽變體中至少33%、50%、60%、70%、80%、或90%的取代包括其中在一個基于重量的保守性中的一個殘基替換了在該相同的基于重量的保守性組中的多肽序列的一個氨基酸殘基。換言之，就氨基酸殘基重量的特征而言，這個百分比的取代是保守性的。 —種多肽變體的序列可以不同于本發明的一種突變CTLA-4多肽之處在于一個或多個氨基酸的取代，其中一個或多個氨基酸殘基具有與該突變CTLA-4多肽的經取代(原始)殘基相似的一種親水性分布特性(即，它們展示了相似的親水性)。一個親水性分布圖可以使用Kyte&Doolittle指數來確定，不同自然發生的氨基酸在該指數中的評分如下:I (+4.5)、V (+4.2)、L (+3.8)、F (+2.8)、C (+2.5)、Μ (+1.9) ；A (+1.8)、G (-0.4)、T (-0.7)、S (-0.8)、W (-0.9)、Y (-1.3)、P (-1.6)、H (-3.2) ；E (-3.5)、Q (-3.5)、D(-3.5)、N (-3.5)、K (-3.9)、以及 R (-4.5)(進一步的討論見，如，美國專利號 4，554，101以及 Kyte&Doolittle、J.Molec.Biol.157:105-32 (1982))。在該變體多肽序列中的至少75%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或 100% 的氨基酸殘基(這些氨基酸殘基不同于在本文中所披露的同一性或功能性同源突變CTLA-4多肽序列(“最相關的同源物”)中的對應殘基，該同源物可以是選自SEQ ID N0S:1至73中的任何一個)，相對于在該最相關的同源物中對應位置上的非同一性氨基酸殘基，展示了小于+/-2的親水性變化，包括小于+/-1的親水性變化以及小于+/-0.5的親水性變化。該變體多肽相對于它的選自SEQ ID NOS:1至73的組的最相關同源物，可展示了小于約150、小于約100、和/或小于約50 (例如，小于約30,20或10)的總親水性變化。
保留類似或相同親水性的典型氨基酸取代的實例包括精氨酸-賴氨酸取代、谷氨酸酯-天冬氨酸酯取代、絲氨酸-蘇氨酸取代、谷氨酰胺-天冬酰胺取代、以及纈氨酸-亮氨酸-異亮氨酸取代。算法及軟件(如，可通過SDSC獲得的GREASE程序)提供了用于快速評估一個氨基酸序列的親水性分布圖的便利方式。由于在一個多肽變體的序列中一個實質比例(例如，至少約33%)(若非大部分)(至少50%)或將近所有(例如，大約65、80、90、95、96、97、98、99%)的氨基酸取代通常將會與它們在該(參比)多肽序列中替換的氨基酸殘基具有一個相似的親水性分數，該多肽變體的序列預期會展示出一個與該多肽序列類似的GREASE程序輸出。例如，在一個特定方面中，可預期SEQ ID NO:61的一個多肽變體會有的一個GREASE程序(或類似的程序)輸出，該輸出與通過輸入SEQ ID N0:61的多肽所獲得的GREASE輸出相似性大于與通過使用一種WT CTLA-4多肽(如，hCTLA-4)所獲得的輸出，這可通過將該試驗變體序列與SEQ ID NO:1經受該程序而提供的圖形(例如，圖形重迭/比對)和/或數字輸出的視覺檢查或比較來確定。就功能同源性、重量同源性、以及親水性特征而言，氨基酸殘基的保守性也可應用到由本發明所提供的其他多肽序列變體上，這些變體包括但不限于:例如，一個多肽序列的多肽序列變體，該多肽序列選自下組，其構成為:SEQ ID勵3:1至79、197至200、205至214、以及219至222。在一個特定的方面中，本發明包括至少一個這種多肽變體，該多肽變體包括一個氨基酸序列，該氨基酸序列與選自下組的一個重組多肽序列不同，該組為:SEQ ID N0S:1至79、197至200、205至214、以及219至222，其中該變體的氨基酸序列具有至少一個這種氨基酸殘基取代，該氨基酸殘基取代是根據以上所討論的基于重量的保守性或同源性或相似的親水性分布圖而選擇的。以上說明的此類多肽變體典型地具有結合CD80和/或CD86的能力，和/或阻抑至少一種類型的免疫反應的能力，如以上以及以下在實例中進一步詳細說明。信號肽序列本發明的多肽也可進一步包括任何適當數目以及類型的額外氨基酸序列，如，一個或多個肽片段。在一個實施方案中，本發明的這種多肽進一步包括一種信號肽。總體上，當該重組多肽在動物細胞中表達時，該信號肽指導該重組多肽到達內質網。可以包括指導該多肽(當在細胞中表達時)的至少一部分的細胞器運輸和/或分泌的信號肽序列。此類序列典型地存在于該多肽的不成熟(即，未經完全加工)形式中，并且隨后通過細胞的蛋白酶去除/降解，以達到該蛋白的成熟形式。例如，本發明的一個突變CTLA-4多肽或融合蛋白可包括任何適當的信號序列或多個信號序列的組合，這些序列指導該多肽到達細胞內的區室中，如指導該多肽被運輸(例如，移位)進入內質網或分泌途徑(例如，ER、高基氏體、以及其他分泌相關的細胞器和細胞區室)(例如，這樣使得該蛋白通過其進行加工或從其中釋放)，細胞核，和/或它指導有待從該細胞中分泌的、在細胞膜中移位的、或靶向一個第二細胞(除了分泌該蛋白的細胞)。在此方面中，該多肽可包括一個細胞內靶向序列(或“分選信號”)，它指到該多肽到達一個或多個內涵體和/或溶酶體區室或其他富含MHC II的區室，以促進⑶4+和/或⑶8+T細胞呈遞和響應，如，衍生自溶酶體相關膜蛋白I的一種溶酶體/內涵體革巴向的分選信號(例如，LAMP-1-見,如，Wu et al.Proc.Natl.Acad.Sc1.USA92:1161-75 (1995)以及 Ravipraskash et al., Virology290:74-82 (2001))、它的一個部分或同源(見，如，美國專利號5，633，234)、或其他適當的溶酶體、內涵體和/或靶向ER的序列(見，如，美國專利號6，248，565 )。在一些方面中，可能希望該細胞內靶向的序列在接近或鄰近在該多肽中的一個或多個經證實/識別的表位序列(它們可通過本領域內已知的技術進行識別)，由此增加了包括這種或這些表位的多肽片段的T細胞呈遞的可能性。此類多肽可以從通過一個或多個核苷酸轉移載體而遞送至宿主細胞中的一個分離的、重組的、或合成的DNA或RNA進行表達，這些載體包括例如，這些基因轉移載體中的一個或多個，如在本文中進一步說明。該多肽可包括一種信號序列，當該多肽表達于哺乳動物細胞中時該序列指導該多肽到達內質網(ER)(例如，協助了該多肽的ER移位)。該多肽可包括任何適當的靶向ER的序列。多個靶向ER的序列是本領域所已知。此類信號序列的實例說明于美國專利號5，846，540。經常采用的ER/分泌信號序列包括酵母α因子信號序列，以及哺乳動物病毒信號序列，如，皰疫病毒gD信號序列。大腸桿菌生產的不例性信號肽包括大腸桿菌的STII或Ipp信號序列。信號序列的其他實例說明于例如，美國專利號4，690，898、5, 284, 768,5, 580, 758,5,652, 139、以及5，932，445。適當的信號序列可使用本領域中已知的技術來識別。例如，可使用SignalP程序(說明于,例如，Nielsen et al.(1997)Protein EngineeringlO: 1-6),它可在指定為 cbs.dtu.dk/services/SignalP 的萬維網網址通過生物序列分析中心(Center for Biological Sequence Analysis)、或通過可識別信號序列樣結構域的類似序列分析軟件而公開地獲得。在Nielsen et al., ProteinEng.10(1):1-6 (1997)提供了用于識別適當信號肽的相關技術。可以針對常與信號序列相關聯的特征來對序列進行手動分析 ，如說明于，例如，歐洲專利申請(Appn)號0621337，Zheng and Nicchitta(1999)J.Biol.Chem.274(51):36623-30,以及 Ng et al.(1996)J.Cell Biol.134(2):269-78。其他方面本發明的任何多肽(包括本發明的任何融合蛋白)可作為一個較大多肽序列的部分而存在，如，在加入一個或多個結構域或序列用于穩定或檢測或純化該多肽時發生。此類結構域或序列可共價融合到本發明的多肽上，如本領域中的普通技術人員將容易理解并可以建構的。一個多肽純化序列可包括例如，一個表位標簽、一個FLAG標簽、一個聚組氨酸序列、一個GST融合物、或在本領域內已知的任何其他檢測/純化亞序列或“標簽”。這些額外的結構域或亞序列對于本發明的多肽的活性具有極少或沒有作用，或者可通過合成后的加工步驟去除，如，通過用一種蛋白酶的處理、一種內含肽的包入、或類似加工。本發明的任何多肽(包括本發明的任何融合蛋白)也可包括一個或多個經修飾的氨基酸。該經修飾的氨基酸可以是例如，一種糖基化的氨基酸、一種聚乙二醇化的氨基酸、一種法尼基化(farnesylated)的氨基酸、一種乙酰基化的氨基酸、一種生物素酰化的氨基酸、一種偶聯著脂類部分的氨基酸、和/或偶聯著一種有機衍化劑的氨基酸。經修飾氨基酸的存在在以下方面可以是有優勢的，例如，(a)增加多肽的血清半衰期和/或功能性體內半衰期，(b)降低多肽的抗原性或免疫原性，(C)增加多肽的貯存穩定性，(d)增加生物利用率，(e)降低效應子功能，和/或(f)在本發明的二個或多個分子之間(如在本發明的二個或多個的融合蛋白二聚體之間)降低或抑制的不希望的自體結合(例如，聚集體形成)。對一種或多種氨基酸進行修飾，例如，在重組產生的過程中與翻譯同時進行或在翻譯之后進行(例如，在哺乳動物細胞中表達過程中在N-X-S/T基序上的N-連接的糖基化作用)，或通過合成手段進行修飾。在本文中所說明的本發明的多肽(包括本發明的融合蛋白)能夠以不同的方式進行進一步修飾，例如，通過翻譯后的修飾和/或合成修飾或變化。例如，本發明的多肽或融合蛋白可被適當地糖基化，典型地經由在哺乳動物細胞中的表達。例如，在一個方面，本發明提供了糖基化的多肽，這些多肽可結合CD86和/或CDSOJP /或具有阻抑一種免疫反應的能力(例如，T細胞的增殖或活化)，如在本文的其他地方所說明，其中每個所述糖基化的多肽包括一個多肽序列，該多肽序列具有與選自下組的一個序列至少92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或 100% 的同一性，該組的構成為:SEQ ID N0S:1 至 79、197 至 200、205 至214、以及 219 至 222。可以使本發明的多肽經受任何數目的額外適當形式的翻譯后的和/或合成的修飾或變化。例如，本發明提供了本發明的多肽的蛋白模擬物。肽模擬物說明于例如，美國專利號5，668，110以及其中所引述的參考文獻中。在另一個方面，本發明的一種多肽或融合蛋白可通過將保護性基團加至該多肽融合蛋白的一個或多個氨基酸的側鏈上而進行修飾。此類保護性基團可促建該多肽或融合蛋白運輸通過一個或多個膜(若希望)，或通過某個或某些組織，例如，通過降低該多肽或融合蛋白的親水性或增加其親脂性。適當的保護性基團的實例包括酯保護性基團、氨基保護性基團、酰基保護性基團、以及羧酸保護性基團，它們在本領域內是已知的(見，如，美國專利號6，121，236)。本發明的合成融合蛋白可以采用任何適當的形式。例如，該融合蛋白能夠由其自然發生的構型經結構修飾而形成一種環肽或其他經結構修飾的肽。本發明的多肽也可連接到一個或多個非蛋白性的聚合物上，典型地是一種親水性合成聚合物，例如，聚乙二醇(PEG)、聚丙二醇、或聚氧化烯，使用了本領域內所熟知的技術，如，說明于例如，美國專利號 4，179，337,4, 301，144,4, 496，689,4, 640，835,4, 670，417、以及4，791，192中，或一種類似的聚合物，如，聚乙烯醇、或聚乙烯吡咯烷酮(PVP)。本發明包括偶聯物，這些偶聯物包括本發明的至少一種多肽(例如，突變CTLA-4E⑶多肽、二聚體或單體突變CTLA-4-1g、多聚體突變CTLA-4E⑶多肽、多聚體突變CTLA-4-1g)以及一種非多肽部分。術語“偶聯物”(或可交換使用的“偶聯的多肽”)旨在是指一種異源(在復合物或嵌合體的意義上)分子，該分子是由一個或多個多肽與一個或多個非多肽部分的共價附連而形成。術語“共價附連”意思指該多肽以及該非多肽部分彼此直接地共價結合，或通過一個或多個干擾部分或(如，一個橋、間隔基、或一個或多個連接體部分)，使用存在于該多肽中的一個附連基團而間接地共價結合。優選地，該偶聯物在相關的濃度及條件下是可溶的，即，可溶于生理液體中，如血液。本發明的偶聯的多肽的實例包括糖基化和/或聚乙二醇化的多肽。術語“未偶聯的多肽”可用于說明該偶聯物的多肽部分。這種偶聯物典型地結合⑶80 (例如，h⑶80)和/或⑶86 (例如，h⑶86)、和/或二者之一的或兩者的一個細胞外結 構域(包括h⑶80-1g和/或h⑶86-1g)，和/或具有抑制一種免疫反應的能力。這種免疫反應可包括但不限于，例如，T細胞的活化或增殖、細胞因子的合成/產生、活化標記的誘導、炎癥分子的產生、炎癥、抗膠原Ab的產生和/或T細胞依賴的Ab應答。示例性的多肽包括具有與選自下組的一個序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%同一性的那些，該組的構成為:SEQ ID NOS:1至79、197至200、205至214、以及219至222。術語“非多肽部分”旨在是指一個分子，該分子可與本發明的一個多肽的一個附連基團相偶聯。這種分子的優選的實例包括聚合物分子、糖部分、親脂性化合物、或有機衍化齊U。當用于如在本文中所說明的一種偶聯物的背景中時，應當理解的是，該非多肽部分是通過該多肽的一個附連基團而與該偶聯物的多肽部分連接的。術語“聚合物分子”是定義為一個分子，它是通過二個或多個單體的共價連接體所形成的，其中這些單體中沒有一個是氨基酸殘基，除了其中該聚合物是人類白蛋白或另一中大量的血漿蛋白。術語“聚合物”可以與術語“聚合物分子”交換使用。一個N-糖基化位點具有序列N-X-S/T/C，其中X是除脯氨酸之外的任何氨基酸殘基，N是天冬酰胺，并且S/T/C是絲氨酸、蘇氨酸、或半胱氨酸，優選地是絲氨酸或蘇氨酸，并且最優選地是蘇氨酸。一個“O-糖基化位點”包括一個絲氨酸或蘇氨酸殘基的OH-基團。術語“附連基團”旨 在是指該多肽的一個氨基酸殘基基團，該基團能夠偶合到該相關的非多肽部分(如，一個聚合物分子或一個糖部分)上。以下在表2中提供了有用的附連基團的非限制性實例以及一些對應的非多肽部分。表2.有用的附連基團以及對應非多肽部分的實例
權利要求
1.一種分離或重組的融合蛋白二聚體，該融合蛋白二聚體包括經由至少一個二硫鍵連接的兩個單體融合蛋白，該二硫鍵在每個單體突變融合蛋白中存在的兩個半胱氨酸殘基之間形成，其中每個單體融合蛋白包括:(a) —種多肽，該多肽包括一種多肽序列，該多肽序列與SEQ ID N0:50具有不超過6個氨基酸殘基的差異且在位置24、30、32、41、50、54、55、56、64、65、70、85、104和106上包括的殘基與在SEQ ID NO:50中對應位置上的氨基酸殘基相同，以及(b) —種Ig Fe多肽，并且其中該融合蛋白二聚體結合人類CD80或人類CD86或二者之一的細胞外結構域且與一種LEA29Y-1g融合蛋白二聚體相比具有阻抑一種免疫應答的更大的能力，其中該LEA29Y-1g融合蛋白二聚體包括兩個單體LEA29Y-1g融合蛋白，各自包括SEQ IDNO:166的多肽序列。
2.如權利要求1所述的融合蛋白二聚體，其中所述IgFe多肽為IgG2Fc多肽。
3.如權利要求1所述的融合蛋白二聚體，其中所述多肽包括在SEQIDN0:50中所示的多肽序列。
4.如權利要求1所述的融合蛋白二聚體，其中每個單體融合蛋白包括在SEQIDNO: 199或213中所示的多肽序列。
5.—種分離或重組的核酸,該核酸包括一個多核苷酸序列，該多核苷酸序列編碼了如權利要求1至4中任一項所述 的融合蛋白二聚體的單體融合蛋白。
6.—種載體,該載體包括如權利要求5所述的核酸。
7.一種分離或重組的宿主細胞，該宿主細胞包括如權利要求5所述的核酸和/或如權利要求6所述的載體。
8.—種藥物組合物，包括一種藥學上可接受的賦形劑或藥學上可接受的載體，以及如權利要求1至4中任一項所述的融合蛋白二聚體。
9.如權利要求1至4中任一項所述的融合蛋白二聚體在制造藥物中的用途，該藥物用于(i)預防性或治療性治療從而在一個哺乳動物體內抑制或阻抑一種免疫應答；(ii)治療一種免疫系統疾病或紊亂；或(iii)在一個哺乳動物體內治療組織或器官的移植體的排斥。
10.生產如權利要求1至4中任一項所述的融合蛋白二聚體的一種方法，包括在一種培養基中培養如權利要求7所述的宿主細胞并且回收由該細胞所表達的該融合蛋白二聚體。
全文摘要
本發明涉及免疫抑制性多肽與核酸。本發明提供了免疫抑制性多肽以及對此類多肽進行編碼的核酸。在一個方面，本發明提供了突變CTLA-4多肽以及對突變CTLA-4多肽進行編碼的核酸。還提供了組合物以及使用此類多肽連同核酸的方法。
文檔編號C07K19/00GK103172750SQ20131005607
公開日2013年6月26日 申請日期2008年10月15日 優先權日2007年11月1日
發明者埃里克.E.卡勒, 馬登.M.佩鄧加特, 史蒂文.H.巴斯, 瑪格麗特.奈格伯斯, 約哈.龐諾南, 史蒂文.J.查平, 斯里達.維斯瓦納撒恩, 布倫特.R.拉森 申請人:珀西德治療有限責任公司